1XHGA

Crystal structure of a 40 kda signalling protein from porcine (spp-40) at 2.89a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of a 40 kDa signalling protein from Porcine (SPP-40) at 2.89A resolution.
rcsb
molecule keywords SPP-40
total genus 118
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1xhgA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1xhgA01
4E8DA 1PX4A 4YHEA 4C7DA 2GSJA 4C7GA 1NH6A 2WK2A 2GJXA 5HNNA 1SMDA 4D72A 1XSIA 4W93A 2XM1A 2WC7A 4W7VA 3PZIA 3WUGA 4HPGA 4MB5A 4F8XA 2Y8VA 2J75A 1YQ2A 5HDRA 4MADA 4V28A 4DM1A 1BYCA 1W1PA 4LYRA 1E0VA 2YDRA 2BXYA 1V0MA 1CZ1A 1J0IA 1J0ZA 4NSBA 2ZE0A 6A3HA 3GDBA 4AD1A 5ABEA 3N12A 2W66A 3SCOA 3IAQA 3EDDA 3EDJA 2WVTA 4H04A 1ZBWA 4IPLA 4ZXOA 2D1ZA 1QNQA 1H0GA 5BXPA 1B31A 2JE8A 2XWEA 1UA7A 5M17A 4IPNB 3ARSA 1CTNA 4CD7A 2G8ZA 3NDZA 4TVDA 3CZ8A 1TZ7A 1JL8A 1Q6FA 1PX3A 4IM4A 1ZB5A 3L4YA 1ISVA 2G3JA 5A6KA 4WK9A 3W37A 1JF6A 2WMKA 1FHLA 4UOZA 3MKKA 3EMQA 3BAWA 1BGAA 1CXFA 1KR0A 2EPNA 1Z32X 4RE4A 3B9AA 1OWQA 4PBGA 1WDRA 1WPCA 3W28A 2XJ7A 2WWDA 4CN6A 5ECUA 3ZJ6A 2ZUVA 4DWSD 4OBSA 1FFQA 3AS0A 1VFMA 4AEEA 3VIMA 2XFFA 3WY1A 1GONA 5EFDA 1CEOA 1UKPA 1HF6A 1GW1A 1X6LA 1GOMA 1ECEA 3ZIZA 2WYSA 1BVNP 3SCSA 4BZYA 2YBTA 2O9TA 1B3ZA 3IJ9A 5FD0A 4JFSA 2GFTA 3ZSTA 3VIOA 4B3LA 3VMNA 1B90A 5D4YA 5A1AA 1CGWA 2XM2A 1UKSA 2CITA 1HL9A 1VEMA 3MV01 4U2ZA 4FMVA 3AI0A 3AIQA 2OSYA 1HP4A 5JIWA 4U33A 5DO8A 3W29A 3CPUA 3RMEA 4QAWA 2RGLA 1GVIA 1HNYA 3W4RA 4RL3A 5A6SA 4CU7A 4H8VA 5EB8A 3TTSA 1OD8A 1E70M 3SCRA 2WMFA 1O6IA 4MTVA 1H4PA 2J7HA 2JEPA 3VMOA 3VIKA 2ZX9A 1KGUA 2IXUA 3AICA 4QLJA 1B3XA 3BSGA 3OGVA 1HVXA 1V3LA 4PCSA 4OOZA 3VIPA 1QNRA 1ISWA 1LL4A 2YBUA 2ZUTA 4DUXA 3OBAA 1JDAA 3QOKA 4PMVA 3NUKA 2OYLA 2J25A 3THCA 5JIPA 4AYSA 1PIGA 1QI4A 1OD0A 3PBGA 1M01A 4GZJA 4OIFA 2QPSA 1B30A 3WQ4A 4F9JA 3PZGA 5AY7A 3LPGA 3CTTA 1JIBA 2OSWA 5LA0A 3BCDA 3QOMA 1XD0A 5E0CA 3T0DA 4PN2A 2XG9A 5M5DA 3NSNA 3W26A 3CUGA 5A6LA 4ZE4A 1GVYA 5M03A 3L4TA 3D3AA 2PB1A 1RPKA 1PZ2A 3VDCA 1BAGA 4PTMA 2WVVB 1E6RA 5GQBA 4P7NA 1V0KA 1OT2A 4HOZA 3DHUA 3EMCA 5BRPA 3ZR6A 2UY3A 3WBEA 1E4IA 3M6DA 4D6GA 3MUY1 1W3KA 4LYQA 1ESWA 4BQ2A 4M29A 3CUIA 2QLYA 1UKTA 3AFBA 5E6YA 3OGRA 3SCUA 5KZ6A 2BVYA 4AW7A 4UOQA 1G0CA 1LL6A 2DT0A 4PMNA 2DSUA 3VUPA 4WKFA 2XGBA 4WJXA 4HTYA 1QI3A 1UQYA 1FFRA 1US3A 1JAKA 2BHZA 2Y24A 2DT2A 1G94A 3ARQA 4GI8A 4UR9A 1JZ6A 3AIWA 1QBBA 1MFVA 4TOQA 1UD2A 1OSEA 2FH6A 2YL9A 2EXOA 3VGGA 2WCSA 1VJSA 4D6EA 1GOQA 1J9YA 1CGTA 1E5JA 3PZQA 4HA4A 1PX8A 3BC9A 1E4LA 3WD1A 3AZSA 1D2KA 1MXGA 2WHLA 1UWUA 4HU0A 2EQDA 1WDQA 1V03A 2O9OA 1CNVA 1TMQA 3VIHA 1GQIA 4CD6A 1HKKA 3WEMA 3OZPA 1W9VA 3ZJKA 2CHNA 2V3FA 1PAMA 5HBFA 2D2OA 1TG7A 1CLXA 2E9LA 4CN4A 1QNOA 2JIWA 4ZENA 2VCCA 4M1RA 3B8SA 3CMGA 3ARUA 2J77A 2X0YA 1QHOA 2DT1A 1JZ2A 3B9EA 1DTUA 4J28A 1VBRA 3WNOA 1LJYA 1X6NA 2ZXBA 2VZVA 4TX6A 4TTUA 4HOWA 3E1F1 2WHMA 4AD0A 4IUGA 2GJRA 2GK1A 1E4MM 1MQPA 4QFUA 1VBUA 1WZKA 4JFWA 2D24A 1E71M 2YA0A 7A3HA 4MAZA 4B9YA 3F5LA 5A6JA 3L4XA 3F4VA 9CGTA 5IFPA 1E3ZA 2UY2A 1CIUA 3VGHA 2ZUUA 1H0IA 3PZOA 4YN5A 4CVUA 5CPQA 1J10A 5HPOA 2X0HA 5DEZA 3FN9A 4OJYA 1OINA 2F2HA 1E40A 1XYFA 5BCAA 1XYZA 3WQVA 1HKJA 4XUYA 3A47A 2YDQA 3G6MA 3CZKA 4JIEA 1K9EA 3VPLA 3PTMA 1OIMA 4DUWA 4JCMA 1A47A 4TVUA 2WB5A 2CCRA 5LYRA 4AD3A 3U7BA 3WENA 2CPUA 5I24A 4PTXA 1MVYA 4Z2KA 1KBBA 1C8YA 2VUYA 4PMRA 1NWTA 4W5ZA 4ML4A 3ALFA 3NSMA 1TVNA 1K9DA 4B3KA 4W5UA 4Z2HA 3WN6A 4AZIA 2J7GA 5CPSA 3WMSA 1W9UA 2J7BA 3ZJ8A 3WDRA 3WMBA 1M7XA 1EDTA 3T09A 3OGSA 4BQ3A 3SEPA 1W2PA 1VF8A 5BRQA 3RPMA 2OWCA 4RE2A 3LPPA 1GPFA 2VL4A 4AY1A 5EMYA 1EHAA 5C8BB 2C0HA 1DEDA 3B9DA 1EXPA 3DHPA 1H5VA 2D23A 4AZ6A 3UETA 3J7HA 3W38A 3QR3A 3THDA 3ECQA 3K4DA 5BXSA 2DGAA 1OGGA 4KGLA 3RO8A 3OLEA 2BNJA 2HVMA 2E9BA 2WM0A 2YL8A 5CSUA 3DYPA 2W4XA 4AIUA 3GH7A 1EQPA 3POHA 1WKYA 4JKKA 4PUDA 1V0LA 2JF7A 2ZWYA 1GQJA 1GHRA 1HJWA 1CXIA 4M24A 4AD4A 2FGLA 3PZVA 3RCNA 1R87A 3ARWA 4U31A 4QCEA 5I3DA 1HL8A 1GQLA 1B0IA 3AHXA 1J0HA 5CSYA 3GNPA 4LX4A 1GJUA 1ODZA 3DECA 3VM7A 4ATWA 1NWRA 3WH7A 3BMWA 1I1WA 2DIJA 2D0FA 1BGGA 1TUXA 4PMDA 1TFVA 4WSKA 2BV9A 1TCMA 3MSDA 4KGJA 4UNIA 5E6ZA 1SR0A 3EYPA 1EGZA 4J3VA 3AISA 4K68A 5CG0A 3VKKA 1JZ5A 6CGTA 4N42A 3NJ3A 1Q4NX 1CGVA 4AZ5A 4MNJA 3VTRA 3FHAA 2F8QA 2WZEA 2YA2A 2PWFA 2CNCA 3CZJA 1WDSA 3MS8A 4QLKA 1VRXA 2WC4A 2WWCA 5BYWA 1KGXA 1VEPA 1HN1A 4MB1A 2WHJA 1H41A 4PCTA 1W1YA 5TD4A 5HXMA 4QP0A 3WFLA 3GXIA 3OB8A 3WQWA 2PWHA 3IK2A 3I3DA 1TE1A 2VI0A 4IISA 3WIJA 4AZCB 1XCXA 2GK1B 3QHOA 1RH9A 3T0AA 4W8AA 5I6SA 3U5UA 1NP0A 3FHQA 1FH9A 3WDHA 4UFLA 5FIPA 3UCQA 4UZUA 2WVVA 3FW6A 3MUIA 1DWIM 3MSGA 1KCLA 1P6WA 5BROA 4ACZA 1UD4A 4DWSC 4D6CA 2FDMA 2ZX6A 2WBKA 3CHCA 4B16A 2BVDA 1IT0A 4EANA 4MDPA 3JUGA 2X1IA 4H8UA 2CBIA 1ZJAA 3ARVA 1UUQA 4P7LA 1VAHA 2GUYA 5D8WA 1C91A 3WFZA 1OM0A 4UFHA 3FAXA 1XSJA 1B2YA 1XV8A 2WLZA 3WH9A 5GNZA 1SYTA 3CBWA 3PTQA 4UQCA 3OA5A 3CO4A 5A8QA 3MMDA 1NWSA 3AIBA 4L4OA 2DSKA 2QMKA 3SCVA 2PBGA 2VO5A 4NF7A 1D7FA 1BYDA 2G3MA 2CXGA 1BYAA 4KRTA 3ZT7A 5CLTA 1V02E 1E6QM 2WMIA 4P8XA 4HA3A 2CBJA 2WCAA 3VD4A 3WNNA 2BS9A 3KL0A 3AOFA 8CGTA 3HU7A 1J01A 1UR9A 5A8NA 4KWUA 2WBGA 3WH8A 1VJZA 1EOMA 1KCKA 1LG1A 2Z1SA 3CHDA 1QHPA 4X9YA 2YLAA 4AIEA 5DT7A 1UKOA 3W6LA 1KGWA 4QDMA 1H49A 2E0PA 2BY0A 2VRQA 1E73M 2UY5A 1ITXA 4Z2JA 1QBAA 1EDQA 5LA1A 2JFEX 2YA1A 1MQQA 1QI0A 1JYWA 2NT0A 3CUJA 1BPLB 2D3LA 1K9FA 2MANA 3CGTA 3PZUA 4M81A 2JEQA 2PWEA 3AXHA 7TAAA 1QNPA 1EO5A 1EOKA 1W9XA 4LYPA 2DSVA 2VX6A 1JXJA 3A3HA 4ZEPA 1HVQA 3T2OA 5I5RA 2WSKA 3AMGA 4ATDA 3POCA 1LQ0A 1WCGA 3W0KA 1C3FA 3W27A 4D6FA 4Y7EA 2DSZA 2WCGA 4HMDA 5DT5A 4GQQA 2A3CA 4JFUA 4GKLA 3WH5A 2BY1A 1V3MA 5DFAA 2VZOA 1QW8A 3N18A 3VD9A 1GQKA 4XX6A 1V6YA 2PWGA 2QHAA 1OT1A 3L4VA 3M7SA 2VC9A 2G41A 1QI5A 3KWXA 1QW9A 2NW0A 4CU6A 5C70A 1JFHA 2XFYA 1E6SM 1Q6GA 4ACYA 1UZ4A 3VX0A 1PPIA 1W9DM 3WDIA 1BTCA 2CHOA 3VIFA 1E9LA 4PMOA 3KEHA 5A8MA 3AXXA 4UQAA 4UFJA 5FCZA 4U5IA 1G9HA 3BSHA 4JHOA 1E5NA 3T0BA 1UD6A 2EO7A 2F61A 2W92A 3AXIA 4HZ7A 1WO2A 4HZ8A 3EMZA 3L2MA 1GJWA 4D6IA 1J0YA 4KRUA 5AYBA 5A6MA 2JALA 4UQBA 5HPCA 2FGZA 1QOXA 3TTOA 5D9PA 1UD8A 1ISZA 3VIJA 4W84A 5A95A 2WSPA 4OKDA 2CERA 1CPUA 5A6BA 2J74A 3VD7A 4BCEA 4D6HA 1RP8A 2VX7A 4OZOA 3S2CA 2OWWA 3MMWA 3MUAA 3NIYA 1U33A 2Y2WA 1W9PA 1G5AA 4ACZB 4FF5A 1WZMA 1XH1A 2BHYA 8A3HA 3LPOA 1DWGM 3K8LA 1TA3B 1JYVA 2Y8KA 3DC0A 4W85A 3RJXA 1Q6CA 3GXFA 1CYGA 3PZ9A 1HIZA 2XHYA 1F4HA 3WEOA 4AIOA 3OIHA 4CKQA 1US2A 1XSKA 1IZJA 1B3VA 4PSRA 4LGXA 2EBNA 2FHFA 1MQRA 4NRSA 2AAAA 1UH4A 3W81A 4U3CA 2VOTA 2VMFA 1TVPA 3W82A 1V08A 1MFUA 1UKQA 1W91A 1EIBA 1L8NA 3WF2A 5FL0A 3WUBA 3AS3A 2WMIB 3ZT5A 4CD4A 1EQCA 1X1NA 3RM8A 3PHAA 4UTFA 3VD5A 1JYNA 1ZJBA 4Q22A 4CD5A 5FOOA 4Z2LA 3N04A 3FNDA 3L4UA 3F5JA 5A3HA 1K9TA 1NP2A 4PMXA 1GZJA 2VQUA 3GTNA 3IANA 2WKLA 4KH2A 1JZ7A 4MB4A 1CDGA 4GPNA 3ZQ9A 4PUEA 3A4XA 1BG9A 3TONA 2WANA 2J7DA 1BSIA 3M46A 3AHVA 4MNMA 3UR7A 1W2VA 3DYOA 3ARXA 5DF0A 4FLSA 3ARRA 5GNYA 1TR1A 3GBEA 2VJXA 4W7WA 4JKLA 1JZ8A 4JL2A 2Y5EA 3O2LA 4KMQA 1R86A 4EE9A 1ZL1A 4PSPA 2A3EA 4WKAA 2VT0A 2X8RA 4WF7A 5I78A 1F4AA 1VFUA 3WDJA 3CMJA 2VZSA 3O6AA 3WD2A 1WP6A 1DWAM 4AZCA 2ZUMA 1FP8A 3WUFA 4AZGA 4WIWA 5E9AA 1J12A 2V5CA 3AIUA 4OOUA 4ATLA 2ZUNA 1I75A 4CUCA 3KZSA 1KXHA 4NZCA 1JG9A 3F5KA 3TTYA 4A3YA 4MNLA 1EA9C 3WH6A 1FH7A 1H09A 2XUCA 5A2AA 3U5YA 3N15A 3AHYA 4LPCA 3AHTA 3W24A 3VIIA 6TAAA 2W62A 1GHSA 1AQHA 1BLIA 2WXDM 4EKJA 1E1EA 1OIFA 1KBKA 3LMYA 1FP9A 2BXZA 2OSXA 4CU8A 4R27A 2O9RA 1UWTA 1V0NA 5I2UA 2VURA 4PMZA 1EO7A 1E15A 5IHSA 1XC6A 5IHRA 2WW5A 4OBRA 4J27A 3VGBA 3ARPA 1W9BM 3BAIA 1UWRA 3OLIA 3AQUA 4GXPA 4MJ2A 4J3WA 3AROA 1K6AA 3OZOA 3TOPA 2DT3A 2E40A 3ZR5A 2WC3A 1VIWA 2E8ZA 4L4PA 1IV8A 2ZICA 1C8XA 3SUVA 3HJEA 2VR5A 3K4AA 2C7FA 1V3HA 5IXEA 1BYBA 2J78A 5I23A 4PRWA 1OBAA 1GUVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3UG4 A;  1MYR A;  4RE3 A;  2IXV A;  3CIV A;  4DUV A;  4HMC A;  2J62 A;  4MJ4 A;  2OLH A;  4JAW A;  3EBV A;  4WKH A;  2Z1K A;  4FK9 A;  3WL1 A;  2WNW A;  2IUZ A;  4TTG A;  3M07 A;  2VX4 A;  2CES A;  4M56 A;  2O92 A;  5CGM A;  4FLO A;  1OB0 A;  1BHG A;  2W5F A;  1ITC A;  1JD7 A;  1N82 A;  4GIA A;  2XVL A;  1RP9 A;  2GJP A;  3II1 A;  3G6L A;  1WDP A;  4GI9 A;  3NYD A;  1Q6E A;  1Q6D A;  2OWX A;  4JL1 A;  2WPG A;  3WF3 A;  4D6D A;  2BHU A;  2VQT A;  1KQY A;  2W67 A;  5A69 A;  2VCA A;  3AMC A;  4R5E A;  3VIL A;  2XIB A;  1QPK A;  1I1X A;  4N0R A;  4F66 A;  1B3Y A;  4GQR A;  1CWY A;  1JI1 A;  4HME A;  4HPH A;  4P7R A;  5A94 A;  2XTK A;  3EDF A;  4AC1 X;  4Z2I A;  4V2X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PGL A;  4YU1 A;  3A9I A;  2PP3 A;  4E8D A;  3S2M A;  1XRT A;  4HN4 A;  5HNN A;  1EF3 A;  4W93 A;  2XM1 A;  1UUM A;  1NDY A;  3GDK A;  4F8X A;  2J75 A;  1YQ2 A;  4C6E A;  4HHM A;  4MAD A;  1G67 A;  4DM1 A;  2EKC A;  2VGB A;  1W1P A;  3LXB A;  2BXY A;  4WQ6 A;  1J0Z A;  4NSB A;  1YE6 A;  2HV5 A;  3GDB A;  3HG4 A;  5ABE A;  3N12 A;  3L2I A;  3UNT A;  3IAQ A;  4AY7 A;  2C91 A;  3DG7 A;  1B31 A;  4KWW A;  1R47 A;  3SBF A;  1XQL A;  3MMT A;  3MA8 A;  3TYD A;  3ARS A;  3R11 A;  1FXP A;  4CD7 A;  4XAY A;  4TVD A;  3CZ8 A;  1Q6F A;  1ZHA A;  4ZQC A;  4J4O A;  4IM4 A;  1QTW A;  3L4Y A;  4JDB A;  3NQC A;  4WK9 A;  3W37 A;  4RW5 A;  4LVD A;  3QQW A;  4OV9 A;  3BG3 A;  3JU2 A;  1L6S A;  2Y61 A;  2Z2A A;  4RE4 A;  2D73 A;  2NV9 A;  2BLE A;  3VZZ A;  2XJ7 A;  2XU2 A;  3OQE A;  1SO3 A;  1E1C A;  3W9Z A;  4DWS D;  2CLF A;  1FFQ A;  4H9U A;  3ORW A;  4MYA A;  1VFH A;  1W1A 1;  3WY1 A;  3HOJ A;  1SO5 A;  2Q8Z A;  4RPP A;  4FS9 A;  4LAZ A;  3TC5 A;  2I56 A;  3SCS A;  3SR7 A;  4BZY A;  2O9T A;  3LHY A;  3UWU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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