1XJTA

Crystal structure of active form of p1 phage endolysin lyz
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
178
structure length
178
Chain Sequence
GGAICAIAVMITIVMGNGNVRTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNTHGVTPGVRKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKWAQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage p1
total genus 49
structure length 178
sequence length 178
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xjtA00
2RH1A 1L46A 1D3NA 1L26A 1CX6A 2B6WA 1C60A 1L41A 119LA 3DN6A 3C8QA 4GRVA 1C6NA 1SX7A 3NYAA 3PBLA 1P6YA 4ARMB 1L81A 1L08A 3F9LA 1C6CA 1OYUA 241LA 2B72A 1C62A 118LA 157LA 3NY9A 169LA 1PQMA 201LA 2B75A 198LA 1G1VA 3PDSA 1L99A 1L19A 1L83A 1LYDA 3DKEX 4LDOA 3HH6A 5I14A 1L23A 4EKQA 1L33A 1DYAA 143LA 1L20A 244LA 1L04A 1XJTA 3HUAA 145LA 2Q9EA 259LA 1L97A 1L14A 159LA 187LA 1C6LA 1G0JA 195LA 2OE9X 149LA 1C6KA 4DAJA 4K5YA 1D3FA 3FADA 4LDEA 2B6ZA 2O79A 2LCBA 1L85A 3C82A 1C6TA 3OE6A 168LA 4ARQB 1L17A 1QT6A 175LA 1L13A 1LW9A 1P5CA 189LA 1L49A 229LA 2O4WA 228LA 188LA 1CUQA 4PK0A 1NHBA 4S0WA 1KY1A 1KNIA 2RAYX 1DYDA 1L88A 3HT9A 1L16A 1L58A 3FA0A 4GBRB 196LA 1CU0A 1L03A 3HTGA 2RB1X 151LA 1P7SA 1C6AA 1QT4A 255LA 3C7WA 1L55A 1L07A 109LA 126LA 4EKSA 3G3WA 1C6IA 4IAPA 254LA 2HUMA 7LZMA 3HU8A 1L86A 1QUOA 258LA 3HUKA 3NY8A 2RBOA 1T8GA 3CDRA 240LA 123LA 2RB2X 3HH4A 1C6FA 1DYBA 1CUPA 1QTVA 4YXAC 234LA 2OU9A 1LWGA 1C67A 3DMXA 1L51A 3D4SA 1L50A 164LA 1L59A 1L94A 1L76A 4W51A 190LA 2NTHA 2CUUA 125LA 5LZMA 1L80A 1L35A 1OV7A 2A4TA 3UONA 4W59A 162LA 2HULA 4W54A 177LA 1L02A 122LA 148LE 1LYGA 1JTMA 4I7LA 1L22A 1OWYA 156LA 3C7ZA 1LYIA 3HT8A 2O7AA 4I7QA 1CVKA 1OVHA 226LA 1L30A 246LA 1L38A 197LA 2OE4X 4LDLA 4W52A 1L95A 1LI6A 4DJHA 120LA 1P64A 3GUKA 1DYGA 1L31A 3SB8A 2ANXA 3DNAA 3HH3A 102LA 1L25A 3DMZA 1ZYTA 1L62A 4LZMA 1L68A 1LWKA 250LA 4E97A 1QT8A 1WTHA 216LA 227LA 171LA 239LA 237LA 1C61A 1G0GA 1T8AA 107LA 2RBSA 2IGCA 1QT5A 161LA 1CU5A 1L67A 4EKPA 3GUPA 245LA 3K2RA 1LPYA 1PQOA 1SWYA 4YX7C 1C63A 104LA 1OV5A 232LA 2LZMA 1CV1A 165LA 2OTYX 1L27A 127LA 1C6QA 215LA 173LA 1L66A 1L40A 4ZPUA 141LA 2B70A 231LA 3HDFA 112LA 1D2WA 1LGUA 4OO9A 1G06A 1C6BA 130LA 2L78A 1L28A 1LI3A 2RBNA 1C6HA 115LA 4PJZA 1L47A 1LYEA 4EPFA 172LA 4W58A 140LA 253LA 3C8SA 3QAKA 1QTHA 1L42A 2HUKA 2B73A 176LA 2NTGA 1L43A 1G1WA 2QB0B 1PQJA 214LA 174LA 1L09A 166LA 2OE7X 2B6XA 4I7MA 247LA 1SWZA 3DN0A 1C6JA 3LZMA 1L96A 243LA 1CV6A 3VW7A 3DN3A 1L71A 1L92A 1QT7A 1L60A 144LA 3HH5A 3F8VA 3SN6R 2QARC 3CDTA 3OE0A 1B6IA 4I7TA 3SB9A 4ARMA 1K28A 3HU9A 252LA 1QSBA 1QTDA 256LA 3SB6A 1QUGA 3HTFA 158LA 1SX2A 3HTDA 233LA 2LC9A 3FI5A 131LA 1L72A 1CV0A 3RZEA 1CU6A 4W55A 142LA 200LA 3OE9A 129LA 220LA 3DMVA 1C6GA 3CDVA 1L37A 181LA 4ARJA 1C6EA 138LA 1SSWA 1P37A 1TLAA 211LA 221LA 249LA 3DN2A 4W53A 1L90A 1KW7A 1L74A 1PQKA 4DKLA 110LA 1LYJA 1L45A 186LA 3ODUA 1CV4A 1P2LA 3SB5A 1C6PA 1D3JA 1L11A 223LA 1L53A 1C65A 1L21A 218LA 1L52A 1QUDA 3CDOA 1DYCA 4ARQA 1LLHA 3C80A 3HT7A 1L18A 1L05A 262LA 1L84A 1P36A 2OU0X 1C64A 1G0LA 1L82A 1DYFA 103LA 1L79A 1G0MA 1L00A 235LA 210LA 236LA 3HT6A 3C83A 1QSQA 248LA 4W56A 3DN1A 1CU3A 1DYEA 1G0KA 224LA 3SB7A 3V2YA 180LA 1T6HA 1KS3A 2OTZX 1D9WA 3GULA 1QS9A 4ARLA 155LA 3GUJA 2RAZX 150LA 3GUMA 3C8RA 1L64A 2B74A 1C66A 1L69A 3SBBC 4I7RA 217LA 170LA 1L0KA 1L56A 1CTWA 1PQIA 4I7JA 3JR6A 2B7XA 1T8FA 2OEAX 3GUOA 1G07A 4I7KA 1L70A 213LA 1QTZA 3DN4A 3HTBA 2F47A 4I7OA 3G3XA 1D3MA 1L61A 3V2WA 1L75A 1L15A 1L57A 1QT3A 1L29A 1G0PA 1C69A 1KY0A 2Q9DA 3C7YA 251LA 113LA 199LA 6LZMA 3DN8A 1OVKA 1XJUA 4I7PA 1KW5A 1QUHA 257LA 147LA 139LA 242LA 3L2XA 4EJ4A 206LA 1LGWA 184LA 1L32A 4YXCA 1L98A 3EMLA 2ANVA 1D2YA 2RBQA 3HUQA 1L63A 1L06A 1P2RA 2B6YA 1L24A 1C68A 191LA 1L87A 1L48A 1LYHA 1ZWNA 1CX7A 2RBPA 2F2QA 3CDQA 1C6DA 108LA 1JQUA 1L93A 1C6MA 1L54A 1L0JA 1CU2A 222LA 4AQNA 1L44A 1L77A 225LA 192LA 1L39A 230LA 1T97A 238LA 1QTBA 1I6SA 205LA 167LA 1P3NA 114LA 1QTCA 4I7NA 1JTNA 2B6TA 2Z6BA 3HDEA 183LA 1L73A 3GUIA 1OVJA 261LA 3L64A 4W57A 1OWZA 4ARPA 137LA 219LA 4EXMA 1CV5A 3GUNA 1L12A 3HWLA 1G0QA 1L01A 1SSYA 1XEPA 3SBAA 185LA 1L65A 2RBRA 4I7SA 3RUNA 2F32A 160LA 1LYFA 146LA 163LA 178LA 1EPYA 1L10A 212LA 209LA 3OE8A 1CV3A 1L36A 1L91A 1LI2A 1LGXA 1QS5A 4EKRA 111LA 4EPIA 3C81A 1PQDA 2OU8A 1ZURA 1L34A 1L89A 1P46A 152LA 182LA 2RB0X 128LA 3G3VA 260LA 1P56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RH1A 5APDA 1CKGA 2Z19A 1I1ZA 4QGZA 1XEJA 1L41A 3C8QA 1RCMA 3NYAA 1B5WA 5LVJA 1P6YA 1L81A 2D4IA 1C6CA 1LSNA 2B72A 2HUBA 3AZ5A 3NY9A 2BQEA 2EIZC 1IR8A 1FDLY 5J7CA 4WLDA 4H8ZA 2YBMA 1BVXA 4O34A 1IWZA 1L20A 3KAMA 4NFVA 1XJTA 1GE1A 1L14A 2IHLA 1ZMYL 2OE9X 5I53A 4DAJA 4J1BA 1IC4Y 4K5YA 3WVXA 1UIGA 4LT2A 4N0JA 1GD6A 3C82A 1C6TA 1YQVY 4ARQB 1L17A 4NHSA 175LA 1LW9A 4ETCA 1LYYA 4KL7A 229LA 7LYZA 4NSIA 4ZEEA 3P66A 1GFGA 1IOTA 1CUQA 4DQ5A 132LA 1KY1A 4PPOA 1KNIA 1LZ1A 4WG7A 1B7LA 1L16A 3FA0A 1IIZA 4DDCA 3LHMA 1N4FA 3FE0A 3C7WA 4CFPA 1L55A 109LA 1ZVYB 1IWVA 3A3RX 5LA8A 254LA 1IWTA 4MR1A 3NY8A 2YBLA 2RBOA 240LA 1HFYA 3W3EA 2LZTA 1BGIA 1QTVA 1GB0A 1AM7A 1D0KA 1L50A 3ZVQA 1GB3A 4W51A 5I4XA 1LYOA 4TX7A 2NTHA 125LA 2IFFY 1OV7A 1C7PA 2A4TA 3B72A 1NF5A 4W54A 177LA 3MGWA 122LA 148LE 2DQDY 1LYGA 1JTMA 4NWHA 4B1AA 4LT3A 1OWYA 3C7ZA 1LYIA 1LZ5A 1CJ7A 1G7LC 1L38A 3ZEKA 1JTPL 3GXKA 197LA 2BQLA 5K7OA 1L95A 1IP4A 4WMGA 3G3AB 3GUKA 1LMTA 1DYGA 1L31A 3ATOA 4OWEA 4WM5A 3DMZA 1B7OA 1HSWA 4LZMA 4E97A 227LA 3M18B 1AT6A 239LA 1JKAA 1KXXA 107LA 1QT5A 2XTHA 1JSEA 4BAFA 1ZVHL 3K2RA 1LPYA 5I5QA 1SWYA 3QY4A 1OV5A 1DKJA 2LZMA 4R6CA 1CJ9A 2OTYX 1XEIA 1L27A 215LA 173LA 1L66A 141LA 4KPMA 3TXIA 1HEPA 5F9UA 1D2WA 1CKFA 3AZ6A 1IP3A 4ZIXA 4KXIA 1YAPA 1D0LA 5A3EA 1L47A 4M6DA 4W58A 3C8SA 1QTHA 2ZYPA 214LA 1LSBA 4TUNA 4BAPA 1D6QA 1XEKA 2B6XA 1RE2A 4H9FA 1LTMA 1CV6A 144LA 3CDTA 4I7TA 1K28A 3HU9A 4B4IA 1QTDA 256LA 4H92A 2CDSA 2BQMA 3FI5A 3AGIA 1CU6A 142LA 1UCOA 4OW1A 4GCEA 3P4ZA 3B0KA 181LA 1B7SA 5FELA 3W6DA 4WOAA 3DN2A 5DL9A 4DD2A 4FDYA 1L45A 1H6MA 4NGVA 223LA 218LA 1L21A 1QUDA 1LAAA 1GF0A 262LA 2XQOA 2NWDX 1OUGA 1L82A 3A90A 103LA 1G0MA 1L00A 1YROA 1AT5A 1IP2A 5FSTA 1JSFA 4XJIA 1EQ5A 1LZ6A 3DN1A 1CU3A 1C45A 3SB7A 3LYTA 1OUAA 1C08C 155LA 1MLCE 1IP6A 1B5ZA 2RAZX 150LA 4GCCA 3TXGA 4Z41A 1GB7A 1B0DA 4HPIA 217LA 4LYMA 4N5RA 4YENA 1L0KA 3N9EA 1PQIA 1XGQC 1GBWA 1UIBA 4DDAA 3TXKA 4U3XB 1F6SA 213LA 3DN4A 4WL6A 1D0MA 3G3XA 3W6FA 4XADA 1L75A 1GB8A 2ZILA 1LSDA 1L29A 1GBYA 2RSCA 4ET8A 1KY0A 5AMYA 6LZMA 1B7RA 4NHIA 1QUHA 1JHLA 2BQBA 4PRUA 3L2XA 184LA 133LA 5LYMA 2XJWA 2ANVA 3J4GA 1FLUA 1L63A 1C43A 2B6YA 1P2RA 4UWUA 3WU7A 2DQCY 2F4AA 191LA 5B07A 1ZWNA 3IJUA 3WMKA 2F2QA 3A8ZA 1C6DA 4G49A 1LJFA 1JKBA 1QUSA 2BLXA 1HFZA 4QDNA 5JENB 3LYOA 1L44A 1L77A 3WH1A 193LA 192LA 2HTXA 1GDWA 4WM2A 3QNGA 1I6SA 2DQEY 4XENA 2Y8PA 1GHLA 3CSQA 2VB1A 3WXUA 1OUIA 2H9JA 4H91A 4I7NA 3HDEA 2D4KA 183LA 1ALCA 4EXMA 219LA 4NIJA 1NKHA 4GLVA 3P68A 4YM8A 2CWIA 1GB5A 4H9CA 4HSFA 1AKIA 3SBAA 1DI3A 1QDTA 2HU3A 3OJPA 2F32A 146LA 3LZ2A 1FKQA 4HP0A 1GFTA 4EKRA 1IEEA 1ZURA 3BKVA 4LT0A 1LYZA 2RB0X 3G3VA 260LA 4GN4A 2GV0A 1C60A 3F6ZA 4GRVA 1NWGA 1GFVA 1NDGC 1GAYA 5LAGA 5L9JA 1OP9B 4RLNA 241LA 1C62A 1INUA 1BWJA 4IASA 2YVBA 2Z39A 3TMVA 3WU8A 1VAUA 2B75A 4XJFA 2BQDA 198LA 3PDSA 4G4CA 1L83A 2HEFA 1LYDA 3DKEX 4NGYA 4H9HA 3EXDA 5LAFA 2BQHA 1L33A 1DYAA 244LA 4XJHA 159LA 4FJRA 4DYGA 1C6LA 135LA 2BQGA 3RZ4A 1TEWA 1CJ8A 1REXA 1D3FA 3FADA 4LDEA 1GFRA 2F30A 2LCBA 5HNLA 1QT6A 2BQJA 1P5CA 189LA 2Q0MX 4HJZA 1I20A 1LMOA 1NHBA 2RAYX 3D3DA 3HT9A 1LZDA 4HTKA 1L58A 1VDSA 1JJ0A 1EL1A 2YBNA 1FLQA 4N1EI 1REZA 1CU0A 1HEQA 1L03A 3HTGA 2RB1X 151LA 1QUTA 1P7SA 1C6AA 4G9SA 255LA 1L07A 3CT1A 1LZBA 1XSFA 3G3WA 1C6IA 2HUMA 2F4GA 1LMAA 4LYBA 258LA 3WPLA 3HUKA 1T8GA 3HH4A 123LA 2RB2X 1C6FA 3HBHA 1C67A 5KKJA 3DMXA 1LHMA 1WQOA 1XGTC 3WYHA 2CUUA 4DD0A 1L80A 1LSMA 1REMA 1IO5A 3ULRA 3IWRA 1UC0A 4W59A 1IWWA 4I7LA 4H9BA 1L22A 3A92A 3W6EA 156LA 1HF4A 1OVHA 1IOQA 4N8ZA 246LA 2D4JA 1W08A 4Z46A 4J7VA 2YSSC 2F2NA 1JPOA 3SB8A 4NSJA 1GF6A 2Z2FA 4KT3A 1ZYTA 4N9RA 4TSBA 1C61A 1G0GA 2RBSA 4WO9A 1GBOA 4DD1A 5DLAA 1CU5A 1ZV5L 3W6BA 1JWRA 1RJCB 5I4WA 1PQOA 5LVIA 4YX7C 1LZRA 1C63A 2G4PA 207LA 1LZEA 1LMQA 1CV1A 4H1PA 127LA 1L40A 1BVKC 4ZPUA 5KJ9A 112LA 3B0OA 4OWHA 1LZTA 1UICA 4NHTA 1B5UA 1L28A 1LI3A 1JKDA 194LA 1UIHA 4PJZA 1IP5A 172LA 1GFAA 4TTDA 253LA 1BB3A 5HMJA 176LA 2NTGA 2QB0B 1PQJA 3D9AC 174LA 1L09A 1IWUA 2OE7X 2A7FA 247LA 1LCNA 1YAOA 4YOPA 1C6JA 3A93A 3LZMA 1L96A 3T36A 1NMMA 4RW1A 4NGJA 1L92A 5HMVA 1TAYA 1LSGA 1GE0A 1B6IA 1LZAA 4ARMA 1WVUA 4ZFPA 4ETDA 1QUGA 4NSHA 5APFA 4WO6A 1P2CC 3HBEX 4AGAA 2Z12A 1CV0A 3RZEA 1HEOA 1CKHA 4W55A 1LKRA 2BQAA 1L37A 4ARJA 2ZNXY 1QTEA 138LA 3A3QA 5IDDA 1TLAA 221LA 4XJGA 5KXRA 4WLTA 3AW6A 1CV4A 1P2LA 1L53A 1L52A 2Z2EA 1L84A 3GXRA 4RDSA 235LA 210LA 1HHLA 5D5FA 1HEWA 3LYZA 248LA 4H9IA 1LZSA 1G0KA 3CSZA 4XN6A 3EO5A 4ARLA 4G4HA 1LHLA 1IWXA 3A34A 3C8RA 2B74A 4I7RA 2XBSA 3ZVQB 1LHJA 1CTWA 4W96A 2B7XA 1T3PA 4EOFA 2MEDA 1GF3A 1L61A 2N5ZA 4LZTA 1L15A 1L57A 1OUFA 1GFHA 1G0PA 2DKVA 4GN3A 1DZBX 3C7YA 1GF4A 251LA 199LA 3DN8A 4I7PA 5HQ1A 1GE4A 257LA 4CGEA 1IC5Y 242LA 2I25L 4YXCA 3EMLA 5F16A 1YANA 3IJVA 4YF2A 1D2YA 5T3FA 1G7IC 4NGZA 5E4PA 1V7TA 2RBPA 4NGWA 108LA 1L0JA 4ML7A 222LA 2HEBA 5A3ZA 1FBIX 4OWBA 2D6BA 5C6LA 1GF7A 3RU5A 3P64A 4W94A 1BB7A 1LOZA 2Z6BA 5DN5A 1D9UA 1OVJA 1OWZA 4ARPA 3TXHA 1FLYA 2AUBA 1DI5A 3HWLA 1G0QA 1XEPA 1JUGA 2RBRA 4PRQA 3WU9A 3RUNA 1LJ4A 3A67Y 1LYFA 4WL7A 5B05A 1L10A 212LA 3OE8A 2YBJA 1L36A 1L91A 1QS5A 3RT5X 111LA 2HEDA 3T6UA 1B5XA 2A7DA 1P46A 4DQ7A 182LA 1D3NA 5B59A 1UIDA 2B6WA 3DN6A 1HNLA 1SX7A 1B2KA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RH1 A;  5APD A;  1CKG A;  2Z19 A;  1I1Z A;  4QGZ A;  1XEJ A;  1L41 A;  3C8Q A;  1RCM A;  3NYA A;  1B5W A;  5LVJ A;  1P6Y A;  1L81 A;  2D4I A;  1C6C A;  1LSN A;  2B72 A;  2HUB A;  3AZ5 A;  3NY9 A;  2BQE A;  2EIZ C;  1IR8 A;  1FDL Y;  5J7C A;  4WLD A;  4H8Z A;  2YBM A;  1BVX A;  4O34 A;  1IWZ A;  1L20 A;  3KAM A;  4NFV A;  1XJT A;  1GE1 A;  1L14 A;  2IHL A;  1ZMY L;  2OE9 X;  5I53 A;  4DAJ A;  4J1B A;  1IC4 Y;  4K5Y A;  3WVX A;  1UIG A;  4LT2 A;  4N0J A;  1GD6 A;  3C82 A;  1C6T A;  1YQV Y;  4ARQ B;  1L17 A;  4NHS A;  175L A;  1LW9 A;  4ETC A;  1LYY A;  4KL7 A;  229L A;  7LYZ A;  4NSI A;  4ZEE A;  3P66 A;  1GFG A;  1IOT A;  1CUQ A;  4DQ5 A;  132L A;  1KY1 A;  4PPO A;  1KNI A;  1LZ1 A;  4WG7 A;  1B7L A;  1L16 A;  3FA0 A;  1IIZ A;  4DDC A;  3LHM A;  1N4F A;  3FE0 A;  3C7W A;  4CFP A;  1L55 A;  109L A;  1ZVY B;  1IWV A;  3A3R X;  5LA8 A;  254L A;  1IWT A;  4MR1 A;  3NY8 A;  2YBL A;  2RBO A;  240L A;  1HFY A;  3W3E A;  2LZT A;  1BGI A;  1QTV A;  1GB0 A;  1AM7 A;  1D0K A;  1L50 A;  3ZVQ A;  1GB3 A; 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