1XJUA

Crystal structure of secreted inactive form of p1 phage endolysin lyz
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
158
structure length
156
Chain Sequence
RTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNGVTPGVRKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKWAQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage p1
total genus 50
structure length 156
sequence length 158
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xjuA00
1D3MA 1PQIA 4I7KA 1C6DA 3GUMA 1G0LA 2OE7X 1C63A 146LA 1PQOA 1L12A 198LA 145LA 130LA 217LA 2RB0X 166LA 6LZMA 3JR6A 230LA 1ZURA 1C6TA 1CUPA 183LA 1DYGA 2B70A 3HT7A 4W55A 1L06A 2RH1A 3L2XA 4I7MA 4IAPA 4W59A 3DMVA 4W54A 4EJ4A 1QT3A 1L37A 2HULA 3FADA 1G0PA 2RBPA 1CV3A 107LA 1L01A 111LA 3C81A 3NYAA 1L23A 2O7AA 176LA 1CU5A 1KNIA 1P5CA 2B74A 3F9LA 143LA 3CDVA 2B6WA 190LA 1QSBA 235LA 128LA 1I6SA 258LA 1L19A 184LA 1CTWA 1CV6A 2IGCA 1LLHA 218LA 1KW5A 148LE 1L85A 1C61A 2RBRA 1L70A 1L51A 3OE8A 1L58A 1L64A 142LA 3PBLA 4I7SA 1P3NA 1L43A 233LA 2RBSA 1L87A 254LA 1QTZA 1PQMA 1CV0A 149LA 1QTBA 212LA 3HH6A 1KW7A 253LA 1C6NA 118LA 3V2WA 1CU6A 216LA 1G0QA 1L82A 248LA 1P2LA 1XJUA 2NTGA 1QUGA 2RBQA 2B6XA 2OE4X 210LA 119LA 2OTYX 226LA 1PQJA 1L08A 241LA 3DMXA 5I14A 126LA 140LA 3RZEA 1D2WA 1T8GA 1D9WA 4W53A 3G3XA 1D3JA 1LI6A 3CDTA 1P56A 4ARQA 1C6QA 260LA 3G3WA 182LA 240LA 200LA 1L47A 1C6FA 1L41A 102LA 144LA 1CU2A 2QB0B 3HTGA 3RUNA 174LA 181LA 1C64A 131LA 3HUQA 3DMZA 1L36A 1L74A 2LC9A 4EKSA 1CX6A 3DN2A 3HH4A 259LA 4YXAC 1L32A 3OE6A 104LA 125LA 1JTNA 2OU0X 3VW7A 261LA 4ZPUA 3D4SA 1L71A 4LDOA 3DNAA 1QTHA 1SX7A 1L67A 4W51A 242LA 1L86A 1L26A 4LZMA 4DAJA 1L65A 1G0MA 3C8SA 3UONA 2NTHA 1C66A 1L91A 1G0KA 3DN4A 165LA 5LZMA 1L45A 211LA 1CV4A 1G0GA 3C8RA 3HDFA 1ZYTA 3SB5A 3HTFA 2O79A 3DN8A 1LGUA 3PDSA 1L94A 1LI3A 3HU9A 138LA 232LA 1L98A 1L55A 3LZMA 1LYEA 1L89A 2RB2X 1L48A 2RBNA 201LA 1C6EA 103LA 3GULA 2OEAX 249LA 262LA 3HT8A 1L57A 1C6JA 2RAZX 1L95A 3HH3A 4S0WA 139LA 185LA 2B75A 4YXCA 1L31A 112LA 1C69A 1L90A 150LA 1QTVA 159LA 120LA 4I7QA 1L10A 2OTZX 4I7TA 1L44A 1L22A 3EMLA 1L60A 187LA 4ARPA 206LA 2LCBA 4ARQB 1DYEA 1L15A 3SBAA 1G1VA 4DKLA 2B6TA 1LYIA 2RBOA 1QTDA 3C82A 1OVHA 161LA 4EPFA 4LDEA 1NHBA 1CX7A 3SN6R 1L33A 1QT7A 2L78A 3C83A 2Q9DA 3SB6A 225LA 3GUPA 1L39A 1LYGA 3ODUA 4GRVA 114LA 3HU8A 4ARLA 1L97A 1L93A 1L11A 4EPIA 1L0KA 109LA 164LA 1L73A 1OWZA 1L88A 1QSQA 3L64A 1CV5A 199LA 1C6AA 1L59A 244LA 1L27A 256LA 2B6ZA 3SB7A 2B6YA 180LA 1QUOA 4I7LA 1QT5A 1PQKA 3SB8A 1L56A 247LA 1LPYA 4EKPA 3HTBA 197LA 1OVJA 3C7YA 1L40A 1T6HA 1C67A 2F47A 169LA 137LA 2HUMA 192LA 1DYFA 1T97A 1L42A 3C80A 1D3NA 1C6MA 1DYAA 3GUNA 4W58A 1LYJA 252LA 1L02A 1D2YA 113LA 228LA 3CDOA 160LA 1QT6A 1CV1A 1SWYA 177LA 239LA 1L62A 1KY0A 1TLAA 162LA 163LA 3GUOA 214LA 3HT9A 238LA 257LA 1SSWA 223LA 1C6KA 3DN0A 4EKQA 245LA 2A4TA 2CUUA 2Q9EA 1QS5A 151LA 3FI5A 4ARMA 1L46A 4LDLA 3C8QA 1C6GA 1CU3A 243LA 1LWGA 1LGXA 2B7XA 4DJHA 2QARC 3SBBC 231LA 1CU0A 1QS9A 186LA 1G07A 1L35A 220LA 224LA 4W57A 1SSYA 1L53A 205LA 1QT4A 1C6BA 1L75A 2ANXA 1L99A 170LA 1B6IA 1L52A 1G1WA 1L20A 3V2YA 1L07A 1L24A 1LWKA 1L81A 172LA 4OO9A 1L38A 1C6CA 1L16A 2OU9A 3G3VA 3GUKA 1L68A 3DN3A 227LA 1LI2A 2O4WA 1WTHA 1G06A 1LW9A 1L25A 4W56A 250LA 147LA 3HH5A 1C65A 1T8FA 4EKRA 1P46A 3C7WA 1K28A 1KY1A 1L03A 1QTCA 2LZMA 4I7RA 1ZWNA 191LA 221LA 1L09A 1L76A 215LA 1L28A 3DN6A 3CDQA 1L0JA 1L77A 2B72A 1LYDA 127LA 1L84A 3C7ZA 3GUIA 1L72A 2ANVA 1L69A 1JTMA 178LA 1L30A 229LA 255LA 236LA 1T8AA 4ARJA 1L49A 4PK0A 1C60A 1LYHA 2OU8A 1P6YA 1L83A 237LA 1C6IA 3QAKA 1P36A 1OV5A 1L14A 1LYFA 3HUKA 1P7SA 2Z6BA 1L13A 110LA 2RB1X 3DKEX 1D3FA 1L80A 3NY9A 1JQUA 1OYUA 1C68A 1KS3A 3OE0A 4EXMA 2F32A 1L17A 1L04A 108LA 1DYDA 196LA 168LA 1OV7A 3GUJA 1CUQA 4I7OA 1L79A 4K5YA 1C6LA 4ARMB 1L18A 1XEPA 1C62A 122LA 1XJTA 2OE9X 2F2QA 4W52A 1L00A 175LA 251LA 1P64A 2B73A 1L63A 4GBRB 1P37A 3NY8A 3CDRA 156LA 129LA 1OVKA 1PQDA 3HDEA 155LA 4I7NA 1QUHA 4PJZA 1L05A 1L29A 1L66A 4I7JA 213LA 3HTDA 1L34A 1L96A 1P2RA 189LA 3FA0A 1C6PA 3OE9A 3K2RA 4I7PA 4YX7C 1QT8A 234LA 1SX2A 3DN1A 123LA 115LA 1G0JA 7LZMA 141LA 1C6HA 2HUKA 1SWZA 195LA 3HT6A 1LGWA 222LA 167LA 152LA 1EPYA 1L92A 1OWYA 2RAYX 157LA 3F8VA 1L61A 209LA 1L50A 3HWLA 1DYCA 246LA 3SB9A 1L21A 188LA 1QUDA 3HUAA 4AQNA 158LA 219LA 1CVKA 171LA 1L54A 1DYBA 173LA 4E97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXKA 1LMTA 3GUMA 1PQOA 1B5UA 1BWIA 5KXSA 1UC0A 2RB0X 166LA 1FLUA 1IWWA 1LSGA 3RNXA 5F9XA 3L2XA 4I7MA 4IAPA 2MECA 2BQAA 4LT0A 1QT3A 4XJHA 3TXEA 1CV3A 2I25L 1D6QA 1C46A 1AM7A 4EOFA 1L23A 1P5CA 5KXWA 3CDVA 4YEMA 2B6WA 4G49A 1GXV2 190LA 4R0FA 5C6JA 1CKFA 128LA 1I6SA 258LA 1OUDA 2MEGA 5LXWA 1LZ4A 4ANRA 1KW5A 5APCA 1GF4A 2RBRA 4ETAA 3OE8A 4NSIA 3PBLA 4H9EA 5I4YA 1QTZA 149LA 1LJ3A 3N9CA 2YSSC 4C3WA 2WARA 216LA 1LSPA 1KXYA 1AT5A 4NGIA 2OE4X 1L08A 1GB9A 1IOCA 5A3EA 2RSCA 1GEVA 4W53A 3G3XA 1WVUA 1A2YC 182LA 5D5FA 1KXWA 2HEEA 200LA 1GF6A 1L41A 4M6DA 1I1ZA 2BQLA 102LA 4G4BA 2DQFC 1V7SA 2C8PA 3RUNA 181LA 1BVXA 2LC9A 1UICA 1GBZA 1IEEA 4II8A 1CX6A 4YXAC 1JTNA 4CJ2A 4QDNA 3D4SA 4MSTA 1IVMA 1LMAA 4HPEA 3DNAA 1QTHA 3RW8A 194LA 4I8SA 1FLWA 2I26L 6LYZA 2LZTA 1UIGA 165LA 1G0GA 3HTFA 3DN8A 3PDSA 2HUBA 3B0KA 1GWDA 3HU9A 1WQPA 2DQHY 2BLXA 2DQCY 1L48A 1C6EA 2OEAX 262LA 2HEDA 1IO5A 3OJPA 2B75A 4YXCA 112LA 1OQMA 5EBHA 159LA 1LZTA 4ARPA 4ARQB 1VAUA 4ETBA 1VDPA 2FYCA 1CJ6A 4PPOA 3WL2A 4EPFA 1GB6A 1YANA 3WPLA 1GB2A 1QT7A 1LJKA 3C83A 3SP3A 2F4GA 3GUPA 3ODUA 1VDTA 114LA 3W6FA 2IFFY 3HU8A 4XYYA 2Y8PA 1L0KA 4HV2A 1OWZA 1QSQA 1CV5A 1GE3A 244LA 3J4GA 1LHMA 180LA 4ETCA 1LZ8A 1GB7A 3B0OA 4EKPA 197LA 1OVJA 1T6HA 1GDXA 1C67A 1EQ4A 1LSMA 1LZEA 3A8ZA 3IJUA 3N9EA 169LA 137LA 3LN2A 1C6MA 1JKBA 4W58A 1LYJA 1REMA 1JSFA 1SWYA 1F6SA 1KY0A 2YVBA 162LA 4FDYA 4H92A 5M1YA 214LA 238LA 223LA 1C6KA 4EKQA 5KKJA 2CUUA 1OP9B 4N1EI 1LCNA 4IJ4A 3TMWA 1AZFA 3B6LA 1RCMA 2B7XA 1WTNA 186LA 1L35A 4C5FA 1OUIA 1QT4A 2ANXA 1L99A 5F9UA 1L20A 1D0KA 4PJ2C 3V2YA 1L24A 1B7OA 1HEMA 5DN4A 1L16A 3GUKA 1LI2A 1OUEA 2GV0A 4ET8A 2O4WA 1WQRA 4NG1A 4W56A 1KXXA 3HH5A 4EKRA 1K28A 3CT1A 1PZYA 1VFBC 3CSQA 4KL7A 1L03A 5J7CA 2A7DA 191LA 2MEFA 1L09A 1IP7A 1RJCB 2XJWA 1E8LA 1J1OY 1L0JA 1L77A 5KXZA 4HV1A 1NQIA 1REXA 2EQLA 1WQNA 1L69A 1JTMA 1CJ7A 2ZNXY 4QGZA 3QE8A 178LA 1L30A 4WM2A 236LA 1BB4A 2HECA 1P6YA 237LA 1G7MC 1L14A 1BWHA 4KPMA 4LFXA 3TXKA 3NY9A 2RB1X 3WU7A 4TSBA 1D3FA 1L80A 1LSDA 4PHIA 4MCKA 4CHXA 1JQUA 4EXMA 2F32A 1XGQC 1IWXA 3BKVA 1DYDA 4I7OA 4R6CA 4NGKA 4CFOA 3P64A 2DBTA 1C6LA 3TMXA 4NEBA 1LAAA 1LSNA 1XJTA 2F2QA 1L00A 1L63A 1LJ4A 3NY8A 3CDRA 156LA 129LA 4PJZA 1L66A 3E3DA 1DI5A 5B07A 213LA 3HTDA 3TXFA 1P2RA 4H9BA 4RW2A 3W6CA 3K2RA 3DN1A 1YL0X 5KY1A 3OK0A 7LZMA 141LA 1C43A 1LGWA 1LJNA 4GCDA 5KXTA 1GBOA 1NDMC 1NWGA 1BWJA 4XJGA 5LVJA 1L61A 1HEWA 2H9JA 4H90A 246LA 5HNLA 1G7LC 4XADA 1CVKA 1LMQA 1L54A 4N1CC 4GCEA 3CQLA 3HFMY 4DQJA 198LA 1L12A 5FSTA 217LA 1REZA 5I54A 2ZILA 230LA 4H9HA 3VWOA 3HT7A 1EQ5A 1LZ5A 5II3A 1BB6A 9LYZA 2HULA 1G0PA 1GEZA 1NKHA 1GBSA 4DD7A 1UIAA 1L01A 3NYAA 3AZ4A 176LA 1CU5A 3F9LA 5KXPA 3ZEKA 143LA 235LA 2HU3A 1LSEA 1LZ9A 1CTWA 4GCFA 5KJ9A 1LLHA 218LA 1LJHA 148LE 1B2KA 1L51A 1GDWA 1L64A 2HEAA 4UWUA 2G4PA 4XN6A 1HC0A 233LA 1L43A 3WULA 4GLAA 1GFAA 3LYOA 4NG8A 1CV0A 3HH6A 212LA 1C6NA 1OUJA 4A7DA 3V2WA 1CU6A 4NWEA 2CJLA 1B5WA 1P2LA 1PS5A 1GBXA 1XJUA 2NTGA 3A3QA 1JHLA 1QTEA 4ETDA 3TXHA 3WW6A 3CT0A 3RZEA 1D2WA 1VEDA 4HTQA 4G4HA 5T3FA 4CFPA 1LI6A 1IR8A 3P4ZA 1Z55A 3A6CY 260LA 3G3WA 1B5YA 1IORA 4YENA 1GFUA 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2LZ2A 4ARMA 4HTNA 2W1YA 3WUMA 1L46A 1HFXA 4LDLA 7LYZA 3C8QA 1BB5A 4H8ZA 1LWGA 1LGXA 4H8XA 1L53A 1C6BA 1B6IA 3HBHA 2I6ZA 1L07A 1J1XY 3B0IA 1L81A 4OO9A 1IP5A 1LKRA 1JKCA 2OU9A 3G3VA 3AZ5A 5IDDA 1LZBA 1WTHA 1LW9A 1P46A 4NFVA 1YILA 2D91A 4I7RA 3WU8A 1TAYA 4DYGA 1GF8A 1B7RA 215LA 2B72A 1IY4A 127LA 3C7ZA 1GFKA 1QTKA 229LA 255LA 1LZ1A 4ARJA 1FKQA 1LKSA 2ZYPA 4WMGA 5KXNA 3QAKA 1OV5A 4WG7A 1F10A 1LYFA 1P7SA 3G3BB 2Z6BA 4NSGA 1OYUA 2MEBA 3OE0A 1L17A 1L04A 108LA 1G7IC 168LA 4H9FA 1CUQA 5ILCA 1L79A 4K5YA 5IELA 1IOTA 1L18A 2H5ZA 1HMLA 2ZWBA 4WM3A 2OE9X 251LA 1UIFA 8LYZA 5LVGA 1OVKA 1PQDA 2Z12A 155LA 5I5QA 4XJBA 1LOZA 1HERA 1HEPA 189LA 1C6PA 4YX7C 1QT8A 1SX2A 2XTHA 2ZYCA 1G0JA 3HT6A 1YAOA 222LA 1UACY 4N0JA 3CSRA 2W1XA 4OWEA 4TTDA 1GF3A 2RAYX 2A7FA 1IC5Y 5HMJA 157LA 1LSFA 1YAQA 1GFJA 3WYHA 1L21A 3TXIA 3HUAA 2H9KA 1YKXX 4Z46A 158LA 4HJVA 171LA 3WU9A 3M18B 173LA 1DPWA 1C6DA 2OE7X 1C63A 146LA 1SLYA 1GB0A 145LA 1BB7A 130LA 1YL1X 6LZMA 2YBNA 1C6TA 2YBMA 1JJ3A 1BQLY 183LA 1DYGA 1SQ2L 2B70A 3M3UA 4J0LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXK A;  1LMT A;  3GUM A;  1PQO A;  1B5U A;  1BWI A;  5KXS A;  1UC0 A;  2RB0 X;  166L A;  1FLU A;  1IWW A;  1LSG A;  3RNX A;  5F9X A;  3L2X A;  4I7M A;  4IAP A;  2MEC A;  2BQA A;  4LT0 A;  1QT3 A;  4XJH A;  3TXE A;  1CV3 A;  2I25 L;  1D6Q A;  1C46 A;  1AM7 A;  4EOF A;  1L23 A;  1P5C A;  5KXW A;  3CDV A;  4YEM A;  2B6W A;  4G49 A;  1GXV 2;  190L A;  4R0F A;  5C6J A;  1CKF A;  128L A;  1I6S A;  258L A;  1OUD A;  2MEG A;  5LXW A;  1LZ4 A;  4ANR A;  1KW5 A;  5APC A;  1GF4 A;  2RBR A;  4ETA A;  3OE8 A;  4NSI A;  3PBL A;  4H9E A;  5I4Y A;  1QTZ A;  149L A;  1LJ3 A;  3N9C A;  2YSS C;  4C3W A;  2WAR A;  216L A;  1LSP A;  1KXY A;  1AT5 A;  4NGI A;  2OE4 X;  1L08 A;  1GB9 A;  1IOC A;  5A3E A;  2RSC A;  1GEV A;  4W53 A;  3G3X A;  1WVU A;  1A2Y C;  182L A;  5D5F A;  1KXW A;  2HEE A;  200L A;  1GF6 A;  1L41 A;  4M6D A;  1I1Z A;  2BQL A;  102L A;  4G4B A;  2DQF C;  1V7S A;  2C8P A;  3RUN A;  181L A;  1BVX A;  2LC9 A;  1UIC A;  1GBZ A;  1IEE A;  4II8 A;  1CX6 A;  4YXA C;  1JTN A;  4CJ2 A;  4QDN A;  3D4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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