1XJUA

Crystal structure of secreted inactive form of p1 phage endolysin lyz
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
158
structure length
156
Chain Sequence
RTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNGVTPGVRKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKWAQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage p1
publication title Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 50
structure length 156
sequence length 158
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xjuA00
1C6CA 1LPYA 210LA 1C6JA 4W53A 1QUGA 1L55A 1LLHA 1SSYA 126LA 2L78A 1L30A 3DMVA 3HTDA 2OU9A 227LA 2OU0X 205LA 1KNIA 1L84A 4YXCA 1L29A 220LA 243LA 1DYCA 1D3JA 1L64A 3FADA 4EPIA 252LA 1KS3A 152LA 1L54A 240LA 127LA 4LDLA 3HTBA 4ARQA 102LA 2B72A 1C69A 1L51A 181LA 1OWYA 2B6YA 1CU3A 1L69A 1L15A 1QT5A 3HDFA 1JTNA 1P6YA 195LA 233LA 258LA 2ANXA 1QTVA 3HT6A 197LA 256LA 1T8AA 3CDRA 1P56A 3C80A 259LA 3DN2A 1T8GA 1L99A 188LA 1CU5A 4EJ4A 6LZMA 1DYEA 176LA 1D9WA 3C7ZA 1C6KA 1C6HA 1L41A 209LA 234LA 1B6IA 1QTZA 1T6HA 3GUNA 4W58A 1PQKA 1LYHA 250LA 3CDTA 125LA 1P3NA 4ARPA 4W55A 1PQIA 4S0WA 1SX7A 1QS5A 3PDSA 245LA 3GUKA 1C6PA 1LW9A 1L88A 4I7QA 190LA 260LA 1C60A 1QT3A 222LA 219LA 149LA 1QSBA 1D2YA 1L08A 1QUOA 4I7RA 1OYUA 1L86A 1L26A 142LA 1QUDA 1L07A 1L56A 5LZMA 251LA 2HUMA 1KW5A 174LA 249LA 1DYAA 1C6MA 1L96A 1JQUA 1T97A 4ZPUA 3OE8A 3G3WA 1SWZA 2B75A 1L50A 1G0MA 3C7WA 1DYFA 4LZMA 3HWLA 3C82A 2B6XA 2RAYX 1L48A 1C6IA 3DKEX 1ZURA 1LGUA 3SB5A 4YX7C 1C67A 119LA 3DMXA 3C83A 1C6QA 151LA 155LA 4E97A 1L62A 1DYDA 1L37A 1C6DA 129LA 3HUKA 3GUMA 156LA 261LA 1ZWNA 1L74A 2CUUA 139LA 3HU8A 3NY8A 1L04A 3PBLA 1P36A 3OE0A 2RB0X 236LA 1L89A 1LYDA 4W51A 1L13A 1L71A 118LA 1QTDA 241LA 3DN6A 3G3VA 1G07A 1LI3A 225LA 2Q9EA 4I7KA 1L61A 246LA 2HULA 1CX6A 4EPFA 182LA 1L40A 4IAPA 1L03A 1G0GA 3HT9A 4W57A 120LA 1L98A 3VW7A 1PQOA 1LYGA 1P2RA 1C6AA 1L39A 3UONA 231LA 3GUIA 178LA 1PQDA 4EKRA 1CV6A 4I7LA 1CVKA 2O7AA 1D2WA 1D3MA 114LA 1L17A 2OTZX 3GUPA 108LA 1C61A 1L28A 1L66A 1L94A 1L79A 3SB8A 1OWZA 110LA 111LA 187LA 3LZMA 1CTWA 1L42A 1L76A 3CDQA 3GUOA 1L01A 3C7YA 1L73A 3V2YA 1LYJA 262LA 200LA 1P46A 2B6ZA 1LWGA 4W52A 1G0KA 1C6TA 1L70A 2F32A 1CU0A 1OV7A 184LA 1C6GA 1G0JA 1LI2A 1XEPA 1L36A 255LA 1XJTA 2RH1A 1L20A 3DN8A 4YXAC 1C63A 2B7XA 3C81A 148LE 232LA 2B6TA 172LA 2OTYX 1G0PA 3OE6A 138LA 1L57A 2HUKA 2OE4X 4W56A 1CV5A 123LA 1L02A 2F2QA 2RBSA 3DN3A 1L90A 1G1VA 2NTGA 113LA 3DN0A 1L63A 3EMLA 211LA 3DN1A 196LA 1LYIA 1C6FA 1QT8A 2QARC 3GUJA 3F9LA 164LA 3C8QA 1L22A 1L47A 3QAKA 3F8VA 1EPYA 4PJZA 1L33A 2RBOA 223LA 3DNAA 122LA 145LA 1CU2A 2RBRA 168LA 166LA 189LA 1L45A 4EKSA 2OE9X 2A4TA 1CV4A 1LI6A 161LA 4EKQA 167LA 248LA 1QT4A 1L27A 7LZMA 183LA 1L92A 1D3FA 1L58A 1KY0A 1QTHA 1SX2A 1LGWA 1C66A 1OVJA 1LYEA 107LA 1L14A 4AQNA 3L2XA 214LA 3HH3A 253LA 4I7JA 238LA 1L91A 2OU8A 239LA 199LA 242LA 3RUNA 3SN6R 2B70A 162LA 206LA 2QB0B 1QUHA 1C6BA 1KY1A 3NYAA 1CU6A 171LA 109LA 2Z6BA 2F47A 2O4WA 1D3NA 2RBNA 185LA 1L53A 4I7PA 1C65A 4GBRB 1XJUA 2O79A 4ARQB 1C64A 3DN4A 226LA 2B73A 1K28A 1L35A 1L59A 1PQJA 4ARMB 1L93A 3G3XA 131LA 1L97A 141LA 3SB9A 115LA 1L34A 1L44A 1L68A 1L67A 3HTFA 143LA 1L16A 1L87A 218LA 2IGCA 130LA 5I14A 2RBPA 3HDEA 2OE7X 224LA 3HTGA 1LYFA 1T8FA 1L80A 2LZMA 4LDEA 192LA 247LA 146LA 3HT8A 237LA 3L64A 1OV5A 3FI5A 157LA 4K5YA 1OVHA 2RBQA 1QT6A 201LA 180LA 1L10A 4ARJA 4I7NA 1CV3A 3SBBC 4W54A 1L24A 1CUPA 4I7TA 4EXMA 3HH4A 2ANVA 1QTCA 104LA 3K2RA 4ARMA 4I7OA 186LA 1C62A 1L32A 1L0KA 1L05A 1ZYTA 1DYGA 1L12A 3D4SA 1DYBA 112LA 1L95A 3FA0A 3HU9A 257LA 4GRVA 1WTHA 140LA 160LA 2OEAX 3OE9A 3V2WA 1NHBA 4LDOA 4DAJA 103LA 3HH6A 1KW7A 3ODUA 3HH5A 1L52A 4OO9A 2RB2X 1L46A 1OVKA 4EKPA 1L81A 1L85A 1L11A 3C8SA 1G0LA 1L65A 228LA 2B6WA 1G06A 215LA 1QS9A 1P2LA 213LA 216LA 1LGXA 2B74A 1CV0A 4I7SA 1P64A 150LA 1L00A 2RB1X 175LA 1CX7A 144LA 3CDVA 177LA 1CV1A 1P5CA 3SB7A 1L25A 1L0JA 1L31A 1QT7A 1TLAA 2NTHA 2RAZX 158LA 3RZEA 191LA 1PQMA 235LA 4I7MA 1QTBA 1L83A 1L60A 3JR6A 1I6SA 1C6NA 4ARLA 2Q9DA 128LA 1C6LA 1C68A 1L82A 173LA 163LA 1L75A 4DKLA 1L43A 198LA 159LA 1L19A 254LA 3CDOA 4DJHA 3HUAA 1LWKA 212LA 2LC9A 170LA 165LA 217LA 4PK0A 1L21A 3C8RA 1L09A 1QSQA 1L77A 4W59A 1SSWA 3SBAA 1G0QA 147LA 3SB6A 229LA 3NY9A 3GULA 3DMZA 1L06A 1L49A 244LA 1G1WA 3HUQA 1P37A 2LCBA 1L38A 1P7SA 1C6EA 1CUQA 230LA 1L18A 137LA 1JTMA 221LA 1L23A 169LA 1L72A 1SWYA 3HT7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ2A 1GFKA 4KXIA 126LA 1L30A 3BKVA 3HTDA 227LA 3P65A 205LA 3IJUA 4G49A 3J6KA 1L29A 4DDBA 4ZIXA 1J1XY 1LZRA 3FADA 4X3BA 1LJHA 3G3AB 1CKDA 1KS3A 127LA 1ZMYL 5L3HA 2HECA 3FI7A 1L51A 1OWYA 1H6MA 3LHMA 1LJKA 1CU3A 4RLNA 4WMGA 1QT5A 3QE8A 5F14A 258LA 1QTVA 1HSXA 197LA 4NGVA 4OWCA 1LHJA 2LYMA 4LFPA 4GN5C 1JJ3A 1J1PY 1P56A 4G9SA 3AGIA 1N4FA 4EJ4A 1DYEA 6LZMA 4WLYA 1C6KA 4NY5A 4GCFA 1T6HA 1LMOA 3GUNA 194LA 1LYHA 1LMNA 4PGJB 3WUAA 1GB0A 1GB9A 4IATA 1YROA 1C6PA 4I7QA 4EMNA 4NGYA 1WQOA 1OUGA 1YIKA 1L56A 1CJ7A 2BQOA 2HUMA 1KW5A 1LZAA 249LA 1LJJA 1C6MA 1GDXA 4AXTA 1IWZA 2BQDA 1JQUA 2H9JA 5FSTA 3TXKA 3OE8A 5APDA 3G3WA 1L50A 1IEEA 4LZMA 3WH1A 2B6XA 2RAYX 1GF9A 1L48A 1C6IA 2DQEY 3VWOA 1XGUC 1C67A 1LJNA 2YBLA 5DN5A 1LHHA 1C6QA 4ML7A 129LA 1KIQC 261LA 4GN3A 2DQCY 1IP3A 4RDSA 1P36A 4WM6A 2RB0X 5HMJA 1L89A 1LYDA 1L13A 1UIFA 246LA 1GE0A 1CX6A 4EPFA 3GXKA 1LSGA 3HT9A 2F30A 2G4QA 3B6LA 1B5UA 120LA 3VW7A 1GEVA 1LYGA 1C6AA 4WM5A 3TMXA 1GF6A 1LMCA 178LA 4H9CA 1RJCB 4Z41A 2Z37A 5I4XA 1B5XA 2ZNXY 2HU3A 1L66A 5KY1A 4XN6A 3SB8A 4XADA 4Z46A 1LZ5A 5LAFA 1MLCE 1TBYA 3GUOA 1L73A 1LYJA 2BLXA 1DI4A 4OWEA 1JTTL 4W52A 4HP0A 1G0KA 1KXYA 4DD7A 1C6GA 1G0JA 1LI2A 1XEPA 1L36A 1XJTA 3DN8A 1VFBC 2B7XA 2XQOA 5F9UA 3CSRA 2OTYX 1HEMA 3IWRA 1G1VA 1L90A 3DN0A 4MR1A 4UWVA 1L63A 3EMLA 4GLVA 4NWEA 1LYIA 3TXBA 3GUJA 4QY9A 3BKHA 1IP1A 4CHXA 5C6IA 4B0DA 3QAKA 3F8VA 4PJZA 1L33A 3DNAA 5APFA 1LSMA 2RBRA 1L45A 4EKSA 2A4TA 161LA 4H9EA 183LA 2HTXA 2BQJA 1EQEA 1SX2A 5LYMA 238LA 3W6BA 1IWUA 1L91A 1IR8A 3TXHA 3WW6A 1LSEA 4PPOA 1VDQA 1C6BA 1CU6A 4ETBA 4ETCA 1G7HC 3WU8A 1D3NA 1IY4A 2RBNA 1FLYA 1HFZA 4ZFPA 4ARQB 4DC4A 1FLWA 1C64A 2BQMA 1DPXA 2B73A 4NHSA 2MEHA 4ETEA 1WVVA 1D6PA 4ARMB 4OWAA 1L67A 1L16A 2YBJA 5I14A 1IC7Y 2RBPA 5C6JA 1LYFA 1L80A 2LZTA 4NSIA 3HT8A 4WM3A 1EQ5A 5B06A 4UWUA 3M3UA 157LA 180LA 4ARJA 1LJ3A 4I7NA 1GB8A 3SBBC 4W54A 1CUPA 4R6CA 1REYA 2ANVA 1QTCA 2YBIA 104LA 7LYZA 5ILCA 4CGEA 1LHKA 3A34A 1QQYA 1TEWA 1L12A 3D4SA 1DYBA 2XJWA 1L95A 1GE2A 140LA 3OE9A 2BQFA 4GCDA 1NHBA 1B7QA 4DAJA 103LA 4W96A 1B7RA 3ODUA 3HH5A 5KXRA 4RLMA 1L46A 3B0IA 1OQMA 1UIEA 3A95A 4GCBA 1UIAA 1G0LA 228LA 1BB5A 2B6WA 1LYOA 4E3UA 1QS9A 4I8SA 4YEOA 1KIPC 3LYTA 3WUMA 2B74A 1BB4A 1LZ1A 3RT5X 3CDVA 1P5CA 1L25A 1L31A 1TLAA 4QEQA 1GF4A 158LA 1QTBA 5B59A 128LA 4H93A 1C68A 173LA 4DKLA 1AZFA 198LA 1LHLA 4GLAA 1LWKA 212LA 170LA 1C7PA 2C8OA 1B7SA 4A7DA 3C8RA 4H9AA 4N1EI 5IDDA 147LA 1IP6A 1JISA 2ZYCA 5ILFA 3D3DA 1L49A 244LA 5L3IA 1L38A 137LA 4DYGA 1G7LC 4WO9A 3WMKA 5LVHA 1SWYA 4N0JA 1LPYA 1YANA 1JJ1A 4W53A 2CDSA 1QUGA 1L55A 1LLHA 1SSYA 4M4OA 2G4PA 2HEEA 5F9XA 3WXUA 1C08C 1REZA 4KT3A 1KNIA 3A6BY 1B7PA 3EO5A 1DYCA 1D3JA 3RNXA 252LA 1L54A 240LA 4J1AA 5DL9A 5B07A 4LT0A 4ARQA 102LA 4G4CA 2DQJY 4NWHA 1IC4Y 3ZVQA 1L15A 1P6YA 4LYTA 3P4ZA 233LA 1CJ6A 4BAFA 5KKIA 2Z18A 1VDPA 4H90A 3HT6A 1GFEA 1T8AA 1GB6A 4WOAA 4YF2A 3CDRA 2ZNWY 1T8GA 188LA 1CU5A 2EKSC 4NHIA 176LA 3C7ZA 1GB5A 2BQIA 1LJIA 2IHLA 3IJVA 1DQJC 1YAMA 3CDTA 125LA 1LZ4A 1T3PA 4ARPA 2LYZA 3LYZA 4S0WA 1LZYA 5D5CA 1NDMC 245LA 2I25L 3GUKA 4J7VA 4XJBA 1LW9A 1XGRC 3A94A 4ET8A 2DKVA 260LA 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1KY0A 1LYEA 107LA 1UIBA 2ZQ4A 2RSCA 5K7OA 3CSQA 253LA 4I7JA 1I56A 3N9CA 2OU8A 199LA 3TXIA 3RUNA 2B70A 1V7TA 2Z6BA 4B49A 4XJFA 153LA 185LA 1O23A 2O79A 3DN4A 1DZBX 226LA 1NQIA 1LKRA 2YSSC 1L59A 5T3FA 1V7SA 141LA 115LA 1L34A 3W6EA 3HTFA 4TSBA 2IGCA 130LA 3A3QA 4BS7A 1OUEA 4H8YA 1HFYA 1B7LA 224LA 3HTGA 2LZMA 1T8FA 4NSJA 4LDEA 192LA 4B1AA 5KXZA 1YKZX 1H87A 1OVHA 5B1FA 4WM2A 2RBQA 5KXWA 2HEBA 1NBZC 2PC2A 4I7TA 4WG1A 1LSYA 5FDJA 4N1CC 186LA 1C62A 1DPWA 1L0KA 1HENA 1OP9B 1DYGA 2ZILA 112LA 135LA 1WTHA 2Z2EA 160LA 4GCCA 4BADA 2BPUA 5HLLA 5KXXA 1DI5A 4H9FA 1KW7A 1JKAA 4O34A 4DD1A 4NGWA 4OO9A 4NGJA 1IC5Y 1AT6A 2MEAA 1YL0X 4HPIA 1L65A 4PJ2C 3W6FA 4H9HA 215LA 1P2LA 4WL7A 1LGXA 4HV1A 4I7SA 4BAPA 1L00A 2LHMA 2RB1X 175LA 1CX7A 4G4HA 1BWHA 2FBDA 1CV1A 4HTQA 1L0JA 1LZDA 2NTHA 4HTKA 1JEFA 1L60A 3JR6A 1I6SA 1C6NA 2DQAA 4ARLA 1HMKA 3AJNA 6LYTA 1IP7A 3QY4A 159LA 254LA 4DJHA 3QNGA 165LA 1RI8B 2HU1A 4PK0A 1L21A 1C43A 1D0LA 4W59A 1SSWA 229LA 3ZVQB 1LSNA 4MSTA 1L06A 1P37A 5DLAA 1UICA 2YVBA 5LIOA 1C6EA 3MGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJ2 A;  1GFK A;  4KXI A;  126L A;  1L30 A;  3BKV A;  3HTD A;  227L A;  3P65 A;  205L A;  3IJU A;  4G49 A;  3J6K A;  1L29 A;  4DDB A;  4ZIX A;  1J1X Y;  1LZR A;  3FAD A;  4X3B A;  1LJH A;  3G3A B;  1CKD A;  1KS3 A;  127L A;  1ZMY L;  5L3H A;  2HEC A;  3FI7 A;  1L51 A;  1OWY A;  1H6M A;  3LHM A;  1LJK A;  1CU3 A;  4RLN A;  4WMG A;  1QT5 A;  3QE8 A;  5F14 A;  258L A;  1QTV A;  1HSX A;  197L A;  4NGV A;  4OWC A;  1LHJ A;  2LYM A;  4LFP A;  4GN5 C;  1JJ3 A;  1J1P Y;  1P56 A;  4G9S A;  3AGI A;  1N4F A;  4EJ4 A;  1DYE A;  6LZM A;  4WLY A;  1C6K A;  4NY5 A;  4GCF A;  1T6H A;  1LMO A;  3GUN A;  194L A;  1LYH A;  1LMN A;  4PGJ B;  3WUA A;  1GB0 A;  1GB9 A;  4IAT A;  1YRO A;  1C6P A;  4I7Q A;  4EMN A;  4NGY A;  1WQO A;  1OUG A;  1YIK A;  1L56 A;  1CJ7 A;  2BQO A;  2HUM A;  1KW5 A;  1LZA A;  249L A;  1LJJ A;  1C6M A;  1GDX A;  4AXT A;  1IWZ A;  2BQD A;  1JQU A;  2H9J A;  5FST A;  3TXK A;  3OE8 A;  5APD A;  3G3W A;  1L50 A;  1IEE A;  4LZM A;  3WH1 A;  2B6X A;  2RAY X;  1GF9 A;  1L48 A;  1C6I A;  2DQE Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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