The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 4JI7 K; 2F4V K; 4DR2 K; 4JI3 K; 4CW7 B; 4DV1 K; 1HR0 K; 4K0K K; 4DR3 K; 2VQF K; 4B3M K; 1FJG K; 4JI2 K; 5BR8 K; 1N33 K; 5AJ3 K; 1N34 K; 4LF5 K; 3J7Y P; 5LMN K; 2VQE K; 4DR6 K; 1N32 K; 3OTO K; 1IBK K; 4LFC K; 4YHH K; 4AQY K; 4DUZ K; 4JI8 K; 4LFB K; 4LF6 K; 2UXD K; 4B3T K; 4CVN E; 5LMU K; 4KHP K; 3J80 O; 4DUY K; 4DV4 K; 4LF7 K; 5A2Q O; 4X65 K; 4V19 S; 4DV7 K; 1HNZ K; 1IBM K; 4DR1 K; 4DV5 K; 4X62 K; 4JI5 K; 4JI0 K; 4JI4 K; 4YY3 K; 2UUC K; 3J81 O; 4JI6 K; 4B3S K; 5FLX O; 3T1H K; 4DV2 K; 1N36 K; 1IBL K; 4DR4 K; 1J5E K; 2UUA K; 1I94 K; 4LF9 K; 1XMO K; 4LF8 K; 4LFA K; 2UXB K; 5LL6 Z; 4JYA K; 4LF4 K; 4DV3 K; 4DR7 K; 1XNQ K; 2UXC K; 4OX9 K; 4B3R K; 4NXN K; 4DV0 K; 4GKJ K; 1XNR K; 3JAM O; 2HHH K; 4JV5 K; 4DR5 K; 4GKK K; 3J7A P; 2E5L K; 4DV6 K; 4X64 K; 2ZM6 K; 1XMQ K; 2UUB K; 4JI1 K; 4X66 K; 2UU9 K; 1HNW K; 3T1Y K; 4NXM K; 5IT9 O; 1HNX K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VF6 A; 3H3N O; 1EWR A; 3P83 D; 3WNG A; 4FJM A; 4G9Z A; 3OYF A; 1KRP A; 4CHY A; 3PO4 A; 4JI3 K; 1NJI O; 4F2R A; 3WNH A; 4WYB A; 1QZ5 A; 3VA0 A; 3A0I X; 3H1V X; 4DQR A; 4U67 L; 3B6P A; 3TTF A; 4CEB A; 3Q7B A; 3ID8 A; 3CCS N; 2YCH A; 4FK0 A; 2IS3 A; 4CJE A; 3PO5 A; 3AGK A; 4YHH K; 3AAP A; 3O9T A; 1U2V A; 4CFB A; 3WXI A; 1YHQ N; 3FE1 A; 4FW1 A; 2G8I A; 4LF7 K; 1BWF O; 3THV A; 1TL1 A; 4R5P A; 3L2W A; 2CGL A; 2HHT A; 4Z4I A; 4BRC A; 4K8Z A; 2GUI A; 4IWV A; 1B9F A; 4IG3 A; 4GVE A; 5AQW A; 4K42 A; 5KPZ A; 3LPU A; 3OYC A; 1Z05 A; 1RBT A; 1WSH A; 2ZGZ A; 1VQP N; 5H1S Q; 3BP8 A; 4DSL A; 4OKK A; 5SZT A; 4KHS A; 3JYT A; 1L5U A; 4CZK A; 4Z94 A; 3O1W A; 1DEJ A; 1JCE A; 1HNI A; 4KV8 A; 3RMA A; 1NGA A; 4DR4 K; 1J5E K; 3AA3 A; 1JLA A; 4H0T B; 1GLA G; 2DFF A; 1SL0 A; 3UKR A; 2HVI A; 2QWP A; 4DV3 K; 4FJI A; 3VQ4 A; 3M6G A; 1ASV A; 3O3G A; 3K9J A; 1HKG A; 2D4W A; 2KFZ A; 4MDA A; 4CJ3 A; 5F1X A; 3ALY A; 3ISN C; 4BRP A; 4CD1 A; 2IIR A; 3LDP A; 4RTF D; 1WSF A; 2HHV A; 2X74 A; 2PBD A; 4X64 K; 1KVB A; 2NUB A; 3O4N A; 2YJE A; 2J4R A; 3FZF A; 3M8R A; 1Q9Y A; 3K57 A; 4BDZ A; 2VG6 A; 5EXW A; 1C6V A; 3DXM B; 3T7Z A; 2V7Z A; 3K58 A; 1TK8 A; 4XH5 A; 2QXL A; 4O0J A; 1QQM A; 5E41 A; 4JNE A; 4G1Q A; 3SAF A; 2A6A A; 1JXE A; 3L3U A; 5GAG P; 1NMN A; 3V9W A; 4NLB A; 1NOY A; 1CZ9 A; 2B4J A; 2DFH A; 2P1J A; 3S3O A; 2G8H A; 3SMS A; 5BN9 A; 4JKG B; 3C7N A; 3QEI A; 4Y1C A; 4CJF A; 4IOX A; 5C2F A; 3A5N C; 1L3V A; 4KTW A; 3NH2 A; 4AHT A; 2NRH A; 4DKW A; 1N33 K; 4BRO A; 4FJK A; 4E7K A; 3OTO K; 5BPL A; 4BR9 A; 3NF7 A; 1RT3 A; 4MLH A; 2IVP A; 5EX5 A; 2ASO A; 2FXU A; 3O08 A; 1GLB G; 4B3T K; 1V4T A; 2QTD A; 5LY3 A; 1YF5 L; 1KFD A; 1QE1 A; 2GEL A; 2F96 A; 5JVG L; 4Z4C A; 4KB1 A; 4B1X B; 3BUZ B; 3D2E B; 2BAN A; 4O5B A; 2KTQ A; 1TUU A; 4JI5 K; 4IJA A; 3P38 A; 4E1J A; 3PY8 A; 2XY7 A; 2F8S A; 1VQ9 N; 4CIF A; 1LCU A; 4LSL A; 1TYQ A; 4DTR A; 4M41 A; 4CHO A; 2O4G A; 5AQL A; 3ENO A; 4CJ4 A; 3EEQ A; 3KD5 E; 3QEX A; 5AQF A; 1SS6 A; 1YUW A; 3HVT A; 5ADX H; 4CEE A; 3FFK B; 3GDQ A; 2HBM A; 4CJQ A; 3AVF A; 3A5L C; 1QQO A; 4FZX C; 3VF4 A; 1S5J A; 3SPZ A; 3SI6 A; 3S3M A; 4C8M A; 1XHZ A; 1WNS A; 4M3Z A; 4U7B A; 4M3U A; 4QOZ B; 1X9M A; 2G8V A; 3ZEU A; 2HMI A; 4CJU A; 4DLE A; 2Z1G A; 2ASM A; 1NM1 A; 1S72 N; 4MO5 A; 4Q0B A; 1D4X A; 3DRP A; 4C1N K; 3VEN A; 3QDK A; 4CJK A; 2W41 A; 4CHZ A; 3AVJ A; 4C1N I; 5LJW A; 1K8K A; 2P9L B; 1KLN A; 4H0V B; 5IT9 O; 4YNQ A; 2P51 A; 1HNX K; 5C0Y A; 3IAY A; 3AO2 A; 1WAF A; 3MN6 A; 3QNN A; 3TR8 A; 1KAZ A; 4IJN A; 3V9Z A; 3BF1 A; 2RHK A; 3CHW A; 3CMA N; 1S6Q A; 4ILG B; 3PUF A; 5BRF A; 3D7E O; 3TAM A; 4M42 A; 3C95 A; 4RW7 A; 2NNW A; 2VYP A; 1GLC G; 3DRR A; 1SAZ A; 4A2A A; 4DR3 K; 3OYL A; 2EHG A; 4HTU A; 4B9L A; 5LMN K; 3WXL A; 2A1R A; 4C8K A; 3TSQ A; 4DUZ K; 3A5O C; 3F9M A; 4CF2 A; 4E7J A; 4JI8 K; 4JHD A; 3RTV A; 1W97 L; 2RF2 A; 3VQ7 A; 4FK2 A; 1SKW A; 3SMP A; 4CVN E; 1RNH A; 4CGH A; 2G8W A; 3V9S A; 4QS7 A; 2HF3 A; 3HP6 A; 4HUG A; 4JK7 A; 2A5X A; 3V9X A; 3QER A; 5JS1 A; 3MEG A; 4FJL A; 2FSK A; 1R0A A; 1N8R O; 3T1A A; 3ZT3 A; 4F2S A; 3NF8 A; 4FWO A; 2OPR A; 1LW0 A; 4GV9 A; 4JI6 K; 1TUY A; 4FPA A; 3PSI A; 3QFP A; 3KK1 A; 1S3X A; 4O55 A; 4B9N A; 3OS0 A; 5AQN A; 3K59 A; 4GY2 B; 4BG9 A; 1GOA A; 1I94 K; 4ILJ A; 3VEX A; 3S9H A; 3PV8 A; 4LFA K; 4IEI A; 5BPM A; 4DR7 K; 3O4Q A; 3H1Q A; 4CGJ A; 3VTH A; 3SQ2 A; 4CJP A; 2NZT A; 1U48 A; 1K73 O; 1DLO A; 2EWS A; 3WT0 A; 2IVN A; 4BC4 A; 2YKN A; 3NCI A; 3UKR B; 3CC7 N; 1IO2 A; 3SUQ A; 2P9K A; 1Y64 A; 2QWN A; 1XHX A; 2E1Z A; 1Z6R A; 2E6L A; 1HMV A; 3OYK A; 3CJA A; 3DOK A; 3W0L A; 3KWG A; 3OYJ A; 4F9O A; 4CZG A; 2P9I A; 3TTD A; 4Z4H A; 4BE0 A; 1EQY A; 3OW2 M; 1XI1 A; 1VSH A; 1RT1 A; 4NO7 A; 3V4I A; 3LP1 A; 3UKU A; 3WQU A; 4FLY A; 4FJG A; 1BDG A; 1VSM A; 4CE9 A; 1M90 O; 1YJ9 N; 2OZM A; 2X78 A; 3SQ0 A; 5CYQ A; 2GBZ A; 1HKC A; 2QW9 A; 2D0O A; 4FM1 A; 1FKO A; 1J53 A; 4RW6 A; 4NYN A; 4JI2 K; 1SUQ A; 5AJ3 K; 1BO5 O; 1WAJ A; 1X1P A; 4AM7 A; 4KKO A; 1ZC6 A; 5DMR A; 2HOE A; 3OYI A; 4B1W B; 3C7N B; 2X6N A; 4LF6 K; 5LMU K; 4OPA A; 1UWB A; 1VSE A; 4DUY K; 3C6T A; 1T6D A; 4X65 K; 3SQ1 A; 3CCJ N; 4FCY A; 4DR1 K; 5J1E A; 4N56 A; 3OYM A; 2HB5 A; 1NG9 A; 3OBW A; 5BRD A; 2E88 A; 5KPR A; 4KI6 A; 3OBY A; 4JN4 A; 3F5T A; 4PA1 A; 5C24 A; 4WFA L; 3QFU A; 3SZ2 A; 5FRM A; 4ELT A; 4BR2 A; 5FLX O; 4HUF A; 4OO1 J; 4PHT X; 4KTQ A; 5AQV A; 3OYH A; 1IG8 A; 3LAN A; 3CCE N; 2DTU A; 4KI4 A; 4JRP A; 2HW3 A; 3MWP A; 3LAM A; 4B9V A; 1IKY A; 3V1Q A; 1TYQ B; 2VWJ A; 2KFN A; 4JS5 A; 4CZI A; 3SBG A; 4PWD A; 2YNH A; 4YOY A; 3WNF A; 5FPD A; 5C15 A; 3KK2 A; 5AZI A; 4Z4F A; 2HHS A; 2FSN A; 2YX6 A; 3VEV A; 5E84 A; 4CZL A; 3RR7 A; 1DT9 A; 4BWJ A; 4NXM K; 3ZEU B; 3KK7 A; 1GLJ O; 4BAC A; 4O0I A; 2OAN A; 4CHP A; 1D8Y A; 2P5O A; 3NMU A; 3VEY A; 5BN8 A; 1S1X A; 3OS1 A; 3VGL A; 4CIE A; 4CGF A; 2GEM A; 1I39 A; 1K8K B; 3SLC A; 4W5N A; 2Q0R A; 1P8Z A; 3QBX A; 2CH6 A; 4KRF A; 4CGG A; 5AQG A; 3LAK A; 3CPE A; 1IV0 A; 4IFE A; 1VSI A; 1HPZ A; 4C8N A; 1KCF A; 4CK1 A; 4B1Y B; 5CZ1 A; 1ZXO A; 2OCE A; 3DAW A; 3KLI A; 5BRE A; 4BRF A; 1G15 A; 3ENB A; 2WC9 A; 4PKG A; 4A5A A; 5C25 A; 3E1Y A; 4YOT A; 2NRW A; 4HHT A; 4FSV A; 3KWI A; 3PLA A; 1WUA A; 4RCH A; 3MED A; 3OHR A; 4FK4 A; 3O9Q A; 2V52 B; 2HND A; 4YOU A; 3ZSX A; 4BE1 A; 3VEZ A; 1HYV A; 3ZYY X; 1BQM A; 3VQB A; 3H3O B; 3ULE A; 3CCM N; 4FLV A; 1EKE A; 1BIU A; 4PL7 A; 2O8B A; 3ZET A; 1WSI A; 4DTO A; 4FWS A; 5C2D A; 5HLF A; 3CCQ N; 3EZ5 A; 1ATN A; 4FZY A; 1XNQ K; 5GAH P; 3CI5 A; 3CM5 A; 4DTJ A; 4HCC A; 3ZSY A; 3O3F A; 1ZBS A; 3QEV A; 4PUO A; 2BE2 A; 4IG0 A; 3TAB A; 2HNY A; 1C1A A; 1TKX A; 4B8A B; 5SWM A; 4KHN A; 3QLH A; 5HRS A; 1OH5 A; 4AF1 A; 1QZ6 A; 1SKR A; 2RKI A; 3C65 A; 1KC8 O; 3OYE A; 1U45 A; 1YI2 N; 1C0G A; 2YHA A; 4HVJ A; 2O8D A; 4L3Q A; 4LC9 B; 1RTI A; 1UA1 A; 2P9K B; 4CBX A; 1KFS A; 3U3Y A; 3D2F A; 4LH5 A; 3SBT A; 4IXC A; 4BR0 A; 3MN7 A; 4JI7 K; 1QTM A; 5AQI A; 5KPT A; 4BC2 A; 3KD1 E; 2NRV A; 1NKC A; 2XHB A; 3NH1 A; 2PYJ A; 2P9I B; 1ATS A; 2FBT A; 2OPS A; 1RDW X; 4DSF A; 2I5J A; 1TKT A; 5CYM A; 3SJJ A; 2VGM A; 3BZK A; 4JKH A; 3S3N A; 3ID6 A; 3KJV A; 2HHW A; 2Q36 A; 3UKU B; 4DLG A; 4TSX A; 5KI6 A; 4W5Q A; 3GBT A; 3AO5 A; 3FGU A; 4DFP A; 1YTA A; 1BA1 A; 3AV9 A; 4NLC A; 3IS9 A; 1CZA N; 2VWK A; 3I8D A; 3SAH A; 5GIO A; 4FPB A; 2DY4 A; 3AO1 A; 4DTM A; 5AQK A; 3CJC A; 4WE1 A; 1IH7 A; 5GIP A; 2BDP A; 5A2Q O; 1HYS A; 4KH4 A; 1B9D A; 4E7L A; 4I6M B; 3SUN A; 3AVB A; 1C1C A; 1ZBI A; 1DTQ A; 4CJR A; 3VES A; 3ZX2 A; 1Z25 A; 4XH4 A; 4AHS A; 4BG8 A; 3I55 N; 4KB0 A; 4B3S K; 3U4L A; 2GX9 A; 1WN7 A; 3DI6 A; 4B9S A; 3WEE A; 4W5R A; 3IUC A; 4PKI A; 3NGI A; 3NGZ A; 4CJV A; 2VG7 A; 3QBW A; 4FVU A; 1RDD A; 3SAG A; 4KHW A; 2D1K A; 3OJS A; 2FF3 B; 4FJX A; 4K8X A; 1RDC A; 5EU7 A; 3CC4 N; 4CJ5 A; 1VSJ A; 2W6L A; 4IEE A; 4LSN A; 5AQP A; 3T3F A; 4CZM A; 5JMV A; 3Q7C A; 4CJL A; 2VWB A; 4CD3 A; 3AY9 A; 4FVM A; 3HXM A; 1VQL N; 2Q3S A; 4BRE A; 3TWH A; 3AO4 A; 3QIO A; 1J54 A; 1Q82 O; 1OH8 A; 1RBS A; 4JKE A; 1T03 A; 3VN5 A; 3FZK A; 4DU3 A; 3VEO A; 4AIL C; 3C6H A; 3LP2 A; 4BC3 A; 1A5X A; 4ID1 A; 1C0T A; 2ASP A; 3HM9 A; 1OKJ A; 1EO1 A; 3M8P A; 1ESV A; 5DK5 A; 3S41 A; 5AZI B; 3PIO L; 2HST A; 1LWF A; 2RN2 A; 1YJN N; 3O8M A; 3PX0 A; 4CF8 A; 3HPH A; 3KK3 A; 3MWT A; 1WSE A; 2I7P A; 3P4I A; 1U4B A; 3V6D A; 3NFA A; 4BR5 A; 5AQY A; 4F3T A; 2ZD1 A; 1JLB A; 1OVY A; 4B1Z A; 2OTL N; 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5J2P A; 4LF5 K; 1ASU A; 3CQY A; 3MEC A; 2NRT A; 1LAV A; 1BGX T; 1U04 A; 1D9D A; 4KFB A; 1VQ5 N; 5MLC Q; 4ZHR A; 1O13 A; 3RVC A; 2A42 A; 5ELZ A; 3QIC A; 5GIN A; 3QML A; 2KZM A; 3TSP A; 1XC3 A; 1BCO A; 3TI0 A; 4KHU A; 1QQC A; 1ZBU A; 4OVL A; 3VPZ A; 1V4S A; 2E2O A; 4LD0 A; 5HRP A; 4WQ4 A; 2F7T A; 4HTL A; 2A40 A; 4CZE A; 1ATR A; 2YNI A; 4BRH A; 4HCB A; 1XWL A; 4H4M A; 2ZQB A; 1U47 A; 2Z1J A; 1P90 A; 4IDH A; 3K2P A; 1C0F A; 4YOR A; 3GE1 A; 1KAY A; 3TAR A; 3MXM A; 4ZTF A; 3RMC A; 5AQO A; 2B5J A; 2QWR A; 1TK5 A; 3WXK A; 3K5L A; 3E66 A; 1MWM A; 2UXB K; 4A59 A; 3IG1 A; 3U3G A; 2BUP A; 1L3U A; 3KKR A; 2LSN A; 4KHQ A; 1R59 O; 3EN9 A; 3NVM A; 4FOI A; 3VQ8 A; 2W40 A; 1ILY A; 3WEE B; 1RDA A; 2H3G X; 1T8E A; 3ITH A; 3SJH A; 3ZT2 A; 4AHU A; 4IOC L; 2QEX N; 5JVH L; 2ITM A; 2D0P A; 3I0S A; 1F21 A; 4Y1D A; 5GAD P; 3E01 A; 3MX2 A; 1S1V A; 4M45 A; 3SV3 A; 2ZJR L; 2YJF A; 4CZF A; 4BWM A; 4B9U A; 3MCP A; 1YJW N; 4FJ8 A; 3SPY A; 5J2N A; 2ITG A; 3VQA A; 4DSE A; 1J5O A; 1QSL A; 3G25 A; 2E4L A; 4DHY A; 4CFA A; 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