The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J81 O; 4V19 S; 5A2Q O; 4DV5 K; 1HNX K; 1XMQ K; 1HNW K; 4JI5 K; 5LMU K; 4GKJ K; 4DV3 K; 4LFC K; 4DR1 K; 5LMN K; 4LF9 K; 4NXN K; 4AQY K; 4B3M K; 4DR3 K; 4LF6 K; 1N32 K; 2ZM6 K; 4B3T K; 4X65 K; 2VQF K; 4DR4 K; 4DR7 K; 1N34 K; 4DR2 K; 4B3S K; 1I94 K; 3JAM O; 4JI3 K; 4JI4 K; 1N33 K; 5AJ3 K; 4LF8 K; 4LFA K; 4X62 K; 3J7A P; 2UU9 K; 1XNR K; 4JI8 K; 4X64 K; 2UUA K; 5LL6 Z; 5BR8 K; 1XNQ K; 4DR5 K; 1HR0 K; 4LF4 K; 4DUY K; 4JI0 K; 1IBL K; 4NXM K; 1HNZ K; 1IBM K; 4JV5 K; 4LFB K; 3T1H K; 2UUB K; 1J5E K; 4DR6 K; 4JI1 K; 2E5L K; 3OTO K; 2UUC K; 4JI7 K; 4LF5 K; 4DV6 K; 4X66 K; 4YHH K; 3T1Y K; 4DV7 K; 5IWA K; 2UXD K; 4DV1 K; 4OX9 K; 1FJG K; 4JI2 K; 4B3R K; 2F4V K; 3J80 O; 4LF7 K; 2UXB K; 4CW7 B; 4YY3 K; 4JYA K; 4DUZ K; 2HHH K; 4KHP K; 1XMO K; 1IBK K; 4DV4 K; 4GKK K; 4JI6 K; 4K0K K; 4CVN E; 4DV0 K; 2UXC K; 5FLX O; 1N36 K; 5IT9 O; 4DV2 K; 2VQE K; 3J7Y P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BRN A; 1RDA A; 1WB9 A; 2B4J A; 3LP3 A; 4FCY A; 4DQI A; 4EAH D; 4BE1 A; 3DI6 A; 1GLJ O; 4GKJ K; 2P9P B; 4KHU A; 1LAW A; 1RBR A; 4DV3 K; 1TV6 A; 2NRR A; 1YTA A; 2FF6 A; 2Q2R A; 2P9L B; 1HKC A; 4GV9 A; 5C12 A; 4LC9 B; 4XH1 A; 4QS7 A; 4BDP A; 1VQ9 N; 1REV A; 5C2F A; 3R1X A; 5HBM A; 3RMC A; 4M41 A; 4B1Y B; 1RDB A; 3QEX A; 4CF2 A; 3A5M C; 4BVO A; 1Y64 A; 3ZSV A; 3SBT A; 3WNE A; 2HHT A; 5JLF A; 3VTH A; 5M1K A; 2O8B B; 2OCE A; 2E2Q A; 4B9L A; 1NGB A; 4I6M B; 1U49 A; 4CJT A; 3CQX A; 3CPE A; 1EWQ A; 2IVP A; 1KFS A; 2E6M A; 4RG8 A; 3AGR A; 4J2B A; 5CR4 A; 1JCG A; 3TI0 A; 1EP4 A; 1CXQ A; 2OAN A; 3MDQ A; 4CJR A; 4DUY K; 4ELU A; 4YOV A; 2NLX A; 1CZB A; 3HYF A; 4DG1 A; 4JV5 K; 4FJJ A; 1YJN N; 1X9J A; 5JS1 A; 1KVC A; 1HQU A; 1VQ8 N; 4B9S A; 4JN4 A; 4BQL A; 4JKC A; 3CFP A; 1TKZ A; 2NRV A; 4JKA A; 2CGJ A; 4BWM A; 2CGL A; 2G8H A; 4PKG A; 1TYQ B; 3J8A A; 5GAG P; 5KQD A; 1NU0 A; 2KLA A; 3DOL A; 3KVG A; 3DJC A; 1ATR A; 4YOR A; 4L8R B; 2UXB K; 3SZ2 A; 4B8A B; 3EZ5 A; 4DTN A; 3E01 A; 4DHY A; 2YI1 A; 3WEE B; 4JD2 A; 3SK3 A; 1ASU A; 4KTZ A; 3ALY A; 4H03 B; 5K14 A; 4IFY A; 1KLM A; 2BAN A; 4ID1 A; 3C95 A; 3M5R A; 1VSM A; 3CQ8 A; 4DV5 K; 3TTD A; 2O8C B; 4AM6 A; 2NRW A; 1GLD G; 5LMN K; 4EHT A; 3UKU A; 3OYB A; 3EEQ A; 4JNE A; 1HPZ A; 1SZ2 A; 3C6H A; 1HLU A; 2DFE A; 1BWF O; 4E7H A; 3QFP A; 4CZL A; 2QWL A; 4WFA L; 4XEI A; 3U8X A; 1O1W A; 1VQ7 N; 2FF3 B; 1IG9 A; 4ZTJ A; 1Z26 A; 3D6R A; 2CH6 A; 4RW7 A; 5AQZ A; 3ENH A; 1S3X A; 3K57 A; 2HHS A; 1U4B A; 1GOA A; 5BPL A; 5AQU A; 1P90 A; 4E7K A; 3ZT0 A; 4XIU A; 2G8F A; 3F73 A; 1Q7Y O; 4H0X B; 3C6A A; 3P38 A; 3N4Q A; 4W5Q A; 5BR8 K; 3CM6 A; 1WBB A; 1CZ9 A; 4CER A; 2JWL A; 2O8D A; 1D4X A; 3K9J A; 4GVE A; 3ZSR A; 1S1W A; 2HNY A; 1NJZ A; 4CEC A; 1MWM A; 1QQO A; 2JGU A; 2KQ2 A; 5AQI A; 5M1N A; 4FLY A; 3V9U A; 3HM9 A; 1HX1 A; 3OYE A; 5CE3 A; 4AIL C; 3ENB A; 3F9M A; 1NJY A; 1GOC A; 5D3G A; 2W42 A; 4CF8 A; 2E6L A; 2QTD A; 4CGI A; 2HHQ A; 4CIF A; 3OYI A; 1XHZ A; 5C42 A; 4CES A; 1TUY A; 1WSF A; 1NGJ A; 3QIO A; 3SUP A; 4Z4E A; 1LV5 A; 3OJS A; 5FRM A; 4F9O A; 4B08 A; 2YKM A; 1J54 A; 1RBT A; 4CIE A; 3K5M A; 3VOV A; 3LPT A; 4Z4C A; 3LZI A; 4IJA A; 3D2E B; 1Z25 A; 3WNG A; 1QQC A; 4DQQ A; 3O3H A; 4DV2 K; 1OH7 A; 2E8A A; 1B9D A; 2QEX N; 4E7J A; 3GL1 A; 1ATS A; 3THW A; 3OYC A; 2ZJR L; 2P9S A; 3TSP A; 3TTC A; 3LPU A; 2HST A; 4IO8 A; 4DR1 K; 1TGO A; 2Y1I A; 1E3M A; 1EKE A; 4H8K A; 3W3D A; 4FK4 A; 3WUH A; 1OH8 A; 2F7T A; 1S6P A; 4IOA L; 2A41 A; 3KD1 E; 1UA1 A; 4FJ5 A; 2FSN A; 4BR5 A; 3BF1 A; 4EIA A; 4FWP A; 2RKI A; 3PX0 A; 4BY9 C; 4FWO A; 4EZ6 A; 3TPQ A; 3J7A P; 4DLE A; 3ZEU B; 2HNZ A; 3O1W A; 4DTM A; 4EP5 A; 2QWQ A; 4CGD A; 2AP1 A; 3AO1 A; 4C8O A; 2DFH A; 5C15 A; 2YNI A; 3AVC A; 4NCG A; 2UUA K; 4YOW A; 2D4W A; 4O8K A; 4J2D A; 1U47 A; 3NBP A; 3Q7B A; 3CCJ N; 3AVG A; 2O8F B; 4O5F A; 1CXU A; 2GWK A; 3QEP A; 3NGY A; 2QM1 A; 4XH5 A; 1QQN A; 4NCB A; 1S22 A; 4AH9 A; 1DGK N; 3CJC A; 4CJV A; 5BPN A; 5HRO A; 1IG8 A; 1J5E K; 2VWK A; 1MDU B; 2HBK A; 2O4I A; 4IG3 A; 3VES A; 2E2O A; 1T44 A; 4IWV A; 4YHH K; 3O8M A; 1QHT A; 3TU5 A; 1BQM A; 1YHQ N; 1G99 A; 2ZWH A; 3VEY A; 4PWD A; 3E66 A; 4KTW A; 2Z1J A; 3OYH A; 4DFJ A; 4DUZ K; 4BRQ A; 5ADX H; 4B9T A; 1LCU A; 4KB1 A; 3CME N; 3QEW A; 4AHT A; 3V1O A; 1ZXO A; 2HMI A; 1U2V A; 4Y1D A; 1W2B M; 4HHT A; 1OH5 A; 3SUQ A; 4CBU A; 3ID8 A; 1LWF A; 4CJ4 A; 4CZE A; 3K5N A; 3SQ1 A; 2D0O A; 4FWN A; 1JXB A; 3AAQ A; 2P9U A; 3S3O A; 2ITG A; 3K58 A; 2ZGZ A; 1XHX A; 5B8H A; 1YIJ N; 1X1P A; 3M1F A; 5CZ1 A; 3EYZ A; 2QW9 A; 2W40 A; 1BL3 A; 1G15 A; 4IFV A; 5JS2 A; 4DQR A; 2W6K A; 1TL1 A; 3V4I A; 3IAY A; 4JKD A; 4DU3 A; 4HCB A; 5CY4 A; 3G4S N; 3TAN A; 3B6O A; 4X62 K; 2PBD A; 1RTD A; 1ESV A; 3TAE A; 4FM1 A; 5E41 A; 2ASO A; 1EXQ A; 3KK2 A; 3KTQ A; 4YNQ A; 1NMD A; 3QNN A; 1J5O A; 1RFQ A; 4WFB L; 4QS8 A; 1ILY A; 1XI1 A; 3R6M A; 4JK8 A; 5DK5 A; 1Q9Y A; 3OBW A; 3RSE A; 1NGE A; 4GVM A; 4K42 A; 1U6Z A; 1YF5 L; 3NF8 A; 4E0D A; 3RRG A; 1TKT A; 5AQR A; 1RTH A; 3ZET A; 1S1V A; 3A8Y A; 2ITM A; 4B3O A; 2GWJ A; 3IDH A; 3LAM A; 1C0M A; 4OPH A; 1BCO A; 1Q82 O; 4KHS A; 4J2A A; 3GOI A; 1NGD A; 1QTM A; 3DLE A; 3VF2 A; 1YT3 A; 2KFN A; 2YHW A; 1L5U A; 2P9K A; 2A6A A; 3L6Q A; 3NMU A; 3FR0 A; 4WF9 L; 4W5O A; 1Q18 A; 4R5P A; 3HXM A; 2YHB A; 1A5X A; 1FJG K; 1RDC A; 1O13 A; 4KV8 A; 5FPM A; 3SLC A; 3T69 A; 2QWR A; 3CQY A; 5KTQ A; 4IOC L; 5AZI B; 3EO3 A; 4F4K A; 3KWG A; 4BC5 A; 3HVT A; 3O4W A; 4JI6 K; 4K0K K; 4CVN E; 3KZB A; 3VN5 A; 5FLX O; 2NRZ A; 4CIG A; 3J81 O; 4YOX A; 1N5Y A; 2XY5 A; 5A2Q O; 5J2N A; 5BN9 A; 1VHX A; 3HSC A; 4KKO A; 5JIC A; 1NGG A; 2YHX A; 3AO5 A; 3O9R A; 3QFU A; 2VGN A; 3H3O B; 3P1G A; 2A5X A; 2P51 A; 1QVG M; 2P5G A; 4Z4F A; 2WOM A; 3T19 A; 1J9A A; 1NOZ A; 1RTI A; 3EL2 A; 4NXN K; 5HRN A; 3THV A; 3O5B A; 3QES A; 3VQ4 A; 4BG8 A; 3ULD A; 4RCH A; 1VSI A; 2ZM6 K; 4C8M A; 4DR7 K; 1JXE A; 3K5O A; 3V9W A; 3RMA A; 4WQ5 A; 3TTF A; 5LJV A; 1V4T A; 5CYQ A; 5JVH L; 4YOU A; 1R59 O; 3ZSZ A; 4BC4 A; 3MCA B; 5AZJ A; 4PUO A; 3SYZ A; 4PA1 A; 3MN6 A; 4HUF A; 2P9N A; 3KLI A; 4DQS A; 4JI8 K; 1S1X A; 3VA3 A; 3VEZ A; 4X64 K; 3CCQ N; 1NJW A; 2YNG A; 2CGK A; 2D0P A; 3HBT A; 4BGA A; 2VCP A; 3PX6 A; 4Z4I A; 3NVK A; 1NK0 A; 3UB5 A; 3G0Z A; 2HHW A; 1RT7 A; 4O0I A; 4ILJ A; 3O1B A; 3VMF B; 3EE9 A; 3WNH A; 4BRD A; 5JMV A; 5AQY A; 1BO5 O; 3C0B A; 3EN9 A; 3IKM A; 3KLF A; 1JCF A; 2B5J A; 2O8E A; 5SWM A; 2HHX A; 4C8K A; 2X6N A; 3JYT A; 3HOS A; 5C25 A; 1HKB A; 1NK9 A; 4BR0 A; 3VGL A; 3T1Y K; 1TK5 A; 1XC9 A; 3ID6 A; 3E1Y A; 4CGH A; 1W9H A; 3ULE A; 4OPA A; 4M7Y A; 4GMJ B; 4FWK A; 4DMN A; 5AR0 A; 4MDB A; 3AV9 A; 4H4M A; 4IZ9 A; 4DQP A; 4FJ9 A; 2F4V K; 3CM5 A; 4IEI A; 2YJF A; 3WQT A; 2HND A; 4LSL A; 3V9Z A; 4AF1 A; 2YHA A; 3RR8 A; 3J7Y P; 2ZE2 A; 1T05 A; 3VQE A; 4CHY A; 1CLQ A; 3CCR N; 2KZM A; 1C1A A; 4AHV A; 3L4Q A; 3P4I A; 4JD2 B; 1IO2 A; 1VSJ A; 1YUW A; 2ZJQ L; 3LL3 A; 3A5L C; 4B1V A; 4DU1 A; 5ELZ A; 4M3T A; 1WUA A; 4K25 A; 1L3T A; 3LDP A; 3CD6 N; 3LP0 A; 5GIN A; 1KCF A; 4DR2 K; 2PYL A; 5AQH A; 1VK0 A; 3TR8 A; 4H5W A; 4CZI A; 5SZT A; 3VQ9 A; 2VWJ A; 2HBJ A; 4JI4 K; 1QSS A; 3UKU B; 1KFD A; 1RBU A; 3MXM A; 3AVK A; 1OVY A; 4ILG B; 3VEO A; 4BRA A; 5J2M A; 3CHW A; 4N76 A; 2WTU A; 1I39 A; 4IG0 A; 2OYQ A; 4E1J A; 4Z94 A; 4CJ7 A; 4CFD A; 1K8K A; 3AVH A; 3S3M A; 4UQG A; 4GV6 A; 3VEX A; 3MK6 A; 1NKC A; 3K5L A; 3PX4 A; 1H1V A; 2UYT A; 2PZS A; 3GDQ A; 5AQX A; 3ATV A; 1WAF A; 4ELV A; 3OY9 A; 5BRH A; 3RWU A; 3SPY A; 2QA4 N; 4FJK A; 2ZD1 A; 5KPR A; 2H3G X; 5DM6 L; 3AVB A; 1GLC G; 2QXF A; 3FFK B; 2X74 A; 4AHS A; 3MWP A; 2PFU A; 4IBN A; 2E5L K; 3NFA A; 4BRM A; 4XH4 A; 3P83 D; 4BAC A; 2UUC K; 2P9I A; 1RBS A; 3G71 N; 2O8D B; 3SPZ A; 5AFU A; 1RT4 A; 1U48 A; 1X9S A; 4M42 A; 1KAY A; 2JLE A; 3ISN C; 3L3U A; 2HOE A; 3O80 A; 2HHU A; 4H0V B; 4JK7 A; 3CXC M; 3J80 O; 3VQQ A; 3F5T A; 3CCU N; 3J7Z O; 3VEN A; 5EVZ A; 1QS4 A; 1XMO K; 1UOC A; 4DV4 K; 3CJ1 A; 1ZC6 A; 3OYL A; 1VSF A; 2GV9 A; 3H45 C; 4CJL A; 4NYF A; 4I9Q A; 5E84 A; 3U6F A; 3A5N C; 4FJM A; 1SKW A; 2F8S A; 3H6E A; 1XMQ K; 4DB3 A; 1EQY A; 4JI5 K; 2NNW A; 5AQN A; 1T7P A; 4CFB A; 3O3G A; 2G8K A; 3FZL A; 4F8R A; 4KB0 A; 3U3G A; 2ASM A; 2E2P A; 1JL1 A; 2OTJ N; 3THX A; 1BI4 B; 4AQY K; 1TK8 A; 4Z4H A; 2Q0R A; 3KK7 A; 1MA9 B; 4DR4 K; 2PAV A; 1Z05 A; 3VQD A; 2Q31 A; 1NG9 A; 4KHQ A; 4OGE A; 2A40 A; 4WYB A; 1NGA A; 4OPJ A; 1T8E A; 2HW3 A; 2F9W A; 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4B3M K; 2DTU A; 4NLC A; 3WXM B; 1SL2 A; 3AVA A; 3P5J A; 4KBO A; 4BDY A; 3NH2 A; 2PY5 A; 3FFI A; 1TYQ A; 2Q3S A; 4WFN L; 3JAM O; 3DMJ A; 5AJ3 K; 4LF8 K; 1X9W A; 3KIO A; 2VG5 A; 3AA2 A; 3PO5 A; 4BRO A; 5I9E B; 4MDA A; 5FPN A; 3LDS A; 1QQM A; 3SJH A; 3OYD A; 4FJH A; 1DT9 A; 4KI6 A; 2G8I A; 4CJW A; 2VWB A; 3IS9 A; 4W5T A; 1QSL A; 4IJN A; 3P31 A; 1V4S A; 4DKW A; 1JLC A; 1HNZ K; 4JRQ A; 5GAD P; 3FZM A; 3HPG A; 2PYJ A; 2NRX A; 4FWL A; 1ZBF A; 1ASV A; 1K8A O; 1NMN A; 2O8C A; 2UUB K; 1BHL A; 4DS5 A; 2QWN A; 3OYF A; 1NWK A; 4NLB A; 1JLQ A; 5EY4 A; 4JK9 A; 4CHZ A; 5EXW A; 4LF5 K; 4J2E A; 3OYN A; 4YDU A; 4FWS A; 1NOY A; 1K6Y A; 4K43 A; 5EX5 A; 4DV1 K; 5AQF A; 3FGU A; 1KVA A; 4I7F A; 1BA1 A; 4KTQ A; 4CZH A; 3KD5 E; 1L3V A; 3G25 A; 4ZTF A; 4O0J A; 2YNF A; 4RW9 A; 2QWO A; 3HM8 A; 3RR7 A; 5HRR A; 3GE1 A; 4KHP K; 4I2P A; 2P9K B; 4GY2 B; 1L3U A; 3ASM A; 1E4F T; 4LSN A; 5KPZ A; 4PY5 A; 1ATN A; 2P1J A; 2CH5 A; 1BDG A; 1KXP A; 4H5T A; 4CJ5 A; 3BGR A; 2EWS A; 5HP1 A; 4TSX A; 3KJV A; 2OPS A; 1E4G T; 1HYV A; 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