1XOCA

The structure of the oligopeptide-binding protein, appa, from bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
b'KPQQGGDLVVGSIGEPTLFNSLYSTDDASTDIENMLYSFLTKTDEKLNVKLSLAESIKELDGGLAYDVKIKKGVKFHDGKELTADDVVFTYSVPLSKDYKGERGSTYEMLKSVEKKGDYEVLFKLKYKDGNFYNNALDSTAILPKHILGNVPIADLEENEFNRKKPIGSGPFKFKEWKQGQYIKLEANDDYFEGRPYLDTVTYKVIPDANAAEAQLQAGDINFFNVPATDYKTAEKFNNLKIVTDLALSYVYIGWNEKNELFKDKKVRQALTTALDRESIVSQVLDGDGEVAYIPESPLSWNYPKDIDVPKFEYNEKKAKQMLAEAGWKDTNGDGILDKDGKKFSFTLKTNQGNKVREDIAVVVQEQLKKIGIEVKTQIVEWSALVEQMNPPNWDFDAMVMGWSLSTFPDQYDIFHSSQIKKGLNYVWYKNAEADKLMKDAKSISDRKQYSKEYEQIYQKIAEDQPYTFLYYPNNHMAMPENLEGYKYHPKRDLYNIEKWWLAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Oligopeptide-binding protein appA
publication title The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus subtilis
molecule tags Transport protein
total genus 165
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1xocA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xocA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1xocA02
4IO5A 1SD3A 1WVJA 5H8HB 3SETA 3ZKLA 3E13X 4R73A 3OO8A 1P1QA 3OELA 1MDP1 3FASA 3KJTA 5AA4B 2ALUA 2XX9A 1ZMGA 5FHOA 3RQTA 1EH3A 2H25A 4KD5A 4OYVA 3SKPA 4LZ7A 4JB7A 4X1BA 1M5DA 3OXNA 3KSJA 4BDMA 2XXIA 4OHNA 1D3KA 2F97A 2A5TB 3RLFE 1A8FA 2F5XA 3R26A 4DIGA 4TLLB 4DE8A 3PUVE 4XIGQ 5KCJA 4ZEFA 3OSRA 1Z7ME 3S2VA 2I4BA 5AA1A 3TUSA 5L8DA 3MP6A 4OWDA 5FTHA 3UK4A 4FECA 4C1UA 3UA8A 2V84A 1O64A 4XKRA 1A55A 3PMWA 2RKMA 1ZJLA 5M2VA 4WKMA 4OENA 1D4NA 2Z8DA 1I69A 2FNCA 4RPNA 1JQFA 4LATA 5TPAB 4F1UA 3BBRA 5FHMA 4G2ZA 3IB0A 2QRYA 1TFAA 1CB6A 1YAEA 4RA1A 3DLNA 4H67A 1N76A 4GF8A 1IXIA 4FEBA 4LQ5A 1BKAA 4Z0IA 1LBCA 2HAVA 1ANFA 2XXPA 2ONRA 1DOTA 1H76A 3I6VA 1B3EA 4RXLA 2BJJX 2PYYA 5L9MA 5DVFA 3OMBA 5DEXA 1ZLQA 4R9GA 3FTOA 2IEEA 3H3GA 1R1NA 3TCGA 3GLBA 1FQCA 3IOVA 1S9TA 3K1PA 2I6EA 3T22A 4I1DA 1ZTYA 4AB6A 2V3QA 2DVCA 3JYRA 4ZS9A 1FTJA 4JSOA 3A3UA 5F7VA 5EYFA 3VDFA 4WEPA 2XXRA 2UXAA 1RKMA 4H0WA 3R7XA 4OFOA 2ESNA 3DP6A 4PETA 4P0GA 3VV5A 3DRHA 4U23A 3FGSA 3HSTA 1O63A 4ZEKA 3CSBA 3TDJA 5CC2A 4IGRA 3EHTA 4ZE8A 2P1SA 4TLMB 2QS3A 5FTIA 5I57B 3HV1A 4ISUA 1URGA 1B1HA 4KCCA 4E0WA 1TFDA 1QUIA 2DSFA 2OCUA 4NF4B 3ECRA 3LUYA 1OIBA 2Z22A 3LSLA 2QMWA 4H1XA 4LA9A 2Z8FA 4BDOA 4IO2A 4QFOA 3DRKA 3GZGA 4RY1A 1IEJA 3RUMA 4PFWA 2ABHA 2HZLA 4GRKA 2GH9A 3SERA 4F2QA 1M5CA 4ZECA 4RK9A 4R6HA 1P99A 2DQVA 1OVBA 3KN8A 1M5FA 3EHUA 2WOPA 1B0HA 2HQ0A 2I49A 3MP8A 3RPWA 4GL0A 3P7IA 2H9BA 4X9TA 1MY2A 1JVXA 3K02A 3HN0A 3QSLA 2LAOA 3H03A 3CIJA 4KHZE 3T93B 2V25A 3B6QA 1TT1A 3QYTA 1UQWA 4MH5A 1B3FA 3S9LC 1US5A 3RYAA 3N5LA 3EHSA 2XXXA 1UTBA 4ELOA 1QJMA 3RT6B 1MQIA 4OMBA 1MY1A 2D5WA 1Y3PA 1NNFA 2ZYNA 4DLDA 4G8NA 1AIVA 4PFYA 1GTKA 3DELB 4U1OA 3G3KA 1LAHE 2Z8EA 1N04A 4Z7EA 3TTLA 2FYIA 3L6GA 3Q25A 3O2AA 4ZE9A 3HHGA 4LZ5A 4LONB 3HPIA 3G3FA 5ITPA 3B6TA 1SYIA 1USYH 3MWBA 2ZMBA 5DYHA 4FIMA 1MXUA 1BTJA 2Y7KA 1GVCA 4LUBA 4OFJA 2UYEA 3KSXA 5KCJB 2F36A 1MPBA 4THIA 4PFTA 1HSJA 4XXUA 1UIVA 1UTHB 2E0SA 5ELVA 4K3FA 3UIFA 1D9VA 3A3CA 1B0LA 3QUJA 3T9VA 5K2XA 2QS4A 4G8HA 1UIUA 4H8IA 3KGCA 3LSWA 4X1DA 3TCHA 2F78A 3TZAA 1MG1A 3FUZA 1WDNA 4BDRA 3SESA 2H98A 3SEUA 3MZ9A 3N26A 3G3JA 3OSQA 3TCFA 3W9WA 3PUYE 4FJPA 1IQ7A 1P1WA 2F34A 2I3VA 2DWHA 4YICA 3I3VA 4YZZA 4QFLA 2OZZA 3K1NA 4RYAA 4ZEDA 1LGBC 2GHAA 4YU0A 3FV2A 1B05A 1JW1A 1VFDA 4KR5A 4H65A 4JWOA 3U72A 1MY3A 3WAFA 2UVGA 1PEBA 2DWAA 3S9NC 5DEXB 2XXUA 3LSFB 2REJA 4F19A 1FQAA 1P1UA 1SW1A 1DTZA 1H3DA 1B51A 1Y9UA 4L17A 1B58A 3PAMA 3TTNA 4WEDA 2OJTA 2F7AA 4KQPA 5TU0A 2Y7PA 1QUKA 3TODA 2DXYA 4OXVA 3IL1B 5CRYA 5DVJA 1ZBMA 2ZYMA 4KYSA 1AOVA 1A7LA 4UA8A 4F29A 5AA3A 3CG3A 4QF9A 1KWHA 1XOCA 3FATA 1DMBA 1JETA 3W15C 3RTFB 5KDTA 5H8SA 3TMGA 2AL4A 4G68C 2GFEA 2Y7IA 2H99A 1O7TA 5JK4A 3T9XB 4HTGA 3V89B 4EXKA 3RNNA 1A8EA 2O1LA 3T9HB 4IO7A 3C36A 2WOLA 2XXHA 3EF7A 2ZNUA 5I2KA 5JTYB 4ESXA 4QSEA 4ONYA 4F3PA 2B3FA 2Q2AA 3Q28A 1B7HA 2QJEA 2RC8A 1DPEA 1LB9A 4I8CA 1IUDA 3D4CA 3PMVA 3O9PA 4NWCA 1B1XA 1FTMA 1NH8A 4F3SA 3KBRA 3CSGA 4Q8RA 3QAXA 3TPAA 4RJZA 3K01A 3VLVA 1TWYA 2RCAA 4I9DA 1VE4A 5ISUA 1UTBB 4KI0E 1LAFE 1NH7A 4YKPA 2OWTA 1SW2A 3SDFA 1MXWA 2PMSA 4DXBA 1SI0A 2XD2A 3N6TA 3CFZA 1UTHA 2D21A 2O6AA 4GXAA 3HHFA 5H8NB 3ILTB 4H8JA 1LAXA 3FJGA 1LLSA 3CFLA 3KN3A 3ONMA 3T66A 2B65A 3UN6A 4ECFA 4QSDA 3FXQA 1MQGA 4MFIA 1R9QA 2THIA 3KN7A 4GXSB 2HZKA 2I0BA 1OQHA 4RPOA 1S7YA 4GIZA 3MVXA 1LFHA 3E3KA 2DYXA 1R9LA 4F39A 1FQBA 2UVJA 4ESWA 2DXRA 2DWIA 2AL5A 3FVKA 4JDFA 1IZ1A 4ZEBA 2F6PA 4H5FA 5L9SA 3IOWA 3MW0A 1YTVA 3KJ7A 4ELRA 4XTCQ 1B5JA 2RF1A 4F3GA 4MLQA 1IXHA 3H6VA 4X48A 3IO6A 4JSDA 4KCDA 2B3BA 3FXUA 4EXLA 3TKDA 2VHAA 1LFIA 1SBPA 3MQ9A 3IK6B 3TQLA 1LFGA 4GVOA 3TELA 3LVUA 4OERA 4EQ7A 3OO9A 2I3WA 2XHDA 1WODA 2PBWA 4UACA 3TTKA 4JXIA 2R9JA 4YKKA 4R2BA 2H4IA 1S50A 3VFJA 5CM6A 1IIWA 1B52A 1Y4CA 1VSOA 1SQYA 2F6GA 3AXFA 2VGQA 3K00A 1GGGA 1B5HA 1MXZA 5I59A 1B7ZA 4YMBA 4RK2A 3M3LA 3UP9A 2XXQA 3USDA 5ICTA 2RINA 3KEIA 1MY0A 4F22A 5I56A 3DRGA 1XVYA 2X26A 4TQUQ 1IITA 1QULA 1LCFA 4NF8A 4RNSA 1RYXA 3OEKA 4G68A 4F1YA 2VP1A 5CI5A 2O7UA 2FA7A 1B32A 2CZLA 1HSLA 1PC3A 4GFRA 2ZYOA 3EPEA 2NUVA 3PUZE 5ICQA 1MM7A 1JNFA 2UVIA 3L6HA 1VFEA 1Q1KA 1I6AA 1DTGA 3E9XA 3TEPA 4U4XA 3K2DA 5CMKA 1FQDA 5HPQA 2R71A 3ODBA 1ZU0A 4JWYA 5KDTB 3EN3A 4E0XA 5JTYA 4IY6A 2PT2A 2B4LA 1B3GA 5HM4B 1B3LA 3IORA 3PPPA 3TTRA 3LSXA 3Q26A 5CBRA 1DSNA 3U93A 1EU8A 4F31B 3M8UA 4NEDA 1PB8A 4NE4A 5I2KB 2P2AA 3FV1A 1II5A 1MM6A 2XD3A 3CI8A 3CVGA 5I2NB 3U8QA 3A09A 2V3UA 3RT8A 3PPRA 5I84A 3DP4A 3KOTA 1LB8A 2RC7A 3GXAA 5AA2A 1N7XA 2I0CA 1US4A 1SYHA 4F1VA 4QFNA 2O51A 3IAZA 3DRJA 3B7DA 1A54A 5H8NA 3C35A 3H6TA 3DM0A 3MUQA 5LOMA 4POXA 3FVNA 1ZKBA 4DXCA 4FORA 4GLIA 2NWJA 2F8DA 3MVZA 4NTLA 1GR2A 4JWXA 5BUUA 2Q9TA 3RGYA 4JBZA 2I4CA 2REGA 5DT6A 4YB7A 4Q0CA 2G29A 3FD3A 1PDAA 1T0KA 3C33A 1YCJA 4DCXA 1DPPA 4YMAA 1M5BA 1FTLA 3V83A 3M3FA 1ATGA 3QUFA 1ELJA 2O84X 3SEYA 4NMYA 3BFUA 1JW4A 4YKIA 1N7WA 3VE1B 1QUJA 3C9HA 2X7PA 5F1QA 2W7YA 3OEMA 3PMXA 3VLWA 3FVOA 1HSEA 1N3XA 1Y3NA 1B3HA 1NNPA 1N84A 3VVDA 3MPKA 1PBPA 4C0RA 2XXYA 3H6WA 2Q88A 1FQEA 4KYDA 3ZS6A 1Y20A 4MLVA 2OLBA 3DRIA 2D3IA 1FW0A 2PVUA 4AQ4A 1J1NA 3I5OA 5TP9B 3O29A 3O6PA 2QPQA 4U4SA 3TYHA 3H7MA 3IB2A 4R2FA 1M5EA 3K6VA 1F9BA 2DE2A 4LZ8A 4U21A 3SEXA 5I59B 1IXCA 3G7WA 2OWSA 4DDDA 4G77A 2VOZA 4GWOA 4ZEIA 2DS9A 1B4HA 2UYFA 3E4RA 3CHGA 5I56B 2B4MA 4NF8B 4G68B 1N3WA 1Q35A 1MPDA 4MBPA 1SVXB 4AB5A 3OO6A 3RYBA 1QW0A 1JVYA 3GBBA 2XXTA 1QKBA 2NOOA 1AL3A 3IB1A 5CMMA 4NF6A 5B70A 5DTBA 3MVWA 4OEVA 3RN8A 3O97A 3O28A 2Y7WA 2I58A 4R6KA 4ZDMA 1A99A 1VR5A 4I62A 1FCKA 2ZXTA 3JZJA 2RC9A 3MP1A 1XHYA 1MY4A 2DP8A 4U22A 2DOJA 5I2NA 1XS5A 1A40A 2F35A 3QK6A 5EHMA 4DCYA 4POWA 2H5YA 2F7BA 3IJOB 3MPLA 3FZVA 5B7DA 3MJNA 4NF5A 5EHSA 3KOSA 4HCYA 4Q30B 2OBGA 1NL5A 4U2RA 2DE3A 4GL8A 3H06B 5IAIA 3CRBA 4C1TA 3MBPA 1AMFA 2AYSA 4YKJA 3PPQA 3FIRA 4YAHX 1MRPA 5AA2B 4EQ9A 2QSXA 4IO4A 1JEUA 4OFLA 4EDPA 3S9MC 3JV9A 4OTEA 3W9VA 2HAUA 1B4ZA 4F18A 5CMBA 4PQJA 5BWJA 3HCQA 3H4ZA 1H45A 4BDNA 4BLAA 2VD3A 4ELPA 4LVQA 3PU5A 1PB9A 1NMUA 4FE8A 2R6GE 3QXMA 2GHBA 1FQFA 3PPOA 3UORA 2NVUB 1P1OA 2QMXA 2XX7A 2WKYA 3VLUA 3M3KA 1LCTA 4LP2B 5CBSA 2OK2A 5HBCA 1B46A 4G4PA 4OZ9A 3KG2A 2ANJA 5AA2D 2Z23A 2ZNTA 3U94A 2IA4A 4DZ1A 5JEIA 3ZKKA 4QRZA 1TXFA 5H8FB 1NNKA 2PT1A 2E1SA 4ZZEA 4N13A 3BFTA 4EQBA 3IO4A 1B40A 3RTWB 3G3IA 2ZYKA 3C4MA 2X7QA 1XT8A 2XX8A 4R9FA 4PFUA 3MAMA 4IY5A 4OESA 5TP9A 2VD2A 3IOUA 4Q5TA 2P0SA 2HCAA 1MXXA 4KYEA 1MPCA 1B7UA 1I6BA 5A5XB 5H8QA 4IO3A 3PPNA 3FXRA 3MZ1A 4R6YA 3MVYA 1CE2A 4IGTA 3SEWA 4BDLA 3VXBA 1OVTA 3ILUB 3G3GA 2PX1A 3FJ7A 1OMPA 3G3HA 4H5GA 3WAEA 4P11A 3K0VA 4FEDA 4H6DA 3IR1A 4ELQA 4QSCA 3VVFA 3U92A 1ZIUA 5I58A 2NXOA 1YPNA 3Q27A 3O6GA 4R74A 3MZBA 3QIMA 2AIXA 2O7IA 1Y3QA 4GQOA 5IKBA 4QFPA 4EF2A 2CMOA 3R6UA 3O6IA 2RCBA 4GOTA 3HO7A 2QS2A 3N6UA 2DWJA 4OETA 1POY1 1QVSA 3PUXE 4YB6A 3T96B 3IOTA 4G8MA 4U1ZA 4XKNA 1PB7A 1I6QA 3IJXB 1SW5A 4IO6A 3GBAA 4R72A 4NF6B 5ITOA 3TQWA 5KZTA 3T9UA 3K1MA 5H8HA 1MQJA 2HEUA 2HXWA 1OLCA 4M1VA 1OQGA 3OD7A 5AA4A 1Z7NE 4F2OA 1H44A 4OQOA 2Y7RA 2QS1A 1B2HA 2G93A 3FVGA 3PUWE 1MDQA 1MQDA 4XKPA 4QHQA 3ZSFA 2I48A 2A5SA 4HCWA 1JW5A 4O3CA 1URDA 3TAJA 2A5TA 4NWDA 4ZZAA 4NF5B 1OLAA 2V3TA 4DXUA 5CMCA 4M4GA 3K6XA 4LQ2A 3N94A 5K2YA 3CG1A 1AH5A 1MS7A 4FAJA 3BKIB 3THIA 4KPTA 1PBQA 1RYOA 1SDXA 3C32A 3PD8A 4KFQA 3KZGA 4YB5A 1D9YA 1QKAA 1MXYA 2KLFA 1NKXA 2O1MA 4HW8A 3K4UA 3K6WA 2F7CA 3S4UA 4TOZA 2WOKA 3PD9A 1EZ9A 2Y84A 3V8XB 3VVEA 5TPAA 1MH3A 3EQ1A 4N6PA 5H8FA 1H43A 4PP0A 2O68A 1JEVA 4QFKA 2DE4A 4BDQA 1B9JA 3DP8A 4EUOA 2HFBA 3PV0E 3PGFA 1URSA 1LAGE 2Q2CA 1BP5A 4PE5B 2XXVA 3KFMA 2YLNA 5A5XA 1P1NA 1BLFA 1MQHA 1Y1ZA 1SW4A 1GV8A 1XVXA 4XKQA 2DVZA 3V5AA 3CR9A 3C31A 1LBBA 4ND9A 2Q8JA 3D4GA 3OENA 5DVIA 2ONKE 2V93A 3K6UA 5L9OA 3OO7A 2GRVA 4O3BA 4OVJA 3O6HA 5H8QB 3LBSA 2UVHA 3H6UA 4R75A 4F3BA 3S9EA 3OOAA 1EZOA 1LSTA 1SI1A 3TFLA 2O69A 2YJPA 3DRFA 1POTA 3IX1A 5I57A 3Q29A 3TTMA 3CFXA 2XXWA 4GD5A 4NF4A 4MF3A 3O66A 4IB2A 2ONSA 1B6HA 4WXJA 5I58B 4O3AA 2QL3A 4OEUA 1NFTA 3VXCA 4EF1A 3RY3A 4P0IA 4N07A 1IXGA 3C34A 1MXVA 3LR1A 1EZPA 4FATA 3F11A 5J1DA 4HS7A 5AE4A 2Q89A 3UGWA 1B5IA 1MH4A 2ZNSA 3SEVA 1Y4TA 3U1OA 5FHNA 1FTOA 1L5TA 3LC8A 1XC1A 1FTKA 2YPNA 1USYE 3B6WA 1R6ZA 1Y1MA 1BIYA 1NNTA 3MC2A 3FJMA 1N0TA 2M8CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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