The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
160
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structure length |
72
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Chain Sequence |
DVIDLFNKLGVFQAAILMFAYMYQAQSDLNLTTTVNNSQLEIQQMSNTLNLLTSARSDMQSLQYRTISGISL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural characterization of a type III secretion system filament protein in complex with its chaperone.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein/chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
EspA
|
| total genus |
23
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
160
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03433 | EspA | EspA-like secreted protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | EspA/CesA-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XOU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DR7 O; 2BCC H; 2H8P C; 1F51 A; 4P9O A; 2OCC B; 2IH3 C; 2YDE A; 4OX9 O; 2ADQ B; 5FNV B; 3OE7 G; 4WFB V; 1QBZ A; 1ZUQ A; 4JV5 O; 3ZHT A; 4BIU A; 2Q8V A; 4DV3 B; 1COW G; 1DF5 A; 1GM9 A; 1JCH A; 2HEP A; 4ICG A; 3JD1 A; 4DUY B; 3DXR B; 4DR6 B; 3CD6 V; 1SQF A; 4PV1 B; 5BR8 B; 3E89 A; 1NT2 B; 5LP6 A; 1YHQ V; 5CB4 B; 2ZT9 B; 2E5L B; 3K57 A; 3AEI A; 4JTD B; 4HNA A; 3JAK A; 4FLW A; 3OD4 A; 5C8Y B; 4DRX A; 1V54 C; 1E79 G; 3DC5 A; 4JYC A; 2JGU A; 4AQY O; 4ZIB A; 2YS8 A; 3SYA A; 3CHX A; 1S5H C; 3P30 A; 4L87 A; 4JYB A; 3JAS B; 3RYF B; 2R9R B; 2K1E A; 2P4K A; 4RQE A; 2UXC O; 4JTA B; 4O4I A; 2GTA A; 2W6I G; 3BEH A; 3QNE A; 1RM1 B; 4JI2 B; 2V7Q G; 2UUA B; 1K4C C; 1NU1 H; 1KQS U; 3AG2 C; 4UB6 Z; 5C93 A; 2JJ2 G; 3TXQ A; 4B3S O; 1I0H A; 4HYO A; 2CTW A; 3FB5 C; 4DUZ B; 1QU7 A; 3E86 A; 5L3G A; 2Y69 B; 4R7C A; 4NXN B; 4Q20 A; 1VAR A; 5B5E Z; 1R3L C; 3E8F A; 2F23 A; 5IJ9 A; 2CTP A; 4DV7 B; 2CK3 G; 3KG2 A; 3Q4H B; 1BSM A; 3JAL B; 2UXD B; 2Q0O C; 4OPH A; 4PA7 A; 3H9V A; 2ZDI C; 3STZ C; 2V1D A; 5LMU O; 1OCC C; 5L3B A; 3JD2 A; 3OR7 C; 1LNQ A; 5J2U A; 3IC7 A; 1PM9 A; 1EM1 A; 4DV0 B; 1YIT V; 2QTS A; 4JAU A; 2Y4U A; 1XRE A; 2P06 A; 5L3C A; 1YDX A; 4DV1 B; 3K06 A; 3CCV V; 4O4L A; 3OEH G; 4UCU A; 4J42 A; 3RYH A; 5J2T A; 4KL1 A; 3SYQ A; 2UUB B; 2Y0P A; 2DWD C; 2Q6A A; 1ORQ C; 5DEC A; 1FXK A; 5LP6 B; 4YJ2 A; 1D5A A; 3VQX A; 1Z2G A; 2QE7 G; 4O4J A; 3U0Z A; 4BW9 A; 5JWP A; 3ABT A; 3P3P A; 1UPG A; 4TV8 B; 1AVM A; 2JGD A; 4HNA B; 1AJP A; 5KX5 A; 4LF7 B; 3JAK B; 4I4T A; 2A7W A; 3AG7 A; 4FZ0 A; 2Q68 A; 1KUQ A; 4DRX B; 2PGG A; 2XOK G; 4FVM A; 2OTJ V; 2ZE6 A; 2OCC C; 3J81 N; 1FJG B; 2AHY A; 2RMK B; 5LL6 Y; 3OTF A; 4B3T O; 1GN6 A; 4IL6 Z; 4TQF A; 1N36 O; 1SS3 A; 1BZK A; 2FB5 A; 3A0R A; 1P7G A; 3A2F A; 4X1Y B; 3N2K A; 4WFF A; 3CCM V; 1NH2 B; 3CEI A; 3TXS A; 4UVB A; 2AGA A; 5IYB O; 3WU2 Z; 4X65 B; 2EIN B; 1FFX A; 1GN4 A; 4PD4 F; 4YIP A; 4NYK A; 4CC5 A; 3I5D A; 1QR8 A; 3FB8 C; 4FIP C; 1GH6 A; 1IX9 A; 2PYJ A; 1K34 A; 4BR6 A; 2P67 A; 3L73 H; 1R3J C; 3SPJ A; 1E1Q G; 4R6Z A; 1VF7 A; 1N4C A; 3BA8 A; 2OT5 A; 4CH6 A; 4OXS A; 2QA4 V; 3AG4 B; 1SQX H; 1BHA A; 4B7E A; 4JAV A; 4LR3 A; 4BAY A; 1WPX A; 1B06 A; 4LNU A; 4JI0 B; 2PYL A; 2Q67 A; 2EIL C; 3R65 A; 4F6R A; 4NXM O; 4J9Y B; 1X59 A; 3ASO B; 2E3C A; 2IJI A; 4JZG A; 1NTZ H; 2PI5 A; 3CCU V; 1RM1 C; 3ICX A; 3ETG A; 3CC7 V; 3RN4 A; 3HR0 A; 1TA8 A; 5LYJ B; 4UUJ C; 4B3M O; 3K5N A; 1VQK V; 4O4L B; 1Y66 A; 3D3I A; 1VQO V; 3RYH B; 5J2T B; 3STL C; 1FPO A; 2P22 C; 2WLJ A; 5DED A; 3ZMT A; 2Y69 C; 3VQV A; 4OPA A; 4MVQ A; 1B3Q A; 1JA8 A; 1I94 O; 5EIB D; 4J10 A; 2NLJ C; 3LSU A; 3SJC C; 2QEX V; 4LF8 O; 1FFT B; 2ZIO A; 2FML A; 1NI8 A; 2BTQ B; 4YHH B; 2QKA A; 2JGD B; 2DOS A; 4I4T B; 1YTF D; 5K1P A; 5BXZ A; 2XAJ A; 5H5N A; 4LF4 B; 1K9M W; 2QM7 A; 4PJ0 Z; 3K08 A; 3LNM B; 2YID A; 1G8M A; 2IW5 A; 2OIE A; 3RYC A; 4DR1 B; 4R50 A; 1VMG A; 2BTO A; 2ZE5 A; 5IT9 N; 4TV9 A; 1XNQ O; 3HKB A; 1PL0 A; 3TK1 A; 2X0L A; 4X1K A; 2OYQ A; 2JJ1 G; 1BE3 H; 1H8E G; 1CP9 A; 1FD9 A; 4WBN B; 4DR5 O; 5B1A B; 1AIL A; 3ZHV A; 2LFR A; 4K0K B; 2YXH A; 3AG1 B; 5LP6 C; 2XAH A; 4F6E A; 2CTR A; 3E8G A; 4H37 A; 2GSM B; 4NTW A; 3CYO A; 2F4V O; 3CRQ A; 1B6Q A; 5LXT A; 1U96 A; 4JI5 O; 1KC8 W; 3ASN B; 4BIZ A; 4YJ3 A; 2ZXW B; 4KUM A; 2BOB C; 2M6Y A; 3CS5 A; 4O4H A; 3RVY A; 1PP9 H; 4JI8 B; 4YIO A; 3RYI B; 4F6R B; 3BCC H; 2EIM C; 4X20 A; 4B3R O; 3JSL A; 1QVF U; 5CA0 A; 3UCS C; 2ZM6 O; 1SA0 A; 4TQD A; 3IAY A; 1NJI W; 4DR4 O; 1VQ8 V; 1VP7 A; 3OGI B; 4LF5 O; 2EIN C; 1OV9 A; 4RO2 A; 4PEL A; 2R70 A; 1AJN A; 4JZ2 A; 3THO A; 5KHG A; 1EN4 A; 2WWW A; 4X62 B; 1BCC H; 3K58 A; 5B1N A; 1K33 A; 1L8D A; 4MSW C; 3T2M A; 3AG4 C; 3K5O A; 3MHH C; 1XMQ O; 1GMG A; 3CJH B; 4X1I A; 2UU9 B; 2EJ7 A; 4GX0 A; 3CRC A; 4IHJ A; 3VQY A; 5BZB A; 4U7N A; 3DC6 A; 1AJQ A; 3OMA B; 2Z5U A; 1XNR B; 2F93 B; 4QE9 A; 3ASO C; 2HJF C; 3A8T A; 4PDV A; 3RYC B; 5DM6 V; 1P49 A; 4RUF A; 2Q9L A; 4JYA B; 5LGN A; 2Q7H A; 3HKB B; 3ZCC A; 3RT3 C; 3CX5 F; 3ZMU A; 4MTO A; 3LNN A; 1HR0 B; 1ARO P; 3JD0 A; 3CME V; 3J7A U; 4E2L A; 1M90 W; 4OGQ B; 4GKK O; 1FXK C; 1GN2 A; 2IH1 C; 4I7Z B; 4WFE A; 1S72 V; 1E1R G; 3JCU Z; 2CGN A; 2N74 A; 2WLK A; 4B7K A; 2XAG A; 1XMO O; 3AG3 C; 4PDL A; 1IBL B; 2Q7G A; 2HVK C; 2UXN A; 5TIS Z; 2P90 A; 1PV0 A; 3BFR A; 1VEW A; 3H01 A; 4O2B A; 2XT9 A; 2W0X A; 2CH7 A; 1I08 A; 4X64 O; 1GTO A; 3C3T A; 4O4H B; 2HR3 A; 2Z3Y A; 5LGU A; 1M93 A; 3B09 A; 4IIJ A; 3UT5 A; 3BPZ A; 2HLD G; 3F7Y C; 4MTX A; 4JYY A; 2EBO A; 2HFE C; 2ZR3 A; 2NNU A; 2ILM A; 3CCR V; 3CRM A; 1SA0 B; 2CGO A; 5CMU A; 3AG2 B; 2RQ6 A; 5IJ0 A; 5B1A C; 4DR7 B; 1MSW D; 1TUE B; 4K8X A; 3AG1 C; 1SQG A; 4I55 B; 5JQG B; 4X66 O; 4FM2 A; 1TUB A; 4ZI7 A; 1P84 F; 4OX9 B; 1Z5W A; 2RCV A; 4FLU A; 4JV5 B; 1G4Y B; 4XBF A; 1Y74 B; 4JI7 O; 3M7M X; 1NKD A; 3JAR A; 3UO3 A; 3ASN C; 5IYZ B; 1JFF B; 1Q6U A; 5E79 Z; 5EZY B; 1WP8 A; 4DW1 A; 4IHJ B; 1H38 A; 1NQT A; 1AR4 A; 4LF9 O; 3DSQ A; 1OCC B; 4ZKI A; 2RNB A; 1YJN V; 1K73 W; 3BAB A; 2W6J G; 3U10 A; 4G28 B; 2QDO A; 3ABK B; 1S3J A; 4EKW A; 4PI0 A; 4JI3 O; 1UJW B; 4AQY B; 3WG7 C; 3HB3 B; 4MVU A; 3E22 A; 1DK1 A; 3WB2 A; 4NB5 A; 1N0J A; 2UXC B; 2WLN A; 2IM9 A; 1BS3 A; 1EN5 A; 2GV9 A; 2UUC O; 4FLY A; 4DW0 A; 4TT3 G; 1W0J G; 4J9Z B; 1BL8 A; 4GUN A; 3EXA A; 2NR5 A; 4YY3 B; 4PDM A; 1AI6 A; 1R6K A; 4QE7 A; 3FX7 A; 4ZHQ A; 1DGS A; 4B3S B; 1GK9 A; 2JK5 C; 3LUT B; 1K4D C; 4DK0 A; 2C2A A; 2CH7 B; 1G6U A; 3BA9 A; 4XDK A; 1GN3 A; 2P5O A; 5H9C A; 2WLM A; 1QLE B; 2CAZ C; 3JAT A; 1JJ2 U; 3BY6 A; 2DYS C; 2D2C B; 3WB1 A; 3N2G B; 5KAI Z; 2DWE C; 4TUY B; 4JI1 O; 3ZRW B; 3G71 V; 3HKD B; 2HP8 A; 1N34 O; 1RSO B; 5EK0 A; 1YJW V; 1ZAU A; 4TSF G; 2KQX A; 5JJN B; 5BMV A; 5KA5 A; 1VQ5 V; 4FFB B; 3CCJ V; 5GTI Z; 1TUB B; 1XOU A; 1H8H G; 3OT7 A; 4ZI7 B; 1QVG U; 5L3E A; 1GM8 A; 1GRJ A; 1JOY A; 1KD1 W; 1XL4 A; 5LHI A; 3H1K H; 2WSS G; 4EB6 A; 2WPD G; 2QWO B; 1XBL A; 3LSQ A; 4UV8 A; 1WNS A; 1H2G A; 4GLX A; 1TVK A; 1Q7Y W; 1Q8I A; 2ETN A; 3QTC A; 1QQC A; 2EIL B; 4MVO A; 2YEV B; 4UVC A; 2L6L A; 1LR1 A; 4DV2 O; 1Q81 W; 1THZ A; 4DV6 O; 4LFC O; 1VF6 C; 5A9G A; 1QR9 A; 4NVP A; 3LDC A; 4GX1 A; 4UCR A; 2UXB O; 5EBL C; 3VOU A; 4LWS A; 3CCE V; 3B2E E; 2GHY A; 3T1H O; 1K97 A; 3BVO A; 3E35 A; 3CXC U; 3W7S A; 5EIB C; 1DF4 A; 2RN9 A; 1WA8 B; 5JJJ B; 4B3T B; 2KSD A; 5H6R A; 2BSK A; 1DLB A; 1N36 B; 1KKC A; 3HKC B; 5KLV H; 1N33 O; 5LMN O; 2X7R B; 1VQP V; 4JI4 O; 1AI7 A; 3JD4 A; 1G1X B; 2Z0A A; 3PN1 A; 1WB7 A; 2B5U A; 2LGQ A; 1XIL A; 4QPJ A; 1MAB G; 4ZHQ B; 2OTL V; 2XAF A; 4Z1V A; 1OZ0 A; 1NVP D; 1EFR G; 5F2V O; 3JAW A; 5L3F A; 4NR1 A; 5H6Q A; 2GTS A; 4MTF A; 4DV3 O; 4IYI A; 3ABK C; 3E8H A; 3ZBH A; 1SC5 B; 3HKE A; 4TOI A; 1T5E A; 1K5Q A; 1LUW A; 4NXM B; 4ABM A; 2EIJ C; 3RFR A; 5CA3 A; 5BMV B; 1D2D A; 1FYJ A; 2ZE7 A; 3K79 A; 1RP3 B; 1X4T A; 2YXY A; 3ABL C; 5EBM C; 1H2L A; 3OMI B; 4B3M B; 1CEZ A; 1SKV A; 4EB6 B; 4NTX A; 1R73 A; 4UB8 Z; 1HNX O; 4LCU C; 5FL7 G; 4GZR B; 2HKO A; 3K0G A; 4FLT A; 3SPH A; 1KP2 A; 3ETE A; 1QLE C; 4LF8 B; 3B4S A; 3HPL C; 3OR6 C; 3H1I H; 5HFM A; 2EIM B; 3ABM C; 4MVR A; 1OCZ B; 5FPO A; 1PNM A; 4O4I B; 3K9S A; 1QCE A; 2VQF O; 2JRI A; 2FTK A; 1PL4 A; 4JPR A; 1VQM V; 3H1J H; 4UCS A; 3TCU A; 2X6C A; 1JR9 A; 1SER A; 1GKF A; 1XNQ B; 1Y4M A; 4IYH A; 2Y48 A; 4I9Q A; 1R1B A; 1WAZ A; 5IJ9 B; 5D5P A; 3FAV A; 4GCZ A; 4DR5 B; 4WCE V; 3IGA C; 1BHB A; 1KEC A; 1SQV H; 5LOV A; 4Q6G A; 2LW7 A; 1O9H A; 4EFE A; 1ZWI C; 3KCX A; 3RGB A; 5KHK A; 5J2U B; 4U7O A; 1IVS A; 2NN4 A; 2F4V B; 5B1B B; 3L71 H; 1BGY H; 4WFA V; 2HG5 C; 1KU9 A; 4GX2 A; 4JI5 B; 5KMG A; 4RWU A; 1NZ6 A; 2LJ2 A; 3SJA C; 3LDE A; 3L74 H; 3K3W A; 3KZI Z; 4R8C A; 1B04 A; 1Y76 A; 1FXK B; 5L3D A; 4YJ2 B; 2M7W A; 4B3R B; 4FLX A; 4O4J B; 1IDS A; 2AZ2 A; 2L35 A; 3AG3 B; 2ZM6 B; 4UCV A; 4DR4 B; 5KX5 B; 3IC9 A; 4HAM A; 1FXH A; 4LF5 B; 2X6B A; 3FKS G; 3U11 A; 1XQ8 A; 1Q6H A; 1HNW O; 1H2K A; 4BW5 A; 4BIO A; 1M56 B; 1VQ9 V; 4MVM A; 3CRR A; 4PA6 A; 2N04 A; 1XMQ B; 3CMA V; 2WLL A; 4ZOL A; 2A0L A; 3G4S V; 4LBE C; 5KUK A; 3N2K B; 2E76 B; 4I50 A; 3K04 A; 1MNG A; 2JVD A; 3QF7 A; 2EIK C; 3O65 A; 1FFX B; 4G27 B; 3APO A; 3MAQ A; 3BAA A; 2ITD C; 2A3Q A; 4I0X A; 2P4V A; 1EZJ A; 1V9P A; 3T4D A; 3X2Q C; 3CC4 V; 2F95 B; 2PZS A; 3BHP A; 2EX3 A; 3FAV B; 1HNZ O; 1YCI A; 3JD3 A; 4ZBM A; 3KKY A; 3UO2 A; 4EFB A; 4GKK B; 3ZHR A; 4J7J A; 4LFB O; 4DK1 A; 4LNU B; 5LOV B; 1F23 A; 4I5S A; 3OTO O; 4UCT A; 1XMO B; 1L1F A; 3ZRV A; 2GDS A; 1OCZ C; 4GKJ O; 3T4Z A; 3MDS A; 4JAS A; 3CRA A; 3WG7 B; 2YIB D; 2JS5 A; 1NTK H; 4J80 A; 4X64 B; 4CBC A; 1PNL A; 3F5T A; 2ADP A; 5EC1 C; 5IDJ A; 1F4M A; 2PTM A; 2QGN A; 5B1O A; 2VQE O; 2DW4 A; 2ARH A; 3JSN A; 3DTU B; 1NR1 A; 4GX5 A; 5LBQ A; 1JMK C; 2Y0I A; 1N0N A; 2E75 B; 2XTA A; 4X66 B; 4DR3 O; 5JVD A; 1OCR B; 2DQ0 A; 2HVJ C; 1YF2 A; 1AB3 A; 1YIJ V; 3C90 A; 1NTM H; 5B1B C; 3ETQ A; 4JI7 B; 4TV9 B; 1JPX A; 3E8B A; 3QO5 A; 2DYS B; 1J5E O; 2LO1 A; 5EYP A; 1QLN A; 4X1K B; 3S3X A; 4X88 A; 1FAF A; 3E83 A; 5AG2 A; 3SYO A; 1RPO A; 2ZD9 A; 4LF9 B; 2JS3 A; 3ZJZ A; 3CSX A; 1ENV A; 4QNH B; 1M57 B; 2VS0 A; 2X6A A; 4QGP A; 2P7T C; 1FS0 G; 1OCO B; 1VQ6 V; 3T1Y O; 5H2F Z; 1BMF G; 2B9Z A; 4H13 B; 4JI3 B; 2LQT A; 4I0X B; 2WLI A; 4MS2 A; 5LXT B; 4FK5 C; 1YZB A; 4YJ3 B; 4LF6 O; 2QKS A; 3P32 A; 4FMT A; 2UUC B; 2WA4 A; 1M56 C; 3OFN G; 5FLX N; 3QG5 A; 1MOF A; 3PJS K; 3GWK C; 1Q82 W; 1WB8 A; 2DMX A; 1VF5 B; 1AI4 A; 3RVZ A; 4X20 B; 2YIB A; 4GT1 A; 3D3Q A; 5CA0 B; 2R9I A; 3WB0 A; 4KXR A; 1URF A; 2Q4P A; 2QWQ B; 1I5X A; 2JDI G; 2BOC C; 1KKD A; 5IY5 B; 4JI6 O; 1N32 O; 2ZE8 A; 2H3O A; 1Q3E A; 1LUV A; 4DV4 O; 4EEQ A; 4X9Q A; 3ETD A; 4AHC A; 4ASU G; 3ZED A; 1YTF B; 3DXR A; 1YXB A; 4JI1 B; 4DR2 O; 1WLE A; 1N34 B; 1H2N A; 4X1I B; 5CB4 A; 1IBK O; 1VQ7 V; 1XNR O; 4D7S A; 1IXB A; 2GBO A; 1W59 A; 4U3J A; 1GAX A; 1S5J A; 4JF3 A; 1ZX3 A; 4MVS A; 4DXW A; 3G6E V; 2MK3 A; 4P2Z A; 5EYP B; 5JJE B; 1HW7 A; 3ZRX A; 1HR0 O; 3RYF A; 5JCO A; 3OMN B; 2EZP A; 3ML0 A; 4K3A A; 2DYR B; 4XDL A; 2QWR B; 4FM0 A; 1SZT A; 3LSS A; 3SJB C; 3AK1 A; 3OAA G; 2EIJ B; 2IJK A; 4DV2 B; 1IBM O; 5CN0 A; 1ZSP A; 1KYO F; 4LFC B; 4DV6 B; 2HHH O; 3OUF A; 2FL4 A; 4FPP A; 3QVN A; 2QJ1 A; 4JAA A; 3ABL B; 2E74 B; 2UXB B; 3I56 V; 2R72 A; 2WLI B; 1NH2 D; 3D8C A; 3T1H B; 3ZHS A; 1Q6I A; 3SDL A; 1MA1 A; 1OCR C; 2Q73 A; 4O2B B; 1M1K W; 3EHB B; 2JEU A; 4KHP O; 1JX9 A; 2ZR2 A; 2EUL A; 4CZZ A; 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