1XS7D

Crystal structure of a cycloamide-urethane-derived novel inhibitor bound to human brain memapsin 2 (beta-secretase).
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design of cycloamide-urethane-derived novel inhibitors of human brain memapsin 2 (beta-secretase).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 389
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2004-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xs7D01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xs7D02
3SM2A 3K4VA 5P1JA 5P2UA 2PK6A 8HVPA 1W50A 2BPXA 4IVTA 3UFNA 4Y39A 5P5RA 1A30A 5P4VA 3IN4A 4EPJA 4I1CA 4RCEA 4RVXA 2Q55A 5P6IA 4RYCA 3OU4A 3EM3A 3GI0A 4FM7A 3OUDA 4DQGA 2NXLA 5OZOA 5P8RA 3LPKA 2O40A 4PYVA 1OEWA 5P05A 4Z2ZA 2OHMA 1MEUA 3ZPUA 4NKKA 1UH8A 1QDMA 1GNMA 1SMEA 4YCYA 2UPJA 3INFA 3VYEA 3ZKSA 3GW5A 4Y6MA 5P1UA 2AOEA 3LIZA 1HVIA 5P2HA 4Y35A 2AOCA 2AZ8A 1LF3A 2R3TA 3Q3TA 2QMDA 3OUBA 3BVBA 5OYRA 4GJAA 4RVJA 2G24A 2I4DA 3GGAA 1F34A 1EPPE 1C6ZA 5P7IA 5P4UA 2OHUA 1CPIA 4NPTA 5P7AA 5P46A 3ER5E 1K1UA 1E5OE 3PBZA 3PSYA 5P76A 1FQ5A 3NR6A 3KFSA 3LIQA 2OHNA 1HTGA 2ANLA 2B7ZA 1EC2A 3I2LA 3PWWA 2QHYA 4TVGA 1ZJ7A 1A8KA 5P2YA 5P19A 3OXCA 2HPFA 5P58A 5P3GA 1MT8A 5OZSA 4I0IA 3VLAA 4HE9A 4UPJA 2QZXA 1EAGA 1TQFA 3ZKQA 5P8JA 4CPXA 2G1RA 4J5JA 5EZXA 5AH6A 5P7TA 2AVOA 4R8YA 3MSKA 3OXWA 4I0JA 5P0QA 3TKGA 5P7KA 3OU1A 1AXAA 5P4TA 1QS8A 3EKPA 2WF4A 5P4GA 2NMZA 5P0WA 3O99A 5P25A 5P1XA 5P3EA 5P3LA 2OHQA 2RKFA 5OZMA 5P7CA 3S54A 3I7EA 5OYZA 4EJKA 1IZHA 3PMYA 3LPIA 5P0RA 2P3CA 2OHRA 3UFLA 2FDEA 9HVPA 5P3UA 5P38A 3KN0A 1FLHA 3OAGB 4BFDA 3GGVA 2IL2A 1QRPE 2UY0A 4Y3EA 4Y3WA 2BB9A 4LXAA 5P77A 5P34A 1RQ9A 2ZDZA 4Y45A 3KFNA 2PH6A 5P51A 5P4EA 5P73A 3EKTA 5C9DA 2AODA 5HE5A 3KM4A 4OC6B 1LEEA 2QHCA 4Z22A 5P0EA 5P04A 2O4NA 3VF5A 1IBQA 5OZTA 2QZLA 1FQ6A 1T7IA 1DIFA 1IIQA 3T6IA 2G1NA 4DQFA 3MWSA 1FG8C 4OBZA 2F8GA 5P5BA 3H5BA 5I3VA 1Q9PA 3RVIA 4I10A 3CIDA 3SA5A 5P3HA 1XL5A 3OQFA 1ZBGA 2JJIA 4YCKA 3B80A 2PQZA 5P3IA 5P8HA 2FIVA 4Y5CA 2JJJA 4U8WA 5DQ1A 3QN8A 2CENA 4LP9A 5P4JA 3UCBA 2WL0A 1CMSA 5P1GA 3EL1A 3DCRA 5P3TA 4Y5BA 5P60A 4EQ0A 3APPA 1HVRA 5P0GA 5P4WA 2OF0A 4Y3DA 1HVCA 1APWE 3O9LA 5P6LA 4Y3JA 1FB7A 4HDPA 5OZFA 5J25A 1GVXA 1ODWA 1ZP8A 5P4QA 3OY4A 2B8VA 3ZKIA 5HE7A 4KB9A 1DAZC 3PLDA 4Y3QA 1APTE 3CIBA 4PEPA 3PWMA 1SGZA 5P0KA 1GNOA 5HTZA 1GNNA 1SBGA 5HDUA 1OD1A 3L5EA 1E81E 2VA7A 2ZHUA 2ER6E 5P5OA 4HZTA 1LYWB 3BXRA 2SAMA 1DW6C 5P6BA 1D4IA 4EJLA 5DPZA 5P10A 2ZJMA 1K1TA 5OYUA 1LS5A 3SO9A 4ZEAA 2ZJNA 3HBOA 5P5HA 1D4YA 3UDRA 4Y41A 1GVUA 1T3RA 2V16C 4GYEA 1W5YA 4Y3YA 4Y4TA 3QS1A 1PSNA 2ZJLA 5P8AA 2OAHA 4L6BA 3G70A 5P0VA 4ZSRA 1FIVA 4EWOA 1FF0C 1B6KA 2WEAA 3NU3A 1MTBA 3FX5A 5OZHA 4DQEA 4YD6A 1KJFA 3IGBA 1W5WA 4TVHA 4D83A 2OHPA 2AQUA 4D8CA 2V10C 5P7ZA 5P6NA 2IKOA 3GGUA 1T7JA 5P70A 5P4HA 1SMRA 4CPUA 5OZ1A 3O9HA 5P3ZA 2BBBA 2O4LA 4DJQA 1U8GA 3O9CA 1BVGA 4QJ9A 3RSVA 4DJVA 5P5QA 3LZYA 5P2LA 5F00A 1EC3A 5P5FA 4I12A 4BELA 2APRA 3PWRA 2OHSA 3PJ6A 5P2VA 1PSAA 5P14A 1TSQA 5P5ZA 2Q54A 5OZAA 3TH9A 3K1WA 3PRSA 5P4ZA 5P3XA 1HVLA 3PVKA 1MSNA 3DV1A 4K4RA 4Y3RA 1RNEA 1KJHA 5P1NA 1UH9A 3BGCA 2RENA 1C6XA 2P83A 3CMSA 3HD8A 1K6PA 4ACUA 2AIDA 5P49A 4DJUA 3ST5A 2RKGA 2HIZA 2CEJA 4PPHA 5P0OA 1FQXA 5P3SA 1HPXA 4Y3GA 4H1EA 1TSUA 5P44A 4R92A 4Y5PA 3TLHA 4M8YA 2FGVA 3VV6A 3OAGA 4GJDA 2P8HA 4RGHA 4YOAA 5P3RA 2WF1A 2CEMA 4Y3FA 5KQZA 4Y4EA 1HOSA 4DJXA 5P02A 1DPJA 3ZLQA 5P5VA 3OQAA 1XS7D 4B00A 3NUJA 1PROA 3NDXA 5OZ0A 2AOFA 3OUCA 1SDTA 5P29A 1ZSFA 3NU5A 2BPYA 4QLHA 2AOJA 4QJ7A 1AZ5A 2PYNA 3O9IA 4Y56A 3KF0A 5P4DA 5P5PA 3IXOA 4J17A 3U6AA 4Q1YA 4EP2A 5P6HA 5DR3A 5BWYA 1KJ4A 5OYYA 4ER4E 2R9BA 4B70A 2H6SA 4NPUA 1LF2A 1NPVA 5P2TA 2Z4OA 3WZ6A 2HPEA 4Y5LA 3OQKA 5P8QA 3VUCA 2WF2A 2QP8A 5TOLA 3TOFA 5P1RA 2WHHA 1HTFA 2Q64A 5P0DA 4J55A 5P5SA 4DJYA 1HTEA 2IKUA 5P2CA 2PSUA 1HVHA 5P1TA 3NWXA 4Y48A 5P63A 5P15A 1QBRA 5P2NA 5P0FA 4OD9B 5P40A 3LIYA 1RL8A 3OOZA 3TPJA 5P6VA 2WF0A 3O9DA 1NPAA 4Y43A 3S2OA 3LZSA 2BPZA 2F81A 1MRXA 5P6MA 5P69A 5P43A 3CKRA 4LC7A 4XKXA 4FCOA 3SA9A 4Y44A 3URIA 2FNTA 2QCIA 3UDMA 5P6TA 4B0QA 3Q70A 1ZAPA 3PI5A 4FM6A 1FFIC 5P6AA 4FIVA 3LIXA 4FLGA 3OK9A 2B8LA 5P3PA 5DQCA 4D88A 2F3EA 2XFKA 5P2GA 5P2ZA 4H3JA 4XXSA 2XFIA 4DVFA 4L1AA 4EHCA 3OWNA 4ZE6A 5P6GA 3KT5A 5P6EA 3UQUA 5P0LA 4ER1E 3L3AA 2QZKA 3PMUA 3CICA 2HAHA 3IN3A 1M4HA 1HEGE 4YBIA 3SA8A 2G69A 2G21A 1K6TA 5P7QA 1B6MA 2ASIA 1OHRA 5P4IA 1UPJA 2I4QA 4Y3XA 1FMBA 5OYQA 4Y3NA 2V00A 1ODXA 1ENTE 5I70A 1ME6A 3S7MA 1D4HA 3EBZA 2VIZA 3UHLA 2QMFA 4Y4BA 5ER2E 5P72A 5P2XA 3BRAA 1K2CA 2Q11A 3OGQA 1JLDA 2G1SA 4BFBA 5P80A 1KJ7A 3S45A 3UDJA 3PSUA 1T6GA 3LZVA 5KOSA 4WY1A 1N49A 3CKPA 4B78A 2R43A 2WF3A 5P5LA 5P4SA 5COPA 1HRNA 2HS1A 1AIDA 1C6YA 4A4QA 3O9EA 4U7VA 5P4MA 1BDRA 5P4PA 1FMXA 1YTIA 4DQCA 3GI6A 5P7PA 3DJKA 5OZUA 5P0CA 4DH6A 5P1FA 1OEXA 2AZBA 3PEPA 4Y9WA 2ZGAA 2NXMA 5P6QA 3S7LA 1EPLE 4L7GA 5P75A 5P2RA 5KR8A 1TCWA 1HIIA 2QI1A 4YD5A 1IVQA 3QBHA 1Z1HA 4F74A 3UQRA 3OADA 3PB5A 5P31A 3T7PA 5AH8A 3Q5HA 5P8OA 3S56A 5P2DA 1GKTA 4F76A 3EL5A 3EC0A 5ENMA 5P3VA 5P6YA 2AOGA 5P8FA 3UDYA 1LYAB 2WEZA 4ACXA 3OXXA 5KAOA 3L5FA 3EL0A 3ZKGA 3QP0A 5P5CA 5P82A 5T4SA 2QZWA 3URJA 2QNNA 4RRNA 5P57A 5P7DA 3UQPA 2ZHTA 2AVSA 4Z4XA 5OZ4A 5P36A 4YE3A 2ZE1A 2VIJA 3FV3A 3M9FA 4H3IA 3LPJA 3QRSA 4YA8A 2PYMA 3PGIA 2BKSA 1BVEA 2Q15A 1FQ4A 1WBMA 3JW2A 3QI1A 3NU6A 4FSLA 5KQFA 3NLSA 7UPJA 4QJ8A 4APEA 1EBYA 3PCZA 4I8ZA 3T7XA 4Y5MA 3QBFA 4RCFA 1NPWA 5B18A 5P1IA 4K4QA 5P20A 5P5TA 5DR1A 2V13A 1FGCC 5P4AA 3OXVA 5P2OA 5P61A 2PSGA 1XE6A 3OU3A 3TOGA 5P3JA 5P3NA 1SIVA 4FE6A 3VV8A 5P62A 3UDKA 1NH0A 2QHZA 5P8EA 4HEGA 1GVWA 4DPIA 4FGXA 5P5KA 1TCXA 2G26A 5P00A 3PBDA 4GJ5A 1LF4A 5P0NA 5P5IA 3ECGA 2BJUA 4B1DA 3BVAA 3OUAA 4XX3A 4J1IA 5HU0A 5DQ4A 3JVYA 2VS2A 5P6XA 1XN3A 4RLDA 5P1MA 4MC6A 5P68A 4AZYA 3VSXA 4OBGA 5OZ8A 3D91A 4CPWA 1M0BA 3ZMGA 4OD9A 1EPRE 4CPQA 1BILA 5DQ5A 3UTLA 5P84A 5P35A 4FRJA 5P6FA 2F3KA 5HDXA 2J9KA 3VYFA 5KR2A 4Y4WA 1E80E 3HW1A 3S85A 4TRZA 4H3FA 2HC0A 1MUIA 3I8WA 4GIDA 5P2KA 3O9BA 3LIVA 1HVJA 2H6TA 5OZWA 5P01A 5FIVA 5P5YA 1W51A 3G6ZA 3VF3A 3D3TA 1HHPA 3I6OA 5P2EA 4GJBA 1HBVA 3SA6A 1EC0A 4Y58A 3NDTA 5P0JA 4Y5AA 4Y5NA 2F3FA 3INEA 3NDUA 3OQDA 4DPFA 5P3QA 1CZIE 2WEDA 4J0TA 1C70A 5P18A 5P79A 2WKZA 1YX9A 4QJ2A 3QVCA 5P0ZA 1EBWA 4FRKA 2P3DA 4CPTA 4CMSA 6FIVA 5P5UA 4I0FA 1NSOA 3RSXA 1HSHA 3VG1A 3ZKNA 5P6OA 3D1ZA 3L59A 1HVKA 4I0HA 5HD0A 5P59A 1HIVA 1MSMA 1EC1A 5P7MA 3UDPA 4ER2E 5AH9A 3GI5A 4GJ6A 3OGPA 5OZGA 3OHHA 2FLEA 2IGXA 1EPNE 4NJTA 4FRSA 1HVSA 3SACA 1ZPKA 1ZLFA 4J0ZA 5ENKA 3QAAA 3QVIA 2ZJKA 1VIJA 1APVE 3B7VA 5P4CA 1BWAA 2V12C 5P1PA 4GJCA 1BIMA 4ZLSA 3OU4B 1G35A 3HAWA 1QBTA 5P4FA 3CKTA 2VA6A 5P06A 3SA3A 2P4JA 2BPVA 3OUDB 4J1CA 5OZJA 1G2KA 3LNKA 1APUE 5PEPA 5P33A 4LXKA 3QIHA 2OHKA 2AVVA 3CYWA 5P32A 3DOXA 2PWCA 5P52A 3RTMA 5P1OA 2VA5A 5HVPA 3ZL7A 2PC0A 5SZ9A 3BHEA 1F7AA 5P7UA 3OHFA 3QROA 2B7FA 4IVSA 2VNMA 5P0AA 5P74A 5P6CA 5OZ3A 2B42A 2QI3A 4JECA 3S43B 3D20A 5OYWA 4Y4ZA 1IVPA 1DMPA 2Q3KA 1TZSA 2G1YA 5P85A 4ZSPA 4L7JA 3KA2A 3QRVA 5P23A 3D1YA 2WECA 4TRWA 2ZYEA 5OZCA 5IVSA 1FKNA 3EM4A 4J1KA 2I0DA 5P78A 3FSMA 5P8TA 2BQVA 5P7BA 3KMYA 1MERA 4OBKA 4COEA 4GJ7A 1B5FB 5DR8A 5E5JA 3EKQA 4B77A 4MC2A 5P81A 3A2OA 1BDQA 2IRZA 4K4PA 1MPPA 3DM6A 2ER0E 3NXNA 3NU9A 3ZPSA 3CYXA 4HDFA 1FFFC 2WEBA 2FDDA 5P45A 5P6SA 5P41A 5P6DA 2UXZA 4KE1A 3KDBA 2QMPA 4ZIPA 3LHGA 4LXMA 1HPVA 2ZHRA 2JXRA 2P3AA 3PSGA 5OZXA 2QAKA 1K6CA 2ER9E 4OC6A 3S53A 4WY6A 3SLZA 1AAQA 1BV9A 1Z8CA 4Y3PA 1W6IA 3R0YA 5I3XA 4TRYA 4OBDA 3KDDA 4JPCA 5OYVA 1KJGA 4Y36A 4Y38A 2OHLA 5P7SA 2FMBA 5SXNA 5ISKA 2NNKA 2NTRA 5DR7A 3SA7A 4Y4GA 4J0PA 4DJOA 5OZBA 3DUYA 5JODA 5P1SA 3EL4A 4CPSA 4EQJA 5AGZA 4Y4JA 4Y3HA 4KUPA 3IA9A 3AIDA 5OZQA 2QD7A 3MXEA 1YT9A 1MRWA 4XX4A 2PMAA 1IZIA 2O4SA 2ER7E 4AUCA 2VJ6A 2ZJHA 2XYFA 4AMTA 4DQHA 4EXGA 5P0YA 2G20A 5P1DA 5P3YA 4OBZB 2VJ9A 5IE1A 5IVQA 5P03A 5P7EA 4D89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SM2 A;  3K4V A;  5P1J A;  5P2U A;  2PK6 A;  8HVP A;  1W50 A;  2BPX A;  4IVT A;  3UFN A;  4Y39 A;  5P5R A;  1A30 A;  5P4V A;  3IN4 A;  4EPJ A;  4I1C A;  4RCE A;  4RVX A;  2Q55 A;  5P6I A;  4RYC A;  3OU4 A;  3EM3 A;  3GI0 A;  4FM7 A;  3OUD A;  4DQG A;  2NXL A;  5OZO A;  5P8R A;  3LPK A;  2O40 A;  4PYV A;  1OEW A;  5P05 A;  4Z2Z A;  2OHM A;  1MEU A;  3ZPU A;  4NKK A;  1UH8 A;  1QDM A;  1GNM A;  1SME A;  4YCY A;  2UPJ A;  3INF A;  3VYE A;  3ZKS A;  3GW5 A;  4Y6M A;  5P1U A;  2AOE A;  3LIZ A;  1HVI A;  5P2H A;  4Y35 A;  2AOC A;  2AZ8 A;  1LF3 A;  2R3T A;  3Q3T A;  2QMD A;  3OUB A;  3BVB A;  5OYR A;  4GJA A;  4RVJ A;  2G24 A;  2I4D A;  3GGA A;  1F34 A;  1EPP E;  1C6Z A;  5P7I A;  5P4U A;  2OHU A;  1CPI A;  4NPT A;  5P7A A;  5P46 A;  3ER5 E;  1K1U A;  1E5O E;  3PBZ A;  3PSY A;  5P76 A;  1FQ5 A;  3NR6 A;  3KFS A;  3LIQ A;  2OHN A;  1HTG A;  2ANL A;  2B7Z A;  1EC2 A;  3I2L A;  3PWW A;  2QHY A;  4TVG A;  1ZJ7 A;  1A8K A;  5P2Y A;  5P19 A;  3OXC A;  2HPF A;  5P58 A;  5P3G A;  1MT8 A;  5OZS A;  4I0I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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