1XVXA

Crystal structure of iron-loaded yersinia enterocolitica yfua
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
SNDSGIVVYNAQHENLVKSWVDGFTKDTGIKVTLRNGGDSELGNQLVQEGSASPADVFLTENSPAMVLVDNAKLFAPLDAVTQAQVAQEYRPEHGRWTGIAARSTVFVYNPEKISEAELPKSIMDLAKPEWKGRWAASPSGADFQAIVSAMLELKGEKATLEWLKAMKTNFTAYKGNSTVMKAVNAGQIDGGVIYHYYRFVDQAKTGENSGKTQLHYFKHQDPGAFVSISGGGVLASSKHPKEAQEFVKWITGKSGQDILRTNNAFEYAVGVDAASNPKLVPLKDLDAPKVEPSKLNSKKVVELMTEAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel Anion-independent Iron Coordination by Members of a Third Class of Bacterial Periplasmic Ferric Ion-binding Proteins
pubmed doi rcsb
molecule tags Iron binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords YfuA
total genus 115
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xvxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xvxA02
4GD5A 1MXXA 3ZS6A 1B1HA 3G3FA 1B52A 2XX7A 4YB5A 4AQ4A 2W7YA 3UN6A 1EH3A 1B58A 2LAOA 3FXRA 4H8JA 1N0TA 4MFIA 3SEUA 1WDNA 3ZKKA 2RCAA 3FJGA 3K00A 5I2NA 2XHDA 2PX1A 1B32A 1AH5A 5M2VA 2QS2A 5K2XA 1TFDA 5TPAA 1IUDA 2X7PA 1QVSA 3PUZE 1QUJA 2Y84A 1MY3A 1UTBB 4IY6A 1VR5A 3C4MA 3E9XA 1MDQA 1OQHA 2GHAA 1PEBA 5H8NB 4FAJA 2Q2AA 3K6XA 4OYVA 5HBCA 3HHGA 1B7HA 2F7CA 3ECRA 3OO9A 3TTKA 2Z8DA 5CBRA 2V3TA 2QSXA 4BLAA 2UXAA 5EHMA 3ZSFA 1B5JA 4F3SA 4YKPA 5K2YA 2ONRA 4R74A 1SDXA 3VLUA 1DOTA 3OMBA 2QPQA 1OVTA 5L8DA 5AA1A 1JQFA 1D9VA 4NF5A 1URSA 3VE1B 3PPRA 4OVJA 4IO7A 1SI1A 4DXCA 4FORA 1LCFA 2O84X 2ZNSA 3H06B 1SW4A 3KZGA 5CMBA 3EHUA 5DVJA 3VFJA 3MUQA 1B3LA 1NMUA 3VXBA 3OO6A 1MS7A 4ELRA 1PBPA 4FIMA 4PP0A 4LUBA 1IQ7A 5AE4A 1AL3A 3VV5A 4LQ2A 4Z7EA 3DP6A 1ZJLA 3C9HA 5FTIA 4NF4B 1ELJA 2B65A 1Y3NA 3Q28A 5FTHA 3HV1A 2V84A 3K02A 3IX1A 3EPEA 4RXLA 3FZVA 2REJA 3GZGA 1Y1MA 1Y1ZA 4JSDA 3THIA 3FVKA 3VLWA 1P99A 1YAEA 1M5EA 3QUJA 2G93A 3TEPA 1QKAA 4KI0E 3G3IA 4EQ7A 4IO4A 2XXHA 3TQWA 1HSJA 4YKJA 1FW0A 2RC7A 4N6PA 3OENA 4ISUA 2H25A 2XD2A 3W9VA 3U94A 1POY1 3HO7A 1P1QA 1N7WA 3JV9A 3DP8A 1TWYA 3BFUA 4F22A 4RJZA 1Y3PA 3IJOB 2RKMA 4HW8A 2DXYA 1Y4CA 1IXGA 3SEWA 1B05A 2AYSA 1VFDA 5I58B 5L9MA 2Y7IA 3CIJA 4ESXA 3M3KA 1N84A 4EQ9A 2P0SA 4RY1A 2PBWA 2IA4A 3CFZA 4KFQA 2I0BA 3R7XA 3V89B 2B3FA 4I9DA 1IXCA 3QSLA 4F1YA 3KOSA 2F7BA 2ZYNA 4DXUA 5LOMA 1TFAA 4YB6A 3IB2A 1R6ZA 2ABHA 3K01A 4HS7A 4IGRA 1UTBA 2XXXA 3KEIA 5ELVA 3G3GA 1Y3QA 2GHBA 3H7MA 3TCGA 3PUXE 4U22A 4R2FA 3CFXA 1NL5A 2E0SA 1YCJA 4MLQA 4OFOA 4QHQA 3QYTA 4JSOA 4G4PA 4P0GA 3MVYA 3T9UA 4OENA 4PE5B 2QMWA 4R75A 3RY3A 1XT8A 5KCJB 4GF8A 3HN0A 4QSDA 1URDA 4RPNA 2P2AA 3O66A 1SBPA 3R26A 5JEIA 1BP5A 4PETA 1LCTA 5TU0A 4QFKA 2DQVA 3MWBA 1M5CA 1SW2A 4OXVA 3TAJA 1NKXA 4U2RA 3IO4A 1USYH 3T66A 3U92A 4QF9A 1OIBA 2QS4A 4YMAA 2Z23A 2I4CA 5JTYA 1ZMGA 4NE4A 5J1DA 4PFWA 2QJEA 3PPQA 4H67A 4OWDA 5ICTA 1D9YA 4FATA 4ZEIA 1EU8A 4EUOA 3PV0E 1GVCA 5IAIA 3ODBA 3HCQA 1M5DA 3TODA 3KSXA 2O1LA 3MJNA 3MZBA 4QSEA 1EZOA 3UP9A 4JB7A 2VD2A 3IORA 2UYEA 2QL3A 2XXQA 1BLFA 4BDRA 1H44A 3CRBA 4NF4A 4IO3A 3V83A 2OJTA 2QS1A 4R2BA 3IOTA 4E0XA 3G3KA 2Y7RA 3SEVA 3O6IA 5CI5A 2A5SA 3SEYA 1NH8A 1IXIA 4RA1A 3U93A 3MZ9A 4WEPA 3TTMA 4F19A 4WEDA 1R9QA 3IOWA 3OO8A 4F29A 4JBZA 2I49A 5CMMA 3VVEA 2GFEA 4G68B 3V8XB 4BDNA 1QKBA 4BDMA 3TELA 1USYE 4OEVA 2XXRA 4EXLA 4IO6A 2ESNA 3CSGA 4K3FA 2OK2A 4LA9A 4EDPA 2O69A 2QMXA 4TQUQ 3N6UA 3KFMA 1VSOA 2NUVA 1PB8A 4I1DA 2I3VA 1B4HA 1XOCA 1MQIA 4OESA 1JVXA 4U23A 2RINA 4OHNA 4KPTA 1JEVA 2UVHA 1MY4A 3M3LA 2R6GE 3EN3A 3FXUA 3QXMA 3G3JA 3K6UA 4Q8RA 2PT2A 4YZZA 1SW5A 2KLFA 3K1MA 1A8FA 5I58A 1H3DA 3C36A 1LAFE 1AIVA 2V93A 2DVCA 3CR9A 3B6WA 3T96B 4UA8A 3Q25A 4H6DA 4F3GA 3TDJA 4YB7A 3OSQA 3FGSA 3N5LA 2Y7WA 2H98A 2ZXTA 1FQCA 1Y9UA 1DTZA 1FQEA 3IB0A 2RCBA 4ZEBA 2YJPA 4KYDA 2OZZA 3T93B 3U72A 3OELA 3I5OA 4H5GA 3UORA 2GRVA 2I3WA 4KCDA 5KCJA 3EHSA 4XTCQ 4DLDA 1MPCA 2HAUA 2CZLA 3SKPA 4GXAA 1I6AA 2AIXA 3GLBA 4GFRA 2F97A 4GXSB 4BDLA 5JK4A 4H1XA 2UVJA 4KQPA 3PU5A 5AA2D 4YU0A 3K1NA 5KDTA 4E0WA 1EZ9A 3H4ZA 1IXHA 3L6GA 1NNKA 1FTLA 3DM0A 1MXVA 4OZ9A 3FVNA 4ELOA 3OSRA 4YICA 3OD7A 2ZYKA 3IO6A 3HPIA 4JWXA 1A99A 1UIVA 1OLCA 2ALUA 1ANFA 1ZIUA 3QUFA 1A55A 3K6WA 1B51A 4XKQA 1SI0A 5H8QA 5KZTA 3ZKLA 1MY1A 1SD3A 3M3FA 2VD3A 4NWCA 3MP8A 4DCXA 4F2QA 5EYFA 2XXUA 4Q0CA 1O7TA 5JTYB 3C35A 5IKBA 3VDFA 2R71A 4O3CA 4XKPA 4YKKA 5DT6A 5ITOA 2Q8JA 4U1OA 1ZLQA 2XXYA 4ESWA 3V5AA 4QFNA 3H3GA 2O51A 3FVOA 4R6YA 4AB6A 1BKAA 2F78A 2VOZA 3FVGA 3N26A 1R9LA 5I2KB 4F39A 2ZNTA 1MM7A 3E3KA 3SDFA 3OOAA 3R6UA 3SETA 3UK4A 2HXWA 4G68A 1LLSA 5DYHA 4OFLA 4ELPA 1RYXA 1LFIA 3VVFA 1P1UA 1XVXA 1O63A 1B3HA 4QFPA 3RQTA 3T9XB 2XXIA 1MXZA 4LATA 5ISUA 1B3FA 1H76A 2F6PA 2DE3A 3DP4A 1OLAA 1FTOA 4KD5A 1F9BA 5AA4B 4RYAA 3LSWA 3USDA 3FD3A 3KN7A 1MM6A 2XXPA 3QIMA 2FNCA 1ZTYA 3TKDA 3TCHA 2Z8FA 1FQBA 3UA8A 3RUMA 4U21A 2F8DA 1NH7A 1MH4A 2O1MA 4IO5A 3QAXA 3H6TA 2UVGA 4GL0A 3DLNA 4PFUA 5H8HA 4NTLA 2XX8A 5FHMA 3PD8A 4LONB 1MDP1 1O64A 2DE4A 3GXAA 3FUZA 4QFLA 1Y20A 1PB7A 2P1SA 1SYIA 3IK6B 3MAMA 4G8HA 4LQ5A 1B3GA 1EZPA 3PD9A 4NEDA 4R6HA 3RT6B 3W9WA 4GIZA 2ZMBA 3LSLA 4PFTA 3B6TA 1QUIA 3N6TA 1IEJA 2HCAA 4G8MA 3UIFA 2H4IA 5BWJA 4F31B 3IJXB 4DXBA 3D4GA 3WAEA 4R9FA 3PUYE 1B0HA 3LC8A 2F7AA 4QFOA 3G7WA 1BTJA 1MPBA 3T9VA 4KHZE 4Z0IA 4RK2A 1Q35A 3PPNA 2IEEA 3MP6A 1DPPA 1OQGA 3JZJA 3HSTA 4OETA 1B7ZA 4F18A 2VP1A 5FHOA 3I3VA 1LAXA 4OEUA 2O7IA 5DVFA 2PT1A 3FASA 1UTHB 1PBQA 4GVOA 3E4RA 2XXWA 1I6BA 5EHSA 1BIYA 5L9SA 2THIA 4POWA 3WAFA 1LAGE 2RC8A 1JETA 2NOOA 5HPQA 4ND9A 5CMCA 5KDTB 3BKIB 4F3BA 1P1NA 2Q9TA 3N94A 1CE2A 3O97A 3PPOA 4RNSA 4R73A 4HTGA 3BFTA 3ONMA 1ZU0A 4TLMB 2RC9A 1LBBA 5H8QB 3L6HA 1JW1A 4RK9A 5I2KA 3W15C 5B7DA 2ZYOA 4OFJA 1XVYA 1P1WA 1FTJA 1LFHA 4WKMA 3FATA 1NNTA 2DP8A 1SYHA 3RLFE 4I8CA 1SVXB 3LR1A 3S9LC 4R9GA 1B0LA 5F1QA 1RKMA 3KG2A 3PUWE 4O3AA 4EXKA 3ILUB 1Z7NE 4ZZAA 2DWJA 3C33A 3IL1B 2XXVA 3OO7A 3H03A 2H99A 3CFLA 3K0VA 5AA4A 1QJMA 3MC2A 4FEBA 3TTRA 3C34A 1A7LA 3S4UA 1TT1A 4HCWA 5I56A 2F6GA 3G3HA 5ITPA 4X48A 4U1ZA 4MBPA 4GRKA 1MQHA 3IB1A 3RPWA 1QULA 3Q29A 4Q30B 4NF8B 4HCYA 1QW0A 5AA2A 1LGBC 4XKNA 1QUKA 3EHTA 4H8IA 2RF1A 3B7DA 2BJJX 1RYOA 3KN8A 4MH5A 2DS9A 5DEXB 1OVBA 4R72A 3CSBA 1WODA 4F1UA 4XIGQ 2Z8EA 1B3EA 4WXJA 2NVUB 4GLIA 3GBAA 1P1OA 1Z7ME 3FJ7A 4NF6A 3K4UA 3KSJA 4IB2A 2QS3A 4KCCA 3FV1A 4C1UA 4FEDA 1POTA 4XXUA 1MH3A 2UVIA 2NWJA 4ZE8A 4XKRA 2OWTA 5H8HB 1D4NA 1MG1A 4C0RA 1FTMA 4U4XA 3HHFA 4G68C 3KJ7A 1N04A 1LFGA 3IOUA 1HSLA 3OEMA 4TLLB 2WKYA 3TUSA 2DXRA 1M5FA 4H0WA 2XD3A 3VLVA 4U4SA 1N76A 5CC2A 1MXWA 5CBSA 5F7VA 5B70A 4KR5A 1HSEA 1PDAA 1MQGA 4LZ5A 4P11A 4PFYA 3S2VA 3BBRA 2M8CA 4MLVA 3SEXA 3S9NC 5H8FB 1B4ZA 1LSTA 3FV2A 4DCYA 1ATGA 2F35A 1UTHA 1YTVA 4ZEDA 3TZAA 3H6WA 2REGA 4EF1A 4THIA 2H9BA 3LUYA 1PC3A 1JW5A 4LZ7A 4H65A 1US5A 4NMYA 1LBCA 2AL4A 2Y7KA 3SESA 4BDOA 3RT8A 1DPEA 4OERA 4O3BA 5L9OA 1N7XA 3TCFA 3PUVE 4M4GA 1TXFA 4LP2B 1PB9A 3KGCA 1MRPA 3C32A 1US4A 4ONYA 3LBSA 4ZE9A 2HZLA 3MQ9A 4G8NA 3UGWA 3OXNA 4ZS9A 4ZECA 4RPOA 2X7QA 3A3CA 1DMBA 3MPKA 2HFBA 3MZ1A 4ZEFA 4MF3A 1R1NA 3VXCA 1B2HA 1B9JA 3TPAA 3K6VA 4FE8A 1GTKA 2O68A 3CVGA 5TP9B 3SERA 1JNFA 5ICQA 1Y4TA 3QK6A 3PMXA 1XC1A 2I6EA 4ZDMA 3D4CA 1ZBMA 1I6QA 4F3PA 3FXQA 1NFTA 3MVZA 4AB5A 2HQ0A 2A5TB 3EF7A 1NNPA 2NXOA 4GOTA 4R6KA 1JVYA 4OQOA 3TFLA 1FQAA 3MPLA 3U8QA 1VFEA 4F1VA 1DSNA 3T22A 3A3UA 4N13A 3MVWA 4ZZEA 3O9PA 4ZEKA 3S9MC 1J1NA 3O29A 1A8EA 4IO2A 2CMOA 4I62A 1LB9A 4NF8A 1YPNA 1I69A 1N3WA 1KWHA 1MPDA 1IITA 2QRYA 1MQJA 5A5XB 4YAHX 4F2OA 5DEXA 1JEUA 5H8SA 2F34A 2PMSA 4YKIA 3I6VA 3TMGA 3RN8A 2I4BA 5I56B 4M1VA 2DVZA 2FYIA 3CG3A 3Q26A 5FHNA 2PVUA 1A54A 1MY2A 3O6HA 4Q5TA 3O6GA 1S50A 3C31A 1WVJA 4FECA 5AA2B 2HEUA 1FTKA 3JYRA 3PMWA 2Q89A 3P7IA 1XHYA 3MBPA 4JWOA 2Q88A 2H5YA 4GWOA 5BUUA 4EF2A 3H6VA 2F5XA 5I59B 1SQYA 2DOJA 1II5A 2Z22A 2GH9A 4NF6B 4NWDA 3RTWB 4JDFA 4EQBA 3PGFA 1LB8A 4C1TA 2D3IA 4DE8A 4TOZA 2HZKA 3DELB 2DWAA 1ZKBA 1H45A 2DYXA 3M8UA 5CM6A 2Q2CA 1IZ1A 4OTEA 4X1BA 5H8FA 5I57B 4OMBA 1MY0A 1Q1KA 4P0IA 2YPNA 3S9EA 1JW4A 3Q27A 2I58A 1AOVA 1XS5A 2O7UA 2Y7PA 4LVQA 4PQJA 1B1XA 3EQ1A 3KBRA 2ZNUA 1B46A 1T0KA 1B5IA 1URGA 3IAZA 2I48A 3VVDA 3RTFB 2OCUA 1A40A 2D5WA 1AMFA 3KJTA 4X9TA 2HAVA 2ONKE 3FJMA 4GL8A 3CG1A 2F36A 2OWSA 5I2NB 5H8NA 1UQWA 2D21A 4DIGA 3K2DA 5TPAB 4YMBA 4DDDA 3E13X 2DWHA 3K1PA 3F11A 1S7YA 3MW0A 3LSFB 3MP1A 4H5FA 1IIWA 5TP9A 1B6HA 1L5TA 4BDQA 3TTNA 5DTBA 4X1DA 5CRYA 3TQLA 1B7UA 3PMVA 3O28A 1M5BA 2A5TA 4L17A 4JXIA 4G2ZA 3AXFA 3IOVA 4N07A 2UYFA 2R9JA 1FCKA 2X26A 3U1OA 2ONSA 2AL5A 2FA7A 2O6AA 2I0CA 4QSCA 3IR1A 2PYYA 2OLBA 4IGTA 2V3QA 4NF5B 1SW1A 3H6UA 2V3UA 1N3XA 3KN3A 5A5XA 1OMPA 4G77A 4LZ8A 1MXUA 4DZ1A 1D3KA 1UIUA 2XXTA 2OBGA 1CB6A 1GV8A 2XX9A 1B40A 2VGQA 5I84A 3FIRA 3B6QA 2G29A 1LAHE 1VE4A 1MXYA 2ANJA 2B3BA 5AA3A 4IY5A 1S9TA 2DSFA 4JWYA 4UACA 3A09A 2DWIA 4ECFA 1FQDA 3KOTA 3OEKA 4POXA 3T9HB 4KYEA 2V25A 1H43A 5HM4B 5I59A 5DVIA 5CMKA 3MVXA 3TYHA 1B5HA 1MQDA 4FJPA 2VHAA 1NNFA 1GGGA 3CI8A 3RGYA 1FQFA 4KYSA 4ELQA 3ILTB 4GQOA 3GBBA 3PPPA 2DE2A 3RNNA 5I57A 3O2AA 2YLNA 2ZYMA 1DTGA 2E1SA 4QRZA 3TTLA 1GR2A 3LSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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