1Y1ZA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with acbc
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
282
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 84
structure length 282
sequence length 287
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1zA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1zA02
1EZ9A 4F3BA 3IJOB 3K6VA 3K0VA 3N94A 1GR2A 1SI1A 1B52A 2ABHA 3KFMA 3T9HB 4MFIA 4KHZE 4I8CA 2DVZA 3F11A 1FQDA 2XX9A 1B4ZA 3QIMA 5A5XA 3K01A 2O84X 3D4GA 4ELQA 4EQ7A 2V84A 1AMFA 3L6GA 2H9BA 1MQGA 1NL5A 2PT1A 4M1VA 3O97A 5A5XB 1WODA 1XVXA 5ISUA 4LA9A 1HSJA 1B4HA 4KD5A 4PFUA 4H5FA 4AB6A 1A54A 4JB7A 2ZNTA 3FIRA 2QS1A 3K1PA 2DVCA 4KYSA 3ZS6A 2I4BA 4BDQA 3M3LA 1UIVA 3O66A 3QUJA 3DP4A 4X1BA 1P1OA 2YPNA 3W9VA 1UQWA 2F78A 2DWIA 2M8CA 1OQHA 1JW5A 1P99A 4WXJA 1B1XA 3KN3A 3MZ9A 3FVGA 1SYIA 1YAEA 3QUFA 5I59A 2PYYA 3H7MA 4N6PA 1N3WA 3FUZA 1MXXA 3FVOA 3MP6A 3H6TA 2RCAA 2XXWA 1LFGA 5I59B 3O2AA 3TTNA 1Y3PA 3U8QA 1RKMA 2AIXA 3G7WA 3E4RA 4ESWA 1B3EA 1SW4A 5J1DA 5F1QA 1VR5A 2DE3A 4BDOA 2CZLA 3UGWA 4OXVA 2Z22A 1MDP1 3VLWA 4Z0IA 2RCBA 4R74A 2A5SA 4XXUA 1KWHA 1ZMGA 1R6ZA 4U21A 3CG1A 4POXA 2HZKA 5AA3A 3PPRA 1IITA 3Q28A 3QAXA 3LBSA 4RJZA 3A3UA 2G29A 4NEDA 4QSDA 1EH3A 2RF1A 1PB8A 3RY3A 4LONB 5FTIA 4U1ZA 3A3CA 1D3KA 3DM0A 3RUMA 3TTMA 1LGBC 4I9DA 2I0BA 2R9JA 1MS7A 1MM7A 1B6HA 2VD2A 4RXLA 4IO7A 3VXBA 2X26A 4X1DA 2H4IA 4JBZA 1TT1A 2HCAA 1ELJA 4JDFA 4TLMB 2ONKE 1O7TA 2XXYA 3OEMA 2DP8A 3TCHA 5EHSA 2R6GE 3OO8A 4LATA 1B1HA 3G3JA 4GL8A 4EF1A 3G3GA 4O3BA 3IOTA 4F1VA 4XTCQ 1FTMA 2XXVA 2F6GA 3TUSA 1IXIA 3TODA 1DTZA 2REJA 2DQVA 3FJMA 4DXCA 2NXOA 1S9TA 2HZLA 3KSJA 4OEVA 1H43A 3N5LA 1LFHA 4RNSA 1AH5A 4ZEIA 3FATA 3PGFA 1URDA 2A5TA 1P1NA 2F6PA 1YCJA 3N6UA 1QUJA 1MH3A 3TZAA 3PUWE 2A5TB 3RNNA 1IEJA 2Y7PA 3PPPA 4PETA 1US4A 3V8XB 1MQDA 1GV8A 3IL1B 1UIUA 1XT8A 2R71A 4ISUA 1QJMA 1ZIUA 1VE4A 1FCKA 3CVGA 3SEWA 5AA2D 4JSDA 4JSOA 2F7CA 5TPAA 4IO4A 1Y3QA 4LQ2A 3B6TA 2YJPA 4RK2A 5BUUA 4U22A 2F97A 3MWBA 5JK4A 1ZKBA 3WAEA 3FV2A 5AA2A 5TPAB 4ZDMA 4H8JA 1HSEA 2DE2A 5IAIA 2B3BA 4MLVA 4IO2A 1OVBA 3K6UA 4FATA 5CM6A 3VLVA 5AA2B 2ONSA 1B2HA 3G3HA 4G68A 1LB9A 4KPTA 4G8MA 4QSEA 5DT6A 2RC9A 4FORA 3VV5A 3V89B 3HSTA 1FW0A 4YKKA 4OWDA 1PBQA 4FEDA 1YTVA 2G93A 4NE4A 2OWTA 3IB0A 3O6IA 4DCYA 1SW2A 2I48A 2P0SA 1DSNA 4XKNA 2KLFA 4G68B 3I5OA 4BLAA 1B0LA 1Z7NE 1SDXA 3VVEA 3HV1A 1R1NA 1JW4A 1NNTA 4OFOA 3JZJA 2RINA 3UIFA 3WAFA 3UK4A 4GVOA 3VVDA 2F7AA 3CFZA 4POWA 1B3GA 3IB1A 4OQOA 2QJEA 2XD2A 4LZ8A 2QS3A 3MZBA 3C31A 3BFTA 3EF7A 4ZE9A 1B3LA 4TOZA 3HHGA 3EHUA 3HN0A 3MP8A 1MXZA 3KOTA 4JWYA 2DWJA 3CFLA 1MY1A 4NF8A 4OTEA 1H76A 1UTBA 2FNCA 3PPQA 4F18A 1B7ZA 1FTJA 3DELB 3OENA 1FQEA 1IUDA 2HAUA 1CB6A 4NF8B 1UTBB 3USDA 5B7DA 4H1XA 4X48A 2ZXTA 3KOSA 2NVUB 3KEIA 3VVFA 4G77A 1LAFE 2NWJA 4G4PA 5AA4A 1NH7A 5TU0A 3R7XA 4F19A 1RYXA 4PE5B 1NNKA 3I6VA 4JXIA 2DSFA 4IO3A 4R73A 2RC8A 3VXCA 5L9SA 5AA4B 3RTWB 1OVTA 5DVFA 3PPNA 2QMWA 3N26A 1Q1KA 1SI0A 1M5CA 2VHAA 1AOVA 1AL3A 5AA1A 4KQPA 1OLCA 4DDDA 4FECA 3CG3A 4F39A 3FASA 2H5YA 2OBGA 2HAVA 2VGQA 1US5A 3O28A 1LCTA 2HQ0A 4LP2B 3OMBA 3TELA 2GRVA 3MVWA 5HBCA 3RTFB 5EYFA 1POTA 1TXFA 1MQIA 3M3FA 3H6WA 4GL0A 3L6HA 5I56A 2E1SA 1SYHA 4F3SA 5EHMA 5H8HA 4NTLA 2B3FA 2I4CA 3CRBA 5I56B 5K2YA 4HW8A 4G2ZA 1QULA 1BP5A 5H8HB 4U4SA 1DMBA 3U94A 3TTLA 4E0XA 1SVXB 2OK2A 4ELRA 1JQFA 1H44A 1JVYA 1EZPA 2NOOA 1B9JA 1B0HA 4R9GA 4ECFA 1EZOA 3PUYE 3C9HA 3DP8A 3SESA 1PB9A 1PDAA 1UTHA 3H6UA 1QKBA 3KSXA 4QSCA 1I6AA 3PD8A 2GH9A 1B05A 3PUZE 4GXAA 5DYHA 4QFPA 3QSLA 1UTHB 3KG2A 4OYVA 1LSTA 2QMXA 1IXHA 2XXIA 4QFLA 2ALUA 3IOWA 4EUOA 1QW0A 1PC3A 2RKMA 4RY1A 1JW1A 3OXNA 3TTRA 1A8FA 1MH4A 4C1TA 2UYFA 2O1MA 4H65A 4U2RA 1QVSA 2QSXA 4QRZA 4NMYA 4ZZEA 2V93A 4GQOA 3PMXA 3KZGA 4DXUA 1S50A 4LZ5A 1LLSA 1VSOA 3C35A 3TPAA 1N76A 1B7UA 1LBCA 1O64A 2XX7A 5HM4B 4THIA 1MY2A 4ZEBA 3ZSFA 4NWCA 2AYSA 2Q9TA 2DXRA 1ZBMA 2E0SA 2Q2CA 4ELPA 4GF8A 1DPPA 5CRYA 4DXBA 4ND9A 1FTKA 2I49A 5K2XA 3BFUA 1R9QA 3ILUB 1SW1A 1SW5A 3T9XB 5AE4A 1VFEA 3GZGA 4YB6A 4I1DA 4RPOA 2H25A 3IB2A 4F3GA 2UVIA 2F34A 3IK6B 4QF9A 3IO4A 2VD3A 2XXXA 4YB5A 3FVKA 3MVZA 4DE8A 4N07A 2XXUA 1HSLA 3ILTB 2ESNA 1WDNA 3OELA 4OETA 4N13A 5DVJA 5JTYA 3K00A 4P0IA 2YLNA 5FHOA 1VFDA 2GFEA 3DP6A 5ITOA 1B40A 2V3QA 4YKIA 5JTYB 4FAJA 1OLAA 2HFBA 3Q26A 4H67A 5FHMA 4YKPA 3THIA 2O68A 3PV0E 1H3DA 3B6QA 2OWSA 1S7YA 1DTGA 4BDNA 3TDJA 4ZEDA 3EPEA 5CI5A 1JETA 5DEXA 3VE1B 1BIYA 1P1QA 3KBRA 3HCQA 5CBRA 4GLIA 4IGRA 4IO6A 2F5XA 4RK9A 5FHNA 3JYRA 1Y3NA 5DEXB 4ZE8A 4ELOA 2Z8DA 1Z7ME 2O51A 3RT8A 5CBSA 4WEPA 1MY0A 1SQYA 3SEUA 3A09A 3K4UA 3PD9A 5BWJA 4YZZA 1JEVA 2O1LA 3MPKA 3U72A 3TKDA 1MXUA 4OERA 2XXTA 4FEBA 1TWYA 1Y20A 2XXPA 1LAXA 3KN8A 2THIA 3SEVA 1A99A 2DE4A 3RN8A 3FGSA 4F2OA 4RA1A 1FQCA 3RPWA 4GFRA 3T9UA 4H6DA 4C0RA 1PEBA 4GIZA 1BTJA 3T9VA 4XKQA 1II5A 4O3AA 5KDTA 1NKXA 3IJXB 4AQ4A 4F1UA 4EQBA 4RYAA 1LCFA 4R6YA 3T93B 3FXRA 2FA7A 5KDTB 4P11A 4GD5A 4I62A 5LOMA 4HS7A 3UP9A 3SEYA 4LQ5A 1Y1MA 3Q27A 1LAGE 3KJ7A 3TTKA 2OZZA 5B70A 5HPQA 3OOAA 4ESXA 1ZLQA 2XD3A 2OJTA 1MPBA 2I58A 3KGCA 4G8HA 3Q25A 1FQBA 4R9FA 2XXHA 1MXVA 3MVYA 3EHSA 1BLFA 1J1NA 1I69A 3RT6B 5IKBA 1URSA 4NWDA 2XXRA 4QFOA 3VFJA 2H98A 2UXAA 2ZYOA 5H8NA 4R6KA 3OO7A 3IX1A 3FJGA 3TEPA 3PU5A 5TP9A 3VDFA 3PUVE 1XOCA 5H8NB 1B58A 1Y1ZA 3SKPA 5ELVA 2Z23A 3QK6A 4NF6A 1R9LA 5TP9B 3PUXE 1MQHA 4O3CA 3JV9A 1D9YA 3Q29A 4C1UA 4FE8A 1B5IA 2Z8EA 1WVJA 2D3IA 3LSLA 1ATGA 4NF6B 3OEKA 3VLUA 3O6HA 3FVNA 1LFIA 3RQTA 3C32A 3R6UA 4MH5A 4F3PA 4DLDA 2I3WA 3IORA 3IR1A 4QFKA 1MRPA 3K1NA 5CMMA 3S2VA 3LSFB 2BJJX 3TMGA 3OD7A 4OENA 1N84A 4PFWA 2Y7WA 4U1OA 1A55A 4U23A 1DPEA 2I0CA 2O69A 1N7WA 4GXSB 2AL4A 2HXWA 4M4GA 3KJTA 4G8NA 4PFYA 3ZKLA 1YPNA 4F29A 2F35A 3PMVA 3OO9A 4BDRA 4OHNA 4AB5A 2QS4A 4R72A 3H03A 1GGGA 2DYXA 3O6GA 3PMWA 4ZEFA 1USYH 2VP1A 4EXLA 3T22A 3S9MC 4WEDA 3B7DA 1P1UA 3FV1A 3ZKKA 4ZZAA 1QUKA 4H8IA 1DOTA 4R6HA 3SETA 3MAMA 3TAJA 1F9BA 4PFTA 1IIWA 2XX8A 3K2DA 5H8SA 5L8DA 1LBBA 4HCWA 2GHAA 3UA8A 3S9LC 1ZJLA 4KR5A 1B46A 2Y7KA 3FXUA 3CFXA 1JVXA 3TQWA 4KFQA 2NUVA 2GHBA 1I6QA 3HHFA 2W7YA 4DCXA 2ANJA 2O7UA 3GBBA 4ZECA 4NF5A 5FTHA 2IA4A 2DXYA 3EHTA 4XKPA 2D5WA 3U92A 5CMKA 4EXKA 5I84A 2P1SA 3AXFA 5F7VA 5KCJA 4WKMA 3CI8A 3CR9A 4NF5B 3LSWA 2IEEA 2V25A 1Q35A 1OIBA 5M2VA 4OMBA 4QHQA 4BDLA 1B3FA 3TFLA 3CSGA 1EU8A 2X7PA 3GLBA 3BBRA 3MQ9A 1B3HA 5KCJB 3LR1A 4HCYA 3HO7A 2FYIA 3OO6A 3I3VA 4QFNA 1NNPA 4XIGQ 3D4CA 1XS5A 2B65A 1M5FA 5H8QA 4GWOA 2ZYNA 4OVJA 2V3UA 4LVQA 1B32A 4YU0A 5L9MA 3FD3A 4OZ9A 1SD3A 4YAHX 2HEUA 1N0TA 3FZVA 4F2QA 1Y4CA 5H8QB 3LSXA 4U4XA 4EF2A 3K6WA 1LB8A 3M3KA 3E3KA 3FXQA 3ECRA 3TCFA 4IY5A 4RPNA 2PMSA 3B6WA 1N7XA 3LC8A 3ONMA 4MLQA 4OFJA 1GTKA 3MP1A 3U93A 2WKYA 5DVIA 3K6XA 1N04A 1B5JA 1MY4A 4FIMA 1B51A 1URGA 5H8FA 4GOTA 1RYOA 4ONYA 1QKAA 2OLBA 4KI0E 1MG1A 1XC1A 2DOJA 2QL3A 2ONRA 3V5AA 3SDFA 4F1YA 4F22A 1Y9UA 2Y7RA 4IGTA 2XHDA 4LZ7A 5H8FB 4F31B 4IB2A 4Q30B 1QUIA 3MJNA 4FJPA 1MY3A 2ZYKA 4LUBA 4YB7A 4H5GA 2P2AA 3GBAA 1ZU0A 5I2KA 3W15C 1P1WA 1L5TA 1N3XA 2UVJA 4HTGA 3OSRA 2I6EA 4P0GA 4YICA 3TYHA 3MUQA 3IOVA 4PQJA 5I2KB 3TCGA 1NMUA 2O6AA 3C4MA 4Q8RA 2ZMBA 5CMBA 1T0KA 3IO6A 4IY6A 1CE2A 3C33A 2Q88A 3HPIA 4XKRA 2ZNUA 4OEUA 3QXMA 2Q89A 5ICQA 1USYE 5CC2A 3U1OA 5I2NA 3TQLA 3S9NC 1BKAA 5I58A 1FQAA 3OSQA 4X9TA 3N6TA 3R26A 5I2NB 3T96B 1NNFA 4YMAA 1B7HA 1M5EA 4ZS9A 3C36A 2H99A 3MVXA 5I58B 3H06B 1I6BA 4EQ9A 4R2BA 2F36A 2Z8FA 4JWOA 4GRKA 3EN3A 1NH8A 4TLLB 4K3FA 4G68C 5DTBA 2UYEA 2CMOA 1ZTYA 3V83A 1TFDA 2XXQA 2Y84A 2REGA 3CSBA 3G3KA 1A8EA 4OFLA 3MZ1A 2X7QA 5JEIA 1XHYA 2Q2AA 1B5HA 1FTOA 4KCCA 1SBPA 3M8UA 4TQUQ 1MXYA 1FTLA 4PP0A 1IQ7A 3IOUA 1POY1 2PBWA 3K02A 1OQGA 2Y7IA 2DWAA 2QRYA 3BKIB 4OESA 2QPQA 4Q0CA 5KZTA 1IZ1A 4Z7EA 4EDPA 3H4ZA 2ZYMA 4NF4A 2F7BA 3PPOA 2PT2A 1PB7A 2DS9A 3G3IA 4DZ1A 3MW0A 3MPLA 3CIJA 4ZEKA 4NF4B 4UACA 3SERA 1D9VA 3ODBA 3S4UA 2UVHA 1Y4TA 4IO5A 2I3VA 3MBPA 2DWHA 1MDQA 5L9OA 3K1MA 3C34A 3P7IA 4H0WA 3E13X 3O29A 2ZNSA 3FJ7A 2UVGA 1O63A 1NFTA 1FQFA 2F8DA 5ICTA 3S9EA 1IXCA 1H45A 3UN6A 1ANFA 2D21A 1MM6A 4BDMA 4E0WA 2RC7A 2PX1A 3O9PA 2PVUA 3SEXA 1IXGA 4YKJA 2QS2A 3MC2A 5CMCA 4KCDA 5ITPA 2OCUA 4DIGA 4R2FA 4UA8A 3IAZA 1MQJA 3DLNA 1A40A 2O7IA 3RGYA 4R75A 1MPDA 3H3GA 3EQ1A 1JNFA 2LAOA 1MPCA 1M5BA 3KN7A 4KYDA 2V3TA 1JEUA 1LAHE 4MF3A 1XVYA 3RLFE 3QYTA 1AIVA 4JWXA 4YMBA 5I57A 1D4NA 3E9XA 4L17A 1M5DA 3G3FA 3GXAA 4MBPA 2AL5A 1GVCA 1PBPA 1OMPA 1A7LA 3T66A 1MXWA 1TFAA 3UORA 3LUYA 4KYEA 5I57B 3W9WA 3H6VA 4Q5TA 2Q8JA 2VOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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