1Y3QA

Structure of algq1, alginate-binding protein
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
b'REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 177
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3qA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3qA02
3CIJA 4OHNA 4ESWA 1MQDA 2XX7A 3PD9A 3CSBA 4G68B 2WKYA 4EF2A 3K01A 3GBAA 2PYYA 2QMWA 1GTKA 3H7MA 3QAXA 1JW4A 1MXVA 5I57A 2XX8A 3PUZE 3FIRA 3SKPA 5FHOA 1NFTA 1LFIA 2I0BA 5F1QA 5HM4B 3DP6A 5ELVA 3IL1B 1SW1A 4U1ZA 2ONSA 4HS7A 1B5JA 4OENA 2F36A 2I4BA 4NF5A 1LCTA 4M1VA 4QSDA 1NH8A 2DSFA 4LATA 2A5SA 4O3CA 4IY5A 4KPTA 1TFDA 3CFLA 5CMCA 4IY6A 3MUQA 3MPKA 4IO3A 3K00A 1UIUA 4ZE9A 5TPAA 3BFTA 2R71A 1ELJA 3DP4A 1WVJA 2I49A 3B6QA 1FTOA 3IOUA 2XXVA 3MZBA 3T9XB 2Q8JA 5AA1A 4OZ9A 2XXHA 1SYHA 3QK6A 2G29A 2LAOA 4WEPA 2GHBA 3QSLA 2DYXA 1II5A 3OEMA 2DE3A 1H43A 3Q29A 3PMXA 1NNPA 3MBPA 4NF8A 1HSEA 4ONYA 1R1NA 1N04A 3FJGA 4U1OA 3C36A 4H6DA 3SDFA 5I84A 1S7YA 1D4NA 4KYSA 3F11A 1MH4A 2OBGA 1SW5A 4MBPA 5AA2B 1B7ZA 3LUYA 4YB6A 4Q0CA 5I58B 4DCXA 2V84A 1B05A 4P11A 3EN3A 3CG1A 3PPPA 1P1NA 2R9JA 3TKDA 1QKBA 3KSXA 1P99A 1A55A 3HV1A 3OXNA 4E0WA 4RNSA 4ISUA 1B52A 1D9YA 5DEXB 1B0LA 4R2FA 1MDP1 3QXMA 3H6VA 1IZ1A 1DMBA 1I6BA 3K02A 1VFEA 1ANFA 3MAMA 1FTLA 5ITOA 2DXYA 1PB7A 3C4MA 1Y9UA 5I56A 3K0VA 2DE2A 4FIMA 2Q2AA 4PFTA 3H4ZA 2VP1A 2VOZA 4FECA 1I69A 4F22A 2O1MA 3LSWA 2O68A 3RN8A 4XKQA 4FAJA 1MRPA 5A5XB 3DM0A 3RTWB 2ALUA 3I5OA 4OMBA 4YICA 4GRKA 2O84X 1VSOA 2QRYA 4ELRA 3UIFA 3TTKA 1UTHA 1XVXA 1P1UA 5JEIA 1P1OA 4H65A 1VR5A 1M5BA 3GBBA 2XXTA 5AA4B 3IAZA 1SD3A 3Q28A 5DVJA 3ZSFA 2AL4A 3C32A 1M5EA 3E9XA 1ZIUA 3L6GA 1MPCA 3KFMA 3TTMA 3E4RA 4YKPA 1POY1 1PB8A 1B3GA 3U1OA 3CI8A 4AQ4A 4H8IA 1TXFA 3LR1A 1OLAA 5I2NB 4OTEA 2X7PA 4RK9A 2DVCA 3UORA 4X1BA 3TUSA 4DZ1A 1TWYA 4G8MA 3PD8A 3QIMA 2AIXA 3T22A 1GR2A 1B7UA 4POWA 4L17A 4QF9A 5I57B 3FV1A 1SI1A 4OYVA 4Q8RA 2D3IA 2AYSA 1URDA 1T0KA 4GQOA 4XKNA 4LQ2A 1FQAA 1Y4CA 3CVGA 1QUJA 2F6GA 1Z7NE 4ZECA 5CC2A 3OD7A 5KZTA 2I3VA 1LB8A 5DTBA 2XD2A 2D5WA 3SEYA 1Y4TA 4QSEA 1FQBA 4NF5B 3TQLA 1Y20A 2X7QA 3T9HB 1XS5A 1LAHE 1XVYA 2BJJX 2YJPA 3THIA 4ZEFA 4LZ8A 2YPNA 3N6UA 2OZZA 4ZEDA 1B4HA 3H6TA 2QMXA 4DLDA 4EDPA 4N13A 2UYFA 1B3FA 4LVQA 3T93B 1MXXA 4G68C 1F9BA 1ZU0A 3B7DA 2GH9A 4EQBA 4R75A 5EHSA 3RGYA 3LBSA 2QSXA 3TZAA 4FEDA 5CMKA 1MH3A 1DTGA 1QW0A 2RC7A 4HTGA 4AB6A 1B7HA 1EH3A 3KN3A 2H9BA 3AXFA 1YCJA 1MY0A 1AOVA 1B1HA 4ZE8A 4GLIA 2Q2CA 3G3IA 4F3PA 2GHAA 4F2QA 1RYXA 4YU0A 4F3GA 2FNCA 3VXBA 4HCYA 1IUDA 4ZZEA 2Q89A 4KQPA 1JW5A 5K2XA 4ZDMA 3CSGA 4NF8B 4OWDA 3VVEA 4Q5TA 3MQ9A 1BP5A 5ICQA 1D3KA 3KN8A 4U4XA 1QUIA 3TFLA 4OEUA 4H5FA 2I48A 3KEIA 5I59B 4BLAA 4LA9A 5J1DA 1MG1A 5B70A 4THIA 3O9PA 2UYEA 3O2AA 1L5TA 1SQYA 2OCUA 4C1UA 3R7XA 3MW0A 3HN0A 2GFEA 4YB5A 2G93A 1PEBA 1FQFA 1MXWA 3WAEA 4QFLA 3C33A 5EHMA 1N3XA 1US5A 4IO2A 1FTJA 2F8DA 2Z8DA 3P7IA 3Q26A 2F34A 1LGBC 2I0CA 1UTBA 4XKRA 2F7BA 1B5HA 3LSXA 3QUFA 5DVIA 2DE4A 2A5TA 3KOSA 4QFPA 3SEWA 1MQHA 2B65A 3K6WA 4NF6A 2QPQA 5L9MA 1M5CA 4X48A 4OVJA 4PFUA 3LC8A 2OWTA 4QFKA 5FTHA 4NTLA 5L9SA 3PV0E 3KJTA 5CM6A 1OVTA 4JSDA 2HZLA 3G3KA 5CMMA 5KCJA 4N6PA 3MP6A 2F5XA 1A8EA 1FQEA 3E3KA 1MY3A 1IITA 3E13X 2DS9A 3FD3A 3HHGA 5ISUA 3T96B 4X1DA 4P0IA 4PFYA 3V89B 3I3VA 4I62A 4I8CA 2O6AA 5FHMA 4E0XA 4ZEKA 5H8FA 5JK4A 3HO7A 3CG3A 2X26A 2ZYOA 3M3LA 1B4ZA 4KI0E 4P0GA 1AL3A 1SDXA 3SEVA 3A3CA 5H8NB 2XXWA 3OENA 4DXBA 1GGGA 1UTHB 4LONB 5L9OA 2Y7KA 3SEUA 1B3HA 4EXLA 2Y7PA 5HPQA 2H98A 4ESXA 3VXCA 1N7XA 1BLFA 4YKJA 2UVHA 4C0RA 3C34A 4EXKA 3FVNA 2ZNSA 3K6VA 1B5IA 5BUUA 3KSJA 4BDLA 1PDAA 1B2HA 2Z23A 3FGSA 4RYAA 2R6GE 4ZZAA 3DP8A 1BKAA 3BFUA 3SEXA 5I2KA 2ONKE 1R9QA 3KG2A 2XD3A 3FV2A 2THIA 1YPNA 3TPAA 4RXLA 4R9GA 3UGWA 2ZMBA 3ECRA 1EZPA 3FJ7A 1EZ9A 4GVOA 4U4SA 3PPNA 4G77A 1OQGA 2I4CA 2VHAA 5CRYA 2V93A 3CR9A 4G8NA 3V8XB 1MPBA 3TMGA 3C31A 1AIVA 1VFDA 2ZYMA 3D4CA 3EPEA 5FTIA 2P2AA 4QHQA 3EHTA 2PBWA 3S9NC 2Q88A 3VLVA 3PUVE 1XC1A 2HQ0A 1Z7ME 2DP8A 2Y7WA 4NF4A 2I3WA 1J1NA 4I9DA 3JYRA 3W9VA 2W7YA 1M5FA 3Q25A 1POTA 1IIWA 2V25A 4F1YA 1ATGA 4BDMA 1SYIA 2B3FA 5FHNA 4NEDA 4RK2A 2OK2A 3KBRA 1QULA 5IKBA 2NXOA 3T9UA 3H6UA 1CE2A 4WKMA 3EHSA 3IB0A 1MY2A 2HCAA 4G68A 2I6EA 1JEVA 3RY3A 3U93A 3V5AA 3TYHA 2XX9A 4IO4A 2QL3A 1SW2A 3BKIB 3S2VA 4YB7A 3MP1A 1MQGA 4X9TA 2QS4A 3VFJA 5B7DA 4MLVA 1A7LA 3IJOB 4ELPA 3OELA 2UVGA 2F35A 1WDNA 1NNFA 5IAIA 5H8QA 4UA8A 1N3WA 3W15C 5L8DA 2DOJA 1B58A 1MM7A 4ECFA 4POXA 3FASA 2ZNUA 4F1VA 2OWSA 3IX1A 2O69A 4ELOA 2HFBA 4RJZA 1MQIA 3I6VA 4RA1A 3U72A 3VVFA 1JVYA 4YZZA 1ZKBA 3JZJA 4JBZA 1N84A 5TU0A 3EQ1A 2Y7IA 2NUVA 3ZKLA 4FEBA 3EF7A 2Z8FA 4H67A 5CBSA 2PT2A 4KFQA 1PBPA 1NKXA 2XXIA 3PUWE 1S50A 4R74A 3IK6B 2O7UA 1R9LA 4JWYA 4RPNA 5DT6A 3K2DA 2HAUA 2F7CA 4G4PA 3BBRA 1Y3PA 1QJMA 3QUJA 1D9VA 3IB1A 5KCJB 3FZVA 3U8QA 1JVXA 1JEUA 3PU5A 1LFGA 4JWXA 1B46A 5KDTA 1TT1A 2FYIA 3C35A 1Y1MA 1P1WA 1IXHA 2REGA 4OEVA 3VV5A 3O29A 2ONRA 3IR1A 1FW0A 3USDA 3S9MC 4IGTA 4ELQA 3TTLA 2O7IA 1RYOA 2I58A 1ZTYA 2XXUA 4TLMB 4NE4A 3PUXE 2PT1A 5TP9A 3N94A 4G8HA 1DTZA 4H5GA 2UVIA 4GXSB 3MWBA 1XT8A 2CZLA 1HSLA 2FA7A 3WAFA 3MVXA 1SVXB 4XXUA 3H3GA 2O51A 2F78A 5AA2A 4F29A 4EUOA 5I58A 2ANJA 1QKAA 1B1XA 2M8CA 4F19A 3HPIA 4JB7A 1H44A 3MPLA 5TPAB 3IB2A 4XIGQ 1B0HA 1B32A 3RLFE 3GLBA 1O7TA 3TQWA 3ZS6A 1O64A 3SERA 5K2YA 3KOTA 3O6IA 1A40A 5DEXA 4R73A 4KR5A 4IO7A 4MF3A 2RINA 2RC8A 1QUKA 4FE8A 3TODA 3W9WA 1VE4A 4U23A 1YAEA 1UQWA 3K1MA 4JDFA 4OETA 3FATA 2ZYNA 1LBCA 1FTMA 3PPQA 1DPEA 2RF1A 3ONMA 4F3BA 1ZLQA 3U92A 4MFIA 4IO5A 2UVJA 3UP9A 4M4GA 3HHFA 4GFRA 5A5XA 2AL5A 5H8SA 1EU8A 3A3UA 3VVDA 4NF4B 5H8HA 3VDFA 3N26A 1US4A 1MDQA 2F7AA 5LOMA 3RNNA 1FCKA 3KGCA 5AA4A 2D21A 1GVCA 1IXIA 1NL5A 2HAVA 1ZJLA 1H76A 4AB5A 4ND9A 3OMBA 1DSNA 3G3GA 1IEJA 4GIZA 3UN6A 4Q30B 4YKIA 1H3DA 2P1SA 3TEPA 2XHDA 3K1NA 2DVZA 2F97A 4YMBA 3L6HA 4LZ7A 4O3AA 4R6HA 1JW1A 3V83A 3IOWA 5I2NA 2E0SA 3R26A 4OFLA 3MZ9A 1FQDA 2P0SA 1OVBA 1MPDA 1Y1ZA 3IJXB 4PFWA 3IORA 5I56B 4N07A 4ZEBA 3K4UA 3CFZA 2CMOA 2GRVA 3TCFA 2H99A 4QFNA 2DWJA 1DPPA 3O97A 2VGQA 3FVGA 2E1SA 1LLSA 2VD2A 1Y3QA 3OO8A 3C9HA 3OEKA 5H8QB 4BDOA 3VLUA 4WXJA 1BIYA 4RPOA 4DIGA 3K6UA 4R6YA 4LZ5A 4C1TA 1MY4A 2DWIA 4UACA 1N7WA 1B9JA 1NNKA 1URGA 5HBCA 1USYE 2OLBA 4WEDA 1USYH 1MM6A 3R6UA 2PMSA 1PB9A 2XXXA 3ZKKA 3G3FA 3TTRA 3MVYA 4KD5A 2YLNA 5AA3A 4PE5B 3TELA 1IXGA 3FJMA 2DQVA 1MS7A 1MXUA 2NVUB 3MVWA 3TDJA 1NH7A 4O3BA 1A54A 1OQHA 3PPOA 5BWJA 1MXYA 3A09A 2PVUA 5EYFA 3FVKA 1BTJA 3FXQA 5AE4A 4Z7EA 3MP8A 3M3KA 1KWHA 1LAXA 3LSLA 1IXCA 3K1PA 3S9EA 4FJPA 3IO6A 2B3BA 4GOTA 1LFHA 5KDTB 2PX1A 2VD3A 3G3JA 3N5LA 4LQ5A 1MQJA 4JSOA 2O1LA 2ZNTA 5M2VA 2QS1A 1JETA 5TP9B 4F18A 5I59A 5JTYA 2XXQA 4R72A 3M8UA 3MVZA 3H06B 1B3EA 4F39A 4IO6A 1GV8A 2ZXTA 1Q35A 1PC3A 1M5DA 4TQUQ 4FORA 1SI0A 2REJA 4EQ9A 2QS2A 3OSQA 1QVSA 4FATA 3RT6B 5AA2D 3QYTA 4QFOA 3O66A 1SW4A 1HSJA 5CMBA 2Z22A 3O28A 1PBQA 1B51A 1I6AA 4F1UA 1LCFA 3PMVA 3T66A 4JWOA 2NOOA 4U21A 1JNFA 3RT8A 1FQCA 1P1QA 4HCWA 4EF1A 1EZOA 4R2BA 3FXUA 3MC2A 2QS3A 4H0WA 3EHUA 4NWDA 1CB6A 2H5YA 3RPWA 1LB9A 3T9VA 4OQOA 2H25A 3OO6A 2RKMA 1B6HA 4XKPA 2ZYKA 3FVOA 3HCQA 4H1XA 5DVFA 4XTCQ 3VLWA 4MLQA 1OMPA 5F7VA 4IB2A 4G2ZA 3CFXA 4DDDA 2H4IA 4F31B 4YKKA 1OIBA 4OERA 4QRZA 3OO7A 2NWJA 3SESA 5H8NA 2F6PA 1LSTA 3M3FA 1Q1KA 3MJNA 4DXUA 5H8HB 4KYDA 2KLFA 4DE8A 1N0TA 3CRBA 2IA4A 1A99A 3N6TA 4GL8A 3KJ7A 3UA8A 1RKMA 3ILTB 3D4GA 2RCAA 4GF8A 1S9TA 3DELB 3O6GA 1UTBB 3UK4A 4F3SA 3TCHA 1YTVA 4KYEA 2A5TB 4DXCA 4RY1A 4NF6B 1IQ7A 1SBPA 4LUBA 1FTKA 4YMAA 2Y7RA 3O6HA 4DCYA 4OXVA 3HSTA 4KHZE 1OLCA 3PGFA 4OESA 2V3UA 3FUZA 3OO9A 2DWAA 1I6QA 4Z0IA 1B40A 1WODA 2ESNA 2Q9TA 3G3HA 4NWCA 5H8FB 4EQ7A 2HXWA 1JQFA 4GWOA 3TCGA 3LSFB 4H8JA 4OFOA 4IGRA 2XXRA 3FXRA 1MXZA 4MH5A 3RQTA 2OJTA 2IEEA 3IOTA 1LAFE 2QJEA 5CI5A 4BDRA 3VE1B 4OFJA 2DXRA 1LAGE 4KCDA 3H6WA 4JXIA 3OSRA 4R6KA 4TOZA 3K6XA 2HEUA 2V3QA 3RUMA 4KCCA 4U2RA 3GXAA 4YAHX 1ZBMA 1B3LA 1Y3NA 4GL0A 3KZGA 3RTFB 2ABHA 1LBBA 4GD5A 3IOVA 3B6WA 5I2KB 2V3TA 2RCBA 3PMWA 3IO4A 3OOAA 1O63A 3PPRA 2DWHA 4U22A 1N76A 1H45A 4I1DA 5ICTA 3TTNA 4GXAA 1MY1A 3JV9A 1R6ZA 4QSCA 2Z8EA 4BDNA 4BDQA 1NNTA 3ODBA 3B6TA 1NMUA 4F2OA 2Y84A 2UXAA 2XXYA 3ILUB 4R9FA 2RC9A 4PQJA 1DOTA 1ZMGA 3Q27A 3G7WA 1A8FA 5CBRA 2HZKA 1URSA 1AH5A 1TFAA 1XOCA 5JTYB 3MZ1A 3KN7A 4ZEIA 4ZS9A 5DYHA 5ITPA 3GZGA 3H03A 3PUYE 4K3FA 4PP0A 4TLLB 4HW8A 3S4UA 3TAJA 3U94A 4LP2B 1AMFA 3S9LC 4NMYA 3SETA 3DLNA 1UIVA 2XXPA 4PETA 1XHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CIJA 4OHNA 4ESWA 1MQDA 2XX7A 3PD9A 3CSBA 4G68B 4MHFA 3NOHA 2WKYA 4EF2A 3K01A 3GBAA 4GWXA 2PYYA 2QMWA 1GTKA 3FXBA 3H7MA 3QAXA 1JW4A 1MXVA 5I57A 2XX8A 1FJ9A 3PUZE 3BIHA 3FIRA 3SKPA 5FHOA 1NFTA 1LFIA 2FIEA 2I0BA 5F1QA 3KC0A 5HM4B 2FIXA 3DP6A 1CNQA 5DW8A 5ELVA 3IL1B 1SW1A 5EYGA 4U1ZA 2ONSA 4HS7A 1B5JA 4OENA 2F36A 2I4BA 4NF5A 1LCTA 4M1VA 4QSDA 1NH8A 2DSFA 4LATA 2A5SA 4O3CA 4IY5A 1D9QA 4KPTA 1TFDA 3CFLA 5CMCA 4IY6A 1NV3A 1VDWA 3MUQA 3MPKA 5T3JA 4MEVA 4IO3A 1FTAA 3K00A 4PFIA 1UIUA 4PGNA 4ZE9A 5TPAA 1EYIA 3BFTA 2R71A 3RPLB 1ELJA 3DP4A 1FPKA 3A29A 1WVJA 2I49A 3B6QA 1FTOA 3IOUA 2XXVA 4NAPA 3MZBA 3T9XB 2Q8JA 5AA1A 4OZ9A 2XXHA 1SYHA 3QK6A 2G29A 2LAOA 4WEPA 2GHBA 4JVDA 3QSLA 2DYXA 1II5A 3OEMA 2QVVA 2DE3A 1H43A 3Q29A 3PMXA 1NNPA 3MBPA 4NF8A 4OVTA 1FPBA 1HSEA 4H45A 1FPDA 4ONYA 1R1NA 1N04A 1FPLA 3FJGA 4U1OA 3C36A 4H6DA 3SDFA 5I84A 1S7YA 1D4NA 2CEYA 4KYSA 2WYPA 2WBDA 2XA5A 3F11A 1MH4A 2OBGA 1SW5A 4MBPA 5AA2B 1B7ZA 3LUYA 4YB6A 4Q0CA 5I58B 4DCXA 2V84A 4OVPA 1B05A 4P11A 3EN3A 3CG1A 3PPPA 1P1NA 2R9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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