The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
55
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSAADKTNVKAAWSKVGGHAGEYGAEALERMFLGFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKAHGKKVGDALTLAVGHLDDLPGALSDLSNLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLSTLAVHLPNDFTPAVHASLDKFLSSVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chains
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| publication title |
A new relaxed state in horse methemoglobin characterized by crystallographic studies.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
55
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y8W A; 1U7S A; 1BZ1 B; 2ZLV B; 3UHI A; 4G51 A; 1RQ4 B; 3VRE A; 103M A; 1J3Y B; 2RI4 B; 1LTW A; 3GYS B; 1YVQ A; 3IC0 A; 1GLI B; 4H2L B; 2QU0 A; 3CY5 B; 1LFY A; 1JEB A; 2ZLW A; 4HHB B; 1IWH A; 1YMB A; 2H8D A; 3FS4 A; 3UHK A; 2EVP A; 2D6C A; 1XZ5 B; 3QZX A; 1C40 A; 1L2K A; 3WTG A; 6HBW B; 1DWS A; 2OHB A; 2LH1 A; 3SDN A; 1F65 A; 4ESA A; 3BJ2 B; 3A0G A; 3IC2 B; 1IDR A; 1YH9 A; 5HAV A; 4ILZ A; 1GZX B; 2V1G A; 1A6N A; 2W6X A; 2DXM A; 3BOM B; 3FH9 A; 112M A; 5CMV A; 1LH6 A; 3ECZ A; 4MQI B; 1V4U B; 1MOA A; 3HXN B; 1GCV B; 3QM7 A; 2FRK X; 1MOC A; 3UHE A; 4DC7 A; 3UHR A; 1S5Y B; 1Y0A A; 1H1X A; 1R1Y A; 1MOH A; 1FDH G; 110M A; 2HBS B; 3UH5 A; 2PEG B; 5HLU A; 2MYC A; 1COH A; 1XZ2 B; 4MQJ A; 3S66 B; 1CG8 A; 2H35 B; 1CG5 B; 3OO5 B; 2MYD A; 1YGF B; 2VM0 A; 1VWT B; 1YEQ B; 3EU1 B; 4NI0 B; 3HEN A; 2XKH A; 2BWH A; 2MGI A; 1G0A A; 1Y45 B; 2YRS A; 1VXH A; 1DKE A; 3GQG B; 3WCV A; 2R4X A; 2MGK A; 5M3S A; 2AUP A; 5HY8 A; 1Y4R B; 3SZK B; 1HGB B; 1CPW A; 2MGF A; 3HRW B; 2ZSQ A; 3H58 A; 1G9V A; 3QJD A; 1CO9 A; 2ZS1 B; 1UC3 A; 2HZ3 A; 2ZFO A; 3UHT A; 1A3O B; 1A9W A; 1J7S B; 2HHD B; 3QJB A; 1HCO A; 4H0B A; 5CNG A; 3UHH A; 2HCO A; 1MCY A; 3GQR B; 3M39 A; 2LH3 A; 3E55 A; 1CH9 A; 2SPN A; 3GOU A; 1SPE A; 4PQ6 A; 1NQP A; 3OZU A; 4AVD A; 1YEO B; 1Y35 A; 1JW8 A; 2MHB A; 1SPG B; 4KN3 A; 4MAX A; 1HBR A; 3HEO A; 3LHB A; 1YHE B; 3HHB B; 2VLX A; 1MLK A; 2D2M C; 1Y0D A; 3PI4 A; 1Y2Z B; 4O2G A; 1YFF A; 2MYB A; 3G4Y A; 3ODQ A; 4MQC A; 5E83 B; 3D7O B; 3WCW A; 1URY A; 4WJG 1; 1LJW B; 1UX9 A; 3UHZ A; 1X46 A; 2VRY A; 3NMM A; 1MLS A; 1K1K A; 2AA1 B; 4XDI A; 1MBO A; 2SPO A; 1QPW A; 1FN3 A; 1HAC A; 2D2N B; 4FWZ A; 3WFW A; 1NEJ A; 1AJG A; 4MQG A; 3HC9 A; 1BZZ B; 2EKU A; 1Y4B B; 2ZSZ A; 1B86 B; 1DLY A; 3D1K A; 3OO4 B; 2ZSP A; 3PIA B; 2PGH B; 1HBH B; 2W6V B; 4N7O A; 3D17 A; 3IA3 B; 1ECA A; 2ZT1 A; 1HBA B; 1XZU B; 4ROL B; 1RTE A; 3ZOM A; 4FC3 B; 2GKN A; 1DXT B; 4JYQ A; 3QM6 A; 3PI9 A; 2DHB B; 3AT5 A; 3WR1 A; 2G3H A; 1ABS A; 2QLS A; 3EOK B; 3TM3 A; 2FAM A; 3MYN A; 1CMY A; 1DO3 A; 2V1K A; 1PMB A; 1NZ2 A; 1K0Y A; 2DN2 B; 1BZ0 B; 1A0U B; 2GDM A; 1A3N A; 1YOG A; 1HBS B; 3R5I A; 3V2V A; 2V1E A; 1GVH A; 2EKT A; 1DTM A; 2AUQ A; 1I3D A; 2Z6T A; 1O1P B; 1UT0 A; 4NS2 A; 3VRG B; 5ILM A; 2ZLX B; 1Y8H A; 3ONZ B; 2D5X B; 1JDO A; 4IT8 A; 1Y7D A; 1XZ4 B; 1HAB B; 1YHR B; 2R4Y A; 1CLS B; 1RQA B; 1MYM A; 4WJG A; 5EE4 D; 1YZI B; 1MLH A; 1JP8 A; 1DWT A; 1NS9 B; 1BBB A; 3KMF A; 1BZR A; 1NWI A; 1Y5F A; 2M6Z B; 2ZSN A; 2D2M B; 1SDK B; 4YU4 B; 2D5Z A; 2OLP A; 4F6D A; 1LA6 B; 1S69 A; 3GLN A; 3A2G A; 2ZSO A; 4UZV A; 1MBI A; 1MLR A; 1THB A; 3WFU A; 3GQP A; 2O5T X; 1FSX B; 3DUT B; 2GL3 A; 3A59 B; 1YHU A; 1NAZ A; 3UHQ A; 1CP0 A; 1SHR B; 1IBE A; 4M4A B; 1D8U A; 107M A; 2LH5 A; 2G0S A; 1O1J A; 1A00 B; 2ZST A; 3UHW A; 1G09 B; 1MOD A; 2D2N D; 4KMW A; 3QM8 A; 1T1N B; 3NL7 B; 3PEL A; 5JGG A; 2HBG A; 1Y4F B; 2R1H A; 1YOH A; 3ZJS A; 3QM5 A; 1MYF A; 5SW7 B; 1Y4V A; 1YEU B; 4HRR A; 3OZV A; 1Y7G B; 1DXD A; 1QSH B; 4M4B A; 7HBI A; 4MXL A; 1MYI A; 4NZI A; 1CH2 A; 3QJC A; 1LHT A; 1YIE A; 2ZFO D; 3G4U A; 4MQK A; 2G10 A; 6HBI A; 1IOP A; 1LFV B; 1XZ7 A; 1Y0C B; 2ZLT A; 3BCQ B; 5JDO D; 3CIU A; 2HBF A; 101M A; 5D5R A; 1Y22 B; 4U8U A; 2W72 A; 4MXK A; 3AQ9 A; 3G4R A; 3WCP B; 1J40 A; 1S0H A; 3ZJL A; 3GDJ A; 1IRD B; 1HBB B; 1UVY A; 1O1L A; 1SI4 B; 3UH7 A; 4AVE A; 3PT8 B; 4B4Y A; 3AQ6 A; 1Y46 A; 5CN4 A; 1LHS A; 1HGC A; 1OFK A; 2W6W A; 1DM1 A; 2QSS B; 2GTL A; 2QMB A; 3SDH A; 3WCW D; 3BJ3 A; 1XXT A; 1O1M B; 2FRI X; 1OUU B; 4FH6 A; 1HRM A; 3MJP A; 1RVW B; 4YU3 B; 1C7C B; 2D60 A; 3QJE B; 1V4W A; 1Y8I B; 2MYE A; 3D1A B; 2B7H B; 2EB9 A; 3S65 B; 3ZJI A; 1Y4P B; 3QMA A; 1V07 A; 1LH2 A; 3MYM A; 1HSY A; 1G0B A; 1Y0W B; 2MGD A; 3MKB A; 1Y8K A; 1DXV B; 1LFQ B; 3RJN B; 2Z6N A; 4NK1 A; 2BW9 M; 1FHJ A; 4NXA A; 1YCB A; 3UGY A; 3WFX A; 1JY7 B; 2QSP A; 4ODC B; 4N7P B; 3WCU A; 1NGK A; 4NI1 B; 5CNE A; 3S1J A; 2HBC A; 2HBD B; 1OUT B; 1DO1 A; 1XZV A; 1A6G A; 2FRF A; 1G08 A; 1ABW A; 4O4T A; 1DUK A; 3MJU B; 2JHO A; 2MGH A; 1GCV A; 4FH7 A; 1Y5J A; 1OFJ A; 4N7N B; 3GKT A; 1IRC A; 1X9F A; 1YE0 A; 1CH1 A; 1R1X A; 1J7W B; 1GDJ A; 3DHR A; 1YGD A; 109M A; 111M A; 1LFL A; 1BIJ B; 1DXC A; 1HGA B; 1A0Z A; 1HDB B; 2RAO A; 1CH5 A; 1UIW A; 5EE4 C; 2MGL A; 1EBT A; 2VYZ A; 1XY0 A; 1B0B A; 1Y85 B; 1UFJ A; 3GKV A; 4ZVA A; 2BMM A; 3UHG A; 2AV0 A; 1OBM A; 1HLB A; 1QI8 A; 4ROM B; 1M6C A; 1C7B A; 1LFT B; 1XCH A; 5EV5 A; 1EMY A; 1YE2 A; 1ABY B; 108M A; 1U7R A; 2O5S X; 4DWT A; 4IRO A; 2W6Y A; 2EB8 A; 4TYX A; 2MGC A; 1RQ3 A; 1V4X A; 1YHU D; 1MKO A; 1NZ4 A; 1LFZ A; 5KDQ A; 3WCT A; 3S1I A; 5KER A; 3G52 A; 5CN6 A; 1NPF A; 2VYW A; 1N9F A; 1XQ5 B; 5CN5 A; 2D2N C; 2R4Z A; 5IKS A; 4FWY A; 3HYU B; 2EF2 A; 1NPG A; 4SDH A; 1S5X A; 5E6E A; 1CH3 A; 3WHM B; 1BAB A; 1CH4 A; 2GRH A; 1YEN B; 1SDL B; 1A9W E; 3NFE B; 1HHO B; 1RPS B; 1PBX B; 1DXU A; 3VRF A; 1Y83 A; 5JDO E; 5F2A A; 1MDN A; 2ZSX A; 1GCW A; 1QXE A; 4O1T A; 1HDS A; 3A9M A; 3MN0 A; 1MYZ A; 4C0N A; 5EUI A; 1Y8W B; 1URV A; 3AT6 A; 5CN7 A; 5JDO C; 4L2M A; 1FDH A; 2ZT0 A; 4G51 B; 3VRE B; 3G4Q A; 1GDK A; 3UHY A; 4U8U D; 1YVQ B; 3IC0 B; 3E5I A; 3AG0 A; 4X0L A; 5B85 A; 2GNW A; 2QU0 B; 1LFY B; 2O5M X; 3O7N A; 1JEB B; 2ZLW B; 1IWH B; 2H8D B; 3FS4 B; 2AUO A; 3UBC A; 3ARL A; 1Y5K A; 1C40 B; 3WCW C; 3WTG B; 1V75 A; 4LPI A; 3ASE A; 1CBM A; 4ESA B; 3A0G B; 1MGN A; 1YH9 B; 3DHT A; 2DXM B; 4HSX A; 4XS0 A; 3GK9 A; 1Y0T A; 3FH9 B; 3M3A A; 1LH3 A; 2ZLU A; 1F5P A; 2MBW A; 1DXT A; 1BIN A; 1YDZ A; 3PI8 B; 2FRJ X; 1WMU A; 1MLU A; 1Y0A B; 3BA2 A; 1R1Y B; 1S61 A; 1Y7C A; 2DN3 A; 2OHA A; 4HRT A; 2G0R A; 1KD2 A; 1YEV A; 1COH B; 4MQJ B; 1CG8 B; 3OGB A; 1MYH A; 1TU9 A; 3AQ5 A; 3VAU A; 1YCA A; 3LQD A; 2LH7 A; 3V2Z A; 104M A; 2OH9 A; 1A4F A; 1MWD A; 4OF9 A; 3TLD A; 3WCU D; 1BUW A; 1G0A B; 3LR9 A; 2YRS B; 2QFN A; 1DKE B; 5CND A; 1JZM A; 4JAC A; 3UBV A; 1YG5 A; 1J7Y A; 1NS6 A; 1Y4G A; 2DC3 A; 2HHE A; 3UHD A; 1O1N A; 5HY8 B; 4TWV A; 1YMC A; 1UX8 A; 3MOU A; 2ZFB A; 2VYY A; 2GNV A; 4YU4 A; 1G9V B; 5EU2 A; 3VHB A; 3UHB A; 3QJD B; 3QQQ A; 2MGJ A; 1X9F D; 4L7Y A; 2ZFO B; 3ZJQ A; 2O5Q X; 1ITH A; 1GBV A; 3NG6 A; 3QJB B; 1HCO B; 1Y4Q A; 1Q1F A; 2WTG A; 1A6K A; 2HCO B; 2HHB A; 1FLP A; 5JDO F; 1CIO A; 3GOU B; 1NQP B; 3HF4 A; 2DN1 A; 4N8T A; 2HBE A; 3UHX A; 1KFR A; 2MHB B; 3KMF C; 5EYJ A; 3B75 A; 1T1N A; 1HBR B; 3K8B A; 2MB5 A; 1JP9 A; 5MBN A; 1Y7Z A; 3TM9 A; 5HU6 A; 5SW7 A; 1YFF B; 1XYE A; 3ODQ B; 4MQC B; 1J41 A; 2R50 A; 3PI3 A; 5E29 A; 3P5Q A; 3WCW B; 3BJ1 A; 1CBL A; 3MVC A; 3ZH0 A; 1YHU C; 3WCT D; 1NZ3 A; 1M6M A; 4HSW A; 1HV4 A; 3NMM B; 3AQ7 A; 1K1K B; 2MGM A; 3UHU A; 1QPW B; 1FN3 B; 1HAC B; 1FAW A; 2XKG A; 1NEJ B; 3ZJP A; 1LH1 A; 4MQG B; 1CP5 A; 1HLM A; 4C44 A; 5C6E A; 5F0B A; 5AB8 A; 1NIH A; 3UGZ A; 3D1K B; 1HDA A; 1MLG A; 2OH8 A; 1MNH A; 1Y31 A; 1QXD A; 4F6F A; 4F4O B; 4N7O B; 3D17 B; 1GBU A; 4G1V A; 4QAU A; 1MLF A; 1C7D B; 4F6I A; 5AZR A; 3DR9 A; 2IN4 A; 1YVT A; 1ECD A; 3R0G A; 1MOB A; 1F5O A; 1O1O A; 2O5O X; 1KR7 A; 3M3B A; 3D4X A; 3WCV D; 3PI9 B; 3AT5 B; 3WR1 B; 1ASH A; 2VLY A; 4U8U C; 4KMV A; 2QLS B; 1MYJ A; 1CMY B; 1K0Y B; 3UHV A; 1M9P B; 3ZJN A; 1A3N B; 2MGG A; 4VHB A; 1MWB A; 1FCS A; 3R5I B; 1IT3 A; 2H8F A; 1O1K A; 1A6M A; 1DWR A; 2AUR A; 2ZSY A; 2R80 A; 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1HGC B; 2PEG A; 1XZ2 A; 2GTL B; 2QMB B; 3S66 A; 1Y09 B; 2H35 A; 3BJ3 B; 1XXT B; 1CG5 A; 2NRM A; 2GRZ A; 3OO5 A; 3AQ8 A; 1YGF A; 1VWT A; 1YEQ A; 3MJP B; 3EU1 A; 4NI0 A; 3WCT C; 2D60 B; 1V4W B; 2ZWJ A; 4O35 A; 1Y45 A; 3ZOL A; 3A5G A; 1DO4 A; 4GZG A; 3GQG A; 3HEP A; 2LHB A; 1G0B B; 3MKB B; 1Y8K B; 1Y4R A; 2BLJ M; 3SZK A; 1HGB A; 1DUO A; 2HZ2 A; 2GKM A; 2Z6N B; 1GJN A; 5HLQ A; 3HRW A; 3E4N A; 1FHJ B; 4F68 A; 2ZS1 A; 3LB2 A; 1A3O A; 1J7S A; 2HHD A; 2QSP B; 3H57 A; 5CNC A; 3LB1 A; 3GQR A; 3ZJJ A; 1YMA A; 1IT2 A; 3WCU B; 1MNJ A; 4DC8 A; 1ECN A; 2VEE A; 1DO7 A; 1YEO A; 5CNB A; 3ECL A; 3OVU C; 3WCV C; 2HBC B; 1SPG A; 1LUE A; 3PI1 A; 2O58 X; 1XZV B; 1YHE A; 1G08 B; 1ABW B; 1GDI A; 3HHB A; 3UI0 A; 1N9X A; 3M38 A; 1Y2Z A; 1Y5J B; 5KKK A; 3O89 A; 3PI8 A; 1X9F B; 1YE0 B; 1R1X B; 5E83 A; 2ZFO C; 2Z8A A; 3D7O A; 1N9I A; 3DHR B; 1LJW A; 2MGE A; 1YGD B; 1LFL B; 1MBS A; 2NX0 A; 2VLZ A; 1BJE A; 1LH5 A; 1A0Z B; 1CIK A; 1VXF A; 2RAO B; 2G0X A; 1UIW B; 2ZS0 D; 2AA1 A; 1HJT A; 1XY0 B; 2D2N A; 3GKV B; 3IXF A; 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