1Y8YA

Crystal structure of human cdk2 complexed with a pyrazolo[1,5-a]pyrimidine inhibitor
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
298
structure length
292
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-guided design of pyrazolo[1,5-a]pyrimidines as inhibitors of human cyclin-dependent kinase 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division protein kinase 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 79
structure length 292
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2004-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1y8yA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1y8yA01
5EHYA 3QQLA 2XBAA 4DFXE 1PMVA 3QYZA 5JFWA 3LLAA 1H26A 4MQ1A 3UQFA 5JFXA 4XG3A 2NO3A 1CDKA 1Y6BA 2QC6A 3EQFA 4EHZA 4GV1A 3HV3A 2QI8A 4GT3A 4H1MA 5AUXA 4BIBA 3TKHA 3FKNA 4FTMA 2BALA 3UNJA 4YJVA 3PXFA 2X8IA 1SMHA 4CG8A 3Q4CA 1FVTA 3F3VA 2RFNA 4KKEA 5J9LA 2X7GA 3F88A 2PMIA 4CKRA 3KULB 4QMQA 3W2OA 4MD7E 3RGFA 2XNPA 3ZZEA 4DG2E 1YQJA 3EYGA 4KUJA 2R4BA 4LQMA 2VNYA 3FEGA 2UW7A 4U41A 4FV6A 3MFUA 4USDA 2V7OA 4FGBA 4IJ9A 1IA9A 4MHAA 2P33A 3FZPA 4RIWA 4ANMA 3R1YA 3BHTA 3R01A 4NCTC 5AM7A 3WF8A 4JNWA 3WZJA 3LXKA 1GOLA 2OWBA 2RGPA 3HRBA 2VWZA 3MSSA 4FR4A 3F66A 5AR8A 5M4UA 4AW2A 3ANQA 2YM7A 2XNNA 3QX4A 4JDJA 4G16A 1CKPA 3BV3A 4RJ6A 2XA4A 5FWKK 3GC0A 3TCPA 3FC2A 5JGAA 5AUUA 3S0OA 4ZTSA 4RVKA 1W98A 1Q61A 1NXKA 2JAMA 4ENYA 4EC8A 4C59A 3KRWA 4ZZNA 2A2AA 5IH5A 1VYZA 1AD5A 2G15A 2WKMA 4D0WA 1SNUA 4AWIA 4IX6A 4YGAA 3TJCA 2JKOA 4RJ4A 3TDVA 1M2RA 5CQWA 5D41A 3HV6A 2R3OA 3KC3A 3CTHA 4Q9SA 2XJ1A 2C4GA 3DS6A 2ACXA 4FTRA 5KMIA 3ZUTA 4GMYA 4EK5A 5F4NA 5L6OA 1RE8A 4IFGA 3H10A 3TNQB 1H1PA 3COHA 1JWHA 4ZLYA 5FXRA 2ITTA 5IH6A 5AMNA 4D4VA 1PKDA 2BUJA 3DTCA 3TUDA 3NAYA 1W82A 2PWLA 3UVQA 4YLLA 4XMOA 2E2BA 2R9SA 4D2WA 1NT2A 3ZO3A 4DGGA 3ORZA 4GYIA 3VBQA 3UDBA 4BTJA 4JT3A 5AUTA 4RJ3A 2C5XA 3R7IA 4OAUC 2F7XE 2OH4A 4IVAA 5AP0A 3R7VA 4IHPA 3G6HA 5AA8A 5F95A 3CP9A 5AJQA 1EH4A 1V0BA 1CKJA 2C0OA 2EXCX 3DQXA 4RJ8A 2ONLA 4KB8A 3FC1X 4PL3A 3PY3A 4BCFA 4C4EA 2W4OA 4GSBA 3PP1A 2PUPA 5IQCA 4FIEA 4QPSA 4ZY4A 4P4CA 1SYKA 1ZRZA 2YAAA 2OG8A 4W8DA 2XKFA 4FG7A 4V0GB 1GY3A 3LFBA 4RZVA 1K9AA 3NPCA 3R7YA 3EQDA 3A4OX 4IE9A 3OG7A 4PUZA 4D9UA 5BUEA 5AFVA 3EYHA 3A99A 5IF1A 4M13A 4FVRA 3KXXA 3TTIA 4AACA 3C5UA 4MAOA 2FGIA 2X6EA 5CXZA 3JYAA 4EK3A 3GOKA 2VTTA 2PVRA 3BCEA 4FSTA 4N4SA 3NIZA 2ERZE 2GQGA 2JDOA 3BU5A 3EN4A 3Q52A 4IM0A 3SKCA 4BDIA 4ZJJA 3PPZA 4NIFA 3BQCA 3OW3A 3KY2A 4ITIA 4WG5A 2GS6A 4YUQA 5HNIX 2R3GA 1OITA 4F9WA 4FX3A 3VUDA 3DPKA 4DFUA 2VGOA 4QPMA 5DHJA 4ZTQA 1FVRA 4D28A 2B7AA 3V5PA 2JEDA 3WZUA 2W17A 4UX9A 3QC9A 3ACKA 3AC5A 5C8NA 2ZB1A 2FYSA 4EYJA 2DS1A 2HK5A 3MA3A 4E7WA 1OBDA 3KN5A 1UNLA 1YRPA 4TYIA 4O27B 4YNOA 2PPQA 3QQGA 1UU8A 5DVRA 2WTWA 3DBDA 4Y8DA 3CJGA 2Q0NA 1ZYDA 3VO3A 4F70A 3UNKA 4NEUA 4Q2AA 3D14A 3QYWA 4YZ9A 4V05A 5IQEA 4I5PA 5EM6A 1WVXA 2CCHA 4FKLA 4C38A 2PL0A 4FIHA 2R7IA 3P9JA 3UPXA 3ZHPC 3MPTA 5FG8A 2JKQA 2YDIA 4HGTA 1FVVA 2I0EA 2CGUA 5CNOA 1GZOA 2Z7QA 4DYMA 3A7JA 2ETKA 5HVKA 4IANA 5FQDC 4DC2A 1NW1A 3QXPA 3KRXA 1OPKA 1PW2A 3EWHA 3EZRA 1BL6A 4AGWA 4MBJA 3D4QA 5C8MA 5KNJA 3AG9A 4FKRA 4F9YA 5JMSA 3D0EA 2Y7JA 3ELJA 4RVMA 2F2UA 3RPOA 3IOPA 3MA6A 4BZOA 4A9TA 3OOGA 5IUHA 4L42A 3FSKA 4EKLA 4EWHA 3FMLA 3QCXA 3KK8A 5F20A 4O91A 4CFWA 3L8PA 4R3RA 4X2JA 2PVHA 4ZJIA 3WIKA 3N4VA 4FNWA 1S9IA 4YHTA 4BTFA 5BYYA 3CE3A 3TIZA 3JY0A 3OP5A 2JIIA 4QPAA 3VHKA 2VTRA 3HDMA 3QTWA 5ANDA 4EC9A 5A4CA 2YDJA 4BGQA 4BR3A 1VR2A 1Y6AA 1SM2A 3EMGA 4GG5A 4HGLA 3W2PA 4MXAA 3SG9A 1OECA 3E87A 3M42A 3QRJA 3JPVA 3SX9A 4ACCA 5HG7A 1YWNA 4X2GA 4OT6A 1ZOGA 4OGRA 3KCKA 3LVPA 3R7GA 4CEGA 3AMBA 1GIHA 3E88A 3R73A 3MBLA 2QU6A 5KMLA 5ANOA 3WIGA 4AGUA 4I5CA 2W1IA 5ANJA 3MFSA 2E9NA 4F1MA 4F9AA 2YCQA 4FV3A 4MQ2A 5HNBA 3W55A 3DK7A 3ZXZA 4TYHB 5CVGA 4G3EA 1PXIA 5ACBC 2GNFA 5I9XA 1YWRA 1WBPA 2YACA 4BGHA 4TL0A 5IA5A 4FV5A 1H8FA 3RAKA 4O0UA 4B7TA 4W4XA 4LV8A 2ZOQA 4RIYA 1W0XC 5L2QA 1MRYA 4CFXA 4F99A 4QQTA 4QT1A 4H39A 5KMOA 3MTFA 3G33A 2UZLA 3FZOA 3S95A 4JLCA 3DU8A 4AP7A 4P7EA 5TE0A 3RNIA 3AT2A 4QP3A 5EDPA 3V6RA 3V8TA 3BYSA 3ZM9A 3QL8A 3QCQA 4Z3VA 5AR5A 4FV7A 3C51A 1IR3A 3WZDA 4BZNA 3IDBA 3FLNC 3QZHA 4B4LA 1A9UA 5DNRA 4YSJA 3M11A 4MVFA 2GCDA 1ATPE 3O7LD 3S4QA 4RLKA 3W8QA 2J5FA 5D7AA 4J98A 3ZONA 3ZO4A 4FKUA 4RBLA 3BGPA 4MWHA 5L4QA 3KK9A 1OBGA 3FZRA 4H58A 3I7CA 2VO0A 3F2NA 2ITVA 3FQEA 3O8TA 4IVCA 2WPAA 4DH8A 4F0FA 4QMTA 4W4VA 5TT7A 2UW8A 1YDSE 4B0GA 2QOIA 3KMWA 4LRMA 3ZC5A 4O81A 2ZJWA 2EXMA 5JZJA 4NH1A 3DLZA 4XV1A 5JEBA 5IMXA 3II5A 3UZPA 2BDWA 4EL9A 1OZ1A 3KN6A 2VWBA 4DA5A 1PRYA 4I21A 4I22A 5FXSA 5A54A 5M06A 4UXQA 5AP3A 3LFEA 1KE7A 1ZOHA 3NR9A 1VZOA 5E8SA 2VTPA 3DCVA 5AR2A 3Q53A 3DZOA 3ZH8A 1DM2A 4C4JA 3BYMA 2P55A 2J5EA 5LVPA 4AGCA 5HORA 1OL2A 5IEXA 2R3IA 5K5XA 1E9HA 2CGXA 4IW0A 2VUWA 4JBQA 5L6WL 3RHKA 4M97A 4G17A 3R00A 5IQBA 5DGZA 4HOKA 3DK3A 3G2FA 1RJBA 3LHJA 4IX5A 5LMKA 2HY0A 3PFQA 4IAKA 4S31A 4TKSA 2Y4PA 2QO7A 3QTRA 4UBAA 4D55A 4DT8A 1OMWA 3QRTA 2JFLA 4F1OA 3U55A 1H1SA 3UIUA 5CEOA 4Z7GA 3ATTA 5CT0A 4WNKA 2GHGA 4IVDA 5EI2A 1ZMUA 4FZFB 5HG8A 3RZBA 3MS9A 1H07A 1CM8A 3ORTA 3TN8A 2QQ7A 3QUEA 1NA7A 5CI6A 2W0JA 3P0MA 2PMOX 2F9GA 3ZTXA 3TG1A 4BYJA 4YTIA 2BROA 3LZBA 1UNGA 4CG9A 3TKIA 5BYZA 4ZSJA 1PF8A 4ACHA 4DFLA 5HX8A 2AC5A 3SOCA 4GKHA 3QZGA 4UMUA 1O6KA 1QL6A 3A4PA 4NCTA 3ZO2A 1ZAOA 4GVAA 2YITA 1YXVA 4TTHB 4FZ6A 3D7TA 1Q62A 2YWPA 4YHJA 4I4EA 3F9NA 3SRVA 4AT3A 2JDVA 3HMIA 4QNYA 3QKMA 1IASA 1OKYA 2V22A 3AGMA 4G31A 4FG8A 2CLQA 4BCHA 5CAOA 5CX9A 4GK4A 5CLPA 3QD2B 3UO5A 3FSFA 4TWPA 1OKVA 5LVOA 3MJ2A 2WNTA 4H3PA 2B54A 4QQ5A 5LCJA 1J7IA 3ORNA 3O96A 4M14A 4N6ZA 2YWVA 3ATSA 4OTPA 4H05A 3BKBA 4Y72A 3O8PA 3QFVA 2GNHA 4QYGA 4MF0A 3HA8A 2BAJA 1M14A 5L3AA 4J52A 2X2MA 3PJCA 2J9MA 3DOGA 2HWPA 3ETAA 2CSNA 4HGEA 5J87A 3ZFYA 4ZSGA 5J1VA 4IZAA 3FI8A 3GGFA 2FSLX 2RG5A 2VN9A 5FGKA 4RSSA 3R8VA 3R2YA 3V8SA 3VS2A 3QBNA 2IO6A 4EH7A 4WBBB 4KA3A 5AV4A 1P14A 2UW9A 5A6OA 4FSRA 3QX2A 4EZ5A 2PZ5A 2UVZA 4NUSA 4D2RA 4X2KA 2YLEA 3I4BA 2J0JA 2QG5A 5LMBA 3T9IA 3BYOA 2YZAA 4YC6A 4JQEA 5EKOA 4IWOA 2HYYA 2C5OA 2CKOA 4F09A 3MDYA 4ARKA 2CPKE 4GH2A 4C33A 1YI6A 3PTGA 2EUFB 4G5PA 5DFPA 5GZ8A 2I0VA 5E91A 5BVWA 4BWKA 5CF8A 3LQ5A 3BYVA 3R8LA 2OBJA 2A19B 4C3PA 3G15A 5LWMA 3MPAA 2WMWA 3BLRA 3F82A 3OBGA 4M12A 2QOFA 3L8SA 3C4ZA 4RX7A 2QO9A 3NYXA 4CMOA 1IAJA 3WARA 5FTQA 5AUWA 3LE6A 3IOKA 5GHVA 1H01A 4EWQA 5DPVA 4LOQA 3KFAA 2W4KA 2QKRA 3OWPA 4J53A 4FA2A 2XUUA 3VC4A 1ZLTA 3JS2A 4PMPA 3PSBA 4NK9A 3E5AA 1LPUA 4Q5EA 3A61A 3KXNA 4HZRA 1YHSA 3QRUA 2O0UA 2WEVA 3DY7A 3OY3A 1G5SA 3SDJA 4WG4A 4EHVA 3EQGA 2Q83A 2I1MA 4RIOA 3HAVA 2O65A 1WAKA 4XP2A 4EKKA 3Q5ZA 3R0TA 5CEPA 3ZBXA 4E6QA 5FP6A 2WQBA 3FMMA 5JN2A 3R28A 4M84A 4YJSA 4I6QA 4UV0A 4FSYA 5ANEA 2R3KA 3VVHA 2BRNA 4EH3A 1Y91A 1F0QA 4A9UA 3R7OA 3FJQE 1XKKA 3HLLA 4FKQA 4UYAA 4U6RA 4NZWB 5E8TA 5EW3A 3DAKA 4MXXA 1KE8A 3AC8A 3ALNA 3CSVA 3VRZA 4FNXA 5KBRA 2H34A 4QP9A 4BCIA 2UZTA 4QOXA 3OW4A 4IMYA 4KIOA 3MY0A 1SVHA 3CGOA 2QO2A 2PYWA 5E92A 3V8WA 4DBXA 2Y8OA 5EH0A 2E9UA 3O71A 1YXTA 2A27A 4EBVA 4G5JA 3GC8A 4JRNA 3DQWA 4R3PA 5CZIA 3ZXTA 3GT8A 2WELA 2XK6A 2XJ0A 3I81A 2AYPA 1M7NA 3NWWA 3D83A 1Q3DA 4JBOA 4C4FA 4D2TA 4FZDB 2R3PA 4F64A 4M3QA 4DH5A 3U6HA 1JSUA 4CRLA 4UMRA 1ZZLA 5EYKA 3EN5A 5CAVA 3V5JA 4XV2A 2ZAZA 2HZNA 3L9NA 4MBLA 3SOAA 4I93A 4R78A 5KMMA 2ITNA 3R04A 2AUHA 4QMVA 4IB3A 4YBKA 3WE8A 4RFMA 2C6KA 3I0OA 4PL5A 4FT0A 4NSTA 3UP2A 5CANA 2W06A 4AXAA 3ZSHA 4AZWA 4C3FA 3I1AA 1Q99A 3NAXA 3KMUA 3MH0A 4BDEA 2QLQA 5D11A 1T45A 3PRFA 4LGDA 4OTQA 2GNLA 2W9ZB 5F1ZA 1ZOEA 4IDVA 3RZFA 5IA2A 4JXFA 4E8AA 3LFQA 2YFXA 3ZUVA 3QU0A 4DFNA 3FE3A 5L2WA 2ZB0A 1O9UA 3PG1A 1WBTA 3ZLYA 5JH6A 3GCVA 4FF8A 3DKCA 3P23A 3FPMA 4FUYA 4V04A 3ENHA 2PVYA 1UWJA 3ZEPA 4ZZMA 1YXSA 3FXZA 4CZTA 5C26A 3E8CA 3GC7A 2X2KA 1M2PA 4PWNA 2OZAA 4F9BA 3DTWA 2YERA 5EI6A 3C0IA 3OXIA 4FTJA 1I09A 1QMZA 5KMNA 1W7HA 3LCOA 3NYVA 5EM5A 2YHVA 2HAKA 3EFJA 2OIBA 2VTIA 5JQ5A 5BMSA 4I1ZA 1RQQA 5C27A 3GOPA 1YW2A 3C4FA 5B2KA 3VS0A 3ODZX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5EHY A;  3QQL A;  2XBA A;  4DFX E;  1PMV A;  3QYZ A;  5JFW A;  3LLA A;  1H26 A;  4MQ1 A;  3UQF A;  5JFX A;  4XG3 A;  2NO3 A;  1CDK A;  3W0N A;  1Y6B A;  2QC6 A;  3EQF A;  4EHZ A;  4GV1 A;  3HV3 A;  2QI8 A;  4GT3 A;  4H1M A;  5AUX A;  4BIB A;  3TKH A;  3FKN A;  4FTM A;  2BAL A;  3UNJ A;  4YJV A;  3PXF A;  2X8I A;  1SMH A;  4CG8 A;  3Q4C A;  1FVT A;  3F3V A;  2RFN A;  4KKE A;  5J9L A;  2X7G A;  3F88 A;  2PMI A;  4CKR A;  3KUL B;  4QMQ A;  3W2O A;  4MD7 E;  3RGF A;  2XNP A;  3ZZE A;  4DG2 E;  1YQJ A;  3EYG A;  4KUJ A;  2R4B A;  4LQM A;  1G8J A;  2VNY A;  3FEG A;  2UW7 A;  4U41 A;  4FV6 A;  3MFU A;  4USD A;  1VLR A;  2V7O A;  4FGB A;  4IJ9 A;  1IA9 A;  4MHA A;  2P33 A;  3FZP A;  4RIW A;  4ANM A;  3R1Y A;  3BHT A;  3R01 A;  4NCT C;  5AM7 A;  3WF8 A;  4JNW A;  3WZJ A;  3LXK A;  1GOL A;  2OWB A;  2RGP A;  3HRB A;  2VWZ A;  3MSS A;  4FR4 A;  3F66 A;  5AR8 A;  5M4U A;  4AW2 A;  3ANQ A;  2YM7 A;  2XNN A;  3QX4 A;  4JDJ A;  4G16 A;  1CKP A;  3BV3 A;  4RJ6 A;  2XA4 A;  5FWK K;  3GC0 A;  3TCP A;  3FC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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