1YAOA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and x-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGVFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yaoA00
4WO6A 4C3WA 1NQIA 1JSFA 1LSGA 1CKGA 3W6BA 1GXV2 4AGAA 5HLLA 4CFOA 4BS7A 4WM3A 4G9SA 1FN5A 1HF4A 2BQDA 3A94A 4NHQA 1IP6A 3N9EA 1GE3A 5DN5A 1OUFA 5LYMA 4H90A 1GF9A 1IP1A 1EQ4A 2WARA 3A93A 2FBDA 4LT3A 4NGZA 5LAFA 1LTMA 3CQLA 4IASA 4ZEEA 1BB6A 1LZ6A 6LYTA 1IORA 5I53A 1PZYA 3OK0A 1TDYA 2BQNA 4B1AA 1FLWA 5KXMA 4NSHA 3KAMA 5F16A 3BKHA 2HEBA 2RSCA 2MEHA 3A34A 5KXZA 1IR9A 1REYA 1BWIA 1NWGA 2MEBA 154LA 3B0OA 4J7VA 4WO9A 3WUMA 4EMNA 4WOAA 5DN4A 1B0DA 2ZWBA 1LJIA 1D9UA 3WW6A 1HENA 3RNXA 1IWUA 1UCOA 3J6KA 5L3IA 1LSMA 1LCNA 2ZQ3A 4WM6A 1GFRA 1LMCA 1LJGA 5EBHA 1HFXA 4GCDA 4R0FA 5KXOA 1LHHA 2A7DA 4CFPA 4PRUA 1ZVHL 3AZ5A 3HFMY 1B7QA 1TAYA 1WVUA 4RLMA 1LHMA 1GBSA 2G4QA 4G49A 4H91A 4N1CC 1GB6A 3EXDA 1LZTA 1JEFA 3AYQA 1BVKC 3AZ6A 3TXGA 1VDSA 4WMGA 2MEIA 4NWHA 4HJZA 2LZTA 3P4ZA 1HMLA 1GBWA 1B7RA 1F6RA 1C43A 2MEFA 5KXPA 4BADA 1UIEA 1OUHA 1IY3A 2DBTA 2MEGA 5KXYA 1IY4A 3P64A 5E9RA 1DXJA 1B7SA 2ZNXY 2W1XA 1BWJA 2ZYCA 1C46A 1JJ1A 1NBZC 3M18B 5DL9A 5I4XA 2W1LA 3TXKA 3LYOA 1LZRA 4DD2A 1HEPA 1O23A 5ILCA 1OUJA 4M6DA 3A91A 3RZ4A 2X0AA 2BQAA 5LVKA 4H9CA 5E4PA 1MLCE 3A6CY 1LZ5A 5IELA 4GCFA 4ANRA 4QY9A 2HEAA 1J1XY 5KXRA 1DPWA 2IHLA 5B59A 4PPOA 4LYBA 4OWCA 4WM1A 2G4NA 2IFFY 1GFHA 1GFAA 1HHLA 1LZBA 3VWOA 1B5XA 4NSIA 1IC5Y 4RW2A 2W1YA 3RU5A 3W3EA 2FYCA 1WTMA 1VDTA 1GFJA 1LPIA 2F4GA 5B1GA 5C6IA 4DDBA 1IVMA 4GLVA 5FDJA 4G4BA 1LSNA 1DPXA 3B0KA 5KXKA 1GE0A 1HEMA 3A3RX 4YENA 3WULA 4ET8A 1B7OA 4NGWA 3WXUA 3TXHA 4WL7A 1IP4A 4LYTA 1C7PA 2HEFA 5APEA 1UICA 4WLDA 1IOTA 1HELA 1LMNA 1LSYA 1OP9B 3RW8A 1LYZA 3LN2A 4LGKA 4XJGA 3W6FA 1BB5A 5KY1A 5I4WA 1AM7A 4Z41A 4DD0A 4KPMA 4WM4A 1LZGA 2A7FA 1B5ZA 3A95A 4Z3MA 4UWUA 4ML7A 1VAUA 1LZ9A 1DZBX 3HBEX 1GWDA 4MR1A 1LSBA 3WH1A 1INUA 1QIOA 1LSPA 1XGQC 5KXXA 1QTKA 1QTEA 5HNLA 4HPIA 4DD9A 1KIPC 1ZMYL 1FLQA 2ZQ4A 3LZ2A 1CJ8A 4KL7A 1GFVA 3WUAA 4ETEA 5M1YA 1CJ9A 1G7LC 1GF5A 1JKCA 3T6UA 1YILA 4H8YA 1T3PA 4CJ2A 4HJVA 1YIKA 2DQHY 4LT1A 1E8LA 1OQMA 4H93A 1BHZA 1D0KA 2MEAA 3ZVQA 4XADA 3A3QA 1GF7A 1UACY 1UIDA 4DC4A 2DQIY 2DQEY 1TEWA 4HTNA 4N5RA 4ZIXA 1KIQC 1JKBA 1JWRA 1VFBC 4GCEA 2EPEA 2CWIA 1G7HC 2BQIA 5LA8A 4HP0A 1F10A 5LXWA 1LZ1A 4MCKA 4N8ZA 1IEEA 1LSAA 2BQBA 1WQQA 3QY4A 1NMMA 1PS5A 2AUBA 4B49A 3HBHA 3TXIA 1WQRA 2Z37A 1WQPA 1LZNA 1BB4A 4NIJA 2YBIA 5DM9A 4AXTA 2Z2FA 4GCCA 5LYZA 2ZILA 1QQYA 1JSEA 4NG1A 4U3XB 2HECA 1B7MA 1KXXA 4B0DA 208LA 2BQKA 1GAYA 2MEDA 4I8SA 2DKVA 4XJIA 1HMKA 5II3A 1NHEA 5FCPA 1D6PA 1GFKA 4DYGA 5ILFA 5KXLA 1IP2A 5L3HA 1P2CC 4BAFA 3AB6A 2ZIJA 5APCA 3TMWA 1GE2A 3LHMA 1G7IC 1W6ZA 1GB0A 1D0LA 4LT2A 1IOQA 1IWZA 3B0IA 4NEBA 1CKCA 4NGLA 3ATNA 1G7MC 2Q0MX 4TSBA 5F14A 2LHMA 2LYMA 5I4YA 1IX0A 2GV0A 2F4AA 1JPOA 4OW1A 3WVXA 4OOOA 2DQAA 4HV1A 5HMJA 3N9CA 3K3TA 3TXEA 5KXSA 4ETDA 1GB8A 7LYZA 4LZTA 2YBJA 4OWHA 4WM2A 8LYZA 2LYZA 3FE0A 2YBNA 2BLYA 4B4EA 3W6CA 1C10A 1JITA 1HEOA 4BAPA 1LJNA 1GEVA 1QDTA 2BQEA 4HV2A 1LZAA 1D0MA 1LZCA 3B72A 4GN3A 1OUIA 2B5ZA 4H8XA 1AT5A 3WPLA 1UIFA 1H6MA 1LJKA 1OUCA 2F2NA 1IC7Y 4GN4A 1EL1A 3OJPA 1BVXA 3LYMA 2BPUA 1IR8A 1OUBA 5LVJA 1LJ3A 5T3FA 4YM8A 3W6EA 2BAAA 3P68A 2ZNWY 1YROA 3AW6A 1CJ7A 1WQMA 3WXTA 1T6VL 4G4CA 3W6DA 3WW5A 4KXIA 4NSJA 1C45A 1A2YC 2YDGA 1YL0X 4YEOA 1BGIA 1XSFA 3AGHA 3B6LA 1GB9A 2EQLA 3CB7A 1FBIX 4FJRA 4H94A 4LYMA 4H92A 2Y8PA 4B4IA 1GHLA 2FBBA 3M3UA 1JISA 1LMTA 3ZVQB 4NHPA 3AZ7A 4TSCA 1CNSA 5KJ9A 1XEJA 1GDXA 3LYZA 1A4VA 5HNCA 1FDLY 5HQ1A 2CDSA 1JIYA 1RE2A 4EOFA 2XJWA 4B4JA 1CJ6A 1LJHA 1MELL 2HTXA 5K7OA 1CKDA 4J1AA 1VDQA 1GF3A 2BQMA 1IOSA 1B5WA 4PGJB 1FLUA 5B06A 5A3ZA 4NGOA 1ZVYB 1DKJA 4FDYA 1DI4A 1YKXX 1WVVA 4UWNA 5APDA 4QDNA 1SQ2L 3EO5A 1GF8A 5KKJA 1IWVA 1LOZA 2CGIA 3WUNA 1UIAA 1EQ5A 1GB2A 4II8A 2G4PA 3MGWA 1DQJC 4PJ2C 1QDRA 1AT6A 1GBYA 1HSXA 5LYTA 5F81A 4NY5A 1GF6A 3A67Y 1LZ8A 1TBYA 2FYDA 4N9RA 5KXTA 4NHTA 4DD7A 4LFPA 2ZIKA 4NSGA 1FKQA 4OWEA 1QSAA 5LVHA 5I54A 3TXFA 4YF2A 5C6LA 1HERA 2Z19A 3LZTA 4L41A 2D4KA 2YBLA 4D9ZA 3QE8A 4UWVA 3A8ZA 1BWHA 1GDWA 2XBSA 3AGIA 2XTHA 4NGYA 4WLXA 5FEKA 1GFTA 1V7SA 5KKIA 5I5QA 4PHIA 1JKAA 1LHKA 1WQOA 1W08A 1YAOA 1BQLY 3CSZA 4HTQA 4P2EA 4WG7A 4Z98A 1RFPA 3WYHA 3G3BB 1G7JC 1B7LA 1LSDA 2D91A 1J1OY 1H87A 2NWDX 4H9BA 2LYOA 4HPEA 5J7CA 4I0CA 1DI3A 5LIOA 1YAMA 1LZYA 1QSWA 3IWRA 3TXBA 4E3UA 1VDPA 4N0JA 3TXDA 1HEQA 3T36A 3WL2A 1DI5A 1UA6Y 4W96A 1KIRC 3CT1A 2XBRA 1IWYA 1LHLA 1AZFA 1LYOA 1UBZA 2BQGA 1GXXA 1I1ZA 1LJEA 1LYYA 4HJYA 3CSQA 1RCMA 4XN6A 1B5UA 3G3AB 1V7TA 2Z2EA 5D5FA 1HFYA 5FSTA 2BQOA 1LKRA 1XGUC 1IP5A 1LMQA 4RW1A 3A6BY 1LJFA 3GXKA 2DQJY 5FHWA 2DQDY 2LZ2A 1REXA 1HEWA 4WM5A 2BQFA 9LYZA 4M4OA 2HEDA 1FLYA 1LSEA 4NG8A 1B5VA 1JTTL 4XJDA 1YAPA 5FELA 5LAGA 3TMXA 1LJ4A 2H9KA 4ETBA 1NKHA 1BB7A 3WPKA 4LYCA 3ZEKA 1GB3A 3EMSA 2DQGY 3IJUA 3P66A 5B07A 4IJ4A 2CJLA 3WU7A 1KXYA 1B7PA 1YKYX 1Z55A 1IP3A 4ETCA 2YVBA 1B5YA 1QUSA 4LFXA 4LT0A 5IHGA 2I26L 5KXNA 2ZYPA 134LA 1YKZX 4DD3A 1F0WA 1BB3A 2EKSC 3HBDA 4H9AA 4QGZA 1GBZA 4DDCA 2PC2A 1GE1A 1B2KA 1GBXA 2BQJA 2Z39A 3FI7A 4RLNA 4WG1A 4Z46A 1FKVA 133LA 1LMOA 1GB7A 2C8PA 4H9IA 4YOPA 4NHIA 1LJJA 4OOTA 4X3BA 1F6SA 1JJ0A 1HFZA 2BQHA 3P65A 1GF0A 2Z38A 4H8ZA 1YANA 1WQNA 5DLAA 1XEKA 3SP3A 4XJHA 4DT3A 4O34A 1UC0A 4HTKA 1N4FA 5HMVA 1JHLA 1GF4A 1RI8B 3W6AA 1JKDA 4PRQA 1NDMC 2I6ZA 6LYZA 153LA 5KXWA 1GE4A 1GBOA 2HU1A 1UUZC 1LZEA 1TCYA 1IO5A 1LZDA 2H5ZA 2YBHA 2DQFC 4H9FA 1LMPA 1LHIA 2MEEA 4IATA 4XJFA 1B7NA 4YEMA 1IWWA 3AGGG 1XGTC 207LA 1J1PY 1JUGA 1JTPL 2EIZC 4NGIA 3J4GA 4G4HA 3AJNA 1YAQA 1NF5A 4R6CA 1ALCA 2C8OA 4C5FA 4NGVA 1GFEA 1YQVY 1LSCA 2W1MA 135LA 3GXRA 4TX7A 4MSTA 1GD6A 2BLXA 1GFGA 1WTNA 1IC4Y 2HU3A 4ETAA 2BQCA 3LYTA 1IP7A 193LA 1GPQC 1HC0A 1XGPC 2HUBA 5APFA 3WU8A 5A3EA 4A7DA 1GFUA 3QNGA 4H9EA 1CKFA 5D5CA 2F30A 1I20A 4J0LA 3WU9A 5C6JA 5B05A 4WLYA 1OUAA 1D6QA 2N5ZA 4N1EI 1LSZA 2YSSC 4QEQA 4NHSA 4J1BA 5F9UA 4NFVA 1IWTA 1IWXA 1XEIA 132LA 1UIGA 1VATA 5LA5A 4LYZA 3WMKA 1IR7A 4W94A 4WL6A 4OWAA 1I56A 2BQLA 1KXWA 3A92A 4H9HA 5L9JA 4DWXA 4ET9A 1C08C 4NGKA 3A90A 1NDGC 1ZV5L 3RT5X 4TUNA 2D4JA 4XENA 1XFPL 5LVIA 4WLTA 3ATOA 1RJCB 1NBYC 1OUGA 2D4IA 3BKVA 3CSRA 2D6BA 1JJ3A 1DKKA 1XGRC 3EBAB 4TWSA 4TTDA 2MECA 4RDSA 4CGEA 4XYYA 1LSFA 2DQCY 3D3DA 1OUEA 3IJVA 5IDDA 3E3DA 1JTOL 1LHJA 4HSFA 3AZ4A 4NWEA 1YL1X 4GLAA 4GN5C 3AW7A 2I25L 1VEDA 3D9AC 5B1FA 1CKHA 3CT5A 5JENB 3WVYA 3TMVA 4KT3A 1IIZA 1B9OA 5LINA 1HNLA 1QUTA 194LA 1GAZA 1LZSA 3N9AA 1AKIA 2HEEA 1LMAA 1LKSA 1OUDA 2Z12A 3ULRA 5LVGA 4DD1A 1HSWA 1LZ4A 1LYSA 2Z18A 1UIBA 5AMYA 5F9XA 1EQEA 2H9JA 4OWBA 1SLYA 4DDAA 2YBMA 1REZA 3TMUA 4ZFPA 4GCBA 4LYOA 1UIHA 3CT0A 3F6ZA 4NGJA 4XJBA 1IOCA 4CHXA 3TXJA 3WPJA 3A96A 1GEZA 2VB1A 1REMA 4H1PA 1LAAA 1GB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO6A 3GUPA 1CKGA 4AGAA 4G9SA 1C67A 1FN5A 3A94A 2RAZX 161LA 1OUFA 5LYMA 4PK0A 1IP1A 1LWKA 1EQ4A 2FBDA 4NGZA 4EKPA 4ZEEA 1LZ6A 5KXMA 1G0KA 3SB5A 5F16A 2MEHA 1IR9A 2MEBA 177LA 4WOAA 1SSYA 2ZWBA 1L0JA 219LA 1UCOA 1LSMA 1LCNA 4W52A 4WM6A 1LYDA 5EBHA 2ANVA 1L09A 1T8AA 1ZVHL 3HFMY 1B7QA 1GBSA 4G49A 1T8FA 3AZ6A 1VDSA 4NWHA 2LZTA 3P4ZA 1HMLA 1L40A 1F6RA 2MEGA 1IY4A 1LYFA 1DXJA 1JJ1A 1NBZC 3M18B 3LYOA 1CVKA 5ILCA 123LA 3A6CY 4GCFA 184LA 4W56A 1DPWA 2IHLA 1PQMA 1DYGA 4OWCA 1B5XA 180LA 1IC5Y 2FYCA 1L48A 1LPIA 5C6IA 163LA 252LA 1IVMA 3HUKA 239LA 3A3RX 4YENA 4ET8A 4NGWA 166LA 1LMNA 1LSYA 1OP9B 1DYAA 1LYZA 3LN2A 1DYCA 4I7KA 1AM7A 4DD0A 3V2YA 131LA 1VAUA 1C60A 1LSBA 1LW9A 1QTKA 1QTEA 3NYAA 4HPIA 2ZQ4A 1FLQA 1C65A 1L71A 4KL7A 5M1YA 1YILA 3C80A 1OQMA 1XJUA 1D0KA 3HU9A 1PQOA 1L99A 1UACY 4DC4A 1JKBA 5LA8A 5LXWA 1LSAA 2BQBA 1WQQA 216LA 3QY4A 1NMMA 4B49A 1DYDA 2Z37A 4NIJA 4AXTA 2ZILA 4NG1A 4I8SA 1GFKA 4DYGA 5KXLA 4BAFA 2ZIJA 3LHMA 3OE6A 1D0LA 3B0IA 1CKCA 3ATNA 4TSBA 5F14A 155LA 125LA 186LA 2F4AA 1JPOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WO6 A;  4C3W A;  1NQI A;  1JSF A;  1LSG A;  1CKG A;  3W6B A;  1GXV 2;  4AGA A;  5HLL A;  4CFO A;  4BS7 A;  4WM3 A;  4G9S A;  1FN5 A;  1HF4 A;  2BQD A;  3A94 A;  4NHQ A;  1IP6 A;  3N9E A;  1GE3 A;  5DN5 A;  1OUF A;  5LYM A;  4H90 A;  1GF9 A;  1IP1 A;  1EQ4 A;  2WAR A;  3A93 A;  2FBD A;  4LT3 A;  4NGZ A;  5LAF A;  1LTM A;  3CQL A;  4IAS A;  4ZEE A;  1BB6 A;  1LZ6 A;  6LYT A;  1IOR A;  5I53 A;  1PZY A;  3OK0 A;  1TDY A;  2BQN A;  4B1A A;  1FLW A;  5KXM A;  4NSH A;  3KAM A;  5F16 A;  3BKH A;  2HEB A;  2RSC A;  2MEH A;  3A34 A;  5KXZ A;  1IR9 A;  1REY A;  1BWI A;  1NWG A;  2MEB A;  154L A;  3B0O A;  4J7V A;  4WO9 A;  3WUM A;  4EMN A;  4WOA A;  5DN4 A;  1B0D A;  2ZWB A;  1LJI A;  1D9U A;  3WW6 A;  1HEN A;  3RNX A;  1IWU A;  1UCO A;  3J6K A;  5L3I A;  1LSM A;  1LCN A;  2ZQ3 A;  4WM6 A;  1GFR A;  1LMC A;  1LJG A;  5EBH A;  1HFX A;  4GCD A;  4R0F A;  5KXO A;  1LHH A;  2A7D A;  4CFP A;  4PRU A;  1ZVH L;  3AZ5 A;  3HFM Y;  1B7Q A;  1TAY A;  1WVU A;  4RLM A;  1LHM A;  1GBS A;  2G4Q A;  4G49 A;  4H91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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