1YEXA

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFDHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Oxidoreductase
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yexA00
4KW6A 2JZTA 1R7HA 2OBKA 4HQSA 4E8EA 3F3QA 8GSSA 3H79A 4ZL9A 1AUCA 3GTUB 3QFBC 4EXJA 5A5KA 1E2YA 3APOA 1GUHA 1K0NA 4EUYA 2OA7A 4KH7A 1SENA 1YEPA 2IJYA 1YDKA 1U3AA 2RM5A 4OCEA 1MDJA 1W4VA 1QXHA 1XWBA 2V41A 2LRNA 3FKFA 1TTZA 2GT6A 3KM6A 4XS1A 2VCWA 5DJMA 4BWSA 1UN2A 3GKKA 4POBA 4HJMA 2DJ3A 3TUEA 1USBA 4EKZA 2LSTA 4MJCA 2B3SA 4D73B 4HJ2A 1DSBA 2H1GA 1AQXA 4KCAA 4P3YB 1PRXA 2KP2A 2M72A 1MDIA 4YH2A 2HE3A 1THXA 1QMVA 2GLRA 4FO5A 3WGDA 4GSTA 3A2WA 2RLIA 1TRUA 3KGKA 1SK0A 5AISA 4PNFA 5C04A 4OCFA 16GSA 3LYPA 1C72A 1BAYA 1X9MB 2ON5A 3UEMA 1HQOA 5KN0A 1V57A 1WOUA 5J41A 1GTIA 1SJIA 3A3TA 1M9BA 4BVXA 1F6MC 4E8HA 2LTKA 1NW2A 3GL5A 4HDEA 3KCMA 1GTBA 2IMFA 4YAPA 2E2GA 3M8NA 4IN0A 3Q74A 4EO3A 3I69A 2B5YA 3F0IA 1YF1A 3ZVJA 5ECLB 5GZZB 1TOFA 1GUMA 2MMZA 3VPTA 5AGYA 3G7YA 3DD3A 3KMNA 3KTBA 5ECPB 4K0NA 4TXVA 4EDZA 1V58A 4EF0A 5CAXA 1TI1A 4IJIA 1T3BA 1URMA 1J08A 5G5FA 4PQIA 5ABRA 3UAPA 1V9WA 5CRWA 4J56E 3DXBA 5KN2A 1FB0A 3KH7A 2FUG2 2VD0A 1S3DA 5E4WA 3TRPA 3F3RA 2AB6A 3F4TA 3WT2A 1RW1A 2YWIA 2WFCA 5EVOA 2LQQA 5IPGA 2FGXA 3QAGA 4AF2A 4NXIA 4XCSA 1VF3A 4N0VA 1JLVA 5B6NA 4MPGA 3W8JA 4ZBDA 5HR3A 3ZIVA 4F0CA 2M46A 4N10A 4G10A 1K3OA 5DALA 2LJKA 2YANA 3C71A 2PPTA 5ECQB 1G0TA 5E59A 4IQ1A 4WBJA 2VLTA 3L0HA 1XPVA 3GX8A 5J3RA 2HRFA 4RQXA 5DDLA 2RM6A 2XHFA 1FOVA 3ISOA 2JU5A 2IWTA 5F05A 3LORA 3MAKA 1M2AA 2ALBA 2GQKA 4POKA 2ZNMA 5ECMB 4JRRA 4DVCA 1WIKA 1WPIA 1WMJA 3FY7A 3PH9A 3QCPA 3HZ4A 2JL4A 4NV5A 4MH2A 4NPBA 2HT9A 1K0BA 4FYBA 2PERA 5B6MA 3FHKA 5IQYA 2DC5A 3CBUA 4O7HA 5IO2A 1MD4A 4GF0A 4LLRA 5G2ZA 4GSNA 4BPYA 4HU9A 1B4PA 3Q19A 3HD5A 3HJOA 2YPMA 1QGVA 4AJ6A 18GSA 1A8YA 2F51A 3ERFA 2WDUA 3TKRA 5HFKA 2YWNA 5FT3A 2IFQA 2LRTA 5G31A 1LU4A 2KOKA 4RUVA 5HR1A 1BYEA 1TU7A 1YKCA 3UMAA 2YNXA 4ECJA 4GXZA 5ECNB 5ELGA 2L4CA 4CHSA 2FWHA 5GSSA 4MA9A 2H71A 4JBBA 4OFMA 3EWLA 1XOAA 4ZILA 5JCGA 2IMDA 3DKSA 2J9HA 2C0GA 2X8GA 1EOHA 3ERGA 2L6CA 3C73A 2V6KA 1GRXA 4KX4A 2NTOA 2IMEA 3K8NA 1QK8A 1U87A 5A4VA 2N5AA 3GH9A 1EV4A 2LV3A 4I2UA 2GS3A 2PVQA 5IPHA 3HJMA 3TKPA 2NDOA 2C4JA 5ELAA 2FWEA 4K9ZA 4KAEA 1EEMA 3C8EA 1TK8B 3VFIA 3F4RA 1PGTA 2R4VA 2PVOC 2VD1A 3ZMLA 2YWMA 4IP1A 4N0ZA 4WXTA 1F2EA 1THOA 4WEYA 4JR4A 3M1GA 2H6ZA 2XBQA 5HFIA 1YKAA 3P90A 2MBSA 5ECKB 5D9VA 1JHBA 3VWWA 2DMLA 2EIOA 1SK1A 2FHEA 3BJ5A 1XW6A 3RPNA 2HYXA 4HEA2 2C3QA 2GDRA 3FZ4A 2VCTA 1R5PA 3QOUA 1ABAA 1T7PB 3EYTA 2O8VB 2VM2A 2AV4A 3MNGA 1VRSD 3QD9A 2LS5A 2NBSA 3M3MA 4XS4A 4MABA 3D21A 4EDYA 1JLWA 4FYCA 2BJXA 4WBRD 2GSSA 4BWQA 5A4UA 2YOIA 3H8QA 4PGTA 5LNKe 4PXOA 1GSQA 2H1DA 2HSYA 5D9XA 1XZOA 2PU9C 3LSZA 2TIRA 4GCIA 3BOAA 4X0XA 1EZKA 2PGTA 2GVPA 2AUVA 2WS2A 2R37A 3G7IA 2OACA 2CVKA 1K0DA 4XRAA 3FR6A 2IN3A 2PMTA 3QR6A 4ECBA 1B48A 2NVLA 3LQ7A 2R6KA 3Q18A 1RK4A 2FLSA 2EIRA 3GKMA 3A2XA 3FRCA 3H93A 4G9HA 3GNJA 3TOTA 1EGOA 1GTUA 3C1RA 3I43A 5ID2A 1O8WA 1TDIA 1YY7A 2F9SA 2H8LA 5DAKA 4MJEA 2OKAA 4FYUA 2DIZA 4RQRA 4Q5NA 2K8VA 4RI7A 3PGTA 3TKSE 1KNGA 4MF7A 4MP4A 4G19A 2H6XA 3RAZA 2F3MA 1XOBA 4OD7A 1PKWA 5CYYA 2H75A 4L0WA 2XPEA 3N5OA 1OKDA 4QL7A 2PN8A 5B7CA 5AIVA 2K8SA 1GSFA 3QMXA 4MF5A 2IPAA 2A4VA 1PX7A 1VGLA 1XVWA 1CQHA 1EEJA 1HNBA 2L57A 3VI5A 1AQWA 4Q5RA 2V6OA 5IOXA 4POLA 2H70A 1ERTA 2DJKA 4ZB9A 2H74A 3TJBA 1V40A 2G0FA 3L9VA 1B8XA 4KSMA 3DVWA 4MF6A 5KEJA 1JZRA 4YQUA 1AIUA 3ZVJD 2TRXA 4XHMA 1T4YA 3DMLA 1FVJA 5IOWA 5GSTA 1VF2A 3HA9A 4MDCA 3VWUA 1OC8A 5G30A 2A2SA 1K3LA 4OO4A 1M9AA 2TRCP 3IAS2 1SYRA 1WRYA 1XBSA 1WJKA 1AC1A 1GSDA 3TCOA 3GUSA 3HVXA 2E7PA 2H0GA 3KH9A 4ZB6A 1F3BA 5DCGA 1XWKA 5AIXA 3GIXA 2H72A 3GX0A 2I9HA 3ZTLA 2FD3A 3UOMA 1ERWA 4MZWA 1MTCA 5J5NA 3APQA 1FO5A 5CP1A 2KLXA 2AHEA 4J57E 5IMZA 2L4QA 4CW9A 3GKNA 4ZB8A 3FZ9A 1KTEA 4J2FA 3KZQA 1BX9A 1Z3EA 2VL2C 3CXGA 3VWVA 1JFUA 1F3AA 2E0QA 4EL1A 2DSAA 3TRXA 5HR0A 3FYGA 4MK3A 2ES7A 3HVVA 2QSIA 2I1UA 2LQOA 1SL2B 2GZYA 1O73A 2E2MA 3LXZA 3TGZA 1ERUA 5DQSA 1H4OA 2I3YA 10GSA 1TRSA 4TXOA 2Z9SA 4TR1B 2YP6A 5FHIA 3GHAA 4V1Ap 4NWYA 20GSA 3IA1A 3UJ1A 1DE1A 3RDWA 3O6TA 3PINA 1A2JA 2VIMA 2VO4A 3GSSA 2X64A 4LL4B 1GSUA 1M2BA 4NHZA 4JEDA 3IPZA 3UVTA 1XWAA 1G7EA 1SJZA 3D5JA 4MMMA 1HD2A 3MDKA 4BA7A 2CZ3A 2H66A 1PA3A 3GN3A 7GSSA 1I5GA 4IJ3A 2M80A 4OFNA 1ST9A 3QAWA 1FG4A 2QC7A 4TW5A 4MH3A 2C0EA 3UBLA 1O7UA 3H1NA 2R3XA 2CZ2A 2X8HA 2GGTA 1Q4JA 1ZL9A 1K0CA 3IHQA 2H19A 4MZBA 4I6XA 2JACA 2LNTA 3HVSA 2AJQB 3GFKA 3IXRA 5IM9A 3GTUA 5C00A 2DIYA 2DBCA 2VUPA 4MJAA 4ML6A 3A2VA 1A2LA 3GKXA 1PSQA 1G7OA 3P7XA 3O3TA 2PWJA 3TKSC 2V32A 4XRDA 2QKEA 4Z7XA 1GP1A 2H30A 1PX6A 3VURA 3F6DA 3D0ZA 3GRXA 2EC4A 2C80A 2KUCA 1GULA 5DQYA 3TRQA 1ZCPA 1AW9A 2CQ9A 3G7JA 3NOFA 1R5AA 4ILFA 2H1BA 3IE3A 2JZRA 4XIHA 1U6TA 1SJ6A 3KD0A 9GSSA 3BD2A 2CA8A 3Q6OA 4IGJA 3F9UA 4N30A 3EINA 4D73A 1NHYA 5IMDA 1XW5A 2LNSA 4GRFA 2HFDA 2O87A 4IKHA 2N5FA 5COHA 1N2AA 1O81A 3D4MA 4FIWA 3OR5A 4TRXA 1PN9A 1Y25A 3KMOA 3A5WA 3NZNA 2KHPA 2GZZA 22GSA 4AJ8A 1ZZYA 3KEBA 1BG5A 5JWOB 4PUAA 17GSA 4NMUA 2REMA 3FR3A 5D96A 3GA4A 1AXDA 3DVXA 1SYXA 2C3NA 2MBTA 3WGEA 1M7TA 2L5OA 2PBJA 1KBNA 4OMVA 3KXOA 3CTGA 1TK0B 3ZLPA 5F8BA 1OVNA 2I81A 3DGQA 5LCZA 1LJRA 1S3AA 4FH8A 3US3A 1Z5YE 1VF1A 5JWRB 2H01A 1K0MA 2IIYA 1OC9B 1YEXA 4ZL7A 5CRHA 3EU3A 3N9JA 3E9JB 2GSQA 1ACVA 4TOPA 4DSSB 1SD8A 3LWAA 1T00A 3IC4A 4IBPA 4GQCA 3TB2A 4K8MA 2BMXA 3FK8A 4PQ1A 4EVMA 4MCUA 3FEUA 2HSHA 2FY6A 5AN1A 5HQPA 3UARA 4WKWA 3V1WA 4EC0A 5EPFA 3CMIA 2B7KA 3RBTA 5F07A 4JE1A 3H4KA 2B1KA 5ECSA 3WT1A 3F4SA 3EMPA 4NAXA 2WGRA 2C0FA 4L5LA 1XWGA 4WF4A 5KN3A 2D2ZA 2VLUA 2HRNA 1GLPA 4YQVA 2CAIA 3SBCA 1O6JA 3CRUA 5D9TA 2HI7A 1XIYA 1R26A 1KEBA 2GQMA 2OE0A 1R4WA 2VL9A 4DEJA 3GSTA 4PUFC 2DMMA 1B9YC 5IIZA 2C0DA 2OE1A 4TVEA 4F03A 4POMA 3G9BA 5GAND 5ECRB 2YZUA 3GMFA 1YJ6A 2YCDA 2O89A 2IL3A 2V2GA 3HY2A 5LD0A 1O85A 4YQMA 1IYIA 6GSTA 5L71A 1OYJA 1TKDB 1T1VA 4K1FA 5ECHB 2CT6A 1TU8A 3HYPA 2XC2A 1UA5A 4MLYA 3JCML 1S3CA 5F0GA 2H73A 4V2MA 1BJXA 6GSXA 3APSA 3ME7A 1XWCA 2WB9A 1A2MA 3LFLA 2FA4A 4K0GA 1J0FA 1FB6A 2H76A 1HNCA 3GURA 5F06A 2CX3A 2GT5A 3ERWA 2FWGA 1NM3A 1A24A 2MMNA 3EE2A 4MPFA 3WGXA 5ENUA 2B1LA 4PNGA 5HR2A 2LRCA 1K3YA 2CX4A 1GSYA 4V1Ag 3IR4A 3MWHA 2GSRA 4IELA 3IDVA 4ULXA 5INYA 3BCIA 1XFLA 1FHEA 3BBYA 5IMVA 1E6BA 3W6GA 4ZXGA 1X5DA 3O76A 3M9JA 2DLXA 3TDGA 5DCHA 3GL3A 3HZ8A 2VCZA 1IYHA 1PQNA 5CRGA 5G1LA 1A8LA 4I97A 3RPPA 5IMAA 1WWJA 4MZCA 1MEKA 1Z7RA 3R2QA 4WF5A 2F8FA 4I5QA 3HDCA 3CRTA 3DIEA 3UIWA 4GLTA 5D93A 2L59A 2JZSA 3D4TA 4O92A 1B4QA 1QFNA 4ZBAA 1X5EA 4K7OA 1AQVA 1DBYA 3E0UA 1T4ZA 1BQ7A 5DALB 1XXUA 1RQMA 5D8IA 1M99A 2IMIA 4XTSA 2B6MA 3ZYWA 1MDKA 1GL8A 4KGIA 2K6VA 3U6VA 1F9MA 4LMWA 3VPQA 1EP8A 4HU7A 2C3TA 1T8EB 1B9XC 4I8BA 2OBIA 1XCCA 5J9CA 4WETA 1Z6MA 4KE3A 2X8CA 3D6IA 4BL7A 5IO0A 3C7MA 1YF0A 3DYRA 1EP7A 4GQFA 4NHWA 1W89A 3F6FA 1SL0B 4JZQA 1QUWA 2RIIA 4IQAA 3WYWA 1DE2A 2VLVA 4Q5FA 2YZHA 1A23A 19GSA 5H5QA 4L5OA 1ML6A 1UC7A 1CQGA 4TN8A 3EURA 2MMOA 2XPDA 4TR0A 2C1YA 1GSSA 4BVYA 3KJYA 3AY8A 4K7NA 2LEGA 1GWCA 5G5EA 2VCVA 3TJFA 3LXTA 5H5SA 2BTOT 4KB3A 1PL2A 5D9WA 1GNWA 1TP9A 1WP0A 2IFQB 2CVBA 3GH6A 1XVQA 14GSA 5EY6A 3QAVA 3QFAC 1TK5B 1ZYQB 3P2AA 5IMFA 5G1KA 2O85A 2YV9A 4CDOA 3L9UA 13GSA 3UBKA 1OE8A 3FR9A 5CRDA 1ZYEA 2N5BA 3KP8A 3LG6A 4TR4A 3KTLA 1ERVA 6GSVA 1VF4A 1H75A 4ZBBA 3ZL5A 3W8SA 4ZIJA 2IMKA 4LL1B 4ID0A 4MJBA 3ED3A 3U5RE 1FW1A 4HZ2A 3FZAA 4L8EA 1A0RP 2MZCA 3CSJA 5JCWA 2P31A 2WCIA 4ECIA 3HJPA 2GQLA 4HUAA 1TI3A 3DWVA 2JSYA 2WULA 2X99A 2WZ9A 3C1SA 2ZUPA 2NPBA 3CTFA 4GSSA 11GSA 4PURA 4RI6A 4IP6A 4F0BA 4K7IA 4DSQA 1X9SB 3HHVA 1Y6EA 1OKTA 1UVZA 2DJ2A 4KNDA 1A0FA 5CNWA 1M0UA 4HOJA 1EGRA 2LKUA 5HFGA 2LUSA 4GWRA 1TXXA 1X5CA 2HZEB 2J23A 4YAVA 3HXSA 3ZRDA 1ZOFA 3CYNA 3IK9A 3LEFA 4N11A 4K6XA 5CREA 1K0AA 4X1UA 5IMCA 3ZMKA 4XS4B 4IHUA 1LBKA 12GSA 1O8XA 1GSEA 2P5RA 5KN1A 4H86A 1PD21 1Z6NA 1BEDA 2GTUA 4TR3A 5JCUA 2P5QA 4F9ZA 4QL9A 1JZWA 2B7JA 1ILOA 3GV1A 4HI7A 2H1AA 4GTUA 5DVBA 2CV4A 5DBQA 2GSTA 1TRWA 1SKRB 2K9FA 2YJ7A 1ON4A 4XS6A 2JADA 2B5EA 1ZGNA 3LYKA 3TOUA 2FCHA 2VCQA 5D73A 3TJJA 3L78A 3NIVA 3ZITA 4IS0A 3L9SA 4K2DA 2A2RA 1Z7PA 1GH2A 1EWXA 3M9KA 2RUEA 2YWOA 5CO3A 1X0RA 1X9WB 1SKSB 2FNOA 4AGSA 3ZFBA 3QDNA 5H5RA 2DJ0A 2RUFA 1DUGA 4OFTA 2GZPA 5ID2B 1U88A 2HNLA 5DAKB 1GTAA 2ON7A 3PR8A 4O5RA 4G2EA 2H6YA 2VL2A 1J9BA 4HS1A 3QPMA 3I6AA 1WE0A 4TR1A 2B5XA 1JZDA 1N8JA 3ZIJA 5GAPD 2C8UA 4KA0A 3ZFLA 4EE0A 1YZXA 2I4AA 3IK7A 4TKYA 1SU9A 4PQHA 4ISDA 3VWXA 3EVIA 3HCZA 4KSOA 4V2NA 2G2QA 3IOSA 4Q5QA 2DJ1A 2FA8A 5FWGA 1OC3A 4PX1A 2OADA 2EIQA 2VOCA 1NHOA 3RHCA 2L5LA 3L4NA 4JU5A 6GSUA 4KCEA 3IV4A 2YJHA 1XW9A 3IRAA 4QQ7A 1Q98A 3VI7A 3IAM2 1NSWA 3RHBA 3WD6A 2QGVA 5EL8A 2F8AA 4F2IA 4ML1A 3EC3A 1TW9A 4ZL8A 1SD9A 1TJDA 2YV7A 2R5GA 4NV2A 5JWQB 4HZ4A 2H0HA 3ME8A 1TRVA 1MD3A 3E3EA 1M2DA 4KDUA 2H0IA 1YQ1A 2VM1A 1GNEA 3FZ5A 4F82A 3MSZA 2MMAA 4HQZA 2O7KA 5A4WA 5B8BA 2CVDA 3DEXA 2JSZA 1ZMAA 4LA1A 2VAFA 2HZEA 1HYUA 1EV9A 2L6DA 3ZZXA 3J7Yb 1V2AA 3DRNA 3KIJA 3VLNA 2FWFA 1JZOA 4WR4A 3ZREA 4OWYA 1PKZA 1K0OA 3S9FA 3TKSA 3IBHA 2XBIA 3I9V2 1FAAA 2PUKC 4OO5A 5J4UA 3BCKA 1OE7A 3FW2A 3CSIA 4I2TA 4O32A 2VCXA 1AAZA 4AJ7A 3KP9A 3HKRA 3LJRA 2WRTA 3UVHA 1HNAA 2DJJA 4KDXA 2HZFA 4JR6A 2MYGA 3EU4A 3GYKA 6GSWA 2HXKA 1EOGA 2P0GA 3CSHA 1U3IA 1F37A 4KUNA 4V2LA 4TXOB 5ECOB 6GSSA 1FVKA 4L0UA 4WR5A 2YN1A 4DSRA 4ECCA 1I9DA 4IVFA 2V1MA 6GSYA 2LJRA 2OJLA 2K18A 3TKQA 2VL3A 3VK9A 1OAZA 2R2JA 3D22A 4X43A 5B8AA 3F63A 3TJKA 2LJAA 1G6YA 2AYTA 3P8WA 2OE3A 2AAWA 5DJLA 5ECIB 1SKWB 2WJUA 1SL1B 3SWLA 1GUKA 4ACSA 1OC9A 4IW9A 1QQ2A 3EMXA 1SK2A 1Z9HA 3TJGA 5J9BA 1G6WA 1PL1A 3UL3A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite