1YEXA

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFDHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yexA00
4XS6A 1PX7A 2LSTA 1X9SB 2YPMA 4NMUA 1HNBA 1M99A 1WRYA 3ME8A 2C3TA 1YEXA 3PGTA 4JU5A 1B9YC 2NBSA 3HCZA 4XRDA 1Y25A 3DVWA 4F0CA 3VLNA 1OE7A 1F3AA 2IMIA 2OE3A 1YQ1A 2B5YA 3Q6OA 2VCTA 1ZL9A 2LTKA 2AYTA 3TGZA 3Q18A 1ZYQB 2J23A 3TKRA 2E7PA 3PINA 4QQ7A 3ZFBA 1B4QA 2C0EA 4GSSA 2B5EA 3FR9A 4POMA 1A2JA 1XCCA 3TJFA 2H0IA 2ON5A 3TKQA 2FCHA 5DCGA 4Z7XA 3ZMLA 4N10A 5D9WA 4ML1A 1Q98A 1YKAA 1ABAA 2VAFA 2FWFA 3GFKA 3TJGA 3FR3A 4ILFA 3GMFA 2CVKA 3UVTA 1Z6MA 1XWCA 3FRCA 3VI5A 1YZXA 3J7Yk 1GUHA 2YP6A 3UMAA 5IQYA 3ERWA 4PUAA 1V58A 1SD9A 4F03A 4BVYA 5F07A 2K8VA 2C3NA 5ELAA 1CQHA 3G7JA 2O87A 1U3IA 4TW5A 2B7JA 2FWHA 12GSA 1K0CA 4PGTA 5A4WA 3E9JB 1OAZA 3LEFA 1TK0B 1GSQA 5D8IA 3IAS2 4KDYA 5HFIA 4MF5A 1DE1A 3TJKA 4GCIA 4OFNA 2WULA 5G2ZA 1U87A 5HFKA 2HI7A 1GNWA 4L0WA 5G1LA 3O76A 4NAXA 3FEUA 2PMTA 1SU9A 5A4UA 4FYCA 2QKEA 2B6MA 3CXGA 2V1MA 1I5GA 3N9JA 4TXOA 2X64A 6GSSA 2L6CA 2JACA 3APQA 4DVCA 1GTIA 1FAAA 1TXXA 1YDKA 3QMXA 9GSSA 3D4TA 4LA1A 4HDEA 2DIZA 6GSXA 3A3TA 2P31A 1LJRA 2ZCTA 2Z9SA 3D5JA 3ZYWA 1EOGA 1ZYEA 1PA3A 4I97A 1X9WB 1SK0A 1M9BA 4GRFA 1QXHA 4J57E 2O89A 1GP1A 2GGTA 5C00A 1JHBA 16GSA 3D22A 4OO5A 1TU8A 2XPDA 4TKYA 1S3AA 2EIOA 3D0ZA 1VF2A 2H19A 3TB2A 1XW5A 1XFLA 2H1DA 1ON4A 3GSSA 3TCOA 1E2YA 4KSOA 4ZL8A 4L5OA 3I6AA 4YQVA 3DRNA 1T4ZA 2V6OA 1A2MA 1R5AA 1O73A 3Q74A 4WBRD 2DIYA 3APOA 4GF0A 1AQVA 2OBIA 3FZ9A 4EDYA 3IK7A 2VIMA 1MDIA 3VWUA 1TOFA 5HR3A 3L4NA 3FZ4A 2M72A 4EKZA 2H0HA 3GH9A 2LEGA 1GLQA 3GV1A 4POKA 2X99A 2AAWA 4POLA 3G7YA 3KH7A 1TI3A 1K3YA 2QSIA 3IPZA 3N5OA 2XBQA 2LRCA 2H73A 4K2DA 4RI6A 3A2WA 3L0HA 2GDRA 1JZRA 4EXJA 3ZRDA 4PXOA 3IK9A 1BEDA 4IQ1A 4WF4A 5F8BA 1GSYA 6GSTA 2JSZA 1NW2A 3GKNA 1QFNA 4PNGA 2PUKC 4MLYA 2H1AA 3O6TA 3UJ1A 4K0GA 1GL8A 1EGRA 1EV4A 1SYRA 3EINA 4HU7A 2A4VA 2MYGA 4KDUA 5ECHB 1GSSA 3TOUA 1GSUA 1GLPA 1XZOA 4OFMA 2CQ9A 4OFTA 2HE3A 5ECNB 2CAQA 1TK8B 5G5FA 4IELA 2YNXA 1N8JA 2WS2A 3HVXA 3ZITA 2L57A 2TIRA 4IS0A 2JADA 1RW1A 1OC9B 4MP4A 2C80A 4MA9A 3EU3A 4N11A 1M0UA 4F82A 5IOWA 2PERA 2VUPA 3E3EA 3CRTA 1MDKA 3H4KA 4LLRA 3F3RA 2CA8A 2OACA 2HRNA 1OE8A 2QGVA 1N2AA 2HSYA 2VLTA 2YWMA 2GSQA 1EP7A 3EWLA 4NV5A 1URMA 4MJCA 2DJ2A 3HKRA 4MJAA 2P5QA 4DSRA 2YWOA 3GIXA 2YZHA 3ZL5A 1E6BA 5KN0A 2K8SA 1GTAA 1PKWA 4MK3A 3WT2A 4IVFA 4HZ2A 2RUEA 3H93A 1G0TA 2GQLA 5DQYA 1FG4A 2FHEA 2PPTA 4EVMA 5E4WA 4YQUA 2LRTA 2F51A 4FYBA 5ECRB 2HRFA 5ECSA 5JWOB 1F3BA 2ZUPA 4Q5FA 4GWRA 2FWEA 2MZCA 2DBCA 2O85A 5DDLA 5J4UA 2G2QA 2V32A 4MH2A 3IC4A 3M1GA 1SK2A 3DGQA 4N30A 2FD3A 3EC3A 5J9BA 5J3RA 2K6VA 3TKPA 3KD0A 4XS1A 2CX3A 3C7MA 3KMOA 3KTBA 1BJXA 2IIYA 3VI7A 2RUFA 1QMVA 2EC4A 3P2AA 5CRHA 3EYTA 3F3QA 4DSSA 4KW6A 3CSJA 2JZRA 2RLIA 1PX6A 3GX8A 3GTUA 3DIEA 1K3LA 3F6DA 1YY7A 1ZGNA 2X8GA 4GSTA 3QFAC 1O7UA 4FH8A 5G1KA 5ABRA 3DYRA 5D9VA 3GH6A 5AGYA 3VWWA 2MMOA 1CQGA 4GQFA 3HJMA 1ERUA 3VWXA 2IJYA 4KUNA 4GLTA 3TJJA 1X5DA 4HQZA 3TRXA 1ACVA 3IXRA 5H5RA 3SBCA 4IHUA 1K0NA 3QFBC 4KDXA 5DALA 5D73A 4V2LA 1QUWA 1TU7A 2I81A 2JL4A 1MTCA 4XHMA 3P8WA 3RDWA 3IHQA 2R2JA 2CT6A 2K9FA 5KEJA 3VURA 5HR0A 2KUCA 3CMIA 1T1VA 2LKUA 3HJOA 2ES7A 1K0DA 5FHIA 1K0AA 3UVHA 4AGSA 1A0RP 4WETA 22GSA 1WE0A 2OE0A 1HNCA 1Z6NA 1GTBA 2CV4A 3ISOA 4HJ2A 1PD21 2R5GA 4BWSA 4X43A 2OE1A 1SYXA 5KN3A 1HYUA 1PKZA 2XHFA 5J5NA 1TRUA 4IGJA 1KEBA 2WCIA 3GUSA 3GN3A 2C3QA 5D93A 1PL1A 3S9FA 1QGVA 4K7NA 1H75A 3DD3A 2EIRA 2GSTA 2X8HA 2CVBA 2KLXA 2WRTA 2XBIA 1V98A 2GZYA 5DCHA 5INYA 1XVQA 4IP6A 2GSSA 1SJZA 5LNKe 3E0UA 1A8YA 3GKKA 2D2ZA 2LUSA 1SL2B 2F3MA 3TUEA 2ALBA 1U3AA 3V1WA 4K0NA 4OO4A 3ZREA 2L6DA 2CVDA 2JU5A 3HZ4A 2GLRA 3F9UA 2C0DA 3F8UA 3I69A 4FIWA 4DSQA 3TJBA 4E8EA 3UBLA 4NPBA 2DJKA 1R26A 4G19A 2E2MA 4LL1B 1YEPA 5D9TA 5CP1A 4KE3A 3TOTA 2HYXA 13GSA 1GSDA 3LSZA 4IKHA 2RM5A 5J9CA 5DJLA 3HVSA 2E2GA 5G30A 3CSHA 2WDUA 2N5AA 3KMNA 3EMXA 4TR1B 2HZFA 2XC2A 4GXZA 3DMLA 1JFUA 2VLVA 3LGCA 1U88A 1ML6A 3MAKA 1PRXA 3MWHA 5F05A 2A2SA 5ENUA 2H72A 1Z5YE 3P7XA 1EEJA 4Q5RA 3BD2A 1O81A 5IPGA 1UVZA 5COHA 2O8VB 2IWTA 2FNOA 2DJ1A 4ZBBA 4EUYA 3F63A 5IM9A 1QQ2A 1XWBA 1SKRB 4EF0A 3RBTA 3I9V2 3RHCA 1G6YA 3QOUA 1XOBA 3W6GA 1KTEA 2KHPA 2LV3A 3BOAA 3FZAA 3ZFLA 4MF6A 3O3TA 1GRXA 5ECKB 1DSBA 3EVIA 2L5OA 5ECOB 2E0QA 3LFLA 5G31A 1XWGA 3UARA 2HLSA 3APSA 1PMTA 4WEYA 4NV2A 1B4PA 1ERWA 2IPAA 2QC7A 4KA0A 2NDOA 5JWRB 1GUMA 4OMVA 1O8XA 3HHVA 1VGLA 4TR3A 1XIYA 1EOHA 2LQQA 2B3SA 1OYJA 2I1UA 4KGIA 4NXIA 4BA7A 2R6KA 1DE2A 1OC9A 1EWXA 1K3OA 5CRDA 6GSUA 2R4VA 4RQRA 3FKFA 4IQAA 1R7HA 4MH3A 3LJRA 1M2DA 3R2QA 1WP0A 5IMFA 3RAZA 1DBYA 4H86A 1SENA 1A23A 2C0FA 3G9BA 2PBJA 5GSTA 4PNFA 1SL0B 4I2TA 1SL1B 1WMJA 4XS4B 1OVNA 2GT6A 4QL7A 4TVEA 2VCXA 2HNLA 4NHZA 1SJIA 17GSA 2EIQA 5HR2A 4V1Ap 3ED3A 3FZ5A 1THOA 1RK4A 5IPHA 3HZ8A 4KNDA 3FK8A 1TK5B 2GQKA 1PL2A 1AQXA 4PX1A 2BTOT 1G6WA 4TXOB 1KNGA 2PU9C 4ULXA 5EL8A 4GQCA 1OC8A 4LL4B 3W8SA 2OADA 1BAYA 2P0GA 3GRXA 5JCWA 2AB6A 1ILOA 3HDCA 4ZBDA 1G7EA 1K0OA 5B8BA 3MNGA 5DAKA 2OJLA 4EL1A 1FW1A 1AAZA 3H79A 1MEKA 3IV4A 3F6FA 3MDKA 3WD6A 4K1FA 4LMWA 5DQSA 4CHSA 4IN0A 5H5QA 1GULA 2H66A 5FWGA 5IMDA 3CYNA 2WGRA 4D73A 2XPEA 2VM1A 3GKMA 3DWVA 4HUAA 2VD1A 3F4SA 4WXTA 4OD7A 3CTGA 1M2BA 4KCEA 1AUCA 3P90A 3UOMA 4HQSA 3PH9A 4MABA 3GA4A 5IO2A 5J41A 2J9HA 5IMCA 5ID2A 3M9KA 1JLWA 1AW9A 3C1SA 3KTLA 1X9MB 1X0RA 1PQNA 3ZLPA 3KEBA 2WJUA 5G5EA 8GSSA 1B8XA 2IMKA 1NM3A 4MF7A 5JCUA 3BCIA 1PSQA 4GSNA 4PUFC 1S3CA 3D21A 2H30A 3KP8A 3ERGA 2MBTA 4HOJA 2V6KA 2PVQA 1PN9A 2AUVA 2HT9A 1YKCA 4AF2A 1MD3A 1USBA 2H6XA 2IFQA 2OA7A 1T4YA 4EE0A 2WB9A 1R4WA 1LU4A 2DMMA 1EGOA 2MMNA 2KP2A 2B5XA 3HVVA 1XXUA 4N0ZA 4ZB8A 5ECLB 3BBYA 2VL3A 2TRXA 4FYUA 1A8LA 2H75A 4ZILA 1YF1A 2N5FA 3VFIA 4EDZA 1A2LA 3KIJA 3UIWA 11GSA 1TDIA 5CO3A 1J08A 2DJ3A 2HZEA 4RI7A 3OR5A 4WKWA 4ZIJA 3QPMA 2CAIA 3KZQA 2C0GA 3GL3A 4MDCA 4XTSA 1Q4JA 2VCWA 2YWNA 3CSIA 4MCUA 5D9XA 1J0FA 1EV9A 4JBBA 3U6VA 2VLUA 4OWYA 2R37A 1IYHA 3RHBA 1TKDB 4V2NA 2OBKA 1XVWA 2AV4A 4WR4A 4V2MA 5C04A 3IA1A 5D96A 4IJIA 3BJ5A 1XOAA 5CRWA 3LYPA 4I5QA 4TR4A 3ZVJA 3IE3A 3DEXA 3GKXA 3M3MA 5ELGA 1F6MC 1EEMA 4Q5NA 4JE1A 2AHEA 2L59A 3DVXA 4YAVA 1HNAA 4ZL9A 5DJMA 1A24A 3C71A 1BYEA 3TKSC 1THXA 1Z9HA 2LJRA 1RQMA 4I8BA 1JLVA 5AN1A 2FA8A 2DC5A 3I43A 3QR6A 2YJ7A 3A2XA 1XWKA 1BX9A 1M7TA 4WF5A 3DKSA 4ZL7A 2GQMA 4K7OA 4KH7A 1Z7PA 2YV9A 4K9ZA 3IR4A 2FLSA 3KJYA 4ZB6A 5A5KA 3M9JA 2YJHA 2NPBA 5AIVA 1M2AA 2H70A 3D6IA 4BPYA 20GSA 1PGTA 4ACSA 1XW9A 3J7Yb 1EZKA 2LNTA 2RIIA 1X5EA 2NVLA 2PVOC 4EC0A 2GZPA 1NSWA 3KXOA 1K0MA 4DSSB 2KOKA 5DBQA 3W8JA 5GSSA 3KP9A 1GH2A 5CYYA 3KH9A 1S3DA 4O7HA 4MPFA 2VL9A 3CRUA 3LG6A 3L9UA 3C8EA 2LNSA 3GTUB 1O8WA 1FHEA 2KP1A 2PWJA 2VL2C 3JCML 2VCZA 4NWYA 1W89A 5ECIB 1XBSA 4O92A 4ECJA 3FY7A 3C1RA 4JR4A 1YJ6A 4MZBA 5E59A 4F9ZA 4IJ3A 1TRWA 4ZB9A 4YH2A 4HJMA 3MSZA 4I6XA 2M46A 3ERFA 4O5RA 1WJKA 1Z7RA 5B6NA 1MDJA 1EP8A 2L4QA 4JRRA 1IYIA 3LQ7A 1ZCPA 3KGKA 1VF1A 1A0FA 5FT3A 2DLXA 2VOCA 2C1YA 1SK1A 1FVJA 5IIZA 3F4RA 4MMMA 3ZZXA 6GSVA 5DALB 2H74A 2LJAA 3TRPA 2H71A 2VO4A 1F2EA 2B1LA 2CZ3A 1XW6A 1ZMAA 1V57A 3IAM2 1SKSB 3TKSA 1F9MA 1JZDA 1GUKA 4Q5QA 5AISA 1WPIA 4ECCA 2F9SA 4I2UA 4PQHA 4G9HA 1T3BA 1AQWA 3ZTLA 3A2VA 3WYWA 2FY6A 2GVPA 3WGEA 1BQ7A 2IMFA 4DEJA 3HXSA 3FHKA 2FGXA 4HU9A 4XS4A 2WFCA 3EU4A 3LXZA 4BWQA 3LYKA 3L78A 6GSYA 2VCQA 2N5BA 4NHWA 2I3YA 5JWQB 2IL3A 4MZWA 3CBUA 3RPPA 2HFDA 5ECPB 4POBA 1T8EB 5GAND 1Y6EA 2I4AA 3NIVA 1C72A 3PR8A 2IN3A 2CX4A 1VRSD 3C73A 1XWAA 2H01A 3M0FA 2HXKA 3F0IA 2WZ9A 2FA4A 1AIUA 2H0GA 2MMZA 5EPFA 3BCKA 2VL2A 1W4VA 3VK9A 2FUG2 1OKDA 2IMEA 3UBKA 2R3XA 4XRAA 1TRVA 3QAGA 2H8LA 4CW9A 4J56E 2B1KA 4HZ4A 1BG5A 1AC1A 2GT5A 1YF0A 6GSWA 4FO5A 4TR0A 1O85A 1GTUA 5GAPD 4J2FA 4ISDA 4EO3A 1B9XC 4MJBA 3QDNA 5A4VA 1FVKA 2FWGA 18GSA 5JCGA 3US3A 3Q19A 2X8CA 2JZTA 1GNEA 1T7PB 19GSA 1LBKA 1HD2A 1ERTA 4F2IA 4HI7A 3H8QA 3FR6A 1G7OA 2MBSA 2V2GA 3A5WA 1U6TA 5IMAA 2OKAA 4OCEA 1GSFA 2YCDA 2IMDA 4YQMA 2L4CA 1QK8A 1I9DA 2RM6A 3FW2A 2YANA 4KAEA 5B6MA 2F8FA 2BJXA 3IBHA 4HS1A 2LJKA 3WGXA 1MD4A 2I9HA 1GWCA 3RPNA 3ZMKA 2BMXA 4K7IA 5CRGA 1UA5A 1ZZYA 1NHYA 3LXTA 3NOFA 3G7IA 4JZQA 4PQ1A 4YAPA 1K0BA 3ME7A 5LD0A 1F37A 5ECMB 7GSSA 1HQOA 4XCSA 1H4OA 4TN8A 4PURA 1SJ6A 3GSTA 3LORA 4RUVA 2VD0A 5AIXA 1ZOFA 3VPQA 4KX4A 3HY2A 4L0UA 3HA9A 2F8AA 4KSMA 1FB0A 4BVXA 5CNWA 4AJ6A 4X1UA 4F0BA 2GS3A 5B7CA 3UAPA 4E8HA 2H6YA 2LQOA 1TP9A 4K6XA 2C8UA 1GSEA 1VF3A 4IBPA 1TI1A 3WGDA 1ERVA 5CAXA 3GURA 3GHAA 2VM2A 3QAVA 3K8NA 3ZIVA 1ST9A 4GTUA 1OC3A 2ON7A 4ECIA 2DJJA 1VF4A 2GSRA 4IW9A 3EURA 5HFGA 3IRAA 5B8AA 2HSHA 2ZNMA 3L9SA 4XIHA 5DVBA 4CDOA 5IOXA 5IMVA 1FOVA 4P3YB 1M9AA 14GSA 2G0FA 2AJQB 4WBJA 2LRNA 3UL3A 3EE2A 2MMAA 2JSYA 2M80A 4KB3A 1TTZA 4QL9A 5CREA 5HQPA 5KN2A 3M8NA 1O6JA 4ZXGA 1X5CA 5EVOA 3QCPA 3AY8A 4V1Ag 4G2EA 2DJ0A 4L5LA 3QAWA 3FYGA 1AXDA 4TOPA 1TW9A 3GX0A 2JZSA 3HYPA 1WOUA 2H6ZA 3ZVJD 4G10A 3GL5A 5DAKB 3ZIJA 3UEMA 3CTFA 5F06A 2YWIA 1XPVA 3HD5A 1Z3EA 3U5RE 2DMLA 5LCZA 2H76A 1TRSA 4TRXA 2LS5A 4D73B 4HEA2 4AJ8A 2A2RA 1V9WA 4JR6A 1TJDA 4O32A 2TRCP 4K8MA 3IDVA 2YN1A 2REMA 1V2AA 2VCVA 3GYKA 4TXVA 2YOIA 4ZBAA 1UC7A 1OKTA 4WR5A 5ID2B 3H1NA 1SD8A 4ML6A 4ID0A 4KCAA 5IO0A 3WT1A 3KM6A 5EY6A 4RQXA 2H1GA 5HR1A 1NHOA 3EMPA 3TRQA 4MZCA 4PQIA 4LMVA 3GNJA 3F4TA 5F0GA 3NZNA 5H5SA 3HJPA 3VPTA 4IP1A 2V41A 1T00A 1R5PA 3LWAA 3VWVA 4OCFA 1JZWA 1WIKA 2K18A 2YV7A 1FO5A 5KN1A 10GSA 5GZZB 2CZ2A 1KBNA 4JEDA 2GZZA 4MPGA 2IFQB 1DUGA 2PGTA 2PN8A 2C4JA 3SWLA 2O7KA 4L8EA 1SKWB 2P5RA 2NTOA 3TDGA 5IMZA 4X0XA 2L5LA 3KCMA 1J9BA 1FB6A 2B7KA 2GTUA 5L71A 3QD9A 4ECBA 1B48A 1V40A 4TR1A 4N0VA 1WWJA 4MJEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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