1YF1A

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
b'SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFVHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Oxidoreductase
total genus 51
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yf1A00
3GTUB 1TRSA 3APSA 3IV4A 1GSYA 4PURA 5IMDA 2C3NA 5ECSA 1SK1A 1XW5A 1THOA 3HD5A 2OJLA 4BL7A 1YEXA 1DE1A 5COHA 1G7OA 1TOFA 1FVJA 3TOUA 1SD8A 2H01A 5FT3A 4IS0A 3HKRA 1B4PA 4YH2A 5GAPD 1X9SB 2YV7A 1WJKA 1K0OA 1A2JA 1A0FA 2I4AA 2EC4A 4IHUA 3L0HA 4V2LA 1A0RP 1SKSB 3QCPA 1GLPA 3FEUA 1GTUA 2EIQA 2V6OA 2YZHA 3PINA 3AY8A 2VD0A 1TU8A 3CSHA 1C72A 2YWNA 2LTKA 4I97A 1S3CA 2GSQA 1FG4A 3FK8A 1Y6EA 2GZZA 2VL9A 2VCZA 2ON5A 3KJYA 3M1GA 4POKA 3ISOA 4IQ1A 5CRWA 1O85A 3MNGA 2ALBA 20GSA 2MMZA 4MPFA 2C4JA 5HR2A 2B5YA 19GSA 3GN3A 1XW6A 2YV9A 3LYPA 2DJ1A 5ELAA 5DVBA 4EVMA 5CRDA 2H6ZA 3DGQA 3CBUA 5E59A 2KUCA 3M8NA 2CV4A 2MMAA 2VCXA 1OAZA 4KGIA 2N5FA 2LS5A 1RK4A 3HJPA 4FYUA 2VL2A 1Q98A 3GH6A 2NVLA 3GRXA 3Q19A 1M9BA 2R3XA 1GRXA 1PA3A 4N0ZA 1KBNA 4L8EA 3P8WA 2HXKA 1GTIA 1HNCA 2JL4A 3EU4A 1Z3EA 1QMVA 4IVFA 4OD7A 2DJKA 4K7OA 5HFKA 3DRNA 3MDKA 4H86A 4HS1A 3LWAA 3TRQA 3F4RA 1WIKA 2DMMA 5AN1A 2A2SA 1XWAA 3QFBC 2YZUA 3CRTA 4WEYA 2GSTA 3H93A 2RIIA 4X0XA 3BOAA 1Z7PA 4FO5A 2TIRA 1TRVA 1GTBA 3FW2A 1BAYA 4JR6A 4F82A 2VIMA 2VUPA 1JLWA 3FRCA 2VCTA 2IN3A 4TOPA 2PGTA 3ED3A 1QXHA 1F2EA 4HJ2A 4J57E 2WB9A 3LEFA 2VLTA 1TW9A 1OC9A 3KH7A 1F3BA 5INYA 1JZWA 1TXXA 3ZMLA 1PL1A 3QR6A 5KN2A 5AISA 3PGTA 4AJ7A 3F3QA 11GSA 2WZ9A 1RW1A 4K1FA 4ECBA 2K8VA 2JADA 3GKXA 5G2ZA 5KN3A 5D8IA 2IIYA 3TJGA 3HHVA 2IFQB 4NWYA 5IMAA 1ZMAA 4KSMA 4TXOA 1ON4A 5ECQB 2J9HA 2IMDA 5CAXA 1V98A 3HY2A 2VCWA 3ZTLA 1N8JA 2P5QA 5A4UA 5ELGA 2XHFA 1B48A 1YQ1A 1QGVA 4XTSA 4TR4A 4OCFA 3ZVJD 2PN8A 3HZ8A 4GWRA 5DJMA 1SENA 2LRTA 5HFIA 3EURA 1F37A 1SD9A 3CMIA 2GT5A 4DSSA 2JACA 4PXOA 3M0FA 5JWOB 1A2LA 5F05A 2JU5A 2ON7A 3QD9A 3LGCA 5JWRB 2GVPA 2HSHA 3D4MA 4X43A 3F63A 2H1AA 1GTAA 4MZWA 2MBTA 2L57A 2OADA 3FR3A 3GFKA 1Z5YE 3HXSA 1XXUA 1R5PA 6GSUA 1AXDA 3W6GA 4TXOB 4Q5RA 3A2WA 1EV9A 1KTEA 3RDWA 1K0MA 4JZQA 5J9BA 5FHIA 3UOMA 3TGZA 2GDRA 1XVQA 4KX4A 4ZL8A 1ERUA 4TKYA 2LJRA 5ECRB 1MEKA 5JCWA 3C73A 1UC7A 2CAQA 2O89A 2DSAA 3KP9A 1PRXA 4MJBA 3RHBA 4MF6A 4DSSB 1V58A 3EE2A 2QC7A 4AJ6A 3RBTA 4EDZA 2R37A 2H75A 1XCCA 3F9UA 1W89A 4POLA 2FA4A 4K6XA 4I8BA 1GSSA 1OC8A 3I9V2 3PH9A 13GSA 5ECOB 2I9HA 2ZUPA 3UARA 3VFIA 1ZYQB 1X5EA 4HDEA 2FWHA 4LL4B 1OE7A 3D21A 1T4ZA 4POMA 1S3AA 1VF1A 4LA1A 3UBLA 5IO0A 1PX6A 4CDOA 5DALA 5ECMB 3ZL5A 5IOWA 1R5AA 2HE3A 1XFLA 3KXOA 5ECKB 6GSWA 2FD3A 3ERFA 4E8HA 4K7NA 2H71A 2TRCP 3CTFA 4MJAA 4TRXA 3NZNA 3MWHA 3TKSE 2MYGA 3GX0A 1DUGA 2GS3A 1T00A 3S9FA 4K0GA 4OWYA 5H5QA 4IJ3A 4HEA2 3KTLA 4AF2A 2E0QA 1MDKA 1FAAA 1K0AA 5IMZA 2A2RA 2H70A 3ME7A 4K2DA 1WE0A 2X99A 4KDXA 1LU4A 3TDGA 5IQYA 2YNXA 1BYEA 4PGTA 1AQWA 4OCEA 2BTOT 2G0FA 4JRRA 1EP7A 1DBYA 2H73A 1PD21 4AGSA 2M72A 2I1UA 3DIEA 2IJYA 3GL5A 1G7EA 3QPMA 1V40A 1TRWA 1YY7A 3F8UA 1V57A 3NOFA 4N30A 4PNGA 2LJKA 5H5RA 1E6BA 1RQMA 2LUSA 1SKWB 4O92A 3W8JA 5ECPB 3EMPA 2JSYA 4RQXA 2WCIA 2VLVA 3K8NA 4GRFA 2H8LA 3L9UA 1I5GA 4ZB8A 2XC2A 4V2MA 3GSTA 2AB6A 2WRTA 3JCML 1R7HA 1WRYA 2PVOC 5CP1A 3CSIA 3MSZA 5DAKA 3KMOA 1ERWA 5ECNB 2I3YA 2KP2A 2GZPA 4OFNA 3IDVA 3D5JA 1ML6A 4TR1A 3UEMA 2PERA 2IWTA 4K9ZA 4MJEA 3VPQA 1B9XC 2DLXA 3R2QA 3QFAC 1U87A 1ZZYA 3ME8A 3TCOA 1HNAA 2IPAA 3DXBA 4IW9A 1JHBA 2R2JA 4PQ1A 2HT9A 3UL3A 1XW9A 4IKHA 3TJFA 1FOVA 1TRUA 3Q74A 2FUG2 2FWFA 2NDOA 5F8BA 2J23A 1A24A 1Z6NA 1JLVA 3TOTA 1SYRA 4J56E 3IRAA 1O6JA 2FWGA 2VM2A 1DSBA 10GSA 4K8MA 2YANA 3VWVA 2EIRA 4NHWA 2PUKC 2YCDA 5L71A 4GSSA 3M9KA 5G5FA 4KSOA 2FWEA 12GSA 2YN1A 1GULA 3ZFBA 2M80A 1AC1A 3HVVA 3F6FA 16GSA 2MZCA 2L5LA 2L6CA 3GUSA 4AJ8A 4GQFA 4Q5FA 3NIVA 4J2FA 1T4YA 3UAPA 1SJIA 2CT6A 3CSJA 3HVSA 3HVXA 4TR1B 3HCZA 5D9VA 4ZIJA 1X5CA 1XZOA 2LKUA 3L78A 14GSA 2L4CA 5EVOA 2PWJA 1PKWA 5D9WA 2CAIA 2AUVA 5JCUA 5DQYA 2AHEA 3C1RA 4PQIA 1YZXA 3UBKA 1GWCA 2VL3A 4V1Ap 1UN2A 3VK9A 3O76A 2H72A 2L59A 1M99A 1F9MA 2FA8A 4MDCA 3TKPA 3FR9A 4WETA 4MF5A 6GSTA 3DVWA 4XS6A 1GSFA 5ECIB 2KHPA 4MP4A 1GLQA 4XIHA 2HYXA 2B5EA 2H30A 2QKEA 3FZ9A 1QK8A 2FHEA 2AAWA 5FWGA 1SJ6A 3F0IA 3LG6A 5A4VA 1SL1B 4F9ZA 9GSSA 2DBCA 1TK5B 3GKKA 4F0CA 2D2ZA 3IR4A 1J9BA 1YEPA 1T3BA 1A8LA 2P0GA 4ZBBA 1UVZA 1YDKA 3RAZA 5DDLA 1NHOA 5IPGA 5A5KA 2IMIA 1OVNA 3BCIA 4WBJA 1GSEA 2GQLA 2XPEA 3UVTA 2LQOA 3I6AA 4ZL7A 4ZBDA 3US3A 2N5AA 4G9HA 3ZFLA 6GSVA 4DVCA 4MJCA 4JU5A 1WOUA 4EL1A 3C71A 4HQZA 1QUWA 2V32A 1YKCA 4IP6A 4MZCA 3IAM2 2F3MA 4QL9A 1VGLA 3TRXA 3APOA 2FNOA 3A2VA 4EC0A 2NBSA 5KEJA 1GL8A 3ZVJA 3C7MA 4JBBA 1TI1A 4MZBA 3KCMA 4TVEA 3IK9A 2C0DA 3MAKA 6GSYA 1EEJA 3BCKA 1HQOA 1SYXA 4Z7XA 1M0UA 4KW6A 3E3EA 1PMTA 1JZRA 3KM6A 4L5OA 4MCUA 5CRHA 2O85A 4L0WA 3KD0A 3VPTA 4HU7A 3ZMKA 2DMLA 4PX1A 5J5NA 4F2IA 5B8AA 3QMXA 1XWGA 2F8FA 3RPNA 4GXZA 2YP6A 5IIZA 1BG5A 5G31A 2HRNA 1SKRB 4EUYA 2GSRA 3I43A 2JZTA 4ZILA 2YWMA 3E0UA 1JZDA 5JCGA 3IA1A 1NHYA 1K0BA 3M3MA 1MDIA 1OC9B 5DBQA 3QDNA 2IMEA 1AW9A 1EGRA 1MDJA 2B7KA 3SWLA 1NW2A 4ID0A 3TKQA 4IELA 1XOAA 2EIOA 4POBA 1MD4A 1XIYA 1U3IA 2H0IA 2IL3A 1B9YC 3WT2A 5A4WA 2PMTA 3CTGA 1N2AA 3FY7A 2DJ3A 1CQHA 2C3QA 1WWJA 5DCGA 1CQGA 4P3YB 4ML1A 5CYYA 2PBJA 1USBA 1XOBA 3M9JA 3KP8A 4E8EA 1H4OA 1G6WA 1Z6MA 4K7IA 3SBCA 3ERWA 4KNDA 3IK7A 2F8AA 4NV2A 3WGDA 3V1WA 5HR0A 22GSA 3EYTA 2DIYA 1GUHA 1FB6A 2RM6A 2N5BA 4GLTA 1ERTA 2VCQA 1SJZA 4HQSA 4EDYA 2H66A 3HZ4A 1EEMA 4EE0A 4I5QA 4TR0A 3U5RE 1EZKA 3I69A 4KDYA 1YJ6A 2QGVA 1V2AA 4BVYA 5LCZA 1O8XA 3WYWA 2F9SA 3FR6A 3TJKA 4GCIA 5G1KA 3TUEA 2V6KA 4KCEA 2R6KA 3J7Yb 5EL8A 3IBHA 3P7XA 2CVKA 4MA9A 3KIJA 4MH3A 3FZ5A 3LORA 1O7UA 4BA7A 3Q18A 2O8VB 1SL0B 3F4SA 17GSA 1K0DA 4TR3A 2RLIA 2R4VA 2HZFA 2RUFA 2O7KA 2WS2A 2LRCA 2X8HA 1O81A 4NPBA 2KLXA 5CNWA 5J4UA 1PSQA 2CZ2A 5AIXA 3EC3A 1R26A 1ST9A 1GSQA 1Z7RA 8GSSA 1B4QA 4NHZA 1ILOA 3VURA 1AUCA 4DSRA 1GUKA 3GMFA 5IOXA 5J9CA 2H19A 1VF4A 5HQPA 1VF2A 2C80A 4ZB6A 1MD3A 2HNLA 3GYKA 4LMVA 2I81A 3VI5A 3KZQA 3LFLA 4BPYA 1BQ7A 3TKSC 2FY6A 3TB2A 1O8WA 3LJRA 5IMFA 4D73A 4MABA 4ECIA 1ERVA 5DALB 1ZYEA 4GTUA 2K18A 4PUFC 3HDCA 4ZB9A 4YQVA 4DEJA 1XBSA 2VCVA 2IMKA 3P90A 2LEGA 5D93A 3BD2A 2CX3A 3HJMA 4KUNA 4RUVA 3WGEA 2P5RA 3GTUA 3VWWA 4PUAA 1SL2B 1F3AA 2JZSA 2B5XA 1WMJA 3FZAA 3G7YA 4NMUA 4OO5A 3IXRA 5HR3A 2C3TA 2L6DA 1DE2A 2GGTA 2CVBA 2PVQA 1THXA 4ACSA 1F6MC 4O32A 4ZBAA 4LMWA 1EOHA 1X9WB 1A8YA 2C0GA 1YF0A 4CHSA 4D73B 2B6MA 1XPVA 4L0UA 3VWUA 7GSSA 5DQSA 1K0NA 2GQMA 1VF3A 1YF1A 3L9SA 5ECHB 4GQCA 1HYUA 1G0TA 2PU9C 2WDUA 1K3OA 1PGTA 2CZ3A 1FB0A 2L4QA 2AJQB 2H1DA 3WGXA 2OACA 5D9TA 1TU7A 3F4TA 2H1GA 2OA7A 2OBIA 1TK0B 1QQ2A 1T1VA 2DJJA 3FHKA 4KH7A 2CA8A 3UMAA 3CXGA 3L9VA 2YWIA 3W8SA 2LSTA 1FO5A 3D22A 2O87A 4KDUA 3A2XA 4I6XA 1TP9A 3DWVA 2F51A 4IQAA 3H1NA 1ZOFA 1Z9HA 3LQ7A 1FHEA 5CRGA 4G2EA 4ECCA 3APQA 3G7JA 1TK8B 5DAKB 5JWQB 1J0FA 2OE3A 4MPGA 1GSDA 3N5OA 2WULA 3F3RA 3GHAA 4ULXA 1X9MB 2KP1A 4YAPA 2BJXA 4G19A 2E2GA 1BEDA 2A4VA 3TKRA 1X0RA 4HI7A 1SU9A 3ZZXA 2YJHA 2HI7A 1EGOA 1Q4JA 5LD0A 4HUAA 4FIWA 3TJBA 2V2GA 5CO3A 1WP0A 4OFMA 5ECLB 3U6VA 4FYCA 1H75A 5B6MA 4ECJA 2GZYA 4TW5A 4O5RA 4ISDA 4WF4A 2GQKA 2REMA 1EWXA 1M2BA 4WXTA 3KMNA 2VD1A 2H6XA 2K9FA 1GSUA 5D96A 4F0BA 4RI7A 5C04A 4EO3A 2K6VA 4JE1A 3DEXA 1ZGNA 1GH2A 1SK2A 3GKMA 4HOJA 4KA0A 4N10A 2H6YA 3DD3A 4PNFA 5IO2A 4KAEA 2VL2C 5DJLA 3HA9A 4GSNA 3N9JA 2IFQA 2L5OA 2K8SA 2V41A 2X8GA 3VI7A 4NAXA 4XHMA 3UIWA 5D73A 1U3AA 2WJUA 4YQMA 3C1SA 5IMCA 4EXJA 1HNBA 2XBIA 3ZRDA 1EV4A 3ZREA 4X1UA 4GF0A 2VOCA 4HZ4A 2MMOA 3GX8A 3OR5A 2ES7A 2LNSA 3QOUA 1K3YA 1OYJA 3DMLA 3Q6OA 5H5SA 3CYNA 1M2DA 2Z9SA 4CW9A 2RUEA 4FYBA 3IOSA 4JR4A 3H8QA 2GT6A 4NXIA 3TJJA 1XWCA 5C00A 2ZCTA 3DKSA 5B7CA 4I2UA 3FKFA 4IN0A 1GNEA 1PN9A 2FCHA 4RI6A 2AV4A 2HFDA 1OKTA 3CRUA 4BWQA 2G2QA 1LJRA 3A5WA 5ABRA 1U6TA 4ILFA 5IMVA 1TKDB 4FH8A 2GSSA 3FYGA 5DCHA 4IP1A 4V1Ag 4NV5A 5GSSA 1GNWA 3O3TA 5G30A 4I2TA 4V2NA 5GZZB 1M7TA 1A2MA 3LYKA 4OO4A 2H0HA 4XCSA 5F07A 4WF5A 3GH9A 2XPDA 1LBKA 2VM1A 1G6YA 5GSTA 3QAWA 2VLUA 2YWOA 2LNTA 4XRAA 2FGXA 3A3TA 3G9BA 3D4TA 2LV3A 2E2MA 4OFTA 3KH9A 4XS4A 18GSA 2OE0A 2HSYA 5HFGA 2CX4A 1ZL9A 2HLSA 3IHQA 3GSSA 5KN1A 5B8BA 1U88A 2V1MA 1AQXA 1OC3A 5J41A 2M46A 5KN0A 4TXVA 5IM9A 5G5EA 5E4WA 1OE8A 3ZLPA 4XRDA 3ZIJA 2ZNMA 4RQRA 2MBSA 5J3RA 1URMA 3D6IA 1S3DA 3KEBA 2OE1A 2DJ2A 4HZ2A 4MMMA 1W4VA 3IE3A 3L4NA 2RM5A 1M9AA 1XVWA 3KGKA 2B3SA 2TRXA 1GUMA 3GNJA 1ZCPA 2QSIA 3ERGA 4L5LA 3LSZA 1V9WA 3RHCA 4Q5NA 5GAND 4N0VA 4XS1A 1K0CA 2NPBA 2JZRA 3D0ZA 4BWSA 4MH2A 1KEBA 3RPPA 4XS4B 3HJOA 4WR4A 1T8EB 3TRPA 1KNGA 5F0GA 2HRFA 1PKZA 3WT1A 2C1YA 3GV1A 4QL7A 1NSWA 2BMXA 4IGJA 2C0FA 2H76A 3IAS2 2DC5A 2E7PA 1Y25A 3GURA 1AAZA 3FZ4A 3HYPA 5HR1A 1M2AA 3J7Yk 4QQ7A 3ZITA 3GA4A 2OBKA 2VO4A 3GIXA 3BJ5A 3O6TA 4MF7A 3LXZA 1K3LA 5ENUA 2OKAA 4GSTA 3GL3A 4KCAA 4ML6A 4OMVA 4ZL9A 1TJDA 1OKDA 3KTBA 4O7HA 1AQVA 4EF0A 3TKSA 4EKZA 3ZYWA 2YOIA 5CREA 5EPFA 2R5GA 4WR5A 2CQ9A 5G1LA 4HU9A 2H74A 5ID2A 3VLNA 2WGRA 2X64A 2B1LA 2X8CA 3H4KA 1SK0A 5AGYA 4F03A 5B6NA 2H0GA 2LJAA 3G7IA 3BBYA 2HZEA 3EWLA 4IBPA 4K0NA 4G10A 1IYIA 1UA5A 1R4WA 3WD6A 1A23A 4MK3A 2VAFA 5F06A 1J08A 4WBRD 2NTOA 4N11A 3EVIA 2PPTA 1MTCA 5IPHA 4YAVA 4JEDA 5EY6A 4LL1B 3EU3A 3UVHA 3QAVA 5LNKe 3EINA 2B1KA 2H1BA 4WKWA 1QFNA 1NM3A 1I9DA 2IMFA 1EP8A 4PQHA 3C8EA 2LRNA 4LLRA 3VWXA 2CVDA 3E9JB 3GKNA 6GSXA 1JFUA 1XWBA 4YQUA 5ID2B 2DJ0A 4DSQA 4KB3A 1TI3A 1B8XA 2C0EA 2LQQA 3IC4A 1AIUA 2WFCA 3IPZA 4MLYA 2JSZA 2GTUA 4Q5QA 3PR8A 3ZIVA 3LXTA 2P31A 1ACVA 4HJMA 2AYTA 1BX9A 2FLSA 3DVXA 1T7PB 5D9XA 1ABAA 3F6DA 3QAGA 1EOGA 1IYHA 4BVXA 1BJXA 3H79A 1HD2A 1E2YA 2HZEB 3DYRA 3P2AA 3UJ1A 1WPIA 4KE3A 2C8UA 1FW1A 1VRSD 6GSSA 4IJIA 1TDIA 4ZXGA 2B7JA 1GP1A 1O73A 1FVKA 1PL2A 1TTZA 1PQNA 1X5DA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite