1YF5L

Cyto-epsl: the cytoplasmic domain of epsl, an inner membrane component of the type ii secretion system of vibrio cholerae
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SEFLTVRLSSQKEADIPWLVWSAEQQEVIASGQVAGWEALHEIESYADQRSVVVLLAASDLILTSVEIPPGASRQLENMLPYLLEDEIAQDVEDVHFCVLSKGRETADVVGVDRLWLRACLDHLKACGFDVKRVLPDVLAIPRPEHGLAALQLGDEWLVRKSTTQGMAVDAQWLSLLAASDWVQNEGEYLPLQALTPLPELSLAETQEWRYEPSGLVMQLLTQEALTSKFNLLTGSFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The X-ray Structure of the Type II Secretion System Complex Formed by the N-terminal Domain of EpsE and the Cytoplasmic Domain of EpsL of Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords General secretion pathway protein L
molecule tags Transport protein
source organism Vibrio cholerae
total genus 58
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF05134 T2SSL Type II secretion system (T2SS), protein L
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.370 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yf5L02
3.30.420.380 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yf5L01
2BH1A 1W97L 4PHTX 1YF5L 5TKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNGA 5HBMA 3KWGA 4CEAA 1I3AA 5HL7L 4DQQA 4CEBA 4GV9A 1HLUA 1TUUA 1V4SA 3ZYYX 3HPOA 3J81O 3VQ9A 3AVCA 2XHBA 4M45A 1G15A 2W40A 2A41A 3B6OA 1DKGD 4DS5A 5JS2A 2BTFA 1YXQA 1YJNN 2F8TA 4CZKA 3CPEA 5HRNA 1NJYA 1XNRK 4LFAK 4A2BA 1FW6A 2QKBA 2WC9A 2HHUA 2Z1IA 1WAFA 4CZJA 4M7YA 3KLIA 3PX0A 1RT5A 4FK0A 4DHYA 4LF4K 5AQIA 1NG9A 3F9KA 4Z94A 4DSJA 4OPHA 3C0BA 2PBDA 4FWKA 3R3LA 1NGGA 1Q82O 4NCGA 1YTUA 5AQHA 1ATSA 5C25A 2YHBA 1S9GA 3O4WA 2QWNA 3IDHA 2BDPA 3ATVA 3OS2A 3O3FA 4JKEA 4DFPA 1U48A 2ZGYA 3OBWA 1SKSA 3OYJA 3WQTA 4X65K 4BR2A 2V51B 3NHGA 5LMNK 1EO1A 2NRVA 3A5LC 1IKWA 1SL1A 1G99A 4FJ5A 2A40A 4LSNA 1XQSC 2G8IA 4DKWA 3VQ6A 3S9HA 3LANA 4CJTA 3M8SA 3P83D 4DSKA 4I9QA 4E3SA 3R1XA 2F9WA 3LAKA 3TTDA 3PLAA 1BQNA 3I8DA 2P9NB 4AQYK 1XHXA 1ASUA 4HHTA 3LP1A 4JKAA 5E41A 3KKSA 4CHOA 2FC0A 5D3GA 1X9WA 4KKOA 4JKGB 3V4IA 3W0LA 4K42A 1CXQA 1VQ8N 3CM6A 3O9RA 1WSHA 4DR3K 4KHQA 4CE9A 3OYDA 4DV0K 2A42A 5FDLA 1RTIA 3AAQA 2Q3SA 1OKJA 3HOSA 1EQYA 1UOCA 2P9PA 3FZMA 2KTQA 4CJWA 4DR5K 3O5BA 3OYIA 4PKHA 1D9FA 4BRIA 1WSEA 1I39A 4WE1A 2P9SA 3DLGA 3CCRN 4HCBA 4CF8A 2XY6A 4DR7K 4FJHA 2A6AA 1ESVA 3C94A 4H4OA 3UKUB 3ZT1A 1YUWA 2E2PA 3CXCM 3G10A 4WCEL 5FRMA 1KAYA 4DMNA 3CJCA 4FO0A 3J7YP 3O9TA 3HYFA 2FSKA 1VQLN 4CERA 4CJVA 3LWLA 4LFBK 4CJRA 2O8EB 5I9EB 4CEOA 3SPZA 4GVMA 3HTVA 1OH8A 1WNSA 1C1AA 4F3OA 4M3WA 1NK7A 3DM2A 3KHYA 5FPEA 3CJ9A 3SI6A 5KPZA 4O0JA 2QEXN 1W97L 4FWNA 5HRPA 3R9PA 2CGJA 3JXUA 3AARA 2HHXA 4IEEA 4BRFA 1KSPA 2RPIA 4BREA 1X3MA 3T69A 3CD6N 4JKDA 2PAVA 3P38A 4O5FA 1NGIA 4A59A 2NRRA 1LWCA 3OYKA 2HHSA 5AQUA 1S1VA 1QZ6A 3TTCA 3B6PA 1YHQN 3PSFA 3U9ZA 4FLVA 3SMPA 3TAQA 5AJ3K 5J2QA 4IO8A 5AZJA 2E88A 3OYCA 2VYPA 2R7YA 3R8EA 1QHTA 4F8RA 4YNQA 3BZKA 1TK0A 2GWKA 3CETA 4Z4GA 2KFZA 4YDUA 4DF8A 2OPQA 3CCEN 3P5JA 4EZ6A 1DLOA 3VENA 2GUPA 4MLHA 3WNFA 3SLCA 1IV0A 5AQXA 3H08A 3J8AA 2P9KA 4CZLA 2YNFA 1K73O 4Z4FA 1CZAN 1OH5A 2QWMA 4XH4A 4ELVA 2E1YA 5AQJA 5BR8K 4YY3K 4CF1A 4BY9C 1RTHA 4QS8A 4B9TA 3E9LA 3OY9A 2NRZA 3LWMA 4IDHA 3NF6A 4CGFA 4FSVA 1NK6A 4FWQA 3I0RA 1BI4A 3TAEA 2KKZA 1U6ZA 4N47A 5M1OA 2E6LA 1SUQA 3D2FB 3MWTA 3L4QA 2BE2A 1P90A 3ZEUA 3VQCA 3CPWM 4K41A 4JKBA 4AHUA 3L2WA 4FLWA 3PV8A 3LALA 1HX1A 4A61A 1WSJA 2GX9A 1IBKK 4CJKA 1WAJA 1BCMA 4H0YB 4AF1A 2D0AA 4JKCA 4Z0UA 1A5XA 2OTLN 5AQGA 1RDCA 4EIAA 4CJ5A 1MWMA 4FWLA 1NLVA 3IFRA 4RCHA 2IDOA 1QZ5A 1EX4A 4B3OA 2F4VK 4DU3A 4DFKA 4BGAA 5LY3A 3WEEB 2YHAA 1C0GA 3KLGA 4B1YB 1KAXA 1CZBA 4E7LA 4KV8A 5SWMA 4BQLA 4CGIA 3FE1A 3LP0A 3ZT4A 3ULEB 4BDPA 2VG5A 4DTSA 4BDYA 5GIPA 4CEZA 3HVRA 1MU2A 5F2RA 4E0DA 2Q2RA 3G0ZA 5E84A 1QVGM 3CCVN 1WSFA 3FLCO 2NLXA 1KFSA 3TTFA 4B1VA 2VQFK 1GLFO 3NGIA 3KLHA 3LM9A 4DQSA 1YVNA 1VRUA 3ZT0A 3QNNA 1CLQA 3NF8A 4BRKA 2OCEA 2IVNA 2W6LA 1VSHA 3NF7A 4GKJK 2FBTA 2QXFA 4JNEA 1XWLA 3V9WA 4BRGA 5LJWA 4KTQA 4FM1A 2DFFA 2WBNA 3L2UA 1VRTA 1LWEA 5C10A 4JK7A 1BO5O 1FJGK 4FVUA 3W3DA 1BL3A 1BU6O 3O9SA 5AQMA 4ISGA 3SUQA 2A1RA 3QEPA 4NCBA 4KHPK 4CGHA 4DV3K 1U4BA 3QDKA 4E19A 1E4FT 1J53A 1NNEA 4LF7K 1TK5A 2NRWA 4BGBA 4DQRA 1KD1O 2O8CB 3HRGA 4CBWA 1FKPA 5AQNA 2BUPA 1DGKN 3EEQA 4OKKA 4C23A 2KFNA 1BGXT 4NO7A 4RW9A 4C8MA 5AQLA 4CEDA 2F96A 2CH6A 4YOWA 5DK5A 4BR0A 2Q31A 4OGCA 1LW2A 3LPUA 3CJAA 3G25A 2VQEK 3OYBA 2DPNA 1JL1A 4J8FA 3TAMA 4J2AA 3CG7A 4G1QA 2HSTA 3VGKA 4DB3A 3CQ8A 4J2BA 2UUCK 3RTVA 3L3UA 1JCFA 3FR0A 4FM2A 4AM6A 3U6FA 4OJRA 1Z6RA 5CZ2A 1O1WA 4NCAA 3DXMB 3H1VX 3TSPA 3SV3A 3M3ZA 1X9SA 1HKGA 4EZ9A 3M8QA 3S3NA 4KHSA 1D8YA 3U4LA 3O80A 3HPGA 3AY9A 4KHUA 3GBTA 1S1XA 4DTPA 1S6PA 3EN9A 4JHDB 3MN9A 2XY8A 2Q36A 3HI0A 2KZZA 5M1QA 1JCEA 2G8WA 4WYBA 2WUSA 2IIRA 3EZ5A 2GBZA 3OVNA 2D4WA 4L3QA 4AH9A 2FSJA 1TGOA 1XI1A 4FJXA 3QMLA 1E4GT 2YJFA 4KAZA 1EWQA 1T8EA 3OYNA 4K0KK 4OKJA 5HROA 3AVHA 5JVHL 4BRAA 4CHNA 4H0XB 4BR4A 4LC9B 4M3RA 1N8RO 5BREA 2G8UA 4KHNA 4AM7A 1U2VB 4LD0A 4QS7A 3MK6A 4BRLA 4YOTA 3SAFA 1A5WA 5FPNA 3K9JA 5TKWA 3EL2A 2Y1IA 4DR1K 4M3TA 4CHYA 3MWPA 3TARA 3CJ7A 2HF4A 1C1CA 2HNZA 2VWKA 4JI2K 4OVLA 4CHPA 3PX6A 2YHYA 5LJVA 3H6EA 4YORA 1IBLK 4DSIA 1HJOA 3VEYA 2X74A 2XY5A 3CC2N 4LY7A 4BVPA 1Q18A 3ZSOA 3DXKA 3FFIA 1X9JA 1E3MA 4JI4K 1EXQA 2F7TA 3QFUA 5KPTA 1QHAA 1NJZA 1FK9A 2WTUA 3G71N 4CF0A 4IOXA 3RWUA 2E20A 1ASVA 3VQDA 3SQ1A 3V9ZA 3MN5A 1P8ZA 1ZBLA 3MEEA 1S1TA 3QETA 4CZIA 3OYGA 3THWB 4Z4HA 3CMEN 1U49A 4Q5VA 3SPYA 2LSNA 4B9LA 4C8KA 4HTUA 3V9UA 3TSUA 5AQTA 1WOQA 3AO5A 4BRQA 4E7KA 3THYA 3D0PA 1RBTA 1L3SA 1RBRA 1RCHA 3L2QA 1IBMK 4K8ZA 2VG7A 4E1NA 2WFBA 3QINA 4BR5A 3PUFA 3TPQA 1KTQA 3HO1A 3QBWA 4K25A 3KK2A 1C0MA 4RTFD 1BIZA 4IDKA 2Z1GA 4JLHA 3PIPL 2D5RA 1HUXA 1ZBUA 3DYAA 3V81A 4CIGA 3TWHA 2Z1JA 4FZZA 4EAHD 1HYVA 4BE0A 4YOXA 1NJIO 1K8KA 4HUGA 4JI3K 5M1NA 1XNQK 3I8BA 4E1MA 2RHKA 4UY8O 4I6MA 3QEWA 1NGJA 3ZSYA 3D2EA 1D5AA 3CHWA 4GV3A 3ATUA 4N5SA 5JS1A 1WBBA 3THVA 1Q81O 3E01A 3VETA 3PY8A 1SKRA 3SBTA 2XY7A 3DRRA 3CJ1A 2QWOA 4ELUA 1NK0A 1S22A 1RTJA 1YAGA 1QE1A 1VSJA 4M42A 3NVKA 1R59O 2O8FB 4HUFA 3SAHA 4CJSA 3G6EN 5EY4A 3UIQA 3NFAA 2F8SA 3DOKA 1KQSM 4NYNA 4IG0A 2OPPA 4DV6K 3SQ4A 4EFHA 4CZMA 4DLGA 4CJ3A 3QO9A 1RT7A 3DLEA 5FROA 2ZWHA 3P31A 1NK9A 1K6YA 4WQ5A 1SV5A 4BRPA 4JD2A 2ZGZA 4DUZK 3FZLA 3RR7A 1C1BA 4FJ9A 3I0SA 4CZHA 3HP9A 4LFCK 2FSNA 3BUZB 4CFDA 1TK8A 1GLLO 4BC5A 3CIPA 2OTJN 1OH6A 4EHTA 2G8KA 5AQZA 2VWJA 3NBPA 3PIOL 5KRTA 3OYEA 4J2DA 4PUOA 3DJCA 2NRTA 3ZCMA 3AAPA 4H0OA 3AVAA 4KPYA 1BA1A 4XEIA 2B6AA 3VF4A 3FZHA 4R5PA 1ZYQA 5ADXH 4CZEA 3NGYA 1GLCG 3NH1A 1VQ4N 4JI6K 5CZ1A 3M8PA 2A3ZA 3TAPA 3NF9A 1VQ6N 4IFVA 3WXLA 2CGKA 3QFPA 1NMDA 2UUBK 3VPZA 3J7AP 1JLAA 4BE1A 1EP4A 1SL0A 4FWPA 4IBNA 3CCUN 3O4NA 3ZT2A 1RT6A 4DR4K 1GLJO 1NJXA 1Z26A 5KQDA 3ZSWA 1HJRA 2KW4A 5B8HA 1HNXK 3IUCA 1S1WA 1HKBA 1NGAA 3SAGA 1W9HA 3QLHA 1N34K 3T3FA 3KLEA 2HHQA 2P9UA 5GIOA 4B3TK 3HVTA 2G8FA 2ZQBA 2P9PB 1BWFO 3CC7N 1BISA 4B1ZA 3Q7BA 1RBVA 3ID6A 1NKCA 2P9SB 3G4SN 1ZBFA 3SYZA 4DV2K 1T03A 2E2NA 2ZE2A 2YNGA 3RR8A 2G8VA 3CERA 5H1SQ 1L3TA 2HB5A 5CY4A 5CYMA 3FZKA 2F9TA 3SZ2A 2O4GA 4DWIA 2X6SA 4FPBA 3SMSA 3TU5A 4KB1A 3GL1A 4B1WB 4B9SA 3H1QA 2E2QA 4H5WA 1Q8IA 5A2QO 1S5JA 3VA0A 4H03B 4A5AA 4HWIA 2HF3A 3HBTA 1KXPA 3E9PA 4ILHA 4ID1A 3WXKA 3ALYA 4N56A 3K2PA 1RBUA 3D7EO 1T44A 2ZM6K 4OPAA 5CHIA 2ZD1A 2HOEA 4IXCA 1C6VA 1KVBA 4IOCL 3MX5A 3DRPA 3QEIA 5AQRA 3L6QA 3QBXA 1WSGA 2QWPA 4IJNA 4FK2A 2HBKA 3VESA 4DU4A 1B92A 3EY1A 4N41A 4B3RK 3RSEA 3U3GA 3SQ0A 3O3HA 4CBUA 4H5TA 4JS5A 4M7XA 5EVZA 3EO3A 3CC4N 4FLZA 5AZJB 4FWSA 4M41A 3E9OA 3T19A 1YF5L 3UB5A 5BRFA 3CQYA 1Y97A 1OH7A 1TL3A 1QSSA 4BG8A 4BWMA 4CECA 2DFHA 1NBWA 4ELTA 2KZMA 3CCMN 4W5RA 4W5QA 4BRNA 1SAZA 3KZBA 1SZ2A 4M3XA 5SZTA 1R0AA 1LOTB 2P9KB 3MDQA 3C6AA 3OJSA 1WN7A 3LPTA 5DM6L 4CIFA 4KI6A 5GAGP 1LV5A 1EKEA 4FCYA 2HHWA 1Z05A 3VGMA 4HCCA 3LDQA 4BC2A 4H5VA 1NU0A 5AQYA 4B3SK 3ZLJA 3FGUA 1KVCA 2P9IA 2VGMA 4FJNA 3KK3A 2QA4N 5GAEP 1BI4B 1CZ9A 3KD1E 4AHVA 4ISEA 3DLRA 4AHCA 1K9MO 2NRXA 1KLMA 1RBSA 4NB4A 1XC3A 3SCXA 1XMQK 2OPRA 4CZGA 3JSMA 4OX9K 4F4KA 3ZEUB 2Q1NA 1HKCA 1JKHA 4JK8A 3ZSRA 1NWKA 3CF5L 2O8DA 3VEOA 3ENBA 3GDQA 1IKYA 3H3OB 2VCPA 4C1NI 1QSYA 2UXBK 1UWBA 3L3VA 1BCOA 1J9AA 2FBYA 3K5LA 4QS9A 1QSLA 4XH5A 1S9EA 1YTAA 4KH4A 4BVOA 3K5MA 4PKIA 4H5RA 5KGXA 1QTMA 1JLGA 4JK9A 1QVFM 5C12A 3OYMA 4JI0K 4Y1CA 4DS4A 2J4RA 3WXIA 5HOOA 4FVMA 3HM9A 2E8AA 3LM2A 2P51A 4O8UA 1MA9B 2UUAK 5GINA 2BH1A 2E2OA 4FWMA 1O13A 2QWLA 3E1YA 2A1SA 2AA4A 5M1FA 4PWDA 3O6WA 3CMAN 2I7NA 1VHXA 5C15A 3VEZA 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 2BH1 A;  1W97 L;  4PHT X;  1YF5 L;  5TKW A; 
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 3WNG A;  5HBM A;  3KWG A;  4CEA A;  1I3A A;  5HL7 L;  4DQQ A;  4CEB A;  4GV9 A;  1HLU A;  1TUU A;  1V4S A;  3ZYY X;  3HPO A;  3J81 O;  3VQ9 A;  3AVC A;  2XHB A;  4M45 A;  1G15 A;  2W40 A;  2A41 A;  3B6O A;  1DKG D;  4DS5 A;  5JS2 A;  2BTF A;  1YXQ A;  1YJN N;  2F8T A;  4CZK A;  3CPE A;  5HRN A;  1NJY A;  1XNR K;  4LFA K;  4A2B A;  1FW6 A;  2QKB A;  2WC9 A;  2HHU A;  2Z1I A;  1WAF A;  4CZJ A;  4M7Y A;  3KLI A;  3PX0 A;  1RT5 A;  4FK0 A;  4DHY A;  4LF4 K;  5AQI A;  1NG9 A;  3F9K A;  4Z94 A;  4DSJ A;  4OPH A;  3C0B A;  2PBD A;  4FWK A;  3R3L A;  1NGG A;  1Q82 O;  4NCG A;  1YTU A;  5AQH A;  1ATS A;  5C25 A;  2YHB A;  1S9G A;  3O4W A;  2QWN A;  3IDH A;  2BDP A;  3ATV A;  3OS2 A;  3O3F A;  4JKE A;  4DFP A;  1U48 A;  2ZGY A;  3OBW A;  1SKS A;  3OYJ A;  3WQT A;  4X65 K;  4BR2 A;  2V51 B;  3NHG A;  5LMN K;  1EO1 A;  2NRV A;  3A5L C;  1IKW A;  1SL1 A;  1G99 A;  4FJ5 A;  2A40 A;  4LSN A;  1XQS C;  2G8I A;  4DKW A;  3VQ6 A;  3S9H A;  3LAN A;  4CJT A;  3M8S A;  3P83 D;  4DSK A;  4I9Q A;  4E3S A;  3R1X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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