The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
109
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structure length |
109
|
Chain Sequence |
b'LSQLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Versatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protein SspB
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
24
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| structure length |
109
|
| sequence length |
109
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QAZ A; 1ZSZ C; 1OX8 A; 1YFN A; 1OU8 A; 2QAS A; 1OUL A; 1OX9 A; 1TWB A; 1ZSZ B; 1OU9 A; 1ZSZ A; 2NYS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BZY A; 4FSS A; 1X2Q A; 2VB6 A; 1YJN Q; 1GL5 A; 1UGP B; 1N9S A; 1M90 U; 2E10 A; 4HCZ A; 2EVR A; 4BDZ A; 4M7D E; 1VQ9 Q; 5AT1 B; 1M3B A; 1VQ7 T; 4OMO A; 4XTY A; 2PZ1 A; 4ELZ C; 1JJ2 S; 1QVF S; 2PVG B; 2FB7 A; 3CC2 A; 3O8V A; 3OSS C; 8AT1 B; 3PT9 A; 4PFZ A; 3WXM B; 1VQ4 T; 3EFS A; 4CC4 B; 2EJG A; 3UWN A; 2O2O A; 3CMA T; 4DOV A; 1XQH A; 3HFN A; 1FWZ A; 2RHX A; 4OB2 B; 4A4G A; 3CCU A; 2DET A; 4M77 E; 2RQR A; 2Y90 A; 3N5B B; 1IHW A; 1OQK A; 2OJ2 A; 4QVC A; 4A53 A; 2ROT A; 3C4S A; 3CCL T; 4AFU C; 5FU6 C; 1KJW A; 2QDL A; 3I56 A; 1BK2 A; 4PFO A; 4E7Z A; 3A8L B; 2LX9 A; 1H92 A; 2V8I A; 3CCV T; 2XDB A; 1GCQ C; 1Y96 B; 2LJ3 A; 2YRC A; 1VQM T; 2MIO A; 5J3B A; 3QKJ A; 4A54 A; 2PU9 B; 1SG5 A; 2DL8 A; 4PK4 A; 1UTI A; 1MND A; 1M27 C; 3A8G B; 3OS0 A; 1WYX A; 2COY A; 3OYL A; 4C0G A; 2MWP A; 1LPL A; 3SDZ A; 2L3S A; 4JJB A; 2GQV A; 5CVI A; 2VGM A; 4FW1 A; 2LQN A; 2XK0 A; 2KYB A; 3EGX B; 5ECA A; 1T0H A; 1VOM A; 2A0F B; 3CCS A; 1W2B A; 1WXU A; 2RF0 A; 1ARK A; 1RL2 A; 3FRN A; 1WHG A; 2O31 A; 3M55 A; 4PL6 A; 2CSQ A; 2JMA A; 1AVZ C; 5GJW B; 1IGQ A; 2VC8 A; 4CC3 A; 1TOV A; 2MCN A; 1M4Z A; 1IZ6 A; 5D6W A; 2LDM A; 1VQ7 A; 5GAO r; 3JCM c; 3VS7 A; 2JS2 A; 5CKF A; 1KQS A; 2KVQ G; 4M75 C; 3V8J A; 5HKC A; 5EC7 A; 1Q7Y C; 2C0I A; 4AT1 B; 4J9G A; 1M9S A; 4QQ6 A; 4C92 G; 3OYB A; 4HCB A; 2K5L A; 3CXC S; 4IUQ A; 2LC4 A; 1VQ8 Q; 3CMA A; 2MAM A; 2K4Y A; 1Q86 R; 3E1S A; 3CBP A; 2LT4 A; 2VAS A; 2M02 A; 4NL2 A; 2PUK B; 4MDX A; 1VQ9 A; 1Y71 A; 1WI7 A; 1AT1 B; 3QO3 A; 5LJ5 j; 5LJ3 h; 4O5V A; 4CC2 A; 3CCL A; 1O75 A; 4M7D G; 3SEM A; 1YJ9 Q; 1AZG B; 3GIB A; 2HD0 A; 2CS7 A; 1X6G A; 1M1K R; 4BY6 C; 4N0A A; 2AZS A; 1VQL Q; 2ZPE B; 3G71 Q; 1BI3 A; 2X4J A; 3CCV A; 3H0H A; 2X4X A; 2FZG B; 3A8O B; 3JCM d; 1VQM A; 4AFS C; 4JDS A; 2QEX T; 1QCN A; 2O88 A; 2KRS A; 2ZGW A; 5FU6 B; 4OGC A; 5L8R E; 1UGQ B; 3S3O A; 4LDU A; 4OMQ A; 4XTX A; 2KGT A; 2LCL A; 2V1Q A; 2RHU A; 1QWE A; 1NEB A; 4M7A E; 1GXI E; 1FYN A; 2DRK A; 5KYW A; 1ZSG A; 5CQY A; 5LJ3 e; 2ED1 A; 2KYM A; 1SRL A; 2KMT A; 1OZ2 A; 4J7F A; 2M16 A; 5EG2 A; 1WFW A; 3EFO B; 2DL4 A; 2GQI A; 2DXT A; 2MK5 A; 1TWB A; 3GOX A; 2AT1 B; 3PE0 A; 4J9E A; 1GCQ A; 3A98 A; 1VQO Q; 2I2L A; 3INZ A; 4C5H A; 3HHT B; 2E4H A; 3LGL A; 2OTJ Q; 1I5L A; 2RI3 A; 4XK8 E; 1MMA A; 3EFO A; 1X75 C; 3VRZ A; 4AFZ C; 2KRO A; 4F7U G; 2AKL A; 3OYI A; 2QXF A; 2HAX A; 3EGU A; 5A2Q E; 1LNX A; 1J3T A; 2RA2 A; 4BI8 B; 1VIF A; 3OBY A; 2CDT A; 4NL3 A; 2L3Q A; 1K4U S; 2WAC A; 5GAM j; 2VXE A; 1S72 Q; 2RJD A; 3CC7 T; 2RM4 A; 3M56 A; 4J6Y A; 4HXJ A; 5KYX A; 1SRM A; 2NUP B; 4C92 F; 1JJ2 A; 5GAN 2; 1HYO A; 3MET A; 2E12 A; 1AOJ A; 5GMK i; 3EG3 A; 1KHC A; 2EPD A; 4M75 B; 4M78 G; 3UT1 A; 5GAN d; 2MF2 A; 1KFZ A; 1WGS A; 3G1J A; 1KC8 U; 2DTO A; 3OYF A; 2WSF E; 4FW2 A; 1IXD A; 1R0C B; 3CPW A; 3GNF B; 4DA4 A; 1AWO A; 1RAI B; 1OUL A; 4M7D F; 3CD6 Q; 1NBE B; 1BIB A; 5CQX A; 5FRN A; 1VQ8 A; 5GAO m; 3L2Q A; 5AYF A; 1TSF A; 1AWJ A; 3V8L A; 1OV3 A; 1ZX6 A; 2A28 A; 4BY6 B; 5A0G A; 1D09 B; 4C92 C; 1PHT A; 4WTO B; 1B34 A; 3OW2 S; 1E6H A; 1HXD A; 1YHQ Q; 4M77 F; 4RG2 A; 1NPR A; 1UGV A; 4PLL A; 3REA B; 3QYG B; 2DZC A; 4LDW A; 2NLU A; 1VQK Q; 4J8O A; 1N5Z A; 3WVE B; 4EMG A; 1VQ6 T; 5D6X A; 2YSQ A; 4M7D C; 3PMT A; 4M75 E; 2RK1 A; 2FYK A; 1M90 R; 1D0Z A; 2QQA A; 2YXY A; 4KBM B; 3BW1 A; 3QII A; 4JLI A; 4PJM A; 4DEY A; 1AHJ B; 1YIJ Q; 1Z9Q A; 4J9F A; 5LJ3 g; 3E9G A; 4AMC A; 3CCJ T; 3FB9 A; 5GMK j; 1ZQ1 A; 3DB4 A; 1WXT A; 2PVO B; 4KRT A; 4M7A G; 2HL5 C; 2EQJ A; 1BI0 A; 2JMC A; 3JB9 J; 1QVF P; 3G7Z A; 1I5O B; 3CC7 A; 2RI2 A; 1U8R A; 1VQO A; 1VQ5 T; 4N4G A; 5FWC A; 2X51 A; 5C6S A; 4LUE A; 2XDP A; 3VYG A; 3JCM e; 1ZBX A; 3UPU A; 2P84 A; 2RHI A; 1JRI A; 4PJO A; 4JPB W; 1M3C A; 4RTU A; 1MMD A; 2KY9 A; 1ZA2 B; 4ZN1 A; 3JCM b; 4ZGD B; 5GAO q; 4M4Z A; 2A7Y A; 2QAS A; 2F5K A; 4DBQ A; 4EMK A; 5IHI A; 1X01 A; 4B9W A; 8ATC B; 1FX7 A; 3CCM T; 2AIR B; 1RI9 A; 1W2B S; 3VRY A; 1HJD A; 4FIB A; 2P4R A; 1BYM A; 4QQD A; 3LYI A; 3QJY A; 3A8M B; 1TTH B; 1UEB A; 2P0K A; 3VS3 A; 2O9V A; 5DY9 A; 3EH2 A; 1SKU B; 4LNP A; 3PMI A; 4C92 D; 3CC2 Q; 2YDL A; 5GAN h; 4OF1 A; 1M1F A; 3CCE T; 1M30 A; 3UAT A; 2P0P A; 1K0X A; 4O6J A; 5GAN 5; 4XTU A; 3DLM A; 1X69 A; 4LN2 A; 2D0N A; 3UDC A; 2DTH A; 2QGF B; 1YI2 Q; 1P92 A; 2K79 A; 1AEY A; 1OPK A; 3A1P A; 3V7C A; 2C06 A; 1TUC A; 3OYG A; 4M7D D; 4JRP A; 4M78 C; 2IVW A; 4RTV A; 4IUU A; 1BI2 A; 3NFC A; 1D0Y A; 1VQ6 A; 4C92 B; 1WNL A; 2CT3 A; 3QDR B; 2FZC B; 3OS1 A; 4DBR A; 3GLX A; 5CK9 A; 2LT1 A; 2ZPF B; 1T3L A; 3FIF A; 2K2M A; 2L8D A; 2RPN A; 2CP7 A; 5GAN e; 3CCJ A; 1JEG A; 1NJI U; 3NTI A; 1NLO C; 2FVU A; 3CPF A; 5GAN 4; 2M51 A; 1VQN T; 2HMA A; 2CYZ B; 2RI5 A; 3L42 A; 1K76 A; 5GAN 7; 1JXM A; 2DL5 A; 4M77 D; 3RES A; 3LH0 A; 4M7D B; 4QT7 A; 3I55 T; 4LXC A; 2RJF A; 2G6F X; 4E7J A; 4M7A F; 1PKS A; 4ZGJ B; 4JS5 A; 2DX1 A; 3BY7 A; 4PJJ A; 2DJQ A; 1KD1 C; 1VQ5 A; 3CXC P; 1V1C A; 2EFI A; 3JCM X; 3CCS Q; 4FYV B; 3PIP A; 2LCS A; 1YIJ A; 2K7A A; 2K57 A; 3SFM A; 1R77 A; 1K73 C; 3C12 A; 3M4Y A; 5A0L A; 2E41 A; 2OAU A; 3R6N A; 4IUP A; 1EZZ B; 2JM9 A; 4RTX A; 2E5Q A; 3KFV A; 1WQW A; 1I4K 1; 3CCM A; 3HPW A; 1PRM C; 3J81 E; 5IT9 E; 3H0F A; 1NLP C; 4A4F A; 1VQ7 Q; 3NHN A; 2FRW A; 2IPO B; 1OYX A; 1QVG P; 3JCM g; 3QZ9 B; 2WSC E; 3EG0 A; 1XNI A; 4M77 A; 1YN8 A; 1WZO A; 1QQJ A; 3RMQ A; 4UC4 A; 1X6B A; 1VQ4 Q; 4M7A C; 2HNI A; 1OX8 A; 3OA6 A; 1YIT T; 3CMA Q; 1WLP B; 2XKO C; 5KYU B; 2ZZD A; 1YWO A; 3CCE A; 4BE2 A; 2DAQ A; 3S3M A; 1WPY A; 2D0Q B; 1YJW Q; 2B8A A; 1O9S A; 1BBZ A; 5LJ3 f; 3LLR A; 4JZ3 A; 1I81 A; 2KT1 A; 4F7U B; 3OS2 A; 3CCL Q; 2XMF A; 3TU4 K; 2VXF A; 1B7T A; 2LQ8 A; 2ZAE A; 3OW2 A; 2F1L A; 2L5Q A; 1Q81 C; 2R5M A; 2M0O A; 3H0I A; 4HVU A; 2DPP B; 2QTX A; 4RKU E; 3CCV Q; 2C0O A; 2RD1 A; 2KT8 A; 3L1A A; 4OB3 B; 1YJW T; 3JCM Q; 1VQM Q; 3CPW S; 3JCM W; 3R6O A; 4ORZ A; 2J05 A; 4D8K A; 1VYT A; 2JS0 A; 1YI2 A; 1CSK A; 4M78 B; 2ZCF B; 5GAO n; 5IH2 A; 2AHJ B; 1VQN A; 1U5S A; 4C5G A; 1MMG A; 5FRO A; 1M8V A; 1PKT A; 3L2U A; 3I55 A; 1M1G A; 5I2S A; 5L23 A; 1I0C A; 2DNU A; 3I5R A; 1YBY A; 1X6O A; 2GBQ A; 2SRC A; 4X1V A; 3KXT A; 2YRV A; 2YLC A; 4RTT A; 5GAN g; 1BCO A; 1Y57 A; 3JCM V; 1KC8 R; 3PIO A; 2CP3 A; 4F7U E; 4M75 F; 2EGE A; 3ULR B; 2ENM A; 4KUL A; 3E2U A; 1Y96 A; 1WJQ A; 1X2K A; 2EGC A; 3PTA A; 2AZV A; 3RKY A; 4P5N A; 3KBG A; 2X9H A; 2K2V A; 1IHV A; 2R5A A; 3BE3 A; 1PCX A; 2XI9 A; 4DQ2 A; 4M7A D; 4BI4 A; 2VWF A; 1AWW A; 3LWI A; 2VGN A; 4OB1 B; 5IXF A; 4IUT A; 1WQ7 A; 4AFQ C; 3GNG A; 3EHQ A; 3EH1 A; 1D3B B; 2JTE A; 1Q82 U; 4M78 E; 4TVR A; 1YIT A; 5KYN A; 4LE9 A; 1K9A A; 1SHG A; 3EGX A; 3JB9 I; 2DBM A; 2HKN A; 3OQ5 A; 5KYY B; 1PWT A; 3I35 A; 4IIO A; 5HY6 A; 2RQT A; 3G4S T; 5FU7 B; 1U3O A; 5CKH A; 2M0Y A; 2H8H A; 3OB9 A; 4OMN A; 4QQG A; 1R8O B; 3OW2 P; 2XDD A; 2CT4 A; 1ZUU A; 3RR6 A; 3EG1 A; 3M4G A; 3OYN A; 3OYK A; 1KIK A; 4EMH A; 5LJ5 d; 1Q7Y R; 1K9M U; 1FXX A; 2FO0 A; 2K9G A; 3PVQ A; 4M7A B; 1BIA A; 1AZE A; 4J7I A; 4BUG A; 5GAN 6; 2LNV A; 1KD1 U; 1VQ4 A; 2A36 A; 1NYG A; 2DE0 X; 5CO7 A; 1KK7 A; 1D1A A; 3U23 A; 1YJW A; 4ZGE B; 4E7L A; 1K73 U; 1MGQ A; 2PUO B; 2QEX Q; 2V8K A; 1ZLM A; 2VV5 A; 3HP9 A; 1H8K A; 5GMK m; 3LGF A; 1WX6 A; 1WIE A; 2FHD A; 2F2W A; 1KG1 A; 2EYZ A; 1G3W A; 2OTL T; 2LTO A; 1RLQ C; 4BE0 A; 1E6G A; 1G2B A; 4F17 A; 4OMF B; 1Q86 C; 4BDY A; 3CQT A; 3VS1 A; 3J7A F; 1ZBJ A; 2D9T A; 3X24 B; 2J6O A; 3L2W A; 9ATC B; 2ATC B; 3QXE B; 4FT2 A; 2DXC A; 2G3R A; 3VJP A; 2E5K A; 4DBF A; 3SB2 A; 1QVP A; 4KT0 E; 4AG2 C; 3FJP A; 4J9B A; 2J7I A; 4RTY A; 3H8Z A; 4L59 A; 4FYY B; 2L3P A; 3JAM E; 3OMC A; 3JSC A; 4HVW A; 1V76 A; 2XID A; 4ANJ A; 2BIV A; 1MHN A; 1W2B P; 2JOY A; 1LVK A; 4LD6 A; 2KQW A; 1C1A A; 1Q81 U; 2AK5 A; 5GAM d; 4RG8 A; 3CC7 Q; 3O5Z A; 2F2X A; 1RAA B; 3TSZ A; 1LJO A; 4ESR A; 4RMO A; 2QYZ A; 6AT1 B; 3OYD A; 3FJ5 A; 1KQS P; 3M5A A; 4M75 D; 5DLO A; 2YRD A; 3PNW C; 3L2R A; 3SWN C; 1AD5 A; 1X43 A; 3V7R A; 2EQU A; 3EG9 B; 2JXB A; 1W70 A; 3TVT A; 5M9O A; 3HFO A; 3WVD B; 2HL3 A; 2OX7 A; 3E9F A; 2YT6 A; 2HDA A; 4QKU A; 2JN0 A; 1BB9 A; 5IHK A; 1R0B G; 5C0M A; 4J6X A; 2VUB A; 2DYI A; 3VS5 A; 3MJX A; 4ZTJ A; 4V2S A; 3EG9 A; 4ZN3 A; 4X34 A; 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2C0T A; 4NOY A; 1X27 A; 3LWH A; 2CSI A; 2ROL A; 1A0N B; 4OGE A; 2GTO A; 3SWN B; 3EGD B; 1ZUK A; 1ZSZ C; 1YNZ A; 3CPW P; 4II1 A; 3JB9 G; 2EAY A; 2KNB B; 1UB4 A; 4KGX B; 2CKK A; 2KR3 A; 2IIM A; 2OI3 A; 4GLK A; 3CCR A; 1XOV A; 3CCE Q; 3TEE A; 4JJC A; 1VIE A; 4M78 F; 2L2P A; 3QUI A; 1K1Z A; 3JCM J; 1QKX A; 4VUB A; 4JJD A; 3RER A; 1PG5 B; 4C8Q E; 3MEU A; 4PJN A; 3IQL A; 1TU0 B; 3FDR A; 1RLP C; 1AWX A; 1YCY A; 2V1R A; 5CKD A; 4FM4 B; 1UFF A; 5GAM e; 5CKB A; 2CZ6 B; 1WHL A; 2Y4Y A; 4E7I A; 1UG1 A; 1ZUY A; 4J9D A; 1HK9 A; 2DXU A; 1G3S A; 4YTL A; 3CCQ T; 2CP2 A; 3L2Z A; 3C0C A; 3OYY A; 4MZT A; 1UJY A; 2QG9 B; 1RAH B; 3CC4 T; 1BI1 A; 3OYE A; 2GFU A; 4LUD A; 4Q5W A; 2DZ9 A; 1VQN Q; 2FPD A; 5LL6 S; 1K8A C; 2QA4 A; 3M0R A; 2ZPI B; 2NUT B; 3I55 Q; 3I9Q A; 1XTD A; 3OYH A; 1GRI A; 3THK A; 1Q82 R; 4PJO E; 2RO0 A; 3NGP A; 2NWM A; 3M58 A; 3Q1J A; 1V29 B; 5I2M A; 2QI2 A; 3MP6 A; 1UUE A; 3OYM A; 1C0M A; 3HRT A; 4HCC A; 4A4H A; 2VVK A; 4DBH A; 5GAO l; 1Q95 G; 2EIF A; 2J6F A; 3A5Z B; 3RDV A; 5LJ5 g; 2O4X B; 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