1YHQO

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1yhqO00
3CCUO 3I56O 1VQOO 3CCRL 3G6EL 1NJIP 1YHQO 1VQ9L 1VQPL 1N8RP 3CC4L 1M1KP 3G71L 3CCQL 1YITL 1N8RM 1VQLO 1YJNL 1M1KM 3CMEL 3CCEO 1Q82P 1YJ9L 1VQ5O 3CCMO 1Q7YP 3CCSO 1S72L 1VQMO 1Q82M 1VQ6O 3CD6O 3CCUL 1Q7YM 3I55O 1M90P 3I56L 1W2BK 3CMAO 1VQOL 1JJ2K 3CC2O 3I55L 3CCLO 1YI2O 1M90M 1YHQL 1NJIM 1W2BN 1JJ2N 1VQNO 3CPWK 1VQLL 1YIJO 1KQSK 3CCEL 1VQ4O 1VQ5L 3CCML 2QA4O 3CPWN 2QEXO 1KQSN 2OTJO 3CCSL 1VQML 3G4SO 1VQ6L 3CD6L 1YJWO 3CC7O 1VQ7O 3CCJO 3CCVO 3OW2K 2OTLO 1QVFK 3CMAL 3CC2L 1VQ8O 1K73P 1VQKO 3CCLL 1YI2L 3OW2N 1QVFN 1K73M 1KD1P 1VQNL 1QVGK 1Q86P 3CCRO 3G6EO 3CXCK 1VQ9O 1KD1M 1YIJL 1VQPO 1QVGN 1Q86M 3CC4O 1VQ4L 1K9MP 3G71O 3CXCN 2QA4L 1Q81P 3CCQO 1K8AP 1YITO 2QEXL 2OTJL 3G4SL 1YJNO 1YJWL 3CC7L 1KC8P 1K9MM 3CMEO 1VQ7L 1Q81M 1K8AM 1YJ9O 3CCJL 3CCVL 2OTLL 1KC8M 1S72O 1VQ8L 1VQKL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQKL 3CCUO 3I56O 1VQOO 3CCRL 3G6EL 1NJIP 1YHQO 1VQ9L 1VQPL 1N8RP 3CC4L 1M1KP 3G71L 3CCQL 1YITL 1N8RM 1VQLO 2YZSA 1YJNL 1M1KM 3CMEL 3CCEO 1Q82P 1YJ9L 1VQ5O 3CCMO 3GODA 1Q7YP 3CCSO 1S72L 1VQMO 1Q82M 1VQ6O 3CD6O 4QDLA 3CCUL 5DS5A 1Q7YM 3I55O 1M90P 5DLJA 3I56L 1W2BK 4W8KA 3CMAO 1VQOL 1JJ2K 3CC2O 3I55L 3CCLO 1YI2O 1M90M 1YHQL 1NJIM 1W2BN 1JJ2N 1VQNO 5DQTA 3CPWK 1VQLL 1YIJO 1KQSK 3CCEL 1VQ4O 1VQ5L 3CCML 2QA4O 3CPWN 2QEXO 1KQSN 2OTJO 3CCSL 1VQML 3G4SO 1VQ6L 3CD6L 4WJ0A 1YJWO 3CC7O 1VQ7O 3CCJO 3CCVO 3OW2K 2OTLO 1QVFK 3CMAL 3CC2L 1VQ8O 1K73P 1VQKO 4P6IC 3CCLL 1YI2L 5DS4A 3OW2N 1QVFN 1K73M 1KD1P 1VQNL 1QVGK 1Q86P 3CCRO 3G6EO 3CXCK 1VQ9O 1KD1M 1YIJL 1VQPO 4N06A 1QVGN 5FCLA 1Q86M 3CC4O 1VQ4L 1K9MP 4XTKA 3CXCN 3G71O 2QA4L 3CCQO 1Q81P 1K8AP 1YITO 2QEXL 2OTJL 3G4SL 1YJNO 1YJWL 3CC7L 1KC8P 1K9MM 3CMEO 1VQ7L 1Q81M 1K8AM 1YJ9O 5DQZA 3CCJL 3CCVL 2OTLL 1KC8M 1S72O 3NKDA 1VQ8L 5DS6A
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQKL 3CCUO 3I56O 1VQOO 3CCRL 3G6EL 1NJIP 1YHQO 1VQ9L 1VQPL 1N8RP 3CC4L 1M1KP 3G71L 3CCQL 1YITL 1N8RM 1VQLO 2YZSA 1YJNL 1M1KM 3CMEL 3CCEO 1Q82P 1YJ9L 1VQ5O 3CCMO 3GODA 1Q7YP 3CCSO 1S72L 1VQMO 1Q82M 1VQ6O 3CD6O 4QDLA 3CCUL 5DS5A 1Q7YM 3I55O 1M90P 5DLJA 3I56L 1W2BK 4W8KA 3CMAO 1VQOL 1JJ2K 3CC2O 3I55L 3CCLO 1YI2O 1M90M 1YHQL 1NJIM 1W2BN 1JJ2N 1VQNO 5DQTA 3CPWK 1VQLL 1YIJO 1KQSK 3CCEL 1VQ4O 1VQ5L 3CCML 2QA4O 3CPWN 2QEXO 1KQSN 2OTJO 3CCSL 1VQML 3G4SO 1VQ6L 3CD6L 4WJ0A 1YJWO 3CC7O 1VQ7O 3CCJO 3CCVO 3OW2K 2OTLO 1QVFK 3CMAL 3CC2L 1VQ8O 1K73P 1VQKO 4P6IC 3CCLL 1YI2L 5DS4A 3OW2N 1QVFN 1K73M 1KD1P 1VQNL 1QVGK 1Q86P 3CCRO 3G6EO 3CXCK 1VQ9O 1KD1M 1YIJL 1VQPO 4N06A 1QVGN 5FCLA 1Q86M 3CC4O 1VQ4L 1K9MP 4XTKA 3CXCN 3G71O 2QA4L 3CCQO 1Q81P 1K8AP 1YITO 2QEXL 2OTJL 3G4SL 1YJNO 1YJWL 3CC7L 1KC8P 1K9MM 3CMEO 1VQ7L 1Q81M 1K8AM 1YJ9O 5DQZA 3CCJL 3CCVL 2OTLL 1KC8M 1S72O 3NKDA 1VQ8L 5DS6A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCU O;  3I56 O;  1VQO O;  3CCR L;  3G6E L;  1NJI P;  1YHQ O;  1VQ9 L;  1VQP L;  1N8R P;  3CC4 L;  1M1K P;  3G71 L;  3CCQ L;  1YIT L;  1N8R M;  1VQL O;  1YJN L;  1M1K M;  3CME L;  3CCE O;  1Q82 P;  1YJ9 L;  1VQ5 O;  3CCM O;  1Q7Y P;  3CCS O;  1S72 L;  1VQM O;  1Q82 M;  1VQ6 O;  3CD6 O;  3CCU L;  1Q7Y M;  3I55 O;  1M90 P;  3I56 L;  1W2B K;  3CMA O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3I55 L;  3CCL O;  1YI2 O;  1M90 M;  1YHQ L;  1NJI M;  1W2B N;  1JJ2 N;  1VQN O;  3CPW K;  1VQL L;  1YIJ O;  1KQS K;  3CCE L;  1VQ4 O;  1VQ5 L;  3CCM L;  2QA4 O;  3CPW N;  2QEX O;  1KQS N;  2OTJ O;  3CCS L;  1VQM L;  3G4S O;  1VQ6 L;  3CD6 L;  1YJW O;  3CC7 O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3CCV O;  3OW2 K;  2OTL O;  1QVF K;  3CMA L;  3CC2 L;  1VQ8 O;  1K73 P;  1VQK O;  3CCL L;  1YI2 L;  3OW2 N;  1QVF N;  1K73 M;  1KD1 P;  1VQN L;  1QVG K;  1Q86 P;  3CCR O;  3G6E O;  3CXC K;  1VQ9 O;  1KD1 M;  1YIJ L;  1VQP O;  1QVG N;  1Q86 M;  3CC4 O;  1VQ4 L;  1K9M P;  3G71 O;  3CXC N;  2QA4 L;  1Q81 P;  3CCQ O;  1K8A P;  1YIT O;  2QEX L;  2OTJ L;  3G4S L;  1YJN O;  1YJW L;  3CC7 L;  1KC8 P;  1K9M M;  3CME O;  1VQ7 L;  1Q81 M;  1K8A M;  1YJ9 O;  3CCJ L;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 M;  1S72 O;  1VQ8 L;  1VQK L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQK L;  3CCU O;  3I56 O;  1VQO O;  3CCR L;  3G6E L;  1NJI P;  1YHQ O;  1VQ9 L;  1VQP L;  1N8R P;  3CC4 L;  1M1K P;  3G71 L;  3CCQ L;  1YIT L;  1N8R M;  1VQL O;  2YZS A;  1YJN L;  1M1K M;  3CME L;  3CCE O;  1Q82 P;  1YJ9 L;  1VQ5 O;  3CCM O;  3GOD A;  1Q7Y P;  3CCS O;  1S72 L;  1VQM O;  1Q82 M;  1VQ6 O;  3CD6 O;  4QDL A;  3CCU L;  5DS5 A;  1Q7Y M;  3I55 O;  1M90 P;  5DLJ A;  3I56 L;  1W2B K;  4W8K A;  3CMA O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3I55 L;  3CCL O;  1YI2 O;  1M90 M;  1YHQ L;  1NJI M;  1W2B N;  1JJ2 N;  1VQN O;  5DQT A;  3CPW K;  1VQL L;  1YIJ O;  1KQS K;  3CCE L;  1VQ4 O;  1VQ5 L;  3CCM L;  2QA4 O;  3CPW N;  2QEX O;  1KQS N;  2OTJ O;  3CCS L;  1VQM L;  3G4S O;  1VQ6 L;  3CD6 L;  4WJ0 A;  1YJW O;  3CC7 O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3CCV O;  3OW2 K;  2OTL O;  1QVF K;  3CMA L;  3CC2 L;  1VQ8 O;  1K73 P;  1VQK O;  4P6I C;  3CCL L;  1YI2 L;  5DS4 A;  3OW2 N;  1QVF N;  1K73 M;  1KD1 P;  1VQN L;  1QVG K;  1Q86 P;  3CCR O;  3G6E O;  3CXC K;  1VQ9 O;  1KD1 M;  1YIJ L;  1VQP O;  4N06 A;  1QVG N;  5FCL A;  1Q86 M;  3CC4 O;  1VQ4 L;  1K9M P;  4XTK A;  3CXC N;  3G71 O;  2QA4 L;  3CCQ O;  1Q81 P;  1K8A P;  1YIT O;  2QEX L;  2OTJ L;  3G4S L;  1YJN O;  1YJW L;  3CC7 L;  1KC8 P;  1K9M M;  3CME O;  1VQ7 L;  1Q81 M;  1K8A M;  1YJ9 O;  5DQZ A;  3CCJ L;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 M;  1S72 O;  3NKD A;  1VQ8 L;  5DS6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQK L;  3CCU O;  3I56 O;  1VQO O;  3CCR L;  3G6E L;  1NJI P;  1YHQ O;  1VQ9 L;  1VQP L;  1N8R P;  3CC4 L;  1M1K P;  3G71 L;  3CCQ L;  1YIT L;  1N8R M;  1VQL O;  2YZS A;  1YJN L;  1M1K M;  3CME L;  3CCE O;  1Q82 P;  1YJ9 L;  1VQ5 O;  3CCM O;  3GOD A;  1Q7Y P;  3CCS O;  1S72 L;  1VQM O;  1Q82 M;  1VQ6 O;  3CD6 O;  4QDL A;  3CCU L;  5DS5 A;  1Q7Y M;  3I55 O;  1M90 P;  5DLJ A;  3I56 L;  1W2B K;  4W8K A;  3CMA O;  1VQO L;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3I55 L;  3CCL O;  1YI2 O;  1M90 M;  1YHQ L;  1NJI M;  1W2B N;  1JJ2 N;  1VQN O;  5DQT A;  3CPW K;  1VQL L;  1YIJ O;  1KQS K;  3CCE L;  1VQ4 O;  1VQ5 L;  3CCM L;  2QA4 O;  3CPW N;  2QEX O;  1KQS N;  2OTJ O;  3CCS L;  1VQM L;  3G4S O;  1VQ6 L;  3CD6 L;  4WJ0 A;  1YJW O;  3CC7 O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  3CCV O;  3OW2 K;  2OTL O;  1QVF K;  3CMA L;  3CC2 L;  1VQ8 O;  1K73 P;  1VQK O;  4P6I C;  3CCL L;  1YI2 L;  5DS4 A;  3OW2 N;  1QVF N;  1K73 M;  1KD1 P;  1VQN L;  1QVG K;  1Q86 P;  3CCR O;  3G6E O;  3CXC K;  1VQ9 O;  1KD1 M;  1YIJ L;  1VQP O;  4N06 A;  1QVG N;  5FCL A;  1Q86 M;  3CC4 O;  1VQ4 L;  1K9M P;  4XTK A;  3CXC N;  3G71 O;  2QA4 L;  3CCQ O;  1Q81 P;  1K8A P;  1YIT O;  2QEX L;  2OTJ L;  3G4S L;  1YJN O;  1YJW L;  3CC7 L;  1KC8 P;  1K9M M;  3CME O;  1VQ7 L;  1Q81 M;  1K8A M;  1YJ9 O;  5DQZ A;  3CCJ L;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 M;  1S72 O;  3NKD A;  1VQ8 L;  5DS6 A; 
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