1YI2L

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1yi2L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1yi2L01
3CCEL 1M1KM 2OTJL 1YIJL 1VQ4O 3CXCK 1Q82M 1YJ9O 3CXCN 2QEXL 2QA4L 3CC2O 3CCRL 3CCVO 1VQML 3CC7O 3CPWK 1VQ6O 1VQKL 1NJIM 3CPWN 3I55L 1VQOL 1YI2L 3CCLL 1VQ7O 1Q81P 1Q86P 1K8AM 3CC4O 1K73M 1KD1P 1QVGK 3OW2K 3G4SL 3G6EO 1QVGN 1YJNL 3OW2N 1YJWO 1W2BK 3CCJO 1K9MP 3CMEO 3CCSL 1N8RM 3CMAO 1VQ8L 1VQNL 3I56O 3CCUO 3G71L 1VQ5L 1VQLL 1KC8P 1M90P 3CCEO 1VQ9L 3CCMO 2OTJO 1S72L 1YIJO 3CD6L 1JJ2K 1VQPL 2OTLL 2QEXO 2QA4O 1Q82P 1JJ2N 3CCRO 1YHQL 1KQSK 3CCQL 1VQMO 1K9MM 1VQKO 1YITO 3I55O 1W2BN 1VQOO 1YI2O 3CCLO 1VQ4L 1NJIP 1QVFK 1YJ9L 1Q7YP 3CC2L 3CCVL 1K8AP 3G4SO 1K73P 1YJNO 1M1KP 3CCML 3CC7L 1VQ6L 3CCSO 1Q81M 1Q86M 1VQ8O 1VQNO 1VQ7L 3G71O 1KD1M 1VQ5O 1N8RP 1VQLO 1VQ9O 3CC4L 1S72O 1KQSN 3G6EL 3CD6O 1YJWL 3CCJL 3CMEL 1YITL 1KC8M 1VQPO 2OTLO 3CMAL 1M90M 3I56L 3CCUL 1QVFN 1YHQO 1Q7YM 3CCQO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCEL 4W8KA 1M1KM 2OTJL 1YIJL 2YZSA 4N06A 1VQ4O 3CXCK 1Q82M 1YJ9O 3CXCN 2QEXL 2QA4L 3CC2O 3CCRL 3CCVO 1VQML 3CC7O 3CPWK 1VQ6O 1VQKL 1NJIM 3CPWN 3I55L 1VQOL 1YI2L 3CCLL 1VQ7O 1Q81P 1Q86P 1K8AM 5DLJA 3CC4O 1K73M 1KD1P 1QVGK 3OW2K 3G4SL 3G6EO 1QVGN 1YJNL 3OW2N 1YJWO 1W2BK 3CCJO 1K9MP 3CMEO 3CCSL 1N8RM 3CMAO 1VQ8L 1VQNL 3I56O 3CCUO 3G71L 1VQ5L 5DQTA 5DS5A 1VQLL 1KC8P 1M90P 4XTKA 3CCEO 1VQ9L 3CCMO 2OTJO 1S72L 5DQZA 5DS6A 1YIJO 3CD6L 1JJ2K 1VQPL 2OTLL 3NKDA 2QEXO 2QA4O 4P6IC 4WJ0A 1Q82P 1JJ2N 3CCRO 1YHQL 3GODA 1KQSK 3CCQL 1VQMO 1K9MM 1VQKO 1YITO 3I55O 1W2BN 1VQOO 1YI2O 3CCLO 1VQ4L 1NJIP 1QVFK 1YJ9L 5DS4A 1Q7YP 3CC2L 3CCVL 1K8AP 4QDLA 3G4SO 1K73P 1YJNO 1M1KP 3CCML 3CC7L 1VQ6L 3CCSO 1Q81M 1Q86M 1VQ8O 1VQNO 1VQ7L 3G71O 1KD1M 1VQ5O 1N8RP 1VQLO 1VQ9O 3CC4L 1S72O 1KQSN 3G6EL 3CD6O 1YJWL 3CCJL 5FCLA 3CMEL 1YITL 1KC8M 1VQPO 2OTLO 3CMAL 1M90M 3I56L 3CCUL 1QVFN 1YHQO 1Q7YM 3CCQO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCEL 4W8KA 1M1KM 2OTJL 1YIJL 2YZSA 4N06A 1VQ4O 3CXCK 1Q82M 1YJ9O 3CXCN 2QEXL 2QA4L 3CC2O 3CCRL 3CCVO 1VQML 3CC7O 3CPWK 1VQ6O 1VQKL 1NJIM 3CPWN 3I55L 1VQOL 1YI2L 3CCLL 1VQ7O 1Q81P 1Q86P 1K8AM 5DLJA 3CC4O 1K73M 1KD1P 1QVGK 3OW2K 3G4SL 3G6EO 1QVGN 1YJNL 3OW2N 1YJWO 1W2BK 3CCJO 1K9MP 3CMEO 3CCSL 1N8RM 3CMAO 1VQ8L 1VQNL 3I56O 3CCUO 3G71L 1VQ5L 5DQTA 5DS5A 1VQLL 1KC8P 1M90P 4XTKA 3CCEO 1VQ9L 3CCMO 2OTJO 1S72L 5DQZA 5DS6A 1YIJO 3CD6L 1JJ2K 1VQPL 2OTLL 3NKDA 2QEXO 2QA4O 4P6IC 4WJ0A 1Q82P 1JJ2N 3CCRO 1YHQL 3GODA 1KQSK 3CCQL 1VQMO 1K9MM 1VQKO 1YITO 3I55O 1W2BN 1VQOO 1YI2O 3CCLO 1VQ4L 1NJIP 1QVFK 1YJ9L 5DS4A 1Q7YP 3CC2L 3CCVL 1K8AP 4QDLA 3G4SO 1K73P 1YJNO 1M1KP 3CCML 3CC7L 1VQ6L 3CCSO 1Q81M 1Q86M 1VQ8O 1VQNO 1VQ7L 3G71O 1KD1M 1VQ5O 1N8RP 1VQLO 1VQ9O 3CC4L 1S72O 1KQSN 3G6EL 3CD6O 1YJWL 3CCJL 5FCLA 3CMEL 1YITL 1KC8M 1VQPO 2OTLO 3CMAL 1M90M 3I56L 3CCUL 1QVFN 1YHQO 1Q7YM 3CCQO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCE L;  1M1K M;  2OTJ L;  1YIJ L;  1VQ4 O;  3CXC K;  1Q82 M;  1YJ9 O;  3CXC N;  2QEX L;  2QA4 L;  3CC2 O;  3CCR L;  3CCV O;  1VQM L;  3CC7 O;  3CPW K;  1VQ6 O;  1VQK L;  1NJI M;  3CPW N;  3I55 L;  1VQO L;  1YI2 L;  3CCL L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1Q86 P;  1K8A M;  3CC4 O;  1K73 M;  1KD1 P;  1QVG K;  3OW2 K;  3G4S L;  3G6E O;  1QVG N;  1YJN L;  3OW2 N;  1YJW O;  1W2B K;  3CCJ O;  1K9M P;  3CME O;  3CCS L;  1N8R M;  3CMA O;  1VQ8 L;  1VQN L;  3I56 O;  3CCU O;  3G71 L;  1VQ5 L;  1VQL L;  1KC8 P;  1M90 P;  3CCE O;  1VQ9 L;  3CCM O;  2OTJ O;  1S72 L;  1YIJ O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  1VQP L;  2OTL L;  2QEX O;  2QA4 O;  1Q82 P;  1JJ2 N;  3CCR O;  1YHQ L;  1KQS K;  3CCQ L;  1VQM O;  1K9M M;  1VQK O;  1YIT O;  3I55 O;  1W2B N;  1VQO O;  1YI2 O;  3CCL O;  1VQ4 L;  1NJI P;  1QVF K;  1YJ9 L;  1Q7Y P;  3CC2 L;  3CCV L;  1K8A P;  3G4S O;  1K73 P;  1YJN O;  1M1K P;  3CCM L;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3CCS O;  1Q81 M;  1Q86 M;  1VQ8 O;  1VQN O;  1VQ7 L;  3G71 O;  1KD1 M;  1VQ5 O;  1N8R P;  1VQL O;  1VQ9 O;  3CC4 L;  1S72 O;  1KQS N;  3G6E L;  3CD6 O;  1YJW L;  3CCJ L;  3CME L;  1YIT L;  1KC8 M;  1VQP O;  2OTL O;  3CMA L;  1M90 M;  3I56 L;  3CCU L;  1QVF N;  1YHQ O;  1Q7Y M;  3CCQ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCE L;  4W8K A;  1M1K M;  2OTJ L;  1YIJ L;  2YZS A;  4N06 A;  1VQ4 O;  3CXC K;  1Q82 M;  1YJ9 O;  3CXC N;  2QEX L;  2QA4 L;  3CC2 O;  3CCR L;  3CCV O;  1VQM L;  3CC7 O;  3CPW K;  1VQ6 O;  1VQK L;  1NJI M;  3CPW N;  3I55 L;  1VQO L;  1YI2 L;  3CCL L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1Q86 P;  1K8A M;  5DLJ A;  3CC4 O;  1K73 M;  1KD1 P;  1QVG K;  3OW2 K;  3G4S L;  3G6E O;  1QVG N;  1YJN L;  3OW2 N;  1YJW O;  1W2B K;  3CCJ O;  1K9M P;  3CME O;  3CCS L;  1N8R M;  3CMA O;  1VQ8 L;  1VQN L;  3I56 O;  3CCU O;  3G71 L;  1VQ5 L;  5DQT A;  5DS5 A;  1VQL L;  1KC8 P;  1M90 P;  4XTK A;  3CCE O;  1VQ9 L;  3CCM O;  2OTJ O;  1S72 L;  5DQZ A;  5DS6 A;  1YIJ O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  1VQP L;  2OTL L;  3NKD A;  2QEX O;  2QA4 O;  4P6I C;  4WJ0 A;  1Q82 P;  1JJ2 N;  3CCR O;  1YHQ L;  3GOD A;  1KQS K;  3CCQ L;  1VQM O;  1K9M M;  1VQK O;  1YIT O;  3I55 O;  1W2B N;  1VQO O;  1YI2 O;  3CCL O;  1VQ4 L;  1NJI P;  1QVF K;  1YJ9 L;  5DS4 A;  1Q7Y P;  3CC2 L;  3CCV L;  1K8A P;  4QDL A;  3G4S O;  1K73 P;  1YJN O;  1M1K P;  3CCM L;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3CCS O;  1Q81 M;  1Q86 M;  1VQ8 O;  1VQN O;  1VQ7 L;  3G71 O;  1KD1 M;  1VQ5 O;  1N8R P;  1VQL O;  1VQ9 O;  3CC4 L;  1S72 O;  1KQS N;  3G6E L;  3CD6 O;  1YJW L;  3CCJ L;  5FCL A;  3CME L;  1YIT L;  1KC8 M;  1VQP O;  2OTL O;  3CMA L;  1M90 M;  3I56 L;  3CCU L;  1QVF N;  1YHQ O;  1Q7Y M;  3CCQ O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCE L;  4W8K A;  1M1K M;  2OTJ L;  1YIJ L;  2YZS A;  4N06 A;  1VQ4 O;  3CXC K;  1Q82 M;  1YJ9 O;  3CXC N;  2QEX L;  2QA4 L;  3CC2 O;  3CCR L;  3CCV O;  1VQM L;  3CC7 O;  3CPW K;  1VQ6 O;  1VQK L;  1NJI M;  3CPW N;  3I55 L;  1VQO L;  1YI2 L;  3CCL L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1Q86 P;  1K8A M;  5DLJ A;  3CC4 O;  1K73 M;  1KD1 P;  1QVG K;  3OW2 K;  3G4S L;  3G6E O;  1QVG N;  1YJN L;  3OW2 N;  1YJW O;  1W2B K;  3CCJ O;  1K9M P;  3CME O;  3CCS L;  1N8R M;  3CMA O;  1VQ8 L;  1VQN L;  3I56 O;  3CCU O;  3G71 L;  1VQ5 L;  5DQT A;  5DS5 A;  1VQL L;  1KC8 P;  1M90 P;  4XTK A;  3CCE O;  1VQ9 L;  3CCM O;  2OTJ O;  1S72 L;  5DQZ A;  5DS6 A;  1YIJ O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  1VQP L;  2OTL L;  3NKD A;  2QEX O;  2QA4 O;  4P6I C;  4WJ0 A;  1Q82 P;  1JJ2 N;  3CCR O;  1YHQ L;  3GOD A;  1KQS K;  3CCQ L;  1VQM O;  1K9M M;  1VQK O;  1YIT O;  3I55 O;  1W2B N;  1VQO O;  1YI2 O;  3CCL O;  1VQ4 L;  1NJI P;  1QVF K;  1YJ9 L;  5DS4 A;  1Q7Y P;  3CC2 L;  3CCV L;  1K8A P;  4QDL A;  3G4S O;  1K73 P;  1YJN O;  1M1K P;  3CCM L;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3CCS O;  1Q81 M;  1Q86 M;  1VQ8 O;  1VQN O;  1VQ7 L;  3G71 O;  1KD1 M;  1VQ5 O;  1N8R P;  1VQL O;  1VQ9 O;  3CC4 L;  1S72 O;  1KQS N;  3G6E L;  3CD6 O;  1YJW L;  3CCJ L;  5FCL A;  3CME L;  1YIT L;  1KC8 M;  1VQP O;  2OTL O;  3CMA L;  1M90 M;  3I56 L;  3CCU L;  1QVF N;  1YHQ O;  1Q7Y M;  3CCQ O; 
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