1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
4U67L 4UY8O 1YJ9N 3G4SN 1YHQN 1YITN 3CMEN 4IO9L 4WFBL 2ZJPL 1VQNN 1Q82O 3J7ZO 3CPWM 1N8RO 2QA4N 4WF9L 1QVFM 1VQ6N 3CF5L 5GAHP 1KD1O 1W2BM 1VQLN 4WCEL 1VQ8N 4WFNL 1VQKN 1VQMN 3CCQN 5H1SQ 4WFAL 2ZJQL 1OVYA 1YJNN 3CD6N 3CCMN 2QEXN 1YI2N 3CC2N 1K9MO 5MLCQ 1YIJN 1M1KO 4IOCL 2ZJRL 3I56N 5GAGP 1VQ5N 5DM7L 1M90O 1VQ4N 5DM6L 1VQ9N 3CCRN 2OTLN 3CCEN 3CCSN 1NJIO 1KQSM 1YJWN 4IOAL 3DLLL 1Q7YO 1VQON 3CCJN 3CC7N 5GADP 3PIOL 3CCUN 3PIPL 3CCVN 3G6EN 1VQPN 3G71N 1Q81O 3OW2M 5GAEP 1K8AO 3CCLN 1JJ2M 1VQ7N 3I55N 1ILYA 1QVGM 1S72N 5JVHL 1KC8O 3CC4N 2OTJN 1K73O 1Q86O 3CMAN 3CXCM 5JVGL 5HL7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B1WB 4CECA 1WLJA 3A5OC 3NF6A 4C23A 3P4IA 4DSJA 4C8LA 2VQEK 3DYAA 3IRXA 4CZLA 4JV5K 2Q1NA 2OPQA 4LH5A 4B1ZA 4JKCA 4GVEA 4DV5K 5AZIA 4JI4K 5AFUH 3DLGA 1GLLO 3KLIA 1D9DA 4FVMA 3VA0A 1JLFA 3SJJA 4KI4A 2A6AA 4O4GA 4DQPA 3O5BA 5LJVA 4BRDA 1CZ9A 3A8YA 2RF2A 4KHQA 4CI6A 3C6TA 5HP1A 1Z25A 3QINA 3THYA 3SNNA 1NKEA 4BR5A 3L2RA 5AQRA 1VQMN 3G0ZA 4XEIA 1V4TA 4KHSA 4E7JA 3BZKA 3CJBA 4MO4A 1WUAA 4EP5A 1NGAA 3WXKA 2FBVA 5AZIB 3THXA 3U8XA 4OX9K 4DUYK 3O9QA 4B1YB 1WSHA 2WFBA 1S6PA 5AQFA 3KK7A 4AH9A 3SPZA 1NK7A 4BACA 4JK8A 3AGKA 3THYB 1M90O 1NNEA 3LANA 3FE1A 4E1NA 1KVCA 3KK3A 1IKWA 4KHUA 1C0GA 4IG3A 2VGMA 3ENBA 3TAQA 4Z4FA 3JS6A 2IVNA 3CJ1A 4DQRA 4CJTA 3THXB 4LF6K 1BIZA 4J2AA 1NGIA 1JXEA 3VGKA 3O9SA 4QS8A 2QW9A 2O8FA 3BZCA 1U48A 3MDQA 1QQOA 2A41A 4CF0A 1X3MA 1GLDG 3PUFA 4C1NK 1IKXA 2V7ZA 1NGDA 1W0HA 4DQ8A 1A5XA 2HBKA 1XC9A 3WXJA 3SQ4A 3NF7A 1NKBA 2HB5A 2VG5A 2O8FB 4GVMA 4KHNA 4JKAA 4JD2B 4O5BA 1GLJO 3AAPA 2YJFA 4AF1A 2VWKA 5M1FA 4DSEA 3AA4A 4O8KA 1HYSA 3CMEN 4CE9A 1OH7A 1IBLK 3VA3A 4K8XA 2VQFK 3QIPA 3NH1A 4PL8A 3U9DA 3NDKA 3H3OB 4H0XB 4CGIA 2G8UA 5AQPA 4JHDA 4J2EA 1ZC6A 1JCEA 4RW6A 5JLFA 1YTUA 4YOWA 1NMNA 2QA4N 3LM2A 4B3TK 4FW2A 4LD0A 4JAXA 1CXUA 4CZEA 1T05A 1QQMA 3WEEA 1VQLN 2YI1A 1XC3A 1NGGA 1NK9A 3J7AP 5KI6A 4WFAL 2XY8A 4PWDA 3T1HK 2F96A 4ILJA 3CQYA 3EE8A 3QFUA 4R79A 2O8CA 2PYJA 1ZXOA 1C1CA 3ASMA 3NCIA 5AQTA 3VF2A 4A5BA 3TARA 1M1KO 3AVAA 1NJWA 3LDPA 3O08A 3WEEB 1XNRK 1P90A 4BC5A 2BDPA 3KHYA 4CEFA 1NJZA 5HLFA 3QFPA 3TU5A 5KQ8A 2V51B 3FZKA 3VTHA 3VEWA 4ZTFA 3ZSQA 1TGOA 4EZ6A 2Q97A 3MEEA 1IBKK 3CCVN 4OKKA 4E0DA 2WTUA 3B6PA 4OLAA 2O8BA 1S3XA 3LAKA 4CEBA 4FXDA 3CFRA 3NBPA 4H0PA 4FJIA 1S72N 1SV5A 1O13A 1Z05A 3CC4N 2OTJN 2P9IB 2O4GA 1K73O 2E2QA 4BRCA 3TANA 3VQ7A 3D6RA 5EX5A 2FSJA 3AV9A 4CJQA 4Q0BA 5FROA 1QE1A 4IJAA 2O8BB 4O0JA 5E26A 5M1QA 1NKCA 4J8FA 4JI7K 4LFCK 4ILHA 3FFKB 3EN9A 3QNNA 4ELUA 4KAZA 5AQOA 1SS6A 2IAJA 3HBTA 3LPUA 1JLCA 1U04A 4KV8A 1VRUA 3RRHA 1XNQK 4H0VB 1BQNA 2UU9K 4PKHA 2QWMA 4NO7A 4OKEA 2OZMA 4LFBK 3NH0A 2NRRA 5EOYA 4GV9A 3RMAA 4FWOA 3LDNA 3R1XA 1TV6A 3CQ8A 1U2VB 1HQEA 4B9QA 3ZSRA 2IGIA 3MECA 3KKSA 2UUCK 3QB0A 1TK0A 2B5JA 5C10A 4QOZB 2UYTA 1RBRA 1J53A 4JI3K 5FPNA 1TK8A 3CJ7A 3K58A 4K41A 3HK2A 5BPNA 4CHQA 5CZ1A 1GLCG 3O9UA 4AHTA 2ZE2A 4BC3A 4G9ZA 3PY8A 3FZMA 2VG6A 1U4BA 3DXMA 4O44A 1UAXA 3ZEUA 3KLFA 1RTDA 5AQZA 3BUZB 1I3AA 2KQ2A 3VQEA 2KTQA 3C95A 2FLOA 3CCLN 3PO5A 5SZTA 1EO1A 3OJUA 5LY3A 2NLXA 1MU2A 2DTUA 3C7NB 1S1VA 2YJEA 4Z4HA 5HRSA 1SKRA 4FLYA 3HPHA 1FXXA 4GKKK 4KH6A 4DU1A 5BPLA 4FJXA 1T6DA 1EX4A 2HHTA 4LSLA 4LY7A 3CXCM 4CJEA 3DXMB 3ZEUB 4OPAA 2ZGZA 5EU7A 3D45A 2CGLA 2OPRA 4FWRA 3QETA 4B1XB 3G4SN 4JKBA 4CZGA 5LMUK 1RILA 1LOTB 2CH6A 1KVAA 5J2QA 3QIOA 3PSIA 4PKGA 4KRFA 4ID1A 3QBXA 2E8AA 3E9OA 4FLZA 3NH2A 4DV6K 3AO4A 2HOEA 1RGIA 4F2RA 1KXPA 1YXQA 4O5FA 3K9KA 1VQKN 5CZ2A 3S3MA 2P9SA 2OA8A 4OLBA 1NM1A 3G10A 1YJNN 2NRZA 3TABA 4F3OA 3ATVA 3AVKA 2EWSA 4FWNA 2RKIA 3M8RA 4CFCA 3QESA 4NCAA 2KKZA 4IFEA 1RT5A 2HBLA 2ZGYA 4IO8A 2QTDA 2JLEA 2WOMA 4KHYA 1KRPA 3OA9A 4M3UA 1S6QA 3V1QA 4NCGA 3QBWA 3TWHA 1EKEA 4FJLA 3S3OA 4IBNA 5BR9A 3QDKA 2W40A 3F5TA 4JS5A 1X9SA 3OS2A 2P9SB 3HM8A 4IEEA 2ITMA 3NVKA 1YJWN 4NLCA 3C65A 5JLHA 4OO1J 2UXBK 3RSEA 2KW4A 3KZBA 4FPBA 1KAYA 4FL9A 4K25A 4CFAA 1WAJA 4I9LA 3PIOL 3AVHA 1N34K 1ZBLA 3N4PA 4H5WA 5KGXA 4E7KA 1NK0A 1KSPA 4B08A 2WONA 4NB4A 4B9LA 4HTUA 3VN5A 4RCHA 4ZHRA 3HOTA 3S3NA 3ULDA 4GY2B 4CGHA 3RSEB 3FFIA 3NHGA 5LL6Z 1JLBA 4CGDA 5CE3A 1VK0A 1KTQA 4LF7K 2HSTA 3MCPA 3LZJA 4M3XA 4BE2A 5HL7L 3HJFA 3SBTA 3P31A 1J5EK 2VCPA 4AM6A 1NOYA 4CEOA 1SQKA 4GV3A 3CERA 3M8QA 3V9WA 5TKWA 4BR9A 1E4GT 1YHQN 2JWKA 1A5WA 4W5QA 3OYLA 4YHHK 3ZX3A 2YKNA 3MXIA 1HKBA 3CETA 4CZJA 3J7YP 4MDBA 4YORA 3MN9A 4JI5K 3H08A 5EXWA 5C42A 4DR7K 1NK8A 3SK3A 5F1XA 2D1KA 4CEEA 5ADXH 3ZSVA 3SQ1A 2QWOA 3VQ6A 1VQ8N 4KHWA 2ZJQL 5GINA 1NOZA 4CJFA 2ETJA 2XY7A 3WNHA 4DU4A 1WNSA 2GWJA 4FWQA 3PLAA 1LAWA 4BRFA 3VF6A 3U6FA 2NRWA 4FZYA 1RT7A 2LSNA 4FPAA 3UKRB 1RDDA 1VQ9N 2QWQA 3EKSA 1CXQA 3TPQA 3KWGA 3V1OA 2Q36A 4FJJA 4HVJA 1ATRA 2FC0A 4YOYA 3SCXA 1QSSA 3AGRA 2IIRA 1HKCA 2P51A 4CIEA 3ISNC 3VQQA 4CJUA 3CJCA 2W6LA 1RNHA 3ITHA 3AVJA 3VMFB 1HNWK 3V9UA 5J2PA 4M7XA 3AY9A 1OVQA 1REVA 4BR0A 1Q9XA 5HRNA 3GBTA 2P9UB 2VGNA 4DF4A 3CPEA 4NYNA 5HRPA 4DR6K 5KRTA 3O8MA 4IDHA 3U9ZA 4GKJK 5BRHA 3QEPA 3HZ6A 5GIOA 3LPTA 3F2KA 2Z1IA 3LALA 4CHZA 2ITGA 5F0XA 1C0UA 4CVNE 2KFZA 4CJPA 3OYFA 5JVGL 1WBBA 3O4QA 4RG8A 5CR4A 5F2RA 4DQQA 4KO0A 1GLEG 4FJNA 1GOBA 3L6QA 3IFRA 1CLQA 2I7NA 4M3TA 1RT4A 5AQGA 2PYLA 1QZ6A 1QSYA 4IO9L 4WFBL 1JLGA 3HL8A 5AQHA 1YTAA 2O8EA 3K59A 3TAPA 1C0FA 1VQNN 5CY4A 2X6SA 1MA9B 4JKHA 2E88A 4CZMA 3SMPA 3MMVA 2AA4A 4JYAK 3QMLA 1BO5O 4AM7A 4BG9A 4CK2A 3V81A 4YOTA 5J2NA 3D2EA 4PQUA 1S1TA 1K8KB 1O1WA 3RWUA 3LL3A 4PKIA 3VEYA 4FCYA 2QWRA 4X64K 4FLXA 3CCQN 1NGHA 5H1SQ 2O8EB 4WQ5C 4CCHA 3MXMA 1K9MO 2RN2A 3AO5A 4M45A 2RPIA 4B8CA 4CEDA 2OZSA 1MWMA 4KPYA 1S9EA 1YIJN 2HW3A 3D2EB 3ZX2A 4CHYA 3M3ZA 1VSHA 2DPNA 4H8KA 4ICLA 2HHVA 3EL2A 3SAGA 1JLEA 1ASWA 3QNOA 4ISFA 2PFUA 3J81O 1RTIA 4ID5A 4DMNA 3A0IX 1FK9A 2QM1A 4PY5A 3CJAA 1RBSA 1SL1A 4WE1A 4FM2A 4BDPA 4JRPA 4CHOA 3CC7N 2YV0X 2QI2A 1JL2A 3ZCMA 4JN4A 2D5RA 3K57A 1A5VA 4I2PA 1G15A 1N36K 1S1WA 4KB1A 3ZT0A 1QSLA 1QVGM 4CBXA 4F3TA 4ZTJA 1SAZA 1TUUA 4FK0A 1GLFO 5IWAK 3T69A 4FLVA 2BE2A 4BG8A 2YHXA 2W42A 1QZ5A 3WXLA 5KPTA 3SAHA 4QS9A 3R3LA 4W5NA 4C8KA 2AP1A 3K5OA 3QEIA 4DKWA 4FJGA 4DSIA 4MO5A 4MQ3A 1NMDA 4N56A 4JKFA 2F7TA 3TAEA 4A62A 1DKGD 4BRKA 1BI4A 1EWRA 1YVNA 4B9SA 2DFFA 1C0MA 1JL1A 2ZQBA 3QLHA 5AQKA 1HKGA 1BHLA 3M8PA 4DFPA 2X74A 5AFUA 4CK1A 4C8MA 2H3GX 4CJKA 4CJ7A 4A2AA 3MEGA 2HHWA 1R0AA 4BRGA 1FKPA 3SBGA 4W5OA 1FKOA 4J2BA 1YF5L 3L8BA 4DSLA 4IZ9A 3O1BA 1IKYA 3LP1A 2NRHA 1ATNA 1BI4B 4NCBA 3UB5A 4WQ4C 4CW7B 1DGKN 3ATUA 4KH4A 1T8EA 2J4RA 4DU3A 3SQ2A 1TUYA 2YCHA 4B3SK 3MWTA 4B3OA 2YHYA 4MLHA 2BTFA 2PBDA 3DLEA 4LF5K 4Z4IA 4BRQA 2QWLA 1UOCA 5BPMA 4PHTX 1S5JA 3RTVA 3SZ2A 3V4IA 4CD1A 1OH8A 4FJ8A 3SYZA 3OYDA 4DTXA 4EHTA 1GLAG 4F4KA 2BGGA 3RR7A 2PY5A 1XWLA 3IDHA 3KK1A 1BU6O 5AQIA 1KCFA 4JHDB 4M63C 1LW0A 3HSTB 3VEOA 4X66K 2CGJA 1LCUA 4G1QA 4B3RK 2W41A 4LFAK 4BRPA 4O0IA 4H5NA 3DAWA 3ENOA 4W5RA 3C94A 1QQNA 3SUPA 3AVFA 3JAMO 4KREA 4X65K 3TAFA 1JJ2M 3O1WA 4BY9C 1D5AA 3P39A 4M42A 2NRXA 5JVHL 4FWKA 4BRLA 1ZBSA 4LF4K 2O8CB 4L3QA 4BC4A 1IO2A 4IKFA 3K2PA 3EE9A 2E2OA 3OYAA 2VWJA 4JKDA 1G99A 1NGBA 1EP4A 4CJLA 1BQMA 1WOQA 2EHGA 1KFDA 4FLUA 1I39A 1VSKA 3EO3A 3MX5A 1XQSC 3P1GA 4ISEA 5GIPA 1RDUA 2I5JA 3ZT4A 2NRVA 1NU0A 2QKBA 5C24A 3IKMA 3MN6A 3SAFA 5E41A 3OTOK 3I0RA 3NAEA 2QWPA 3AO1A 1GOCA 4B8AB 4CF1A 5JMVA 2F8SA 1BDGA 4QCLA 5HBMA 3OYKA 1QTMA 3AA2A 1HLUA 1TK5A 2ZWHA 3ID6A 3M5RA 4PL7A 3TAGA 1WSEA 5AQQA 1D4XA 3DJCA 4E19A 2KLAA 3I8DA 1H1VA 2BUPA 1RBUA 3HTVA 2HMPA 2X6NA 4FWSA 1B9FA 3OS0A 4RW8A 4BRAA 3HRGA 3ZT2A 1P8ZA 1EQYA 4CK3A 2OCEA 4DSKA 5J1EA 3L0QA 3F73A 1HYVA 4YOXA 2AJQA 4Q5VA 4CF9A 2HHSA 3Q7CA 4Z94A 3DRRA 1Q7YO 1ZBIA 4LSNA 3KLEA 1KVBA 1VQON 1IKVA 1I94K 3PV8A 2E6MA 2FBYA 4CEAA 1TL3A 1VQPN 3P83D 3L2VA 5GAEP 4X62K 4GMJB 3GG4A 5FRNA 1BWFO 1HNVA 4BQZA 4JEPA 3I55N 1ZBUA 3DWLA 3EZWA 4BREA 3CI5A 4BWMA 3SUNA 3EYZA 1TKTA 4CBUA 2GELA 3LAMA 4BGAA 3LP2A 2P5OA 2VG7A 3HP9A 2DFHA 3D2FA 2D0BA 3MXJA 3VENA 1L5UA 4BRIA 4N41A 3DLRA 3R6MA 3L4QA 1UA1A 4U67L 2Y1JA 4YY3K 5DMRA 3ZSYA 3GE1A 3THVA 1OH5A 2ASMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U67 L;  4UY8 O;  1YJ9 N;  3G4S N;  1YHQ N;  1YIT N;  3CME N;  4IO9 L;  4WFB L;  2ZJP L;  1VQN N;  1Q82 O;  3J7Z O;  3CPW M;  1N8R O;  2QA4 N;  4WF9 L;  1QVF M;  1VQ6 N;  3CF5 L;  5GAH P;  1KD1 O;  1W2B M;  1VQL N;  4WCE L;  1VQ8 N;  4WFN L;  1VQK N;  1VQM N;  3CCQ N;  5H1S Q;  4WFA L;  2ZJQ L;  1OVY A;  1YJN N;  3CD6 N;  3CCM N;  2QEX N;  1YI2 N;  3CC2 N;  1K9M O;  5MLC Q;  1YIJ N;  1M1K O;  4IOC L;  2ZJR L;  3I56 N;  5GAG P;  1VQ5 N;  5DM7 L;  1M90 O;  1VQ4 N;  5DM6 L;  1VQ9 N;  3CCR N;  2OTL N;  3CCE N;  3CCS N;  1NJI O;  1KQS M;  1YJW N;  4IOA L;  3DLL L;  1Q7Y O;  1VQO N;  3CCJ N;  3CC7 N;  5GAD P;  3PIO L;  3CCU N;  3PIP L;  3CCV N;  3G6E N;  1VQP N;  3G71 N;  1Q81 O;  3OW2 M;  5GAE P;  1K8A O;  3CCL N;  1JJ2 M;  1VQ7 N;  3I55 N;  1ILY A;  1QVG M;  1S72 N;  5JVH L;  1KC8 O;  3CC4 N;  2OTJ N;  1K73 O;  1Q86 O;  3CMA N;  3CXC M;  5JVG L;  5HL7 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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