1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
1OVYA 1VQMN 3I56N 1VQ7N 1YITN 4WFBL 3CCSN 3G6EN 3OW2M 3I55N 1Q86O 2ZJQL 1VQ8N 5MLCQ 1K9MO 3CPWM 5GAHP 4WCEL 5GAGP 3CF5L 4IOCL 3CCRN 1Q81O 1K73O 3CD6N 4WFAL 1VQ6N 5GAEP 3CXCM 3DLLL 1VQNN 1VQ4N 1JJ2M 3CCQN 1KC8O 5DM6L 1Q82O 3CCLN 5JVGL 4U67L 1QVFM 1Q7YO 1YIJN 1M90O 1VQLN 3PIPL 4WF9L 3PIOL 1VQKN 1YJ9N 3CCEN 4IO9L 3CMAN 4UY8O 1VQON 3CC2N 5H1SQ 2ZJRL 5HL7L 1NJIO 3J7ZO 3CC4N 3G71N 1S72N 5GADP 3G4SN 1YI2N 1W2BM 1QVGM 2OTJN 1VQ5N 1VQ9N 1YHQN 2QA4N 5JVHL 3CCVN 3CCUN 4WFNL 3CCMN 2ZJPL 1N8RO 1M1KO 2QEXN 1VQPN 3CC7N 4IOAL 2OTLN 3CMEN 3CCJN 1YJNN 1ILYA 1K8AO 1YJWN 5DM7L 1KD1O 1KQSM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASUA 1JL1A 2P9IA 2YCHA 4JD2A 1DTQA 2F8SA 5F1XA 4JKFA 4H4MA 3DLEA 3WUHA 2FSNA 1HUXA 1VQ8N 4DF4A 3TU5A 1QSLA 3FZKA 3O80A 4IZ9A 4DV1K 5FRNA 2YJFA 5CYMA 1L5UA 1QQNA 2X6SA 2HHWA 4B8CA 1XMOK 4Z94A 2PAVA 4FJKA 4MQ3A 3O3HA 1XHXA 1LWCA 2Y1JA 4CZGA 3AVHA 4BDYA 2D0CA 3TSPA 1F21A 3EN9A 3K0SA 2HW3A 4BR7A 1ATNA 4IXCA 1QVFM 3VF4A 4WF9L 4BDPA 1BI4A 4OX9K 1GOCA 5AQVA 3LPUA 4JKBA 5AZIB 3N4PA 5KPTA 5FRMA 3SI6A 3MCAB 4H0VB 3T69A 5AQXA 1TAUA 1BIZA 1FXXA 3G4SN 1D9DA 2I5JA 3AVFA 4XH5A 4GKKK 3AY9A 3KLIA 4CGGA 3MN6A 3AVBA 1IKVA 4CF8A 3C65A 4AM7A 3DJCA 5EU7A 5AQSA 4DUZK 1ZBSA 4F3OA 5KGWA 4CHPA 1XUPO 4BROA 1TYQB 3SMPA 4NYFA 4CFDA 4HCBA 2A1SA 5HP1A 4F4KA 3SAFA 5J1EA 1QZ5A 3HJFA 1NNEA 1W0HA 3VQAA 3O1BA 3ALYA 3ZSOA 3IUCA 1VRUA 3ATVA 1YJNN 3QNNA 5DM7L 5J2NA 1YJWN 1KD1O 3IKMA 1VQ7N 4PA1A 5LL6Z 5FPNA 2A41A 1SV5A 1T03A 4C8LA 1HR0K 3V81A 4YY3K 1GOBA 3LANA 3G25A 4EHTA 1NK6A 2KLAA 5JLFA 3OYBA 1SL0A 4GKJK 4A57A 1QS4A 3PLAA 1NGBA 3VTIA 3AARA 4FK4A 4JS5A 2OPSA 3C6UA 4LF6K 5C25A 4BRKA 3ZX0A 4FWKA 1T44A 4LFCK 3AVMA 4CHNA 2O8FB 3ULEB 3IG1A 4F2RA 3L2VA 3PO4A 4YOVA 3MN7A 4I6MA 2R7YA 4DR2K 1BCOA 1QZ6A 5B8HA 1ZBFA 2ETJA 4ELTA 5FROA 2IC3A 4OKJA 3R3LA 4BRFA 4FLYA 4ZTFA 3CFPA 3I0SA 1KCFA 1LW2A 1RT7A 4HUEA 1C0FA 5AQMA 4JI7K 1ZBLA 3EEQA 3L2UA 2WBNA 4JYAK 1C0TA 3QLHA 3CFRA 4EIAA 3TAFA 2DFFA 2CGKA 3VQBA 2YNGA 5JS2A 1RDWX 2PYJA 4Z4GA 3WNFA 1S9GA 1K6YA 4KPYA 2HHVA 4KAZA 4BRCA 4JI2K 3SBTA 4XH1A 5BRFA 1BU6O 3RVCA 4CEEA 5K14A 3DYAA 3J80O 1ZYQA 1NGCA 1OKJA 3E66A 3NF8A 3O6WA 3NE6A 3TARA 1S1VA 4B9TA 1SKRA 1HNVA 4JRPA 3PSFA 1YVUA 3R1XA 4FCYA 2FLOA 3QMLA 2FC0A 3MWTA 1CZ9A 4DU1A 2KFZA 4UQGA 2HHQA 4KTWA 3SAHA 3WXLA 2UU9K 3SQ1A 3H1QA 4NLCA 3C7NA 5AQKA 1HJRA 1BGXT 1E4GT 3SZ2A 4CZLA 4LSLA 4W5NA 3A0IX 2ZM6K 4BC5A 3DLGA 4DS5A 5HBMA 5AQPA 3M3ZA 3KK2A 4BWJA 4CJWA 3F2KA 1N32K 1FW6A 1J6ZA 3CJBA 4BC2A 1BDGA 3RRHA 4W5QA 1Q81O 1ATRA 4E1JA 4DCHA 1FJGK 4IBNA 3LALA 4OVLA 3RR7A 1C1AA 3Q7BA 4LSNA 1NWKA 4KHSA 4O44A 1YVNA 5M1FA 1VAZA 2CGLA 4FXDA 5AQLA 2QM1A 3O3FA 1BUPA 3HPHA 3OYMA 3THYB 1VSHA 4C8KA 3ZT4A 3OYHA 2P9UA 3VA3A 3CC2N 2BANA 3OVNA 3NHGA 1NOYA 3OYAA 5HL7L 3D6RA 3LM2A 2NLXA 4B1ZA 4MO5A 3E1YA 1EP4A 1S72N 4J2BA 3D7EO 1NJXA 1N33K 3V9XA 1GLBG 3KVGA 1DTTA 2Q97A 3FR0A 3V9SA 3QEWA 5EOYA 5FLXO 3SMSA 3T1AA 3AV9A 4ISGA 4KHYA 2IIRA 1TVRA 3EY1A 4E7HA 3VF6A 1RTJA 1KVBA 1IBMK 5CYQA 1ZBHA 2GBZA 3VMFB 3R8EA 1CXUA 5E84A 2F96A 1XWLA 1A5XA 4OLBA 1GOAA 1LWEA 3ZCMA 1IG8A 1VSKA 3VQ7A 1KQSM 3JAMO 3H46O 3THXB 1BA1A 2O4GA 3VQ4A 3L4QA 3B8AX 3VQEA 1NBWA 3R9PA 5CZ2A 5I42A 3F9MA 3LAKA 1X3NA 2KZMA 4DQSA 4CD1A 1N5YA 1B92A 3QINA 3H3OB 1J5OA 4GV6A 1GLLO 2HBKA 3GG4A 5GAEP 1HYZA 1JJ2M 4QS7A 4BQZA 4DFKA 4IFEA 5SWMA 4IWVA 1U45A 2OPPA 5EY4A 4BRIA 4O4GA 4FLZA 1NKBA 1QTMA 1GLAG 2IAJA 3BZKA 1OH6A 1UOCA 3CQYA 4CJUA 1NJYA 1EXQA 4CF2A 2YX6A 2VG5A 4BR5A 4YHHK 2EX3A 3D2EB 4WQ5A 1S6PA 2GUIA 3MMVA 2G8VA 2VYPA 5EVZA 5H1SQ 4IEEA 2G8HA 2ITMA 1P8ZA 4X66K 4CZMA 4FJJA 5AQTA 2A6AA 4JS4A 1XI1A 2IOCA 2VWBA 3DXKB 1MA9B 3C94A 4KBOA 2O8DA 4JRQA 3A5OC 1YI2N 2PYLA 2RKIA 4C8OA 2OTJN 4A61A 2GELA 4YNQA 3ZEUB 3S3MA 3SCXA 1JCFA 1QQOA 1QQMA 3H6EA 4XEIA 4CGFA 1XC9A 3NVKA 3L2RA 3C6AA 4B9UA 3PSIA 4CBXA 4F9OA 4DTOA 4GY2B 4BR9A 4W5OA 4WFNL 5AQGA 3M8QA 2NRZA 3ZT1A 4CJ3A 2JGUA 1ZXOA 5C2FA 3KLGA 1HMVA 2QEXN 3D2EA 2CGJA 1C6VA 1I94K 3DLHA 5IT9O 2P9UB 4RG8A 4WFBL 4DSJA 4CJ5A 2O8CB 1WN7A 3K5NA 1XMQK 3NGIA 4CI6A 3M8SA 1Q86O 4F2SA 4FWSA 2XRIA 2BUPA 4O8UA 2G8WA 4CZIA 2HNDA 3MEDA 1NGGA 4MDBA 2NNWA 1KXPA 1CXQA 3CD6N 1IG9A 4LF4K 4WFAL 1YF5L 4IFYA 5LMUK 4OO1J 4BE1A 4MLHA 3AVNA 4CEFA 4B9NA 3VGMA 4IKFA 3OYGA 3WEEB 1Q82O 2XY7A 1RT4A 4IOXA 1LWFA 4CFAA 2J4RA 1U04A 1ESVA 1VSDA 3K9JA 4CGJA 3Q7CA 4FLWA 1KFSA 2X74A 4B3RK 3K5MA 5LMNK 3B6PA 4DV2K 3CMAN 3MECA 3TAEA 4AHCA 5JLHA 2HBLA 2NZTA 3KKRA 3NVMA 3VQCA 1YAGA 3R6MA 4E7JA 3WNGA 2QWNA 4ILGB 1LOTB 1SZ2A 3HYFA 4AH9A 3L8BA 4XIUA 4MLEA 3L6QA 1WSFA 2P9NB 4H0TB 4CF0A 4DS4A 4BC3A 1BO5O 3P1GA 4B1WB 1C1CA 3ZX3A 5AQNA 1TYQA 1K8KB 4JEPA 4N41A 4Z4FA 1QHTA 3CCVN 3AO4A 3A5NC 4O5BA 3NGZA 3WT0A 3EYZA 1IBKK 4EP4A 1ZBIA 3LDSA 3U8XA 1M1KO 3T1YK 3AA3A 3QBXA 4K25A 1NM1A 1NGEA 3CPEA 4OPAA 3CC7N 2YKNA 1W7AA 4AF1A 4KI6A 1C1BA 1BHLA 4Y1DA 4M63C 4I9LA 4DV5K 3SUNA 4PKIA 4KTQA 2P9SB 3DLKA 1YUWA 3THXA 2B6AA 5AFUH 4FWQA 1K9MO 3TABA 5BPMA 4HTUA 1KLMA 4H0PA 3QO9A 1QHAA 2GTDA 3ULEA 3C0BA 1NGIA 4A62A 4CIFA 2FBXA 3CF5L 4DLEA 5M1KA 3AVLA 4C1NI 4HHTA 3D2FB 1K73O 4NXNK 1VQ4N 4DSFA 1B9FA 4CHOA 1Z26A 2NRTA 3S9HA 3PUFA 4QOZB 3MK6A 2NRXA 1G15A 2E2OA 1S1TA 4N5SA 1YIJN 3B6OA 1VQLN 2VWJA 3V1QA 4G9ZA 4OGCA 2YHXA 1ASVA 4C8MA 3WXIA 4YOWA 3FZMA 3KHYA 3MEGA 2RHKA 2IVNA 3AO2A 3HPGA 4DR6K 2IGIA 4MO4A 2V51B 4NB4A 3UKUA 3QIOA 1WAJA 2E6LA 4JI1K 2RN2A 4K43A 5ADXH 4DV4K 2E4LA 1TL1A 4H5RA 4LH4A 3KD5E 1HRHA 1N6QA 3CJCA 3P4IA 3NDKA 1RFQA 5CHIA 2NRRA 3TR8A 3ZSWA 5GIOA 3CM6A 1JLGA 3L3UA 1UA0A 5KQ8A 4CEBA 2W6KA 2G8IA 3ZSXA 5CZ1A 1NGDA 4Y1CA 4FVMA 1VSMA 4CIGA 1WNSA 1UA1A 3D0PA 4OKKA 4DTRA 1IBLK 3IFRA 4B9QA 4M3XA 5CR4A 4CE9A 4CGIA 3TTDA 4N76A 4H03B 3KLEA 3NF7A 5HRNA 2HMIA 3VEZA 2QWMA 3RSEA 2GV9A 4CVNE 3LWMA 5HRPA 3FZHA 4AHSA 2UXBK 1K8KA 4CEZA 1IV0A 1HKCA 2YI1A 4BE2A 3HI0A 3OBWA 4RTFD 1SAZA 3EKUA 2AA4A 1RT6A 3JSMA 1JL2A 1W9HA 5GAGP 1DLOA 4E1MA 3SNNA 2G8FA 1ITGA 3P38A 3OYEA 2ZGYA 1LAVA 1WLJA 2B5JA 4ISFA 3V1RA 2HNYA 1RILA 1J9AA 4CJEA 4WQ4A 1KC8O 3MDQA 1DKGD 4XH4A 2D5RA 4H5WA 4CJSA 1BISA 3IDHA 3LP3A 4LC9B 2O8EA 3F5TA 1Q7YO 3WEEA 4ID1A 4GV9A 1NK9A 2FXUA 4DFPA 4K0KK 4UY8O 3FFIA 3NF6A 4E0DA 2Z1GA 4LD0A 3ID6A 3T7ZA 4AHRA 4E3SA 2A3ZA 2HMPA 3VEYA 4FZXC 3ZETB 2QXFA 3AVIA 2F9TA 3F9KA 4Z4IA 1T05A 1Z6RA 4IFVA 4E89A 3MX2A 3VEVA 3O08A 1D9FA 3EE8A 3OYNA 4ELUA 2QWPA 4DTUA 3CYMA 2GEMA 1EWQA 1VQ9N 4CJKA 2ZF5O 2BH1A 1YHQN 4B1VA 3NAEA 4M3RA 2F9WA 4KB0A 4DTJA 4OPKA 4JKAA 1WBDA 3VENA 2OYQA 3ID8A 1RBVA 1S3XA 4X62K 1L3TA 3G0ZA 2D0PA 4LY7A 5JICA 4E7KA 4AILC 1VQPN 1NLVA 4KH4A 2B4JA 2W6LA 3DOKA 2ZWHA 4DV7K 3LDLA 2JLEA 1HPMA 3TPQA 4BRAA 3OYKA 1BIUA 2HBJA 5HRRA 4H8KA 4B9LA 1RBUA 3UE5A 1LAWA 4JKEA 1JLQA 3FZFA 1KRPA 1NJZA 1YXQA 3CPWM 2Q0UA 1JLFA 4E7LA 3FE1A 1DEJA 4DKWA 3SYZA 4BE0A 4KHWA 4HCCA 3I8BA 3SV3A 3RMCA 3I0RA 2VGMA 4C8NA 1D8YA 3L3VA 4IG3A 5GINA 1A5WA 4FWMA 1J5EK 3H3NO 2I7PA 5DM6L 1YT3A 5EX5A 1X3MA 5FPDA 1BQNA 3SBGA 3HVTA 4KTZA 1TK0A 3IRXA 4DQPA 2Y1IA 1BQMA 1S22A 3HM9A 1X9JA 5AQIA 3BGRA 3VESA 2KQ2A 2P9PB 3DMJA 2RF2A 3SQ2A 4RW4A 2E2QA 4CBWA 1VQON 4DHYA 1WB9A 2IVPA 3GOIA 1C0GA 2UYTA 4M7XA 3ATUA 3O9TA 4O5FA 2D0AA 2FBYA 5HOOA 3OS1A 3SPZA 3OYIA 3VTHA 2IVOA 4ICLA 3RTVA 3IS9A 5KPZA 3G71N 3SV4A 4FOIA 4CEAA 4PKHA 1RDDA 3QICA 2W42A 4IEIA 2ZQBA 2QWLA 4H0OA 4CEOA 1T8EA 3O9SA 2VG7A 3TSQA 3CJ1A 3ENBA 2W40A 4RCHA 1RDCA 2P9IB 4QS9A 1S1WA 4A5AA 5JVHL 2XO7A 3PX4A 1HQEA 1NKCA 2WC9A 4WQ5C 4X64K 4BGAA 3BY5A 4OGEA 1OH5A 2YHAA 3SUOA 3CHWA 4DR5K 3HM8A 4DLGA 2FBTA 1WUAA 5CY4A 4CD3A 4Z4HA 5J2QA 1Q9XA 4QAGA 3SJHA 3CMEN 1KVCA 5T7BA 1KTQA 1GLCG 3MXMA 5KRSA 1OVYA 4J8FA 4YFUA 1NK8A 1JLAA 1ZBUA 4W5RA 3LP2A 3ENHA 3OW2M 1BL3A 1LW0A 1X9WA 1BG3A 3SK3A 3CERA 4GV3A 1U2VB 1TKXA 3DM2A 3NH1A 4B9SA 4J2EA 1RT5A 3ZETA 4Z0UA 5GAHP 1Z25A 1BI4B 4CFBA 4CFCA 4ZHRA 3MEEA 3AO1A 3J7YP 3ZT2A 4PQUA 1SS6A 3ZSYA 4FJXA 3T1HK 3MXIA 4ID5A 4M3YA 3BF1A 3MXJA 3O4NA 4RWTA 1RDAA 4HTLA 2VGNA 3M8PA 1UWBA 1HX1A 4B8AB 1EO1A 4KKOA 2O8DB 3SAGA 4KHPK 4DSLA 1LCUA 2OCEA 4CHZA 3L2QA 5JMVA 2RE2A 4BRHA 4EAHD 3HBTA 3NBPA 4LF8K 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OVY A;  1VQM N;  3I56 N;  1VQ7 N;  1YIT N;  4WFB L;  3CCS N;  3G6E N;  3OW2 M;  3I55 N;  1Q86 O;  2ZJQ L;  1VQ8 N;  5MLC Q;  1K9M O;  3CPW M;  5GAH P;  4WCE L;  5GAG P;  3CF5 L;  4IOC L;  3CCR N;  1Q81 O;  1K73 O;  3CD6 N;  4WFA L;  1VQ6 N;  5GAE P;  3CXC M;  3DLL L;  1VQN N;  1VQ4 N;  1JJ2 M;  3CCQ N;  1KC8 O;  5DM6 L;  1Q82 O;  3CCL N;  5JVG L;  4U67 L;  1QVF M;  1Q7Y O;  1YIJ N;  1M90 O;  1VQL N;  3PIP L;  4WF9 L;  3PIO L;  1VQK N;  1YJ9 N;  3CCE N;  4IO9 L;  3CMA N;  4UY8 O;  1VQO N;  3CC2 N;  5H1S Q;  2ZJR L;  5HL7 L;  1NJI O;  3J7Z O;  3CC4 N;  3G71 N;  1S72 N;  5GAD P;  3G4S N;  1YI2 N;  1W2B M;  1QVG M;  2OTJ N;  1VQ5 N;  1VQ9 N;  1YHQ N;  2QA4 N;  5JVH L;  3CCV N;  3CCU N;  4WFN L;  3CCM N;  2ZJP L;  1N8R O;  1M1K O;  2QEX N;  1VQP N;  3CC7 N;  4IOA L;  2OTL N;  3CME N;  3CCJ N;  1YJN N;  1ILY A;  1K8A O;  1YJW N;  5DM7 L;  1KD1 O;  1KQS M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ASU A;  1JL1 A;  2P9I A;  2YCH A;  4JD2 A;  1DTQ A;  2F8S A;  5F1X A;  4JKF A;  4H4M A;  3DLE A;  3WUH A;  2FSN A;  1HUX A;  1VQ8 N;  4DF4 A;  3TU5 A;  1QSL A;  3FZK A;  3O80 A;  4IZ9 A;  4DV1 K;  5FRN A;  2YJF A;  5CYM A;  1L5U A;  1QQN A;  2X6S A;  2HHW A;  4B8C A;  1XMO K;  4Z94 A;  2PAV A;  4FJK A;  4MQ3 A;  3O3H A;  1XHX A;  1LWC A;  2Y1J A;  4CZG A;  3AVH A;  4BDY A;  2D0C A;  3TSP A;  1F21 A;  3EN9 A;  3K0S A;  2HW3 A;  4BR7 A;  1ATN A;  4IXC A;  1QVF M;  3VF4 A;  4WF9 L;  4BDP A;  1BI4 A;  4OX9 K;  1GOC A;  5AQV A;  3LPU A;  4JKB A;  5AZI B;  3N4P A;  5KPT A;  5FRM A;  3SI6 A;  3MCA B;  4H0V B;  3T69 A;  5AQX A;  1TAU A;  1BIZ A;  1FXX A;  3G4S N;  1D9D A;  2I5J A;  3AVF A;  4XH5 A;  4GKK K;  3AY9 A;  3KLI A;  4CGG A;  3MN6 A;  3AVB A;  1IKV A;  4CF8 A;  3C65 A;  4AM7 A;  3DJC A;  5EU7 A;  5AQS A;  4DUZ K;  1ZBS A;  4F3O A;  5KGW A;  4CHP A;  1XUP O;  4BRO A;  1TYQ B;  3SMP A;  4NYF A;  4CFD A;  4HCB A;  2A1S A;  5HP1 A;  4F4K A;  3SAF A;  5J1E A;  1QZ5 A;  3HJF A;  1NNE A;  1W0H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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