1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
3G71N 2ZJRL 1VQMN 1VQ5N 2OTLN 5GAHP 1VQ4N 4UY8O 5DM7L 1KQSM 2ZJPL 1VQPN 4WFNL 3CCUN 3CPWM 1Q81O 2ZJQL 3CF5L 3CCLN 1YJ9N 4IOAL 5JVHL 3CC2N 1VQON 1VQKN 3CCRN 1OVYA 1S72N 4U67L 1VQNN 3CCEN 1YITN 3I55N 4IO9L 3CCJN 5DM6L 3G6EN 1YIJN 4WF9L 1K9MO 1VQ8N 5GAEP 1VQ7N 3I56N 1N8RO 3OW2M 3CCMN 1K8AO 5HL7L 3G4SN 3PIOL 3J7ZO 3CCVN 1W2BM 1M1KO 2OTJN 1VQ6N 2QA4N 5MLCQ 1Q82O 1YHQN 1M90O 3CCQN 3CD6N 1Q7YO 5H1SQ 5JVGL 3CCSN 1QVFM 1KC8O 1VQ9N 1ILYA 1YI2N 1JJ2M 1VQLN 2QEXN 4WFAL 1QVGM 3CC7N 3CXCM 1YJNN 1YJWN 5GAGP 3DLLL 4WFBL 3PIPL 5GADP 3CMAN 3CC4N 1KD1O 4WCEL 1K73O 1NJIO 3CMEN 4IOCL 1Q86O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WAFA 5FPEA 2F8TA 4JAXA 5HOOA 3OA9A 1U49A 1TV6A 3NGYA 3RRGA 2QKBA 1BQNA 1VQMN 2BGGA 1JKHA 1LWEA 1NGFA 2B5JA 4CHNA 2W40A 4Y0WA 4E7KA 3VOVA 3A8YA 5A2QO 1NG9A 3B6OA 4IG3A 4FLXA 4BACA 5KI6A 3N4QA 1VQON 1RGIA 1WBBA 4JHDA 1P90A 4FJGA 1C0GA 3O9SA 4PL7A 2ITGA 4WE1A 3RR8A 3EZWA 1CXQA 4B9TA 4IO9L 3QDKA 5AQZA 4AHCA 3PV8A 3QBXA 1ZBFA 4U7BA 4WF9L 2HMPA 4BQLA 4HCCA 3VENA 4FJ8A 4H5NA 5FPMA 1C0MA 2HHTA 4GVMA 3ATVA 1RTJA 1HQEA 1SZ2A 5AQTA 1VSHA 3DXMB 1KFDA 5LJVA 4JRPA 1N8RO 3DXKB 1EX4A 3S3NA 2GEMA 2QI2A 1BI4B 4K8XA 1JXEA 4EHUA 4DB3A 2GTDA 4BRNA 5HRSA 1VSIA 2QW9A 5TKWA 1QHTA 1VRTA 3AAQA 4W5RA 3TAEA 1QQNA 1QZ6A 4W5QA 5JLHA 3TTCA 4DV7K 5AQKA 4XH1A 3U6FA 4JHDB 3OBYA 1QVFM 4NCAA 3C65A 4DTPA 3OY9A 3GE1A 5DK5A 2JWKA 4WFAL 5FRNA 4IWVA 4X64K 1QVGM 4K25A 3FFKB 5HROA 5I9EB 1DKGD 3H3NO 3VESA 1T6DA 4B9NA 4E0DA 4CF2A 3FZFA 1RT3A 4MO4A 1REVA 5HBMA 1S6QA 4JN4A 4GMJB 4KB0A 3J81O 1U2VB 2X6NA 3MXMA 4M3XA 1QQOA 4WCEL 1NKEA 1NGEA 1QSLA 4BROA 4BY9C 4YHHK 4YOYA 2ZJRL 1L3VA 3EY1A 1MU2A 1DT9A 5BRFA 3WNEA 2ZE2A 4BG9A 5M1KA 1S1XA 1ASUA 3HP9A 5C10A 3T1YK 2A1RA 3FFIA 3EEQA 3TSQA 3THYB 3H6EA 2ZJQL 3CF5L 1R59O 4AM6A 1N5YA 3GDQA 4H5RA 3LDNA 4BRKA 2HMIA 2HHVA 3MCAB 1EP4A 2ZGYA 4BRQA 1T44A 3CCEN 1YITN 4DR1K 1WNSA 3SPZA 4KV8A 3QB0A 4JI2K 4FJIA 3HRGA 2QWRA 1YUWA 3KK3A 3THXB 1TL1A 3L4QA 2RN2A 3AY9A 3K5MA 1CXUA 3NVKA 3MWPA 4KHPK 2O8CA 3CCMN 1CLQA 1K8AO 2YKNA 2NRTA 1QTMA 3T19A 4FSVA 4MLEA 4J2DA 4CCHA 3LAKA 1EO1A 1OVQA 1M90O 3VQPA 4KHUA 2E2OA 4O4GA 3VTHA 3EZ5A 3NVMA 1UAXA 4JV5K 4M3RA 2FLOA 2FBYA 2P9LA 1RDCA 3AA5X 4M3WA 2P9SA 2BTFA 1XHZA 2D0PA 4BWMA 2FBXA 4BE1A 1WSFA 3VEOA 3LL3A 1DTQA 3RWUA 4ELUA 1KAZA 5KPZA 1HJRA 1SL2A 2KLAA 4CBUA 3LDQA 2EX3A 2BDPA 3B6PA 3S3OA 1U4BA 3O1BA 3UKRB 3V1QA 3PIPL 2Q1NA 3D2EA 4E1JA 5JS1A 2O8CB 3O8MA 2O8EA 5AQSA 5AZJA 1J54A 5ELZA 4X65K 4FWPA 2E4LA 3DLEA 3TARA 1TL3A 4JK7A 2BH1A 1ESVA 3TU5A 3UIQA 1BG3A 3DOKA 2OTLN 4N5SA 3SNNA 2VWJA 1KLMA 4I2PA 2V51B 2P9LB 1GLDG 4M7XA 2P9SB 3T1HK 3LP2A 4TSXA 1XHXA 4Y1CA 3PO5A 3CYMA 2F9TA 2WUSA 3C0BA 1S22A 1VSKA 4K8ZA 2UXCK 4CK3A 3M3ZA 3MCPA 2A41A 4DF4A 4O5BA 1X9WA 1FK9A 3BEXA 4KTZA 1ZYQA 4DS4A 2IC3A 1YIJN 2DTUA 4FWKA 4H5WA 1VRUA 1KXPA 4B9QA 3ULDA 3NFAA 5I42A 2RE2A 3UB5A 4FCYA 1IG8A 4GV9A 2AJQA 1Q9YA 1NKBA 4Z0UA 3AAPA 2P5GA 4CEAA 2OYQA 4C23A 5MLCQ 1LWCA 3SJJA 1TKDA 1JL2A 4FJXA 1GLEG 4AHSA 5EX5A 2NLXA 1L5UA 1C0FA 3VN5A 4CJSA 3HXMA 4MLHA 3CD6N 3WEEA 3AO1A 4CK1A 3MECA 4O44A 3QMLA 3EO3A 1WAJA 4DFMA 3AGRA 3MWTA 3DRPA 4CZFA 1L3TA 4CF0A 5F1XA 3CJ1A 4B8CA 4LF7K 4Z4GA 5BPNA 3T7ZA 1QZ5A 4LSNA 1RDWX 1RCHA 4DKWA 3DLBA 2ZF5O 4GNIA 1HKBA 2WOMA 3SAHA 1R0AA 3HVTA 3QFUA 4FLUA 4FO0A 3R8EA 5EVZA 1T3VA 3BP8A 4AQYK 1HMVA 4FPBA 1NK6A 4FWNA 3O9UA 3D45A 1YVNA 2OZMA 1SQKA 3CFOA 1XC3A 4FWMA 4ISFA 4FWQA 5AQGA 3I8DA 4ELVA 4CEZA 4DG1A 1J9AA 2O4GA 3ZX3A 4FLYA 4E7LA 2XHBA 3SJHA 4WFNL 3MX5A 3QNOA 4NYNA 3TI0A 3VMFB 4L8RB 3EE9A 4CIGA 4FWRA 1NK4A 4E1NA 3VF2A 4UQGA 2ASMA 2B4JA 3FE1A 2HHXA 3CCRN 3ALYA 3GG4A 4YOTA 4LF6K 3EKUA 5C15A 3MK6A 4KFBA 2GWKA 2B6AA 3O9QA 4RW4A 2OCEA 4LC9B 1RDAA 2J4RA 5AQHA 3H46O 5HRNA 1B9FA 4YORA 1NGGA 2JGUA 5CE3A 4PWDA 4PL8A 2I5JA 5KQDA 4WQ5C 4NXMK 1HNIA 3V9UA 5HL7L 2PYJA 5BREA 4CK2A 2PY5A 4YDUA 1N34K 4KREA 2VWBA 3C7NB 1RTDA 3CG7A 4BRPA 3RRHA 3SQ2A 4A62A 1LV5A 4DV3K 2YJEA 4DFPA 3DWLA 2O8DB 4AF1A 1E4FT 1KC8O 5LMUK 2O8BB 3SYZA 1NJZA 2F8SA 1SAZA 3AARA 2ASPA 4AM7A 1OH7A 1BWFO 1KRPA 3U3YA 5GAGP 4DFKA 1W7AA 2QWLA 4FJHA 4CJ7A 3O3HA 4BR5A 2WONA 3KK1A 4JK8A 4RTFD 4F3OA 5J2NA 1SKWA 1GLAG 1Q86O 3VEYA 3G71N 3K2PA 5AQOA 2NZTA 1RT6A 4YDUC 1T05A 4O0JA 2QWQA 3G25A 3WUHA 1KLNA 3PUFA 1VQ4N 3D2FB 4B1ZA 4CECA 3MX2A 4H5VA 3ZYYX 4R79A 3VF4A 3ULEA 4DQ8A 4OJRA 3R6MA 1WB9A 4B1YB 3O9TA 3W3DA 2Q3SA 1NLVA 5AQNA 1YJ9N 3VQ5A 4B3OA 1XMQK 3CIPA 3AVLA 3MN9A 4BRIA 2IS3A 3HL8A 3E9OA 2HF3A 4BRGA 1MDUB 3B8AX 3LP3A 3H1VX 1C1AA 3FZKA 4DR4K 2XY5A 3AVGA 2OPQA 5CR4A 4BRCA 3I0SA 4KHWA 4CGJA 4FJ5A 3VQ9A 2E8AA 3OYIA 3OW2M 4CHQA 3G4SN 3VA0A 3CCVN 3IAYA 4JLHA 4JKBA 3C6TA 1J53A 1YTUA 1W0HA 5F2RA 4XH4A 3OYDA 4GKKK 4JI8K 4JK9A 4F8RA 1X9JA 3WNFA 3WT0A 1BA0A 4EAHD 3ASMA 2X74A 1E4GT 2PYLA 2XY7A 1WOQA 1TVRA 4NO7A 1SKRA 5J2PA 5AQLA 4O0IA 4QCLA 5FPNA 2PZSA 3HI0A 4A5AA 1LAWA 3OYAA 4KAZA 3CJCA 5JLFA 2V52B 3VQCA 1NGJA 4ISGA 2WFBA 4W5TA 4RW7A 4WFBL 1GOCA 5GIPA 1KTQA 3QESA 3BGRA 4DSKA 3K57A 2EHGA 4BG8A 1VSLA 3QEVA 3VQEA 1J6ZA 4KH6A 3KJVA 1F21A 4BGBA 1JLAA 4IG0A 5SZTA 1D8YA 3OS0A 3EKSA 4CJEA 5KRTA 3O80A 2Q36A 4FLTA 1RT7A 5FDLA 5BPMA 4IOAL 4JI3K 1EXQA 3NH0A 5J2MA 3QEWA 4KHQA 3VTIA 3BF1A 2NRRA 3L0QA 3PLAA 1J5EK 3V9ZA 3RMAA 1GLBG 4CD1A 3DXMA 5BRDA 1S1VA 3DXKA 4OPKA 3NGZA 2KQ2A 3PSFA 4BGAA 1BI4A 4BE2A 4CEDA 1ZBHA 1V4TA 2X78A 2V7YA 3JS6A 4E89A 4LH5A 4A2AA 2G8FA 1WSJA 3SLCA 4DV0K 3PX4A 1TYQB 4B9SA 4JI7K 1NWKA 1HYSA 4FJMA 3PIOL 4KTQA 5C2FA 2HHUA 2YI1A 3DI6A 2OTJN 1XNQK 3F2KA 1FW6A 1QSYA 4DHYA 2P9KB 5GIOA 1Z25A 3MEGA 1SKSA 1RBUA 4QAGA 4IJNA 2OANA 3ZCMA 3QIPA 3RMDA 4K43A 1Q7YO 3HPHA 3CCSN 4CGDA 1OH8A 3T69A 1VQ9N 3OYHA 3M5RA 2Q97A 1U2VA 2YKMA 4CFDA 3A5MC 3CERA 4DV4K 3HSTB 3HOTA 3KK2A 4H0OA 3HPOA 4DR5K 1Y64A 4KPYA 1BCOA 2P9NB 4CJLA 3DLLL 4DU1A 4C8LA 3A2FA 3DAWA 3ITHA 1A5WA 3HO1A 2WC9A 3CJ9A 1HLUA 3SMSA 1B9DA 3ENBA 4CEBA 2PAVA 2VQEK 1BCMA 1T03A 3GL1A 3RMCA 3SAFA 4W5OA 3OYMA 3J80O 4FZYA 1S1UA 3OTOK 2D0AA 4IKFA 2LSNA 3PX0A 1NGCA 3THYA 5SWMA 4DSJA 4K41A 3ID8A 2XO7A 3M8RA 1MA9B 1NJYA 1KAXA 2BE2A 2IVPA 2YHAA 1N32K 4K0KK 3BZCA 2D1KA 4CW7B 4BDYA 1IO2A 1MWKA 4DQQA 2HBJA 4M41A 2G8KA 1VQPN 1Z26A 4B1UB 2YNIA 4DTXA 4OLAA 3GBTA 3UE5A 3K9JA 3D0PA 1XC9A 4FM0A 3VEXA 1NKCA 3V9XA 3K0SA 3THXA 2VG6A 1KAYA 2VG5A 3W0LA 5AZIB 4C1NK 5BPLA 1RDUA 4O5FA 4N76A 4IEIA 1VAZA 1WSIA 4I2QA 4PKHA 4M63C 4CZMA 5AR0A 3HK2A 2F9WA 4BREA 4DLEA 1NK8A 4FVMA 4N41A 1VSFA 3CI5A 4BC5A 3NF9A 1NGDA 4DQSA 3ZX0A 1VSEA 5AQPA 3VETA 4BDZA 2KW4A 3HM9A 4K42A 5EXWA 4HTUA 3H45C 4FVUA 3V81A 4Y1DA 4E19A 1Q82O 2QXFA 3A5OC 1IG9A 3THWB 1QSSA 1TAQA 5CZ1A 4HCBA 4WQ4A 4RW8A 3M8SA 4IOXA 2IIRA 4FLZA 4BRFA 1T8EA 2ZGZA 4HVJA 4CJQA 3UKRA 3KWIA 3JSMA 3S3MA 4EZ9A 2YHYA 4EZ6A 3E1YA 2KZMA 3IG1A 1KCFA 1UOCA 1HNXK 4BQZA 1YF5L 1YJWN 2Q31A 1EETA 1HYVA 2NRXA 1A5XA 1CZ9A 4CFBA 2HHSA 1BU6O 4Z94A 4DWIA 3M6GA 4JD2B 4AHTA 4FLWA 4CBXA 4E7JA 2Q2RA 3SBTA 5M1PA 5FPDA 1TKXA 3O08A 1TUUA 3IKMA 3CMEN 3E66A 3FGUA 4JS4A 4BDPA 1S5JA 3TAPA 1T7PA 3MEEA 3CJBA 1BL3A 2GV9A 1YVUA 3KWGA 3K9KA 3TR8A 1J5OA 2Y1IA 3LPUA 2G8VA 1VSJA 1FKPA 3ZSRA 1D9FA 4LF9K 5DM7L 5HLFA 5D3GA 5BRHA 3HPGA 3DMJA 4XEIA 1CZBA 3MEDA 4H4MA 1BHLA 3ZT1A 4X62K 4FWSA 3LDSA 3CC2N 4B08A 3OS1A 4U67L 3TABA 1RT5A 4YFUA 2QWNA 3TAGA 1Z6RA 5E26A 3TPQA 1WBDA 4CGGA 3S9HA 1RBRA 1XMOK 3KLGA 5HRRA 3SMPA 4PHTX 1IH7A 5M1OA 4FJKA 1K9MO 3VGMA 2G8HA 3O4WA 4B9VA 2UUAK 3DRSA 3T1AA 3THVA 3LAMA 2CGJA 3QERA 3P1GA 1SUQA 1M1KO 1DTTA 4E3SA 5AJ3K 3VQBA 4PQUA 4OVLA 2VCPA 1BA1A 1HRHA 2I7NA 1ASWA 1O13A 4B9UA 1TUYA 5BN8A 3VERA 4OGEA 1YI2N 3HZ6A 1RTHA 4BC4A 4MQ3A 3SCXA 1S3XA 1NNEA 3CM5A 3L8BA 4NLBA 5TKYA 4NYFA 3MXJA 4CJPA 4C8MA 1LAVA 3P5JA 1NMNA 1ZXOA 3ZSOA 1W9HA 4Z4EA 4RW9A 1YTAA 3CHWA 3CC4N 4CJ4A 4PKIA 4B3TK 3QETA 3CFPA 3P83D 3L2QA 3QO9A 1GOBA 2FF6A 1K73O 3D6RA 1RILA 4YOUA 3NF7A 4JS5A 3VQDA 4F3TA 4XIUA 3KZBA 4CZGA 3I0RA 4I6MB 3SV4A 1H1VA 4Z4IA 3J8AA 1FKOA 4H8KA 4ELTA 1NGIA 2V7ZA 4KI4A 1KSPA 4O8UA 4ZHRA 4DV2K 3U4LA 2NRWA 2A5XA 4FL9A 1X3NA 2D5RA 4DTMA 3IDHA 4JI0K 4FOEA 4B3RK 1U48A 4PUOA 5AQIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 3G71 N;  2ZJR L;  1VQM N;  1VQ5 N;  2OTL N;  5GAH P;  1VQ4 N;  4UY8 O;  5DM7 L;  1KQS M;  2ZJP L;  1VQP N;  4WFN L;  3CCU N;  3CPW M;  1Q81 O;  2ZJQ L;  3CF5 L;  3CCL N;  1YJ9 N;  4IOA L;  5JVH L;  3CC2 N;  1VQO N;  1VQK N;  3CCR N;  1OVY A;  1S72 N;  4U67 L;  1VQN N;  3CCE N;  1YIT N;  3I55 N;  4IO9 L;  3CCJ N;  5DM6 L;  3G6E N;  1YIJ N;  4WF9 L;  1K9M O;  1VQ8 N;  5GAE P;  1VQ7 N;  3I56 N;  1N8R O;  3OW2 M;  3CCM N;  1K8A O;  5HL7 L;  3G4S N;  3PIO L;  3J7Z O;  3CCV N;  1W2B M;  1M1K O;  2OTJ N;  1VQ6 N;  2QA4 N;  5MLC Q;  1Q82 O;  1YHQ N;  1M90 O;  3CCQ N;  3CD6 N;  1Q7Y O;  5H1S Q;  5JVG L;  3CCS N;  1QVF M;  1KC8 O;  1VQ9 N;  1ILY A;  1YI2 N;  1JJ2 M;  1VQL N;  2QEX N;  4WFA L;  1QVG M;  3CC7 N;  3CXC M;  1YJN N;  1YJW N;  5GAG P;  3DLL L;  4WFB L;  3PIP L;  5GAD P;  3CMA N;  3CC4 N;  1KD1 O;  4WCE L;  1K73 O;  1NJI O;  3CME N;  4IOC L;  1Q86 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WAF A;  5FPE A;  2F8T A;  4JAX A;  5HOO A;  3OA9 A;  1U49 A;  1TV6 A;  3NGY A;  3RRG A;  2QKB A;  1BQN A;  1VQM N;  2BGG A;  1JKH A;  1LWE A;  1NGF A;  2B5J A;  4CHN A;  2W40 A;  4Y0W A;  4E7K A;  3VOV A;  3A8Y A;  5A2Q O;  1NG9 A;  3B6O A;  4IG3 A;  4FLX A;  4BAC A;  5KI6 A;  3N4Q A;  1VQO N;  1RGI A;  1WBB A;  4JHD A;  1P90 A;  4FJG A;  1C0G A;  3O9S A;  4PL7 A;  2ITG A;  4WE1 A;  3RR8 A;  3EZW A;  1CXQ A;  4B9T A;  4IO9 L;  3QDK A;  5AQZ A;  4AHC A;  3PV8 A;  3QBX A;  1ZBF A;  4U7B A;  4WF9 L;  2HMP A;  4BQL A;  4HCC A;  3VEN A;  4FJ8 A;  4H5N A;  5FPM A;  1C0M A;  2HHT A;  4GVM A;  3ATV A;  1RTJ A;  1HQE A;  1SZ2 A;  5AQT A;  1VSH A;  3DXM B;  1KFD A;  5LJV A;  4JRP A;  1N8R O;  3DXK B;  1EX4 A;  3S3N A;  2GEM A;  2QI2 A;  1BI4 B;  4K8X A;  1JXE A;  4EHU A;  4DB3 A;  2GTD A;  4BRN A;  5HRS A;  1VSI A;  2QW9 A;  5TKW A;  1QHT A;  1VRT A;  3AAQ A;  4W5R A;  3TAE A;  1QQN A;  1QZ6 A;  4W5Q A;  5JLH A;  3TTC A;  4DV7 K;  5AQK A;  4XH1 A;  3U6F A;  4JHD B;  3OBY A;  1QVF M;  4NCA A;  3C65 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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