1YIJN

Crystal structure of telithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yijN00
1VQMN 1Q81O 4WCEL 4IOAL 1Q7YO 4WFNL 3CXCM 1VQKN 4UY8O 4WFAL 3CCVN 1YHQN 5DM6L 5GAHP 1VQON 3CMEN 5GAGP 3CPWM 5GAEP 1K73O 1QVFM 1VQNN 2OTLN 3CCEN 1ILYA 1KC8O 3CC4N 1KQSM 5MLCQ 1YIJN 3CCJN 1YITN 1N8RO 1VQ8N 1NJIO 1Q82O 2ZJPL 1VQPN 3I56N 1OVYA 1KD1O 3G4SN 3PIOL 1Q86O 5H1SQ 5DM7L 4U67L 2ZJQL 3CCSN 1VQLN 1VQ6N 3CD6N 4WF9L 1M1KO 1QVGM 5HL7L 3J7ZO 2QEXN 1W2BM 3CCMN 3CF5L 1VQ5N 1YI2N 1YJWN 2QA4N 3OW2M 1VQ7N 5JVHL 3DLLL 3CC2N 5JVGL 1VQ4N 3G71N 1M90O 3G6EN 4IOCL 1S72N 2ZJRL 3PIPL 3CMAN 1K8AO 1YJNN 3CCQN 1YJ9N 1VQ9N 3CC7N 1JJ2M 4IO9L 2OTJN 4WFBL 3CCLN 3I55N 1K9MO 5GADP 3CCUN 3CCRN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGLA 3O9UA 3MN5A 2ZF5O 5HRPA 4A5AA 1GOAA 1IKWA 4FJMA 4KFBA 4Z4FA 1L3VA 4XIUA 1S1WA 1RFQA 3VEZA 4CEZA 3VQ7A 2I7PA 4CGFA 3QIPA 5CHIA 3ZETB 3AGRA 1P90A 3AVFA 3RMCA 4YDUA 5IWAK 3CPWM 2WOMA 3RMAA 4AM6A 4Z4GA 4B9SA 4FJXA 1HPZA 4AM7A 1QE1A 2HHHK 2ZE2A 3CCEN 2D5RA 4I2QA 4CBXA 3H6EA 5AQWA 3OYKA 1W7AA 4FM0A 4E1NA 1WOQA 3J81O 4JV5K 2KTQA 3ALYA 3DOLA 4FK4A 2Z1HA 1B92A 3NMUA 1MWKA 2WUSA 1OH8A 1RDCA 1KTQA 4OPHA 3AAPA 2ZGYA 1ZBFA 4DQRA 2QI2A 4BRMA 4I2PA 4DCHA 2P9UB 4KO0A 3EE9A 1GLEG 3ZX2A 3ZX3A 2EHGA 2D0PA 4E7LA 4FW2A 3ZCMA 4CZEA 3CJCA 1QZ5A 3OYMA 2F4VK 2D0OA 2CH5A 4IEIA 2FBTA 3AVMA 4CFAA 2P5GA 5JS1A 2NUBA 2OPPA 3BZCA 5AQLA 3CMAN 4DR7K 4NB4A 3DJCA 1JCFA 3CCQN 2E8AA 1YT3A 1JLBA 4J8FA 4FPAA 1JJ2M 3VA0A 2HMPA 2F96A 1ZYQA 3NHGA 4QS8A 3LZJA 3WUHA 3SQ4A 2E1YA 4NLBA 4B1YB 3UB5A 4CEBA 5K14A 3THXB 1WSIA 4BG8A 2YKMA 2ITGA 3O1BA 1VSMA 2P1JA 4C8OA 2P9NB 3B8AX 3VN5A 3THWB 4JHDA 3LL3A 4ELVA 5HBMA 3J7AP 1X9WA 1UA0A 2BH1A 4NYNA 4YNQA 4FZXC 1DTQA 4LH4A 1LCUA 2A41A 3OS2A 2P9KA 3SPYA 1KC8O 1S22A 2BUPA 3PV8A 5BREA 1OH7A 1KVBA 1Q8IA 4BWJA 1U2VB 2BE2A 4FM1A 4ELUA 5IT9O 3A5OC 2GBZA 3UKRB 1WB9A 3LM9A 4DFKA 2P9IA 3CCSN 1KXPA 4GW6A 4KHWA 1B9DA 2NLXA 5KQ8A 5C42A 1A5XA 2H3GX 1N36K 2PBDA 4C8KA 4FLXA 4QOZB 1YI2N 2D0BA 3FZFA 1DLOA 1T44A 1VQ7N 3AA4A 2QK9A 2ZQBA 3NH2A 4RTFD 1EWRA 2F9WA 3DXKA 3ZSXA 1HKGA 5SWMA 2KQ2A 4BE1A 3OVNA 1BA1A 2FF3B 2F8TA 2YNHA 3LDSA 2ZJRL 1WAFA 1CZ9A 2ZD1A 1VRTA 4DTOA 2HBLA 2E20A 1BGXT 3FFKB 5AZJA 2HHVA 4AHSA 4H4OA 1G99A 4IJAA 4FJNA 3CC7N 3TARA 1BCMA 2P9PA 4KB0A 4DS4A 3CM6A 2VWKA 1EP4A 4OGEA 4DSIA 3PO4A 3ZT2A 4DV0K 5C2DA 3U9DA 4BG9A 1KFDA 1F21A 4E7HA 4A2AA 1N5YA 1HQUA 3T3FA 4M3UA 4JRPA 4IFVA 1EKEA 1VSEA 3SUNA 4H5RA 3LAKA 4CZJA 2HHSA 3BEXA 3V4IA 3ULEA 3L2UA 3NVMA 4JYAK 4JKBA 1BG3A 4IZ9A 5I9EB 4WFNL 3DLEA 5J2NA 4BC2A 5HRRA 4KH5A 2NRXA 4YOUA 3JXUA 3N4QA 3QINA 3CIPA 1I39A 1Z05A 4LF6K 1VRUA 4B1ZA 2CGLA 3MWPA 1YTAA 3LM2A 3SLCA 3AO4A 3EYZA 4MFBA 1GLFO 4H0XB 4CIFA 4B9LA 2A3ZA 2IAJA 2OPSA 2NRWA 1VQPN 4JKDA 4HCBA 4A57A 2ZGZA 3I56N 2O8FB 1VK0A 4EAHD 5A2QO 5M1QA 3SMPA 5ELZA 5AQFA 4N5SA 1Q86O 3OJUA 3WQTA 3QLHA 2ZJQL 1NMDA 2UUBK 4WF9L 1UA1A 3W0LA 2YV0X 3TU5A 2GUIA 3HSCA 2X6SA 3AVKA 4TSXA 4IKFA 4GY2B 4JKGB 4GKJK 3S3MA 3BDPA 3EY1A 4M7XA 1KAYA 2Q31A 2QWOA 3EO3A 3ZLJA 3DLLL 3MN6A 1U45A 4L3QA 3KJVA 3AVHA 3K9KA 4CEQA 2VWBA 4M45A 1CXQA 1BQMA 2YJEA 3HPHA 4FWQA 1RDBA 5CY4A 3TWHA 2RPIA 1WSJA 2KFZA 3SAFA 2VCPA 3SV3A 4FJ7A 1TK5A 5C25A 1UAXA 2GTDA 1JKHA 1GLLO 3JAMO 4BQZA 3SQ0A 4E3SA 3C6AA 4AHVA 4AHCA 4W5OA 3FGUA 2OPQA 3LP1A 2VGMA 4IG0A 1REVA 1NK7A 1RBTA 3RVCA 4QS7A 4BRKA 2VWJA 3DRRA 4CD3A 1TL3A 3HZ6A 4RW9A 4IEEA 3C7NB 4JI3K 2JLEA 5EY4A 3IMXA 3QO9A 2E1ZA 1Q81O 4PKGA 1D4XA 1NGEA 2XO7A 4DFPA 3G25A 4F2RA 1XC3A 1S6PA 4PUOA 1JLCA 3AARA 2GWJA 2VG5A 2CGJA 3IUCA 5FROA 1KVAA 1LWFA 4DSKA 4JI5K 2IDOA 4DQIA 2DFEA 4CHQA 3V1QA 2WC9A 2NRZA 3TANA 4QAGA 1KQSM 3V9XA 1YITN 4MLEA 3CYMA 4PL8A 3QESA 3D2FB 4B9QA 2NRVA 2V7ZA 3O3HA 1C1AA 5GINA 4MO5A 2XY5A 1S1UA 4O4GA 1SQKA 3WT0A 3SUQA 4C1NK 1X3MA 4W5NA 4CJ5A 4AHRA 1OKJA 1JCEA 4DTMA 1NOZA 3OTOK 3CF5L 1VQ5N 4OX9K 1NWKA 3EKSA 2F8SA 4FO0A 2QWNA 4ILGB 4CF8A 3UIQA 3HVRA 4GV9A 4DF4A 3SJJA 1ATRA 3HYFA 4B1UB 4MO4A 1J53A 3H1VX 1VQ4N 3KLGA 1ZBIA 1BQNA 4OKJA 3NAEA 4UQGA 3BGRA 3CFRA 1N33K 1T6DA 3VEYA 4H0TB 5B8HA 2WBNA 3QEVA 4FM2A 2ETJA 3AVAA 3SYZA 3L4IA 2PAVA 3VEOA 2NRTA 4W5TA 4CJQA 4B9VA 1WNSA 3IKMA 3VGMA 4C8NA 2IC3A 3GL1A 4DTNA 1T8EA 4AQYK 4J2AA 3U3GA 4BVPA 3P83D 4B3MK 4BE0A 2P9SB 3KTQA 3LP3A 3CJ7A 4EHTA 1XMQK 3GBTA 1U4BA 3H45C 3WXIA 3H3OB 4B8AB 4FWOA 5M1NA 3EKUA 4H5VA 5BN9A 5M1OA 4NYFA 3QNNA 3DXMB 4N41A 3A2FA 1LWCA 3F73A 1Z26A 5ADXA 1Q7YO 1Q9YA 1KVCA 1RT7A 3AVBA 3R1XA 5KQDA 2A1SA 4PWDA 3SK3A 4BRCA 2VQFK 2UUCK 2V51B 3OYHA 4YORA 4AHUA 4LC9B 3CMEN 5KPTA 3E1YA 5KRSA 1EQYA 3O9SA 3FZKA 1RCHA 2FBXA 4CGIA 4CK1A 5AQRA 4H5NA 5AQPA 3TPQA 1HQEA 1HNVA 4FSVA 4B9UA 4KREA 2OPRA 4K0KK 5LMUK 4WQ5C 4EIAA 2FLOA 4GNIA 3G4SN 2QWRA 4H0YB 1N32K 4FLVA 1ZBSA 1VQ6N 3TSUA 3RSEB 4B3SK 5HL7L 1HJRA 3J7ZO 1DT9A 2YNGA 3WEEB 1SL2A 4IO8A 1ATNA 3FR0A 3ATVA 3RMBA 4CD1A 4E19A 4FOIA 4LFCK 3DWLA 1ESVA 3O9QA 4CZGA 3O8MA 4CF2A 5KGXA 4DV2K 3NVKA 3AAQA 4N47A 1QQOA 4DSJA 5FDLA 4DF8A 1S1TA 4IOCL 2Y1JA 3TSQA 3M1FA 3HI0A 4K25A 1JLAA 2YX6A 3LP2A 3M5RA 4CGHA 1EO1A 1S6QA 5HP1A 3RR7A 5J2PA 3JS6A 3IG1A 3SJHA 3DOKA 4KRFA 2YHXA 1HNZK 3KKSA 1YTUA 1IBMK 4JN4A 3HVTA 2OTJN 2KW4A 3LDNA 1IG8A 3HJFA 4JRQA 4I6MA 2FF6A 3HPOA 3H3NO 1ZBHA 4FJ9A 1D9FA 4LY7A 4PHTX 3WNEA 4CJKA 4CJRA 5C12A 1C1BA 4DU1A 4BGBA 3IAYA 1JL1A 2HF4A 3U9ZA 3PY8A 3SMSA 3DAWA 3ZEUB 5EX5A 4BRPA 1O13A 1RT3A 3A5NC 4BRFA 3HXMA 3NF7A 1NJWA 3OBYA 1EX4A 2Q97A 3VMFB 1YHQN 4I9QA 4JI7K 3CJ9A 2P9LB 3KK7A 3KKRA 5GAEP 2QKKA 2IOCA 2QM1A 3HBTA 1EETA 2FSNA 3AO5A 3MEEA 2HMIA 1J9AA 3QBXA 5AQGA 3CCJN 3QICA 4JD2B 3UE5A 1CLQA 2Q1NA 1CXUA 4KHQA 2KZMA 5DMRA 4BQLA 3BF3A 4H0VB 1KD1O 3VQCA 4QS9A 1RTIA 3ID8A 4NXNK 4YOTA 4CHOA 1SKSA 1OH5A 2D4WA 4B9TA 3SBTA 4LF4K 1BA0A 4A59A 2QEXN 4LF7K 3IS9A 4CK2A 4J2EA 2W6LA 3T69A 3CFOA 3EEQA 4CE9A 2YHYA 3DLGA 3Q7CA 4OPAA 2O8DB 1HNWK 5C0YA 5LJVA 2QXFA 4BDZA 3H1QA 1YVUA 3AVGA 4WQ5A 2ITMA 4BRHA 2O8CA 5CE3A 4HHTA 3NGIA 2A1RA 1JLEA 4EZ9A 4A2BA 3OA9A 2UXBK 4H5TA 3F9MA 1NGAA 1SAZA 3I8BA 2CH6A 3EZWA 1XMOK 4H03B 1E3MA 4I7FA 4ICLA 1D8YA 3ULDA 2O8BB 2QW9A 4JLHA 2D0CA 3NGYA 5FRMA 3T1HK 4B3TK 3OYLA 2G8KA 2XRIA 1J6ZA 3P31A 4AILC 1IKVA 3VEWA 5J2MA 3H46O 3OS1A 2RF2A 5ADXH 4X65K 3Q7BA 1ASVA 4F4KA 4JI8K 3VENA 5BR8K 5HROA 1WSGA 2P51A 1NU0A 4IFYA 1HLUA 1W97L 3DLRA 4CGJA 3J8AA 4CFCA 4K8ZA 3VERA 4B1XB 4BREA 1RT4A 3CPEA 1WN7A 1ZBUA 5AZIA 3R9PA 2YNIA 4BROA 2P9SA 4BRDA 1QQCA 1MWMA 4O5FA 4JNEA 1VQLN 2QWMA 3HRGA 3KK3A 2D0AA 4CIEA 1QVGM 3HM9A 1GLBG 5AQOA 1HYVA 4HTLA 4IDHA 4R5PA 3QEIA 3MN7A 5JVHL 3AO2A 2HVIA 3WXJA 3K57A 4FJKA 3MN9A 1WLJA 3LDQA 3PO5A 3D2EA 3MMVA 3BF1A 4EP5A 1TKTA 1BO5O 4CJSA 4YOYA 3MDQA 3THVA 4CZLA 4G1QA 3THYB 3RWUA 3UKUB 4Y1DA 1BL3A 5AQMA 1QS4A 4CEEA 1ZC6A 4N56A 3SAHA 5AQUA 1NGIA 1WBDA 4CZMA 4MLHA 4PY5A 4GMJB 1BI4A 1JLGA 2IVPA 4N76A 1C0UA 5FLXO 2QXLA 3CCLN 4I9LA 2RE2A 3IRXA 3K9JA 1E4FT 1K8KB 3KD5E 3I33A 4DV6K 3BUZB 1LAWA 1WSEA 2HNYA 3M8QA 5C10A 2P5OA 5GADP 2NNWA 2HBJA 3C94A 4DR1K 4BE2A 2E2PA 1DEJA 3CCRN 3SV4A 2JWKA 3E66A 3CJ1A 4E1MA 3MCPA 1GLDG 1HX1A 4NLCA 3LP0A 4J2BA 4O44A 3A5MC 3QNOA 1VQKN 1BUPA 1RDUA 1KLMA 3FZHA 4JKAA 4KH6A 3O6WA 2XY6A 1K73O 2I7NA 1VQNN 2E6LA 2YJFA 3GDQA 3KLIA 1VSJA 1QSLA 1T6CA 3HP6A 1NJIO 2PYLA 1HKCA 4R79A 3CJBA 1WAJA 1WSFA 1TAUA 2JGUA 4LF5K 2OANA 4O55A 3M3ZA 2YHBA 3VPZA 3NH0A 4M3RA 3B6PA 3J7YP 5BPLA 2FXUA 4H5WA 2Y1IA 1M1KO 1RT5A 4LFBK 4ILJA 2JWLA 4RWTA 3U3YA 3ZT0A 2HHQA 3AVCA 2Z1IA 5C24A 2G8UA 3CFPA 4CEFA 3CC2N 5AQJA 2QWPA 4KI4A 3O4WA 5J1EA 4ID5A 5HOOA 4K41A 4FWRA 4RW4A 4HCCA 4YFUA 4U7BA 3FFIA 1S1VA 3TTFA 2R7YA 4XEIA 3VQ4A 4FLWA 4BGAA 4NCAA 4FWNA 2GUPA 3FE1A 1B9FA 4WYBA 1LW2A 3D6RA 3OHRA 3JSMA 4IXCA 1HR0K 1JLQA 1TK8A 1XNQK 3I55N 3KLHA 1FK9A 3ZETA 4YY3K 2G8VA 3QEPA 1NK0A 5BPNA 1U48A 4BC5A 3CG7A 1RTHA 3BP8A 1A5VA 1ASWA 1DGKN 3KWIA 3I0RA 3RRHA 4FJGA 2IS3A 1IH7A 3VQAA 2KZZA 3MECA 2HNZA 4Y0WA 3ZSVA 2V7YA 4OVLA 1X9SA 2O8DA 1TYQB 4DQPA 3OYJA 3BZKA 4CECA 1FKPA 4OLAA 1RGIA 1NJXA 1RTDA 4HTUA 4KI6A 1NK4A 2EWSA 2P9UA 3HL8A 3D7EO 1JL2A 1GOCA 4CVNE 2OA8A 5MLCQ 5M1PA 1Z6RA 4OPKA 4PKHA 3OYIA 1RTJA 5E41A 4DV5K 5LL6Z 1IO2A 2O8BA 1R59O 3CM5A 4PL7A 2GV9A 3L2RA 1NLVA 4CBUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VGL A;  3O9U A;  3MN5 A;  2ZF5 O;  5HRP A;  4A5A A;  1GOA A;  1IKW A;  4FJM A;  4KFB A;  4Z4F A;  1L3V A;  4XIU A;  1S1W A;  1RFQ A;  3VEZ A;  4CEZ A;  3VQ7 A;  2I7P A;  4CGF A;  3QIP A;  5CHI A;  3ZET B;  3AGR A;  1P90 A;  3AVF A;  3RMC A;  4YDU A;  5IWA K;  3CPW M;  2WOM A;  3RMA A;  4AM6 A;  4Z4G A;  4B9S A;  4FJX A;  1HPZ A;  4AM7 A;  1QE1 A;  2HHH K;  2ZE2 A;  3CCE N;  2D5R A;  4I2Q A;  4CBX A;  3H6E A;  5AQW A;  3OYK A;  1W7A A;  4FM0 A;  4E1N A;  1WOQ A;  3J81 O;  4JV5 K;  2KTQ A;  3ALY A;  3DOL A;  4FK4 A;  2Z1H A;  1B92 A;  3NMU A;  1MWK A;  2WUS A;  1OH8 A;  1RDC A;  1KTQ A;  4OPH A;  3AAP A;  2ZGY A;  1ZBF A;  4DQR A;  2QI2 A;  4BRM A;  4I2P A;  4DCH A;  2P9U B;  4KO0 A;  3EE9 A;  1GLE G;  3ZX2 A;  3ZX3 A;  2EHG A;  2D0P A;  4E7L A;  4FW2 A;  3ZCM A;  4CZE A;  3CJC A;  1QZ5 A;  3OYM A;  2F4V K;  2D0O A;  2CH5 A;  4IEI A;  2FBT A;  3AVM A;  4CFA A;  2P5G A;  5JS1 A;  2NUB A;  2OPP A;  3BZC A;  5AQL A;  3CMA N;  4DR7 K;  4NB4 A;  3DJC A;  1JCF A;  3CCQ N;  2E8A A;  1YT3 A;  1JLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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