1YIJN

Crystal structure of telithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yijN00
1NJIO 1VQ6N 1VQ7N 4WF9L 1JJ2M 3CC7N 4IOCL 3OW2M 4UY8O 3G71N 1VQNN 3J7ZO 3DLLL 1W2BM 1VQON 4IOAL 1N8RO 1VQKN 2ZJRL 3CCJN 1K8AO 3CD6N 1QVGM 5MLCQ 2OTLN 1QVFM 1YJNN 3PIPL 1K73O 1Q81O 1YHQN 5H1SQ 3CCEN 4WFNL 5GAHP 3CCLN 3CXCM 2ZJQL 4U67L 5JVGL 1VQ9N 3CMAN 1KD1O 3G4SN 1VQLN 2ZJPL 1M1KO 1VQ5N 1Q82O 3CPWM 3PIOL 2QEXN 1K9MO 3CCRN 5HL7L 1YJWN 5GAGP 2QA4N 5GAEP 3I56N 3CF5L 1M90O 3CCMN 1VQPN 1KC8O 4WFAL 5JVHL 1VQ8N 3CMEN 3CCVN 1Q86O 1KQSM 3CC4N 1OVYA 2OTJN 3I55N 5GADP 1YITN 1S72N 4WFBL 1YI2N 3G6EN 5DM6L 3CC2N 3CCSN 1YJ9N 4WCEL 1VQ4N 3CCQN 1Q7YO 3CCUN 1ILYA 4IO9L 5DM7L 1YIJN 1VQMN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QERA 1O1WA 2OPQA 5FLXO 3HVTA 4NXNK 3RRHA 4DV1K 3I0SA 5C25A 4NYNA 3VMFB 3LP0A 5KTQA 2HBJA 4OVLA 1TKDA 1YF5L 3CG7A 5AQFA 3P5JA 4CHZA 3G71N 3LAMA 2FBTA 4DSIA 3I8DA 1QE1A 4B3MK 4AF1A 4EIAA 3V9UA 2W6KA 1RT1A 4EZ9A 3VEVA 4PUOA 2YHXA 1QHAA 4DQIA 1K8AO 3JYTA 4Z4EA 4GVMA 1U45A 3HPGA 4MQ3A 2E2PA 4M3TA 4CHPA 4I2QA 3LPTA 1D4XA 3WNEA 3JS6A 1Q81O 2P9IA 4FWMA 4LC9B 3T7ZA 3RMDA 4OKEA 1BCOA 3ZSWA 4AHSA 3CQXA 2OPSA 3PY8A 2HB5A 2NRRA 1DLOA 3TAGA 2D4WA 4CGHA 2Q3SA 5KRTA 3PO4A 3DLGA 3FZMA 2UU9K 1TK5A 3CCRN 2P5OA 4B3TK 3ZX3A 5C24A 4CGIA 4FLVA 1YJWN 1ZBLA 5GAGP 3IFRA 3QIOA 1HNVA 3MWTA 2DFEA 3T1HK 3C65A 1YAGA 1YVUA 4CJVA 1WAJA 2FLOA 4DSLA 1WB9A 1Q86O 3IKMA 4CHQA 3ULEB 5C2FA 2E8AA 3O4NA 1RDWX 2ASOA 2Z1IA 3TR8A 1GOCA 2NNWA 3PUFA 1SQKA 3DXMB 3T3FA 1BOTO 4AM6A 4H5NA 1MA9B 3KK3A 1NGIA 5C10A 4ELTA 1W9HA 1WUAA 3VQ6A 3TSQA 3HYFA 2G8WA 5BN8A 3MX2A 3P39A 1FKPA 4NCAA 1C0UA 4FWLA 4PWDA 3KWIA 1CXQA 1X9WA 3L6QA 4JKEA 3KK7A 4DQRA 3AAPA 3TTDA 3TABA 2P9KA 3RWUA 3KTQA 4CJWA 4GW6A 1X3MA 4CEOA 3CFPA 3N4PA 1C6VA 3OW2M 3BEXA 5BPNA 3J7ZO 1QSLA 3SJJA 1NK6A 3SPZA 3OVNA 2E4LA 5JS1A 3PO5A 4DKWA 2HVHA 3SAFA 4OO1J 3MXMA 1VHXA 5EOYA 2X6NA 4FJHA 4JKDA 4ILGB 1T6CA 3VQ8A 3DJCA 4FLWA 1L3TA 4GV3A 5CYMA 4Z4HA 3VQCA 3J7AP 1YHQN 2JWKA 4KFBA 2HNZA 4JI5K 3OS1A 2GTDA 1VQ9N 4YOYA 4BRLA 4HWIA 4CZFA 1X1PA 5BRFA 3I8BA 5GIOA 4RWTA 4C8OA 1SKRA 2D1KA 3KJVA 2PBDA 1NGGA 3J8AA 2XHBA 2QEXN 1S9GA 1S6QA 3AO4A 1QTMA 3FZHA 3CQ8A 4N56A 4JEPA 4IOXA 2QA4N 1HMVA 2P1JA 2CH5A 1IV0A 3AVIA 3NAEA 2YHWA 4ISFA 1NK4A 4OPKA 1ZYQA 2UUCK 4ZTFA 3AA4A 2OYQA 3O3GA 2RHKA 1LAVA 1HNWK 3LDSA 2CGLA 2ZE2A 4H0XB 3F5TA 3U8XA 1YI2N 2AA4A 5C2DA 4BWMA 5ADXH 3SYZA 3U9ZA 3NDKA 1U49A 4LFAK 3ZSVA 1RILA 4BRCA 1GOBA 5HRSA 4KHWA 5HP1A 4BRMA 3MECA 5LJWA 4NCGA 4JKBA 4E7LA 4RW8A 2OZSA 2A41A 3H45C 3EZWA 3TPQA 2FBXA 4A61A 5M1PA 4YDUC 4Z4IA 3EE9A 4BE2A 4XH5A 2ZM6K 1LAWA 3HK2A 4G1QA 5C15A 3U3GA 2G8UA 1S9EA 3K9KA 2P9IB 3TI0A 1BISA 4LSNA 1GLEG 4IOAL 5LL6Z 2G8IA 4C1NK 1T3VA 1N8RO 3O9RA 4BVOA 4YNQA 3WXIA 2Y1JA 3BF3A 3CD6N 1NGBA 2XY7A 1QVGM 1QZ6A 3VF2A 2QTDA 4FLZA 1UOCA 4FW2A 3DM2A 3SQ2A 3H3OB 4FJ7A 4IFVA 4MFBA 3CCEN 4CHYA 1DTTA 4BDPA 3OYDA 4CJEA 3F9MA 3RSEA 3AVLA 1KD1O 4WQ5C 3G4SN 1QSYA 2B4JA 3QEWA 5AQPA 4DR3K 2BE2A 3AVHA 2YV0X 4B9UA 2QWMA 1VQ5N 3AO1A 2Q97A 4I7FA 4BRFA 2OZMA 4CK3A 3IMXA 2E2OA 3KKRA 4JKAA 4NCBA 3AGRA 3OBWA 1NGFA 4BR9A 2UUAK 1M90O 3QLHA 4CF0A 4PKIA 1BWFO 4B1UB 2VG6A 5F2RA 4K8XA 1TK8A 3ALYA 3WQUA 5CZ1A 3QESA 4AQYK 3PX4A 1NGDA 4LF8K 4H0PA 1WBBA 5KGWA 1EXQA 4FZXC 5KPZA 5M1OA 4FWKA 4ICLA 1JCGA 3LL3A 3VESA 5LY3A 1Q7YO 2O4GA 1WSEA 4HUGA 5M1NA 5JS2A 3MN7A 1UAXA 3IRXA 1MU2A 2F8SA 4KTWA 2P5GA 4BRQA 3CYMA 4OGEA 3ZETA 5EXWA 4BQZA 4E19A 3CC7N 3O4QA 1JLCA 4PL8A 4LY7A 3P31A 4IDKA 4CZLA 1L3VA 3A2FA 3B6PA 3VF6A 2GEMA 3CJ9A 4MO4A 1GLBG 3VQPA 3EO3A 3J7YP 3V9WA 4DF4A 1REVA 2G8FA 4B9QA 4QS9A 3DI6A 4DG1A 1Z26A 4DV5K 1NJZA 2BANA 4DTRA 1X3NA 5BRHA 3QETA 1C1AA 5AQLA 1WSJA 4DTMA 3QMLA 4B3OA 4CZGA 4CJPA 1RT4A 4DLGA 4IEIA 3LAKA 4Q0BA 4FLYA 2B6AA 3OYGA 3CXCM 3CCLN 3L2UA 2KZMA 3PV8A 4MLHA 5IWAK 3HOSA 4JKFA 2E1ZA 4N47A 4WQ4C 1KAZA 4GKJK 1FKOA 1B9FA 1NG9A 5KPTA 2Q1NA 3DOLA 2XY6A 2FSKA 3OBYA 4AHVA 3OYLA 1FXXA 4TSXA 2A42A 5HRNA 3SAGA 3ID6A 1NWKA 1W97L 3EY1A 1D9DA 1HPZA 3Q7CA 4M3RA 4EHUA 2WFBA 3UKRA 4X66K 2YHAA 4YOUA 1OVYA 3ZT3A 1JLQA 2PZSA 2F8TA 5A2QO 4K41A 4NB4A 4CJLA 4FJ5A 3MCPA 1C1BA 1C0FA 3RTVA 2QI2A 5M1QA 1SZ2A 1Z05A 1HYSA 3L8BA 2GELA 2BTFA 4OPHA 1ZBIA 5FPDA 1EKEA 3WEEA 2WUSA 4B8CA 3FFKB 1NK0A 4IO9L 2YKMA 2IC3A 3UIQA 4DUZK 4M3YA 1NJIO 3SK3A 1IH7A 3C6AA 5FROA 3LP2A 4LH4A 4BY9C 4YORA 1JKHA 1HR0K 3DLKA 4W5TA 3SQ0A 3M1FA 4BRPA 1V4SA 4BE1A 4JI0K 4GY2B 1IKVA 3LZJA 4H5RA 2QWNA 4BRHA 4BR4A 5AQNA 1ZXOA 2UXBK 1JLEA 3RSEB 1DT9A 1RCHA 1S3XA 5JICA 3AA5X 3ULEA 2UYTA 3OYNA 2KTQA 1KLMA 4FM2A 2V7YA 1S5JA 4KHYA 1GLFO 1JCFA 4DV0K 4KHUA 3E9LA 3G25A 4R5PA 4DV3K 3ZCMA 1JXBA 2LSNA 1SL2A 1N34K 4DTNA 2QWQA 4PA1A 4DTXA 3HJFA 1TKZA 4EHTA 2D0CA 3CMAN 1VSFA 1KVCA 1CXUA 2P9NB 4E1MA 3L3VA 3HP9A 4IBNA 3AVNA 3L4QA 3WUHA 1BQMA 3MEDA 3PSIA 2I7PA 1S22A 1A5XA 5AZJA 1NMDA 4FZYA 1KC8O 4BRAA 5JVHL 1VQ8N 4CGJA 4DTUA 3O5BA 5AQRA 4NO7A 4RW7A 4CFBA 1CZBA 4AHRA 5F0XA 1KAXA 1UWBA 4JNEA 3SMPA 2FSJA 3DRSA 4BRNA 1D9FA 1BA1A 4RCHA 3CC2N 4B1WB 2YX6A 4OKJA 4U7BA 2F9TA 3DYAA 3FLCO 4DHYA 4QS8A 1Z6RA 4LF7K 5HBMA 1KRPA 4M7XA 5FPNA 5JMVA 4PHTX 3L4IA 1IBMK 5J2PA 3THXB 3SMSA 1ATSA 3M6GA 4AM7A 4QS7A 2RF2A 4DS4A 1J54A 3BZKA 3HZ6A 3K0SA 2HMIA 5AQUA 4Z4CA 2YI1A 5T7BA 5E41A 2I7NA 2AP1A 1RTHA 3NF8A 3EKSA 1SKSA 4JS5A 2HHVA 1IO2A 3NHGA 2IIRA 3GOIA 1BIUA 4BREA 3HI0A 3EKUA 4ISGA 2ZQBA 3GDQA 3MEEA 5I42A 3MX5A 4DFMA 3OYFA 3CJ7A 4E3SA 5EVZA 1RBRA 4GV9A 4FWRA 2E20A 5H1SQ 3ENBA 4CEBA 3E9OA 4RW4A 4JI1K 2YNIA 2ZJQL 3KVGA 4BVPA 3P1GA 3HOTA 4IG3A 3RMCA 3OS2A 4FM0A 5HRPA 1O13A 4BACA 1HRHA 3UKRB 2KFZA 1F21A 4BC4A 1NKEA 4EZ6A 1RT6A 3HBTA 2QXLA 3KK2A 5AZIA 5AR0A 3VQBA 4DCHA 1WAFA 1CLQA 4BR7A 3WXLA 1LCUA 2G8VA 4YFUA 3VEYA 3LP3A 2RN2A 1OH6A 3LWMA 3WEEB 2G8HA 4KHSA 3ZSRA 4DV7K 1GOAA 1TUYA 4BE0A 4E0DA 1HQEA 4B3SK 5C0YA 1EWRA 4B9SA 4CESA 5E26A 4CJRA 3OY9A 4IZ9A 1RBTA 2WONA 5JLFA 3EZ5A 1NKBA 1EQYA 3KWGA 4FL9A 3VEXA 2HMPA 4CFDA 5SWMA 4CERA 3SQ4A 2Q2RA 1DGKN 5EU7A 4CEQA 3ZSXA 3CCQN 3A8YA 2QW9A 4CF9A 2HBMA 2E6MA 4HCBA 1RDCA 1A5VA 3LDLA 3NF7A 1VQ7N 3CI5A 3WNGA 4CI6A 3M8SA 3QEXA 3T19A 4FLXA 2AJQA 1JJ2M 3OYJA 3FGUA 3DOKA 3LWLA 3NVKA 4A2BA 4KRFA 3HT3A 5J2MA 2VGMA 2VQFK 3NBPA 1TKXA 3R6MA 5KI6A 4K43A 3AVAA 1IJJA 4E1JA 2WBNA 3T69A 3IG1A 4H4OA 3VETA 4ILJA 4K42A 3ZT0A 4CGGA 3NF6A 4E7JA 1NGHA 3SUOA 1Y97A 4YY3K 3K5NA 3L2VA 4A2AA 4DSJA 2OTLN 3A0IX 2VG5A 4JK9A 2HNYA 2HF3A 4BWJA 1VSLA 3K2PA 4AILC 3PIPL 3QICA 3O3HA 5AZJB 3A5OC 3G0ZA 4WFNL 4YOTA 3OTOK 4CEAA 2D0BA 2GUIA 4B9NA 1ESVA 1N32K 4CHNA 4DU4A 3TU5A 1E4GT 1HKCA 2HOEA 3NH2A 2VYPA 4JI7K 2A40A 3NF9A 4BGBA 3RR8A 3PX6A 1S1UA 3WXJA 1NK7A 3KLEA 4BC3A 2NZTA 3CIPA 2ASMA 2VWKA 1WNSA 5HL7L 3R1XA 5AJ3K 2GV9A 2W40A 1RBVA 3M8PA 3O6WA 3W3DA 4DUYK 3D2FA 5AFUA 4JN4A 4B9VA 2O8FA 3THYA 5AQVA 3QO9A 3CERA 1IKXA 3ZT4A 2OCEA 3SZ2A 4WFBL 1C0GA 3VPZA 4CJTA 1JLGA 2Q0UA 1TYQA 3NGZA 4CK2A 4OPAA 4BRIA 5BRDA 1TL1A 4OGCA 1HYZA 1QQCA 1KAYA 3HPHA 4CZHA 1H1VA 2O8EA 4OX9K 2QXFA 1B9DA 2E88A 1T7PA 1YIJN 2YJEA 5BN9A 4DR1K 3MXJA 2P51A 3RRGA 2OANA 2E2NA 3I33A 1N6QA 1Q9XA 4KHQA 4CD3A 4I2PA 4HVJA 3QINA 4PKGA 3FZLA 4H4MA 1K6YA 4FK2A 4M3ZA 1E4FT 3ZT1A 2ZGYA 3E1YA 4DU3A 3WXMB 3DLBA 1KVAA 1N33K 5AZIB 4CJQA 4O8KA 1HYVA 3HM9A 3LZIA 4M42A 3SV3A 3AVBA 2Q36A 2E2QA 1GLDG 2IGIA 4R79A 4YOVA 1XQSC 4HHTA 1N36K 3VF4A 4BR2A 4H5VA 2VCPA 5BR9A 1HLUA 2P9LA 3LDOA 1HJOA 3ENOA 2JLEA 3RVCA 3ISNC 3TARA 3H46O 4DR6K 3D7EO 3S9HA 2HBKA 1KFSA 1S1TA 3O1WA 1RGIA 4RTFD 1IKWA 3UB5A 3MXIA 1NGJA 1QS4A 1P90A 1Q8IA 4FK4A 3FZFA 4M3XA 1QSSA 5I9EB 1X9JA 4H0YB 4B08A 3K59A 4FK0A 4FJGA 1BGXT 3S3NA 4BG8A 5FDLA 1ZBUA 5J2QA 2OPRA 3P83D 1J53A 4BQLA 1LOTB 1HJRA 2PAVA 2FBYA 1FK9A 1HNXK 4IFYA 2YHYA 4MO5A 4FJ8A 1GLLO 1VSHA 4CF2A 4QAGA 5DM6L 4KI6A 2ETJA 4H0VB 2QM1A 4JAXA 3AO3A 1QQOA 1U04A 4BR5A 2HBLA 3CCUN 1XHXA 3KLGA 4F3TA 2GUPA 4CEEA 2P9NA 1XHZA 1RT2A 2HHUA 3VA0A 3H3NO 4DS5A 3OYAA 4IKFA 1LW2A 2ATQA 2NRWA 4O4GA 4LFCK 3O1BA 3O4WA 3SBTA 4CGFA 2UXCK 2BH1A 4BDYA 1CZAN 5BPMA 3SNNA 1RDUA 1JL2A 3BDPA 4FJJA 4IO8A 3RR7A 2VWJA 1IBKK 3QDKA 3OYMA 2DFHA 1XUPO 3DWLA 2PFUA 3CJBA 4X64K 4EFHA 1VQKN 5KQ8A 1HX1A 3E9PA 1YUWA 2NLXA 1OVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NJI O;  1VQ6 N;  1VQ7 N;  4WF9 L;  1JJ2 M;  3CC7 N;  4IOC L;  3OW2 M;  4UY8 O;  3G71 N;  1VQN N;  3J7Z O;  3DLL L;  1W2B M;  1VQO N;  4IOA L;  1N8R O;  1VQK N;  2ZJR L;  3CCJ N;  1K8A O;  3CD6 N;  1QVG M;  5MLC Q;  2OTL N;  1QVF M;  1YJN N;  3PIP L;  1K73 O;  1Q81 O;  1YHQ N;  5H1S Q;  3CCE N;  4WFN L;  5GAH P;  3CCL N;  3CXC M;  2ZJQ L;  4U67 L;  5JVG L;  1VQ9 N;  3CMA N;  1KD1 O;  3G4S N;  1VQL N;  2ZJP L;  1M1K O;  1VQ5 N;  1Q82 O;  3CPW M;  3PIO L;  2QEX N;  1K9M O;  3CCR N;  5HL7 L;  1YJW N;  5GAG P;  2QA4 N;  5GAE P;  3I56 N;  3CF5 L;  1M90 O;  3CCM N;  1VQP N;  1KC8 O;  4WFA L;  5JVH L;  1VQ8 N;  3CME N;  3CCV N;  1Q86 O;  1KQS M;  3CC4 N;  1OVY A;  2OTJ N;  3I55 N;  5GAD P;  1YIT N;  1S72 N;  4WFB L;  1YI2 N;  3G6E N;  5DM6 L;  3CC2 N;  3CCS N;  1YJ9 N;  4WCE L;  1VQ4 N;  3CCQ N;  1Q7Y O;  3CCU N;  1ILY A;  4IO9 L;  5DM7 L;  1YIJ N;  1VQM N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QER A;  1O1W A;  2OPQ A;  5FLX O;  3HVT A;  4NXN K;  3RRH A;  4DV1 K;  3I0S A;  5C25 A;  4NYN A;  3VMF B;  3LP0 A;  5KTQ A;  2HBJ A;  4OVL A;  1TKD A;  1YF5 L;  3CG7 A;  5AQF A;  3P5J A;  4CHZ A;  3G71 N;  3LAM A;  2FBT A;  4DSI A;  3I8D A;  1QE1 A;  4B3M K;  4AF1 A;  4EIA A;  3V9U A;  2W6K A;  1RT1 A;  4EZ9 A;  3VEV A;  4PUO A;  2YHX A;  1QHA A;  4DQI A;  1K8A O;  3JYT A;  4Z4E A;  4GVM A;  1U45 A;  3HPG A;  4MQ3 A;  2E2P A;  4M3T A;  4CHP A;  4I2Q A;  3LPT A;  1D4X A;  3WNE A;  3JS6 A;  1Q81 O;  2P9I A;  4FWM A;  4LC9 B;  3T7Z A;  3RMD A;  4OKE A;  1BCO A;  3ZSW A;  4AHS A;  3CQX A;  2OPS A;  3PY8 A;  2HB5 A;  2NRR A;  1DLO A;  3TAG A;  2D4W A;  4CGH A;  2Q3S A;  5KRT A;  3PO4 A;  3DLG A;  3FZM A;  2UU9 K;  1TK5 A;  3CCR N;  2P5O A;  4B3T K;  3ZX3 A;  5C24 A;  4CGI A;  4FLV A;  1YJW N;  1ZBL A;  5GAG P;  3IFR A;  3QIO A;  1HNV A;  3MWT A;  2DFE A;  3T1H K;  3C65 A;  1YAG A;  1YVU A;  4CJV A;  1WAJ A;  2FLO A;  4DSL A;  1WB9 A;  1Q86 O;  3IKM A;  4CHQ A;  3ULE B;  5C2F A;  2E8A A;  3O4N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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