1YIJN

Crystal structure of telithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yijN00
1OVYA 5DM7L 1VQPN 1N8RO 3G6EN 5GAEP 5JVHL 1VQ7N 1VQNN 1K73O 2QA4N 3CCJN 3CCEN 5JVGL 1VQ8N 2OTLN 5GAGP 1ILYA 3G71N 5GADP 1VQMN 3CCQN 1VQON 3OW2M 2QEXN 1KQSM 1K8AO 1W2BM 1VQ6N 5MLCQ 3CCVN 4WFNL 1Q86O 1QVFM 1VQ5N 1Q81O 1YJWN 5DM6L 3CMEN 3PIOL 1Q82O 1M90O 2ZJRL 3CCSN 1QVGM 4WFAL 3CMAN 1YI2N 4WFBL 3CF5L 1K9MO 1VQ4N 1YJ9N 3CPWM 1Q7YO 1VQLN 1S72N 1VQKN 3I56N 1KD1O 5GAHP 4IO9L 2ZJQL 3CC2N 3J7ZO 3PIPL 3CD6N 3CXCM 1YITN 4UY8O 3G4SN 1VQ9N 1KC8O 3DLLL 4IOCL 3CCMN 3CCLN 1YJNN 4WCEL 1M1KO 4IOAL 4U67L 3CC4N 2OTJN 3I55N 3CCRN 5HL7L 2ZJPL 1NJIO 3CCUN 1JJ2M 3CC7N 1YHQN 5H1SQ 1YIJN 4WF9L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW8A 4JKFA 1I39A 4F8RA 2CH6A 5GAEP 3QEVA 3MECA 1ASUA 1NG9A 2QA4N 3VGKA 3KK3A 1BDGA 3AO5A 3PUFA 3QFUA 3NH2A 2Y1IA 4CEAA 3C6HA 3P1GA 1TK5A 4O8UA 1EO1A 3VQ4A 3MN6A 3E01A 3PY8A 3VEVA 3MMVA 3C0BA 3HYFA 2I7NA 3SUPA 5JMVA 5T7BA 1FK9A 5MLCQ 4M7XA 3L3UA 2KKZA 4KFBA 3MK6A 2VWKA 3THWB 4CGIA 1Q81O 5M1QA 5AZJB 1BA0A 1OH6A 1QE1A 3CQXA 2VGMA 5HRSA 1WBDA 3MEEA 3O6WA 3L6QA 5F0XA 1RBSA 4LF8K 3NE6A 3SK3A 4CFDA 3S41A 1NGCA 3B8AX 2Q0RA 4NXMK 3SUQA 3ZSQA 4H8KA 4BRKA 1DLOA 2P9NA 4BGBA 4EZ9A 4LF7K 3KJVA 2Q31A 1A5VA 1JCEA 5J2NA 5D3GA 3HM8A 3E1YA 1Z26A 3H3OB 3R8EA 5EU7A 4JI4K 3U3YA 1TK0A 3LDQA 3CC2N 2NRZA 2RF2A 4JK8A 4BR9A 3KKSA 4CJKA 4JS5A 4E7LA 4C8KA 5ADXH 4E19A 3PX4A 3SCXA 3DLLL 2PFUA 3G10A 3CIPA 2Q36A 3CCLN 2A41A 4H0XB 1OKJA 4JI2K 1FW6A 1E4GT 4F4KA 3QDKA 4B3OA 5K14A 3NGZA 3QB0A 3Q7CA 2UUBK 1ZBFA 2HHXA 1OVQA 5C10A 3THYB 1QHAA 4B3RK 4H0OA 4C23A 2EHGA 2QXLA 1VQPN 2HSTA 4PKHA 2IDOA 2HNDA 1IKVA 1MDUB 4CZGA 1GLCG 1QTMA 3VMFB 3LANA 3O9SA 1WAJA 1TK8A 2Y1JA 5JVGL 3THWA 3TARA 3DOKA 3K0SA 3HPOA 4BREA 4BRDA 2E1ZA 1NJYA 4FLTA 1GLJO 3OYNA 3VPZA 5DK5A 2ITMA 3ISNC 4EAHD 5M1OA 3QNNA 4M63C 1DKGD 4H4MA 3TAGA 1Q86O 2FSKA 3JSMA 4KI6A 1S9EA 2FSJA 2AA4A 4FO0A 2YJFA 5BPNA 3CERA 2Q2RA 2NZTA 5AQRA 4OX9K 3J7YP 4FZXC 4KBOA 2D1KA 3KHYA 2ZJRL 4FLWA 1ATSA 3SV4A 4JK7A 3DLRA 1BUPA 1HKCA 1H1VA 4KHSA 1K9MO 2WUSA 2GTDA 2P9PB 3AAPA 5BRFA 5AQHA 1DT9A 3VEYA 4OO1J 5GIPA 2ZJQL 3AA4A 3SZ2A 1W7AA 4Z4FA 1HUXA 1YVNA 3O9RA 1T6DA 3NVMA 4DTJA 3HVTA 2PY5A 1GOCA 2E88A 1ZBLA 1BIZA 3THYA 5AQOA 3PO5A 1HKGA 1YT3A 3D2FB 3SJHA 3DRPA 5JLHA 3BDPA 1CLQA 2KZZA 3ALYA 2IIRA 3LDPA 3I8BA 2OYQA 4FZZA 4B3MK 1KCFA 4JEPA 1JCFA 2QKBA 2D0CA 3QO9A 1YIJN 4PA1A 2NRVA 1SL1A 4QAGA 4EFHA 4HUEA 1XWLA 4CD1A 4CJSA 1GLEG 4H5RA 4CESA 4A61A 4N47A 3TABA 2FBTA 1GLFO 3UB5A 4DG1A 2YKMA 4IXCA 5JS2A 3QBWA 3FZLA 4DR1K 3G71N 2HBMA 2YHWA 4G9ZA 3K9JA 4O44A 1TL3A 2IS3A 1EP4A 4BRLA 3RRHA 5BN8A 4FJKA 1VQ6N 5C25A 3OYGA 1IKWA 4RWTA 3CCVN 4EHTA 1S5JA 2ZM6K 4EIAA 2P9SB 2P9PA 4KO0A 4HHTA 3C7NB 1G15A 3V9SA 4WQ5A 2HBKA 3M8RA 3LM9A 3VQPA 2XY5A 3CJBA 4FL9A 4OLAA 4A62A 4DQSA 3CI5A 4BRHA 5AQKA 5E26A 4DQIA 4GW6A 4FM1A 4B9UA 4DLEA 3GOIA 3VQCA 1EX4A 3L3VA 1ZBIA 4N41A 2FBYA 1NLVA 3D2FA 4Z4IA 1V4SA 3ZX2A 3PV8A 1NGIA 3THVA 4CK1A 3L2VA 2A6AA 5HRNA 3NHGA 1KLMA 5HLFA 5CE3A 4WYBA 4NCGA 4KH5A 1HYSA 4JNEA 1D8YA 3PSFA 2A42A 4W5QA 2E2PA 4YFUA 1SUQA 2HVHA 3AA3A 2P5GA 4K8ZA 3VENA 4Y1CA 3AVJA 3MCAB 1QSYA 2G8WA 4M3WA 3OBWA 3O9UA 1YJNN 4QS9A 4B9QA 4DV4K 2V7ZA 3RMDA 1RT3A 4GV3A 4MO4A 4DV6K 3T1AA 4O0IA 4AILC 3I0SA 3QINA 4LD0A 4DR3K 1VSJA 4B8AB 3VEXA 3CFRA 5M1PA 4L8RB 3CYMA 3VN5A 4QS8A 4MLEA 4J2AA 5CZ2A 4IFYA 4JK9A 2HF4A 3U8XA 3OS1A 4FCYA 1NJWA 1C1BA 4IDHA 2PBDA 4NLCA 3SI6A 4OPJA 3AGRA 5AFUH 1UA1A 4TSXA 4RW4A 1GLLO 3ZX3A 2NUBA 3JS6A 1T7PA 2OTLN 1DGKN 4DV2K 3C7NA 1Z25A 5KPZA 3SQ0A 3LM2A 5C15A 3AA2A 2Z1IA 4KKOA 4CEEA 2HNZA 2JWKA 2E2QA 2BH1A 3HI0A 3P4IA 4CGFA 1SZ2A 1NGBA 3AO4A 3A5NC 3NF6A 2E6LA 5CHIA 4IWVA 2P9IB 4H0VB 4DV3K 1J5EK 3IG1A 4LSNA 1VRTA 4C8MA 1NJXA 1N36K 1QVGM 4JI7K 3C6AA 3OS2A 2NRXA 1QSSA 2XY6A 4BDZA 3E9PA 4LH4A 4B1YB 2RKIA 3ZSWA 2OPRA 2EX3A 2GBZA 3VQDA 1VQ4N 4DV5K 3WQTA 2G8KA 2O4IA 3V1OA 4IG3A 1YXQA 1SV5A 5ELZA 3DI6A 4IO9L 3ULEB 2ASOA 1BISA 3PIPL 1YTAA 3ENHA 4Q0BA 3J80O 4JRQA 3RSEB 1WOQA 3M3ZA 1BOTO 3OYHA 1YITN 4K25A 3OTOK 1L3TA 2DTUA 3PO4A 1IH7A 5E41A 2HF3A 4DSLA 1VHXA 2IOCA 4CE9A 1O1WA 5B8HA 4BVPA 1NK4A 4IJNA 1KAZA 1KVBA 5HROA 5EX5A 1ZYQA 2FF6A 4JKGB 3NBPA 1VSFA 5AQNA 1N8RO 5IT9O 3G6EN 2D0OA 4H0PA 1HNIA 4CJ5A 2O8CA 3OYLA 3CPEA 3DYAA 4HTLA 1U6ZA 2D0AA 3MN5A 4BC5A 3C94A 1BG3A 5GINA 3JAMO 3EKSA 1C1AA 1Z6RA 4PKGA 5GADP 2P9IA 1VQMN 4FVMA 3DXMB 2F7TA 3U4LA 5FRMA 4H4OA 3PX6A 3LAMA 3LPUA 1C0FA 1UWBA 1VQ5N 2KQ2A 2QWRA 5J2PA 3HVRA 3TTCA 1XHZA 4KPYA 5LY3A 1NMDA 4FWLA 3PX0A 3MXIA 3DLBA 5KQDA 4J2EA 3MX5A 3KTQA 4BG9A 4ISEA 4JN4A 3J7AP 2I5JA 3SMSA 3UE5A 5AQWA 3FLCO 2OCEA 2HHHK 1EKEA 4E7KA 3P5JA 1BO5O 1S1WA 2HHSA 4BRAA 3CETA 3KKRA 2F9TA 1B9DA 3OYCA 2Q97A 3V4IA 4FJ8A 5C2FA 2W6KA 3K57A 3QIOA 3RVCA 4XH5A 2IVPA 2PAVA 3H08A 2WTUA 1RNHA 4LFCK 4NO7A 1IKXA 3EKUA 4DV1K 2QWNA 4CJRA 3SAGA 3CFPA 4IOCL 3SNNA 4JKGA 3DM2A 4CHPA 3CCRN 3NGYA 5HL7L 2OPPA 4DR4K 4KB0A 1CZBA 4KH4A 5FDLA 1NU0A 3KK2A 1N33K 1QQCA 4DV7K 4CZMA 4JKBA 3OVNA 1OH8A 3OYEA 3DXMA 3ID8A 4CHQA 4OKJA 1OH7A 4IFVA 2G8HA 5HRRA 1C0TA 3OHRA 5KTQA 4OLBA 2WONA 5LL6Z 4B9MA 1S1UA 1B92A 4LSLA 1VRUA 2E20A 5EVZA 1ILYA 3L2QA 3NDKA 4OPKA 1NK7A 3ZEUB 2NRHA 1KTQA 4CZEA 3WNFA 4RW6A 5AQIA 1NK9A 1G99A 3DLHA 1RDBA 2E8AA 1KQSM 1QQNA 2P9UB 2IC3A 4CHZA 4BC3A 2NRWA 5TKYA 1YJWN 4H5TA 1HNWK 4FWPA 1IBKK 1S3XA 1ZBSA 3SQ1A 1BGXT 3F5TA 1GLDG 2F4VK 4I7FA 2IVNA 2QTDA 2UXBK 2ASPA 4LF9K 1LWEA 1ASWA 4Z4HA 2VGNA 1YJ9N 4NB4A 1RILA 3VETA 2G8VA 5ADXA 2HHVA 1Q7YO 4W5RA 2VQEK 3ZSZA 3O4QA 3S3OA 1XC9A 2A1SA 2ITGA 3ZX0A 3NGIA 4M7YA 1IJJA 1KFSA 3NH0A 3L4IA 1ITGA 4DFMA 3J7ZO 1U2VB 5LJWA 1RCHA 4JV5K 2E4LA 4C8NA 5KGXA 5I9EB 3LDLA 4FOIA 4QS7A 4UY8O 2UXCK 4FJNA 4PY5A 1SKSA 3QIPA 1RT5A 1LWCA 3CM6A 1MWMA 3JYTA 3ZT4A 1RBRA 4A5AA 5A2QO 1RTIA 3I0RA 4M3UA 4DS5A 1RTHA 3OJSA 2QM1A 4Q5VA 1YHQN 3F73A 4CD3A 1JLBA 2ASMA 4DSEA 2OZMA 4N76A 4K42A 4I2PA 3M8QA 3TI0A 3UKUA 2YHXA 3ZEUA 4E89A 4BRPA 3RR8A 1TL1A 3AVGA 5TKWA 4RW9A 3KZBA 1IKYA 2QI2A 3NMUA 4B1VA 2CGKA 5AQYA 4BG8A 5AQVA 1TKTA 2P9UA 3LDSA 3E9OA 1RDDA 1J54A 1JKHA 1NWKA 4PUOA 3K5LA 1HLUA 4FPAA 2FC0A 4E3SA 3H6EA 1T44A 2P9KB 5HBMA 3AVKA 3VESA 3A0IX 5C0YA 1HQUA 1SQKA 1NJZA 2ZD1A 3U9DA 4DFKA 1RBUA 3FGUA 3V9XA 3OA9A 1VSLA 3DMJA 4O5BA 3ZSRA 4CW7B 1J5OA 4CJLA 4B9TA 4RG8A 3TSQA 1M90O 5AZJA 3CCSN 4DB3A 2BDPA 5J2QA 4NXNK 4M3XA 1S6QA 4ISGA 1U2VA 4BDPA 4MDBA 3LZJA 4FVUA 4MDAA 1CZAN 1GLBG 3SBGA 2PZSA 1BL3A 2I7PA 4OKKA 4H03B 4XH4A 4FJ7A 4NYFA 3LAKA 2Z1HA 4M3RA 1WN7A 2B5JA 3VF6A 3ZSOA 4FWMA 1KD1O 5J1EA 4W5OA 1JCGA 4DCHA 2RHKA 2X6NA 1EWQA 4M45A 4JI6K 1NGAA 1XI1A 4A57A 4UQGA 4DR5K 1QQOA 3VA0A 3B6PA 4XH1A 1VSHA 3UKRB 4IJAA 3OJUA 4WCEL 1M1KO 3LDOA 3FZMA 4DSIA 3HTVA 3DOLA 4DTNA 2V7YA 5EXWA 4LFAK 4KHNA 4IFEA 5SZTA 1BCOA 1HYVA 5LMUK 3ENBA 3E66A 1NGFA 1MA9B 4GNIA 1U48A 1QZ6A 1NOZA 4ILGB 2P9KA 3IDHA 3TPQA 4PL7A 2UU9K 5HP1A 4B1ZA 1BQNA 1P8ZA 1K73O 1TV6A 4CFCA 1GLAG 3EE9A 1YAGA 4DQ8A 3NCIA 2HHWA 1RTDA 3AAQA 3CJAA 3HOSA 5LJVA 1KXPA 4LF5K 2DFEA 3VQBA 1TKXA 1BQMA 1FXXA 4CBUA 4YNQA 4BE2A 3VGLA 4DR2K 1W2BM 4ELTA 5KPRA 4BRCA 1W9HA 5IWAK 1NK5A 3O3HA 2YKNA 4E0DA 1ZBHA 5E84A 4C1NK 4ISFA 3AVAA 4IG0A 1Q9XA 1F21A 1S1VA 3PIOL 1FJGK 2VG7A 3AVLA 2YHBA 1QSLA 3KD1E 1Q8IA 4JKCA 1ATRA 2P5OA 4JI3K 3MEDA 5KGWA 5F1XA 5LMNK 1Q18A 3VTHA 4M42A 4JKAA 3N4PA 3M6GA 4BQLA 4DTXA 3UKRA 2G8IA 3FFKB 4OKEA 4B8CA 2JLEA 1GOAA 1L3UA 4I2QA 3TR8A 1KVAA 5FLXO 5F2RA 3BY5A 4KV8A 3M8PA 1RGIA 2QK9A 4BROA 3EN9A 2HHQA 3OBYA 1RDWX 1RBTA 5AQGA 4M3YA 2P51A 4BR4A 4FXDA 3ZT3A 3WNGA 1I3AA 3WXIA 3M5RA 2OTJN 3T69A 3SAFA 5C42A 3KD5E 4ILHA 3S3MA 4AM6A 3MN9A 3HOTA 4C8OA 4CF9A 3KVGA 3VEOA 2W40A 4DSJA 1RT1A 5AQJA 4H0YB 4NCAA 3ASMA 3G25A 1OVYA 3O9QA 5BPLA 4E7JA 2HNYA 1VQ7N 4PWDA 3H3NO 1TAUA 3CCJN 3CCEN 5BN9A 2YNFA 1YUWA 2YHAA 1W97L 3TWHA 4F3TA 3OY9A 4FWQA 1KVCA 4RW7A 3DXKB 2GEMA 1RDCA 4FJHA 1YF5L 3FZHA 4Z94A 3QBXA 4LC9B 4EP5A 1SKRA 4BDYA 5AQQA 3TAMA 3VERA 4FJMA 3MWTA 2ZGZA 4OGEA 3F9KA 3D0PA 5AQLA 3T19A 4CJ3A 4DLGA 5SWMA 3NH1A 1RT4A 4DU4A 4DWIA 2F8SA 3CMEN 2IGIA 4C8LA 3OYFA 2P9SA 1VSKA 3PSIA 4FWOA 4CK3A 3ZETB 4KHQA 1HKBA 1NBWA 4LF4K 4DTOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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