1YIKA

Structure of hen egg white lysozyme soaked with cu-cyclam
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protein recognition of macrocycles: binding of anti-HIV metallocyclams to lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yikA00
5DN5A 4WL6A 1GB7A 1OUDA 1OUIA 4G4BA 1LJIA 1YAMA 5KXNA 4CFPA 4NWEA 4PJ2C 4WO6A 5FEKA 2YBHA 207LA 1B7MA 2WARA 5KKJA 2DQCY 4DYGA 5KXOA 1IC7Y 2I6ZA 2D4KA 1GBXA 5KXXA 4RDSA 2BQKA 3LHMA 3QNGA 1GF4A 1HNLA 2Z38A 5C6JA 5LA5A 4NHTA 1JTTL 1PS5A 1JKCA 2C8OA 5KJ9A 1LSDA 3TXIA 3IJVA 1GF5A 1RI8B 5F81A 1BWHA 5HMVA 3AYQA 3G3BB 3A92A 3MGWA 4LYOA 5L3IA 1LTMA 2HEBA 4DC4A 1UIFA 2MEHA 4WMGA 2DQFC 1YQVY 3VWOA 9LYZA 5LVHA 1UCOA 1OUBA 4HPIA 3WL2A 4OWAA 2HTXA 3BKHA 4IASA 4DDCA 7LYZA 1GEVA 4MR1A 1GB6A 1LYOA 3M3UA 5DL9A 1O23A 4DD0A 4RLMA 5B07A 1G7JC 4GN3A 4FDYA 4WLDA 3N9AA 3A3RX 153LA 5IHGA 2HU3A 3CT1A 4NGJA 1IWWA 1ZMYL 2BQGA 133LA 1BHZA 1W6ZA 2ZIJA 5C6LA 1MELL 1VDSA 2ZQ4A 3ATOA 3WU8A 4LFXA 4DD7A 1G7MC 1GFUA 1IOTA 1YAOA 4H9AA 4CFOA 3FI7A 4Z46A 1TBYA 1YROA 5LVIA 4ANRA 4D9ZA 3HBHA 1HSWA 4UWVA 3WH1A 1XGPC 2N5ZA 1BB4A 4KPMA 2IHLA 2YDGA 4H9EA 1GB8A 5KXKA 2Z37A 1J1OY 1UIGA 5FDJA 1XFPL 4WM5A 4TWSA 1GFGA 1IP6A 4QEQA 4ETDA 1GE2A 1C45A 3TMUA 1GF3A 3P64A 4HP0A 3TXEA 3EXDA 1TCYA 4H8XA 1CKGA 1HF4A 2EKSC 1LHMA 1KXYA 1VDQA 4WM1A 1QUTA 3AZ4A 1CJ6A 5II3A 3AGGG 1AT6A 1B5XA 3W6EA 4DT3A 1HEMA 1XEKA 1IX0A 1EQ4A 1GEZA 4LYMA 4PGJB 1NDGC 3TXBA 1QTKA 4OOOA 1F0WA 4X3BA 4LT3A 5KXTA 1HFZA 1NKHA 4GN5C 3ZEKA 2DQDY 1GBOA 2Z2FA 3LYMA 4II8A 1UIDA 4NHIA 4YF2A 1WQRA 8LYZA 5IDDA 4WM6A 5LYZA 1LZTA 3B72A 1LJGA 1KXXA 4N1EI 1VFBC 2BAAA 1ALCA 4GLVA 1XGRC 4P2EA 2BQOA 2Q0MX 1IWTA 1XEIA 1BB3A 1BQLY 1LZ5A 3WVXA 4E3UA 1NHEA 2BLXA 4NGIA 1FLYA 1J1XY 4B1AA 5JENB 4N1CC 4PRQA 4HSFA 1IP5A 2HUBA 1GF9A 3D3DA 1LSNA 5IELA 1TDYA 4TSBA 1LMNA 2F30A 1GAZA 3TMXA 5I53A 2H9KA 1JIYA 1IP7A 1LZ4A 4H8ZA 1C08C 1LJHA 3OK0A 1DXJA 4N0JA 4NHPA 1REYA 4XENA 1IO5A 2YBIA 3ZVQA 5LVJA 4R6CA 1WQNA 5C6IA 1LHJA 1NBZC 5L9JA 4QGZA 2ZILA 2YSSC 2CWIA 3AZ7A 4RLNA 5D5CA 1W08A 1UBZA 4W96A 1HMLA 2A7DA 4ETBA 1V7TA 5LYTA 5B1FA 4RW1A 3TXDA 3T36A 3OJPA 4H8YA 1D0LA 1YAQA 1JKBA 1C7PA 3RT5X 1VAUA 1IVMA 4TSCA 194LA 2IFFY 4ET8A 2FYDA 1LZAA 1GF6A 3A90A 3TXGA 1GDXA 1CJ7A 4XJHA 2MEDA 4NY5A 1P2CC 2W1XA 5LXWA 4U3XB 1LSEA 1LOZA 3TMVA 2ZIKA 3CT0A 1IR9A 1EL1A 1GF0A 4BAPA 1RJCB 1QIOA 4ET9A 5LVGA 5APDA 1GHLA 1D9UA 4DDAA 4G9SA 4XN6A 132LA 1XSFA 4XJDA 1AM7A 4DDBA 4DWXA 4YM8A 3F6ZA 1JJ3A 3A95A 2C8PA 1HERA 1LMPA 1OUFA 2EPEA 1IP4A 3J6KA 1LHIA 1JSFA 1LJEA 4WM2A 4HTQA 3A67Y 4HJYA 2BQDA 1LYYA 3B6LA 1YIKA 1HFYA 1F6SA 1GPQC 4G4CA 154LA 1CKFA 3A34A 3A96A 1HELA 5KXZA 2CJLA 4NHQA 2DQIY 2ZYPA 1FKQA 1REXA 1LJKA 1LZ9A 4A7DA 4B49A 4B4JA 1LJ4A 2A7FA 2DQEY 2H9JA 4N8ZA 1FDLY 5LAGA 3WW5A 1JTPL 4LT0A 3QY4A 4NSJA 2PC2A 4FJRA 4H1PA 1WQOA 6LYTA 1EQ5A 1GFRA 1WTMA 4KXIA 5DLAA 3TXHA 3TXJA 1REMA 3EMSA 2Z18A 3AGHA 5KXLA 3E3DA 3RW8A 5E9RA 1LJJA 2D4JA 4IJ4A 4LYCA 1J1PY 1GFHA 5B59A 2ZNXY 1HEQA 5AMYA 2HEDA 2W1YA 1RE2A 1HEOA 1KIPC 3AZ6A 1LZGA 2NWDX 4WO9A 3W6CA 1LJFA 4Z98A 1HMKA 3WULA 1N4FA 1XGQC 5LAFA 3TXFA 5A3ZA 1BVKC 1NWGA 4NSHA 5APCA 3LN2A 1IR8A 3LYOA 1GE3A 1GAYA 1A2YC 3WW6A 2X0AA 4H9FA 3WVYA 5APEA 1PZYA 2BQLA 2MEAA 1JSEA 1OUHA 4J0LA 2XBSA 4GCCA 2F4GA 1IC4Y 5I4YA 1BB7A 2D91A 4CJ2A 1GB0A 5FCPA 4YEMA 3A93A 1BVXA 5HQ1A 5A3EA 1TEWA 1WVVA 4DD2A 3HBDA 1UUZC 3K3TA 2DKVA 1IP2A 1UIAA 1G7IC 1JTOL 1NMMA 1GBYA 1LZSA 1OP9B 5F16A 2DQJY 5KY1A 1FN5A 208LA 4N5RA 1ZV5L 4NGLA 3TXKA 5F9UA 1LHHA 1GF7A 4UWNA 2BQHA 1WQMA 1EQEA 4PPOA 1AT5A 2Z12A 4LYBA 1LMAA 3N9EA 1LSZA 1C10A 1YL0X 5HNLA 4NGWA 1LJNA 1JISA 1HHLA 5I5QA 4ZFPA 4QY9A 1LSYA 4M6DA 1LSAA 5LYMA 5APFA 1GBWA 4LT1A 1LMCA 1A4VA 1GBZA 1IORA 1HSXA 1QSWA 1MLCE 1F10A 1WQPA 2ZQ3A 4HV2A 3WU7A 1YILA 3P4ZA 4TUNA 1LPIA 4WLXA 4BAFA 4XJBA 2RSCA 1I1ZA 1B7PA 1D0KA 1NQIA 2BPUA 1IR7A 4H90A 4OOTA 4OWBA 1GFVA 1GFEA 1JITA 4NGYA 1VEDA 1FLUA 4NGZA 1ZVHL 3WUAA 5KKIA 6LYZA 1E8LA 2EIZC 3CT5A 4GCEA 1IWUA 1LHKA 2LZ2A 1NBYC 1AKIA 2YVBA 4G49A 4NG1A 5HNCA 1GB9A 1HENA 4MSTA 3ATNA 4ZEEA 1IY4A 3WPKA 1RFPA 1QTEA 3CB7A 1B7LA 1IWZA 2F4AA 3B0KA 1FBIX 3GXRA 4NSGA 3AGIA 1GF8A 1JHLA 1I20A 2F2NA 3LZTA 4O34A 4YENA 1IY3A 4NHSA 4PRUA 134LA 3A91A 3W6BA 4TX7A 1JJ1A 1C46A 3SP3A 5FELA 5I54A 3B0IA 2D6BA 1CJ9A 1LZ6A 2W1MA 1LZBA 2BQBA 3RNXA 4UWUA 4WOAA 1LMTA 1LMQA 3CSRA 3LYTA 3ULRA 3AW7A 2BQFA 2ZYCA 4OWEA 1B7RA 4GCBA 4WG7A 3N9CA 4AXTA 1IWYA 2DBTA 1IWXA 4NGKA 4WL7A 1Z55A 1JPOA 4NWHA 2BQEA 2HEFA 3WXUA 1GE0A 1GFKA 1DPWA 1NF5A 2YBMA 3G3AB 1CKDA 4OWHA 4LGKA 1B0DA 4HJZA 4NGVA 2YBJA 4HTKA 1LSFA 4WM3A 2EQLA 3RZ4A 4H92A 1CKCA 4R0FA 1IOCA 1UACY 1XEJA 2HU1A 1JUGA 4N9RA 1VATA 1LSGA 1YL1X 2DQGY 3J4GA 2CDSA 3WPJA 1B9OA 1D6QA 2DQHY 2CGIA 4EMNA 4XJIA 2MEGA 3RU5A 1IC5Y 1B5VA 2LYZA 1BWJA 3AJNA 3EO5A 1JEFA 5J7CA 1LZ1A 4MCKA 4NIJA 4ZIXA 3WMKA 5FHWA 1JJ0A 5E4PA 1DI5A 5B05A 4WG1A 4Z41A 5ILCA 4J1BA 2Z39A 1LKRA 1WVUA 1LZNA 3CSQA 4NG8A 4OWCA 4RW2A 1YKZX 1UIBA 4WM4A 5LINA 4H9HA 3W6FA 1LAAA 1F6RA 1LYZA 2LZTA 1GFAA 4H93A 1IWVA 4B0DA 1GE4A 4ML7A 3WUMA 2FBBA 2G4NA 1LKSA 1GFJA 3KAMA 4GN4A 1DQJC 1OUAA 1HC0A 2D4IA 1SLYA 1QDRA 1T6VL 2BQAA 3P65A 193LA 4PHIA 4ETEA 1LZDA 1DI4A 1INUA 2MECA 1ZVYB 3D9AC 5L3HA 1LZEA 1D6PA 1D0MA 1UIHA 1B5UA 2I26L 4CGEA 3AW6A 1B7QA 1DKJA 5DM9A 4BS7A 1LJ3A 3TMWA 1QDTA 5LA8A 1GB2A 4ETAA 1IIZA 1B7NA 1LZCA 4NEBA 1OUGA 1B5ZA 1GXXA 1NDMC 4NSIA 1QUSA 4I8SA 4Z3MA 4XJGA 1FLQA 3CQLA 2LHMA 1H87A 1G7LC 1OUCA 2MEFA 1LHLA 2BQCA 1BB5A 1LCNA 1LZ8A 1GB3A 1KXWA 1GFTA 1IP1A 1WQQA 1YANA 1HEWA 2BQIA 135LA 1AZFA 1WTNA 1GD6A 1RCMA 5ILFA 1KIQC 1IOSA 1YKYX 3EBAB 2B5ZA 5I4XA 4H9IA 1LSCA 3GXKA 2LYMA 3AZ5A 4IATA 1JKAA 3WUNA 3B0OA 4M4OA 1TAYA 1LZYA 4OW1A 2XBRA 1BGIA 2VB1A 2FYCA 3BKVA 1KIRC 2I25L 2XTHA 1LSPA 3A8ZA 1UICA 1UIEA 4AGAA 5KXMA 5EBHA 2YBNA 2LYOA 5FSTA 3T6UA 1JKDA 4C3WA 1V7SA 4H94A 5LIOA 3P68A 1BWIA 1IOQA 1I56A 4GLAA 2MEIA 1T3PA 3A3QA 1CJ8A 3LZ2A 4LFPA 2BLYA 1DI3A 1FLWA 4H9BA 4HTNA 4NFVA 4B4IA 5I4WA 1VDPA 3HFMY 4LT2A 5KXPA 3P66A 3CSZA 1IP3A 2G4PA 5B06A 2FBDA 1DKKA 5KXSA 4NGOA 4TTDA 4B4EA 4DD3A 3ZVQB 1LMOA 2HEAA 3WYHA 1IEEA 2GV0A 4YEOA 1B5YA 2Z2EA 3HBEX 4WLTA 3W6AA 5HMJA 1FKVA 2ZNWY 5DN4A 2W1LA 1REZA 4QDNA 1DPXA 4CHXA 3A94A 2XJWA 5KXRA 2H5ZA 4H91A 4I0CA 4XADA 2G4QA 3LYZA 4H9CA 4DD9A 4DD1A 1G7HC 1B2KA 1CNSA 1JWRA 1YAPA 1GDWA 2AUBA 4W94A 5M1YA 1HFXA 2BQJA 1LSBA 5LVKA 1GXV2 4G4HA 4ETCA 2ZWBA 1XGTC 1B5WA 1C43A 4KL7A 1BB6A 3WXTA 1UA6Y 3QE8A 1HEPA 3A6BY 3IJUA 4LYZA 3IWRA 2Z19A 1GB5A 2BQNA 3M18B 4GCFA 1H6MA 1LZRA 1GBSA 1GWDA 1VDTA 5B1GA 1B7SA 5D5FA 1QQYA 2HEEA 2MEEA 4HV1A 4J7VA 2HECA 4LZTA 5HLLA 1UC0A 1SQ2L 3WPLA 1OUEA 1LYSA 2BQMA 2Y8PA 3FE0A 3W3EA 2YBLA 5KXYA 1CKHA 4YOPA 3W6DA 5F14A 1LSMA 2MEBA 1OUJA 5F9XA 1XGUC 4KT3A 5T3FA 5K7OA 4LYTA 3A6CY 4J1AA 1YKXX 3WU9A 4L41A 2DQAA 4EOFA 4XJFA 1QSAA 3AB6A 4C5FA 4HJVA 5KXWA 1DZBX 4HPEA 4WLYA 1GE1A 4BADA 1B7OA 4XYYA 4GCDA 1OQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WL6A 1OUDA 4DQJA 1YAMA 1WTHA 5KXNA 4NWEA 1P37A 1C60A 1QTVA 1CU3A 5KXOA 108LA 2I6ZA 2D4KA 1GBXA 3LHMA 5C6JA 1OV5A 4NHTA 2RB1X 1JTTL 1JKCA 1PQJA 1LSDA 3OE8A 1GF5A 1BWHA 5HMVA 3G3BB 2MEHA 3CDOA 4DKLA 3WL2A 4OWAA 1GEVA 5DL9A 1O23A 4FDYA 1DYCA 2OTYX 3N9AA 3A3RX 5C6LA 3WU8A 212LA 4Z46A 4D9ZA 172LA 4UWVA 3WH1A 260LA 2IHLA 1CV6A 4EPFA 252LA 4WM5A 4W55A 4QEQA 1B6IA 1C45A 1QTCA 4H8XA 167LA 1LHMA 1KXYA 1VDQA 2CUUA 1QUTA 3AZ4A 5II3A 1AT6A 4DT3A 1HEMA 2L78A 1XEKA 1IX0A 4OOOA 4X3BA 3ZEKA 2DQDY 2Z2FA 3LYMA 1LYEA 4YF2A 1WQRA 5IDDA 5LYZA 1G0GA 1OVJA 1JQUA 1ALCA 1L58A 2Q0MX 1BB3A 3EMLA 2B6XA 4E3UA 2BLXA 1IP5A 1GF9A 1L74A 1LMNA 4I7LA 2H9KA 1IP7A 1L59A 3OK0A 165LA 1CTWA 3ZVQA 4R6CA 4QGZA 245LA 1L77A 4RLNA 2CWIA 3AZ7A 5LYTA 1SWYA 3G3VA 1P6YA 1C7PA 1L41A 1QTZA 104LA 1VAUA 1LZAA 3A90A 3PDSA 1CJ7A 4XJHA 4NY5A 1P2CC 2W1XA 3C80A 3CT0A 1EL1A 1L05A 4BAPA 1GHLA 1XSFA 3F6ZA 1P2LA 1QT7A 1L25A 1XJUA 4LZMA 114LA 1YIKA 1GPQC 1L0KA 3A34A 138LA 3D4SA 4A7DA 4B4JA 1LJ4A 3WW5A 4S0WA 2PC2A 4FJRA 1WTMA 3HT9A 1REMA 1G0PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DN5 A;  4WL6 A;  1GB7 A;  1OUD A;  1OUI A;  4G4B A;  1LJI A;  1YAM A;  5KXN A;  4CFP A;  4NWE A;  4PJ2 C;  4WO6 A;  5FEK A;  2YBH A;  207L A;  1B7M A;  2WAR A;  5KKJ A;  2DQC Y;  4DYG A;  5KXO A;  1IC7 Y;  2I6Z A;  2D4K A;  1GBX A;  5KXX A;  4RDS A;  2BQK A;  3LHM A;  3QNG A;  1GF4 A;  1HNL A;  2Z38 A;  5C6J A;  5LA5 A;  4NHT A;  1JTT L;  1PS5 A;  1JKC A;  2C8O A;  5KJ9 A;  1LSD A;  3TXI A;  3IJV A;  1GF5 A;  1RI8 B;  5F81 A;  1BWH A;  5HMV A;  3AYQ A;  3G3B B;  3A92 A;  3MGW A;  4LYO A;  5L3I A;  1LTM A;  2HEB A;  4DC4 A;  1UIF A;  2MEH A;  4WMG A;  2DQF C;  1YQV Y;  3VWO A;  9LYZ A;  5LVH A;  1UCO A;  1OUB A;  4HPI A;  3WL2 A;  4OWA A;  2HTX A;  3BKH A;  4IAS A;  4DDC A;  7LYZ A;  1GEV A;  4MR1 A;  1GB6 A;  1LYO A;  3M3U A;  5DL9 A;  1O23 A;  4DD0 A;  4RLM A;  5B07 A;  1G7J C;  4GN3 A;  4FDY A;  4WLD A;  3N9A A;  3A3R X;  153L A;  5IHG A;  2HU3 A;  3CT1 A;  4NGJ A;  1IWW A;  1ZMY L;  2BQG A;  133L A;  1BHZ A;  1W6Z A;  2ZIJ A;  5C6L A;  1MEL L;  1VDS A;  2ZQ4 A;  3ATO A;  3WU8 A;  4LFX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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