1YJ9O

Crystal structure of the mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui containing a three residue deletion in l22
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 35
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1yj9O00
3CCVL 3CMAO 2QA4L 3CCQL 1YI2L 1K73P 3OW2K 3G71L 1VQ4O 3CCEO 2OTJL 3CC7L 3CCRO 1N8RP 3I55O 1JJ2K 2QEXO 1VQKL 1M90P 3CMAL 3CCSO 1VQ7O 1VQOO 1VQ6O 1YJNO 1M90M 3CCUO 1K9MM 1KQSN 3CC2O 3CCEL 1Q7YM 3CMEO 3I55L 3CXCN 2QEXL 1VQ5O 1VQLL 1YIJO 1KC8P 1VQ7L 1KD1P 1VQOL 1VQ6L 1YJNL 3CXCK 1YITL 3G4SL 1K8AP 3CC2L 1VQML 1YJ9O 1K73M 3CMEL 3CCRL 1VQ5L 3CCJO 1VQ9O 1N8RM 1QVFN 3G6EO 3CC4O 3I56O 1W2BN 1VQ4L 1YJWO 1M1KP 1W2BK 1Q81P 1VQ9L 3CCLO 1KQSK 3G6EL 3CCSL 1VQNO 3CC4L 3CD6O 1QVGN 1VQPO 2OTLO 3CCUL 1KC8M 1KD1M 1S72O 1YJWL 1QVGK 3CCVO 1K8AM 2QA4O 1VQ8O 1YIJL 1Q82P 1Q86P 1NJIP 1VQNL 1YHQO 1VQPL 2OTJO 3CC7O 1S72L 1QVFK 1YJ9L 1VQKO 3CPWN 3CCJL 3CCMO 1VQ8L 1JJ2N 1M1KM 1YHQL 3I56L 1Q81M 3CPWK 1VQLO 1K9MP 3CCQO 3CCML 1YI2O 3CCLL 1YITO 1Q7YP 3G4SO 3CD6L 3G71O 1VQMO 2OTLL 1Q82M 1Q86M 1NJIM 3OW2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCVL 3CMAO 2QA4L 3CCQL 1YI2L 1K73P 3OW2K 3G71L 1VQ4O 3CCEO 2OTJL 3CC7L 3CCRO 1N8RP 3I55O 1JJ2K 2QEXO 4WJ0A 1VQKL 1M90P 3CMAL 3CCSO 1VQ7O 1VQOO 1VQ6O 1YJNO 1M90M 3CCUO 3GODA 1K9MM 1KQSN 5DQTA 3CC2O 4XTKA 3CCEL 3CMEO 1Q7YM 3I55L 3CXCN 2QEXL 3NKDA 1VQ5O 1VQLL 1YIJO 1KC8P 1VQ7L 1KD1P 1VQOL 1VQ6L 1YJNL 3CXCK 1YITL 5DS6A 3G4SL 5DS4A 1K8AP 3CC2L 1VQML 1YJ9O 1K73M 3CMEL 3CCRL 1VQ5L 3CCJO 1VQ9O 1N8RM 1QVFN 3G6EO 3CC4O 3I56O 1W2BN 1VQ4L 1YJWO 1M1KP 1W2BK 2YZSA 1Q81P 1VQ9L 1KQSK 3CCLO 3G6EL 3CCSL 5FCLA 1VQNO 3CC4L 3CD6O 1QVGN 1VQPO 2OTLO 3CCUL 1KC8M 1KD1M 1S72O 1YJWL 1QVGK 3CCVO 5DLJA 1K8AM 2QA4O 1VQ8O 1YIJL 1Q82P 1Q86P 1NJIP 1VQNL 1YHQO 1VQPL 2OTJO 3CC7O 1S72L 4P6IC 1QVFK 1YJ9L 1VQKO 4QDLA 3CPWN 3CCJL 3CCMO 1VQ8L 1JJ2N 5DQZA 1M1KM 1YHQL 3I56L 1Q81M 3CPWK 1VQLO 1K9MP 5DS5A 3CCQO 3CCML 1YI2O 3CCLL 1YITO 1Q7YP 3G4SO 3CD6L 3G71O 1VQMO 4W8KA 2OTLL 1Q82M 1Q86M 1NJIM 3OW2N 4N06A
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCVL 3CMAO 2QA4L 3CCQL 1YI2L 1K73P 3OW2K 3G71L 1VQ4O 3CCEO 2OTJL 3CC7L 3CCRO 1N8RP 3I55O 1JJ2K 2QEXO 4WJ0A 1VQKL 1M90P 3CMAL 3CCSO 1VQ7O 1VQOO 1VQ6O 1YJNO 1M90M 3CCUO 3GODA 1K9MM 1KQSN 5DQTA 3CC2O 4XTKA 3CCEL 3CMEO 1Q7YM 3I55L 3CXCN 2QEXL 3NKDA 1VQ5O 1VQLL 1YIJO 1KC8P 1VQ7L 1KD1P 1VQOL 1VQ6L 1YJNL 3CXCK 1YITL 5DS6A 3G4SL 5DS4A 1K8AP 3CC2L 1VQML 1YJ9O 1K73M 3CMEL 3CCRL 1VQ5L 3CCJO 1VQ9O 1N8RM 1QVFN 3G6EO 3CC4O 3I56O 1W2BN 1VQ4L 1YJWO 1M1KP 1W2BK 2YZSA 1Q81P 1VQ9L 1KQSK 3CCLO 3G6EL 3CCSL 5FCLA 1VQNO 3CC4L 3CD6O 1QVGN 1VQPO 2OTLO 3CCUL 1KC8M 1KD1M 1S72O 1YJWL 1QVGK 3CCVO 5DLJA 1K8AM 2QA4O 1VQ8O 1YIJL 1Q82P 1Q86P 1NJIP 1VQNL 1YHQO 1VQPL 2OTJO 3CC7O 1S72L 4P6IC 1QVFK 1YJ9L 1VQKO 4QDLA 3CPWN 3CCJL 3CCMO 1VQ8L 1JJ2N 5DQZA 1M1KM 1YHQL 3I56L 1Q81M 3CPWK 1VQLO 1K9MP 5DS5A 3CCQO 3CCML 1YI2O 3CCLL 1YITO 1Q7YP 3G4SO 3CD6L 3G71O 1VQMO 4W8KA 2OTLL 1Q82M 1Q86M 1NJIM 3OW2N 4N06A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCV L;  3CMA O;  2QA4 L;  3CCQ L;  1YI2 L;  1K73 P;  3OW2 K;  3G71 L;  1VQ4 O;  3CCE O;  2OTJ L;  3CC7 L;  3CCR O;  1N8R P;  3I55 O;  1JJ2 K;  2QEX O;  1VQK L;  1M90 P;  3CMA L;  3CCS O;  1VQ7 O;  1VQO O;  1VQ6 O;  1YJN O;  1M90 M;  3CCU O;  1K9M M;  1KQS N;  3CC2 O;  3CCE L;  1Q7Y M;  3CME O;  3I55 L;  3CXC N;  2QEX L;  1VQ5 O;  1VQL L;  1YIJ O;  1KC8 P;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1VQO L;  1VQ6 L;  1YJN L;  3CXC K;  1YIT L;  3G4S L;  1K8A P;  3CC2 L;  1VQM L;  1YJ9 O;  1K73 M;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 L;  3CCJ O;  1VQ9 O;  1N8R M;  1QVF N;  3G6E O;  3CC4 O;  3I56 O;  1W2B N;  1VQ4 L;  1YJW O;  1M1K P;  1W2B K;  1Q81 P;  1VQ9 L;  3CCL O;  1KQS K;  3G6E L;  3CCS L;  1VQN O;  3CC4 L;  3CD6 O;  1QVG N;  1VQP O;  2OTL O;  3CCU L;  1KC8 M;  1KD1 M;  1S72 O;  1YJW L;  1QVG K;  3CCV O;  1K8A M;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1YIJ L;  1Q82 P;  1Q86 P;  1NJI P;  1VQN L;  1YHQ O;  1VQP L;  2OTJ O;  3CC7 O;  1S72 L;  1QVF K;  1YJ9 L;  1VQK O;  3CPW N;  3CCJ L;  3CCM O;  1VQ8 L;  1JJ2 N;  1M1K M;  1YHQ L;  3I56 L;  1Q81 M;  3CPW K;  1VQL O;  1K9M P;  3CCQ O;  3CCM L;  1YI2 O;  3CCL L;  1YIT O;  1Q7Y P;  3G4S O;  3CD6 L;  3G71 O;  1VQM O;  2OTL L;  1Q82 M;  1Q86 M;  1NJI M;  3OW2 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCV L;  3CMA O;  2QA4 L;  3CCQ L;  1YI2 L;  1K73 P;  3OW2 K;  3G71 L;  1VQ4 O;  3CCE O;  2OTJ L;  3CC7 L;  3CCR O;  1N8R P;  3I55 O;  1JJ2 K;  2QEX O;  4WJ0 A;  1VQK L;  1M90 P;  3CMA L;  3CCS O;  1VQ7 O;  1VQO O;  1VQ6 O;  1YJN O;  1M90 M;  3CCU O;  3GOD A;  1K9M M;  1KQS N;  5DQT A;  3CC2 O;  4XTK A;  3CCE L;  3CME O;  1Q7Y M;  3I55 L;  3CXC N;  2QEX L;  3NKD A;  1VQ5 O;  1VQL L;  1YIJ O;  1KC8 P;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1VQO L;  1VQ6 L;  1YJN L;  3CXC K;  1YIT L;  5DS6 A;  3G4S L;  5DS4 A;  1K8A P;  3CC2 L;  1VQM L;  1YJ9 O;  1K73 M;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 L;  3CCJ O;  1VQ9 O;  1N8R M;  1QVF N;  3G6E O;  3CC4 O;  3I56 O;  1W2B N;  1VQ4 L;  1YJW O;  1M1K P;  1W2B K;  2YZS A;  1Q81 P;  1VQ9 L;  1KQS K;  3CCL O;  3G6E L;  3CCS L;  5FCL A;  1VQN O;  3CC4 L;  3CD6 O;  1QVG N;  1VQP O;  2OTL O;  3CCU L;  1KC8 M;  1KD1 M;  1S72 O;  1YJW L;  1QVG K;  3CCV O;  5DLJ A;  1K8A M;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1YIJ L;  1Q82 P;  1Q86 P;  1NJI P;  1VQN L;  1YHQ O;  1VQP L;  2OTJ O;  3CC7 O;  1S72 L;  4P6I C;  1QVF K;  1YJ9 L;  1VQK O;  4QDL A;  3CPW N;  3CCJ L;  3CCM O;  1VQ8 L;  1JJ2 N;  5DQZ A;  1M1K M;  1YHQ L;  3I56 L;  1Q81 M;  3CPW K;  1VQL O;  1K9M P;  5DS5 A;  3CCQ O;  3CCM L;  1YI2 O;  3CCL L;  1YIT O;  1Q7Y P;  3G4S O;  3CD6 L;  3G71 O;  1VQM O;  4W8K A;  2OTL L;  1Q82 M;  1Q86 M;  1NJI M;  3OW2 N;  4N06 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCV L;  3CMA O;  2QA4 L;  3CCQ L;  1YI2 L;  1K73 P;  3OW2 K;  3G71 L;  1VQ4 O;  3CCE O;  2OTJ L;  3CC7 L;  3CCR O;  1N8R P;  3I55 O;  1JJ2 K;  2QEX O;  4WJ0 A;  1VQK L;  1M90 P;  3CMA L;  3CCS O;  1VQ7 O;  1VQO O;  1VQ6 O;  1YJN O;  1M90 M;  3CCU O;  3GOD A;  1K9M M;  1KQS N;  5DQT A;  3CC2 O;  4XTK A;  3CCE L;  3CME O;  1Q7Y M;  3I55 L;  3CXC N;  2QEX L;  3NKD A;  1VQ5 O;  1VQL L;  1YIJ O;  1KC8 P;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1VQO L;  1VQ6 L;  1YJN L;  3CXC K;  1YIT L;  5DS6 A;  3G4S L;  5DS4 A;  1K8A P;  3CC2 L;  1VQM L;  1YJ9 O;  1K73 M;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 L;  3CCJ O;  1VQ9 O;  1N8R M;  1QVF N;  3G6E O;  3CC4 O;  3I56 O;  1W2B N;  1VQ4 L;  1YJW O;  1M1K P;  1W2B K;  2YZS A;  1Q81 P;  1VQ9 L;  1KQS K;  3CCL O;  3G6E L;  3CCS L;  5FCL A;  1VQN O;  3CC4 L;  3CD6 O;  1QVG N;  1VQP O;  2OTL O;  3CCU L;  1KC8 M;  1KD1 M;  1S72 O;  1YJW L;  1QVG K;  3CCV O;  5DLJ A;  1K8A M;  2QA4 O;  1VQ8 O;  1YIJ L;  1Q82 P;  1Q86 P;  1NJI P;  1VQN L;  1YHQ O;  1VQP L;  2OTJ O;  3CC7 O;  1S72 L;  4P6I C;  1QVF K;  1YJ9 L;  1VQK O;  4QDL A;  3CPW N;  3CCJ L;  3CCM O;  1VQ8 L;  1JJ2 N;  5DQZ A;  1M1K M;  1YHQ L;  3I56 L;  1Q81 M;  3CPW K;  1VQL O;  1K9M P;  5DS5 A;  3CCQ O;  3CCM L;  1YI2 O;  3CCL L;  1YIT O;  1Q7Y P;  3G4S O;  3CD6 L;  3G71 O;  1VQM O;  4W8K A;  2OTL L;  1Q82 M;  1Q86 M;  1NJI M;  3OW2 N;  4N06 A; 
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