1YJNO

Crystal structure of clindamycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 32
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1yjnO00
3CD6O 3CCUL 1YHQO 1YJNO 3CCJL 3CCRO 1JJ2N 3CCSL 1K9MM 1QVFN 3CMEO 2OTJO 3CC2L 1VQKL 3CMAL 1M90M 1YJWO 1KC8M 3CC7L 2QA4O 1VQNL 3CCUO 3CCML 3G6EL 1S72O 1N8RM 1VQ9O 3CCLO 1KD1M 3CCJO 1VQPL 3I56L 1VQLL 1Q81M 1JJ2K 1VQKO 3CMAO 1Q7YM 1KQSN 1VQ4L 3CC7O 3G71O 1M90P 3CCVL 2OTLL 1KC8P 1QVGN 3G6EO 3CCEL 1VQ6L 1VQ8L 3CC4L 1W2BK 1VQMO 1YI2L 1N8RP 1VQLO 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4O 1YIJL 1Q7YP 2QEXL 3CCVO 1KQSK 3CCEO 1YJ9L 1VQ6O 3CCSO 3CPWN 1Q82M 3CC2O 1YI2O 1QVGK 1K9MP 3OW2N 1QVFK 1VQ7O 1VQNO 3CCMO 3CCQL 1YIJO 1NJIP 1VQPO 1YJ9O 3I55L 1YJNL 3I56O 1KD1P 3CXCN 1Q81P 3CMEL 1YITL 1Q82P 1K8AM 3CPWK 2OTLO 3CCQO 3OW2K 2QA4L 1M1KM 1VQ8O 1K73M 1VQ5L 1VQOL 3CC4O 1S72L 3I55O 3CCLL 1VQ9L 1Q86M 1YITO 3CD6L 2QEXO 3CXCK 1YHQL 1K8AP 3G71L 1W2BN 3CCRL 1VQOO 1VQ5O 1M1KP 1K73P 2OTJL 1VQML 1YJWL 3G4SL 1Q86P
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CD6O 3CCUL 5DS5A 1YHQO 1YJNO 3CCJL 3CCRO 1JJ2N 3CCSL 1K9MM 1QVFN 3CMEO 2OTJO 3CC2L 1VQKL 3CMAL 1M90M 1YJWO 1KC8M 5DLJA 3CC7L 2QA4O 1VQNL 3CCUO 3CCML 3G6EL 1S72O 1N8RM 1VQ9O 3CCLO 1KD1M 3CCJO 1VQPL 3I56L 1VQLL 5DS4A 1Q81M 4XTKA 1JJ2K 1VQKO 3CMAO 1Q7YM 1KQSN 1VQ4L 3CC7O 3G71O 1M90P 5FCLA 3CCVL 2OTLL 1KC8P 1QVGN 3G6EO 3CCEL 1VQ6L 1VQ8L 4QDLA 3CC4L 4N06A 1W2BK 1VQMO 1YI2L 1N8RP 1VQLO 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4O 1YIJL 3GODA 1Q7YP 2QEXL 3CCVO 5DQZA 1KQSK 3CCEO 1YJ9L 1VQ6O 3CCSO 3CPWN 1Q82M 3CC2O 1YI2O 1QVGK 1K9MP 3OW2N 1QVFK 1VQ7O 1VQNO 4WJ0A 3CCMO 3CCQL 1YIJO 1NJIP 1VQPO 1YJ9O 3I55L 1YJNL 3I56O 1KD1P 3CXCN 4P6IC 1Q81P 3CMEL 1YITL 1Q82P 1K8AM 2YZSA 3CPWK 2OTLO 3CCQO 3OW2K 2QA4L 1M1KM 1VQ8O 1K73M 1VQ5L 1VQOL 4W8KA 3CC4O 1S72L 3I55O 3CCLL 1VQ9L 1Q86M 5DQTA 1YITO 3NKDA 3CD6L 2QEXO 3CXCK 1YHQL 1K8AP 3G71L 1W2BN 3CCRL 1VQOO 1VQ5O 5DS6A 1M1KP 1K73P 2OTJL 1VQML 1YJWL 3G4SL 1Q86P
chains in the Genus database with same CATH topology
3CD6O 3CCUL 5DS5A 1YHQO 1YJNO 3CCJL 3CCRO 1JJ2N 3CCSL 1K9MM 1QVFN 3CMEO 2OTJO 3CC2L 1VQKL 3CMAL 1M90M 1YJWO 1KC8M 5DLJA 3CC7L 2QA4O 1VQNL 3CCUO 3CCML 3G6EL 1S72O 1N8RM 1VQ9O 3CCLO 1KD1M 3CCJO 1VQPL 3I56L 1VQLL 5DS4A 1Q81M 4XTKA 1JJ2K 1VQKO 3CMAO 1Q7YM 1KQSN 1VQ4L 3CC7O 3G71O 1M90P 5FCLA 3CCVL 2OTLL 1KC8P 1QVGN 3G6EO 3CCEL 1VQ6L 1VQ8L 4QDLA 3CC4L 4N06A 1W2BK 1VQMO 1YI2L 1N8RP 1VQLO 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4O 1YIJL 3GODA 1Q7YP 2QEXL 3CCVO 5DQZA 1KQSK 3CCEO 1YJ9L 1VQ6O 3CCSO 3CPWN 1Q82M 3CC2O 1YI2O 1QVGK 1K9MP 3OW2N 1QVFK 1VQ7O 1VQNO 4WJ0A 3CCMO 3CCQL 1YIJO 1NJIP 1VQPO 1YJ9O 3I55L 1YJNL 3I56O 1KD1P 3CXCN 4P6IC 1Q81P 3CMEL 1YITL 1Q82P 1K8AM 2YZSA 3CPWK 2OTLO 3CCQO 3OW2K 2QA4L 1M1KM 1VQ8O 1K73M 1VQ5L 1VQOL 4W8KA 3CC4O 1S72L 3I55O 3CCLL 1VQ9L 1Q86M 5DQTA 1YITO 3NKDA 3CD6L 2QEXO 3CXCK 1YHQL 1K8AP 3G71L 1W2BN 3CCRL 1VQOO 1VQ5O 5DS6A 1M1KP 1K73P 2OTJL 1VQML 1YJWL 3G4SL 1Q86P
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CD6 O;  3CCU L;  1YHQ O;  1YJN O;  3CCJ L;  3CCR O;  1JJ2 N;  3CCS L;  1K9M M;  1QVF N;  3CME O;  2OTJ O;  3CC2 L;  1VQK L;  3CMA L;  1M90 M;  1YJW O;  1KC8 M;  3CC7 L;  2QA4 O;  1VQN L;  3CCU O;  3CCM L;  3G6E L;  1S72 O;  1N8R M;  1VQ9 O;  3CCL O;  1KD1 M;  3CCJ O;  1VQP L;  3I56 L;  1VQL L;  1Q81 M;  1JJ2 K;  1VQK O;  3CMA O;  1Q7Y M;  1KQS N;  1VQ4 L;  3CC7 O;  3G71 O;  1M90 P;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 P;  1QVG N;  3G6E O;  3CCE L;  1VQ6 L;  1VQ8 L;  3CC4 L;  1W2B K;  1VQM O;  1YI2 L;  1N8R P;  1VQL O;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YIJ L;  1Q7Y P;  2QEX L;  3CCV O;  1KQS K;  3CCE O;  1YJ9 L;  1VQ6 O;  3CCS O;  3CPW N;  1Q82 M;  3CC2 O;  1YI2 O;  1QVG K;  1K9M P;  3OW2 N;  1QVF K;  1VQ7 O;  1VQN O;  3CCM O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1NJI P;  1VQP O;  1YJ9 O;  3I55 L;  1YJN L;  3I56 O;  1KD1 P;  3CXC N;  1Q81 P;  3CME L;  1YIT L;  1Q82 P;  1K8A M;  3CPW K;  2OTL O;  3CCQ O;  3OW2 K;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQ8 O;  1K73 M;  1VQ5 L;  1VQO L;  3CC4 O;  1S72 L;  3I55 O;  3CCL L;  1VQ9 L;  1Q86 M;  1YIT O;  3CD6 L;  2QEX O;  3CXC K;  1YHQ L;  1K8A P;  3G71 L;  1W2B N;  3CCR L;  1VQO O;  1VQ5 O;  1M1K P;  1K73 P;  2OTJ L;  1VQM L;  1YJW L;  3G4S L;  1Q86 P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CD6 O;  3CCU L;  5DS5 A;  1YHQ O;  1YJN O;  3CCJ L;  3CCR O;  1JJ2 N;  3CCS L;  1K9M M;  1QVF N;  3CME O;  2OTJ O;  3CC2 L;  1VQK L;  3CMA L;  1M90 M;  1YJW O;  1KC8 M;  5DLJ A;  3CC7 L;  2QA4 O;  1VQN L;  3CCU O;  3CCM L;  3G6E L;  1S72 O;  1N8R M;  1VQ9 O;  3CCL O;  1KD1 M;  3CCJ O;  1VQP L;  3I56 L;  1VQL L;  5DS4 A;  1Q81 M;  4XTK A;  1JJ2 K;  1VQK O;  3CMA O;  1Q7Y M;  1KQS N;  1VQ4 L;  3CC7 O;  3G71 O;  1M90 P;  5FCL A;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 P;  1QVG N;  3G6E O;  3CCE L;  1VQ6 L;  1VQ8 L;  4QDL A;  3CC4 L;  4N06 A;  1W2B K;  1VQM O;  1YI2 L;  1N8R P;  1VQL O;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YIJ L;  3GOD A;  1Q7Y P;  2QEX L;  3CCV O;  5DQZ A;  1KQS K;  3CCE O;  1YJ9 L;  1VQ6 O;  3CCS O;  3CPW N;  1Q82 M;  3CC2 O;  1YI2 O;  1QVG K;  1K9M P;  3OW2 N;  1QVF K;  1VQ7 O;  1VQN O;  4WJ0 A;  3CCM O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1NJI P;  1VQP O;  1YJ9 O;  3I55 L;  1YJN L;  3I56 O;  1KD1 P;  3CXC N;  4P6I C;  1Q81 P;  3CME L;  1YIT L;  1Q82 P;  1K8A M;  2YZS A;  3CPW K;  2OTL O;  3CCQ O;  3OW2 K;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQ8 O;  1K73 M;  1VQ5 L;  1VQO L;  4W8K A;  3CC4 O;  1S72 L;  3I55 O;  3CCL L;  1VQ9 L;  1Q86 M;  5DQT A;  1YIT O;  3NKD A;  3CD6 L;  2QEX O;  3CXC K;  1YHQ L;  1K8A P;  3G71 L;  1W2B N;  3CCR L;  1VQO O;  1VQ5 O;  5DS6 A;  1M1K P;  1K73 P;  2OTJ L;  1VQM L;  1YJW L;  3G4S L;  1Q86 P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CD6 O;  3CCU L;  5DS5 A;  1YHQ O;  1YJN O;  3CCJ L;  3CCR O;  1JJ2 N;  3CCS L;  1K9M M;  1QVF N;  3CME O;  2OTJ O;  3CC2 L;  1VQK L;  3CMA L;  1M90 M;  1YJW O;  1KC8 M;  5DLJ A;  3CC7 L;  2QA4 O;  1VQN L;  3CCU O;  3CCM L;  3G6E L;  1S72 O;  1N8R M;  1VQ9 O;  3CCL O;  1KD1 M;  3CCJ O;  1VQP L;  3I56 L;  1VQL L;  5DS4 A;  1Q81 M;  4XTK A;  1JJ2 K;  1VQK O;  3CMA O;  1Q7Y M;  1KQS N;  1VQ4 L;  3CC7 O;  3G71 O;  1M90 P;  5FCL A;  3CCV L;  2OTL L;  1KC8 P;  1QVG N;  3G6E O;  3CCE L;  1VQ6 L;  1VQ8 L;  4QDL A;  3CC4 L;  4N06 A;  1W2B K;  1VQM O;  1YI2 L;  1N8R P;  1VQL O;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YIJ L;  3GOD A;  1Q7Y P;  2QEX L;  3CCV O;  5DQZ A;  1KQS K;  3CCE O;  1YJ9 L;  1VQ6 O;  3CCS O;  3CPW N;  1Q82 M;  3CC2 O;  1YI2 O;  1QVG K;  1K9M P;  3OW2 N;  1QVF K;  1VQ7 O;  1VQN O;  4WJ0 A;  3CCM O;  3CCQ L;  1YIJ O;  1NJI P;  1VQP O;  1YJ9 O;  3I55 L;  1YJN L;  3I56 O;  1KD1 P;  3CXC N;  4P6I C;  1Q81 P;  3CME L;  1YIT L;  1Q82 P;  1K8A M;  2YZS A;  3CPW K;  2OTL O;  3CCQ O;  3OW2 K;  2QA4 L;  1M1K M;  1VQ8 O;  1K73 M;  1VQ5 L;  1VQO L;  4W8K A;  3CC4 O;  1S72 L;  3I55 O;  3CCL L;  1VQ9 L;  1Q86 M;  5DQT A;  1YIT O;  3NKD A;  3CD6 L;  2QEX O;  3CXC K;  1YHQ L;  1K8A P;  3G71 L;  1W2B N;  3CCR L;  1VQO O;  1VQ5 O;  5DS6 A;  1M1K P;  1K73 P;  2OTJ L;  1VQM L;  1YJW L;  3G4S L;  1Q86 P; 
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