1YJNO

Crystal structure of clindamycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 32
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1yjnO00
1VQ8O 3CMAL 1Q7YM 3CC7O 1YI2O 1YJ9O 1VQ4L 1K73M 3CCUO 1NJIP 3G4SL 3CCVL 1YJWO 1VQKO 1Q86P 1Q82P 2QA4O 3CC2O 3CD6L 1JJ2K 2QEXL 1YIJO 1N8RP 1VQOL 1M90P 3CCLO 3CCQL 3I56L 1S72O 1M1KM 1VQ6O 3CMEO 1YJNO 1YITO 2OTJO 1VQ5O 1VQ9O 1QVFK 1YHQL 1JJ2N 3CCEO 3G71L 3I55O 3CCMO 1VQ7L 1NJIM 1VQPO 1VQLO 1W2BK 1Q86M 2OTLL 1Q82M 1KD1P 1QVGK 3CD6O 3CCRO 1VQMO 1N8RM 1VQ8L 3CC7L 3CPWK 1YI2L 1K8AP 1YJ9L 3CCUL 1M90M 1VQNO 3G6EO 3OW2K 1QVFN 3CCJO 1YJWL 1VQKL 3CC4O 2QA4L 3CC2L 1YIJL 1KC8P 1QVGN 3CCSL 1KQSK 3CMAO 3CCLL 1K9MP 1VQ4O 3G4SO 1S72L 3CXCK 1VQ6L 3CPWN 3CCVO 1YJNL 1YITL 1M1KP 1Q81P 1KD1M 3OW2N 1VQ5L 2QEXO 1VQ9L 1Q7YP 3CCEL 1VQOO 3I55L 1K8AM 3CCML 1K73P 1VQPL 1VQLL 3CCQO 3I56O 1KQSN 1W2BN 3CXCN 3CCRL 1VQML 1KC8M 1YHQO 3G71O 1VQNL 3G6EL 3CCSO 1K9MM 3CMEL 3CCJL 1VQ7O 3CC4L 2OTJL 2OTLO 1Q81M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GODA 4QDLA 1VQ8O 3CMAL 1Q7YM 3CC7O 5FCLA 5DS4A 1YI2O 1YJ9O 1VQ4L 1K73M 3CCUO 1NJIP 3G4SL 3CCVL 1YJWO 1VQKO 1Q86P 1Q82P 2QA4O 3CC2O 3CD6L 1JJ2K 2QEXL 3NKDA 1YIJO 2YZSA 1N8RP 1VQOL 1M90P 3CCLO 5DS5A 3CCQL 3I56L 1S72O 1M1KM 1VQ6O 3CMEO 1YJNO 1YITO 2OTJO 1VQ5O 1VQ9O 1QVFK 1YHQL 5DS6A 1JJ2N 3CCEO 3G71L 3I55O 3CCMO 1VQ7L 1NJIM 1VQPO 1VQLO 1W2BK 1Q86M 2OTLL 1Q82M 1KD1P 1QVGK 5DLJA 3CD6O 3CCRO 1VQMO 1N8RM 1VQ8L 3CC7L 3CPWK 1YI2L 1K8AP 1YJ9L 5DQTA 3CCUL 1M90M 1VQNO 3G6EO 3OW2K 1QVFN 3CCJO 1YJWL 1VQKL 3CC4O 2QA4L 3CC2L 4XTKA 4N06A 4W8KA 1YIJL 1KC8P 1QVGN 3CCSL 5DQZA 1KQSK 3CMAO 3CCLL 1K9MP 1VQ4O 3G4SO 1S72L 3CXCK 1VQ6L 3CPWN 3CCVO 1YJNL 1YITL 1M1KP 1Q81P 1KD1M 3OW2N 1VQ5L 2QEXO 1VQ9L 1Q7YP 3CCEL 1VQOO 3I55L 1K8AM 3CCML 1K73P 1VQPL 1VQLL 3CCQO 3I56O 1KQSN 4P6IC 1W2BN 3CXCN 3CCRL 1VQML 1KC8M 4WJ0A 1YHQO 3G71O 1VQNL 3G6EL 3CCSO 1K9MM 3CMEL 3CCJL 1VQ7O 3CC4L 2OTJL 2OTLO 1Q81M
chains in the Genus database with same CATH topology
3GODA 4QDLA 1VQ8O 3CMAL 1Q7YM 3CC7O 5FCLA 5DS4A 1YI2O 1YJ9O 1VQ4L 1K73M 3CCUO 1NJIP 3G4SL 3CCVL 1YJWO 1VQKO 1Q86P 1Q82P 2QA4O 3CC2O 3CD6L 1JJ2K 2QEXL 3NKDA 1YIJO 2YZSA 1N8RP 1VQOL 1M90P 3CCLO 5DS5A 3CCQL 3I56L 1S72O 1M1KM 1VQ6O 3CMEO 1YJNO 1YITO 2OTJO 1VQ5O 1VQ9O 1QVFK 1YHQL 5DS6A 1JJ2N 3CCEO 3G71L 3I55O 3CCMO 1VQ7L 1NJIM 1VQPO 1VQLO 1W2BK 1Q86M 2OTLL 1Q82M 1KD1P 1QVGK 5DLJA 3CD6O 3CCRO 1VQMO 1N8RM 1VQ8L 3CC7L 3CPWK 1YI2L 1K8AP 1YJ9L 5DQTA 3CCUL 1M90M 1VQNO 3G6EO 3OW2K 1QVFN 3CCJO 1YJWL 1VQKL 3CC4O 2QA4L 3CC2L 4XTKA 4N06A 4W8KA 1YIJL 1KC8P 1QVGN 3CCSL 5DQZA 1KQSK 3CMAO 3CCLL 1K9MP 1VQ4O 3G4SO 1S72L 3CXCK 1VQ6L 3CPWN 3CCVO 1YJNL 1YITL 1M1KP 1Q81P 1KD1M 3OW2N 1VQ5L 2QEXO 1VQ9L 1Q7YP 3CCEL 1VQOO 3I55L 1K8AM 3CCML 1K73P 1VQPL 1VQLL 3CCQO 3I56O 1KQSN 4P6IC 1W2BN 3CXCN 3CCRL 1VQML 1KC8M 4WJ0A 1YHQO 3G71O 1VQNL 3G6EL 3CCSO 1K9MM 3CMEL 3CCJL 1VQ7O 3CC4L 2OTJL 2OTLO 1Q81M
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ8 O;  3CMA L;  1Q7Y M;  3CC7 O;  1YI2 O;  1YJ9 O;  1VQ4 L;  1K73 M;  3CCU O;  1NJI P;  3G4S L;  3CCV L;  1YJW O;  1VQK O;  1Q86 P;  1Q82 P;  2QA4 O;  3CC2 O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  2QEX L;  1YIJ O;  1N8R P;  1VQO L;  1M90 P;  3CCL O;  3CCQ L;  3I56 L;  1S72 O;  1M1K M;  1VQ6 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  2OTJ O;  1VQ5 O;  1VQ9 O;  1QVF K;  1YHQ L;  1JJ2 N;  3CCE O;  3G71 L;  3I55 O;  3CCM O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQP O;  1VQL O;  1W2B K;  1Q86 M;  2OTL L;  1Q82 M;  1KD1 P;  1QVG K;  3CD6 O;  3CCR O;  1VQM O;  1N8R M;  1VQ8 L;  3CC7 L;  3CPW K;  1YI2 L;  1K8A P;  1YJ9 L;  3CCU L;  1M90 M;  1VQN O;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVF N;  3CCJ O;  1YJW L;  1VQK L;  3CC4 O;  2QA4 L;  3CC2 L;  1YIJ L;  1KC8 P;  1QVG N;  3CCS L;  1KQS K;  3CMA O;  3CCL L;  1K9M P;  1VQ4 O;  3G4S O;  1S72 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  3CPW N;  3CCV O;  1YJN L;  1YIT L;  1M1K P;  1Q81 P;  1KD1 M;  3OW2 N;  1VQ5 L;  2QEX O;  1VQ9 L;  1Q7Y P;  3CCE L;  1VQO O;  3I55 L;  1K8A M;  3CCM L;  1K73 P;  1VQP L;  1VQL L;  3CCQ O;  3I56 O;  1KQS N;  1W2B N;  3CXC N;  3CCR L;  1VQM L;  1KC8 M;  1YHQ O;  3G71 O;  1VQN L;  3G6E L;  3CCS O;  1K9M M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQ7 O;  3CC4 L;  2OTJ L;  2OTL O;  1Q81 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GOD A;  4QDL A;  1VQ8 O;  3CMA L;  1Q7Y M;  3CC7 O;  5FCL A;  5DS4 A;  1YI2 O;  1YJ9 O;  1VQ4 L;  1K73 M;  3CCU O;  1NJI P;  3G4S L;  3CCV L;  1YJW O;  1VQK O;  1Q86 P;  1Q82 P;  2QA4 O;  3CC2 O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  2QEX L;  3NKD A;  1YIJ O;  2YZS A;  1N8R P;  1VQO L;  1M90 P;  3CCL O;  5DS5 A;  3CCQ L;  3I56 L;  1S72 O;  1M1K M;  1VQ6 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  2OTJ O;  1VQ5 O;  1VQ9 O;  1QVF K;  1YHQ L;  5DS6 A;  1JJ2 N;  3CCE O;  3G71 L;  3I55 O;  3CCM O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQP O;  1VQL O;  1W2B K;  1Q86 M;  2OTL L;  1Q82 M;  1KD1 P;  1QVG K;  5DLJ A;  3CD6 O;  3CCR O;  1VQM O;  1N8R M;  1VQ8 L;  3CC7 L;  3CPW K;  1YI2 L;  1K8A P;  1YJ9 L;  5DQT A;  3CCU L;  1M90 M;  1VQN O;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVF N;  3CCJ O;  1YJW L;  1VQK L;  3CC4 O;  2QA4 L;  3CC2 L;  4XTK A;  4N06 A;  4W8K A;  1YIJ L;  1KC8 P;  1QVG N;  3CCS L;  5DQZ A;  1KQS K;  3CMA O;  3CCL L;  1K9M P;  1VQ4 O;  3G4S O;  1S72 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  3CPW N;  3CCV O;  1YJN L;  1YIT L;  1M1K P;  1Q81 P;  1KD1 M;  3OW2 N;  1VQ5 L;  2QEX O;  1VQ9 L;  1Q7Y P;  3CCE L;  1VQO O;  3I55 L;  1K8A M;  3CCM L;  1K73 P;  1VQP L;  1VQL L;  3CCQ O;  3I56 O;  1KQS N;  4P6I C;  1W2B N;  3CXC N;  3CCR L;  1VQM L;  1KC8 M;  4WJ0 A;  1YHQ O;  3G71 O;  1VQN L;  3G6E L;  3CCS O;  1K9M M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQ7 O;  3CC4 L;  2OTJ L;  2OTL O;  1Q81 M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3GOD A;  4QDL A;  1VQ8 O;  3CMA L;  1Q7Y M;  3CC7 O;  5FCL A;  5DS4 A;  1YI2 O;  1YJ9 O;  1VQ4 L;  1K73 M;  3CCU O;  1NJI P;  3G4S L;  3CCV L;  1YJW O;  1VQK O;  1Q86 P;  1Q82 P;  2QA4 O;  3CC2 O;  3CD6 L;  1JJ2 K;  2QEX L;  3NKD A;  1YIJ O;  2YZS A;  1N8R P;  1VQO L;  1M90 P;  3CCL O;  5DS5 A;  3CCQ L;  3I56 L;  1S72 O;  1M1K M;  1VQ6 O;  3CME O;  1YJN O;  1YIT O;  2OTJ O;  1VQ5 O;  1VQ9 O;  1QVF K;  1YHQ L;  5DS6 A;  1JJ2 N;  3CCE O;  3G71 L;  3I55 O;  3CCM O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQP O;  1VQL O;  1W2B K;  1Q86 M;  2OTL L;  1Q82 M;  1KD1 P;  1QVG K;  5DLJ A;  3CD6 O;  3CCR O;  1VQM O;  1N8R M;  1VQ8 L;  3CC7 L;  3CPW K;  1YI2 L;  1K8A P;  1YJ9 L;  5DQT A;  3CCU L;  1M90 M;  1VQN O;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVF N;  3CCJ O;  1YJW L;  1VQK L;  3CC4 O;  2QA4 L;  3CC2 L;  4XTK A;  4N06 A;  4W8K A;  1YIJ L;  1KC8 P;  1QVG N;  3CCS L;  5DQZ A;  1KQS K;  3CMA O;  3CCL L;  1K9M P;  1VQ4 O;  3G4S O;  1S72 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  3CPW N;  3CCV O;  1YJN L;  1YIT L;  1M1K P;  1Q81 P;  1KD1 M;  3OW2 N;  1VQ5 L;  2QEX O;  1VQ9 L;  1Q7Y P;  3CCE L;  1VQO O;  3I55 L;  1K8A M;  3CCM L;  1K73 P;  1VQP L;  1VQL L;  3CCQ O;  3I56 O;  1KQS N;  4P6I C;  1W2B N;  3CXC N;  3CCR L;  1VQM L;  1KC8 M;  4WJ0 A;  1YHQ O;  3G71 O;  1VQN L;  3G6E L;  3CCS O;  1K9M M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQ7 O;  3CC4 L;  2OTJ L;  2OTL O;  1Q81 M; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...