1YKXX

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ykxX00
4GCDA 1NBZC 4H90A 2C8OA 3QNGA 2DQJY 2XTHA 3LYZA 4YF2A 1B0DA 1VATA 5I4YA 5LVJA 1LZAA 4DT3A 4ET8A 1IX0A 1LYSA 4ZFPA 1OUEA 4BAPA 5LVHA 3WYHA 2Z18A 3AZ4A 1GFKA 1WQOA 2ZIKA 4RW2A 1GB6A 3BKVA 2XJWA 5HQ1A 1UC0A 2I26L 4CJ2A 4NGLA 4NHQA 5ILCA 3B0IA 2W1XA 1INUA 2W1LA 2LYMA 4O34A 1B5XA 4H92A 2Z2EA 1WQPA 5JENB 3J4GA 1GF8A 4BAFA 4B4EA 4J7VA 1AT5A 1B9OA 1LZGA 1JHLA 5FHWA 5C6JA 1GFEA 4LFXA 3VWOA 5KXTA 1IR9A 3N9EA 3WPKA 4B49A 5L9JA 1UIEA 1YAOA 5F9UA 1LMPA 3ZVQA 1G7IC 1CNSA 1HERA 2FYCA 3IJUA 1GDWA 1OUAA 3A94A 5F9XA 3W6FA 2ZNXY 3WXUA 3CQLA 2PC2A 5KXPA 4H1PA 3G3BB 1GFTA 3WU9A 1UA6Y 1YL1X 4II8A 2I25L 4LGKA 4DDBA 1HC0A 4TSCA 3B0OA 1LYYA 2Z37A 1BHZA 5LYTA 4NSGA 3W6EA 2BLXA 4GCBA 1OUIA 4GCFA 1B7MA 3AGIA 1RFPA 4GLAA 3A6CY 1YAQA 5J7CA 3HFMY 3P65A 1LMNA 5K7OA 5LAGA 1FKQA 5FDJA 5KXKA 3AW7A 2HTXA 1G7JC 2FBBA 133LA 1CKHA 2YBJA 4P2EA 3KAMA 2MEEA 4LT2A 4DC4A 1V7SA 2Y8PA 4XN6A 5F16A 1B5VA 1FN5A 2EIZC 3A95A 4DYGA 4LT1A 4TWSA 154LA 1GWDA 1DKJA 1YAPA 2WARA 3WULA 1LPIA 1SQ2L 1LZRA 4NGIA 1I56A 4GN5C 1JKBA 4YM8A 1HELA 3AZ7A 2F4AA 1UUZC 1HFYA 1TBYA 4WM4A 5L3IA 1TDYA 5I5QA 1CKDA 1O23A 1BWIA 3EBAB 1QSWA 3QE8A 4N8ZA 4XADA 3CT1A 5LIOA 3AB6A 1JSFA 4NGWA 1NDMC 4IJ4A 4NHIA 2XBSA 1LZBA 4C5FA 1C10A 4XJFA 2Z19A 2DQHY 4WM2A 3ATOA 1T6VL 5DLAA 1H6MA 3TXBA 3TXJA 4XJBA 4NGKA 3M18B 1KXWA 3HBHA 3ZVQB 1C46A 3A6BY 4H9HA 5KXYA 3SP3A 5LVKA 4OOOA 1DPXA 4WOAA 4HP0A 3A34A 4ETCA 5FELA 1UACY 1SLYA 1LSCA 2HU3A 2ZYCA 1YL0X 1LMCA 4OWBA 3RW8A 3TXKA 2BQAA 1LJIA 1G7LC 1GXXA 5IDDA 1GE1A 2A7FA 3IJVA 3LN2A 3P4ZA 5I53A 1IC7Y 1VDPA 4AGAA 1MLCE 3J6KA 4N0JA 1EQEA 1JJ1A 1UIDA 4DD1A 3WPLA 1HFXA 4CHXA 1CJ9A 1AM7A 4IATA 2DQEY 2BQJA 5B1GA 4GLVA 1IO5A 4XJHA 4WL7A 1ZVHL 1A2YC 2CJLA 2ZWBA 4H9EA 3TXEA 3GXRA 1GFUA 1JEFA 4J1BA 2F4GA 2BQIA 5LINA 3QY4A 4ETDA 1P2CC 3W6DA 1HEQA 4DD7A 2MEDA 2DBTA 1JTPL 4R0FA 3TXHA 1LSZA 1F6RA 2MEBA 3CB7A 4DD3A 4J1AA 4HSFA 1TEWA 1LMOA 3EO5A 1RI8B 4WMGA 2W1MA 3MGWA 1LSPA 1IP2A 4TTDA 1JUGA 1YILA 1LSDA 3LYMA 4OWHA 4TUNA 4ZIXA 2CGIA 1C7PA 4NSHA 2FBDA 1DXJA 3HBDA 4GN4A 4YOPA 3WXTA 1KXXA 4MCKA 4NSIA 1JTTL 4RW1A 5D5CA 1G7HC 1UIHA 1GB7A 1GD6A 1YAMA 1LTMA 2ZYPA 4UWUA 3WPJA 208LA 5M1YA 1XFPL 1GE2A 1FLUA 1IY3A 1GB5A 4ANRA 3ATNA 1GE0A 1GF9A 2HEBA 4OWEA 1LJKA 1GEVA 1OUBA 1IWWA 2I6ZA 2A7DA 2YSSC 4HPIA 1BB7A 4IASA 1HEOA 1EL1A 1HMKA 2HEDA 1ZVYB 1B7LA 2MEGA 2YBIA 4LYZA 4R6CA 1GB9A 1B7SA 1OUHA 1GF6A 1IP4A 3WMKA 1JKDA 1GXV2 1WVUA 3FE0A 4OOTA 5I54A 1FKVA 4NG8A 5F14A 4G4HA 5LYMA 1AKIA 1LHHA 5B07A 4PRQA 5KJ9A 1A4VA 4NGZA 134LA 1IP6A 3CT0A 6LYTA 1IP7A 2HU1A 1GBOA 1GF0A 4H9CA 5LA8A 1GBSA 5E4PA 1LZTA 3TXIA 1REMA 4D9ZA 5I4WA 1LSBA 3W6CA 1NBYC 1CJ7A 3B0KA 4Z41A 4W94A 4X3BA 2LHMA 4NWEA 1BVXA 2C8PA 4FDYA 1JPOA 1IR7A 1JJ3A 1FLWA 1UIBA 4YENA 1OP9B 1B5WA 1IWUA 1GHLA 1LKRA 2H9KA 5L3HA 1GF5A 4LYBA 2BQHA 2YVBA 2ZIJA 1F10A 4LYTA 1N4FA 3LHMA 4HTKA 4NFVA 4WO9A 4XYYA 1GBZA 1C45A 2DQIY 1GAYA 1IP5A 3M3UA 2HEFA 1LCNA 2D4IA 1REZA 3G3AB 1XEJA 5FSTA 1LMTA 2EPEA 2G4NA 4HV1A 4QGZA 2BQLA 1IC5Y 1LZYA 5HNLA 3TMXA 8LYZA 1D6PA 1YKZX 4WM1A 1GEZA 1XGPC 1YROA 1QTEA 1KXYA 4RLMA 1B7OA 1D9UA 1HNLA 1V7TA 4NSJA 4WM3A 1TCYA 2F30A 1JTOL 3WUNA 4CFOA 1JITA 4KXIA 4Z46A 5KXXA 4NHPA 3AGGG 3AZ6A 4GN3A 5IHGA 1HFZA 1GB8A 4HJVA 1GDXA 1B7RA 1LJHA 1FBIX 1HEMA 1IC4Y 4PGJB 1UICA 2ZQ4A 1LZNA 2BQCA 4DDAA 4L41A 5IELA 1DPWA 1GF7A 1OUFA 2BQOA 4HJYA 5AMYA 4ETAA 4N5RA 4W96A 1JSEA 194LA 1B5ZA 1BB3A 1HENA 1LJ3A 1QSAA 1VDSA 1LSYA 207LA 1VDQA 4UWNA 4H94A 3T6UA 2IFFY 3WU7A 1IWTA 3A90A 3LZ2A 1GBYA 1YKXX 2D6BA 4DD2A 1GE3A 1UIAA 3BKHA 5KXLA 3AJNA 4AXTA 2MEHA 3A3QA 4U3XB 1XGRC 3TMVA 3TXGA 1GPQC 2LZ2A 4NG1A 1IVMA 1VDTA 2FYDA 1IWZA 4LYMA 1LZ1A 2DKVA 4NHSA 4OW1A 1IWVA 2DQCY 4Z98A 4DWXA 2DQGY 5C6LA 2BQGA 1LHMA 5FCPA 4WL6A 132LA 1EQ4A 1HHLA 1LSEA 1CKGA 1LHLA 1C43A 1LJFA 2HECA 4N1EI 4WM5A 1GFHA 5HLLA 1YIKA 2F2NA 4CGEA 1IP3A 2BQMA 1QTKA 1NMMA 2N5ZA 2ZQ3A 1OQMA 3WVXA 4WLXA 4FJRA 1IOQA 4UWVA 3TMWA 1QDTA 4DD0A 1JISA 4LYOA 1LZ6A 1HF4A 2BQDA 5F81A 5C6IA 1Z55A 2RSCA 3W3EA 4ET9A 5LA5A 2D4KA 2G4PA 3WUAA 1WQMA 5KXOA 4HV2A 5KXWA 1LZDA 3W6AA 3A3RX 1H87A 3K3TA 3N9AA 4G9SA 2W1YA 4MSTA 2Z39A 3A67Y 2BQNA 1HMLA 1LAAA 1RJCB 4H8XA 1HEWA 3WH1A 4A7DA 4WM6A 3F6ZA 2AUBA 3B6LA 4N1CC 5APFA 5HMJA 1JWRA 2VB1A 3WL2A 3WVYA 1KIQC 1VEDA 4DD9A 1BB4A 1YANA 4J0LA 1IOSA 3WU8A 4M4OA 1WQNA 4B1AA 2D4JA 4H9FA 1W08A 2G4QA 1GFJA 2LZTA 3A92A 3D3DA 1GB0A 3P66A 2BQEA 1LJ4A 1LJJA 2EQLA 3B72A 1BB5A 5D5FA 1LSGA 1BVKC 4HTNA 4OWAA 4XJGA 5APDA 5HNCA 1LSNA 1LZCA 2XBRA 4LYCA 5A3EA 2IHLA 1JJ0A 4HTQA 1LZ8A 4BADA 1NF5A 3WW6A 1LMQA 4WLYA 1GBXA 4NGJA 2BLYA 4HJZA 4RDSA 3A91A 1LHIA 1BGIA 1GFGA 4H91A 5DN5A 1LZ4A 3IWRA 5LVGA 2DQFC 3LYOA 1XEKA 2EKSC 4NWHA 4HPEA 2YDGA 1YKYX 5DL9A 1I20A 1RE2A 3RNXA 1D0LA 1IWYA 5LAFA 4I8SA 4G49A 4QDNA 1DKKA 1WVVA 1IWXA 1F6SA 2MEAA 3RU5A 3CSRA 4H9AA 1LSFA 1D0KA 4TX7A 2Z2FA 1J1PY 2YBMA 2BQKA 4PHIA 4NIJA 1OUGA 1GFVA 1HEPA 4WLTA 4ETBA 4ZEEA 3EMSA 5FEKA 3AW6A 1IY4A 5B05A 2YBLA 4EOFA 4XENA 1IR8A 1WTMA 3AGHA 1YQVY 3E3DA 4OWCA 5KXNA 3ZEKA 5KXRA 3RZ4A 1LYZA 1OUDA 2NWDX 4B0DA 3LYTA 1IP1A 1I1ZA 1VFBC 2LYOA 5B59A 4NY5A 1WTNA 1LJGA 1GFRA 4LFPA 1QIOA 1B7QA 1KIRC 4N9RA 1AT6A 1CJ8A 1UBZA 1GFAA 2BAAA 2Z12A 2HEEA 1IOCA 1IORA 1JKCA 4H9BA 5ILFA 2GV0A 4G4CA 1GB2A 3N9CA 3P64A 3T36A 4PJ2C 1XGTC 3CSZA 5LVIA 1QQYA 4NGYA 2Z38A 1J1OY 3GXKA 1IOTA 2BQFA 1RCMA 2X0AA 1IIZA 1D0MA 1D6QA 3P68A 4PRUA 153LA 5A3ZA 4ML7A 135LA 1QDRA 1NHEA 1XGUC 1B5UA 1BQLY 3A93A 3OJPA 5KXZA 3TXDA 1B7NA 3RT5X 1GE4A 1GBWA 4LT3A 1FLQA 3LZTA 4G4BA 1JIYA 2YBHA 4YEOA 4Z3MA 2MEFA 1NKHA 1LYOA 1J1XY 1BB6A 1FLYA 2H9JA 2HEAA 5KKJA 4WG1A 1ALCA 2CDSA 193LA 1XEIA 1UIGA 4NGVA 1LHKA 1DI5A 1ZMYL 5DM9A 1LSMA 2D91A 1EQ5A 1G7MC 1TAYA 4B4IA 1LHJA 1QUTA 2Q0MX 1BWJA 1HSXA 5B1FA 2YBNA 4NEBA 5EBHA 4C3WA 1OUJA 4RLNA 4BS7A 1F0WA 4H8ZA 1KIPC 4GCCA 3WW5A 2HUBA 5LYZA 1IEEA 1PS5A 1PZYA 2ZNWY 4M6DA 3TMUA 5KY1A 1NQIA 4EMNA 2CWIA 3AZ5A 3AYQA 4KL7A 1DI3A 4I0CA 4XJIA 3TXFA 4E3UA 3WUMA 1ZV5L 4XJDA 1VAUA 2DQAA 2ZILA 1T3PA 1FDLY 4PPOA 2MEIA 1LZSA 5I4XA 1BWHA 1UIFA 2BPUA 1CKCA 2BQBA 9LYZA 5KXSA 1LZ9A 1REXA 4DDCA 1REYA 4LZTA 1CKFA 1JKAA 6LYZA 1LKSA 4YEMA 1LJNA 1UCOA 4H8YA 4B4JA 3ULRA 5II3A 1MELL 1GAZA 5T3FA 1LOZA 4H9IA 1GB3A 5KKIA 5APCA 1LMAA 4LT0A 4TSBA 3CSQA 1DZBX 3W6BA 1DI4A 1DQJC 2DQDY 1B5YA 1C08C 2H5ZA 1WQRA 2MECA 3A96A 1HSWA 1W6ZA 1LJEA 4H93A 1B7PA 3OK0A 4QY9A 5LXWA 1XSFA 4CFPA 1OUCA 4GCEA 3CT5A 4WO6A 3EXDA 3HBEX 4WLDA 7LYZA 1GF4A 4ETEA 4NHTA 1E8LA 5B06A 4KPMA 5DN4A 1CJ6A 1NWGA 5E9RA 5HMVA 2B5ZA 1B2KA 1WQQA 3FI7A 5KXMA 3D9AC 1NDGC 5APEA 4QEQA 1LZ5A 2LYZA 4KT3A 4MR1A 1GF3A 1XGQC 1LSAA 1LZEA 1QUSA 4NGOA 3A8ZA 4WG7A 1AZFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBZC 2C8OA 1D3MA 1B0DA 1QTBA 4DT3A 4ET8A 1IX0A 4ZFPA 158LA 2Z18A 3AZ4A 1GFKA 2ZIKA 1L26A 217LA 2Z2EA 165LA 4BAFA 1AT5A 2HUMA 5KXTA 1UIEA 2OEAX 1T97A 1CNSA 3DN8A 3W6FA 142LA 1L15A 3WU9A 1UA6Y 5LYTA 1BHZA 2BLXA 1OUIA 1B7MA 3AGIA 216LA 1L90A 1XEPA 3A6CY 1YAQA 5LAGA 3DN4A 5FDJA 2O7AA 1V7SA 4EPIA 5F16A 4LT1A 1KW7A 4W52A 154LA 1DKJA 1YAPA 1LPIA 1CV0A 3DN6A 1L07A 1TBYA 5I5QA 1CKDA 4LZMA 3GUOA 3EBAB 4N8ZA 1QT4A 3AB6A 1JSFA 1NDMC 1LZBA 2OTYX 192LA 4XJFA 2Z19A 128LA 1H6MA 4W55A 3HBHA 3C7ZA 4H9HA 3SP3A 4OOOA 3QAKA 4WOAA 1PQKA 1UACY 2ZYCA 1P5CA 1L70A 1GE1A 155LA 1G1WA 1IC7Y 3J6KA 1AM7A 4IATA 2DQEY 2RB2X 1IO5A 3OE6A 3F8VA 3TXEA 1L39A 2MEBA 3CB7A 3K2RA 3DN2A 4TUNA 1CV6A 3HBDA 4GN4A 187LA 173LA 4MCKA 1QSBA 1L92A 1UIHA 1YAMA 1LTMA 4EXMA 1L06A 1PQIA 1IWWA 1L73A 1HEOA 2HEDA 4LYZA 1B7LA 1OUHA 2RB0X 3C81A 4I7SA 1AKIA 5KJ9A 134LA 2HU1A 1GBSA 5E4PA 5I4WA 258LA 1C62A 3W6CA 1G0GA 4Z41A 1BVXA 1IR7A 1JJ3A 1OP9B 186LA 1LKRA 4WO9A 4NFVA 4HTKA 3LHMA 1D3NA 1IP5A 2HEFA 236LA 1XEJA 1QT3A 4I7LA 4YXAC 8LYZA 1YKZX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GCD A;  1NBZ C;  4H90 A;  2C8O A;  3QNG A;  2DQJ Y;  2XTH A;  3LYZ A;  4YF2 A;  1B0D A;  1VAT A;  5I4Y A;  5LVJ A;  1LZA A;  4DT3 A;  4ET8 A;  1IX0 A;  1LYS A;  4ZFP A;  1OUE A;  4BAP A;  5LVH A;  3WYH A;  2Z18 A;  3AZ4 A;  1GFK A;  1WQO A;  2ZIK A;  4RW2 A;  1GB6 A;  3BKV A;  2XJW A;  5HQ1 A;  1UC0 A;  2I26 L;  4CJ2 A;  4NGL A;  4NHQ A;  5ILC A;  3B0I A;  2W1X A;  1INU A;  2W1L A;  2LYM A;  4O34 A;  1B5X A;  4H92 A;  2Z2E A;  1WQP A;  5JEN B;  3J4G A;  1GF8 A;  4BAF A;  4B4E A;  4J7V A;  1AT5 A;  1B9O A;  1LZG A;  1JHL A;  5FHW A;  5C6J A;  1GFE A;  4LFX A;  3VWO A;  5KXT A;  1IR9 A;  3N9E A;  3WPK A;  4B49 A;  5L9J A;  1UIE A;  1YAO A;  5F9U A;  1LMP A;  3ZVQ A;  1G7I C;  1CNS A;  1HER A;  2FYC A;  3IJU A;  1GDW A;  1OUA A;  3A94 A;  5F9X A;  3W6F A;  2ZNX Y;  3WXU A;  3CQL A;  2PC2 A;  5KXP A;  4H1P A;  3G3B B;  1GFT A;  3WU9 A;  1UA6 Y;  1YL1 X;  4II8 A;  2I25 L;  4LGK A;  4DDB A;  1HC0 A;  4TSC A;  3B0O A;  1LYY A;  2Z37 A;  1BHZ A;  5LYT A;  4NSG A;  3W6E A;  2BLX A;  4GCB A;  1OUI A; 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 4B4I A;  1LHJ A;  1QUT A;  2Q0M X;  1BWJ A;  1HSX A;  5B1F A;  2YBN A;  4NEB A;  5EBH A;  4C3W A;  1OUJ A;  4RLN A;  4BS7 A;  1F0W A;  4H8Z A;  1KIP C;  4GCC A;  3WW5 A;  2HUB A;  5LYZ A;  1IEE A;  1PS5 A;  1PZY A;  2ZNW Y;  4M6D A;  3TMU A;  5KY1 A;  1NQI A;  4EMN A;  2CWI A;  3AZ5 A;  3AYQ A;  4KL7 A;  1DI3 A;  4I0C A;  4XJI A;  3TXF A;  4E3U A;  3WUM A;  1ZV5 L;  4XJD A;  1VAU A;  2DQA A;  2ZIL A;  1T3P A;  1FDL Y;  4PPO A;  2MEI A;  1LZS A;  5I4X A;  1BWH A;  1UIF A;  2BPU A;  1CKC A;  2BQB A;  9LYZ A;  5KXS A;  1LZ9 A;  1REX A;  4DDC A;  1REY A;  4LZT A;  1CKF A;  1JKA A;  6LYZ A;  1LKS A;  4YEM A;  1LJN A;  1UCO A;  4H8Y A;  4B4J A;  3ULR A;  5II3 A;  1MEL L;  1GAZ A;  5T3F A;  1LOZ A;  4H9I A;  1GB3 A;  5KKI A;  5APC A;  1LMA A;  4LT0 A;  4TSB A;  3CSQ A;  1DZB X;  3W6B A;  1DI4 A;  1DQJ C;  2DQD Y;  1B5Y A;  1C08 C;  2H5Z A;  1WQR A;  2MEC A;  3A96 A;  1HSW A;  1W6Z A;  1LJE A;  4H93 A;  1B7P A;  3OK0 A;  4QY9 A;  5LXW A;  1XSF A;  4CFP A;  1OUC A;  4GCE A;  3CT5 A;  4WO6 A;  3EXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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