1YL0X

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yl0X00
3D3DA 1LYSA 5F16A 3WMKA 4ETDA 1LZEA 4DD7A 3LYMA 1ZMYL 4NFVA 1ALCA 1GF5A 3AB6A 4GN3A 1GB3A 1A2YC 2BQDA 1OUDA 1YAPA 1DPWA 5FDJA 4LYCA 4A7DA 5D5CA 3CT5A 3TMVA 4NWEA 5C6JA 1YROA 1JTTL 1KXWA 4DDCA 1NDMC 3TMWA 3CB7A 3HFMY 1C08C 1GB9A 3TXIA 1G7HC 1BWIA 3BKVA 5HMVA 1PZYA 2LHMA 4CFOA 1LMOA 1IC7Y 1LMPA 1YIKA 1SQ2L 3WUMA 1LJNA 5I4YA 3CSRA 3WW6A 2XJWA 4WM1A 1GFTA 2BPUA 4Z3MA 1T6VL 153LA 4X3BA 4OOOA 1LZCA 1XGTC 2YBJA 2ZYPA 3QNGA 5KXYA 1XFPL 1HMLA 3A6BY 1LZ9A 1G7LC 1LJEA 1GF6A 1LKRA 1YL0X 2CGIA 5E4PA 5HNLA 3TXFA 5I4XA 1YQVY 4DYGA 2XTHA 5J7CA 4YOPA 1YAOA 2HEDA 3QE8A 1H6MA 4HTKA 4EOFA 1ZVYB 5IELA 1B7PA 1HNLA 2A7FA 2YVBA 3WYHA 4ZIXA 4QY9A 1YKXX 4WG7A 1HEWA 1VDSA 1IWYA 5ILFA 3A95A 1DI4A 1O23A 1EQ4A 2ZYCA 1IP7A 1LOZA 3B0IA 5I4WA 5II3A 4I0CA 4BS7A 4DT3A 4ETCA 1I20A 2EIZC 3N9EA 5HLLA 4LYZA 4AXTA 4ET8A 2HU3A 1XGQC 1LSFA 1WTMA 4OW1A 1BHZA 3TXBA 4ANRA 1C7PA 1FDLY 2I6ZA 3AJNA 3EXDA 2C8OA 3LN2A 4NSGA 4WG1A 4NGJA 1JKAA 4N9RA 1GFGA 5HNCA 4GN4A 1DI3A 1HEPA 1CNSA 1OUAA 1UIHA 4WL6A 5FCPA 1VDTA 1D6PA 1UACY 1IOTA 4H90A 4UWUA 5KXWA 1AKIA 3GXRA 2CWIA 2H9JA 1OQMA 2MEAA 1AT6A 4QDNA 1HEMA 1GDXA 5KXZA 5AMYA 1RCMA 2YBHA 1DZBX 4DD2A 1CKDA 1JJ0A 1LSCA 1LSGA 5APFA 2F4AA 1REMA 1IO5A 1J1PY 4WLYA 4XJFA 5T3FA 1PS5A 4DC4A 1F0WA 1GHLA 4D9ZA 2Z37A 2FYDA 3T36A 4BAPA 3CSZA 4N0JA 1B7SA 2BQGA 4M6DA 5KXOA 4CGEA 1HFXA 135LA 4II8A 1GPQC 4RW1A 3WH1A 1MLCE 6LYTA 2N5ZA 5M1YA 1B7QA 1REYA 1W6ZA 2HEEA 3RU5A 3TXKA 3VWOA 1FLWA 4FJRA 2X0AA 4J0LA 2LZ2A 1LZYA 1SLYA 3M3UA 2A7DA 3A92A 1E8LA 1G7JC 193LA 1I56A 4WO6A 2ZWBA 3MGWA 4PGJB 1FLQA 4GCCA 3RT5X 2WARA 1XGUC 4HTQA 4OWEA 4HPEA 1JPOA 1VFBC 1GB5A 1OUHA 1VDQA 1C10A 5APDA 1YILA 4TWSA 5D5FA 2D4KA 1GF4A 1UIDA 1GAYA 2DQFC 1JWRA 2HEAA 1CJ8A 2LYZA 4H92A 4KT3A 5FSTA 2F4GA 1JTOL 5HMJA 1F10A 1GEVA 1VDPA 4B4EA 1DI5A 2BQIA 2ZNWY 1CJ6A 1OUBA 3J6KA 5KXKA 4PRUA 5KXMA 1QSAA 4NG8A 4N1CC 1WQNA 1G7MC 4BAFA 4DWXA 1LZTA 1IWVA 1IP5A 1XEJA 2CJLA 5LAGA 4N1EI 1B7NA 1NQIA 1JKBA 1OP9B 4BADA 5LVGA 3RZ4A 3QY4A 2YBLA 1ZVHL 1GB0A 1LZDA 4G9SA 4RW2A 4YENA 4N5RA 1GE2A 1JJ3A 3A67Y 4IASA 1UIAA 3GXKA 4TSCA 4N8ZA 3WVYA 1LSZA 4PJ2C 4B1AA 2BQOA 4H9IA 3RW8A 3TXGA 4NGLA 1D9UA 1FKQA 1UIBA 8LYZA 4XN6A 1MELL 3A34A 1LSBA 1CKGA 2BQEA 4GCBA 3AZ6A 3HBHA 3WPLA 4NHSA 5B05A 3EO5A 1FBIX 1QTEA 4DD9A 1GFRA 5KKJA 3AZ7A 3CSQA 4B0DA 5JENB 2MEHA 5EBHA 1F6SA 5KXTA 5B1GA 1QTKA 5KXSA 4DD3A 1GF9A 1LJHA 5KXNA 1UCOA 3A93A 9LYZA 1B0DA 1KXXA 3OK0A 4CFPA 1DXJA 1LZ6A 4RLNA 3W3EA 5B1FA 4ET9A 5LA8A 4H94A 3A96A 1QDRA 1LCNA 1QDTA 2FBBA 1GE1A 3LYTA 4NGVA 4OWCA 4GCFA 4WM2A 4ZEEA 4MSTA 4OOTA 2D91A 3N9AA 4LT3A 3HBEX 1LSAA 1TEWA 1INUA 1UBZA 4WM4A 1IY3A 1LJIA 1JKCA 2H9KA 3P65A 1IX0A 1GBOA 3A90A 2XBSA 1CKFA 1IWXA 2HUBA 4KXIA 3LZTA 5B07A 5FHWA 3W6BA 208LA 1IOCA 4B49A 2HTXA 4W96A 4WLTA 2DKVA 1LJGA 4P2EA 1WQRA 4TX7A 2ZILA 5DLAA 1LJKA 4KL7A 3P66A 1BQLY 5I54A 2F2NA 4LT2A 1RFPA 1WQQA 4NGZA 1GB8A 1GD6A 5LVHA 1B7LA 1LZ8A 1XGRC 5LVJA 1IVMA 1BVXA 4M4OA 5L9JA 3W6FA 4DD1A 1C45A 3A91A 2D4JA 3HBDA 1JEFA 4NEBA 4WM3A 4DDAA 4Z98A 3RNXA 4J7VA 1IOQA 1GFJA 4HV1A 4GLAA 3WULA 4HJZA 4B4IA 2D4IA 1IR8A 4G4HA 4IATA 4WO9A 4YF2A 1KIPC 1BVKC 4NGOA 1B5UA 5A3ZA 1OUGA 2MEEA 2DQEY 1LMNA 4WM6A 4XJDA 1DKKA 4J1BA 4LGKA 1GFUA 4I8SA 1B5WA 1CJ7A 1HHLA 5IDDA 3W6EA 1AT5A 2PC2A 4IJ4A 4H9BA 1B5YA 4H1PA 2W1MA 2FYCA 3WPKA 1VATA 4GLVA 4ML7A 2MEFA 1B9OA 1UA6Y 5F14A 1GDWA 2DBTA 2BLXA 4ETAA 4PRQA 2HEBA 4GN5C 1GXV2 1CKCA 1BWJA 2Z18A 1GE3A 1T3PA 1WQPA 2BLYA 4LT1A 3A6CY 1G7IC 1GEZA 2BQAA 4NHTA 4NGYA 2Y8PA 1GBXA 1NDGC 5HQ1A 5K7OA 2MECA 3WXTA 1LZGA 4LYTA 1HC0A 1D6QA 1XEKA 2MEBA 1LHIA 4UWNA 5B59A 1LZNA 3A3RX 4ETBA 1GWDA 134LA 3WPJA 3K3TA 1B5ZA 1JUGA 3AGIA 1UUZC 2I25L 2DQHY 5LIOA 1LSPA 4HPIA 1HMKA 1HSXA 3A3QA 4H91A 5L3IA 4H8YA 1LKSA 1TDYA 3E3DA 4LYBA 4XJHA 5F9UA 3A94A 4Z46A 1FLYA 1JISA 2FBDA 1YL1X 4H8XA 4LFXA 4NIJA 4NHQA 2BQNA 1N4FA 2AUBA 1GFVA 1HELA 2BQBA 2G4QA 2CDSA 5DM9A 3B6LA 1D0LA 1IWUA 2YBNA 1BWHA 1HSWA 4XYYA 5B06A 4HP0A 154LA 1ZV5L 5KXXA 2G4NA 2Z19A 1LHMA 2Z12A 1LZ5A 1YANA 4HTNA 1LHJA 4O34A 4R6CA 3WUNA 1QIOA 4MR1A 4C5FA 4DD0A 2BQFA 4HJYA 2BQHA 3ZVQB 4W94A 194LA 1VAUA 1P2CC 1B7MA 1C46A 3D9AC 2VB1A 4NSJA 2ZIKA 3AZ4A 4C3WA 2G4PA 1NWGA 1YKZX 2DQGY 4NSIA 2EKSC 4GCDA 4OWHA 3WL2A 1LSMA 2HEFA 5KXLA 5DN4A 1EQ5A 1IWTA 1IP6A 1HERA 1LSYA 1UIEA 2BQLA 3EMSA 4KPMA 4Z41A 5IHGA 1GB7A 1KXYA 1RJCB 2F30A 3CT1A 3WU8A 1GBWA 1BB6A 2I26L 4XENA 4XJIA 3ZEKA 5I53A 1JTPL 7LYZA 2ZQ3A 1WTNA 3P68A 5C6IA 1OUJA 1CKHA 4NHPA 3M18B 1KIRC 2LZTA 4PPOA 1LMQA 2Z39A 4TTDA 1LPIA 4AGAA 2BQKA 1LMCA 3AW7A 3W6CA 1H87A 5LVKA 1IWWA 4YEMA 4H9AA 2XBRA 1GF3A 1LYYA 1BB7A 1GF0A 1IP4A 1LHKA 2YBIA 4PHIA 1WQOA 4XJGA 3W6AA 3TXHA 1IR9A 1BGIA 1C43A 3EBAB 1JKDA 1LYZA 3LYZA 1GF8A 3A8ZA 3G3AB 2ZIJA 2DQIY 4H9HA 2GV0A 3OJPA 2HU1A 1F6RA 4H9EA 5DL9A 1IC4Y 2EPEA 3TXJA 3ULRA 4H93A 5FELA 4WLDA 3WUAA 1AM7A 3CT0A 3IWRA 1BB4A 3P64A 1IC5Y 5E9RA 5KJ9A 4WOAA 1QQYA 3ATOA 1DKJA 1TAYA 1UICA 2BQJA 1LAAA 2BAAA 4HSFA 1IP1A 4UWVA 4WMGA 4LYMA 2LYMA 1LSNA 5I5QA 4H9FA 4LFPA 4OWBA 4B4JA 5KXPA 4E3UA 4YEOA 1IEEA 3ATNA 1VEDA 2W1LA 1KIQC 4RDSA 4H8ZA 5LYZA 5LXWA 1LZAA 2YDGA 1BB3A 1NMMA 2YBMA 5LINA 2DQJY 4HV2A 4GCEA 5L3HA 2W1XA 3BKHA 1RE2A 132LA 1GB2A 3AGGG 4WM5A 4NSHA 3N9CA 1EL1A 2MEGA 1LZ1A 4J1AA 1LSEA 1LMTA 2MEDA 2NWDX 1GB6A 4CJ2A 1XGPC 1DQJC 4QEQA 1IP3A 1GF7A 1GXXA 3TXEA 2DQAA 1IORA 3G3BB 2HECA 1IWZA 4MCKA 5LAFA 3WU7A 3KAMA 1HEOA 3FE0A 1LZSA 5F9XA 2IHLA 4OWAA 1HFYA 1UIGA 4YM8A 2DQCY 2BQMA 3LZ2A 4NGWA 2D6BA 3P4ZA 2ZQ4A 1LZRA 3ZVQA 3B0KA 1GE4A 4TUNA 5LA5A 133LA 3TMUA 1IP2A 1HEQA 3WW5A 2Z38A 3W6DA 5F81A 2RSCA 1GFEA 1LZBA 1GFHA 1B7OA 1B7RA 1TCYA 4FDYA 1NBZC 4QGZA 1EQEA 1V7SA 1QUTA 1LYOA 1OUIA 4NWHA 1B5VA 2W1YA 1NF5A 2YSSC 1LHLA 1NBYC 1OUEA 4NHIA 1OUFA 1XEIA 2EQLA 1JSEA 5ILCA 1JITA 1LJJA 4NG1A 1LJ3A 4LT0A 3AZ5A 1AZFA 5FEKA 4HJVA 1QSWA 4NGKA 3SP3A 3WU9A 1I1ZA 2BQCA 1JIYA 1GE0A 2IFFY 1FKVA 3TXDA 1GBZA 1UIFA 1GFAA 2ZNXY 3AW6A 4TSBA 1J1OY 5APEA 1JJ1A 3WXUA 5LVIA 1LTMA 1UC0A 1LMAA 5LYTA 1D0MA 3IJVA 4XJBA 4G4CA 207LA 1LHHA 1YKYX 3LHMA 5KY1A 2H5ZA 6LYZA 1NKHA 3AGHA 1IOSA 1JSFA 5KXRA 1IIZA 5KKIA 1D0KA 1DPXA 1B5XA 1GBYA 1HF4A 1LJFA 1OUCA 1REXA 1WVVA 4G4BA 4L41A 3CQLA 4LYOA 2B5ZA 5A3EA 5LYMA 3LYOA 1BB5A 1NHEA 4ETEA 5DN5A 2MEIA 3WVXA 2Z2EA 1LZ4A 2DQDY 1CJ9A 3FI7A 3TMXA 4ZFPA 1YAQA 4NY5A 1B2KA 1GAZA 1WQMA 4EMNA 1WVUA 1LJ4A 1QUSA 4DDBA 1IY4A 4WLXA 3T6UA 1IR7A 4U3XB 1TBYA 4XADA 4NGIA 3IJUA 1JHLA 2LYOA 1FLUA 5APCA 1J1XY 4RLMA 4G49A 1REZA 1FN5A 2C8PA 2Q0MX 1GBSA 1RI8B 1W08A 1XSFA 1HFZA 2Z2FA 1LSDA 1A4VA 3J4GA 3AYQA 1V7TA 3B0OA 4LZTA 3F6ZA 4WL7A 1HENA 4H9CA 4R0FA 4CHXA 1YAMA 3B72A 5C6LA 1Z55A 1GFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LYMA 1ALCA 3AB6A 1C67A 4GN3A 2BQDA 128LA 1YAPA 5FDJA 2B70A 1L41A 1YROA 1JTTL 1G7HC 2LHMA 151LA 1LMOA 1SQ2L 5I4YA 4WM1A 125LA 4Z3MA 1L51A 1LZCA 1L96A 1XFPL 1LKRA 1G7LC 5I4XA 3TXFA 1L20A 4YOPA 113LA 4EOFA 1B7PA 1HNLA 3CDQA 4ZIXA 4WG7A 5II3A 1EQ4A 5LZMA 3N9EA 1L37A 2HU3A 1G0LA 4OW1A 2I6ZA 3EXDA 3LN2A 4NSGA 1L17A 5HNCA 1QT8A 191LA 1DI3A 1CNSA 190LA 1C6HA 2A4TA 233LA 1OQMA 1AT6A 4S0WA 1QTHA 1GDXA 5AMYA 186LA 2RBQA 4DD2A 1JJ0A 1LSCA 1LSGA 138LA 2F47A 4XJFA 1F0WA 118LA 1GHLA 3HH4A 2FYDA 3CSZA 3C82A 3SB5A 165LA 119LA 5KXOA 3WH1A 176LA 2QB0B 2LZ2A 1LZYA 1G7JC 4WO6A 2RB2X 3OE6A 1LWGA 4HTQA 4OWEA 242LA 1JPOA 172LA 1C10A 5APDA 1L04A 4TWSA 3HTGA 2DQFC 1GF4A 4ET9A 1CJ8A 1LYEA 1L84A 1GEVA 2BQIA 3J6KA 5KXMA 1G7MC 5LAGA 1B7NA 3D4SA 4YENA 4IASA 3GXKA 4TSCA 167LA 1LSZA 184LA 3RW8A 1FKQA 8LYZA 2BQEA 3CDRA 174LA 1L47A 243LA 2MEHA 5KXTA 3C80A 1QTKA 1DYDA 1P3NA 5KXNA 1B0DA 1SX2A 140LA 122LA 1QDRA 2B74A 1LCNA 3HH3A 2FBBA 4NGVA 4GCFA 2D91A 3HBEX 2H9KA 2NTGA 2XBSA 1CKFA 1IWXA 1C6KA 1SWZA 2HTXA 4WLTA 4LDLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D3D A;  1LYS A;  5F16 A;  3WMK A;  4ETD A;  1LZE A;  4DD7 A;  3LYM A;  1ZMY L;  4NFV A;  1ALC A;  1GF5 A;  3AB6 A;  4GN3 A;  1GB3 A;  1A2Y C;  2BQD A;  1OUD A;  1YAP A;  1DPW A;  5FDJ A;  4LYC A;  4A7D A;  5D5C A;  3CT5 A;  3TMV A;  4NWE A;  5C6J A;  1YRO A;  1JTT L;  1KXW A;  4DDC A;  1NDM C;  3TMW A;  3CB7 A;  3HFM Y;  1C08 C;  1GB9 A;  3TXI A;  1G7H C;  1BWI A;  3BKV A;  5HMV A;  1PZY A;  2LHM A;  4CFO A;  1LMO A;  1IC7 Y;  1LMP A;  1YIK A;  1SQ2 L;  3WUM A;  1LJN A;  5I4Y A;  3CSR A;  3WW6 A;  2XJW A;  4WM1 A;  1GFT A;  2BPU A;  4Z3M A;  1T6V L;  153L A;  4X3B A;  4OOO A;  1LZC A;  1XGT C;  2YBJ A;  2ZYP A;  3QNG A;  5KXY A;  1XFP L;  1HML A;  3A6B Y;  1LZ9 A;  1G7L C;  1LJE A;  1GF6 A;  1LKR A;  1YL0 X;  2CGI A;  5E4P A;  5HNL A;  3TXF A;  5I4X A;  1YQV Y;  4DYG A;  2XTH A;  5J7C A;  4YOP A;  1YAO A;  2HED A;  3QE8 A;  1H6M A;  4HTK A;  4EOF A;  1ZVY B;  5IEL A;  1B7P A;  1HNL A;  2A7F A;  2YVB A;  3WYH A;  4ZIX A;  4QY9 A;  1YKX X;  4WG7 A;  1HEW A;  1VDS A;  1IWY A;  5ILF A;  3A95 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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