The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
46
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structure length |
46
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Chain Sequence |
SNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3
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| publication title |
Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Transcription/dna
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| total genus |
18
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| structure length |
46
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| sequence length |
46
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3W7T A; 2HR3 A; 3E35 A; 3D3I A; 1NH2 B; 1RM1 C; 3BY6 A; 3W7U A; 5GW7 A; 3IC7 A; 5CA3 A; 2WAM A; 1NVP B; 1YTF B; 4HAM A; 2P90 A; 1S3J A; 3W7S A; 3W7W A; 3W7X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OCC B; 5J2U A; 1WPB A; 5EZY B; 3OM3 B; 5CA0 B; 1SQQ H; 4BIZ A; 2WA4 A; 4I50 A; 1WJZ A; 1RSO B; 5LYJ B; 1G4Y B; 4JI2 B; 3GWO A; 4J7Z A; 1SA0 A; 5A2Q N; 2VQF B; 4LF9 O; 4BIO A; 3AK1 A; 2OT5 A; 3E2E A; 3ABK C; 4UB8 Z; 3OTO B; 4LF6 O; 3E22 A; 2F95 B; 1K73 W; 3JAR A; 4JI4 B; 1KD1 W; 2BCC H; 4MVM A; 1MA1 A; 1R6K A; 1IXM A; 4O4H A; 3TET A; 4TT3 G; 1R3J C; 2WSS G; 4GKK B; 3JCZ A; 1MSD A; 1GN6 A; 3LNM B; 1RFY A; 5LMN B; 1COW G; 1HNZ O; 2YUA A; 4XBF A; 3A0B Z; 1YEW A; 1I94 O; 2QR4 A; 2DYR C; 4QPJ A; 2CK3 G; 1IXB A; 3D36 C; 4HZ3 A; 3ZRW B; 1F51 A; 2JDI G; 2GBO A; 2ZCE A; 2HHH O; 4NXN O; 2Q7H A; 5B1B B; 2YIB D; 2OWO A; 5EYP B; 2QTS A; 4B3T O; 3DXR A; 3OE7 G; 2JS5 A; 4EKW A; 2ZDI A; 3BA8 A; 4X65 B; 2UUA B; 3X2Q B; 2QWQ B; 3GVM A; 2W0F C; 3WG7 C; 3UO3 A; 1YZB A; 3IFX A; 4DR2 O; 2AHZ A; 4F4L A; 1FXK C; 1ZL8 B; 3KKY A; 5KHJ A; 3H1K H; 2NLJ C; 2VQE B; 3OEH G; 3ZHR A; 5KA6 A; 2UUB B; 3LSU A; 4LCU C; 2UU9 B; 2IH3 C; 1QHT A; 1IBK O; 2YC0 A; 2ZNJ A; 1P7B A; 4PDL A; 4HAM A; 1GKF A; 2BTQ B; 2DW4 A; 1JR9 A; 4PV1 B; 1R3K C; 4IHJ A; 4ZIB A; 1GH6 A; 2Q0O C; 1BMF G; 4UCO A; 1AP5 A; 4JYY A; 1UJW B; 3OGC C; 4LF4 B; 1VQK V; 2OTJ V; 3RYI A; 3K79 A; 2N74 A; 4ZHQ A; 2OCH A; 2XAQ A; 2EJ7 A; 2ITD C; 1M1K W; 4MTX A; 3RWR D; 4R50 A; 1DGS A; 4WFB V; 1W0K G; 3FAV B; 3OR6 C; 2W6I G; 1H2M A; 4PA6 A; 4B7K A; 3VQV A; 1LNQ A; 4YJ3 A; 1KMI Z; 4X66 O; 3DSQ A; 4DR3 B; 1Y74 A; 5K1X A; 1SA0 B; 2EIL B; 2UXB B; 1ROP A; 2G38 A; 5JVD B; 1TGO A; 4LWS B; 4TUY B; 3E22 B; 2VS0 A; 4JPR A; 1VQM V; 1Q82 W; 2R9A A; 3X2Q C; 1S5J A; 1XL6 A; 5IDJ A; 5LHI A; 4I7Z B; 5IWA O; 1ARO P; 1K4D C; 5TIS Z; 1WPX A; 3AG1 C; 1B06 A; 1ZAU A; 3AG2 B; 1XNQ B; 2HJD A; 4QE7 A; 4Z2W A; 4DV3 O; 3HKB B; 3OD4 A; 2VWJ A; 1I7F A; 3W7U A; 2B1I A; 1VEW A; 1M56 B; 2LO1 A; 3STL C; 1IBL B; 1OCO C; 1V54 C; 4DV7 B; 3H1H H; 1JJO A; 4YJ2 B; 1MSW D; 1W2B U; 4UCT A; 1SER A; 3BAA A; 5JQG A; 1FJG B; 1JPX A; 3DC5 A; 3DXR B; 1U96 A; 3CCR V; 4JYA O; 4G28 B; 5LGU A; 3K9S A; 4OXS A; 3S3X A; 4LFA B; 3SYQ A; 1M4U A; 3JAW B; 4DV6 O; 1IBM B; 1HNX B; 2Q6A A; 2Q8V A; 3WB1 A; 3ZRV A; 3T1Y O; 1XMQ B; 1WP8 A; 1NQT A; 3AG4 B; 1BS3 A; 3TGU H; 3ABL B; 3F7V C; 4X1Y A; 4JI8 B; 4IGG A; 2RMK B; 2JS3 A; 3C3S A; 2ZM6 O; 1NJI W; 4DR6 O; 3L73 H; 3UM7 A; 1AI7 A; 4IHJ B; 2E5L B; 2AW9 A; 2NNU A; 3CCV V; 2P22 C; 4AHC A; 2QKC A; 3JAK A; 4X1I B; 3B4S A; 2EJR A; 2JJ2 G; 2EIJ B; 4X89 A; 4GKJ B; 1S0V A; 3IGA C; 1MG1 A; 1EN4 A; 5LMU B; 1XEQ A; 2LGW A; 2IU0 A; 5IY5 B; 4LF7 O; 3B8M A; 4JF3 A; 4P30 A; 4X20 A; 3O65 A; 4RQF A; 2DWE C; 4DR1 O; 2H3O A; 2NR5 A; 4RO2 A; 3MDS A; 1PPJ H; 4WBN A; 1SQX H; 2UXD B; 2BSK B; 4B08 A; 1F4N A; 2DE0 X; 4QGP A; 4O4J B; 5EIB D; 2WLL B; 3ETQ A; 1BQZ A; 1K92 A; 1LR1 A; 5LXT A; 2Q67 A; 2EZP A; 4H33 A; 3ETD A; 2YID A; 2E74 B; 4J9Y B; 4LNU A; 2ZDI C; 1THZ A; 4E2L A; 1WB8 A; 1MMM A; 4J7J A; 1Q81 W; 2FYU H; 4MTG A; 3CXH F; 3JAM N; 3CJH A; 3DGE A; 2LW1 A; 1NS1 A; 2QWO B; 1P49 A; 1MAB G; 2IJK A; 4C7U A; 2QKS A; 3H1I H; 1Z5W A; 5B1O A; 4OX9 O; 4NYK A; 4FFB B; 2JVD A; 5JJE B; 1J5E B; 3SJB C; 1RPR A; 4UUJ C; 4JI3 O; 2A79 B; 3CRM A; 1L0L H; 3B8N A; 4L87 A; 5CBF A; 5HFM A; 4PA3 A; 2ZR3 A; 2KKW A; 3K9A A; 5B3S B; 4JTC B; 2IJH A; 4MTF A; 2BE3 A; 4UCV A; 2EIJ C; 5KHH A; 4I9Q A; 1WA8 A; 1PM9 A; 3TJT A; 2QM8 A; 4HNA B; 4WFH A; 4LR3 A; 1M9N A; 3UQ8 A; 4YHH B; 4EB6 A; 3CCM V; 3E35 A; 1NR7 A; 4GLX A; 1AJP A; 1N36 O; 3OMN B; 4O4I B; 1IZ3 A; 1GAX A; 1EFR G; 3SPH A; 1JX9 A; 4LP8 A; 1KEC A; 1R3L C; 1M5I A; 1SQV H; 1VF6 A; 1KYO F; 4LH6 A; 5BR8 B; 3I5D A; 3JD2 A; 2QWP B; 4B3S O; 3JAK B; 3K0D A; 4LH7 A; 2JEX A; 1BT8 A; 2PGG A; 5KHK A; 2IW5 A; 2BTO A; 1YDX A; 5JJN B; 4MVS A; 3HKE B; 3CB2 A; 2AXT Z; 2YXH A; 2EIK B; 4RWU A; 3ZS8 C; 1VMG A; 1OCR B; 1ENV A; 1AR4 A; 1YJ9 V; 1KP2 A; 3THO A; 1AI4 A; 2B1G A; 2ILM A; 4WFA V; 4B3M O; 4JTA B; 4FLX A; 2JGU A; 1M90 W; 1N34 O; 4LNU B; 4TV8 A; 4JGS A; 4X8A A; 3CRQ A; 1HW7 A; 4TQF A; 1Q90 D; 3ASN C; 4JTD B; 1ZLZ A; 1YXB A; 2ZNI A; 1ZUQ A; 1R3I C; 3CX5 F; 4WF9 V; 2DJV A; 3FYI B; 2GTA A; 1KP3 A; 5KHG A; 5CA0 A; 1RSO A; 1XMO B; 5D5P A; 1JA8 A; 1QQC A; 3QTC A; 3UT5 A; 1QVG U; 1Q3E A; 2Z3Y A; 1GK9 A; 3BA9 A; 1K8A W; 2JIZ G; 3OEE G; 3STZ C; 2WLI B; 4UVA A; 4QJF B; 1VQL V; 1DF5 A; 1PNL A; 4GCZ A; 5GTI Z; 1SQB H; 1NTK H; 1QR9 A; 1UFI A; 2GHY A; 2ZE5 A; 2HFE C; 4LF8 O; 1WA8 B; 5E1A C; 1XNR O; 1EBO A; 2YIC A; 2WA3 A; 5GON B; 4LFB B; 1JQ0 A; 1D5N A; 4DR7 B; 1US6 A; 3AK3 A; 4NXM O; 2XAG A; 4KHP B; 3BVO A; 2EIK C; 4DYL A; 2XT9 A; 1OCR C; 4DR5 B; 1V55 B; 2CTP A; 2ZXW C; 3K08 A; 3SPC A; 3CCS V; 1AB3 A; 4YY3 O; 3ZRW A; 3LNN A; 4I55 B; 1SKV A; 2UXN A; 2V7Q G; 1MOF A; 3FKS G; 3P3N A; 1NR1 A; 5EYP A; 2Q68 A; 3BRC A; 3K5M A; 2XHB A; 4JYC A; 3O9O A; 3K04 A; 1M57 B; 2V4D A; 4LF5 B; 4Z1M G; 1TUB A; 3HKC B; 4J80 A; 4PDR A; 5KAF Z; 1ZL8 A; 4UFZ A; 5H6Q A; 4JI6 B; 4ICG A; 1S72 V; 2EX3 A; 2AZ0 A; 2K9P A; 1PV0 A; 2JEU A; 3BCC H; 1P4R A; 4GUN A; 3S3W A; 1FXV A; 2XAH A; 3BEH A; 4JAA A; 3UO2 A; 1EN6 A; 4FPP A; 1BHB A; 4K0K B; 3K06 A; 3UCS C; 4O2A A; 4D7T A; 4TV8 B; 5LOV B; 5LL6 Y; 3J81 N; 4NTW A; 4JI0 B; 3IC7 A; 2ZIM A; 3EXA A; 2A3Q A; 3T2M A; 4HYO A; 1YI2 V; 2RNB A; 4CS2 A; 1V55 C; 4DV5 B; 5H5N A; 3FAV A; 1H2L A; 4CH6 A; 2CH7 A; 2RCV A; 2E75 B; 2C2A A; 5GTH Z; 3ZHT A; 1HR0 O; 1GM7 A; 1JVM A; 5AG2 A; 3ASO C; 3UT5 B; 1NVP D; 1VF6 C; 3KG2 A; 4RUE A; 1FAF A; 4U7O A; 4MW8 A; 2ZT9 B; 5JVD A; 4UV8 A; 4LWS A; 5FL7 G; 4TUY A; 2DQ0 A; 3C3T A; 3OT7 A; 3KCX A; 5IJ0 A; 3L70 H; 2EUL A; 3OMI B; 4PI2 A; 1M57 C; 3JD0 A; 4NB5 A; 3SYP A; 4CS3 A; 4DV2 B; 3PJS K; 1A32 A; 2CTR A; 4I4T B; 1Q6H A; 4W4K A; 3A0H Z; 3HKB A; 1EZJ A; 2GSM B; 1P7G A; 2DN9 A; 4BIU A; 5BY1 A; 1O9G A; 4JZ2 A; 3ZRS A; 4MT8 A; 4DV0 O; 4WFE A; 1TAE A; 1K34 A; 4PD4 F; 2XAF A; 2CGN A; 4FLZ A; 4WCE V; 2GTS A; 2UXX A; 3IAY A; 4LC1 A; 2VWK A; 4YJ2 A; 2QWR B; 2VRZ A; 3K5L A; 1R6T A; 3CS5 A; 2B5U A; 5KAI Z; 4QNH B; 2Z5U A; 1QLE B; 4CZZ A; 2OCC B; 1GRJ A; 1TUB B; 3JAW A; 4P9P A; 3F5T A; 3R66 A; 2EBO A; 4PA9 A; 1OCC C; 1SET A; 3VBB A; 3FB7 C; 4AQY B; 3P30 A; 1N32 B; 3QO7 A; 3OW2 U; 4JAV A; 2RN9 A; 3D8C A; 3EFF K; 3CCJ V; 4FLV A; 1W0J G; 4Z1V A; 2ZIN A; 2PYJ A; 5B1A B; 1L1F A; 4GX1 A; 3ZMV A; 1NH2 D; 4O2A B; 5CA1 B; 5BMV A; 3RT3 C; 1QVF U; 3L74 H; 5FNV A; 4X1K B; 2F93 B; 4X1I A; 2ZIO A; 4GT1 A; 4MVQ A; 5KMG A; 2AGA A; 5DEC A; 2QA4 V; 2YIB A; 4N23 A; 1AVM A; 1WNS A; 2CH7 B; 3CE2 A; 2ZE8 A; 3K5N A; 4DV4 B; 2BSK A; 2XUM A; 3JSL A; 4O4J A; 2EIM B; 2WLL A; 3FYE B; 5B1B C; 5IT9 N; 1VF7 A; 2ETN A; 1QLN A; 4Q6G A; 2PUS A; 1BGY H; 5IJ0 B; 2KSD A; 2P06 A; 1J95 A; 4MVO A; 3W7T A; 4X62 B; 3BFR A; 1VQP V; 1N33 B; 4LFC B; 1GN4 A; 1I08 A; 4PJ0 Z; 4UB6 Z; 4JI1 O; 2CUG A; 4OPH A; 3ZRX A; 1M93 A; 3M8A A; 3E89 A; 2AZ2 A; 4CH3 A; 5GW7 A; 1SQF A; 5J2T A; 4JV5 B; 2FB5 A; 2IM9 A; 4X9Q A; 1GM8 A; 2BOC C; 5D5Q A; 4CS4 A; 4B3R B; 1EZV H; 5B1A C; 4FMT A; 4J9Z B; 4FFB A; 1G8M A; 1X4T A; 4R7C A; 2WLJ A; 4O4L B; 1H38 A; 2XAJ A; 1VQ6 V; 2QWN B; 3E8H A; 4W4L A; 4DV1 B; 4JZG A; 2Q73 A; 2FKX A; 2F1M A; 5KX5 A; 3CSX A; 1KUQ A; 1T5E A; 3B40 A; 2H8P C; 2P90 A; 3OUS A; 2Y4T A; 4JI5 O; 4MVU A; 4HNA A; 2A7W A; 3Q4H B; 3T1H O; 3D3I A; 1FFX A; 4I0X A; 4ZKI A; 4D6T H; 1JOY A; 2Q4P A; 4YXW G; 3HPL C; 4MVR A; 3A8T A; 2EIL C; 4O4I A; 2Q7G A; 2EIM C; 3G71 V; 3EVK A; 1FFT B; 1FD9 A; 1DLB A; 1N8R W; 1XUQ A; 4UV9 A; 3MAQ A; 5BMV B; 1K4C C; 4DR4 O; 5JH7 B; 4ZBM A; 1I5Y A; 4JI7 B; 5FNV B; 4DUZ B; 1TVK A; 1YVW A; 1Y66 A; 3RBZ A; 4DRX B; 2F4V O; 5KMG B; 3AG2 C; 1QR8 A; 2ARH A; 2P4K A; 2R72 A; 3ZHV A; 2UUC B; 3HKE A; 2ITC C; 1M56 C; 5CA3 A; 3ZMT A; 1WAZ A; 1KB9 F; 2QGN A; 5BZB A; 2QE7 G; 4N21 A; 1HNW B; 1AR5 A; 3K3W A; 4CBC A; 1LUV A; 4A5U B; 3LDD A; 1KQS U; 1K7D A; 1YTF D; 4JI2 O; 1AJN A; 3RGB A; 3ZN1 A; 2P4V A; 5HFL A; 1WLE A; 2VQF O; 2KB1 A; 4DUY B; 2YIA A; 2CTQ A; 4XDK A; 3OTO O; 3DTU B; 3RN4 A; 3AK2 A; 3EHB B; 1CPY A; 5J9P C; 4JI4 O; 4X64 B; 1MZF A; 2QDO A; 2X6C A; 3AG4 C; 5J2T B; 4TV9 A; 1SS3 A; 3ABL C; 3ETE A; 1S5H C; 4GKK O; 1SRY A; 4Q20 A; 1MZE A; 2HEP A; 3TXS A; 4FM0 A; 5LMN O; 3HKD A; 5FLX N; 1YIT V; 4PEL A; 2JGD B; 3U10 A; 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