The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
46
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structure length |
46
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Chain Sequence |
SNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription/dna
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| publication title |
Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3
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| total genus |
18
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| structure length |
46
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| sequence length |
46
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3W7S A; 3W7X A; 1NH2 B; 3E35 A; 1NVP B; 1S3J A; 3D3I A; 5CA3 A; 4HAM A; 3W7W A; 1YTF B; 3IC7 A; 3W7T A; 2HR3 A; 3W7U A; 1RM1 C; 2WAM A; 3BY6 A; 2P90 A; 5GW7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OX9 B; 3JYC A; 4Z1M G; 3SJB C; 1QCE A; 1A32 A; 1TA8 A; 5JH7 A; 1VQ4 V; 4O4J A; 4GUN A; 5EIB D; 2DYR C; 5JCO A; 1V55 B; 1IBK O; 3FKS G; 2ADQ B; 1Y76 A; 3IC7 A; 2Q0A A; 1VAR A; 1COW G; 3HKB A; 3ZBH A; 3ETQ A; 1KQS U; 1SC5 B; 2JGD B; 4W4L A; 3G67 A; 2QWP B; 4HNA A; 1NTZ H; 1VMG A; 4B3M B; 2AZ0 A; 1GKF A; 4DV6 O; 3CCJ V; 1Y67 A; 4GKJ B; 3K5O A; 3X2Q C; 1K5S A; 4BAY A; 3CWB H; 1OCO B; 3CJH A; 4JTC B; 3D36 C; 4B3R B; 2FML A; 2QGN A; 3ZED A; 5JJE B; 1JX9 A; 4UCS A; 2P7T C; 4X1I B; 3AG1 B; 3MHH C; 3J7A U; 3L75 H; 2B1G A; 4PA4 A; 1I5Y A; 4AQY B; 1K3E A; 3JSN A; 1FAF A; 3GWO A; 2A7W A; 4MT8 A; 3JD4 A; 4WFB V; 5E1A C; 1QHT A; 3DC5 A; 1Y4M A; 4GX5 A; 2Y0P A; 4JZ2 A; 4BIO A; 4DR3 O; 4JI4 B; 1GO3 F; 3CME V; 1VQ8 V; 4JI0 B; 2QA4 V; 1W0J G; 4GX2 A; 2NN4 A; 1YJW V; 3QNE A; 4H33 A; 1GN4 A; 3ZN1 A; 3AG3 B; 1S72 V; 2W0X A; 4DR2 B; 2E5L O; 3AG4 C; 4LH6 A; 1K73 W; 3ZHS A; 1HWY A; 2DMX A; 1F4M A; 3SYC A; 1VIB A; 1PV0 A; 1Y6X A; 2K1E A; 1IBL B; 2UXC O; 5K1P A; 4PEL A; 1THZ A; 2A9H A; 5IYZ B; 1JPX A; 1NH2 B; 2ZKO A; 4F4L A; 3N2G A; 2ZDI A; 1N33 O; 3JD1 A; 3A0H Z; 1SZT A; 2CTW A; 4TOI A; 4B7E A; 1D5A A; 1Q3E A; 2LGQ A; 3E22 A; 1ZWI C; 2LFS A; 4ICG A; 1Q7Y W; 3A0R A; 4DK1 A; 4JPR A; 2ZIM A; 4LF9 B; 4AHC A; 4I9W A; 4PJ0 Z; 4DV2 B; 4JYB A; 5C8Y A; 1DF5 A; 2FB5 A; 2HJD A; 3ETG A; 1RPR A; 4NTW A; 3RN4 A; 3CCS V; 2KSD A; 1WNS A; 1ROP A; 3X2Q B; 4I50 A; 3FB7 C; 3FX7 A; 2PYL A; 4TT3 G; 1F7Y A; 5CA1 B; 4Q6G A; 4B3T B; 3F5T A; 4UV9 A; 1ZAU A; 2ZR2 A; 3UQ8 A; 2KG7 A; 1Q8I A; 1Z5V A; 1VQ5 V; 5K1X A; 4LF6 B; 1KB9 F; 4X8A A; 2JS5 A; 4D7T A; 4JI1 B; 1MZF A; 4EEQ A; 1XNQ O; 4NKG B; 4IGG A; 1Q6H A; 4HYO A; 1FKA O; 4GLX A; 1YIJ V; 1OZ0 A; 2F95 B; 1VQL V; 2FL4 A; 4RO2 A; 5L3C A; 4DV5 O; 4DV7 O; 5LMU B; 2DYS C; 3FFQ A; 3OMA B; 1RFY A; 4FLY A; 1D5N A; 5ITZ A; 4FMT A; 4RAI A; 5B3S B; 2JJ2 G; 3A8T A; 1AI5 A; 2ZE7 A; 5KHH A; 1K33 A; 1P7B A; 2NLJ C; 3K59 A; 4YIP A; 4LFA O; 4KFM A; 3AG4 B; 4ZBM A; 1MG1 A; 3D36 A; 4O2A A; 3FAV A; 1KMI Z; 5JJJ B; 4JI5 O; 1JJ2 U; 5GTH Z; 4LF7 B; 1SF9 A; 4B08 A; 2FYU H; 2ITC C; 2F4V O; 4KHP O; 1SES A; 2YIB D; 3HKD A; 4FIP C; 5KHI A; 2FTK A; 4PI2 A; 4I7Z B; 1YI2 V; 4EB6 B; 4DR5 O; 2V7Q G; 1QVF U; 4RUF A; 2UUA O; 5KMG A; 4QJF B; 5H6R A; 2LP7 A; 1UFI A; 3E89 A; 4LFB O; 1B06 A; 1Q86 W; 2XT9 A; 4D6T H; 4WF9 V; 2ZM6 B; 3B8M A; 2W6J G; 2WPD G; 3T1C A; 1SZX A; 4DW1 A; 1S77 D; 2DW4 A; 5CN0 A; 4L87 A; 2JRI A; 5AG2 A; 4PA9 A; 1ZSP A; 2RMK B; 4PDL A; 4U7O A; 2E74 B; 1VQP V; 3JAM N; 4Z1V A; 5IYC O; 3CC4 V; 2ZIO A; 1ZL8 B; 4DRX B; 4LF5 O; 3RYF B; 3FB8 C; 2PGG A; 5EYP A; 2YXH A; 1VF6 C; 3WG7 B; 4KL1 A; 4JAA A; 3DGE A; 5BY1 A; 4I4T A; 1W59 A; 3E8G A; 4X64 O; 3ABK B; 1TUB A; 1MZE A; 1Y74 B; 5LYJ B; 2X7R B; 1SQB H; 3WB2 A; 5FPO A; 5B1B C; 2OIE A; 2YIA A; 4ZHQ A; 1NBM G; 2MK3 A; 1NKD A; 2WA4 A; 2BTQ A; 3FB5 C; 3U11 A; 1Z2G A; 4DR4 B; 1GH6 A; 1M4U A; 1Q6U A; 2EIM C; 1HW7 A; 5IWA B; 4U3J A; 2CGN A; 4I55 B; 2RCV A; 5IT9 N; 5KA6 A; 2P6J A; 2UXX A; 4KP4 A; 1V9P A; 2ZXW C; 3AK2 A; 2Y69 C; 3VQW A; 5IYB O; 2VQF B; 4DV0 B; 3AK3 A; 3UT5 B; 3SJC C; 2GTA A; 1N4C A; 3L70 H; 2RQ6 A; 2IH3 C; 5B66 Z; 4JI8 O; 3DTU B; 3OMI B; 3ZHU A; 4CS2 A; 1PP9 H; 3GVM A; 1GN2 A; 4X20 A; 2JEU A; 1ZTE A; 1YXB A; 4LFC O; 5H6Q A; 4J41 A; 5BZB A; 2IJI A; 1WJZ A; 3CXC U; 2ITD C; 3ICX A; 1AIL A; 1R3K C; 1Y74 A; 2XAG A; 2ZE5 A; 1EN4 A; 2E75 B; 3CE2 A; 2QWQ B; 1VQ7 V; 1I7F A; 3JD2 A; 1KUQ A; 1IXB A; 4MVO A; 4CH5 A; 4F6E A; 1GM9 A; 4ZKI A; 3CCQ V; 1YVW A; 4IIJ A; 1WLE A; 2HHH O; 3P3N A; 3JAR A; 1WPX A; 2X6B A; 3JAS B; 3ZHR A; 2A06 H; 3ASN B; 3CC7 V; 4LBE C; 1NTK H; 2BOB C; 5DED A; 1N36 O; 3JAK A; 1OCC B; 2Y0I A; 4ASU G; 2Q5Z A; 4QE7 A; 1M90 W; 3UT5 A; 3SPI A; 3STL C; 1GTO A; 4GX0 A; 3UO2 A; 2GSM B; 3H9V A; 3KCX A; 2XND G; 4QGP A; 4JI6 B; 2Y4T A; 1OCR B; 1R1B A; 1YHQ V; 3G4S V; 5LHI A; 4NR1 A; 1XIL A; 4R6Z A; 4UCT A; 4NYK A; 3CRC A; 5B1A C; 3S3W A; 3CRR A; 3RWR D; 3B40 A; 1G1X B; 1BGY H; 2BOC C; 1JFF B; 1H2M A; 1O9G A; 3AG7 A; 4UVA A; 2BSK B; 1RSO B; 2EIL C; 3ZN0 A; 1RM1 C; 3BY6 A; 2EIM B; 4GCZ A; 2ARH A; 4B3S B; 1Z5W A; 3CCU V; 3NR7 A; 1EBO A; 1MAB G; 2Q67 A; 4GKJ O; 4JI2 B; 4I0X B; 3AG2 B; 1G8M A; 4B3R O; 3QG5 A; 1VQ9 V; 2WLK A; 1WB7 A; 2D2C B; 1TGO A; 3JAW A; 1HNZ B; 4J7Z A; 4AQY O; 1BZK A; 5JVD B; 5IJ0 B; 5CB4 A; 4MTG A; 1SQV H; 1X4T A; 5J2T B; 4WFH A; 1RPO A; 4J7K A; 1VF6 A; 4DK0 A; 3HKC B; 1VQ6 V; 3RW0 A; 1GMG A; 4P30 A; 4JGS A; 5LHG A; 1M1K W; 4ZOL A; 3RYI B; 2UUC B; 4YIO A; 2EUL A; 2W0F C; 4FLV A; 2ZDI C; 1B3Q A; 2Q0O C; 5GTI Z; 4JI4 O; 1DTO A; 2ZCE A; 1U96 A; 4JI0 O; 1PKX A; 3E86 A; 2X6C A; 3RYH B; 4O4J B; 2CH7 A; 5EBM C; 3DSQ A; 3ABL B; 1R6N A; 4DR2 O; 2JJ1 G; 1AJP A; 1NI8 A; 1Y76 B; 3ZHQ A; 3HKB B; 5EZY A; 5LOV A; 5H5N A; 5JWP A; 1IBL O; 2HJF C; 4LNU A; 2UXB B; 1S5H C; 1I08 A; 1SQP H; 3OGI B; 1NS1 A; 1TVK A; 1B04 A; 1F51 A; 2JVD A; 3JD0 A; 3CJH B; 1IUR A; 4JI3 B; 2ZIN A; 1Q6I A; 1EN5 A; 4TUY B; 3EVK A; 1ORQ C; 1RP3 B; 2EBO A; 1IXM A; 2EIJ B; 4R50 A; 4DR6 B; 1NH2 D; 1OHH G; 2F23 A; 2G38 A; 4DO2 A; 4LF9 O; 4LCU C; 2NR5 A; 4G2K A; 2AHY A; 1FS0 G; 4DV2 O; 4JAU A; 1E1R G; 1W2B U; 3RYH A; 2EZO A; 1E79 G; 5KX5 A; 1HDJ A; 3K9S A; 4X62 B; 4DV4 B; 1P7G A; 2OCH A; 2WWW A; 2V1D A; 4MVQ A; 5KUK A; 2VQE O; 1ENV A; 1SQG A; 3OD4 A; 4K35 A; 1P4R A; 4O4L A; 2VRZ A; 3K5M A; 4B3T O; 1G6U A; 1BMF G; 4EFB A; 5EIB C; 1G4Y B; 1OJH A; 2UXD B; 4TUY A; 2B9Z A; 5KHJ A; 1OCZ B; 2V4D A; 1GN6 A; 3SYP A; 4PA6 A; 1MSW D; 5LMU O; 4PD4 F; 4TSF G; 3N2G B; 5J9P C; 2Q7H A; 3ETE A; 4IHJ A; 1XHZ A; 5L3D A; 1X59 A; 4NTY A; 3TJT A; 4P2Z A; 1H8E G; 1Y66 A; 3E22 B; 1L0N H; 3LDC A; 4LR3 A; 3IC9 A; 4JV5 B; 5H9C A; 4XDK A; 4MVU A; 1S5L Z; 4O4I A; 3TCU A; 3L73 H; 2LO1 A; 3SJQ C; 4YJ3 A; 5C8Y B; 5A2Q N; 4FVM A; 2UU9 B; 4LF7 O; 3HR0 A; 3JAT B; 3GB7 C; 2HLD G; 1NT2 B; 1V54 C; 4I50 B; 3KKY A; 3VQX A; 4YHH B; 3EHB B; 1JA8 A; 1OV9 A; 2D3O W; 3T1Y B; 2KG7 B; 4MTO A; 1N34 B; 3LUT B; 2QKA A; 3MAQ A; 2LQT A; 2B5U A; 1AP5 A; 5B1O A; 2QTO A; 3LDD A; 3K5L A; 3CMA V; 4DYL A; 4OPH A; 3OTO B; 3LSS A; 4J11 A; 2KB1 A; 1XMO B; 4J7J A; 3ABU A; 2DYR B; 1YJN V; 1YTF B; 3IAY A; 4DR7 O; 5ITZ B; 1SS3 A; 1F23 A; 4U3F H; 1NVP B; 3ZMZ A; 4DUY O; 1JMK C; 1R3I C; 4R8C A; 2QKS A; 1K92 A; 2HEP A; 3JAT A; 2JS3 A; 4QPJ A; 1P84 F; 3SJA C; 1XNR B; 3ABM C; 3K03 A; 4O2A B; 3A0B Z; 4FLT A; 3FAV B; 2Q69 A; 3RVZ A; 1ARO P; 1AI4 A; 1PL0 A; 4DV1 B; 3QVN A; 1YJ9 V; 2AGA A; 3T4Z A; 3HKD B; 1IBK B; 5EK0 A; 1XOU A; 3K06 A; 2ZQM A; 2JDI G; 2Z5U A; 3SPC A; 4PA7 A; 3JSL A; 4YY3 O; 3QTC A; 1K7D A; 2DQ3 A; 1VQK V; 5KMG B; 5EC1 C; 2XTA A; 3QO7 A; 2XUM A; 1L1F A; 2H3O A; 4DR4 O; 1QLE C; 1WP7 A; 3B77 A; 3CCV V; 3RT3 C; 3TET A; 1VP7 A; 3E8H A; 3O9O A; 4DXW A; 1M56 C; 1JJO A; 2ODM A; 3LNN A; 4H44 B; 3UM7 A; 2P22 C; 2OCC C; 3APQ A; 1DLB A; 4LP8 A; 2VQF O; 4DV0 O; 5A9G A; 5LMN B; 1XMQ O; 5IDJ A; 1H8H G; 2DQ0 A; 1NR1 A; 2X0L A; 2R9R B; 2P4V A; 3OR7 C; 2CTP A; 4OXS A; 3FYI B; 3BA9 A; 2UXN A; 1WAZ A; 4JYA B; 2Q68 A; 2F1M A; 3DC6 A; 4A5U B; 4FZ0 A; 5BMV A; 2XAQ A; 3N2K A; 3IGA C; 5J2U A; 2E3C A; 1AB3 A; 5EYP B; 3ASO C; 2ZD9 A; 3OGC C; 1B6Q A; 3BFR A; 5BR8 O; 1GK9 A; 4I4T B; 1MMM A; 2MW2 B; 3M8A A; 1TUB B; 4JAS A; 2UXC B; 3K5N A; 1XL4 A; 4ZHQ B; 1HNX B; 3CS5 A; 4QNH B; 5GW7 A; 2BTQ B; 3SPG A; 1PM9 A; 4TV8 A; 3ZMU A; 1PPJ H; 2UUB B; 3CCE V; 4U3J B; 4EFE A; 2CGO A; 3G80 A; 3B4S A; 5IJ9 A; 3MDS A; 3PJS K; 2QEX V; 4X65 B; 4JI6 O; 2Q6A A; 3CPW U; 1N32 B; 1PNM A; 1I5X A; 1JR9 A; 2E76 B; 2LGW A; 5DN6 G; 2GBO A; 3U0Z A; 4R7C A; 3AK1 A; 3ZRS A; 2Y48 A; 1NZ6 A; 4WBN A; 1XQ8 A; 4BW9 A; 1SQX H; 3R65 A; 2ZE8 A; 2KQX A; 1KD1 W; 3N27 A; 4MVM A; 2PYJ A; 2YIC A; 2DYS B; 1PNL A; 4X20 B; 1EM1 A; 1AR1 B; 1VEW A; 4N23 A; 1H2L A; 1NTM H; 1I0H A; 4LH7 A; 4B3S O; 1FJG O; 4DR1 O; 5L3F A; 3UKM A; 1M57 C; 5IY5 C; 3OR6 C; 4JI2 O; 1SER A; 5HFM A; 2LJ2 A; 1FPO A; 2B1I A; 5LHH A; 1KKD A; 4E4E A; 2OCC B; 4IIJ B; 4UCV A; 3JAR B; 4UCO A; 5EC2 C; 3OUS A; 2P67 A; 1DF4 A; 3B8N A; 3ZMV A; 4BIU A; 3JAK B; 1SA0 A; 2XAF A; 4LF8 O; 1QNM A; 5LA6 A; 3DXR A; 3JAL A; 1XI1 A; 1SQF A; 3ZMS A; 3CD6 V; 2QKC A; 4PHZ A; 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