1YTHA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV PROTEASE
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ythA00
4DJRA 3D1ZA 3HZCA 3OXVA 5P3VA 3URJA 5DQ1A 5P8BA 5IVTA 5P4VA 1IZEA 1SDVA 3UDHA 5P3BA 5OZZA 5P3MA 3L5EA 3SFCA 5P35A 2FLEA 4EJ8A 1RPIA 3O9HA 5P5JA 5P5BA 4QJ6A 1GNMA 3I8WA 4B1CA 1MUIA 5P49A 5P81A 5OZJA 5P52A 2WEBA 3ECGA 2V12C 5OZTA 3MWSA 5P7YA 4CP7A 2IL2A 5P1DA 4YDFA 1HTRB 1ZP8A 2BPXA 5TOLA 3BUGA 1KJHA 4S1GA 5IVQA 1MESA 2EWYA 2Q55A 3KDCA 5P5QA 3EKPA 2AZBA 4YDGA 3NU6A 3WZ7A 4I0EA 1HTGA 2R5QA 4TVGA 4BEKA 2VIJA 1TSQA 3N3IA 3Q6YA 3MSLA 5P4EA 2QMDA 4FCOA 5P0UA 3Q4BA 2AOEA 2WF1A 1YM4A 4WY6A 5P0TA 4A6CA 5P84A 1LF3A 3L5DA 1QRPE 2WJOA 5P4WA 1BVEA 5OZKA 2WEDA 3RTMA 2BPWA 5P5DA 1B6MA 5P23A 4KUPA 3KFSA 1D4SA 1D4JA 5P2BA 2IKOA 2O4KA 1FMUA 2QNQA 3HW1A 2HPFA 3PJ6A 5P1UA 5J25A 2V11C 5P6NA 2G1OA 4GZFA 3BGBA 5P2LA 3BXRA 3NUOA 4CPSA 4Y41A 4OC6B 2G20A 5P1XA 4CKUA 5SY3A 4K4PA 3OK9A 3F9QA 5OYQA 5P8DA 5P4RA 4Y3XA 3OU4A 2MIPA 2IDWA 4Y4XA 4I12A 5P7FA 4Y4AA 5SY2A 4YD7A 5AGZA 4DH6A 1PSNA 1Z1RA 3LNKA 3D20A 1EC3A 5OZEA 2F80A 4JECA 2PYMA 1A94A 1D4LA 3KF0A 3MSKA 2FS4A 1YTIA 4I11A 3QN8A 3LINA 2H6TA 1LYBA 1BBSA 3PMUA 3KT5A 3ZKNA 3ZKMA 5DQ5A 2QI1A 2WEAA 3GW5A 3IXOA 5P61A 5P3AA 2VJ6A 4U8WA 5P5UA 1T7KA 1RL8A 3VCMA 3T3CA 2ZJIA 5P8NA 1GNNA 5DR1A 2I0AA 3IGBA 2PSGA 2PYNA 1FKNA 4I0FA 1MTBA 5P3QA 2OHUA 3O9CA 3K5GA 4B00A 5P16A 2R8NA 3SLZA 3LIYA 3BHEA 2ZHSA 2G1NA 4Y3FA 5P54A 4J0ZA 3EKVA 3UQUA 3EL4A 3QP0A 2JJIA 1HWRA 5P46A 3S2OA 2IQGA 5OZQA 4DI2A 4L6BA 1E81E 3OGQA 4PZWA 1BIMA 4J1HA 3TOFA 1EPQE 4AZYA 3OHHA 4Y47A 2OAHA 2V00A 5AHCA 2AOHA 5P6ZA 2OHNA 3PSYA 1G0VA 1HVSA 1TCWA 2AIDA 4YOAA 2G27A 5OZPA 1B6PA 5P5RA 5P55A 4CPUA 4Y56A 2UPJA 5E5JA 4Y50A 4BFBA 5BS4A 4J54A 4B77A 1PSOE 3FNTA 1ME6A 4DVFA 2J9JA 5P64A 2FXEA 3INFA 5DQCA 3UDYA 5P0XA 5P1MA 3UDMA 1QBTA 1Q9PA 5P1ZA 1HPVA 5P5PA 1HVJA 3GGVA 4Y58A 2AODA 5OZUA 5JG1A 5P1IA 1K6TA 1BDQA 2ZJNA 3RU1A 5P2NA 1FG8C 5P6KA 1UH8A 1YT9A 5P8AA 1VIKA 1FFFC 1RNEA 5P86A 5P1CA 3ER3E 5P1LA 3LPJA 3HAUA 4LP9A 5HD0A 1K1TA 4J0YA 4Y3WA 1Z1HA 2VJ9A 2IKUA 2O40A 1YTHA 2WF0A 3EC0A 3TPPA 3I7EA 1PROA 5P7PA 4U7QA 5BWYA 5P07A 2G21A 5P2GA 5P0GA 3OU4B 4QLHA 3PBZA 2PWRA 1HPSA 3VSWA 2J9KA 1CPIA 5OYRA 5P1FA 3NDTA 1LF4A 4JP9A 4D88A 2HS1A 1AVFA 3VFBA 4X2LA 5P2CA 1LYBB 5P80A 1EBKC 2F3KA 1HIHA 5OZSA 6FIVA 5P4TA 1T6EX 2WHHA 3JW2A 1YM2A 3PI0A 3BVAA 4J5JA 1W5YA 3S45A 1LF2A 5P3ZA 3SKFA 2B60A 3DUYA 3LIVA 3ER5E 3ZKSA 3G6ZA 1FG6C 1WKRA 4RLDA 3IXJA 5P4NA 4QJ2A 3FV3A 3MSJA 2PH8A 5P3DA 3IA9A 1EAGA 1PPME 4Y53A 4R95A 5P4MA 1FQ4A 3S54A 1ZAPA 4AUCA 3OUBA 1LS5A 3FSMA 1APVE 1HTFA 5P4UA 2OF0A 2OHSA 5I3YA 4B1DA 3VV7A 4HE9A 3NU5A 4R8YA 2O4LA 2FNSA 2QMGA 3Q70A 5P1NA 5HTZA 2VA5A 4QGIA 4PEPA 1E82E 4I0GA 3KFRA 5OZ6A 1A8KA 1W5WA 3IN3A 2P3BA 3ZPUA 4ZPGA 1FMXA 2CEJA 3KFPA 3SPKA 4GJ8A 4Y5BA 4GJ6A 1IDAA 2QMFA 4I0JA 2F8GA 3ZKQA 3SA8A 5P34A 1HEGE 1ZJ7A 5P8HA 2ER6E 4OBDA 2J9JB 3KYRA 3L5CA 3K5DA 5P37A 4UPJA 3B80A 5P4KA 3I6OA 1ZPKA 1ZTZA 4Y3JA 4Y4DA 3R1GB 4GB2A 4Q1WA 4HVPA 3GI0A 5P3KA 5OZAA 2VA6A 4I8ZA 1XE6A 4RVJA 2PWCA 5P6PA 3VYFA 3GI5A 4FRJA 3URIA 3WZ8A 4GJCA 1EPRE 4F76A 2QK5A 2F3FA 3TKWA 3K5CA 5P4OA 1MSMA 3QIHA 5OZYA 2AVSA 3G72A 5P78A 3ZKXA 5P2IA 3SKGA 5OZCA 3PM4A 5P30A 5AHBA 4WY1A 1TQFA 3CYXA 1SH9A 5P8CA 5P53A 3NYGA 5OZXA 3APPA 3TOGA 2QHZA 5P7MA 1HIVA 4DQGA 5P8VA 5COPA 4RVXA 4BELA 2NXLA 5P6RA 4J1CA 6UPJA 4NJTA 5P1GA 4EQ0A 5KR8A 5OZ9A 1HVKA 2QD8A 2FGVA 1AIDA 3UTLA 2NMYA 4F75A 3LIQA 2QU3A 2NNPA 5P4CA 3DOXA 4CPQA 5P4QA 5P3XA 1ZLFA 1LV1A 3LHGA 3B7VA 4Y4BA 3QPJA 4Y4ZA 2P83A 3RTHA 5P7AA 3OXXA 2ER0E 5P8FA 1GVWA 5P79A 4CPRA 3UQRA 3DV5A 4XXSA 4Y37A 5DR8A 3OWNA 3ZL7A 5P6WA 4EJKA 4HEGA 3QRMA 4ZSRA 9HVPA 1BV7A 5P59A 2B8VA 1D4IA 5P2TA 3WSJA 4Y6MA 5P5ZA 4APEA 5P1YA 4F74A 4J0TA 4RROA 5P8UA 5P6EA 1DP5A 4JPEA 2ER7E 5P82A 5P7BA 4I0IA 2P3DA 2F81A 2P3BB 2Q3KA 5OZNA 1W50A 1ZBGA 2VIZA 2HB4A 2JYSA 2BKSA 5OZ2A 2HB2A 3BRAA 6APRE 1M0BA 4I1CA 4APRE 1GVTA 1KJ7A 3RSVA 5OYXA 4RVIA 5OYYA 4OBFA 3TLHA 3R0YA 3L5FA 5I3VA 5KAOA 5CLMA 5P4SA 1APTE 2NNKA 2O4PA 4B0QA 3SA5A 2CENA 5OZMA 4IVSA 2I1AA 1F7AA 5P6SA 4PYVA 1HRNA 3R0WA 4R5NA 1IZDA 5ISJA 3CIDA 2QHYA 5P7SA 4COEA 4PPHA 4Y4UA 1BDRA 3RVIA 5P66A 5P7ZA 4Z4XA 1B5FA 4Y3TA 3QRSA 2V0ZC 1PPKE 5KR0A 1HVHA 2QI5A 3NWQA 2QZWA 2NPHA 3TH9A 3Q5HA 4QJ7A 5P47A 1ER8E 2Q15A 2R3TA 4FS4A 5P2XA 4GMIA 5P12A 3ZLQA 2P4JA 1MRWA 5P11A 1FMBA 2Q63A 3M9FA 1MRXA 1FB7A 1IVPA 3UQPA 5HE5A 4Q5MA 1GVUA 5HCTA 4DJXA 1HIIA 5P7JA 2OHTA 1PPLE 4Y3EA 3PWRA 4ZLSA 4Y5CA 5P06A 4XKXA 4FRIA 3PGIA 3L58A 3IVIA 5P00A 1DPJA 1FQXA 1K6VA 2ZJMA 2Z4OA 5P60A 5OZ3A 1T3RA 5OZ7A 2JXRA 4K9HA 2H6SA 5P6XA 5HDZA 5P7QA 2ZYEA 2RKGA 4K4RA 3TOHA 1ZSFA 2AOJA 3O9AA 4NJVA 4Y54A 1NSOA 1APUE 1SMRA 5P72A 3BC4A 1IDBA 2I0DA 5P1HA 2HAHA 2IGYA 2OHRA 5KQYA 4J55A 5P6AA 3SACA 5P1SA 1C6XA 5IVSA 4XX3A 2VKMA 5P0JA 1K1UA 4MC9A 3WZ6A 5E5KA 5P2UA 4Y44A 3CKPA 5AHAA 5P0OA 4I0HA 5P8OA 3QBHA 3NU4A 5P1RA 4DJYA 3D3TA 1E5OE 5P8LA 5P8SA 2XYFA 4M8XA 4FIVA 2I4WA 5P68A 5P0NA 5P69A 2VNMA 4FGXA 3INHA 4Y3QA 3UDKA 5P6HA 4FRSA 4RCEA 4B78A 3PMYA 5OYSA 3VLBA 4R92A 2AOGA 3SM1A 3K4VA 4GJDA 4Y51A 4LXMA 2QNNA 2P3AA 5P5MA 5P27A 3EM3A 4Y3AA 1MIQA 1FQ7A 2HC0A 3SA3A 4YHQA 4GJ7A 4Y3MA 4M8YA 2NTRA 3VYDA 4EQJA 3D1YA 5IVRA 4YE3A 4K4QA 1NPVA 3U6AA 4TRWA 1B5FB 1YX9A 1B6LA 4Y4GA 3QROA 3URLA 5P2AA 1VIJA 3SA7A 4ACXA 2PSVA 1XE5A 2G1YA 3PSUA 3HVPA 4Y4JA 1HOSA 4YOBA 4ZSQA 5P01A 2BQVA 3HAWA 2G1RA 2R5PA 5P7XA 2QAKA 5P15A 3PWWA 3CICA 4LAPA 5P0ZA 4CPTA 3RSXA 3INDA 3NUJA 4Y4WA 5C9FA 5P5LA 5P88A 3GI6A 1E80E 2R9BA 4HDBA 3ZKIA 3EKWA 1MPPA 2ZHUA 4DPFA 1BWBA 2BPZA 3OOZA 2AQUA 1DIFA 4YD3A 5P6YA 3MXDA 5P3GA 3OUCA 3VUCA 5P6FA 3FIVA 4OBKA 4Y5GA 3VLAA 4OBJA 5ER1E 1QS8A 2ASIA 2BKTA 4IVTA 5OZ0A 3VSXA 3VF5A 3NDUA 1QBRA 2HPEA 5OZLA 1T7JA 2XFJA 4Y5LA 4YD6A 5P8MA 2PC0A 5P4AA 4E43A 2BB9A 5P2EA 3QVCA 2APRA 4Y45A 5DGWA 1XL2A 1TZSA 4DV9A 5P3HA 5P6JA 4LC7A 3NR6A 4H1EA 2QI7A 4DQCA 2QU2A 3BXSA 4HZTA 5FIVA 4EYRA 1LEEA 4Z50A 2Q64A 1HVCA 4A6BA 5IE1A 3EKXA 3U71A 4Y3PA 3RTNA 4RCDA 5P3JA 5P05A 5P2MA 4I8WA 3DK1A 3NLSA 3OQ7A 2V10C 5P0MA 1D4YA 1UH9A 3LIXA 5P7GA 1W6IA 3PI5A 3PVKA 3SA9A 1C6YA 2HIZA 1EPPE 5P09A 4YBFA 5P31A 5P1TA 5P8IA 1NPWA 1K2CA 4D89A 2QD7A 3GI4A 3ZOVA 4D83A 1SDTA 4Y9WA 1FF0C 1SBGA 4FL8A 4Y5AA 2B7FA 2ZHTA 4Y3NA 5P1EA 4EP2A 2ZJJA 1GKTA 4HA5A 5KQXA 2V16C 7HVPA 2AOIA 3CKTA 5P0QA 5SXNA 4TRZA 1LZQA 3OQDA 5P8GA 4Y3GA 4YCYA 2XYEA 2AZ8A 5P29A 5AH6A 5T4SA 1FIVA 2OHLA 3O99A 4Y48A 3BVBA 4RYCA 4L7JA 4RRNA 5ER2E 1SDUA 3UDNA 5P2QA 5EZZA 4MC6A 1EPLE 1XL5A 1BILA 1ZPAA 3LZUA 2FGUA 3H5BA 4LHHA 5HE4A 5P83A 1DMPA 4RCFA 3HDKA 2B42A 3OTYA 5P70A 4DQBA 4EJDA 1C70A 3ZPSA 4OBHA 4Y39A 5DQ4A 4J0PA 5P40A 2OHKA 5DGUA 2PMAA 3JVYA 3PWMA 2QI0A 1BVGA 5P6OA 4Y5KA 5P19A 1AJVA 2AVMA 2G1SA 1ODYA 1MSNA 4Y35A 3JVWA 5AH9A 4CMSA 3KT2A 5DPZA 1MVPA 1EPNE 1PFZA 3GGUA 1LYAA 2VIEA 4Y3LA 1AAQA 3VEUA 1HPOA 4Y3SA 4CPWA 3S56A 4FAEA 5P0LA 3QVIA 3UFNA 3I25A 5KR1A 4LBTA 3KMYA 3UPJA 5P7WA 3S53A 3UQXA 5P43A 3OQKA 5P7KA 1C6ZA 5P2FA 2JE4A 2RSPA 3EBZA 2WKZA 4Q1NA 4J17A 5P4DA 3EL1A 3DCKA 5P7OA 4GJBA 3APRE 4J1KA 5P0VA 5P6DA 2RENA 1FLHA 2I4DA 5P4FA 4J1FA 5P4HA 3G70A 4A4QA 2G26A 2B8LA 5P6IA 4JPCA 5P36A 1CMSA 1ODWA 7UPJA 1F34A 2RKFA 3HLOA 4Y4EA 3CYWA 4OBZA 3VF3A 3MXEA 2ZDZA 2PSUA 5OYWA 4Y5EA 2ZJLA 3FX5A 3WB5A 1Z8CA 5DQ2A 3UDJA 3GGAA 3PLDA 3CIBA 4Y38A 3S7MA 4YCTA 5HDVA 4EJLA 3S85A 5P5IA 4DJPA 1OEXA 3OHFA 5P6LA 3OGPA 1IVQA 3QAAA 4DJWA 2Z54A 4DJQA 3NDWA 3AIDA 5P0WA 4KB9A 5P2DA 3PB5A 5HCOA 1WBMA 2UXZA 5P44A 5C9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJR A;  3D1Z A;  3HZC A;  3OXV A;  5P3V A;  3URJ A;  5DQ1 A;  5P8B A;  5IVT A;  5P4V A;  1IZE A;  1SDV A;  3UDH A;  5P3B A;  5OZZ A;  5P3M A;  3L5E A;  3SFC A;  5P35 A;  2FLE A;  4EJ8 A;  1RPI A;  3O9H A;  5P5J A;  5P5B A;  4QJ6 A;  1GNM A;  3I8W A;  4B1C A;  1MUI A;  5P49 A;  5P81 A;  5OZJ A;  5P52 A;  2WEB A;  3ECG A;  2V12 C;  5OZT A;  3MWS A;  5P7Y A;  4CP7 A;  2IL2 A;  5P1D A;  4YDF A;  1HTR B;  1ZP8 A;  2BPX A;  5TOL A;  3BUG A;  1KJH A;  4S1G A;  5IVQ A;  1MES A;  2EWY A;  2Q55 A;  3KDC A;  5P5Q A;  3EKP A;  2AZB A;  4YDG A;  3NU6 A;  3WZ7 A;  4I0E A;  1HTG A;  2R5Q A;  4TVG A;  4BEK A;  2VIJ A;  1TSQ A;  3N3I A;  3Q6Y A;  3MSL A;  5P4E A;  2QMD A;  4FCO A;  5P0U A;  3Q4B A;  2AOE A;  2WF1 A;  1YM4 A;  4WY6 A;  5P0T A;  4A6C A;  5P84 A;  1LF3 A;  3L5D A;  1QRP E;  2WJO A;  5P4W A;  1BVE A;  5OZK A;  2WED A;  3RTM A;  2BPW A;  5P5D A;  1B6M A;  5P23 A;  4KUP A;  3KFS A;  1D4S A;  1D4J A;  5P2B A;  2IKO A;  2O4K A;  1FMU A;  2QNQ A;  3HW1 A;  2HPF A;  3PJ6 A;  5P1U A;  5J25 A;  2V11 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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