1YX9A

Effect of dimethyl sulphoxide on the crystal structure of porcine pepsin
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords pepsinogen A
publication title Effect of dimethyl sulphoxide on the crystal structure of porcine pepsin.
pubmed doi rcsb
total genus 74
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 2005-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1yx9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1yx9A01
1HXBA 4BFBA 5E5JA 5P8FA 5P83A 1NPWA 3UQRA 4Y5NA 3ST5A 5P7PA 5P0CA 5P42A 4FAEA 5P8IA 4LAPA 5HDVA 4FE6A 4Y5BA 3CICA 1HVCA 4ZPEA 2G26A 3PM4A 1AXAA 4I8ZA 4CP7A 1HPOA 3F9QA 1EC1A 4PZWA 5P13A 5P4WA 1MRXA 5P6LA 2RKGA 5P5FA 1SP5A 6UPJA 3DM6A 4XXSA 5P2BA 3NDUA 5OZEA 5HCOA 5P40A 1UH8A 3CIBA 4GJDA 3ZKQA 1HVLA 2G1SA 2RMPA 5C9DA 4L7GA 1HVRA 3DJKA 5P0HA 2Q3KA 5P7TA 5P88A 1E5OE 5P54A 4QJ2A 3RU1A 3FNTA 1B6LA 5P63A 4A6BA 3VUCA 5OYRA 6APRE 5P7DA 3SA9A 5DR3A 3ZPTA 3N4LA 5AHAA 2G1RA 3K4VC 5AH7A 2FGVA 3LZSA 5CONA 5P8BA 2HC0A 5P58A 4OC6A 1HVSA 4Y47A 5P4EA 5HU0A 5P0DA 1XE6A 3RTHA 1EPPE 2ASIA 4J0ZA 5P4IA 4DJYA 4NJVA 5P2KA 6FIVA 2QMDA 4K4QA 1D4IA 3FNUA 4ACUA 1EPLE 3KM4A 4Q5MA 4ACXA 4B1EA 2AIDA 2O4NA 3NU3A 4Y4UA 2ZHSA 5P2FA 5P7BA 3EBZA 2BB9A 1PPME 4B1DA 4HDFA 1DAZC 5P6OA 4NPTA 4DQFA 2O4LA 1BAIA 5P5ZA 5UPJA 3DCKA 5P3SA 5P8EA 4YHQA 2WHHA 4YD6A 4FIVA 2AOHA 4ZPFA 1K6CA 5P6IA 3OHFA 3GI0A 2G27A 1FB7A 3S7MA 4B78A 3U7SA 4YOBA 1NSOA 4Y3TA 4GJBA 1Z1HA 4M8XA 3A2OA 3TOGA 4Y5EA 4RROA 1MERA 3S85A 3VV8A 5SY2A 1SGZA 5P6PA 4I0EA 3TPLA 5IVTA 3QRSA 2HPFA 1YM4A 5P6VA 3VF5A 2BKSA 3NXNA 2ER6E 2QHZA 4Z4XA 2MIPA 2VA6A 5P3HA 5P19A 1F34A 4DJPA 4I12A 5P5HA 5P4LA 4H1EA 3OAGA 2B42A 1DMPA 4Y4DA 4EP3A 4WTUA 4I0HA 4Y35A 2F3KA 5OYZA 1G0VA 5HDUA 4Y41A 1YT9A 5P52A 4N00A 4DJOA 3EL0A 2PSGA 5APRE 3S8IA 3INDA 1SIPA 5P5RA 3SABA 3R1GB 1Q9PA 5P0FA 1MTRA 5P0JA 3G72A 5P1JA 2FIVA 5P5BA 5P6XA 3VFBA 4GJAA 4HZTA 4ZEAA 1LYBB 5P2MA 4M8YA 3SM1A 2OHTA 5DQ5A 2Q5KA 3URJA 2ZDZA 3OWNA 5P7CA 3DV5A 4YDGA 2FXEA 5P71A 1SGUA 4HVPA 4PEPA 3OUBA 1GKTA 2VIYA 1LEEA 1META 3ZL7A 1M43A 3O9FA 4Y5LA 1FQ6A 5P61A 3S2OA 4EP2A 1B6PA 5P7QA 2R38A 3QVIA 4F76A 1EAGA 2PC0A 4Q1WA 5P7IA 1YTHA 5P4RA 3NSHA 5P4OA 3DUYA 5P00A 5P6UA 4DQBA 5P74A 5P1TA 5P3YA 4Y4BA 5P2CA 3LIYA 5P0UA 4Y37A 3QVCA 4EPJA 5OZGA 1C70A 3OU3A 5P1XA 5P60A 3ZKSA 4Y4TA 2G22A 3INFA 4YD5A 2QK5A 4COEA 3LPKA 5P14A 4OD9B 2QZXA 4CPSA 3HVPA 3O9IA 5P46A 5P23A 3GI4A 5HDZA 5P4SA 1N49A 3PCZA 4Y38A 1QBRA 2O4PA 1HTRB 2QZWA 5P69A 3N3IA 4I0JA 2ER7E 3EKWA 1KJ7A 4RVIA 1FGCC 1EBZA 3QS1A 1AIDA 3JW2A 3M9FA 3H0BA 3NUOA 5P8VA 3SLZA 5KOQA 5P4CA 5P3KA 2PWCA 1TW7A 4ZSMA 2AVQA 3ZKXA 5OZLA 3G70A 1CPIA 5P10A 3WB4A 1MIQA 5P8AA 1HPSA 5P7OA 5SY3A 5P1OA 4X2LA 2ZGAA 1K1UA 3PLDA 3EKVA 5OZQA 1B6KA 5P2EA 2JYSA 4Y3RA 5P2AA 2BJUA 1UH9A 5P0VA 3UHLA 3EL5A 3L58A 4Y3EA 4EJKA 4Q1XA 5P6NA 2V16C 1B5FB 4DJWA 5P4XA 4Z2ZA 1AJXA 2F8GA 2IEOA 5P5EA 4Y3JA 2ZJMA 4KE0A 2FXDA 4YBFA 1NH0A 4R95A 1K6VA 4D83A 4Y5PA 4Y43A 4PPHA 4CPTA 3DK1A 3PRSA 1FLHA 4Y3DA 3EC0A 4K4RA 4QJ9A 3IVHA 4HEGA 4U7QA 5OZFA 4OBJA 1XS7D 3OTSA 3OUCA 3LHGA 1HXWA 5P01A 1Z1RA 5P6WA 3VLBA 2VJ7A 4NKKA 3MSJA 5P8HA 1HSHA 3BRAA 3ZMGA 1HEGE 1JLDA 1HVKA 1WBMA 4Y45A 3INEA 5P2LA 5OZJA 5P0KA 3WZ7A 5P3NA 5P1ZA 3I25A 4D8CA 1FMBA 1ZLFA 5OZ1A 3LIQA 5P1IA 5P6YA 3PSUA 5P5NA 3PBDA 4F75A 3OY4A 1ZBGA 1APWE 5P12A 2CEMA 5P59A 2ZJLA 5DQ4A 1C6YA 2QI5A 4FM8A 2VNNA 1HHPA 2P3BB 2VJ6A 5P5UA 3SA7A 2VIJA 4CPXA 1KJHA 2QD6A 5P8JA 2BKTA 2B7FA 4RYCA 5P02A 4Y3WA 3PB5A 4XX3A 5OZTA 3T7QA 1XDHA 5P70A 5KOSA 3NLSA 4DQHA 3R0WA 5HVPA 3Q70A 5P67A 4B1CA 2NMYA 3PWRA 1OD1A 4Y3FA 5P36A 5OZMA 1IBQA 4EYRA 1D4SA 3K5FA 4B00A 2ZYEA 3ZKMA 4R5NA 5P6FA 3S43B 3UQXA 5P1NA 2QMFA 2QNNA 4Y3HA 3NDXA 4JOOA 5TOLA 4RCDA 5P1QA 1KZKA 3K4VA 1CZIE 5P2OA 5E5KA 4Y58A 5ENMA 1LF4A 5P6AA 1PPLE 5IVSA 5P2NA 3SQFA 1SMRA 5P8LA 3VV6A 2WF2A 3HZCA 2R5QA 1UH7A 5P7GA 5P4PA 3OXWA 2QD8A 5ER1E 3IXJA 3SM2A 1YM2A 2ZJJA 5P1GA 1BVEA 3KN0A 4Y3SA 5P35A 5P6ZA 3TTPA 4LL3A 4YDFA 5P2GA 3NXEA 5P2TA 2I1AA 3UDMA 4GJ9A 1FFFC 2ZHUA 5P22A 5P17A 1D4LA 3GI5A 3MWSA 1ER8E 2FNSA 5AHCA 5COPA 2WKZA 2VKMA 2FDPA 5P4DA 5IVQA 1EPQE 5P1CA 1ZPAA 5P6EA 5P0WA 4FRJA 4YD3A 4Y57A 1E82E 2FMBA 2H6SA 1FIVA 5P2SA 5EZZA 4ZSRA 1ODWA 4IVSA 1LZQA 3OTYA 3DV1A 5P45A 4NJTA 5P5GA 3OUAA 5P3TA 2AOIA 3OU4B 3TKWA 2Z54A 3FSMA 4ZPGA 3NWXA 2XFKA 2F81A 2EWYA 1LYBA 4J1CA 5P1HA 3T3CA 1YX9A 1EEDP 3PEPA 1W6IA 3BGCA 3L38A 4KB9A 4FRKA 2IGXA 1RPIA 1MT9A 2WF3A 4PYVA 1KJ4A 5P4JA 2P3CA 1EPRE 3PSGA 3WZ8A 4DV9A 1BWAA 3KA2A 4YOAA 5P8QA 4DH6A 4Z22A 3NDTA 5OZPA 4HE9A 5ENKA 4J17A 5OZAA 3VV7A 5P8UA 1GVUA 5P47A 1AM5A 4LP9A 2BPZA 1ODYA 2QMGA 5P1BA 4Y56A 2WF0A 2I4VA 2WECA 3VG1A 5OYQA 3VYEA 4QJ6A 4ZSPA 4EQJA 1KJFA 4AA8A 5IVRA 3OOTA 5P7ZA 4QJAA 4FGXA 5P3BA 5DGWA 5P75A 5P30A 5P6CA 4DJUA 1IZEA 5OZ8A 2QP8A 1TZSA 5P5MA 3SAAA 2OHRA 4HA5A 5SZ9A 3EKPA 2HB3A 3OADB 4Y5CA 1FG6C 1FQ7A 1C6XA 1SBGA 4TVGA 4EJLA 4OD9A 3ZKGA 3FIVA 4DQCA 4Y3LA 4GZFA 5P1YA 1HTFA 5P6HA 5P6TA 1ZSRA 5P6BA 3DCRA 4QJ8A 2QNQA 5P49A 3TNEA 3VSXA 5OYUA 3LNKA 4A4QA 4R8YA 2AOGA 5P3IA 5P7YA 3LIZA 3TOFA 5J25A 1D4JA 4ZE6A 3KFSA 3D20A 2FNTA 2FS4A 4S1GA 5KR1A 1ODXA 2PK6A 2R5PA 4GB2A 3T7PA 5P4UA 5DR4A 1MPPA 3UDQA 5P41A 3I7EA 2Q55A 3Q5HA 5HE7A 5P5TA 5P7VA 5OZBA 1APUE 2QI4A 3HAUA 2R43A 4LHHA 3QRVA 4D89A 5P64A 2G20A 4K9HA 5P3RA 3IN3A 1RNEA 1B5FA 1BILA 1GNMA 3LIVA 2PYNA 2ER0E 4DQEA 5KR0A 3PWWA 4Y4ZA 5P0PA 5P2JA 2B8LA 5PEPA 5P7WA 4YCYA 2BBBA 3CKTA 2QHCA 2I0DA 4KE1A 5OYSA 1D4KA 1HEFE 3IN4A 5P05A 3ZKNA 4NPUA 1YTGA 5KQFA 3TPRA 5P1RA 1LYAB 3QI1A 3WB5A 2O40A 3L59A 1QRPE 1HRNA 1XN2A 3U71A 3JVWA 1T6GA 5OZVA 2A1EA 1Z8CA 4CKUA 3OQDA 2JJJA 4ZLSA 4GJ6A 4OBKA 3ZOVA 3D1ZA 2R9BA 1F7AA 5P1LA 5P8DA 3OU1B 2RENA 3OQKA 4Y36A 2B60A 2VA5A 2VS2A 5P81A 3OXXA 5P2VA 3DOXA 3SKGA 5P27A 4Y3QA 3S56A 2IDWA 1FMXA 3L5EA 3VFAA 3VF7A 5OZ0A 3QN8A 2B8VA 3B80A 2P3BA 5P77A 3CKRA 4TVHA 3HW1A 4Y5MA 3EKYA 3O9AA 3PSYA 4EJ8A 5P1KA 1B6JA 4Y54A 5P2HA 1IIQA 3EKTA 5P4AA 1QS8A 4GMIA 3FX5A 1BDLA 3HBOA 3SA5A 4WY1A 3L5DA 2PYMA 1BDRA 3BHEA 4FSLA 1FQ4A 5P7MA 3OOZA 4Y4JA 1SIVA 1IZHA 1PSOE 3OUDB 4HDPA 5P7UA 2IQGA 3UQUA 3EL4A 3PI0A 4J5JA 2QHYA 4FRIA 3KT5A 4B70A 5CLMA 5P5YA 5P7XA 1D4YA 3LPIA 3FKTA 4CMSA 3UPJA 5ER2E 4J0VA 3HAWA 4I0DA 1W6HA 5P8OA 5P7KA 4DPFA 3Q6YA 4RRSA 2B7ZA 5P3PA 5P7FA 4BELA 1MRWA 5P1VA 3VLAA 5P37A 4GJ7A 3EKXA 3KDDA 2V0ZC 1NPAA 3QROA 4I11A 4ZIPA 3UDNA 4YA8A 2QAKA 5P5JA 5AGZA 5P0IA 5P1FA 4ER2E 5JFUA 2V12C 3ER5E 5P4KA 5P2UA 5P25A 1E80E 4RCFA 5P1MA 5P3FA 1MT7A 3CYXA 2QU3A 5OZNA 5P5KA 2WJOA 1ZJ7A 3EMYA 2J9KA 2V00A 5P68A 5P84A 3OK9A 5P2QA 4D88A 2BQVA 2OHKA 3KFPA 3OQ7A 5DQ2A 1KJGA 5IE1A 2R8NA 3IGBA 1EC3A 1APTE 1OEWA 1B11A 3UDPA 5P0AA 1IVPA 5P66A 3I2LA 5B18A 4Y5AA 1G2KA 4K8SA 5P1WA 2ZJKA 2QI6A 1WKRA 1ZTZA 3GGUA 4Y4AA 5P20A 3UQWA 1G35A 3KDBA 5P7AA 5P5OA 1HTGA 5OZOA 1T7JA 1W5YA 5EZXA 2OAHA 2QZKA 3RTNA 2J9JB 5P5PA 1QBTA 1ME6A 5P78A 5P29A 5P5SA 4RVXA 1W5WA 4QLHA 5I3WA 4R92A 1T3RA 3PGIA 2IENA 4YCKA 2ZE1A 2Q63A 5P7RA 1M4HA 3NYGA 5P33A 3SPKA 1TCWA 1XN3A 2AOFA 5P73A 5P0BA 1A8KA 5T4SA 1A94A 1G6LA 3U6AA 5P3AA 5OZ3A 1IZDA 3JVYA 5P31A 5FIVA 1FQXA 4J0YA 2CEJA 4FM6A 2NXLA 5C9BA 4Q1NA 2NR6A 5P8KA 3OAGB 1HWRA 4I0ZA 4J1HA 5P32A 1EBKC 4J0TA 5KQZA 3SKFA 4EQ0A 3URLA 3OADA 2HS2A 2HM1A 4YE3A 2WF1A 2NNPA 3IA9A 5P3OA 5COKA 2ZHVA 5P18A 2Q64A 2G1YA 3HLOA 4Y4EA 5P6MA 3SA3A 4RZ1A 5P3GA 4AZYA 5OYWA 3K5GA 1ZPKA 4Y5KA 3O9GA 5P4FA 1MESA 5P0YA 2PWRA 4RYGA 3GW5A 5AH6A 5P07A 5OZRA 5OYYA 5DPZA 3EM6A 5AH9A 3VCMA 5ISKA 3PJ6A 1C6ZA 1MUIA 4FSEA 5HDXA 1D4HA 1DW6C 4Y3PA 1HIHA 4DQGA 1UPJA 2QCIA 5P3UA 5DR0A 4BEKA 3KF0A 5P1UA 4L1AB 5P3JA 2F3FA 1TQFA 9HVPA 8HVPA 4MC9A 5ISJA 2Q15A 1W51A 5P8GA 2P8HA 1HTEA 1SMEA 1A30A 2AZCA 2PH8A 1FQ8A 4DPIA 2NXMA 2Q11A 3TOHA 5P26A 5OYVA 1GVVA 3R0YA 3LITA 1AAQA 5P6DA 5P44A 4ZSQA 5P72A 5P7NA 3KMXA 1EPOE 2ZJIA 1EC2A 3TPPA 1A8GA 4PHVA 3R2FA 4Z50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HXB A;  4BFB A;  5E5J A;  5P8F A;  5P83 A;  1NPW A;  3UQR A;  4Y5N A;  3ST5 A;  5P7P A;  5P0C A;  5P42 A;  4FAE A;  5P8I A;  4LAP A;  5HDV A;  4FE6 A;  4Y5B A;  3CIC A;  1HVC A;  4ZPE A;  2G26 A;  3PM4 A;  1AXA A;  4I8Z A;  4CP7 A;  1HPO A;  3F9Q A;  1EC1 A;  4PZW A;  5P13 A;  5P4W A;  1MRX A;  5P6L A;  2RKG A;  5P5F A;  1SP5 A;  6UPJ A;  3DM6 A;  4XXS A;  5P2B A;  3NDU A;  5OZE A;  5HCO A;  5P40 A;  1UH8 A;  3CIB A;  4GJD A;  3ZKQ A;  1HVL A;  2G1S A;  2RMP A;  5C9D A;  4L7G A;  1HVR A;  3DJK A;  5P0H A;  2Q3K A;  5P7T A;  5P88 A;  1E5O E;  5P54 A;  4QJ2 A;  3RU1 A;  3FNT A;  1B6L A;  5P63 A;  4A6B A;  3VUC A;  5OYR A;  6APR E;  5P7D A;  3SA9 A;  5DR3 A;  3ZPT A;  3N4L A;  5AHA A;  2G1R A;  3K4V C;  5AH7 A;  2FGV A;  3LZS A;  5CON A;  5P8B A;  2HC0 A;  5P58 A;  4OC6 A;  1HVS A;  4Y47 A;  5P4E A;  5HU0 A;  5P0D A;  1XE6 A;  3RTH A;  1EPP E;  2ASI A;  4J0Z A;  5P4I A;  4DJY A;  4NJV A;  5P2K A;  6FIV A;  2QMD A;  4K4Q A;  1D4I A;  3FNU A;  4ACU A;  1EPL E;  3KM4 A;  4Q5M A;  4ACX A;  4B1E A; 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 2ZHU A;  5P22 A;  5P17 A;  1D4L A;  3GI5 A;  3MWS A;  1ER8 E;  2FNS A;  5AHC A;  5COP A;  2WKZ A;  2VKM A;  2FDP A;  5P4D A;  5IVQ A;  1EPQ E;  5P1C A;  1ZPA A;  5P6E A;  5P0W A;  4FRJ A;  4YD3 A;  4Y57 A;  1E82 E;  2FMB A;  2H6S A;  1FIV A;  5P2S A;  5EZZ A;  4ZSR A;  1ODW A;  4IVS A;  1LZQ A;  3OTY A;  3DV1 A;  5P45 A;  4NJT A;  5P5G A;  3OUA A;  5P3T A;  2AOI A;  3OU4 B;  3TKW A;  2Z54 A;  3FSM A;  4ZPG A;  3NWX A;  2XFK A;  2F81 A;  2EWY A;  1LYB A;  4J1C A;  5P1H A;  3T3C A;  1YX9 A;  1EED P;  3PEP A;  1W6I A;  3BGC A;  3L38 A;  4KB9 A;  4FRK A;  2IGX A;  1RPI A;  1MT9 A;  2WF3 A;  4PYV A;  1KJ4 A;  5P4J A;  2P3C A;  1EPR E;  3PSG A;  3WZ8 A;  4DV9 A;  1BWA A;  3KA2 A;  4YOA A;  5P8Q A;  4DH6 A;  4Z22 A;  3NDT A;  5OZP A;  4HE9 A;  5ENK A;  4J17 A;  5OZA A;  3VV7 A;  5P8U A;  1GVU A;  5P47 A;  1AM5 A;  4LP9 A;  2BPZ A;  1ODY A;  2QMG A;  5P1B A;  4Y56 A;  2WF0 A;  2I4V A;  2WEC A;  3VG1 A;  5OYQ A;  3VYE A;  4QJ6 A;  4ZSP A;  4EQJ A;  1KJF A;  4AA8 A;  5IVR A;  3OOT A;  5P7Z A;  4QJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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