1YXQA

Crystal structure of actin in complex with swinholide a
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
367
structure length
355
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis of swinholide a binding to actin
pubmed doi rcsb
molecule keywords actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 120
structure length 355
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yxqA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1yxqA03
3O4WA 3VESA 3G25A 3ULEB 3M3ZA 3UB5A 3WQTA 5F0XA 5AQKA 4FOIA 4BRKA 2YI1A 3H1VX 3BP8A 3VF6A 3EN9A 5AQQA 5BPNA 4CD3A 4JHDB 3VENA 4BRNA 3F9MA 3RSEB 3FR0A 4WYBA 3VEXA 2HF4A 3ATUA 3C7NA 2YJEA 3IFRA 4HWIA 4BROA 1R59O 2GWKA 2KHOA 2QWQA 4H0PA 5AQTA 3WQUA 4PL7A 3A5NC 1DGKN 2E2NA 3SLCA 1ZXOA 4BRHA 3EL2A 1KAYA 1HKBA 1KAXA 3SK3A 4BGAA 1CZAN 5AZJB 3GG4A 2HOEA 4I6MB 2FLOA 4CD1A 3D2EB 2IVPA 2OANA 2P9IB 3MN5A 3H46O 3ULEA 1GLBG 1QQOA 1QHAA 3H3NO 2E88A 3H3OB 3FZLA 4M7XA 4WQ4C 2WUSA 3CHWA 3A8YA 4DQ8A 4FWMA 3J8AA 5F1XA 4QS7A 4JHDA 5FPMA 3RSEA 4BGBA 5ADXA 5AQIA 1HX1A 3A5MC 4EHTA 2P9SA 5AQPA 1GLLO 3QBWA 2D0OA 5AQYA 5FPDA 2Q0UA 5AQUA 1NGDA 3HSCA 3AAQA 3SMSA 3O80A 2D0PA 4BR5A 3QMLA 1Q18A 2VCPA 4NO7A 1RFQA 2ZF5O 4I6MA 2ZGYA 5AQVA 1KAZA 3UKUB 4B9QA 1RDWX 2P9IA 4MO5A 4CZLA 4BVPA 3VEWA 5KPRA 3CQXA 3H1QA 2FSKA 4M7YA 1IJJA 3ENOA 2P9NB 4PKGA 4E1JA 3WXJA 2YHYA 2I7PA 5BRHA 1ATNA 4XEIA 3O1BA 3VF4A 4AM6A 3AAPA 3D2FB 2A41A 4CZGA 4H0OA 4IJNA 4H0TB 2Q0RA 1GLJO 3B8AX 3CJ7A 4BQLA 5FPNA 4BR2A 1MWMA 2QWRA 2GWJA 3UKRA 3MCPA 3BUZB 2D4WA 3EKUA 2QWPA 3O8MA 3FZFA 3MN7A 2ASPA 5JLHA 1NLVA 5JMVA 1P8ZA 4BC3A 2FF3B 1XUPO 4B1WB 3VEVA 3WXIA 4BREA 1K8KB 5BRFA 3P4IA 4C23A 1Z05A 4B1YB 5AFUA 2P9KB 5AQNA 3D2FA 1HJOA 3A5OC 3HBTA 3U4LA 4L3QA 1BUPA 1BU6O 1GLAG 2Q36A 4CZIA 1NGHA 3M6GA 4CZEA 2E8AA 2QWNA 2Q97A 3IUCA 1V4SA 4BR9A 1WUAA 3I33A 1SZ2A 2BUPA 3U8XA 2FXUA 2H3GX 4GY2B 5EY4A 1DKGD 1E4FT 1NMDA 3QFPA 3FE1A 5AQZA 4AM7A 4BRLA 4CZFA 4FO0A 4J8FA 2UYTA 4H0VB 3LDQA 1NBWA 2P9SB 3IDHA 1K8KA 5TKYA 2YHXA 3OHRA 3ZX3A 4H0YB 2P9KA 1G99A 3MMVA 2ZGZA 3BEXA 4K42A 5EXWA 4FL9A 4BC2A 2QXLA 3CERA 4K41A 1QQMA 3FGUA 3CJAA 2CGKA 3VERA 4A2AA 3BF3A 4BQZA 2A3ZA 2P9LB 3JXUA 4BVOA 3QB0A 5AFUH 3ZX0A 2Q1NA 2IVNA 5EVZA 2E20A 3MN6A 2V7YA 3HI0A 4H0XB 3R6MA 1YVNA 4PKHA 3HZ6A 5BREA 3EZWA 1BG3A 2VWBA 4A62A 1NWKA 4CZHA 1V4TA 1HKCA 2QWMA 4Z94A 2GTDA 4H5RA 3FZKA 3GL1A 4FWPA 3IMXA 1HLUA 4B1XB 3TPQA 1KXPA 3M1FA 3SJHA 3DJCA 1S3XA 3DWLA 3CJCA 5CE3A 3UKRB 1ZBSA 3LDLA 4BR7A 1X9JA 4RTFD 4HTLA 1NGCA 4BC5A 3DXMA 1T6CA 3FLCO 3CJ1A 3LL3A 1C0GA 2A5XA 4XH1A 5AQHA 5LJWA 5BN9A 5AQXA 4H5WA 2P9LA 4FWKA 2AA4A 2A42A 2Q31A 4FWOA 2ASOA 5AQGA 1NGBA 3TU5A 2GEMA 1EQYA 3LDPA 2PAVA 3U9ZA 5LJVA 1MWKA 2YJFA 3FZHA 3GE1A 5AQSA 3ATVA 5BPLA 4M63C 5AQJA 1H1VA 3EKSA 4EIAA 3H45C 1U6ZA 3KVGA 3VGLA 5KPZA 4RWTA 3L0QA 4FWLA 4K25A 5AZIB 4JNEA 4QS9A 3MN9A 2GUPA 1NGFA 1XC3A 5ADXH 1GLCG 2V7ZA 3WXKA 2PBDA 3BF1A 1QQNA 4B1VA 1QZ6A 4A61A 1D4XA 5AQMA 3GDQA 1WOQA 1X3MA 1ZC6A 2NZTA 3WEEB 3S41A 4O5FA 5B8HA 4CJ7A 3O1WA 1QZ5A 4B1ZA 4BRPA 2ZWHA 4XH5A 3QDKA 3VF2A 4CBXA 4BRGA 2V52B 2W41A 4GNIA 1NGAA 4BRDA 3CETA 3CQYA 5E84A 4B1UB 3VOVA 3KZBA 5BR9A 2E1YA 2CGLA 3R9PA 4YDUA 4DHYA 3EO3A 1E4GT 3ZETA 3W0LA 5AZIA 3CJ9A 1TYQB 1GLFO 3GOIA 3AARA 3CI5A 3MDQA 3QBXA 1DEJA 1NGEA 1BWFO 2YHWA 1Z6RA 2E2OA 1ATSA 2V51B 3QFUA 4PKIA 3DXKB 2CH6A 5BRDA 4EHUA 2CH5A 4MLEA 1MA9B 4ISEA 4FWQA 5KPTA 1HPMA 4H5TA 3DAWA 5E26A 2F9WA 2QM1A 5EX5A 4ISGA 2I7NA 3WEEA 5JLFA 3I8BA 3VGMA 1GLEG 1T6DA 4WQ4A 5BN8A 4KBOA 3R8EA 4ISFA 5AQWA 4JN4A 2W40A 5AQOA 4JD2A 3DXMB 1ESVA 1U2VB 4BR4A 3AY9A 4PL8A 1XQSC 3O5BA 3U9DA 2FF6A 1JCFA 4A2BA 1BA0A 4H03B 1BDGA 2DPNA 3LDNA 1MDUB 1NGJA 2E1ZA 1TYQA 3VGKA 2D1KA 2CGJA 5KQDA 4CZKA 4YDUC 3DXKA 2AP1A 4O8KA 2J4RA 5JICA 3LDOA 4FPAA 4WQ5A 1ATRA 2FSNA 3VETA 4BRFA 3A5LC 3L6QA 1GLDG 2P9PA 5KQ8A 4FWNA 4MLHA 1LCUA 3GBTA 4F9OA 3A0IX 1Y64A 3VEYA 4EAHD 1X3NA 2BTFA 2P9UB 2QWOA 2NLXA 5AR0A 1U2VA 4BC4A 2E2QA 2NRHA 4FPBA 5I9EB 4FWRA 4LC9B 1NGGA 2IIRA 5FPEA 4JAXA 4K43A 3WT0A 1RGIA 3WUHA 3ZEUB 2IVOA 3HM8A 4CZMA 3QICA 3ENHA 5AZJA 2HMPA 4IWVA 4CI6A 5AQFA 3D2EA 4XH4A 4FSVA 4BG8A 3O08A 3ZX2A 5BPMA 4IZ9A 1YXQA 4BR0A 3CJBA 3FZMA 4WQ5C 2A6AA 3SMPA 3VPZA 3ZETB 3HTVA 4NB4A 2A40A 3MK6A 1SAZA 4BG9A 2P9UA 1J6ZA 1IG8A 3JS6A 2ASMA 5AQLA 4CBUA 4Y0WA 2Q2RA 4BRQA 2YCHA 4CBWA 2HF3A 1S22A 3C0BA 1BOTO 3L4IA 4IO8A 3O6WA 3ID8A 2VYPA 1LOTB 2EWSA 1NM1A 4CZJA 4QS8A 4EFHA 4H5VA 4IJAA 1JCGA 3ZEUA 1BA1A 4MO4A 3WXLA 2QWLA 1OKJA 5ELZA 4FOEA 2ITMA 4JD2B 4BRAA 4BRIA 1T44A 4BRMA 1NGIA 3UKUA 5LY3A 4IXCA 3D7EO 4RCHA 3H6EA 1YAGA 4FWSA 3KHYA 5AQRA 3C7NB 3UE5A 3LM9A 1BO5O 1SQKA 2FSJA 2P9NA 3CIPA 2F9TA 4H5NA 1TUUA 3VEZA 3VEOA 2GELA 3W3DA 1C0FA 3LM2A 4DCHA 5F2RA 1JCEA 2QW9A 4DB3A 1TUYA 2E2PA 1HKGA 1YUWA 1HUXA 5EOYA 3FFKB 4BRCA 2P9PB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSEA 3T1YK 2YKNA 1IG9A 3ULDA 4Q5VA 5F0XA 5AQKA 2HVHA 2O4IA 4DLEA 4IEIA 3OA9A 4BRKA 2HW3A 4ILJA 2HBLA 4KAZA 3EN9A 4KB0A 5AQQA 4JYAK 4BRNA 4BROA 2YJEA 3EEQA 2QWQA 3WQUA 1EETA 1HNVA 1HYSA 4DV0K 1T8EA 3EL2A 3MCAB 1KAYA 3SK3A 2D5RA 5AZJB 1J54A 1C0MA 1ZBUA 4M41A 3D2EB 2F7TA 1JJ2M 4M3ZA 1QHAA 2W6KA 5LMNK 4KHSA 3QLHA 1XMOK 3U3YA 2O8FA 1LAWA 1UA0A 2O8EB 3CHWA 3ZSXA 4EP4A 3CQ8A 3RMCA 5ADXA 4B08A 4DTSA 3CC4N 5AQIA 4AF1A 4CJVA 5AQPA 3OW2M 1GLLO 4PHTX 1VQNN 4DV4K 4AHTA 5AQUA 1VAZA 2JLEA 2D0PA 4DF8A 1Q18A 1ASWA 1RFQA 4I6MA 4JI6K 3ZSOA 4GVMA 1RDWX 3DRRA 4JI3K 2VWKA 4MO5A 4CZLA 5KPRA 4J2EA 2WC9A 1TAQA 3DOKA 1VRTA 1VK0A 3I56N 2P9NB 3WXJA 2YHYA 2I7PA 4XEIA 3O1BA 3AAPA 3S3OA 3MEDA 1QSYA 3SAHA 4GV3A 1C1CA 3C6AA 4OKEA 4CK2A 4FLYA 4Y1CA 4LFBK 4DR5K 4C8NA 4BR2A 2B4JA 3SQ1A 4JRQA 4BE2A 3EKUA 4DSFA 3OBYA 3O8MA 4H4MA 1JL1A 3F9KA 3MN7A 2ASPA 1VSLA 3ZSRA 3OYIA 2NRTA 2FF3B 4B1WB 4BREA 3P4IA 4DTXA 3HYFA 1Z05A 2FBYA 3AO5A 3U4LA 3MAQA 5FRNA 3A5OC 3MWTA 2VGMA 4JI4K 3THXA 1HYVA 1MU2A 4DR3K 1V4SA 2ZD1A 3I33A 4KTZA 3LANA 2XO7A 1T03A 4JI7K 2HHHK 3O4NA 4IBNA 1DKGD 1NMDA 3QFPA 3SNNA 4LFAK 3QEPA 2RE2A 2UYTA 3D45A 4HVJA 3E9OA 3AVHA 4CEQA 4RW8A 1K6YA 4IG3A 4H0YB 1G99A 2G8WA 4LH5A 3BEXA 3ZSWA 4IOXA 4K42A 4FL9A 5EXWA 4CEBA 5C12A 4FLUA 3CC7N 3V6DA 3SJJA 1RT6A 3G10A 3TTDA 1RDDA 1TGOA 1VHXA 4A2AA 4BWMA 3BF3A 3LP1A 4PA1A 2P9LB 2QI2A 4R5PA 3ZX0A 3TSQA 4CEFA 3DRPA 4H0XB 2O8DB 2V7YA 2KQ2A 5AJ3K 1YVNA 1BG3A 4O55A 4CJQA 1V4TA 3HJFA 2QWMA 1M1KO 4OGCA 4DTOA 3FZKA 2UXCK 1HLUA 4B1XB 1CZ9A 3TPQA 3PO4A 5GIPA 3DWLA 2G8VA 4FJ9A 1NK6A 3CJCA 3SZ2A 5CZ2A 1ZBSA 4BR7A 1OH5A 4B9NA 4RTFD 4ZTFA 2QKKA 4JKFA 3CJ1A 3LL3A 3RRHA 5EU7A 5AQHA 5LJWA 5BN9A 2IC3A 5AQXA 3TAPA 3P31A 4B3SK 2HB5A 2AA4A 4OPJA 2Q31A 4OGEA 2ASOA 2P51A 2RF2A 5AQGA 3TSUA 3QESA 1EQYA 4KH5A 1NKBA 4CGFA 5AQSA 4M63C 1D9FA 4EIAA 4DUYK 4JK9A 4NLBA 1U6ZA 5HP1A 3NVMA 3VGLA 5KPZA 4RWTA 4I9LA 2HMIA 1U45A 4B9LA 1GOCA 4CF2A 4JS5A 5C24A 1JLGA 1YTAA 2ZJPL 2X78A 5M1NA 3NFAA 4N5SA 4DQRA 3BF1A 3DLEA 2PY5A 1D9DA 2BANA 1N32K 4JS4A 1CZBA 4JKHA 2E4LA 4QOZB 3BZCA 3S41A 5B8HA 3ZT3A 1QZ5A 1VQ7N 4B8AB 4F2SA 4XIUA 2PZSA 5C2DA 1Q8IA 3G71N 2E6MA 1NGAA 1HQEA 2ETJA 5BR9A 5DK5A 2CGLA 4DS4A 3R9PA 1CXUA 3VQEA 5BR8K 1GLFO 4CESA 1NNEA 3AARA 3QFUA 1Z6RA 4KHPK 3SAGA 4IFEA 4AH9A 2HHWA 1WBDA 1WLJA 5E26A 1JXBA 3AVGA 2FBXA 1T6DA 4FJHA 4YOYA 3F2KA 3AA3A 3JSMA 5AQWA 4NYFA 3O9SA 5AQOA 1ASVA 3DXMB 3HOTA 4E7HA 4CHOA 1U2VB 3AY9A 2VGNA 3U9DA 3EE9A 1JCFA 2Z1HA 3MWPA 2DFHA 4DMNA 1RT1A 3T1HK 1NGJA 4YOVA 1TYQA 3L2QA 1Q9YA 1KLNA 1A5VA 3DLGA 4WFAL 1N8RO 1F21A 3ZT1A 2OTJN 5JICA 4FPAA 2FSNA 4OJRA 3RMBA 4KI4A 4IDHA 4FM1A 2HHQA 3RR7A 4MLHA 3HL8A 1LCUA 5JVHL 4EAHD 4CHYA 1KFSA 3PX0A 2QWOA 3OBWA 2NLXA 5GAGP 2G8FA 3CG7A 1A5XA 2E2QA 4QCLA 5KRTA 3V9SA 4WE1A 3SYZA 1EP4A 1TV6A 3O9UA 3WT0A 1O1WA 4FLWA 5HRRA 3IAYA 3C95A 3VA3A 2KW4A 3ZEUB 4WFNL 3THVA 3HM8A 4CZMA 4NLCA 4B9UA 1DTQA 3ENHA 3HPHA 3DRSA 2OPPA 1HNXK 3CXCM 5BPMA 1OVYA 4IZ9A 4CJUA 1TKDA 3CJBA 3FZMA 1KLMA 3VPZA 2BDPA 3ZETB 3HTVA 1JLQA 4Z4IA 3MK6A 4OKKA 3JS6A 3V4IA 2D0BA 3ZSVA 3J81O 5JS2A 1RTHA 5CYQA 4FLVA 3T19A 4IO9L 3C0BA 4FLZA 1BOTO 3AO1A 4BDZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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