The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
b'ADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTIRAYNQKYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Detection and structure determination of an equilibrium unfolding intermediates of Rd-apocytochrome b562: native fold with non-native hydrophobic interactions
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Redesigned apo-cytochrome b562
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| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
35
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| structure length |
106
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| sequence length |
106
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Cytochrome c/b562 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LM3 B; 2YLD A; 1S05 A; 3NMJ A; 2YL1 A; 4ULV A; 2XL6 A; 1CGN A; 3HNI A; 3U8P A; 4ER9 A; 4N6H A; 256B A; 1YZA A; 1EKY A; 2XLM A; 5JSL A; 3L1M A; 4JEA A; 4U9E A; 2YLG A; 5JP7 A; 2XLE A; 3QW0 A; 3FOP A; 3ZQV A; 1YYJ A; 4WGZ A; 4L6R A; 1CPR A; 4CJG A; 3ZTZ A; 4CIP A; 3HNL A; 5B3I A; 2BC5 A; 1E86 A; 3C63 A; 1E83 A; 1GQA A; 4U9D A; 3VRC A; 1E84 A; 3M79 A; 1CPQ A; 4JKV A; 4IAQ A; 3QVZ A; 2YLI A; 5AGF A; 2YL3 A; 4CJO A; 3DE9 A; 4N4W A; 4IB4 A; 3IQ5 A; 3QW1 A; 4CDV A; 4CDA A; 5JRA A; 1YYX A; 3IQ6 A; 3DE8 A; 2XLD A; 3ZQY A; 4CDY A; 3M15 A; 4CX9 A; 1E85 A; 1RCP A; 1NBB A; 1APC A; 4EIY A; 1A7V A; 2YL7 A; 4JE9 A; 2QLA A; 3ZWI A; 5JVE A; 2J9B A; 5JUA A; 2XLO A; 2XM0 A; 5JT4 A; 1CGO A; 1QQ3 A; 3HNJ A; 1QPU A; 2YL0 A; 1JAF A; 3HNK A; 3M4B A; 3NMK A; 5JS5 A; 4JEB A; 4D4X A; 5JLI A; 4NC3 A; 3TOM A; 1M6T A; 1YZC A; 3M4C A; 2XLW A; 3TOL A; 4WGY A; 3NMI A; 2XLH A; 3QVY A; 1MQV A; 1BBH A; 3FOO A; 2XL8 A; 3C62 A; 2J8W A; 3ZTM A; 2XLV A; 2CCY A; 4D4N A; 2YKZ A; 2XM4 A; 4IAR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A6E F; 2QNL A; 3G50 A; 5D91 A; 2R7X A; 3ECS A; 4LLE A; 1TWG A; 5B3S C; 4G0H A; 2J0X A; 4JIO A; 3AJM A; 1B68 A; 4XPY A; 2W4B A; 1O3U A; 1OR3 A; 4ULW A; 1JMW A; 4YN0 B; 4CBE A; 4ULV A; 5A69 A; 1JRA A; 1H6G A; 2XL6 A; 2YHS A; 5AC4 A; 1CGN A; 3DWW A; 1G5Z A; 4J7Y A; 4IJJ A; 4PK4 A; 5T3T A; 1OCO C; 4JZA A; 1OR2 A; 3R2P A; 3ZG1 A; 3PHF 2; 4YT8 A; 3OA1 A; 256B A; 4OIN F; 1YZA A; 4BJ5 C; 2VB6 A; 3IEE A; 4LDK A; 3V5X A; 4QI2 A; 5KYX A; 1GM5 A; 2JD3 A; 4PR9 A; 1ZHZ A; 1OCZ C; 4ANJ A; 5EGY A; 1IW7 F; 5COM A; 4FX5 A; 3MYI A; 1VYK A; 1EA8 A; 3KMI A; 5HSW A; 2KQ9 A; 3QW0 A; 1V4A A; 4OD5 A; 3FDQ A; 4L6R A; 3L0I A; 3NKE A; 3T4R A; 2R7V A; 2QE9 A; 1M57 C; 3K33 A; 4JTA B; 1LS1 A; 3HNL A; 5BUO A; 3JRT A; 2FAP B; 1YJG A; 5K0I A; 1MMG A; 4O6M A; 5B3I A; 2ZXP A; 3JSE O; 1E86 A; 2CNW A; 2R7W A; 1E83 A; 3UGP A; 3EHN A; 4UDV A; 2FGY A; 4U9D A; 3GWL A; 3M79 A; 5COG A; 2J45 A; 4MVU A; 2VC9 A; 4LLC A; 3LLI A; 5L0C A; 1U0B B; 2EIJ C; 1LI5 A; 2H8A A; 1LPE A; 2L6F A; 1HMO A; 2YLI A; 3H2V A; 3RYL A; 3OWT A; 4Z9H A; 2OKU A; 1UFB A; 2WZG A; 3LNR A; 2YL3 A; 2IOQ A; 4CJO A; 3LS0 A; 4D4X A; 4JTD B; 2ZXR A; 4BJ6 C; 1M2V A; 4N4W A; 1LIH A; 1RKC A; 3GEH A; 3Q6M A; 1XZQ A; 2WVO A; 1C02 A; 2HJ3 A; 2R03 A; 4CDV A; 1BDJ B; 3AG2 C; 2R7O A; 4IAO A; 4CDY A; 4DRH B; 3NYJ A; 4JCZ A; 5EK0 A; 4CX9 A; 1M2V B; 1AUE A; 3LAY A; 3KH2 A; 3B0U X; 2LQG A; 1G8X A; 1FFH A; 5E33 A; 3SXY A; 3MFN A; 1BR2 A; 2OU6 A; 3ZSU A; 2H7O A; 4HE8 D; 4E17 A; 2CGE A; 3CZ6 A; 3DKA A; 3DM9 B; 3UMI A; 5JVE A; 3E9V A; 3WOD F; 4DVZ A; 4XEK A; 1D0Z A; 3JYH A; 2ZXW C; 5KYY B; 2EPM X; 3EGD A; 5DQZ A; 2D5R B; 1BZ4 A; 1MND A; 1CGO A; 2YWA A; 2ZD9 A; 4J30 B; 3UMH A; 4OIO F; 3DXJ F; 2KSF A; 4N06 A; 1QPU A; 2YL0 A; 3S0X A; 2YRF A; 3HNK A; 4KI2 A; 2L6H A; 2P1A A; 2B0H A; 1SMY F; 2HJM A; 1G4U S; 2AP3 A; 2IYL D; 1JPJ A; 4LDQ A; 2HSQ A; 2Y3D A; 1TR2 A; 3AGT A; 2VAS A; 3EGD B; 4JEB A; 1W2W A; 3TJ5 A; 3EZH A; 1JOG A; 2CNW D; 4JTC B; 4AE4 B; 1GS9 A; 5JLI A; 2TMV P; 1CGM E; 2GA0 A; 1M6T A; 1VLT A; 1OCR C; 1RJ9 A; 2A0U A; 2D4U A; 3GM3 A; 2XXA A; 3M4C A; 4EUK B; 4MVO A; 3ITF A; 4JJF A; 5F5H A; 1UG7 A; 1YAR O; 2VCA A; 2DB4 A; 4XLN F; 4YK5 A; 4Q7C A; 3US6 A; 5CIV A; 2PX3 A; 3V5Y A; 2YEV A; 4FAP B; 4H54 A; 4BJT A; 3FOO A; 1RJ9 B; 1T6I A; 2UUH A; 3RFY A; 3BRJ A; 1LE2 A; 2QUP A; 1T9K A; 3C62 A; 2J8W A; 3X2Q C; 1YVI A; 2OEX A; 3ZTM A; 1WAS A; 4AL0 A; 5BQH A; 2LK4 A; 5GPG B; 3U9M A; 3NKD A; 2YKZ A; 4NTF A; 1GQA A; 2L9J A; 2M64 A; 4IAR A; 3SZR A; 3WAQ A; 2YLD A; 1C17 M; 2AWY A; 4ONS A; 2X51 A; 4W8K A; 1PV3 A; 5L0H A; 3DM5 A; 4Q5S F; 2OJE D; 3S90 A; 3VF0 A; 3X1O A; 4G7Z F; 4NTA A; 4HFK B; 4O7G A; 3R7C A; 5KYW A; 2HFI A; 4OD4 A; 3IPM O; 2LIG A; 3W2V A; 4O79 A; 4JRZ A; 3RF3 A; 5DVW A; 1N1C A; 2PF4 E; 4FES A; 2HUJ A; 4LDR A; 4MTF A; 2LCH A; 3GM2 A; 4U5F E; 1A7E A; 3MBG A; 2NG1 A; 3GWN A; 3U8P A; 4ER9 A; 3K1H A; 4GQH A; 3V7O A; 3ABM C; 2EPK X; 4XEV A; 1ORS C; 1EQ1 A; 1XZP A; 4KNV A; 2P0N A; 3ABK C; 2KJG A; 4G7O F; 3ATP A; 4MVQ A; 2Q4F A; 1I4Z A; 4WJ0 A; 4YWQ A; 3K7D A; 1TQG A; 1H9G A; 3JCU Q; 3KL4 A; 3LNM B; 2IBF A; 4XPX A; 2YLG A; 3EH2 A; 2L7A A; 2XLE A; 3ZQV A; 2XL4 A; 2J7P A; 2Q00 A; 5E3A A; 4KNW A; 3O10 A; 2GDC A; 2KNH A; 3EG9 B; 1D1C A; 4CIP A; 3S9O A; 3C18 A; 2OEV A; 1SZI A; 3G4Z A; 3RW0 A; 2XSE A; 2BC5 A; 2VH3 A; 2EIL C; 1ZW3 A; 4K7B A; 2ASR A; 1GGQ A; 1L7C A; 1ORY A; 1QZX A; 1NLX A; 3IQT A; 3NG1 A; 4P9F A; 4YL0 A; 3K1I A; 4EHP A; 3QVZ A; 3U2L A; 3VM6 A; 1OW6 A; 1U6H A; 1RMV A; 4P9T A; 1ZU4 A; 3CEX A; 4EBK A; 1FR0 A; 2WVQ A; 2AWC A; 4IRU A; 5FCL A; 3B0P A; 2DGJ A; 4QI0 A; 2GFH A; 3F47 A; 3QW1 A; 3G4X A; 2HS5 A; 2CDQ A; 2PBE A; 4CDA A; 1YYX A; 1DOW A; 2YZS A; 1Q0G A; 1ZW2 A; 2PNO A; 1HW1 A; 4MW3 A; 4KBL A; 3DE8 A; 3S84 A; 5IY5 C; 1FTS A; 2Y39 A; 3M15 A; 3RH3 A; 4GYT A; 1WWP A; 4U5H A; 1E2X A; 1E85 A; 1RCP A; 1QLE C; 4C3E A; 5KYU B; 4W8P A; 1APC A; 3C8G B; 1ZHX A; 2I8B A; 1A7V A; 2PX0 A; 3VYW A; 3CAX A; 2R05 A; 1Z23 A; 3EFO B; 2YL7 A; 1R4T A; 2OG2 A; 3LUT B; 4JE9 A; 3DMD A; 1RXQ A; 2Q7R A; 3HKK A; 4PAC A; 3SXK A; 4AL1 A; 4BG0 A; 4A4A A; 3U3F A; 1O5H A; 2WL8 A; 3MLG A; 3PCV A; 4OIP F; 1Z7Q c; 2A6H F; 2J9B A; 2ZPA A; 5JUA A; 2XLO A; 2XM0 A; 3EPV A; 2RSE B; 2YVK A; 5D92 A; 5JT4 A; 5DS6 A; 1QQ3 A; 2LP4 A; 3TQO A; 1WTY A; 2R25 A; 1D1A A; 2HSB A; 5FZT A; 1Y6D A; 1I4Y A; 4XWJ A; 3M4B A; 1ZHY A; 3C7J A; 1VYI A; 2L81 A; 3NMK A; 3I5Q A; 1WOL A; 2IXO A; 3O55 A; 2LD6 A; 4DJ9 A; 4JUR I; 3AOU A; 1OXK A; 1WAT A; 2R7U A; 4PFO A; 5KYY A; 4XTK A; 1HE9 A; 3JT1 A; 3NMI A; 4YT4 A; 1Z6A A; 4O6N A; 2XLH A; 1BBH A; 2IXM A; 1QSP A; 2Q3T A; 3LEV A; 2WB7 A; 4PJL A; 3O6X A; 2XL8 A; 3LEO A; 3U2M A; 2XLV A; 1NG1 A; 1MMA A; 2CCY A; 2HZ8 A; 2I15 A; 4GEH A; 4KC9 A; 4D4N A; 2W4M A; 4AE4 A; 2ETS A; 1LM3 B; 2NSF A; 1ZU5 A; 3B9Q A; 1EI7 A; 4N6C A; 3IQC A; 4EWC A; 1IZM A; 2HV7 A; 4J32 B; 4PJN A; 2KW3 C; 4ZLD A; 3RKO F; 3SNH A; 1S7Z A; 2OJQ A; 5E2Q A; 3ZDL A; 2H7V C; 5BQI A; 1Q0D A; 2R7R A; 4C7O B; 1LS4 A; 2NUP B; 5B1A C; 3GAN A; 3N24 A; 4U5D E; 3I4U A; 4XEF A; 1NFN A; 1Q0K A; 3SXM A; 1Z63 A; 1NU7 D; 1O87 A; 3I5P A; 2KC3 A; 3PDM P; 1WN0 A; 3U8V A; 3LJB A; 4HEA J; 3GOD A; 2J9W A; 3RQF A; 3U0C A; 3HNI A; 2NSG A; 3A9C A; 4N6H A; 3VAY A; 4MVM A; 1KTM A; 2LFD A; 3AQC A; 3K6B A; 2R7S A; 2LSE A; 3K66 A; 3N2Z B; 4EBB A; 3H65 A; 3AG4 C; 5A6B A; 3F46 A; 4YT5 A; 5F28 E; 4I1O B; 1V54 C; 4K0D A; 4E0I A; 1Y4C A; 3H2U A; 2EPL X; 5DS4 A; 3KYJ A; 1PCX A; 3C8Z A; 1NU9 C; 2BE5 F; 3LES A; 4MTO A; 3L1M A; 1TWA A; 3GOR A; 4JEA A; 1FAP B; 2WZL A; 5JP7 A; 2Y3G A; 2EIM C; 3FOP A; 4IGG A; 1YYJ A; 1YA9 A; 3IHU A; 4P6I C; 4WGZ A; 1CPR A; 1D0X A; 2A69 F; 1ZYR F; 2HV6 A; 4QDL A; 4CJG A; 2VCC A; 3BEH A; 1Z5Z A; 5EHH A; 4U5G A; 4X0R A; 1TKN A; 1T5O A; 3A11 A; 5L0I A; 3EZI A; 3RQE A; 2J0W A; 1YA7 O; 3AG1 C; 4K1O A; 3C63 A; 1KU2 A; 4MVZ A; 3RQG A; 2BL2 A; 1T6Q A; 1VTM P; 5F5F A; 4LAC B; 5B1B C; 1OXB A; 1E84 A; 1CPQ A; 1ZVZ A; 1D0Y A; 3FAP B; 3FAJ A; 4IAQ A; 4MS2 A; 3TK0 A; 4CIH A; 4C3B A; 1HW2 A; 2A0B A; 3O39 A; 1NSG B; 2M4E A; 4ZLC A; 1FFT C; 2HMQ A; 2IXP A; 4H4K C; 1Z3I X; 4HFF B; 3SYN A; 4Z9I A; 5L0J A; 2O9X A; 1ZHW A; 3GM1 A; 1QKR A; 3K1I C; 3EG9 A; 2NPU A; 3EH1 A; 3FHD A; 3QMK A; 2VCB A; 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3DD7 A; 3T6B A; 2R7Q A; 1OW8 A; 1J8M F; 5L3Q A; 2C03 A; 5L0F A; 1K05 A; 2J7P D; 3B71 A; 2PP4 A; 3LLK A; 3OEO A; 4OIQ F; 2ZXO A; 3KYI A; 5KYX B; 1SF8 A; 1SR2 A; 2FFH A; 4Z9J A; 1Q0F A; 1S05 A; 1A0B A; 1MMN A; 1H9T A; 3NMJ A; 1QVX A; 4U5E E; 2W45 A; 4EKW A; 2KGO A; 2YL1 A; 2EPO A; 1YLM A; 2KK1 A; 3Q7L A; 5CI9 A; 5A6A A; 4BJ5 A; 4FWV A; 1AEP A; 4MW8 A; 3AG3 C; 4YL3 A; 4PFP A; 4A2N B; 2CYD A; 1OKK A; 4AK9 A; 3PMR A; 2MYS A; 4JJG A; 4E7S A; 2R02 A; 3RVY A; 2Q9C A; 1EKY A; 1PD0 A; 2XLM A; 2IM8 A; 2YQY A; 2QY9 A; 3JTL O; 4PJJ A; 3M1C B; 2J46 A; 4XPW A; 3C8G D; 3ASO C; 1J8Y F; 2NUP A; 3GEE A; 3N0T A; 5JSL A; 3S29 A; 4C7O A; 2CW0 F; 2E87 A; 4U9E A; 3QTH A; 3NYL A; 3V5Z A; 5COF A; 2GAQ A; 4NCQ A; 3ABL C; 3ZTZ A; 3LS1 A; 5TJ5 E; 4CS8 C; 1NFO A; 1T6U A; 1BR4 A; 3W8H A; 1PD1 A; 3DAG A; 4G78 A; 3B0V C; 4IWB A; 2EIK C; 3MYF A; 3TD7 A; 5DS5 A; 3VRC A; 1AVO B; 2EPN A; 2MWQ A; 3DI5 A; 4I44 A; 5KYN A; 4JKV A; 4NY3 A; 4WAB A; 3RVZ A; 4BJ6 A; 2HMZ A; 1HE1 A; 3UNG C; 1OW7 A; 1VLS A; 2Y3H A; 2XRH A; 2P6V A; 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