1Z8CA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (l63p, a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[r-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEIGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Mutational Study of Pseudopeptide Inhibitor Binding to HIV-1 Protease; Analysis of Four X-ray Structures
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z8cA00
5P20A 2J9KA 5P39A 2VJ7A 5KR2A 5P6QA 4D89A 2G22A 2A1EA 5DQ2A 2WECA 5P2JA 1B11A 2J9JB 2ZYEA 3IGBA 2VJ6A 1C70A 5CLMA 5P15A 3UDRA 4J0VA 1ZPKA 4Y3SA 1QBSA 3ZPSA 1IDBA 4OBKA 4Y3WA 3OY4A 5P3SA 1PROA 1OHRA 4Y5BA 5P5CA 2B7ZA 2I4DA 5P2EA 4OBDA 2IRZA 5OZHA 5P6KA 1B5FA 1XL5A 4J0TA 2VJ9A 1AJVA 2R5PA 4ZSMA 5P8UA 3TOGA 4Y41A 5P11A 1IZIA 1DW6C 4Y4JA 3EL5A 5P3MA 3PLLA 3HZCA 1W50A 4Y3PA 5P2MA 3ZKMA 3IA9A 1GVWA 5P3EA 1META 3L5EA 5P0QA 5P4FA 2ER0E 5UPJA 3NYGA 1T7JA 3O9LB 3S53A 1MTBA 3PMUA 4Y50A 5P8QA 3EKQA 4RCEA 4Y5CA 2FDEA 1XE5A 1HVRA 5P12A 4EJ8A 4HEGA 5P08A 5OYSA 5P85A 1WKRA 3EM3A 3NDWA 2VA5A 5P5YA 5P5PA 1XE6A 2BJUA 4B05A 4A4QA 2QNQA 3HVPA 3SAAA 5P6OA 4YCYA 5P2GA 1B6KA 1GVXA 3K5CA 4RLDA 4GJDA 4ZPFA 3BC4A 5P3CA 5P7RA 1T7IA 2R3TA 4B78A 3GGAA 4OC6B 2G1OA 5P1AA 2BBBA 3LINA 5ISJA 3PRSA 1RPIA 4Y4ZA 1HSHA 1NPWA 2BKTA 2QI1A 4DJXA 3SACA 1W51A 3TOHA 4Y3ZA 2VKMA 4WTUA 5P67A 1LYAB 3ECGA 4PZWA 3S56A 5HD0A 3GGUA 3VLAA 5P0CA 1LYWA 5P7OA 1FMBA 5P1VA 1FMXA 5P4NA 1GNOA 3TPJA 2I4XA 5P2KA 5JFPA 3O9DA 1HVJA 2JXRA 1SIVA 5HDUA 3WB5A 1ME6A 5P4MA 5PEPA 4QJAA 4FLGA 5P5NA 1XS7D 5P89A 2AOJA 4R93A 5AHCA 3HD8A 5P1SA 5P3GA 5OZEA 5P86A 3EBZA 4B0QA 3B80A 2QCIA 1AXAA 3DV1A 3TOFA 3OAGA 4BEKA 4J1EA 4I0ZA 5OYQA 1TCXA 5P5SA 3MWSA 2HC0A 4LXKA 4MC6A 5SY3A 3MSLA 5P0DA 3OOTA 5P3HA 4R92A 3SPKA 4Z2ZA 2NXDA 4Y5MA 5OYUA 5P7SA 4LL3A 4Y4DA 2G1YA 5BRYA 2UPJA 4NJTA 5P1IA 5P7VA 2OHLA 5P6DA 1N49A 1MRWA 1QS8A 3GI5A 1BWAA 3UQPA 3VFAA 3TLHA 1EC3A 3EKYA 2I0DA 4APEA 3SM2A 2WF4A 1SGZA 3TKWA 5P87A 1W6HA 4EXGA 5OZQA 2AOEA 8HVPA 2JE4A 1NSOA 5P50A 3NDXA 5P77A 2V12C 1EBKC 1D4YA 5P3NA 1A8KA 3OU3A 1RV7A 2ER7E 5BWYA 2Q11A 3TTPA 1KJ4A 4FE6A 3SA5A 5P2BA 5P7BA 4Y53A 3L58A 3FNUA 5P1QA 4K4PA 2QI4A 5P0YA 5I3XA 2B60A 2R5QA 5P0OA 1W5VA 5P5IA 4NJSA 5P7UA 1YM4A 1OEWA 3UCBA 1W5YA 5P7HA 3OGQA 3O9GA 4S1GA 1EPME 1LYWB 5P10A 4LXMA 5P0UA 2HAHA 1QDMA 2ZJHA 4Y3EA 5P82A 4I8WA 4CPWA 4B1EA 3VG1A 2PH8A 4YA8A 1HWRA 5P1YA 5P60A 4Y39A 5OZBA 2QNNA 3SA6A 4YDFA 5OZFA 7HVPA 3PVKA 4H3GA 3QBFA 2BPZA 1B6JA 1EC1A 2ZJIA 2IGYA 3MSKA 5P80A 2ZHVA 3KN0A 4DQHA 1EEDP 3LIVA 2ZHTA 4FSEA 3FX5A 4J5JA 4Y3TA 5P7NA 3D3TA 1EBWA 1G35A 3UFNA 2AIDA 5COKA 1HVLA 2FNTA 4PYVA 3JVYA 4ZE6A 1AM5A 4FSLA 2WEBA 2F8GA 2P3DA 3S54A 3OGPA 3RTNA 3SLZA 2FXDA 5P4LA 4Y4XA 5P4HA 3NR6A 4WY1A 5OZTA 4KE0A 5P18A 5P7PA 3UTLA 3T6IA 1ZAPA 5P51A 5I3WA 2ZHUA 2HS2A 4CMSA 5HE5A 2NPHA 1HEGE 4CPXA 5P8EA 1UH9A 4XXSA 2EWYA 5I3VA 1QBTA 4Y5LA 1MSMA 4LHHA 4Y3DA 5HCTA 5P1NA 5AH8A 3K5GA 4Y3JA 3PSGA 4EJKA 3OXWA 3QIHA 1SDTA 4ZPGA 5P8CA 4RRSA 3KT2A 3L59A 5OYXA 2PK5A 5ENKA 2O4NA 3VYDA 1IVPA 5DQCA 2QNPA 3LZVA 4GB2A 2WF3A 2VIJA 3BVBA 3QRSA 5DR1A 2NNKA 3KYRA 1EPRE 3LITA 5P26A 2PWRA 4FAFA 3K4VA 4I12A 1E5OE 5P0FA 4F73A 5P6BA 2JYSA 3ER3E 5P79A 2HS1A 3OUBA 5P2FA 4A6CA 5FIVA 3G6ZA 3VF3A 2QD6A 3O9HA 3LPKA 2JJJA 1AZ5A 1AVFA 1PPLE 3ZOVA 2Q64A 5P4IA 2SAMA 4J0YA 2QI3A 4GJ6A 3EL0A 2O40A 5JODA 4LBTA 3L5DA 5DR0A 2Q54A 3VV7A 3VLBA 5JG1A 6UPJA 5OZKA 2AVSA 3R2FA 4Y3QA 1FQ4A 1YTHA 5P5TA 3URLA 3ZKIA 4U7QA 4BELA 3KDBA 3OQAA 4ER2E 1EPPE 5P42A 5E5JA 1FB7A 4GMIA 5P8FA 5P5WA 5P36A 4ZIPA 5F01A 3OQKA 1FFFC 2Q15A 1PSNA 3QVCA 3URJA 4L7HA 1B6LA 3UDMA 1PSAA 5P13A 4AMTA 4I0GA 3O9EA 2B8VA 3UDPA 4ACXA 3S43B 2VNMA 3PLDA 2XYFA 4Y3NA 5P4XA 5P5FA 2G94A 3GI0A 5P66A 5P5LA 3BUGA 2H6SA 5P48A 5P3JA 1PPKE 5OZ9A 1BXOA 5P2DA 3NLSA 5P2AA 3SA7A 2V16C 3QAAA 3LIQA 5P1RA 5KQFA 3UQWA 5OZ3A 4ZSQA 3S7LA 4U7VA 5P38A 5P0MA 3VSWA 3S85A 4QGIA 2O4SA 2WL0A 3CYWA 3KT5A 4ZSPA 2ZJMA 5P0JA 1SGUA 3EC0A 1HXBA 2OAHA 3Q3TA 5P4YA 5P4GA 5P0RA 2PK6A 4CPTA 3RSVA 4AUCA 1K2BA 4FRJA 5HDVA 5P2NA 2WHHA 2I1AA 3NDUA 5P6UA 4FM7A 3QRVA 4D85A 4WY6A 2R9BA 5P8JA 5P27A 2IDWA 2PQZA 4Y54A 5P2XA 3QRMA 1NH0A 3NWQA 3NU3A 5P3DA 5P6MA 3SM1A 3OXXA 5OZ1A 5P2WA 4GJ7A 1FEJC 4GJBA 1MTRA 1LYAA 1BV7A 3AIDA 1CZIE 3MXDA 3OUCA 3INHA 5OZLA 2NR6A 2QK5A 4GJ5A 4COEA 3OXVA 5P09A 5P07A 2CEMA 4FAEA 4GJCA 4J0PA 2FIVA 2IGXA 5P7MA 5SZ9A 2PSVA 3APRE 4ER1E 1QBRA 5P47A 5P7GA 5E5KA 2QI7A 5P65A 4A6BA 1J71A 4JECA 1UPJA 3CKTA 3PMYA 5OZ8A 3URIA 3O9AA 2XFIA 5OZYA 1AJXA 2G1RA 4IVTA 5P0PA 1MSNA 1DP5A 2QU3A 1YTGA 3OU4B 2B42A 3VSXA 5OZCA 5P3PA 4KUPA 3BUHA 3KF0A 5OZNA 2ANLA 3UPJA 3O9FA 5P55A 1IZHA 5OZJA 2PSGA 3D1ZA 4Y4BA 1D4HA 1TCWA 3U7SA 4F74A 4DJVA 2VIYA 2F3FA 5P1HA 2WKZA 2P3BA 2WEDA 2OHTA 3PJ6A 1F34A 5P4TA 5P6HA 2HB2A 2AVVA 5P0EA 5P2LA 3SA8A 4YCKA 4Y3RA 1K2CA 3S8IA 2OHQA 3G72A 2AZCA 4YCTA 4HLAA 5P34A 1SMRA 3ZKQA 4L1AB 3PI0A 1M0BA 5DQ1A 5I70A 4CPQA 5P3XA 4CKUA 3GGXA 5P69A 4Y4WA 5C9BA 3UDNA 5P2SA 3IXOA 3ZPTA 2XYEA 3OQFA 4DI2A 5P3ZA 4RVJA 2VA7A 4B1CA 2BPVA 2F3KA 5P71A 4QJ8A 1HTGA 5KQYA 5P0BA 4OBGA 4LC7A 4B00A 4FS4A 2FDPA 1SIPA 5P1PA 5P57A 3UFLA 5OZZA 3D20A 4OBFA 2FGVA 4Y9WA 5P6SA 4EHCA 4Q5MA 3TL9A 2QMFA 4DVFA 5P02A 1VIKA 3QN8A 5P3YA 2FDDA 3KDCA 4NPTA 4TVHA 4DJYA 5P3RA 5P5KA 1EPQE 3T7XA 5HE7A 5KAOA 1FGCC 5P75A 2QZKA 4R8YA 4I0IA 5P5XA 4FGXA 2Z54A 1TZSA 3I25A 4J54A 5P22A 3TH9A 5COPA 4Z4XA 2G1SA 2Z4OA 5P70A 1BDLA 3SO9A 2ZJKA 1KJ7A 5P1FA 3OADB 2JJIA 3R0YA 1GKTA 4J0ZA 2ER9E 3AUPA 3EMYA 3TPRA 2HPFA 4X7IA 3F9QA 5P19A 3PWMA 5P8NA 3PCZA 1C6YA 2RKGA 1APWE 2AVOA 5P0IA 5OZ2A 5P8LA 3LHGA 4I0DA 5P1LA 2BKSA 2P3BB 2QMDA 3EKVA 3PCWA 4DQCA 4D8CA 1DMPA 3L3AA 4RCDA 2BPWA 2ZE1A 3K5DA 4Y3GA 4E43A 4RVXA 1FQ6A 3G70A 5P4QA 5HE4A 3TPPA 1C6XA 5P6EA 4YOAA 5P1KA 5P6CA 4Y5KA 1BVGA 3QROA 1PPME 5DR4A 3EXOA 4PEPA 3U71A 2OHUA 4EJLA 4L6BA 5P6XA 2PMAA 3CYXA 5OZMA 5IVTA 1MIQA 1OD1A 2IQGA 4CPUA 3EKWA 2MIPA 4YD3A 2HM1A 4I1CA 5P5GA 1RNEA 2AOHA 3R4BA 5P6NA 5P8RA 2AOFA 1PFZA 4J1KA 5OZAA 4Y4TA 4KB9A 5OYYA 3TKGA 4DJRA 2AZ9A 5DPZA 4YDGA 4EWOA 3DUYA 1XN2A 3DK1A 5ER1E 5P8PA 3LIZA 1B6MA 4Y4AA 4HA5A 4Y43A 5P8VA 3VYEA 2QMGA 4MC2A 3I2LA 1G2KA 4J1CA 5P06A 1LV1A 2V13A 5P76A 1HRNA 4QLHA 2WEAA 1XDHA 3VUCA 1ER8E 2O4KA 1D4JA 4Y35A 3T7PA 5OZ7A 5P2QA 2AZ8A 1ZP8A 3OOZA 4TRZA 1EC0A 1Z1RA 5P63A 4J1FA 4DJPA 2ZDZA 3APPA 2ASIA 5P2VA 3PM4A 3SKFA 3KFSA 3UDKA 4EQJA 5P8AA 5P5QA 4EYRA 3HDKA 4UPJA 5P3UA 5P05A 1ZPAA 5P6WA 5P72A 4YD7A 1HIHA 4U8WA 4K8SA 1LZQA 5P00A 1BAIA 1KJFA 5P23A 3T7QA 1ENTE 1FMUA 5P7YA 4D83A 5P04A 2ZHRA 2RSPA 1T6GA 3PSYA 3L5CA 4JPCA 1EBYA 1EPLE 1W5WA 2CENA 3PGIA 4FM6A 5P6LA 3KMXA 1FKNA 5P49A 4EQ0A 1G6LA 3S43A 5HU0A 5KQZA 3EKTA 4Y51A 5P4UA 4Y3AA 1AIDA 1GVVA 1BV9A 3MXEA 4Y36A 1K1TA 4Y47A 4GYEA 1ODXA 3OXCA 2ZJJA 4Q1YA 3UHLA 3Q70A 1YTIA 4JP9A 3CKPA 4Y5NA 5P0AA 1QRPE 5P6JA 1W6IA 4N00A 4HE9A 2O4LA 5P37A 4NJVA 3VV8A 2FLEA 5P5OA 4AA8A 1QBUA 3RSXA 2ZGAA 3I8WA 3OQ7A 1APUE 5P8GA 1DIFA 4DQEA 1B6PA 5COOA 3OTSA 4HDBA 5P3KA 4F76A 2OHSA 2VS2A 3NXEA 3LPJA 1KZKA 5P5DA 4IVSA 2G1NA 2P8HA 2OHMA 1HOSA 3CICA 1BDRA 5P73A 1IZEA 3B7VA 3NU6A 5P7KA 1K6TA 5P4JA 4L7JA 5AH7A 1KJGA 3NUJA 5P4DA 3IN4A 3NDTA 4Y58A 5P46A 3BHEA 5P53A 2NNPA 5P3FA 5DQ5A 4Q1WA 1FQ5A 5P6PA 4OBHA 3JW2A 5P33A 1HVIA 3R1GB 2I4WA 5P1TA 4RYGA 3O9BA 5P1BA 2WEZA 5P2IA 5P7DA 5P1CA 5P83A 2QZLA 4Y3MA 5J25A 3OWNA 5OYTA 5IS4A 4EP3A 3L38A 2I0AA 2PSUA 3EL9A 5P2OA 5P5BA 4Y45A 1SP5A 4I8ZA 3HLOA 3EM4A 3FIVA 3VF7A 1ZTZA 3OU4A 3I6OA 5OZ4A 4EPJA 3LZYA 4X2LA 3RU1A 4Y44A 3WSJA 5P03A 1LYBA 4NKKA 1YX9A 5DQ4A 1XL2A 5P3WA 3QBHA 5IVQA 3UDJA 2AVQA 2HIZA 3IN3A 5APRE 3GI4A 4D88A 3CIDA 5P6GA 1BDQA 2I4QA 2QI6A 3RTMA 1UH8A 5P17A 3FKTA 4L1AA 2B7FA 2IKOA 5BS4A 3L5BA 4Z22A 2AOGA 2Q5KA 3HVGA 3C9XA 3OQDA 2P3AA 3GGVA 4Y3YA 5P01A 5HTZA 1MT9A 3IVIA 1YG9A 1XN3A 3TNEA 3VCMA 2QMPA 2ZHSA 4FRKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P20 A;  2J9K A;  5P39 A;  2VJ7 A;  5KR2 A;  5P6Q A;  4D89 A;  2G22 A;  2A1E A;  5DQ2 A;  2WEC A;  5P2J A;  1B11 A;  2J9J B;  2ZYE A;  3IGB A;  2VJ6 A;  1C70 A;  5CLM A;  5P15 A;  3UDR A;  4J0V A;  1ZPK A;  4Y3S A;  1QBS A;  3ZPS A;  1IDB A;  4OBK A;  4Y3W A;  3OY4 A;  5P3S A;  1PRO A;  1OHR A;  4Y5B A;  5P5C A;  2B7Z A;  2I4D A;  5P2E A;  4OBD A;  2IRZ A;  5OZH A;  5P6K A;  1B5F A;  1XL5 A;  4J0T A;  2VJ9 A;  1AJV A;  2R5P A;  4ZSM A;  5P8U A;  3TOG A;  4Y41 A;  5P11 A;  1IZI A;  1DW6 C;  4Y4J A;  3EL5 A;  5P3M A;  3PLL A;  3HZC A;  1W50 A;  4Y3P A;  5P2M A;  3ZKM A;  3IA9 A;  1GVW A;  5P3E A;  1MET A;  3L5E A;  5P0Q A;  5P4F A;  2ER0 E;  5UPJ A;  3NYG A;  1T7J A;  3O9L B;  3S53 A;  1MTB A;  3PMU A;  4Y50 A;  5P8Q A;  3EKQ A;  4RCE A;  4Y5C A;  2FDE A;  1XE5 A;  1HVR A;  5P12 A;  4EJ8 A;  4HEG A;  5P08 A;  5OYS A;  5P85 A;  1WKR A;  3EM3 A;  3NDW A;  2VA5 A;  5P5Y A;  5P5P A;  1XE6 A;  2BJU A;  4B05 A;  4A4Q A;  2QNQ A;  3HVP A;  3SAA A;  5P6O A;  4YCY A;  5P2G A;  1B6K A;  1GVX A;  3K5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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