The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
b'HMDKTVNLSACEVAVLDLYEQSNIRIPSDIIEDLVNQRLQSEQEVLNYIETQRTYWKLENQKKLYRGSLK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the functional domain of phi29 replication organizer: insights into oligomerization and dna binding
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Early protein GP16.7
|
| source organism |
Bacillus phage phi29
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| total genus |
29
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZAE A; 2BNK A; 2C5R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OO9 A; 3E46 A; 4LJA A; 2I7P A; 5C1B A; 1XXH A; 3FUX A; 4G4R A; 3KS8 A; 4LZJ A; 3VKH A; 2FE8 A; 5KQD A; 5A2Q S; 2ZTD A; 3THG A; 2G3Q A; 1ZQ9 A; 3SYL A; 7CAT A; 3UK6 A; 2XLJ A; 4OX9 M; 3ZCB B; 1D0K A; 1ORY B; 1R5L A; 3SMS A; 3ZC7 B; 2Z3X A; 4LF8 M; 4KOD A; 2LNH C; 4L6V 6; 1S3S A; 1MJG M; 3KP1 E; 1K3X A; 1VQ1 A; 1QZM A; 3AV0 A; 3TE6 A; 2R0I A; 4AW4 A; 3PFI A; 2F5N A; 1OJL A; 1RU3 A; 3RE8 A; 3U6S A; 3CF6 E; 3LVW A; 1L2D A; 4LFA M; 3L29 A; 1N77 A; 2DWM A; 3B7Z A; 2QBY B; 4AZF A; 3SBJ A; 3U6E A; 4GHL A; 1IBM M; 4LJ5 A; 4NL4 H; 1E9S A; 1JR3 D; 4NC6 A; 1TH3 A; 1QDT A; 2DZL A; 2E5L M; 5DYG A; 3HKP A; 1YUB A; 1N78 A; 4PT5 A; 2Y0Q A; 3M6A A; 4DV1 M; 4YHH M; 2JY6 B; 1TGU A; 2DAK A; 1IN5 A; 4HLQ A; 3IG8 A; 3IEC A; 3C58 A; 1OTR A; 4FWG A; 1G3I A; 1VDL A; 2DAE A; 1TF0 B; 3CTW B; 4AG5 A; 2UXD M; 1IM2 A; 3E21 A; 1Z6T A; 2LVO C; 1JR3 A; 5E26 A; 2F5Q A; 4DV4 M; 1HNZ M; 3TWL A; 1QYR A; 3FYC A; 2CHV A; 5FTN A; 1H6U A; 1QUT A; 2DVW B; 4GH9 A; 5EP2 A; 4JN6 A; 3L27 A; 2N35 A; 1LTM A; 2V1U A; 2DWL A; 2QBY A; 2RGO A; 3U6L A; 2GNO A; 3LMM A; 2WSE F; 1R2Z A; 2D7G A; 4GHA A; 3KOX E; 2HAK A; 4DV0 M; 3SAV A; 1K82 A; 3MK6 A; 3TL4 X; 1MN3 A; 2UU9 M; 4DR5 M; 5EXT A; 2XF3 A; 4DR3 M; 3TQS A; 1MX0 A; 3MMP A; 4JYA M; 4L15 A; 5JI3 E; 4TUW A; 3LQQ A; 3ZQJ A; 2RKO A; 3SYK A; 1GO5 A; 1GLN A; 3EIH A; 1D0M A; 4NSO B; 5EP3 A; 4X65 M; 4L16 A; 1T6O A; 1NSF A; 3IG5 A; 1QQW A; 4QNR A; 3H4M A; 5KQ8 A; 2ZAM A; 5LMN M; 1J7K A; 4MH0 E; 3A98 B; 3FTC A; 3AL0 C; 5FTK A; 5KO3 A; 4FWH A; 1HQC A; 3JAM S; 1IY1 A; 3R9X B; 1Y8G A; 3T1Y M; 4LG2 A; 3SAT A; 4B08 A; 1NY5 A; 3GPX A; 4IBK A; 1DGG A; 1EIJ A; 2H5X A; 1WGL A; 2HCB A; 1Q3C A; 4R7G A; 3TPZ A; 2C99 A; 4DV6 M; 2R4E A; 3GLH E; 2FOI C; 3HHX A; 2O5R A; 3DOA A; 2QQ8 A; 2QEN A; 3L26 A; 4XGI A; 2MJ5 B; 3GO8 A; 4JI0 M; 3LQR A; 3LCU A; 3HX3 A; 2VDB B; 2UUB M; 4AI6 A; 3SAW A; 4M0W A; 1JB0 F; 2JZ0 A; 2KEB A; 4MGH A; 3U60 B; 1IBL M; 2DAI A; 1Q39 A; 3QYB A; 1YE9 A; 4LJ9 A; 2BWB A; 2VF7 A; 3VLF B; 5H37 D; 3U6M A; 3CGW A; 5ITX E; 2F5S A; 1IXZ A; 1C1K A; 3E4R A; 4NXM M; 3RGS A; 2DXI A; 2G5G X; 2YQZ A; 4LGM A; 2DZN B; 2R45 A; 2Z4R A; 1VEK A; 3I04 M; 3WHK A; 3FTF A; 2LBC A; 3SHF A; 3ZH9 B; 2UXB M; 3W68 A; 5L8R F; 5ITQ A; 1DO2 A; 2D7H A; 2R44 A; 2LTU A; 3VK7 A; 3A45 A; 1GL6 A; 3W0F A; 5ITU A; 4AKG A; 3VK8 A; 2XZU A; 4IJE A; 1L1T A; 3GLI B; 2XSZ D; 2KA6 B; 2Y0T A; 4LJ8 A; 4LFC M; 2C96 A; 4WUR A; 4A3V B; 3GPU A; 4G4O A; 1DGH B; 1G8P A; 1Q3B A; 1R4G A; 1XB2 B; 2X4A A; 3HZJ A; 3K92 A; 3L28 A; 4IJF A; 4RNA A; 1XMO M; 4M9X A; 4NRW A; 4D82 A; 4AKI A; 4ITQ A; 1GVN A; 2NQ8 C; 2YNM D; 4JXJ A; 1SXJ B; 2LHG A; 1YLA A; 2YFQ A; 3I4V A; 3VDP A; 3C3D A; 5KPT A; 1QAN A; 2QHO B; 3B7Q A; 1DGF A; 4GC9 A; 4OW0 A; 4IBI A; 3VFD A; 2VII A; 4DUY M; 3U60 A; 4B3T M; 2XFT A; 2KZS A; 1A5T A; 4LZZ A; 1F4I A; 1QAQ A; 4MGY E; 2C9C A; 2KNZ A; 1OKS A; 2OQ4 A; 4FCV A; 2DKL A; 3V76 A; 3FD9 A; 1N34 M; 2CV1 A; 1SG9 A; 2K9D A; 5FTM A; 1PRB A; 1SXJ D; 4B7H A; 3PXG A; 4CJ6 A; 2XSZ A; 3UGJ A; 3GLF B; 1HNW M; 4OVZ B; 2B3T A; 4BLC A; 3GQ4 A; 3KS4 A; 3MHV C; 3GRY A; 1GL7 A; 1IXS B; 2ERC A; 2LVQ D; 2ZAN A; 5EXP A; 3GPP A; 1WIV A; 3HU2 A; 4LF4 M; 2WSC F; 3JR4 A; 1ZV1 A; 1C7Y A; 2EO2 A; 3GLI A; 3D8L A; 4LJ4 A; 5BR8 M; 4X64 M; 1GJT A; 1DGH A; 1G4A E; 1SXJ C; 5EQT A; 2KRK A; 4AG6 A; 3AFH A; 4JI4 M; 5DNY A; 4KT0 F; 4G6Z A; 3IHP A; 3SAR A; 4FCW A; 1SXJ A; 3K2L A; 4MM3 B; 2C9O A; 3U6P A; 5EJC A; 2EKK A; 1FJG M; 3GPY A; 5IWA M; 1HT2 E; 3B74 A; 2QZ4 A; 3KOZ E; 3RFW A; 1IFY A; 2BJV A; 3FRH A; 3GRR A; 4IBB A; 4Q7J A; 1QDR A; 3B7N A; 4GRI A; 3GLG E; 3HJQ A; 4GKJ M; 1DGB A; 1PJQ A; 4QOS A; 1WHC A; 3FE3 A; 3MJ5 A; 4CGY B; 4OVZ A; 1MU5 A; 3W0L B; 3OTO M; 3GLF A; 1TDZ A; 2XZF A; 2R46 A; 2K47 A; 3KXE C; 2MRO B; 1IXS A; 3NBI A; 3PNV A; 2J7N A; 4LF6 M; 3FTE A; 4QHS A; 2H1R A; 1NNJ A; 2CWB A; 2A5Y B; 2DAG A; 4M9S A; 5IZ7 D; 4Z6Y A; 4MGI E; 2M60 A; 5EXS A; 1PJT A; 1I4W A; 1TDH A; 2DAM A; 2DEN A; 2L09 A; 1VEJ A; 1AIP C; 3Q8X A; 4CIZ A; 4GMQ A; 2OPF A; 2Z7J A; 2KHH A; 4LRT A; 2Y21 A; 3LW5 F; 4ANR A; 4S12 A; 2F5P A; 3I51 A; 4NRV A; 2O25 A; 3CF0 A; 1HNX M; 2FH0 A; 2JY7 A; 2EA0 A; 1DO0 A; 2QP9 X; 4F2L A; 2DWN A; 1AUA A; 3DZD A; 3K9O A; 1KYI A; 2UUA M; 5GKN A; 1Z59 A; 4HEO A; 4DUZ M; 2X8A A; 2CV0 A; 4FVM A; 5IT9 S; 3LCV B; 1I94 M; 4LGY A; 1L8Q A; 5IRE B; 3KOY E; 4F1I A; 3QAU A; 4MGK E; 3VDU A; 4LF9 M; 5ITR A; 3I4Y A; 4P16 A; 4AKH A; 5EXX A; 4LJ7 A; 2I7N A; 2R65 A; 4XK8 F; 1QVR A; 5JI2 E; 1PJS A; 5C18 A; 3TWM A; 3AOG A; 4P17 A; 5FTL A; 2BWE A; 4LCB A; 3H4J A; 3U61 B; 3L25 A; 1WGN A; 2CHG A; 4UN2 B; 3HU1 A; 1VDD A; 5ITY A; 4DV7 M; 2L7I A; 3GQ3 A; 4IBJ A; 4QHT A; 2DWZ B; 2HL7 A; 4JV5 M; 8CAT A; 2WSF F; 1IY2 A; 1J5E M; 2JXN A; 3UJN A; 1R7R A; 4PD2 A; 4GKK M; 4JI5 M; 2BJW A; 1G59 A; 1NHW C; 5E6J A; 1OFI A; 1W5S A; 4JI3 M; 4LRS A; 4B3S M; 4K0K M; 1XXH E; 4DR4 M; 2LXE A; 4FW9 A; 1XC8 A; 4GIP A; 1GJS A; 4QNM A; 2M5Z A; 2CRU A; 1HJP A; 1T43 A; 1IN6 A; 1CUK A; 3W67 A; 2DHR A; 1K3W A; 2XEP A; 4XBO A; 1N33 M; 2EUC A; 3HHZ A; 1WR1 B; 4RF1 A; 3T6P A; 2J5Y A; 2Z8Y M; 1P3Q Q; 2R18 A; 3U61 A; 4X66 M; 3VKG A; 2MGW A; 2UXC M; 4JI2 M; 4LY6 A; 3L2A A; 4RF0 A; 3T1H M; 3GLH B; 1E9R A; 2G8L A; 1IBK M; 2F5O A; 3DFZ A; 1HT1 E; 3QYE A; 2C98 A; 2LVN C; 1FNN A; 2J7O A; 1IXR C; 2L4E A; 2DZO B; 1V34 A; 3M0E A; 2L4F A; 1OAI A; 3KDS E; 4Z8X A; 4GIT A; 2JZ1 A; 2KXE A; 2QSF X; 1R6B X; 2K0B X; 4JI6 M; 2DI0 A; 2JUJ A; 1WXQ A; 4KO8 A; 3NBX X; 1EE8 A; 4DV5 M; 3K1J A; 3SAU A; 2BNK A; 2R4J A; 3HWS A; 1L1Z A; 4I8O A; 2GQF A; 1W5T A; 4PCZ A; 1JR3 E; 4R71 A; 2VQF M; 2JP7 A; 1J09 A; 2K6B A; 4NXN M; 4IBF A; 3FUW A; 3GLH A; 4PDI A; 2LHC A; 1TTE A; 4DR7 M; 1NVM A; 4FWD A; 5KPZ A; 4L4U A; 1IN8 A; 4JI7 M; 4BBA A; 3Q8G A; 2V1C A; 1UM8 A; 2D7E A; 2LWX A; 3FUT A; 3KSJ A; 3NWL A; 3U6C A; 3EIE A; 4L8R C; 2XH9 A; 3U6O A; 2DHY A; 1OIP A; 2KDL A; 4CHT B; 4FD2 A; 1TR8 A; 4IBD A; 5F3W A; 3HHY A; 3AJI B; 1DV0 A; 4M9Z A; 5ITX A; 2VQE M; 4LJ6 A; 3QWL A; 1ZAE A; 3U6Q A; 1XNR M; 2YR0 A; 4B7G A; 2MR9 A; 3KW6 A; 1OAO C; 4MGZ E; 4GC5 A; 2JWS A; 1YSY A; 4Y28 F; 3SHG B; 4ZPX A; 3KP0 E; 4IBE A; 4MB7 A; 1KSF X; 3HY5 A; 1XWI A; 4R3D A; 4REZ A; 2HHH M; 1L2B A; 1IN7 A; 4FCT A; 3A42 A; 2HKJ A; 1QAM A; 2JNH A; 3GRU A; 4IIW A; 2JY8 A; 1NV8 A; 4LF5 M; 1EFU B; 3M7G A; 4D81 A; 3C9P A; 4M0D A; 2LH0 A; 3J27 B; 4L78 A; 5ITT A; 1E32 A; 3UMM A; 3J7B A; 1R2Y A; 1OFH A; 2CE7 A; 1NJF A; 4G3O A; 4DV3 M; 2CP8 A; 3KVW A; 1NHG C; 4GEW A; 2L7H A; 1QZE A; 2QCU A; 1XHB A; 3GLG B; 2EJS A; 3D8B A; 3ILK A; 2KNA A; 1ZMW A; 3JR5 A; 3GP1 A; 3KFU G; 3E9S A; 3R8F A; 1OIZ A; 1PJJ A; 1WJ7 A; 1Z5B A; 1ZMV A; 4BB9 A; 1T3T A; 1NO1 A; 1GAB A; 2CEA A; 4I81 A; 3SAS A; 4JI1 M; 3HJ8 A; 3J80 S; 4DR6 M; 2APL A; 3J81 S; 2CV2 A; 1Z5A A; 1LV7 A; 1GKI A; 4WP2 A; 4G4N A; 3J2P B; 4I4L A; 3HU3 A; 2Q2E B; 5FSW A; 4B3M M; 2Z4S A; 3SMP A; 1PJI A; 2L6O A; 2KW0 A; 4QOZ C; 1PGY A; 4II7 A; 2C5R A; 3FUV A; 2LVA A; 1IQP A; 2F4V M; 2CHQ A; 4B3R M; 1X37 A; 3GQ5 A; 3RGP A; 3FKE A; 2ZBK B; 3I01 M; 4AQY M; 3PNY A; 3K9P A; 3GLG A; 1D2N A; 4CIS A; 1UFZ A; 4DV2 M; 5DFL A; 2UUC M; 1N75 A; 5FLX S; 1QUS A; 1Q02 A; 3T38 A; 3FUU A; 4YY3 M; 3J7A S; 4DR2 M; 3U6D A; 3AKZ A; 1XNQ M; 2R62 A; 2VF8 A; 1VG5 A; 1E94 E; 2CUZ A; 2ZTC A; 3CF2 A; 2OOA A; 3DA1 A; 1IN4 A; 4NOO B; 1VEG A; 2QNJ A; 4PDG A; 4G4Q A; 1KFV A; 3WHL A; 3FRI A; 4DBG B; 2MH8 A; 1G41 A; 2AHM A; 5EP4 A; 2Y20 A; 3BOS A; 3GLI E; 2FFJ A; 1NJG A; 2JA2 A; 2P5T A; 1TH4 A; 4DR1 M; 2FNA A; 4B7F A; 1N36 M; 2RGH A; 2KRU A; 2RRU A; 2V6Z M; 3BXW A; 1L2C A; 3F92 A; 1PM5 A; 4OU7 A; 2WZJ A; 2XFS A; 1NV9 A; 3B9P A; 1SXJ E; 2L2D A; 3U5Z B; 3K8Z A; 5DYI A; 2DNA A; 1TH2 A; 4KHP M; 4IBC A; 3PVS A; 4NSR A; 1IY0 A; 1G71 A; 1XXH B; 4RKU F; 1N32 M; 3FTD A; 2R6F A; 1Z5C A; 3A46 A; 2ZAO A; 4KLN A; 3B89 A; 3HGI A; 3AOE C; 3GLF E; 3GRV A; 3HJS A; 1ZMU A; 1OQY A; 3KOW E; 2X49 A; 5EP1 A; 2FS1 A; 3TWK A; 1XMQ M; 2LVP C; 4JI8 M; 2XGN A; 4LF7 M; 1BVS A; 3KSX A; 1V92 A; 2HWJ A; 3HHW A; 3AOE A; 3BBZ A; 4D80 A; 5LMU M; 2KZU A; 1V33 A; 2OOB A; 3C3E A; 4WW0 A; 3SFZ A; 1D0L A; 2ZM6 M; 1HR0 M; 2O01 F; 2W82 A; 3SC3 A; 2JY5 A; 1NNU C; 4IBG A; 4HL4 A; 1QAO A; 1HQY E; 4EIW A; 5FTJ A; 5BPV A; 1JQJ C; 4I5S A; 3FYD A; 1NY6 A; 2CFO A; 2QPA A; 4X62 M; 4LFB M; 3LVV A; 3UZU A; 5KPR A; 3U5Z A; 3T15 A; 4W5W A; 2EKF A; 2KNV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4LJA A; 3KS8 A; 2I7P A; 5C1B A; 1XXH A; 3FUX A; 4G4R A; 4LZJ A; 3VKH A; 2FE8 A; 5KQD A; 5A2Q S; 3THG A; 1ZQ9 A; 3SYL A; 7CAT A; 3UK6 A; 2XLJ A; 4OX9 M; 3ZCB B; 1ORY B; 2Z3X A; 3SMS A; 3ZC7 B; 4LF8 M; 4KOD A; 2LNH C; 1S3S A; 3KP1 E; 1K3X A; 1QZM A; 3AV0 A; 3TE6 A; 4AW4 A; 2F5N A; 3PFI A; 1OJL A; 3RE8 A; 3U6S A; 3CF6 E; 3LVW A; 1L2D A; 4LFA M; 3L29 A; 1N77 A; 2DWM A; 2QBY B; 4AZF A; 3SBJ A; 3U6E A; 4GHL A; 1IBM M; 4LJ5 A; 4NL4 H; 1E9S A; 1JR3 D; 1TH3 A; 2E5L M; 5DYG A; 3HKP A; 1YUB A; 1N78 A; 4PT5 A; 2Y0Q A; 3M6A A; 4DV1 M; 4YHH M; 1TGU A; 1IN5 A; 4HLQ A; 3IG8 A; 3C58 A; 4FWG A; 1G3I A; 4AG5 A; 3CTW B; 2UXD M; 1IM2 A; 1Z6T A; 1JR3 A; 5E26 A; 2F5Q A; 4DV4 M; 1HNZ M; 3TWL A; 1QYR A; 3FYC A; 2CHV A; 5FTN A; 1H6U A; 2DVW B; 5EP2 A; 4GH9 A; 4JN6 A; 3L27 A; 2V1U A; 2DWL A; 2QBY A; 2RGO A; 3U6L A; 3LMM A; 1R2Z A; 2D7G A; 4GHA A; 3KOX E; 4DV0 M; 3SAV A; 1K82 A; 3MK6 A; 3TL4 X; 2UU9 M; 4DR5 M; 5EXT A; 2XF3 A; 4DR3 M; 3TQS A; 1MX0 A; 4JYA M; 4L15 A; 5JI3 E; 4TUW A; 3LQQ A; 2RKO A; 3SYK A; 1GLN A; 3EIH A; 4NSO B; 5EP3 A; 4X65 M; 4L16 A; 1NSF A; 3IG5 A; 1QQW A; 4QNR A; 3H4M A; 5KQ8 A; 2ZAM A; 5LMN M; 1J7K A; 4MH0 E; 3A98 B; 3FTC A; 3AL0 C; 5FTK A; 5KO3 A; 4FWH A; 1HQC A; 3JAM S; 1IY1 A; 3R9X B; 3T1Y M; 4LG2 A; 3SAT A; 4B08 A; 1NY5 A; 3GPX A; 4IBK A; 1DGG A; 2HCB A; 1Q3C A; 4R7G A; 3TPZ A; 2C99 A; 4DV6 M; 2R4E A; 2FOI C; 3HHX A; 2O5R A; 3DOA A; 2QEN A; 3L26 A; 4XGI A; 3GO8 A; 4JI0 M; 3LQR A; 2UUB M; 4AI6 A; 3SAW A; 4M0W A; 2KEB A; 4MGH A; 3U60 B; 1IBL M; 1Q39 A; 3VLF B; 1YE9 A; 4LJ9 A; 5H37 D; 3U6M A; 5ITX E; 2F5S A; 1IXZ A; 1C1K A; 3E4R A; 4NXM M; 3RGS A; 2DXI A; 2G5G X; 2YQZ A; 4LGM A; 2DZN B; 2R45 A; 2Z4R A; 3WHK A; 3FTF A; 3SHF A; 3ZH9 B; 2UXB M; 5ITQ A; 1DO2 A; 2D7H A; 4AKG A; 3VK7 A; 3A45 A; 1GL6 A; 3W0F A; 5ITU A; 3VK8 A; 2XZU A; 4IJE A; 1L1T A; 3GLI B; 2XSZ D; 2KA6 B; 2Y0T A; 4LJ8 A; 4LFC M; 2C96 A; 4WUR A; 4A3V B; 3GPU A; 4G4O A; 1DGH B; 1G8P A; 1Q3B A; 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