1ZBGA

Crystal structure of a complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[r-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Mutational Study of Pseudopeptide Inhibitor Binding to HIV-1 Protease; Analysis of Four X-ray Structures
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zbgA00
1MERA 3ZOVA 5P65A 3O9LA 3MSJA 1K1UA 2V10C 2G94A 3SA7A 5P2TA 3KN0A 3INHA 4B1EA 1MTBA 1SIVA 1B5FB 3PSGA 5P2CA 5JG1A 3T6IA 1ZSFA 3SA9A 2QP8A 2IKUA 3VFAA 2QNPA 2ZE1A 2VIYA 5P62A 4NJTA 4Y51A 1LYBA 3VEUA 5J25A 1DW6C 1XN3A 5OYQA 5P1BA 5P58A 4YCTA 5OZNA 5P10A 5P8JA 1G0VA 2UY0A 4Y3JA 3NUOA 2PMAA 3TH9A 3QRVA 3WZ8A 2O4SA 5P11A 4L7GA 4DJWA 4HDBA 4Y48A 5P2DA 1D4YA 1SBGA 5KR1A 5P40A 1BWAA 1Q9PA 5ER1E 2IL2A 4Y3XA 1BDLA 4YBFA 4RLDA 5P0OA 3VLAA 2AZCA 4Y3PA 3VYFA 3SQFA 4U7QA 5P6OA 3OHFA 4DI2A 4GJCA 1ZBGA 3H0BA 3NSHA 4TRWA 5HU1A 4EQJA 4Y6MA 5P3LA 3OXVA 5OZJA 2R38A 2R3TA 5OZGA 4Y4WA 2P83A 4Q1YA 4LAPA 2SAMA 1W51A 5HE5A 4DH6A 2Q55A 1HVJA 1B5FA 4ZSMA 2AZBA 2A4FA 3TL9A 1K6CA 3ZPSA 4B78A 1HPVA 5OZKA 5P4GA 3OUCA 4M8XA 1HVHA 4YA8A 1ZP8A 4JP9A 1EPRE 2QZXA 5P1PA 1KZKA 2B42A 4Y5AA 1HWRA 1C70A 5P0GA 2PK6A 2B60A 4GJAA 3UDMA 5P08A 2G26A 4LHHA 3LIQA 3QI1A 5DGUA 3WB4A 5P1CA 2BB9A 4J0VA 3UFNA 1T7IA 1META 3BXSA 5P2IA 4AA9A 4IVTA 4EXHA 1W6HA 3AIDA 4HVPA 5P3AA 5P7EA 3OU1B 3SM1A 5P64A 1B6MA 1PPME 5P6LA 5ISKA 5P0IA 3TLHA 2ZHRA 5P2AA 5P0YA 3VV6A 4ZIPA 2XYFA 5APRE 3QP0A 5HE4A 2PSUA 2OHPA 2VS2A 4FM6A 1EPOE 3EKVA 2HPFA 1XDHA 2QU3A 5P2WA 4Y9WA 4AUCA 4H3IA 4I0JA 5P4ZA 1LF2A 5KQZA 3IVHA 1VIJA 3N3IA 2RMPA 2HAHA 2AVQA 4ER2E 2V12C 3KDDA 1MT8A 3QIHA 4OBKA 5P6UA 5P4VA 4Y5EA 1NPAA 5I3XA 3D3TA 5P2LA 1XN2A 1HEFE 5P1XA 5P5MA 5P5SA 5KQFA 1C6YA 5P7TA 3VF3A 5P86A 2FNTA 4Y4BA 2XFKA 2V13A 4B77A 5E5JA 5OZ9A 1YTHA 1MSNA 3OU1A 5P5QA 5P8CA 4K4PA 3L58A 1TQFA 1QBTA 5P6DA 4BFBA 3LINA 5P0VA 3D1YA 4KE1A 5IE1A 3URLA 1IIQA 3T11A 3S7MA 3TTPA 2QHYA 3OAGA 5P2XA 1HEGE 5C9FA 4Y39A 2P3DA 5P7IA 5P2QA 3L59A 4GJBA 4DV9A 1NH0A 5ER2E 5P8BA 3PCZA 4H3FA 3R4BA 5COPA 3O99A 4F73A 1EPLE 3ZKXA 5P1NA 3U7SA 4QJ6A 3I7EA 4FE6A 3TOGA 3QS1A 2IQGA 3LIVA 4Y50A 5P7GA 2OHLA 5P7AA 4OBDA 1IVPA 2APRA 2ZJMA 4XX4A 3BRAA 4CKUA 5OZBA 3ZPTA 1DAZC 3ZKIA 2G21A 4Z22A 3VCMA 3IXOA 1A94A 3L5CA 3NU9A 4HE9A 4E43A 3OTYA 4R93A 2OHQA 5P3BA 5P70A 2HS1A 5P1EA 2A1EA 2VA7A 3PWMA 1APTE 5P23A 3GGUA 2AZ8A 4RROA 4DJUA 5P2NA 5P3JA 4Y3LA 1AXAA 5AH8A 5P5NA 3GGAA 3EKTA 3G70A 5P3PA 5OZFA 1K1TA 5P5PA 4I8ZA 3NR6A 4RVIA 1GVVA 5P0LA 5DR3A 1FFFC 5IS4A 5P1TA 4Y3ZA 5P3XA 3OXCA 2OHTA 4DQHA 2I0DA 3LPJA 1HIVA 3EKPA 4FSLA 4ER4E 3L38A 5P3GA 2I1AA 1WBMA 3PSYA 1SDVA 3Q70A 5P5EA 5F00A 3TOHA 4B1DA 4CP7A 4FGXA 1CMSA 1EPNE 5P16A 5IVQA 1K6PA 3WSJA 1YX9A 5P85A 1AVFA 2ZHUA 3TKGA 2ZHVA 1YTJA 4Y4DA 3OK9A 2AIDA 4Y35A 1TCXA 4GYEA 2QI7A 5P4YA 4A6CA 2R3WA 5P3TA 1Z1HA 5P0HA 5P4PA 5I70A 2HB3A 5P75A 2FDEA 4Q5MA 5P0SA 2QI1A 3OU3A 1YTIA 5AHCA 1W6IA 2Q15A 4YD4A 5UPJA 1BAIA 5P7CA 3JVYA 5P4EA 5BS4A 5KQXA 4Y3DA 5P38A 4Y3FA 1C6ZA 5OYXA 4TVHA 3I2LA 4YD6A 1B6JA 5P39A 1BV9A 2OAHA 4NPTA 3R1GB 3WB5A 4Y3NA 5OZVA 5P3OA 5OZ0A 1DPJA 5DR7A 1YM2A 3HDKA 3L3AA 4FL8A 5AH9A 3DM6A 3PM4A 5DGWA 1UPJA 4Y47A 4RCEA 4PYVA 3OUAA 2WHHA 2G69A 5P8DA 5P0FA 4Y3QA 2BPVA 4Y5GA 2CEMA 2Z4OA 2RSPA 3HVGA 5I3YA 4ZSQA 2AOIA 5P13A 3HAUA 2I0AA 4PPHA 1ZLFA 4Y4ZA 5P1IA 5P89A 5P67A 5P87A 2NNKA 3Q4BA 2F80A 3OOZA 1HIHA 1DIFA 4I0EA 3L5FA 3FNUA 1XL5A 1XE5A 3O9HA 3CKTA 1EPQE 2OHMA 3BUFA 3OQAA 4D85A 4RRNA 4B72A 5P5LA 3VSWA 5KR8A 1HHPA 5P5IA 2R8NA 4YD5A 1FMBA 3KFNA 3VV8A 1E81E 3KT5A 5OZCA 5IVSA 4J5JA 5P42A 2O4KA 2VIZA 1HTGA 5P1OA 3SA8A 3K5DA 4DPFA 3ST5A 4HZTA 1HVRA 1E80E 1HVIA 1KJHA 4U8WA 3U6AA 5P82A 1K2BA 5COKA 1RNEA 5P6YA 4CMSA 2F3KA 1MESA 4ZPFA 2OHSA 2Q54A 3PLLA 4QJ7A 2RENA 4TRZA 5P7QA 5P22A 1QRPE 2IENA 5P6IA 2NXLA 3CYXA 3TPRA 4DJXA 1DMPA 1BXOA 5OZ1A 1OEWA 3CIDA 3T7PA 4BEKA 4ACUA 4APRE 3UDNA 3UPJA 5P2ZA 2G20A 1UH8A 1BDRA 4EHCA 4KUPA 5P6KA 4R92A 4EJ8A 1SDUA 4Y43A 2PK5A 2QK5A 4GB2A 4YCKA 3LIYA 3QBFA 4EPJA 1YT9A 4COEA 2WEBA 5P2KA 7UPJA 4L1AB 1D4HA 5OYUA 5P7RA 2QNNA 1OEXA 2BPZA 3OQ7A 1CPIA 5P3DA 3NYGA 5P74A 1IZEA 3SAAA 1WKRA 5COOA 1APVE 4WY6A 5P45A 5P36A 1IDAA 1HVSA 4DQEA 4Y54A 4I0IA 1BILA 5HDZA 4B0QA 1SGZA 3LZSA 5P54A 3RU1A 1NPWA 1F7AA 5P3YA 1BBSA 1NPVA 3BUHA 2ZJHA 2WF2A 1K6VA 4Y3SA 2QI5A 3PWWA 1AJVA 2AOFA 2UPJA 4I1CA 5P6PA 3LIZA 1LEEA 5P8TA 5P5XA 2VKMA 5P4RA 3KDBA 3DV5A 3O9GA 4GJ9A 4TVGA 4LBTA 3PGIA 5P1VA 1FQ7A 5P01A 3EKQA 5AHAA 5P6EA 1FQXA 3SLZA 5P28A 3PLDA 5P63A 5P1KA 1EEDP 5P1MA 2PH6A 1LYAB 5OZXA 1FLHA 1W5XA 1MTRA 2IDWA 5OZLA 1IVQA 5P4MA 5P6BA 3DCRA 3Q3TA 2RKFA 4I0HA 5P7UA 5P5HA 2R5QA 4J0YA 3BGCA 3TPJA 5OZAA 2AVSA 4PEPA 5KR2A 5P4TA 3RTMA 2QMGA 5P4DA 3NU3A 1ZPKA 5OZEA 2VA6A 5P8KA 2NR6A 4AMTA 4I0FA 1F34A 1HTEA 1YM4A 2ZJLA 5P6WA 5HDVA 1OD1A 4DQGA 3DUYA 2JJJA 2ZYEA 3INFA 5P5BA 4FIVA 5P60A 9HVPA 3NDWA 4EP3A 3FV3A 1APUE 3M9FA 5P4FA 5P1SA 1XS7D 1GNMA 2I4VA 2V0ZC 5P68A 2HB2A 4FRSA 3KM4A 2Q11A 3O9FA 5P2OA 5P59A 1MVPA 4DFGA 3PEPA 5P49A 4D83A 5P0EA 2VNNA 5OZHA 5SZ9A 2BPXA 2I4UA 5P8NA 1T6GA 4JPCA 3PCWA 1SP5A 2B7ZA 2V00A 5P3FA 5PEPA 4Z2ZA 5P04A 5P4KA 1T7KA 4Y5MA 2F3FA 3MXDA 5P3VA 3ZL7A 3O9CA 5KOSA 2QZWA 5P3RA 4AZYA 3PHVA 4Y3MA 4J54A 5FIVA 4NJUA 1EPPE 2B8VA 3K5FA 1HPXA 3IVIA 5P25A 5P5DA 5P1AA 3HLOA 3OGPA 3K4VC 2QI3A 4I8WA 4NJVA 5P3MA 5P80A 3K5CA 3KFSA 4FSEA 2VIJA 1Z1RA 2QD6A 3G72A 4RVXA 4DJVA 2CENA 1WBKA 2O4LA 3I8WA 2P4JA 2QMDA 5P0KA 4UPJA 3S53A 1KJFA 2VJ7A 2ER7E 2HB4A 5P7VA 4DJYA 3NU6A 2ANLA 5P5VA 4K4RA 8HVPA 5P1QA 5P5RA 2CEJA 3IAWA 4CPQA 2FXEA 1TCWA 5P2HA 1EC0A 3T3CA 4CPRA 2IRZA 5OZ6A 4DVFA 5AGZA 2IGYA 5HU0A 4Y5PA 5P8PA 5KR0A 3L5BA 3LNKA 2HS2A 2FLEA 3EC0A 5P6MA 5P6RA 5P7JA 3K1WA 2IS0A 5P6ZA 5P5GA 3VUCA 4GJ7A 4OBZB 4Y4AA 1W5WA 4QJ8A 4J1CA 4M8YA 2ER9E 1D4LA 4A4QA 1FMXA 5P8AA 3OUDB 3SKFA 5P06A 5P8LA 4L6BA 3PI5A 4PZWA 4GJ6A 2ASIA 5P00A 2G22A 3QN8A 3URIA 5JFPA 3NU5A 1FMUA 3BVAA 5OYSA 5P32A 3IXJA 2JE4A 3EMYA 3S85A 4GJDA 3IN3A 4MC9A 1LYWB 2XYEA 3SA5A 3FKTA 5P0BA 3S7LA 5P7LA 3UFLA 1ZJ7A 3ECGA 5P52A 3GI4A 5P4JA 5P4NA 5P69A 4QJ2A 5P8IA 4YCYA 1FQ8A 3FNSA 5P55A 5P61A 3NXNA 1YG9A 3BGBA 4LC7A 2F81A 5P5CA 5OZWA 1GKTA 2AOHA 4I11A 1ZPAA 2BKSA 3INEA 4LL3A 4YDGA 3VG1A 5P1LA 1FFIC 4DQBA 5P0XA 2F3EA 5P7FA 3ZKMA 5I3VA 3UQWA 2QD7A 2BQVA 2G27A 5P1GA 3OADB 5P76A 2QI0A 3S43B 1VIKA 5P8UA 3AUPA 3B7VA 4OBZA 5I3WA 3K5GA 3OUDA 1PPKE 4Q1XA 3HD8A 5P4BA 3EKXA 5P0RA 4Y57A 3O9DA 2RKGA 4RRSA 5P4OA 3SA6A 3SACA 5P31A 5HCTA 3D1XA 5P81A 5P6GA 5P7PA 2Q63A 4Y56A 5P3IA 2BPYA 3KYRA 4NJSA 5P12A 4D89A 1EBWA 5P7NA 5P1YA 5P5JA 4Y4JA 5OZ8A 2I4WA 3DK1A 1APWE 3VYDA 2AZ9A 5P6QA 2H6TA 3EKWA 1FG8C 1M4HA 2OHNA 4DQCA 3K4VA 4Y5BA 4R5NA 3VLBA 1FQ5A 5P0UA 4R91A 5P26A 4H3JA 3GI6A 4RCFA 1BXQA 5P7OA 5P2GA 3RSVA 1A9MA 3CMSA 1XL2A 4FRIA 4H1EA 5P3HA 1ER8E 2J9JB 3BXRA 4U7VA 5SY2A 3PRSA 1G6LA 5P5KA 4EXGA 5KOQA 5P0NA 5P7DA 3DJKA 2OF0A 3NXEA 5P5FA 5P09A 2ZJIA 5P7XA 5P6JA 5P79A 3QVCA 1AJXA 4FAFA 5P0JA 5P0DA 1G35A 3OGQA 4APEA 3BUGA 3LPIA 3UQPA 2ZHTA 4FLGA 3JW2A 2NXDA 4B1CA 1MRXA 3LZUA 1HTRB 2I4XA 4D88A 2O40A 4Z4XA 3UDYA 5P8HA 1K6TA 5P72A 2NMZA 5P47A 1BVGA 1C6XA 2BKTA 3BHEA 1PROA 2WJOA 4X2LA 5TOLA 3H5BA 1UH7A 4EWOA 5DR1A 3GW5A 2EWYA 1FEJC 4IVSA 4B00A 1BIMA 4YE3A 5P24A 3UDRA 1LF3A 2F8GA 1MPPA 4LXMA 1LZQA 5OYVA 4K8SA 3SFCA 2VNMA 5P8FA 1RL8A 2HPEA 3R2FA 5P1ZA 1RV7A 4EJKA 5P7SA 5OYZA 4I10A 5P5WA 5P44A 3VV7A 3S2OA 2I4QA 3WZ7A 3KFRA 4DJOA 5P3WA 3SM2A 3HBOA 2QZKA 1HPSA 2HIZA 3O9BA 4ACXA 5P8SA 2WF1A 2H6SA 3NU4A 3ER3E 5IVTA 1EBZA 4PZXA 4Y5CA 2G24A 3D91A 1ODWA 3R0WA 1DP5A 4NKKA 1QBUA 4FM7A 2OHKA 2MIPA 3L5DA 4S1GA 4QGIA 5P83A 5P51A 3PBZA 5P15A 5P0TA 5OZ3A 3ZPUA 4ZEAA 5SY3A 5P0WA 5OZSA 1MEUA 3HZCA 1BWBA 3FSMA 3PMYA 5P6FA 3VYEA 3EL5A 1KJGA 4Y3TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MER A;  3ZOV A;  5P65 A;  3O9L A;  3MSJ A;  1K1U A;  2V10 C;  2G94 A;  3SA7 A;  5P2T A;  3KN0 A;  3INH A;  4B1E A;  1MTB A;  1SIV A;  1B5F B;  3PSG A;  5P2C A;  5JG1 A;  3T6I A;  1ZSF A;  3SA9 A;  2QP8 A;  2IKU A;  3VFA A;  2QNP A;  2ZE1 A;  2VIY A;  5P62 A;  4NJT A;  4Y51 A;  1LYB A;  3VEU A;  5J25 A;  1DW6 C;  1XN3 A;  5OYQ A;  5P1B A;  5P58 A;  4YCT A;  5OZN A;  5P10 A;  5P8J A;  1G0V A;  2UY0 A;  4Y3J A;  3NUO A;  2PMA A;  3TH9 A;  3QRV A;  3WZ8 A;  2O4S A;  5P11 A;  4L7G A;  4DJW A;  4HDB A;  4Y48 A;  5P2D A;  1D4Y A;  1SBG A;  5KR1 A;  5P40 A;  1BWA A;  1Q9P A;  5ER1 E;  2IL2 A;  4Y3X A;  1BDL A;  4YBF A;  4RLD A;  5P0O A;  3VLA A;  2AZC A;  4Y3P A;  3VYF A;  3SQF A;  4U7Q A;  5P6O A;  3OHF A;  4DI2 A;  4GJC A;  1ZBG A;  3H0B A;  3NSH A;  4TRW A;  5HU1 A;  4EQJ A;  4Y6M A;  5P3L A;  3OXV A;  5OZJ A;  2R38 A;  2R3T A;  5OZG A;  4Y4W A;  2P83 A;  4Q1Y A;  4LAP A;  2SAM A;  1W51 A;  5HE5 A;  4DH6 A;  2Q55 A;  1HVJ A;  1B5F A;  4ZSM A;  2AZB A;  2A4F A;  3TL9 A;  1K6C A;  3ZPS A;  4B78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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