1ZBHA

3'-end specific recognition of histone mrna stem-loop by 3'-exonuclease
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
DFSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMLKESNFADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDLMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPNCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
rcsb
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Homo sapiens
molecule keywords 5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*UP*UP*UP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*
total genus 87
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.720.30 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 SAP domain 1zbhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbhA02
3LALA 2Z1GA 4C8MA 3JSMA 1U4BA 5HBMA 5HRPA 4BE2A 3KLFA 1BHLA 2BDPA 3OS1A 2A1RA 1QS4A 4GW6A 4CHPA 3OYGA 4DSFA 3PX4A 3HP9A 4OLAA 3AVJA 2WOMA 3TANA 4LH4A 3OYFA 1EP4A 3NF9A 4DS4A 1SV5A 3HP6A 2X6NA 4N47A 4FLYA 2IGIA 4DQIA 2FBTA 3DRRA 3MECA 3JYTA 4KFBA 4CF9A 2FBYA 4W5RA 1HNIA 1Q9YA 5I42A 1TK0A 3AVFA 1NKCA 2VG6A 2VG7A 3OYLA 1ASUA 3AVMA 2AJQA 5SZTA 5DMRA 2IS3A 4RW4A 4M3TA 3ZSZA 3LDSA 1CXQA 4NCBA 3HT3A 3QEXA 2YNFA 2IC3A 2G8KA 3SUPA 2RKIA 4C8KA 2WQGA 4KV8A 4NYNA 1U45A 4M3WA 1SUQA 3VQPA 3C95A 3OYJA 1D5AA 1CLQA 2HVHA 5KI6A 4J2AA 1TK5A 4KB0A 3V6DA 1RILA 2DFHA 3O3FA 2HNYA 1EX4A 1HQEA 3OY9A 3UIQA 4F8RA 4KI4A 2F8TA 4CHYA 1HYSA 3LPTA 5CZ2A 3V9UA 4I2QA 3SPYA 1JLEA 3QEIA 4NYFA 4DS5A 1A5VA 2I5JA 3VQCA 4B3OA 5CYMA 1IKXA 4CJEA 3PV8A 4DSJA 1KVCA 1HPZA 3HPHA 1RBUA 4DF4A 1ZBHA 3QO9A 4CK3A 3TWHA 2VWJA 1BQNA 2O4IA 2X6SA 4C8LA 2YNGA 1KTQA 4OVLA 3ISNC 2Z1HA 4YFUA 4RW6A 3NH0A 1U04A 3NE6A 1WSJA 1WAJA 5C25A 1YT3A 1T03A 1ASWA 5J2MA 1NOZA 4PA1A 4UZWA 3T19A 4CHQA 4DSEA 3SQ4A 3CM6A 3ZSQA 4E1NA 1ZYQA 5CYQA 4CF0A 1BQMA 4FLZA 4O4GA 3B6PA 2B5JA 1KFDA 2F96A 4CF8A 1S9GA 4F3TA 3DOLA 4OPKA 3QLHA 3V9XA 3TAQA 3E01A 1ASVA 3MXMA 3K2PA 3P1GA 3SUOA 3SJJA 2KQ2A 4DTJA 2F8SA 1TL3A 1SL1A 3ZT0A 3HJFA 1Z26A 1QSYA 4FJLA 3LP1A 3RRHA 1B92A 3HXMA 4FZYA 3S3NA 4B9SA 3KD5E 2GUIA 4Q0BA 1D8YA 3C6UA 1RBSA 2G8UA 1S9EA 3OYEA 4AHTA 1CZBA 4L8RB 1RT4A 4CEFA 3MXIA 2YKMA 3K59A 5KRTA 2HNDA 3TAMA 5HRSA 3AO5A 1RT5A 1IO2A 2VWKA 4B9MA 1WN7A 4F4KA 2DY4A 1VRTA 3AVAA 4BDPA 4E89A 3L2WA 4FZXC 1HJRA 3H08A 3SYZA 1RBRA 4R5PA 2Y1IA 4OKKA 4E1MA 3LWMA 3RMBA 4B9UA 3IAYA 4PQUA 2E4LA 4IKFA 1FXXA 3OJSA 2YNHA 4CJVA 4CJ5A 1NKBA 5C42A 1WSEA 4IFYA 3NGIA 3NGYA 2G8IA 1S1TA 2XY6A 1RTDA 3RWUA 5C24A 4QAGA 3AVLA 3V81A 2OPRA 3O3HA 3DLRA 4CGHA 4OPJA 2JLEA 4K8ZA 4FJKA 3I8DA 3AVKA 1NK6A 4ID1A 4CGDA 3MAQA 1D9DA 2G8FA 3DLHA 4FJHA 2D5RA 3NBPA 1RBVA 3AA5X 3SI6A 1R0AA 3RRGA 1KFSA 4IDKA 3EZ5A 4PWDA 4W5OA 4DQQA 3OJUA 3SQ1A 3NH1A 4CJQA 3OYHA 3HM9A 4E7IA 1TGOA 2ATQA 3SQ2A 4KTQA 3VN5A 3TAPA 3VQ5A 2ETJA 2RNNA 3L2UA 1NK8A 4DG1A 1KCFA 1RDBA 1UAXA 1V66A 2KW9A 3BDPA 4E3SA 2KVDA 4JLHA 2G8VA 1YTAA 3V1OA 4M42A 1S6QA 1ZBLA 3IS9A 1J54A 1FKOA 3KKRA 3LP0A 4CEAA 4KRFA 1CZ9A 1SL0A 3PY8A 4RW7A 3TR8A 1XHXA 1JLBA 3QETA 4EZ9A 1JLAA 1L3SA 2HHXA 3HVTA 1T8EA 2Z1IA 4B8CA 4DSLA 2QKBA 4PY5A 3I0RA 4RG8A 3VQ7A 3DRPA 4BITA 1SKSA 1QQCA 3SQ0A 1CXUA 1GOBA 1YVUA 3AVIA 1NJXA 1BCOA 4FJ8A 1RBTA 3AVHA 2KFNA 2E6LA 4AHUA 1BIUA 1UA1A 3LPUA 2Q3SA 4K8XA 4NCAA 1UOCA 1S1WA 1VSKA 3IG1A 4Y1DA 1JJRA 4FLXA 4FZZA 3ZT4A 1A5XA 4G1QA 4CHNA 2JVWA 3HPGA 4CCHA 4Y1CA 1JKHA 2GV9A 3OS2A 1IKWA 3ZSYA 3THVA 4E0DA 4BACA 1TKTA 1XC9A 3SV3A 2G8WA 4FJJA 1JLGA 4LD0A 4N56A 4KAZA 4DMNA 5HLFA 3CG7A 3P83D 3K5LA 3TABA 4I9LA 4RW9A 4CFDA 3DMJA 4LY7A 1DTQA 2XHBA 4DSIA 1KVBA 1J9AA 1RTHA 3A2FA 4CHZA 4CF1A 2KZZA 3KLHA 4FJXA 4M41A 1VSJA 4IG0A 4OKEA 2BE2A 4IBNA 4H4MA 1LAVA 5J2QA 1C1AA 1L5UA 2NUBA 4E7HA 4DQRA 3IRXA 4DLGA 4DFKA 3V1QA 4KTZA 5J2PA 4J2EA 4E7JA 3M8PA 3VQ8A 3HO1A 3OYIA 3KIOA 1S1XA 1F21A 1JLCA 3ZSXA 1ITGA 4FJ5A 3OS0A 2HMIA 1TKZA 3NGZA 4QOZB 3AA2A 4FJIA 3DLKA 1IH7A 2XY7A 1NK4A 3U3GA 4DFPA 3V1RA 3CYMA 4AILC 3QEWA 2YKNA 4FCYA 1BI4B 4KO0A 3EY1A 5FROA 2KFZA 1BL3A 1TAQA 3C6TA 1C0MA 2B6AA 3SZ2A 2FBVA 4E7LA 3QNOA 1LV5A 4E7KA 3B6OA 1EETA 1KVAA 1ZBUA 1X9WA 3RR7A 4W5TA 5HROA 1KSPA 4FM1A 4WE1A 4FJMA 2P1JA 1G15A 3AV9A 4DTPA 3AVGA 4H4OA 4CGJA 5HRNA 1DLOA 1HYZA 1JXBA 3BGRA 4FW2A 3SUQA 3S3MA 2OZMA 4CEBA 3KK3A 4DU1A 2A1SA 4OGEA 1FK9A 3M8QA 2DFFA 3DRSA 3OVNA 1WLJA 4KHSA 3MEGA 3T1AA 2PZSA 2X74A 5FRNA 4AHRA 3NF8A 1QSLA 4CIFA 1RCHA 4FK0A 2KVUA 4EZ6A 3OYAA 1BIZA 4CGGA 2ZQBA 1X9SA 3RR8A 4DTUA 4M3YA 4B9LA 1VK0A 2GBZA 3MEEA 3ASMA 4J2BA 4Z4CA 4HUFA 4LSLA 1JL1A 1X9MA 4XIUA 4DWIA 1XHZA 4KB1A 1TL1A 2X78A 3DM2A 1VSIA 4CJKA 1WSFA 3D0PA 4OJRA 2ITGA 3LP2A 4LH5A 5KGXA 1KRPA 4W5NA 1BGXT 4UQGA 4MFBA 1W0HA 1ZBFA 4CERA 4BWJA 2HHUA 1RT1A 1TKDA 1QHTA 1HNVA 4FVMA 4DQSA 4DTRA 4AHSA 3M8SA 3U6FA 1NK7A 1GOCA 4I9QA 4CEDA 4FK2A 2YHBA 1S6PA 1TV6A 3F9KA 4AHVA 4CJSA 3L2VA 2XY5A 1VSEA 4C8NA 4ELVA 4GMJB 2OA8A 4Z4EA 1VRUA 2E6MA 4BWMA 3OYMA 4ZTFA 3KK2A 1N5YA 1L3VA 1S5JA 3HPOA 4ELUA 4M3UA 4Z4GA 1S1UA 3FFIA 4W5QA 1JL2A 4FJ9A 1RT6A 4M3RA 1HQUA 4DFMA 3HL8A 4AH9A 1HYVA 4CESA 3PX6A 1L3TA 4B8AB 4KTWA 3O4QA 2HVIA 4CF2A 3QERA 1KLNA 1JLQA 2DTUA 1RTIA 4MQ3A 4DU4A 3TAGA 1RDAA 3NHGA 2P51A 1U49A 1WSHA 5KGWA 3G0ZA 1LW0A 1Z25A 3PUFA 1RDDA 2RPIA 2OPPA 4Q5VA 3LWLA 4FJGA 4M3ZA 4QCLA 2HHQA 2IOCA 3ALYA 3SV4A 3SPZA 3AVCA 3QESA 1TAUA 5D3GA 4CJTA 3QNNA 4N41A 2EHGA 3CFPA 3S3OA 4HHTA 3AO2A 1C1BA 3CM5A 3ZT1A 1RNHA 3P5JA 3EYZA 4JS4A 3S9HA 2Z1JA 1C1CA 1UWBA 1W9HA 2D0BA 4FJ7A 4CE9A 2KTQA 3AVBA 4BDYA 2O4GA 1RDCA 1H1JS 3V9ZA 3L8BA 4DU3A 3NFAA 2PYJA 4KHNA 4KHUA 4Z0UA 1A5WA 4DFJA 2WONA 3QINA 3ZT2A 3AO3A 3C94A 1C6VA 3D45A 4CGIA 1SKRA 1QTMA 2OZSA 2QK9A 1NK5A 3ZCMA 4CJRA 3TAFA 2OPQA 5DK5A 4JRPA 3I0SA 5SWMA 1DTTA 1U48A 3VQQA 4HVJA 3AA3A 3RMCA 4FLVA 4F2RA 4FK4A 1KLMA 3F73A 3WNEA 4CFBA 1RT2A 4E19A 5I3UA 1LWFA 5CZ1A 3KLEA 4O44A 1Q9XA 2KZMA 4CGFA 3DOKA 4NCGA 4BE1A 1LW2A 3VQ4A 4CJUA 4O55A 1TK8A 1BCMA 1REVA 4DF8A 4B9TA 1QSSA 4KHYA 4Z4HA 4RW8A 4CJWA 4CJPA 3SNNA 4F2SA 1VSLA 3AO1A 2FC0A 4AHCA 3NAEA 1GOAA 3RMDA 4JRQA 2IAJA 4JS5A 3VQEA 1L3UA 1RT3A 4CIGA 4FM0A 2KW4A 3V9WA 3KLIA 2RNOA 2HB5A 4GVMA 1UA0A 1ZBIA 2HHTA 2ZE2A 4FLWA 3OYNA 4IFVA 3RMAA 4KI6A 3LZJA 3VA3A 1I39A 2RF2A 4HUEA 3DLBA 3K5NA 2LSNA 2QKKA 2BGGA 3K58A 4B08A 1LAWA 5J1EA 1NK9A 1WSGA 3QEVA 2D0AA 3L3VA 2IDOA 4O5BA 2B4JA 4H8KA 1NK0A 4Z4FA 1S1VA 4FLUA 4IG3A 3CFOA 3O4NA 4J2DA 3OYDA 4CEQA 2R7YA 1B9DA 1VSHA 4DTXA 4TSXA 2XY8A 3U3YA 3T3FA 4B9NA 4OKJA 4PUOA 1LWEA 2JGUA 2QXFA 1K6YA 4ICLA 3HVRA 4Z4IA 3NH2A 1HRHA 4OGCA 2XRIA 2HHSA 1J5OA 1B9FA 1Y97A 2RN2A 3VQAA 4CJFA 4CFAA 2HHVA 3ZT3A 2XO7A 4HCBA 5J2NA 2YNIA 4O0JA 1VSFA 3WNGA 3DI6A 4FW1A 1IG9A 1I3AA 4FYDA 3NF6A 3OYBA 3VQDA 3ZSRA 3RTVA 5HP1A 3KJVA 1RT7A 1C0TA 1EKEA 4FLTA 4DLEA 3V4IA 3AA4A 4HTUA 2PY5A 3ULDA 1N6QA 4M3XA 4EP4A 4F3OA 3SUNA 1JLFA 5K14A 5FDLA 4ZHRA 3KK1A 3VA0A 3K5OA 2P5OA 3V9SA 4ZTJA 4B9VA 3DYAA 3VQBA 3QIPA 2BANA 3L2QA 3NCIA 4HUGA 3ZSOA 5HRRA 3K57A 1XI1A 1TVRA 3KKSA 3NF7A 4CEEA 4KREA 3HYFA 3LANA 3LP3A 3WNFA 2P5GA 2HNZA 4ELTA 3AVNA 4CIEA 4EP5A 2W42A 3K5MA 4KHWA 2Y1JA 1VSDA 3DLEA 5EU7A 1BISA 3TAEA 1SKWA 4CJ4A 3CFRA 1WNSA 3NDKA 1YTUA 4N5SA 4CK2A 4KPYA 4FJNA 4DQPA 4HCCA 2HHWA 5KTQA 4CFCA 1LWCA 3TARA 2FBXA 5T7BA 3OYKA 3ZSVA 1C0UA 4CEOA 1T05A 4DTMA 3M8RA 1U47A 4M45A 1VSMA 4O0IA 3L3UA 3OYCA 3QEPA 4BDZA 3LAMA 3MXJA 4BE0A 5CY4A 2KVEA 1JEQA 1XWLA 2G8HA 3LAKA 3SCXA 4CEZA 3VQ6A 1NJYA 4N76A 4CHOA 5JS2A 1TKXA 4FM2A 4LSNA 1T7PA 3KTQA 3PO5A 1EXQA 2OYQA 4C8OA 3KD1E 2DFEA 3MEDA 4CJLA 4DSKA 3ZSWA 3DLGA 1BI4A 2YHAA 5KRSA 5E41A 4KHQA 4CJ3A 3QIOA 1IKYA 1NKEA 1WSIA 4YNQA 3O3GA 3KLGA 4OLBA 3HK2A 4FXDA 3ITHA 4ID5A 4CK1A 2D0CA 1J53A 4DTNA 1IKVA 2ZD1A 1SL2A 1Q8IA 4CECA 1MU2A 5FRMA 2YV0X 3LZIA 1HMVA 4I7FA 3WNHA 1JXEA 4I2PA 3VQ9A 3CQ8A 2PYLA 1WAFA 1D9FA 2HW3A 1RTJA 3L2RA 2VG5A 3TI0A 1X1PA 3HSTB 1NJZA 4DTOA 3PO4A 2OPSA 3AO4A 2EX3A 1NOYA 1NJWA 1O1WA 5JS1A 1QE1A 4DTSA 3PX0A 3G10A 1FKPA 4KKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LALA 3JSMA 2D1KA 1Z6RA 1SQKA 3J7YP 3OYGA 3AVJA 2WOMA 4DS4A 3NF9A 3FFKB 2IGIA 4JK8A 1OVQA 3BF1A 4W5RA 4BQZA 3CHWA 3IKMA 2I7PA 5I42A 4WQ5A 4GKKK 5DMRA 1WBBA 2QA4N 4NCBA 4KBOA 3MWPA 2RKIA 1U6ZA 4I6MA 3CCEN 5KI6A 4J2AA 5C10A 1TK5A 3CD6N 3M5RA 2HNYA 1EX4A 3OY9A 5JLFA 2HBKA 4LF6K 3QEIA 4NYFA 2Q97A 3F2KA 3O9RA 5CYMA 3PV8A 3P31A 3Q7BA 1HPZA 4DF4A 2O4IA 2VWJA 1BQNA 2X6SA 3CCVN 4C8LA 4JNEA 4OVLA 4DV7K 3CC4N 1U04A 1WAJA 1ASWA 1NOZA 4OPHA 5AQUA 4PA1A 3T19A 4CHQA 1ZYQA 3CM6A 4JI8K 4JKDA 2W51A 3CCRN 1OH8A 4OPKA 3TAQA 4GVEA 3P1GA 3KWGA 5M1QA 4DTJA 5CHIA 3FLCO 2F8SA 2A41A 2BUPA 4WYBA 4FZYA 5LJWA 2GUIA 1D8YA 3MK6A 3A5OC 4B1YB 1S9EA 1RT4A 4CEFA 5H1SQ 1NMNA 2YKMA 3K59A 2O8BB 1RT5A 1IO2A 5AR0A 3WXIA 4B9MA 3NMUA 3D2FA 4B1ZA 4YOTA 3RMBA 4E1MA 4YOXA 3OJSA 4CJVA 5AQZA 1NKBA 1OKJA 1QHAA 2XY6A 2WUSA 3RWUA 1HUXA 1D4XA 3AVLA 2OPRA 4BR7A 3I8DA 3AVKA 1NK6A 4ID1A 4BRPA 1D9DA 4B1XB 4FJHA 2D5RA 5FPEA 3AA5X 4H0VB 3RRGA 4NO7A 4PWDA 4DQQA 3C6HA 4BROA 3ZEUA 1JCGA 2VWBA 3TAPA 1NK8A 3L2UA 3SMPA 1KCFA 2QXLA 1V66A 2D4WA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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