1ZBLA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d192n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zblA00
1KCFA 3OYNA 4FLXA 3NGYA 1R0AA 1F21A 1WSFA 4CJUA 3K5LA 3U6FA 1BL3A 3QO9A 4I9QA 4KHNA 4M42A 1BIZA 4CJFA 1RTJA 1RBRA 3KIOA 1CXQA 2NUBA 1RT5A 3ITHA 4OKKA 1HYSA 3DLHA 1Q8IA 4H4OA 3KLEA 3NDKA 1KFSA 2JLEA 1D8YA 1KVCA 3NF8A 1NOZA 2XHBA 1VSIA 3PX0A 1T8EA 4AHCA 3EY1A 3MAQA 4FZZA 3AA3A 4GVMA 2G8UA 2WONA 4CJWA 3HO1A 4CJSA 1JLAA 3AVKA 1HQUA 5CZ2A 2OA8A 1HQEA 3NH2A 1BCMA 3U3YA 3V9WA 3LPUA 1J9AA 1S1VA 2FBYA 4FJXA 1RBUA 4KV8A 1EX4A 4B08A 4DTMA 1T05A 3DLRA 4CEDA 3SUOA 3NF6A 4CESA 2HW3A 1DTTA 1JLCA 3DRRA 3S9HA 2Z1JA 1D9FA 1HRHA 1EP4A 4RW9A 3NHGA 2BE2A 3RR8A 3KD5E 1TL1A 4CGGA 4FJJA 3MEEA 3TAFA 1VSJA 3L2WA 5KGXA 4CE9A 4CHZA 1HMVA 4CK3A 2OPSA 3SV4A 2PY5A 3AA2A 3AVCA 1NK4A 1VSKA 4BE1A 1QQCA 1X1PA 3ISNC 4DSJA 4CFBA 1GOAA 3PO4A 3PO5A 3MXIA 3TAQA 3AVJA 4CF2A 1FK9A 3DI6A 1IKVA 3SUNA 3RWUA 1I39A 2B6AA 3OVNA 4BWJA 4E7JA 3VQ7A 3WNFA 4RG8A 3LP1A 1NK9A 3K5NA 4R5PA 3AVHA 3VN5A 3F9KA 4N76A 3I0SA 1RT2A 2FBXA 1N5YA 3TAMA 3SCXA 2G8WA 2X74A 5FDLA 4PQUA 1T7PA 1RT6A 3AO5A 1IO2A 2YNIA 4GMJB 3T19A 3D45A 1LAVA 3DLBA 4M3RA 3TR8A 3KLHA 2YKMA 3M8SA 4B3OA 1VSLA 2KW4A 3V1RA 4QOZB 3AVLA 2AJQA 2KFNA 3TI0A 2EHGA 3ZT1A 4DSLA 3HP6A 5HRNA 3KKRA 3NF9A 4DSEA 3O4QA 4KB0A 3IG1A 4K8XA 2HHWA 3QNOA 3V6DA 2YNGA 4DQSA 3QEVA 1WSIA 2VG6A 4KI6A 1RT1A 2O4IA 2HNDA 1MU2A 1ZBUA 3QEXA 2X6SA 1ASVA 4BDPA 2Z1GA 4HUGA 1QE1A 3TABA 3P83D 3PX6A 4O5BA 2XY6A 1X9MA 1GOBA 4CGFA 3KD1E 3PV8A 1U45A 3B6PA 1FKPA 2XY8A 3CQ8A 1RILA 3G0ZA 3QERA 2A1RA 3LZIA 3I0RA 1S1WA 1REVA 4CEQA 5C24A 2FBVA 1UA1A 2P1JA 5K14A 3OYFA 3P5JA 4DQQA 2ATQA 2F8TA 3AVNA 1O1WA 3OYCA 3D0PA 2BGGA 1NKBA 4W5NA 5HRPA 5EU7A 2HMIA 4B9MA 4CEBA 3HK2A 3HPHA 4CF8A 3V9SA 3L2VA 1YTAA 1NJXA 4AH9A 1RBSA 3L2QA 4LD0A 4XIUA 4DSFA 5HP1A 2PYLA 1TV6A 3NGZA 1NK0A 1QSSA 3QIPA 2QKBA 1I3AA 2VG7A 1Y97A 4FLWA 1QTMA 4CERA 2F8SA 4OLBA 4ICLA 2HHQA 4DF8A 4CFCA 3AVBA 3EYZA 4CEEA 5J2NA 2W42A 3RR7A 4E1MA 2E4LA 1LW2A 2DFEA 3C6UA 4FJKA 4W5RA 3OYHA 2RPIA 1U47A 3QETA 4BE2A 4ELTA 4OGEA 1C1AA 1YVUA 4CHNA 1RDAA 4C8NA 4CJPA 3L8BA 1NK6A 3SQ1A 1DTQA 4FZYA 2LSNA 1WNSA 3AA5X 1WSGA 4E1NA 1WSHA 2VWJA 3LZJA 1WN7A 4DFKA 1LWCA 4J2BA 4C8KA 4IG0A 4CK1A 4CF9A 2HNYA 4RW4A 4B8AB 2YHBA 4RW6A 4CJRA 5HRRA 1ZYQA 4BDZA 4Z4FA 4DF4A 3KTQA 2KQ2A 1XC9A 2RF2A 3MEGA 2RKIA 4CJ4A 4CFDA 4F2SA 1BGXT 4FM2A 4C8MA 2PZSA 4YFUA 1RDCA 1TGOA 4AILC 3AVIA 1IKWA 1U49A 1NKCA 1BQMA 4Z0UA 4DU3A 1TKDA 5CY4A 4DTUA 2GUIA 4IDKA 2I5JA 2OPPA 2ZD1A 4DFMA 1GOCA 2E6MA 1W0HA 3JSMA 4E7LA 2Y1IA 3EZ5A 4IKFA 4DMNA 3TARA 1XI1A 3C95A 3QEPA 1VSFA 4JS5A 4M3UA 2HVHA 4HCCA 3DYAA 1IH7A 2HHTA 1VSHA 1NK5A 4ID1A 4ELUA 4EP4A 4M41A 4N41A 4PUOA 4HTUA 4M45A 1C0UA 1KVBA 3RMDA 3SQ0A 3AO4A 4OKJA 1IG9A 1QSYA 2QXFA 2X6NA 1QS4A 4BDYA 1VSMA 1S1TA 3SZ2A 3VQ5A 3TAEA 4OKEA 3UIQA 3ASMA 3OYGA 3OJSA 4PY5A 1RDDA 4ID5A 1L3UA 4KHQA 3ZSVA 4FM0A 2YV0X 4FLYA 1WAFA 4Q0BA 3A2FA 2OPQA 4CJ5A 4FJMA 1S1XA 1CZ9A 2GBZA 2YKNA 4DLEA 4FVMA 3ZT4A 5DMRA 3KLFA 4CCHA 2DY4A 3OYMA 2P51A 1JLBA 4LY7A 1YT3A 4FYDA 5I3UA 1FKOA 1ZBIA 1NJYA 3M8PA 3WNGA 3KK1A 5T7BA 2XY5A 3PX4A 3HL8A 5FROA 3V4IA 3SV3A 1L3VA 1CXUA 3ZSWA 1TK8A 2G8KA 2ZQBA 4DSIA 4KHUA 1K6YA 3ZT0A 4CIEA 4QCLA 3DLKA 4EZ9A 2O4GA 3O3FA 1KFDA 3V81A 1Q9XA 4KREA 4M3YA 3LDSA 2ZE2A 5JS2A 4BACA 3SYZA 4HUFA 1NJWA 1YTUA 4CF1A 2KFZA 1VSEA 4UQGA 3AO3A 4E3SA 2OPRA 4F3TA 1S9GA 4O0IA 3HT3A 4DS5A 1TAQA 4G1QA 2B5JA 1LWEA 1SL0A 4FJ8A 3HXMA 4FLUA 1NOYA 3QEIA 3OYDA 2ITGA 1C6VA 4O4GA 1VK0A 1CLQA 1W9HA 1EXQA 3CFOA 4CJTA 5KRTA 4OJRA 1ZBFA 4FJ7A 2YNFA 1L3SA 2DTUA 3CM6A 4B9VA 3CFRA 1BQNA 3LPTA 4CEOA 3RTVA 4LH4A 4CJLA 2XO7A 2P5GA 3NH1A 1Q9YA 3LP0A 4DG1A 3K2PA 2IGIA 3SQ4A 4N56A 3VQ4A 3ZSRA 1D5AA 5CYMA 1SL1A 1DLOA 4NCBA 2KZMA 3OJUA 1KLMA 3VQBA 1J54A 4Y1CA 3LANA 3OYEA 1VRUA 4AHVA 4FLVA 4FK0A 3O4NA 4HHTA 4Z4GA 4BWMA 5KI6A 1HYZA 1LV5A 1RTHA 1XHZA 4KFBA 4AHTA 3MECA 3MEDA 1RBVA 3OS0A 3QESA 4HUEA 1KSPA 1ITGA 4N47A 5KRSA 3NAEA 3K5OA 2IOCA 4KPYA 4E7HA 3NGIA 2VG5A 3AVFA 3F73A 4FLTA 1X9SA 1WAJA 1IKXA 3DOLA 3V1OA 3VQ8A 4KI4A 4CJ3A 4B9LA 1U48A 4TSXA 3SNNA 3HP9A 1CZBA 4W5QA 4KB1A 1C0MA 3VA3A 1L5UA 4DFJA 1BI4B 3RRHA 1ASUA 5CYQA 4M3ZA 4DTJA 1TK5A 3BDPA 1RTIA 3RRGA 3AA4A 4GW6A 5HBMA 3JYTA 4Z4IA 4I2QA 1S6QA 3KK2A 3L3VA 1KLNA 3E01A 4FJ5A 1TAUA 4DLGA 4F4KA 1WSEA 4I9LA 4AHUA 3VQ6A 1Z26A 3HSTB 3LAMA 1NKEA 4DTOA 1SKRA 4FJHA 3VQQA 4CJEA 2X78A 3M8RA 3S3MA 1JXBA 3AVGA 1BI4A 1JL2A 3MXJA 3P1GA 4Q5VA 2IDOA 4E7KA 2Y1JA 2Q3SA 1BIUA 2IAJA 3L3UA 3LP3A 4H4MA 2G8HA 4CGIA 1NK8A 1J53A 4FCYA 5HROA 4RW8A 3KJVA 3RMCA 2WOMA 4CGJA 2G8FA 4IBNA 1EETA 2YHAA 3TAPA 2A1SA 3KLGA 1S1UA 4ZHRA 4M3XA 1UAXA 4M3TA 4F3OA 4EZ6A 3O3GA 3HJFA 2D5RA 1JL1A 3VQPA 2OYQA 2DFHA 3V1QA 3KK3A 4ELVA 5C25A 3MXMA 1L3TA 3ZSYA 2G8VA 3VQ9A 4KTQA 5FRNA 3WNEA 4JRQA 4W5TA 1RCHA 3ZSQA 1IKYA 4E7IA 1BHLA 1VSDA 1SV5A 1XWLA 4KAZA 5KGWA 4KTZA 5E41A 3AO1A 4KO0A 1RT7A 4CHOA 3L2UA 1ZBHA 4HCBA 2OZMA 4MQ3A 4FZXC 4K8ZA 4FJLA 1WSJA 4KTWA 3QEWA 3ZSZA 3CYMA 4DS4A 1JLQA 4DQRA 2RN2A 1UA0A 1TVRA 3ALYA 3HVRA 2PYJA 4Z4EA 4FW2A 1Z25A 1HJRA 2ETJA 3OYAA 1U4BA 3OS2A 4FJGA 4JRPA 2BDPA 3OY9A 2HHVA 3SUPA 4KHYA 2D0CA 4H8KA 4IFVA 4W5OA 5FRMA 3TAGA 1ASWA 2BANA 3CG7A 3DLGA 5SWMA 3QIOA 1BCOA 4DWIA 1N6QA 3DM2A 2YNHA 1U04A 3QLHA 3T1AA 3LWLA 4HVJA 1NJZA 2XY7A 4KKOA 1HNIA 4FK2A 2DFFA 3C6TA 4E0DA 1A5XA 4B9SA 5DK5A 1JLFA 3NE6A 4NYNA 3AVAA 4J2DA 4I2PA 3RMBA 1FXXA 2HHUA 1TKZA 2JGUA 4LH5A 4Z4HA 4CGHA 3LP2A 4DQIA 3ZT3A 5J1EA 3G10A 4DTXA 4CGDA 4YNQA 2R7YA 4C8OA 3ZT2A 4I7FA 3IS9A 4CEAA 4FJ9A 1NK7A 1VRTA 1B9FA 3WNHA 2F96A 3RMAA 1HYVA 1RBTA 3V9ZA 4L8RB 4ZTJA 1B92A 4FK4A 1RT4A 3KKSA 4CFAA 1J5OA 3HPGA 4CJQA 3CFPA 3VQDA 2IC3A 1EKEA 3NFAA 4CHYA 3NCIA 3SI6A 4B9NA 4B9TA 3T3FA 4PA1A 5HLFA 4AHSA 1HPZA 3AO2A 2G8IA 2HHSA 4J2AA 1TL3A 1B9DA 4DTSA 2FBTA 4DTNA 3PY8A 3ZSOA 4C8LA 3PUFA 3OYBA 1C1BA 3C94A 3QINA 3OYJA 3DMJA 2XRIA 3TWHA 4F2RA 4FXDA 1JKHA 5CZ1A 1RDBA 3B6OA 4IG3A 1BISA 3FFIA 4IFYA 4CHPA 5SZTA 4FLZA 4MFBA 3HPOA 3DOKA 3OYLA 1KVAA 4CJKA 4DU4A 3HVTA 5J2PA 1A5WA 1TKXA 2D0BA 4JLHA 4Y1DA 4CIFA 4DTRA 1ZBLA 4O44A 3SPZA 4OLAA 3TANA 1C1CA 4KRFA 3ZCMA 4OPJA 1LAWA 1TKTA 3DRSA 3QNNA 4B9UA 5JS1A 3NF7A 3H08A 1T03A 1RTDA 4RW7A 4O55A 4FM1A 1HNVA 4ZTFA 3SQ2A 3K58A 1X9WA 4FW1A 1KRPA 2GV9A 3AV9A 3DLEA 4N5SA 4BE0A 4DTPA 3SJJA 2QKKA 3OYIA 2EX3A 4DU1A 3VQAA 1SL2A 3LALA 1D9DA 2QK9A 3V9XA 4CEZA 3K57A 3K5MA 3S3OA 5D3GA 3ZSXA 4PWDA 4O0JA 5C42A 1QSLA 4DQPA 3LWMA 4DFPA 3VQCA 3L2RA 4NCGA 3HYFA 3DRPA 3K59A 2P5OA 5KTQA 2KTQA 2B4JA 4CF0A 3O3HA 4FJIA 4LSLA 1JXEA 1RT3A 1JLEA 3LAKA 3AVMA 3THVA 4J2EA 5J2MA 3S3NA 4F8RA 4OVLA 4EP5A 4E89A 3SUQA 5I42A 4JS4A 3KLIA 4OGCA 1C0TA 4WE1A 3U3GA 4E19A 4DSKA 4FJNA 1SUQA 2HNZA 4NYFA 2IS3A 4CJVA 1LWFA 1S6PA 2OZSA 3M8QA 4AHRA 2HB5A 2Z1HA 5HRSA 2VWKA 2Z1IA 1LW0A 3OS1A 4CEFA 1S5JA 1KTQA 2FC0A 4CK2A 3VQEA 3HM9A 4KHWA 2KZZA 3NBPA 4QAGA 1UWBA 4CECA 1XHXA 4NCAA 4M3WA 1JLGA 3OYKA 4Z4CA 1G15A 3V9UA 1SKSA 4CHQA 5J2QA 4CIGA 3I8DA 1A5VA 4LSNA 3BGRA 4OPKA 4KHSA 3IAYA 2D0AA 3NH0A 3ULDA 1TK0A 1SKWA 3CM5A 1S9EA 2HVIA 1QHTA 3VA0A 4B8CA 2HHXA 2E6LA 1RNHA 3SPYA 1WLJA 1UOCA 3IRXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QQMA 3NGYA 4CJUA 3K5LA 1BL3A 2GUPA 3MX2A 4M42A 3NMUA 1TUYA 4BRHA 3NDKA 1D8YA 4IOXA 2P9SB 4NB4A 3PX0A 3MAQA 3AA3A 4GVMA 1HLUA 4CJSA 1MA9B 3AVKA 4MDBA 4FVUA 1HQUA 5CZ2A 2OA8A 3U3YA 1BCMA 2E88A 3LPUA 2P9LB 1S1VA 2HBLA 4H5RA 4Y0WA 4DTMA 3BP8A 4CEDA 3W3DA 2QWQA 4IZ9A 1DTTA 1IJJA 2BE2A 3RR8A 4CGGA 3TAFA 4BRPA 1HMVA 3SV4A 4H0YB 4IO9L 2NRRA 1NK4A 4G9ZA 1VSKA 4B1XB 3ISNC 2VQFK 3VF6A 1D4XA 1P90A 3OVNA 5KPZA 2P9PA 4LFAK 4OO1J 1MDUB 3AVHA 3VN5A 3O80A 3SCXA 1HPMA 5FDLA 4PQUA 3CCLN 1RT6A 4ISEA 3AO5A 4DR2K 1ATSA 2YNIA 3T19A 1E4FT 3DLBA 1VSLA 3O9SA 3AVLA 2AJQA 2KFNA 2EHGA 3W0LA 3ZT1A 5HRNA 3KKRA 3NF9A 4KB0A 1ZC6A 2NRVA 1HKBA 1OVQA 2VG6A 1NGCA 2F7TA 3QEXA 2X6SA 1QE1A 4JK9A 5AQUA 4O5BA 3PX6A 3KWIA 3E1YA 3UKRB 1X9MA 3CJ1A 3B6PA 2VWBA 2QA4N 1UA1A 2A5XA 5K14A 4PHTX 4IFEA 3EN9A 1YI2N 2ATQA 3C65A 4JV5K 3AVNA 3OYCA 3D0PA 3G6EN 4B9MA 4CEBA 3HK2A 1YVNA 1YTAA 2Q36A 3L2QA 4LD0A 2OTJN 4IDHA 2PYLA 3MX5A 3LL3A 3QIPA 2F8SA 4ICLA 2HHQA 3EYZA 5J2NA 2W42A 2CGJA 4NXNK 5M1FA 4OGEA 1RDAA 1NK6A 2F4VK 3IUCA 4FZYA 2ZGZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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