1ZBLA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d192n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
b'EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/rna/dna
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zblA00
4JS5A 4FJ9A 1NJXA 5JS2A 2BDPA 5KTQA 3S3OA 4Y1CA 5FRMA 4J2AA 3TAMA 1TAUA 1WAJA 4DQSA 1NK4A 4ELTA 4W5QA 4KHWA 1U45A 3SV4A 4W5TA 3NF8A 1KVBA 2NUBA 3QO9A 3TAGA 3C95A 2G8HA 3PO4A 4Z4EA 4FYDA 3SUPA 1MU2A 4QAGA 3F73A 4M3ZA 3AVIA 1TKZA 4DQIA 3KJVA 4FLUA 3EY1A 2HVIA 4HHTA 1RT5A 4CJTA 1RTIA 3HPOA 3V9UA 2JGUA 1BIUA 1TK5A 1JLEA 2OA8A 4FZZA 2B6AA 4B9MA 3NAEA 4OJRA 1Q8IA 3U6FA 4CEFA 1RTDA 3ZSXA 2X6SA 2F96A 3AVAA 1JLBA 3AO1A 1HYVA 3RRHA 2PZSA 2OZMA 1LAVA 4FLZA 4M3TA 4Z4GA 4TSXA 1KSPA 3VQ7A 4LY7A 2IS3A 1IO2A 2D0AA 2ITGA 3SPZA 4B9SA 1KLMA 4DQQA 4B9VA 1WSEA 3OS2A 1LWFA 1IKWA 3QETA 1D9FA 4CJRA 3OYMA 1CXQA 1J5OA 3V1QA 2JLEA 4CJ3A 4H4MA 3RMCA 2G8UA 1YT3A 4HUGA 3KLEA 5J1EA 4AHUA 3IRXA 5CYQA 3VQ8A 3ZSQA 1KVCA 3CFPA 4W5NA 4GVMA 4YFUA 2R7YA 1QQCA 2VG6A 4DTPA 2GBZA 4KFBA 4CGIA 2HHVA 1TK8A 3SI6A 3OYDA 1XHZA 3ZSYA 4AHVA 3NHGA 1QSLA 2RPIA 3K59A 1O1WA 3L2WA 3VA3A 4CEZA 2XRIA 3HVRA 4NYFA 4CJEA 1QHTA 1HYZA 3SUNA 4F3OA 3WNGA 4IBNA 3DLKA 3IG1A 4CJKA 4R5PA 4IFVA 5CZ2A 1WN7A 5J2PA 1IG9A 3AVMA 3O3GA 3MXMA 3S3MA 2D0BA 1U47A 1RILA 1JLFA 4JS4A 4CFCA 1QSYA 3G0ZA 3RTVA 4KTQA 4E89A 3QEXA 1U49A 3TANA 4HVJA 4DTNA 5HRSA 4Q5VA 4DFPA 3L3VA 3RWUA 4E7JA 2W42A 1KLNA 1NJYA 5K14A 3B6OA 2VG7A 4M42A 2G8IA 1L3UA 5J2MA 1JXEA 4ZTFA 5HRRA 3ZSRA 4CJUA 1RT6A 3CFOA 3OJUA 5CYMA 1SL2A 3DM2A 3TAFA 4NCGA 3K2PA 4BDYA 3CM5A 3TI0A 1I39A 5KRTA 4FCYA 4KI6A 2YV0X 1VSKA 3OVNA 3TARA 1NK8A 1BL3A 2QKBA 4M3XA 4I9LA 3TWHA 1SKSA 4MQ3A 3HXMA 4EP5A 3AA5X 1HQUA 1QS4A 3LANA 1D8YA 4K8ZA 1U48A 1LW0A 5E41A 1REVA 3QIPA 2OZSA 4HUFA 5KGWA 2VG5A 1RNHA 3VQAA 4E7KA 3MXIA 3ZT4A 5D3GA 3QNNA 3V4IA 4DMNA 3THVA 4CHPA 5CZ1A 3SCXA 3NGYA 2FC0A 1SV5A 2RF2A 4FW1A 4IDKA 3OYFA 2G8FA 4NCAA 1G15A 3EZ5A 3TAEA 1WSHA 2YHAA 1T7PA 2KZZA 5C42A 3SPYA 2G8WA 3LAMA 5HBMA 4DSEA 3VA0A 3QIOA 3C6UA 3DMJA 4CJWA 3NCIA 3RRGA 4HTUA 4PQUA 1RBUA 3L2RA 1KVAA 3MEGA 1DLOA 1S5JA 1VSIA 3AO4A 5DMRA 4J2BA 4CHQA 4FJMA 4CK1A 4DSIA 2PYJA 2Z1GA 3AV9A 2P5OA 3QINA 3WNHA 4CJLA 4FJHA 3AA3A 4OGCA 3PUFA 3LP2A 3DLRA 4CHYA 2DFHA 1C1CA 4XIUA 3KLFA 4FLXA 3L8BA 3VQBA 1TL3A 1W9HA 4FJ7A 1TAQA 3DI6A 4FK2A 2HHSA 4FM1A 4N5SA 1EP4A 4E3SA 4CJ4A 3AA4A 4Z0UA 4KTWA 2XY7A 1IKVA 1JL1A 1HQEA 2E6MA 1NK5A 4RW8A 5CY4A 3T1AA 2HB5A 4E19A 3V9WA 4DTXA 3QEPA 4LSNA 4EP4A 3MXJA 4CFDA 1HJRA 3AVNA 1YVUA 4W5RA 4BDZA 3QERA 3UIQA 3M8PA 3QEVA 1UA0A 1WSIA 1RT4A 4DSLA 3VQ5A 3SQ2A 3HK2A 4FXDA 4DTUA 1R0AA 2HHUA 4DTMA 3BDPA 2QK9A 3KIOA 5SZTA 2AJQA 1RCHA 1A5VA 1XWLA 3LZJA 2HHXA 1RDAA 1JXBA 4IFYA 3U3YA 1RTJA 4OLAA 2FBTA 4RW9A 3C6TA 3VQEA 5HLFA 4CEOA 4CK2A 2RKIA 3KK3A 1NOYA 3OYHA 4O44A 4KB1A 2O4GA 1S1XA 2YNHA 3KLHA 3TAPA 4AHCA 4BE2A 2A1RA 3ULDA 3CG7A 4ELUA 1JL2A 4H4OA 3KTQA 4B9LA 3KD5E 4FK0A 1QTMA 4Z4HA 4O0JA 4BE0A 3SNNA 3ALYA 3DLHA 1RBRA 4RW7A 1Q9YA 2IC3A 2RN2A 4N76A 4OPKA 3OY9A 1RTHA 1EKEA 3AO5A 2E4LA 1ITGA 3D45A 1SUQA 3DLEA 3VQ6A 4CEAA 4CJSA 3O3FA 4KAZA 4FZXC 4E1NA 4CHZA 1SL0A 4DSJA 2HNYA 2Z1HA 4KREA 5HRPA 2WONA 1HYSA 3I0RA 3LALA 3O4QA 4DLGA 4AH9A 3MAQA 4DTJA 3SUQA 1NK0A 3L3UA 4CHNA 4C8LA 4DFJA 4LH4A 3NH0A 2G8VA 1BIZA 1VSEA 1VSHA 2EX3A 2Y1JA 1QE1A 3IS9A 3DOKA 3OYLA 1C6VA 3EYZA 3ZSZA 4CCHA 3HPGA 1CZBA 1GOCA 4RG8A 1ZBHA 4PA1A 4KHQA 2FBYA 4LH5A 1KTQA 1DTQA 1BISA 1FXXA 3T19A 4CEQA 2HHQA 3HO1A 4CJVA 2Q3SA 3KLGA 3AVGA 3HP9A 4E7LA 1S1UA 1N6QA 1ZBFA 4E7IA 1TK0A 3CYMA 5FRNA 1NJZA 3VN5A 1NKEA 2E6LA 2KFNA 3DRPA 2Z1JA 3QNOA 4CGDA 5HRNA 3OYAA 3S9HA 4B9NA 1KRPA 1RT7A 2KQ2A 3OYEA 3ZT3A 1BGXT 4L8RB 3LP0A 3L2QA 4JRPA 3T3FA 3HYFA 2ATQA 3QESA 4Q0BA 2KW4A 3LPUA 3NGIA 3TR8A 3HP6A 2ETJA 4KB0A 4DWIA 4FLTA 2I5JA 4DTRA 3MECA 5FROA 4YNQA 3NH2A 1BI4B 4FJ5A 3F9KA 2FBXA 3AVCA 4C8NA 3LWLA 1X9MA 3K5MA 4RW6A 1BQMA 3D0PA 4DU1A 1VRUA 3CM6A 4CERA 4DFKA 2YNIA 4CGHA 3LAKA 3OYBA 1X9SA 2LSNA 4FJKA 4DS5A 4IG0A 4C8MA 4DSFA 1RT1A 1LV5A 3SZ2A 5I3UA 4NCBA 3RMDA 5KGXA 3AVHA 3PX4A 3OS0A 3L2VA 1NKBA 1NK6A 1JLAA 4FLYA 4KI4A 1RT3A 1XI1A 4DG1A 4B8AB 1T03A 4BE1A 4CK3A 3VQCA 4ID5A 2EHGA 3KK2A 4F2SA 4CF1A 4AHRA 3ZT1A 1RT2A 4KRFA 2IDOA 3NF7A 4B08A 1C1AA 3K5NA 4DLEA 3V1RA 4IKFA 2WOMA 2XO7A 1XHXA 1YTUA 1EETA 4DS4A 1A5XA 4ELVA 4FJNA 3NF6A 4CE9A 3AVFA 4LD0A 5I42A 1EXQA 1JLQA 3DOLA 3RR7A 4B9TA 4CFBA 1TL1A 2Z1IA 2BGGA 1JKHA 4MFBA 4CIFA 1VSLA 3HJFA 2XHBA 3NF9A 1C0TA 4KHNA 3DYAA 3HVTA 4CGJA 3MEEA 4H8KA 1IH7A 3VQ4A 2HHWA 3SYZA 4HCCA 1X9WA 4DTSA 4W5OA 4ID1A 3HM9A 2PY5A 4OPJA 5C25A 2B4JA 2DY4A 3VQQA 3LPTA 2FBVA 3B6PA 4DF8A 2XY6A 1CLQA 3LDSA 5HROA 4N47A 3VQDA 4E7HA 2ZQBA 3KLIA 4FVMA 3OS1A 4F2RA 5SWMA 4O5BA 3QEIA 2YNFA 4NYNA 4I7FA 2KTQA 3SQ1A 3I0SA 1S9GA 1TV6A 4AHTA 1ZBLA 1UOCA 2QKKA 4C8KA 1NK7A 2DFEA 4CEDA 2O4IA 3P1GA 1ZBIA 2HW3A 4BWMA 2IAJA 1S9EA 4M3WA 3AO3A 3OJSA 1ASVA 2GUIA 2F8SA 1VSMA 2YNGA 1HRHA 3OYKA 5C24A 3SJJA 4I9QA 3NFAA 4CF9A 4N41A 4FJ8A 3HL8A 1D5AA 3JYTA 3OYGA 3K5LA 2Y1IA 2X78A 4J2EA 4BDPA 4ZHRA 1XC9A 4KHUA 1ASWA 3SQ4A 1LAWA 4WE1A 1FKPA 4DF4A 1L3TA 2OPPA 2KZMA 3IAYA 1WAFA 1BCMA 1Z25A 3SUOA 4FJIA 2VWJA 4FJGA 4Z4CA 4FM2A 4KHYA 4EZ9A 4FW2A 3C94A 3RMAA 2OPRA 4CEBA 4B8CA 3DRSA 1NJWA 4FLWA 4CF8A 2YKMA 4KO0A 5FDLA 3KK1A 1L3VA 1RBVA 4CF0A 5KI6A 4ICLA 1RDCA 4CJ5A 1TKDA 1RBTA 3WNFA 3RR8A 4DQRA 2DFFA 3ZSVA 2P5GA 4PUOA 4CJPA 1VSJA 3QLHA 3A2FA 3NBPA 1JLGA 4OKKA 4CECA 4E1MA 2YKNA 1SKWA 2BE2A 3HPHA 4DSKA 3V81A 3PO5A 4EZ6A 4Y1DA 1L5UA 2ZD1A 4G1QA 3AO2A 1GOBA 3PV8A 1Z26A 1S1WA 1ASUA 3DRRA 4ZTJA 3ZSWA 4F8RA 4FK4A 5DK5A 4M3RA 4CEEA 1S6QA 1I3AA 4KTZA 3CQ8A 3K58A 1IKYA 3G10A 4K8XA 1K6YA 1S1TA 2PYLA 2HNDA 1BI4A 1VK0A 3PY8A 3NGZA 1X1PA 4AILC 3OYJA 3NDKA 1UWBA 2OPQA 2G8KA 2ZE2A 4HCBA 3AVLA 3LZIA 3AVBA 3V9XA 5J2NA 2QXFA 4O0IA 3ISNC 4CIGA 3SV3A 3V9SA 1D9DA 1C0MA 4N56A 4DQPA 4F4KA 3HT3A 4GMJB 1RDBA 4DFMA 1J9AA 4AHSA 1HMVA 4JLHA 4CJQA 4O55A 3HSTB 3JSMA 1CZ9A 1L3SA 1B92A 1KFDA 1S6PA 3ZCMA 3OYNA 3KKRA 4DU4A 4C8OA 2F8TA 1LW2A 1HNIA 1TKXA 1NKCA 3BGRA 3PX6A 1S1VA 4OGEA 1EX4A 1LWCA 2KFZA 2IOCA 2X74A 4QCLA 1KCFA 4FM0A 1B9DA 1SL1A 4B3OA 4CHOA 4M41A 2D5RA 3KD1E 1WSJA 1U4BA 2XY5A 1B9FA 4Z4IA 4I2QA 4KKOA 4CGFA 4E0DA 1RDDA 1WSGA 4QOZB 3TAQA 2XY8A 3L2UA 2P51A 1LWEA 1SKRA 3ZT2A 3I8DA 3H08A 1Q9XA 2B5JA 4IG3A 4FJJA 4KHSA 4LSLA 1T05A 4PY5A 2IGIA 4KV8A 5EU7A 3OYIA 4DTOA 1A5WA 3U3GA 1BQNA 1VRTA 4CFAA 3O3HA 2HNZA 4HUEA 3AVJA 4OVLA 4FJXA 4PWDA 5KRSA 2HMIA 1NK9A 3KKSA 4JRQA 1UA1A 1NOZA 3OYCA 2X6NA 4UQGA 4GW6A 3K57A 3CFRA 2VWKA 3AVKA 1BCOA 3ZT0A 3P83D 1W0HA 5J2QA 4I2PA 4FJLA 3M8SA 1DTTA 3M8RA 1C1BA 5T7BA 2OPSA 4BACA 3S3NA 2HHTA 4BWJA 4CF2A 5JS1A 3VQPA 4RW4A 3FFIA 3ITHA 3DLBA 4B9UA 4M3YA 1U04A 4FZYA 2P1JA 3WNEA 1GOAA 3VQ9A 2DTUA 3LP1A 3NE6A 3TABA 3V1OA 4CIEA 1VSFA 4Z4FA 1Y97A 1J54A 1HNVA 4CJFA 1RBSA 1IKXA 2OYQA 1YTAA 3ASMA 4M45A 3V6DA 3V9ZA 1HPZA 3O4NA 1FKOA 4F3TA 1N5YA 4M3UA 1WSFA 3NH1A 1TKTA 3PX0A 3ZSOA 2GV9A 4CGGA 1TGOA 1UAXA 3LP3A 4OKJA 3RMBA 3QEWA 5HP1A 1CXUA 1C0UA 1TVRA 3M8QA 3P5JA 2D0CA 3MEDA 3E01A 4O4GA 4OLBA 1J53A 1QSSA 2HVHA 1WLJA 1JLCA 4CESA 3AA2A 4DU3A 1BHLA 1VSDA 2A1SA 1F21A 3LWMA 3SQ0A 1T8EA 4J2DA 1FK9A 1ZYQA 3DLGA 4FLVA 2BANA 2YHBA 3K5OA 1WNSA 4OKEA 1KFSA 4KPYA 1ZBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS5A 4FJ9A 2RE2A 4Y1CA 3CMEN 4ELTA 2E8AA 3OA9A 1KVBA 2NUBA 1W2BM 4QAGA 4M3ZA 4JI4K 5E26A 3O6WA 3W3DA 1J6ZA 1TK5A 4IXCA 1E3MA 3CJ7A 3AVAA 1BG3A 4JKAA 1HYVA 4M3TA 4OX9K 4Z4GA 1KSPA 4B1ZA 4B9SA 1KLMA 4JI7K 4B1UB 3ENBA 5F1XA 3THYA 4H4MA 4HUGA 4FWSA 4BRGA 3ZSQA 5FLXO 4GVMA 2R7YA 1MDUB 3F5TA 4DTPA 4DR7K 3K59A 1O1WA 3L2WA 4UY8O 3FZLA 5E84A 3DLKA 3J7YP 4R5PA 4CJKA 4YORA 2YI1A 4IFVA 1Q82O 3AVMA 3O3GA 3THWA 3MXMA 1RILA 1JLFA 4FPAA 3VGMA 4JS4A 5JICA 3ZETA 3G4SN 1QSYA 4H0PA 3QEXA 4DTNA 4Q5VA 4CZJA 3PLAA 4K25A 3RWUA 4JKDA 2W42A 3ENOA 1KLNA 5K14A 1L3UA 4ZTFA 3CFOA 1S3XA 5AFUH 3TAFA 2A6AA 3CM5A 4BDYA 4WF9L 4FCYA 5AQPA 3CC4N 4X66K 4XH1A 2QKBA 4I9LA 1SKSA 5AR0A 3ZX2A 4EP5A 3CETA 1HQUA 1QS4A 4K8ZA 1U48A 5E41A 4GV3A 2OZSA 5KGWA 3J8AA 2NRXA 5AQXA 3ZT4A 2HF3A 3V4IA 1JCGA 3THVA 3VEXA 4JD2B 4PKIA 3HI0A 2P9LA 4YOTA 3Q7CA 2ZGZA 1T7PA 1N32K 1YXQA 1OH6A 5C42A 2G8WA 3LAMA 4PKHA 3QIOA 1YIJN 3SMSA 1RBUA 3VTHA 3RSEA 1S5JA 3AO4A 4J2BA 2P5OA 3QINA 3WNHA 3AA3A 1NLVA 3JS6A 4CHYA 1VQON 4FLXA 3VTIA 3VQBA 5F2RA 2CGLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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