1ZBLA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d192n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zblA00
3AO1A 5CYMA 3AA2A 4CHNA 2QKKA 4F4KA 1J53A 1L5UA 3DRPA 5FRNA 1FK9A 1RDBA 4CJ5A 5FROA 3SPZA 1N5YA 1Q9YA 1T05A 3OYHA 1MU2A 3MXJA 2DFHA 3OY9A 4DFJA 4DTSA 1S1WA 1Q8IA 3KK2A 4Q0BA 1DTTA 1SL0A 5KRSA 4ID5A 1C1CA 4OGCA 1XHXA 1L3VA 4E19A 1LV5A 3DLEA 3OYBA 1ITGA 1QSSA 1CXQA 1KFDA 2F96A 4AHTA 4FM0A 2ZQBA 4J2AA 3VQ4A 3K5NA 4OJRA 3TAGA 5KGXA 5K14A 5J2MA 4M3WA 1VSLA 3NF8A 4CFAA 1RDDA 3HVTA 4DWIA 2F8SA 1JLGA 3JSMA 4CIEA 3V4IA 1CZ9A 4EP4A 1HYSA 4ICLA 1HMVA 2Z1GA 1JLAA 3M8RA 3OVNA 3OYMA 3KD1E 4FK2A 4K8XA 3KKRA 4HTUA 3C94A 4DS4A 4KI6A 4CGDA 4B9SA 4AH9A 2I5JA 4Q5VA 1RBRA 3HT3A 4PA1A 1UA1A 3HP9A 2HW3A 2YHBA 4FVMA 3DOKA 3KLHA 2OA8A 4CJVA 2HNZA 3PO5A 2YNFA 4B9VA 3CYMA 5KTQA 3ZSRA 5HRSA 1YTUA 3TANA 4FM2A 1UA0A 1C0MA 3JYTA 4KAZA 4I2PA 1RTIA 4FJ7A 1TK0A 4M3RA 4Z4CA 1CZBA 3LZJA 4DLGA 2LSNA 4JRPA 1NK6A 1S6PA 2ITGA 4FJGA 4C8OA 4CK3A 3V81A 1JLBA 4M41A 3HPHA 3V9XA 1RT1A 3O3GA 3VQEA 4CF2A 4E0DA 3K5MA 1WSEA 1YVUA 4XIUA 5JS1A 2RKIA 3AA4A 2HHTA 1S9GA 4E7JA 4E7LA 1J54A 2HNYA 4JS4A 1JXBA 3NFAA 4EP5A 4DU3A 3QINA 1WSFA 3OYNA 3PX6A 4KHNA 4F8RA 3M8SA 3C6TA 5HRPA 1CLQA 3B6OA 1YT3A 4ZTFA 2HVHA 4E7KA 4J2BA 3RRHA 3DMJA 1VSHA 3G10A 4DSIA 4KI4A 4PWDA 4O44A 4H8KA 1B92A 1QE1A 4B8CA 4E1NA 4KKOA 3QLHA 3V1OA 3EY1A 1RT3A 5HBMA 4FJHA 3V1QA 1A5VA 1RNHA 4Z0UA 3THVA 2OPQA 2E6LA 4KRFA 1JL2A 4CEDA 5KRTA 4OKJA 1BCMA 4NYFA 4DSFA 3V9SA 3AVKA 3S3OA 5J2PA 4BACA 3NGYA 4FXDA 4CESA 4AILC 3AVGA 1XI1A 4FK4A 1RT6A 3AO5A 4DSEA 1UOCA 1U47A 1TAUA 3T1AA 3LAKA 2IDOA 2Z1HA 1QSLA 4CJ4A 2PY5A 3AVAA 4AHVA 1JKHA 3AV9A 2Q3SA 2HHWA 1I3AA 2FBXA 3V6DA 4FK0A 3MXIA 2Z1IA 4BE1A 4DQSA 4TSXA 4FJ8A 4DSLA 4KV8A 2HHSA 3UIQA 3NCIA 4E7IA 1WSGA 3ZT3A 5J2QA 1RILA 3ALYA 2GV9A 1JLQA 3RRGA 1FKPA 1SL2A 2FBVA 4FLYA 4HUFA 4AHUA 1JLEA 1L3TA 3ZSXA 4C8LA 2IOCA 3D45A 5FDLA 1RBTA 1S1VA 2XY5A 3WNHA 1T03A 1ZBHA 3LAMA 4Z4EA 1LW0A 2ATQA 3P5JA 4O5BA 4F3OA 3L2RA 4CJRA 3HJFA 4CF8A 3L2QA 2DTUA 1T8EA 4W5TA 3LWMA 1WSJA 4DTPA 1C0TA 4Y1DA 4CF0A 4BDPA 4AHRA 2P5OA 3KTQA 1U45A 1C0UA 5HRRA 3OYCA 1LWEA 3TI0A 2X74A 3KD5E 4B9UA 4EZ6A 1RTHA 4QCLA 1BIZA 4E3SA 1Y97A 1JLFA 1KVCA 3DLGA 4CJTA 2X78A 3V9ZA 4Z4IA 2IGIA 1EETA 3I0SA 3LWLA 3NHGA 3QEPA 1IG9A 4JLHA 4CEBA 4IKFA 3HXMA 2AJQA 4CHZA 1G15A 1R0AA 4DSJA 2KW4A 1LAWA 4FJNA 3EZ5A 4DFPA 4FJ9A 2GBZA 4DQQA 1XWLA 4IG0A 4W5OA 3SI6A 3VQ5A 3K5OA 1VSEA 3SUPA 3FFIA 4HUGA 3HVRA 5C25A 2NUBA 1S1UA 2YKNA 3AVNA 1BI4B 2O4GA 4LH5A 4DTOA 2E4LA 2IS3A 1IKYA 2OPSA 2XY8A 3LALA 4JRQA 1GOBA 3G0ZA 2YKMA 3T3FA 3O4QA 3PX4A 5C24A 4CIGA 3MXMA 1FXXA 3OS0A 2XO7A 2OYQA 3HL8A 2BANA 4CGJA 2YNIA 3VQAA 1NJYA 5CYQA 3NH2A 3D0PA 2QXFA 2JGUA 2P5GA 1NJZA 2YNGA 3HPOA 3K57A 3TAEA 3QETA 3TAMA 4BE0A 3P1GA 5KGWA 3OYFA 2HHXA 5J2NA 4CJLA 2HNDA 4FJLA 1QS4A 1WAJA 4J2DA 4FJIA 4MFBA 3K5LA 3ULDA 2G8UA 2VG7A 4DS5A 3V9UA 3NF9A 4DU1A 1BQNA 3LPUA 4CJEA 4DFMA 4RW6A 2B5JA 3CFPA 2A1RA 4H4MA 4N56A 3KLGA 4M3UA 4IBNA 1EKEA 3QO9A 2A1SA 3K2PA 2GUIA 4CJSA 4F2SA 4CGGA 4ELVA 3DRSA 3VQBA 2G8VA 3LP0A 3AO3A 3CFOA 4LY7A 4M3TA 4BDYA 3SV3A 4KHYA 3AVMA 2D0CA 1DLOA 1EP4A 2ZE2A 3T19A 3NAEA 4DU4A 3SUQA 1D8YA 1LWCA 1ASUA 2DY4A 3RMBA 3WNGA 4FJMA 1RDAA 3E01A 3VQPA 3WNFA 4RW9A 3KIOA 1RT5A 2D5RA 3ZSOA 4HVJA 3NDKA 1N6QA 5SZTA 1RCHA 1TL3A 4NCGA 4RW4A 4CECA 4H4OA 3LP2A 4E1MA 4CK2A 2O4IA 3DLKA 2XY6A 4FJ5A 3RMAA 3AO2A 4CEEA 3NGIA 5T7BA 3QEVA 4BWMA 2VG6A 3L2WA 2WOMA 4C8MA 4LD0A 4CE9A 3V9WA 2R7YA 4KTWA 2E6MA 3AVLA 4FW2A 1ZBFA 4J2EA 1VSMA 3L2VA 2OPRA 1TK5A 1WN7A 3DOLA 4CF1A 3SQ2A 1O1WA 1TGOA 4BE2A 4NCBA 4M3YA 2KQ2A 4CIFA 2Y1IA 2RN2A 3AVJA 3O4NA 3QIPA 2QKBA 3H08A 2YNHA 4KTZA 3ZSWA 4CF9A 4EZ9A 4HCBA 3IS9A 1BI4A 2XRIA 3QERA 3LZIA 5I42A 1ZBIA 3IRXA 5CZ1A 3I0RA 4W5RA 1X9WA 3QIOA 2P1JA 4AHSA 4Z4HA 3NE6A 3AVCA 1IKWA 3AVIA 4OKKA 1ASWA 3BGRA 4CHOA 3S3MA 5DMRA 4CERA 4OLBA 3AVHA 1B9FA 4LSNA 4Z4FA 2VWKA 3M8PA 2PYLA 4RG8A 1KFSA 3LDSA 1REVA 4CJWA 4ELTA 3LP1A 1X1PA 4YNQA 4CHQA 3HYFA 3NGZA 3TWHA 1SKWA 4F3TA 1RTJA 1KVBA 1SV5A 1RT2A 1UWBA 5KI6A 4AHCA 1KVAA 4OKEA 2EX3A 4KHWA 5DK5A 2G8WA 4FZZA 2ZD1A 1W0HA 1BHLA 3K58A 4UQGA 3OS1A 1C6VA 4KREA 4PQUA 1A5XA 4KFBA 4QAGA 4DTRA 3OS2A 2RF2A 3MEEA 1HNIA 1VSKA 3IAYA 3ZT4A 1VSDA 4FJJA 5FRMA 3CG7A 4DFKA 3AO4A 2G8KA 5HLFA 4LH4A 4CEAA 5HRNA 3TAFA 2VWJA 3QESA 3TAQA 1D9DA 1VSJA 4Z4GA 1NKBA 4CEQA 1KSPA 1SUQA 3TABA 4IG3A 1BISA 4IDKA 3OYAA 4CFDA 3SV4A 3SCXA 3KLFA 1TL1A 3A2FA 3SZ2A 1HQUA 3VQ9A 3O3HA 1QHTA 1K6YA 4DQIA 4FJKA 3QNNA 2BE2A 3OYEA 1J9AA 3VQ8A 3AA3A 1I39A 1HNVA 3HK2A 4DLEA 4CGFA 4CJQA 4KPYA 3ZSZA 3AA5X 2KFNA 3SNNA 3DRRA 1FKOA 1EXQA 3TARA 1SKSA 1WSHA 4GVMA 4OLAA 1W9HA 4FLZA 3DLRA 2FC0A 3RWUA 4N5SA 3DM2A 4ZTJA 2KZMA 5E41A 4FLUA 3L3VA 4JS5A 2DFFA 1A5WA 1IO2A 4E7HA 1TK8A 1ASVA 3OJUA 4CHPA 3OYLA 1T7PA 3LP3A 3DLHA 5I3UA 1Q9XA 1ZYQA 3B6PA 5CY4A 1IKVA 1Z25A 3LPTA 4CJ3A 3AVBA 1HYZA 3F73A 1JXEA 1RT4A 4N47A 3OYKA 3HP6A 1KLNA 3QEXA 2KTQA 3IG1A 3NF7A 4OVLA 3TR8A 4O0IA 1BQMA 3KLIA 3S3NA 3VQQA 4KO0A 1J5OA 1VSIA 1VRTA 4F2RA 1RBUA 4FZYA 3SJJA 3OYIA 1NK8A 1KLMA 4CCHA 1KTQA 3ZSVA 4B3OA 1L3SA 4FM1A 1YTAA 3I8DA 1X9SA 3KJVA 1QSYA 4E89A 4DTXA 4KTQA 2BDPA 1VK0A 3KK1A 5D3GA 3VN5A 3L3UA 3V1RA 1TKDA 4W5NA 4OGEA 1WLJA 3F9KA 5C42A 1RBSA 3SYZA 3ASMA 2HB5A 4HHTA 4DTUA 4B08A 1KRPA 3WNEA 2RPIA 2PYJA 4I9LA 2W42A 2G8HA 4I9QA 1NJWA 4ELUA 4PUOA 3OJSA 2HHQA 4M3ZA 1VRUA 4FLVA 3KKSA 3ISNC 3RR7A 4CJFA 4G1QA 4CJUA 1HJRA 2FBYA 4DF4A 3PX0A 1IH7A 4CEOA 3L2UA 4DQPA 1U49A 3M8QA 4N41A 1IKXA 4KB1A 4KB0A 1D9FA 2G8IA 3ZT0A 4C8NA 3L8BA 3CM6A 1NK5A 3BDPA 1S1XA 4PY5A 1TKZA 2OPPA 3OYGA 4HUEA 1HYVA 1KCFA 1WNSA 4C8KA 3PY8A 4M3XA 4WE1A 1BCOA 3LANA 4KHQA 4RW8A 1TVRA 1EX4A 1JLCA 4I7FA 3HSTB 1U48A 3VA3A 4FLXA 4W5QA 1QQCA 3DI6A 1RTDA 3TAPA 1C1BA 4KHUA 4CFBA 1NJXA 2XY7A 4DTJA 4FLWA 4BWJA 1GOAA 1S1TA 4FW1A 2OZMA 3MEGA 3ZT2A 1NKEA 3HO1A 1ZBUA 1S6QA 2HHUA 1TAQA 4MQ3A 2G8FA 1GOCA 3VQDA 3DYAA 3NH0A 4NCAA 1HPZA 3CQ8A 3QEIA 2X6NA 1LAVA 4N76A 1UAXA 1RBVA 3QNOA 3SQ4A 3S9HA 2HMIA 3PO4A 1LW2A 1S9EA 1BL3A 3C95A 5SWMA 1RDCA 3SPYA 3VQ6A 2PZSA 3PUFA 2FBTA 2JLEA 1XC9A 4HCCA 2HVIA 1D5AA 3HM9A 1L3UA 3C6UA 3RMCA 2HHVA 4NYNA 2B4JA 4GW6A 5JS2A 4CEZA 1WSIA 3VQCA 5HROA 5HP1A 4FCYA 1WAFA 4CK1A 1NK7A 1SKRA 3NF6A 2QK9A 1NK0A 3AVFA 3ZT1A 4M42A 3U3YA 3ZSQA 4FLTA 4CJKA 4OPKA 1HRHA 1QTMA 3EYZA 1NOZA 4DMNA 1SL1A 1BIUA 3PV8A 4CFCA 4DTNA 2YHAA 1RT7A 2IC3A 1NK4A 2ETJA 4DF8A 2IAJA 2D0AA 1BGXT 3U6FA 4O55A 2Y1JA 1U04A 3OYDA 4B9NA 3SUNA 2OZSA 4K8ZA 1VSFA 3SQ0A 1TKXA 2X6SA 2F8TA 1HQEA 3ITHA 4DSKA 2WONA 1Z26A 3CM5A 3NBPA 4IFVA 2EHGA 4LSLA 1U4BA 4GMJB 4CGIA 4OPJA 1ZBLA 1NOYA 3NH1A 4KHSA 1NKCA 4I2QA 3SQ1A 1C1AA 3VA0A 3DLBA 1LWFA 3ZCMA 3U3GA 4O4GA 3MECA 3MEDA 3QEWA 2KZZA 1TV6A 4Y1CA 2P51A 4ID1A 3P83D 4RW7A 4CHYA 3MAQA 1XHZA 4DG1A 4DQRA 4QOZB 3RTVA 3VQ7A 5EU7A 4CEFA 3OYJA 4BDZA 4L8RB 4FJXA 1DTQA 2YV0X 2D0BA 2VG5A 3HPGA 4IFYA 1X9MA 1TKTA 4B8AB 3O3FA 4YFUA 1S5JA 4FZXC 1B9DA 5J1EA 2BGGA 4M45A 4B9TA 3CFRA 3RR8A 1CXUA 5CZ2A 4ZHRA 1F21A 3KK3A 4CJPA 1NK9A 4B9MA 1JL1A 2Z1JA 3KLEA 4B9LA 3SUOA 4R5PA 2XHBA 3K59A 4CGHA 4FYDA 2B6AA 4O0JA 2KFZA 2DFEA 3RMDA 4DTMA 3ZSYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WC9A 5CYMA 2UXBK 4F4KA 3WXLA 2QKKA 4JKGB 1L5UA 3DRPA 1RDBA 2WUSA 1N5YA 4BREA 4DTSA 1S1WA 1VQ6N 3RVCA 1SL0A 5KRSA 2O8CB 4ID5A 1C1CA 4OGCA 1KFDA 2F96A 4FM0A 3CQYA 5GIPA 2P9PA 2D0OA 1VQPN 1VSLA 4CFAA 3DAWA 4EP4A 3CCEN 4FK2A 4KI6A 3E1YA 4B9SA 4AH9A 4Q5VA 3CCVN 3F2KA 3HP9A 3VTIA 2HNZA 2YNFA 5JICA 5KTQA 4PKHA 3CHWA 3TANA 1TUUA 3L4QA 1RTIA 3O9RA 4FJ7A 1TK0A 4IJNA 3U9ZA 3HOTA 1NK6A 4I6MB 4DV6K 3HPHA 3ZEUB 3ATUA 3VQEA 4CF2A 2D4WA 2PFUA 4EHTA 3EE9A 3CD6N 2RKIA 3AA4A 2HHTA 1S9GA 4JKBA 2HNYA 4JS4A 3PX6A 3C65A 3GE1A 4EP5A 4F8RA 5HRPA 1CLQA 3AARA 1YT3A 3KK7A 3RRHA 4CI6A 1VSHA 4IEIA 1Q86O 4B3MK 4DSIA 4O44A 4H8KA 1QE1A 4B8CA 4KKOA 4ILJA 3N4QA 4BGAA 1RT3A 4Z0UA 5GINA 2GTDA 1JL2A 4DSFA 3V9SA 3AVKA 3S3OA 1BG3A 1Q18A 4AILC 1XI1A 1RT6A 3CJ9A 3FZLA 1TAUA 3T1AA 2V7YA 2IDOA 1QSLA 3AVAA 2QWRA 4AHVA 3AV9A 2Q3SA 1I3AA 3OW2M 4H5RA 4BE1A 4DQSA 4FJ8A 3THWA 3H45C 4DSLA 1T3VA 2BH1A 3VETA 4DR4K 3M3ZA 3ZT3A 3DXKB 2GV9A 4AQYK 1SL2A 5C2DA 4AHUA 4IO8A 3ZSXA 4C8LA 2P9LA 1N8RO 3LAMA 4O5BA 2IVNA 5BN9A 4C1NK 4F3OA 4JN4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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