The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
b'GQELPPGTYRVDIYLNNGYMATRDVTFNTGDSEQGIVPCLTRAQLASMGLNTASVAGMNLLADDACVPLTTMVQDATAHLDVGQQRLNLTIPQAFMSNRARGYIPPELWDPGINA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of chaperone-subunit complex recognition by the type 1 pilus assembly platform FimD.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Outer membrane usher protein fimD
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| total genus |
17
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZDX A; 1ZE3 D; 4B0E A; 3RFZ B; 4B0M A; 4J3O D; 3BWU D; 1ZDV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W9C A; 4RGO S; 2E3T A; 4JQW C; 2JXT A; 4ARC A; 3APC A; 3DPD A; 1D4B A; 2Y3A A; 2KT7 A; 2KXJ A; 2ZJD A; 3U8Z A; 2J4X A; 1V86 A; 4ZYS A; 1SIF A; 3IVF A; 5D6J B; 1ZXH A; 1UBI A; 4GN1 A; 2BYF A; 3TMP B; 5TR5 A; 1WF9 A; 4DWF A; 4KGT A; 3V61 A; 1MFW A; 1S3S G; 3KVF B; 1BML C; 3K9P B; 2KX3 A; 3RT3 B; 1F9J A; 3DBL B; 1YMH E; 3PT2 B; 4PYU A; 2PLP A; 3RNF C; 2J0J A; 4ZRK A; 1YD8 U; 1Q10 A; 3ZXR A; 4BKS D; 5JH5 C; 4OZC A; 5BO4 B; 1G6J A; 2O6V D; 3PSE B; 4WJQ A; 2Y5B B; 5G55 A; 5IKC M; 1TS2 A; 2FE8 A; 4A8X C; 2MSE D; 2PEA A; 1C77 A; 3O13 A; 4KIK B; 3M95 A; 3T3N A; 3EFU A; 4RNA A; 5AUK A; 1STE A; 1OGW A; 3H7S A; 1SB3 C; 1LO5 D; 1GOZ A; 4D2K A; 1NDD A; 3DDC B; 2LGI A; 2N1W A; 3VR9 B; 3BII D; 5HG2 A; 2ZW1 A; 3U7Z A; 5IP4 D; 2FIF A; 3EA6 A; 1ZGU B; 3IXS A; 1JW9 D; 4XDD A; 2QDF A; 3HRD D; 1FXT B; 1NI2 A; 3B0A A; 2LHE A; 1WXA A; 4FJY A; 5DPS A; 4XC2 A; 3UIO B; 4MJS A; 2L83 A; 2FUG 1; 2KDM A; 2PW9 A; 4GDL A; 1TYG B; 3PRZ A; 4MGK E; 2WP9 B; 1SBB B; 1IGD A; 2KDE B; 1CQV A; 4XE0 A; 2VH1 A; 1SJE D; 1PQS A; 4YTN B; 4P1C C; 1FXA A; 1OEY J; 3DBH B; 3WCQ A; 3U2S C; 2M4N A; 4HPL B; 3IHP C; 1FPY A; 4BVU C; 3DBR I; 4ANW A; 4RM8 A; 2KTF A; 2C9W B; 1XO3 A; 2KWD A; 3D32 A; 2D5G A; 2REX A; 3DQV A; 2D3G A; 2CR5 A; 3TUO A; 2LXA A; 1EF1 A; 2LGD A; 4K7U A; 3UIN B; 4HRS A; 1SE2 A; 3P4P B; 2WDV B; 4II3 B; 2W54 A; 2BS3 B; 2O6V B; 2HE7 A; 2PIA A; 4LNF A; 4OHJ A; 4B95 A; 4N59 A; 5DPT A; 4BAX A; 2J0M A; 4ICV A; 1OQQ A; 4M8M A; 4DQO C; 1IUE A; 1R4M I; 1F0Z A; 3ZJT A; 2WXQ A; 3WIM A; 3NZ3 A; 4WH4 A; 3Q8F A; 1CK1 A; 1E0Z A; 1E9M A; 1WGG A; 3W1S C; 4NAW B; 1T5X D; 2LJI A; 3H1U A; 3Q3F A; 3Q8A A; 3MJW A; 2WXN A; 3QAR A; 3ZRF A; 3VH3 B; 4JIO U; 1TT5 B; 3SR6 A; 2IGD A; 1TKY A; 1J7B A; 1V81 A; 3PLU A; 4P16 A; 2K0P A; 3AE4 B; 1WX7 A; 4MM3 B; 1SE4 A; 2JYE A; 1AYF A; 3VXW A; 5CHW A; 1WR1 A; 3GE8 C; 4YTP B; 4W9K A; 2FCS A; 2KHW B; 2IGG A; 2DAF A; 4YT0 B; 2KD0 A; 1TS4 A; 4GMV A; 4RFB A; 1TKG A; 3H8H A; 1HXY D; 5C1Z A; 1UH6 A; 1XLN A; 1LGR A; 1WH3 A; 1ZE3 D; 4FHK A; 2WDT B; 4GU2 A; 4XGA B; 2DX5 B; 3NVV A; 3VFK A; 3B1L X; 3HM6 X; 2PVO D; 3AE9 B; 1RM6 C; 5FK9 C; 1HA5 A; 1PGX A; 2PVG C; 1CJE A; 2W3S A; 4OVV A; 5DPW A; 1NEK B; 4DDG D; 2YEP F; 3U30 A; 4US9 A; 2QC8 A; 4C7Y A; 1OQY A; 3A4R A; 2KNB A; 3KYD D; 1ACC A; 2C7H A; 4ZDV A; 1FM0 D; 3U52 E; 4WWP A; 2WNM A; 2NS5 A; 1T6B X; 2UU7 A; 2V4L A; 2MRP A; 2K1F A; 2L1A A; 4B0M A; 2LUM A; 3ZGZ A; 3RD2 A; 2KDB A; 4DXA B; 2MWS B; 1ZDV A; 3N30 A; 3LXF A; 5KHQ A; 2IBI B; 2LGS A; 2V9H A; 1GC7 A; 3A9K A; 3RZW C; 4HDO A; 4AUQ C; 1LQB A; 2D3A A; 4M0W A; 4J3O D; 1TY0 A; 2KLG A; 4ZRJ A; 3N32 A; 2K22 A; 3NHE B; 4MJS B; 1FRR A; 4K81 A; 1AWD A; 3MC8 A; 5E6O A; 2NPT A; 3S2A A; 4MH0 E; 2J52 A; 1UUP A; 5CX3 A; 3DBH I; 4AJY B; 2DWQ A; 1HTO A; 2IJ0 A; 2MA9 B; 2EKE C; 3J9C A; 1RFK A; 2CS4 A; 1GNU A; 1U4A A; 2KLC A; 4DBG A; 1X1M A; 1V97 A; 3W1Y A; 1YN5 A; 3W5U B; 2UYZ B; 1K53 A; 2JU6 X; 2D2Q A; 2IZV B; 1XT9 B; 3V6C B; 1OTR B; 1ISN A; 2MJ3 A; 3ZDM C; 1TGZ B; 4IOI E; 2M19 A; 2K6Q A; 4M02 A; 2WS3 B; 2KO3 A; 4XX5 A; 2W82 A; 1A5R A; 4KZC A; 1SE9 A; 3OAW A; 2R61 A; 4A6Q A; 2Z59 B; 4MSQ B; 1WGY A; 2QJL A; 3SU8 X; 3A1Q A; 4HPM B; 4LJP B; 4FLH A; 1UNS A; 2DZM A; 5AZH A; 1F1H A; 4FUL A; 1CZP A; 1P98 A; 3FIL A; 2AQ1 B; 2KWV B; 3TEZ A; 2R2Q A; 3UQB A; 5BMI A; 1GPX A; 1JWA D; 1WXQ A; 4P6V F; 4AP4 C; 3B9J A; 1D6E C; 3DVN V; 3NZS A; 3SHQ A; 4PK1 A; 1E8Z A; 4S17 A; 1J19 A; 5AUI A; 3HIZ A; 4OVU A; 1C4C A; 1E5W A; 1XD3 B; 2WX0 A; 3UQA A; 2BB5 A; 2FBW B; 4I6L B; 3AH7 A; 4HLE A; 5J17 A; 1HZ5 A; 3PO0 A; 3BVM A; 2KYW A; 4LJO B; 1QOB A; 2GI9 A; 3KWL A; 3OJ4 B; 5HI1 A; 2QCZ A; 1ZOY B; 3AEB B; 3B2G A; 4N9F 4; 3AEF B; 4IKG A; 2MBE A; 2WWZ A; 2ZVN A; 4EUT A; 2MW5 A; 4KKI A; 3LYY A; 3UF8 A; 2KC1 A; 3ALB A; 1TZO A; 2NBW B; 2J7Q B; 1NBF C; 1IBX A; 3Q3N C; 3V3X A; 1WZ3 A; 2AQ3 B; 2D10 A; 1ZXI A; 3DVN U; 4TUU A; 2JPH A; 3AU4 A; 4XZ4 A; 5JZE B; 4W9D A; 4BBN C; 1EU3 A; 2LVO A; 2RDG A; 4KGS A; 1I4X A; 3QK0 A; 1TJE A; 3PGE A; 4MGZ E; 3N9Y C; 3T3O A; 1WYG A; 4HKZ E; 4EOY A; 3NS1 A; 4KDI C; 1YJJ A; 4KSL C; 1I4H A; 3LJ3 A; 4EFO A; 2VZK D; 4G3X B; 5E6N A; 2JRH A; 1ESF A; 1A70 A; 1YX6 B; 2X8X X; 3RFZ B; 1QZE A; 3RYT A; 4L2Y A; 3RNG C; 2W9N A; 2XEW A; 2K9X A; 1WIA A; 3U4E G; 5LXH A; 1OEY A; 1I7H A; 5BYR A; 4CYE A; 3A9K B; 4NPN A; 3V60 A; 4M0W B; 4HXD A; 1Z5S B; 4G50 A; 4LK0 M; 3CF6 E; 1SJH D; 2NCN A; 2KOX A; 1E7V A; 5C2T B; 2NTS A; 2BQQ A; 2MP2 A; 2WXJ A; 1WMH A; 4WJO A; 3OJ3 A; 1XCT L; 2JSV X; 2Q5W D; 2LEK A; 2DNF A; 2BYE A; 4MSM B; 2INN E; 3KUZ A; 4IW0 A; 1HTQ A; 3I5J C; 3RUL A; 1L6V A; 4A90 A; 2MH7 A; 4JE3 B; 2CHZ A; 1N6Z A; 3V62 A; 4FAD A; 1V1P B; 5C23 A; 2WDQ B; 2BF8 B; 2WXL A; 1B1Z A; 2MJD A; 3Q14 C; 4XDC A; 3FC4 A; 3R66 C; 1MG4 A; 2RPQ A; 5BYS A; 2O6V A; 4C80 A; 3NVZ A; 1QF6 A; 1NEN B; 4NY0 A; 2NTT A; 3NS8 A; 2BYT A; 1WJN A; 3VQI A; 4JWS C; 2HD5 B; 3M3J A; 3H9D A; 2KDF B; 3APF A; 2KJH B; 3ZDT A; 5C3J B; 2GBR A; 1I4P A; 3IT6 B; 3VHT C; 2I1J A; 3C19 A; 3VDZ A; 2KMM A; 3L4P A; 1L0V B; 3DWG C; 3HVZ A; 3WAL A; 1F77 A; 4WJN A; 2NBV B; 1F2R C; 2LUE A; 3QIJ A; 2PE6 B; 3AE2 B; 2TSS A; 1IP9 A; 1R7S A; 4NAW A; 2KWU B; 3W9C B; 5CHF A; 3FIL B; 2VZK B; 2LMC A; 3H6N A; 2W55 A; 3NJT A; 2XK5 A; 1RAX A; 2K6D B; 1T0R C; 1C1Y B; 1WJ6 A; 1FFV A; 2AQ2 B; 2LVQ A; 2ZW0 A; 5CHV C; 4EZK A; 1K8R B; 1GJZ A; 2CU1 A; 3RNB C; 3FAH A; 3R7R A; 5E6J A; 4M01 A; 2V3P A; 4A9A A; 4RMA A; 3MHS D; 4MM3 A; 4IUM B; 4M8N A; 3MHZ A; 4ACF A; 4NJC A; 1XEE A; 3RNC C; 1GAQ B; 2KDI A; 2MBB B; 2WGS A; 2G3Q B; 3ML8 A; 1E7P B; 3JW0 X; 2KVR A; 4A20 A; 2WXO A; 3URY A; 4F7Z A; 2DLB A; 3TL5 A; 1MG8 A; 1FO4 A; 3IFW B; 2ZVO A; 1FCC C; 2RGF A; 4AQ7 A; 3IT4 B; 2PTL A; 1FNU A; 2I2Y A; 1IBX B; 1XQQ A; 2IY1 B; 3PHX B; 3ZNZ B; 2YEP B; 4ANX A; 2ZNV C; 4FXC A; 4TQ1 A; 3TEY A; 1WRI A; 3TBL D; 2GBM A; 1AW7 A; 3AE6 B; 4ZHP A; 4MGY E; 2BKF A; 4IDI A; 1PFD A; 2MBH A; 2FCM A; 1T0Y A; 3BVG A; 3L16 A; 2ICI A; 1MVK A; 4ZRI A; 2QHO A; 4HJK A; 4RCO A; 1KFY B; 4OZA A; 3DCG A; 1EWY C; 5DCN A; 2WXP A; 3IAS 1; 2R2O A; 3ENE A; 3ZIM A; 4GDK B; 3PZ7 A; 5D2M B; 5LLI A; 1WXM A; 1QOG A; 2ON8 A; 3BYT B; 3ZJU A; 5IN7 A; 2GBJ A; 3SDL C; 1ET6 A; 4YSY B; 3VUY A; 2K39 A; 3R7Q A; 4EE2 A; 1KJT A; 5J2R A; 2RSU A; 1ET9 A; 3UGB B; 2MEK A; 3AE8 B; 3AE7 B; 4HK2 A; 1UD7 A; 4JPS A; 3AU5 A; 1WX9 A; 2MP2 B; 4IM2 A; 1WMH B; 4JLC A; 1AN8 A; 4R3D A; 1C3T A; 4P1B C; 1WJ4 A; 2MX2 A; 3CST A; 2EEL A; 3JYU A; 3PZ8 A; 2O2V A; 2BS4 B; 4LTU A; 1DGJ A; 1KLU D; 2BVC A; 4II2 B; 2JZ3 B; 3GOE A; 2L05 A; 2Z0D B; 2BT6 A; 3N1Z C; 1E7U A; 1WGD A; 4LDT D; 2M56 B; 2DBY A; 3EEC A; 2VRR B; 3DHI C; 4PS3 A; 1V5T A; 2WYQ A; 1T3Q A; 1Y8R C; 2N0S B; 4KV2 A; 3AXC A; 4WJP A; 2L76 A; 1IGC A; 5L83 A; 1VDV A; 5MPO A; 1GB1 A; 2KMA A; 1YQB A; 3R3M A; 1WE7 A; 5EE1 A; 2MCN B; 1C9F A; 3Q8E A; 1RRB A; 2MHJ A; 4RM9 A; 3PLV A; 3RCZ A; 1HEZ E; 3P4R B; 3QQ8 B; 2LVP A; 3NRZ A; 1E8X A; 1EF5 A; 2JXX A; 1WGR A; 4HCN B; 5IAA C; 3X23 A; 2XK5 B; 3MFG A; 4FJV B; 4C00 A; 5D94 A; 3X0W A; 1MHX A; 1BT0 A; 2BW2 A; 2BKR B; 2FCQ A; 4K3C A; 5BMG A; 5FR6 A; 1Q0W B; 1BXT A; 4K3B A; 3KYC D; 3LB8 C; 3DBL I; 2QIE B; 2V3S A; 1KM7 A; 3V6E B; 3U7D A; 2IPK D; 2PE9 A; 2M0X A; 3ZXV A; 3TJP A; 2IO2 B; 3ETR A; 2M8S A; 4K7S A; 3C8Y A; 2D3B A; 3ZNH B; 1C79 A; 2EMS A; 2MBQ A; 4W9I A; 2VH2 A; 3WAN A; 4G0N B; 2KN5 A; 1ZKH A; 3I63 C; 4WWM A; 2CHW A; 4N6E B; 4LNO A; 3AV8 A; 2CJN A; 3DHG C; 2OJW A; 3TEW A; 3Q8C A; 2QIL A; 4LDT B; 1K50 A; 4ASW C; 3BIN A; 2H89 B; 2KQ4 X; 4MT5 A; 1IPG A; 1R4N B; 2JQR B; 2LRW A; 2ZPY A; 4BFR A; 1ZP0 B; 3HVD A; 2D11 A; 3AE1 B; 2OHF A; 4MDK E; 3Q2A C; 2WXF A; 4MEL A; 2H88 B; 1K52 A; 5CTR C; 4ZRQ A; 2KC2 A; 3W2D A; 1WSP A; 3GS2 A; 4DHJ D; 1V8C A; 3TSS A; 5I4D A; 1RYJ A; 4ICU A; 3RUI B; 1YJI A; 4K1R B; 3P2B A; 2HDE A; 1QIL A; 2QSD A; 1GUA B; 3MC9 A; 1TY2 A; 2WXH A; 1N60 A; 3BWU D; 3WAP A; 1V1O A; 4HDQ A; 2L52 A; 3B2F A; 1H8C A; 4OVZ A; 2IGH A; 1ENF A; 1UWM A; 1N62 A; 1XLP A; 3VH4 B; 2JWZ A; 3IBE A; 1WZ0 A; 3MJ5 A; 1V1P A; 4PT5 A; 4FHJ A; 3PRP B; 2ACZ B; 2EMT A; 4A3O A; 1YOV B; 2PJH A; 2RPV A; 1D3Z A; 1VRA B; 2O2V B; 4ARI A; 2KX0 A; 2K3U A; 5BMH A; 3H7P A; 4TV3 A; 1V49 A; 1ZPS A; 4M00 A; 1P1A A; 2RDB C; 4BZA A; 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1WR6 E; 2V3N A; 4NNJ B; 2LAS A; 3UI3 A; 3DVG X; 1JQ4 A; 4UDU C; 2WU2 B; 2WLB A; 2EKI A; 4OW0 A; 3L08 A; 4MAC A; 3E9S A; 2G1E A; 3QC8 B; 2N7D A; 1JRP A; 4WWN A; 5DPR A; 2GBK A; 3SFE B; 1QOA A; 4N58 A; 2N9X A; 2NBU A; 4AOF A; 5H92 C; 3AN1 A; 2GOW A; 3SEB A; 2WXI A; 1KTK A; 1SIJ A; 1FNV A; 3ZVV A; 2HJ8 A; 3DWM A; 3AUL A; 2KK8 A; 3P1M A; 1YN4 A; 4XYC A; 4B6W A; 1QQR A; 2FNJ B; 2I38 A; 2DYB A; 3V05 A; 2NVU I; 3DBR B; 3AEG B; 3H7P B; 1V5O A; 3M62 B; 1KH0 A; 4E74 A; 2DEN B; 2ONQ A; 1K51 A; 5H8Y E; 3FKY A; 3TCA A; 2GMI C; 5JXV A; 3ZUN A; 3UIP B; 4BKT A; 1PGA A; 1PGB A; 2LGY A; 3R8B A; 1VZ8 A; 1OQR A; 2KTR B; 4DHZ E; 4RF1 A; 1E10 A; 4WAF A; 1DOX A; 2FCN A; 2KFJ A; 3KQ4 A; 1MHH E; 4AWJ A; 2L0T A; 4DXG A; 1WI0 A; 1D5M C; 4BOZ B; 2LGX A; 4EKU A; 1HQR D; 4NJ6 A; 1NYR A; 1L0X B; 2CJO A; 3DHH C; 4I6N B; 2KQ7 A; 1L7Y A; 5KHO A; 1FRD A; 1UBQ A; 3AED B; 1D5Z C; 2Z0E B; 2KFK B; 3N20 C; 2DZI A; 5G2N A; 4LLG M; 1WXV A; 1YN3 A; 1GC6 A; 1JCK B; 1FXI A; 1I4Q A; 2LXC A; 5HKH A; 3ZKJ C; 2IY0 B; 2KMC A; 2AEH A; 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