The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
b'GQELPPGTYRVDIYLNNGYMATRDVTFNTGDSEQGIVPCLTRAQLASMGLNTASVAGMNLLADDACVPLTTMVQDATAHLDVGQQRLNLTIPQAFMSNRAR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of chaperone-subunit complex recognition by the type 1 pilus assembly platform FimD.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Outer membrane usher protein fimD
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Membrane protein
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| total genus |
21
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BWU D; 4B0E A; 4B0M A; 3RFZ B; 1ZDX A; 1ZE3 D; 1ZDV A; 4J3O D; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q10 A; 4GGQ A; 4US9 A; 3P4S B; 2K0P A; 1TKY A; 4A3O A; 3CF6 E; 4GDK B; 3RNC C; 1OEY J; 2KJ6 A; 1JWB D; 1UBI A; 3WAL A; 2FIF A; 4A3P A; 3ZNI D; 3CMM B; 1Y8R C; 4C7Y A; 1WJN A; 5C3J B; 4C56 C; 4W9J A; 3IT6 B; 2C5L C; 3PGE A; 1D4B A; 4NQL B; 2KWD A; 2IGH A; 2GBR A; 2CHX A; 4MSQ B; 1I4H A; 2WXG A; 2PJH A; 5FKA C; 1PGA A; 4FJY A; 2K8B A; 1WX9 A; 4P7I A; 3DHG C; 2BKR B; 1V6E A; 2L76 A; 2L32 A; 1SE3 A; 1GB1 A; 4BKS A; 3DDC B; 4W9H A; 5CTR C; 3C19 A; 2WHI A; 3UF8 A; 4P6V F; 1N6Z A; 1ISN A; 2M8S A; 1KLG D; 4XWT A; 3AU5 A; 1WXS A; 4KKJ A; 1VZ6 A; 3Q2A C; 3I9V 1; 3VAW A; 5HG2 A; 3T3N A; 4WWP A; 1WF9 A; 3WAO A; 1NVI D; 2JYT A; 1E8Z A; 4CQN A; 2X38 A; 2RD0 A; 4FLH A; 3NVY A; 1K52 A; 3QHT A; 1V80 A; 2CU3 A; 1FCL A; 1WY8 A; 4MJS A; 4KDI C; 1DOI A; 4W9E A; 3ZNZ B; 1R4N B; 1T0S C; 5AZH A; 2HTM E; 2NTT A; 4LJP B; 3IVF A; 1FFU A; 4RF0 A; 3UIO B; 5JXV A; 3NY5 A; 4OVZ A; 2ASQ A; 3TUO A; 4YTM B; 4A8X C; 3QJZ A; 5C1Z A; 1M4V A; 3ZKJ C; 1H4R A; 2EKE C; 1TGZ B; 4K7U A; 5LNK 1; 2WXP A; 3BWU D; 2KX3 A; 2M0A A; 3MJW A; 1I4P A; 4JX1 C; 2TSS A; 5L83 A; 3P4Q B; 4NNJ B; 4LK0 M; 3ZTD A; 3AEB B; 3IG3 A; 2MA9 B; 3VH4 B; 4M8N A; 4HKZ E; 3K9O B; 2ACZ B; 2LGX A; 1FNV A; 1YX6 B; 2MBE A; 3N9Y C; 1MG8 A; 3AEE B; 2N9X A; 2Z59 B; 4K3C A; 3MC9 A; 2KK8 A; 5CHF A; 2JXX A; 1L6V A; 4A6Q A; 1ACC A; 1XLQ A; 3DQV A; 3ENE A; 1ZPS A; 1YJJ A; 2E3T A; 4KKI A; 5BMI A; 2W82 A; 1GOZ A; 1WGY A; 2IO2 B; 4B9K A; 3B2G A; 2MLB A; 4IM0 A; 1WMH A; 1IYF A; 3QWZ B; 1GC6 A; 3JSV B; 3QAR A; 1TYG B; 3KWV A; 3OAW A; 2CU1 A; 3KVF B; 1NYQ A; 1R7S A; 4B0M A; 3KH0 A; 4IWO A; 4OZB A; 1KF6 B; 1ET6 A; 1YJI A; 2BWF A; 4L2Y A; 1IGC A; 4K81 A; 4ZOH C; 1WE6 A; 2GBM A; 2KN4 A; 2WYQ A; 3I3T B; 4RFB A; 4LCD E; 2JT4 B; 1IBX B; 2ZZP B; 3NRZ A; 4HPL B; 3L0W B; 3SD5 A; 3OJ3 A; 3L08 A; 4NJ6 A; 5HHD G; 2BF8 B; 2BPS A; 1PGB A; 3V60 A; 3V05 A; 4DQO C; 3ZW3 A; 4MM3 A; 1FRD A; 2LD9 A; 1UZX B; 2BKF A; 4FUL A; 2PW9 A; 4YXD B; 4EE2 A; 1EM7 A; 1XO3 A; 2KQS A; 2IO3 B; 3DVG Y; 2DZI A; 2RMM A; 4KZC A; 2BVC A; 3A9J B; 1TS5 A; 1NYR A; 2A4Z A; 1YQ4 B; 2BYE A; 2LMC A; 2KWV B; 1OTR B; 1AAR A; 1HQR D; 1ZXH A; 3X23 A; 1AN8 A; 4WJQ A; 2ZW0 A; 1YD8 U; 1KH0 A; 2DX5 B; 1C4A A; 3MHS D; 2WX0 A; 3I57 A; 2RDB C; 4O1N A; 4NAW B; 1KLU D; 2LWP A; 4WJP A; 4CHK A; 4NJ7 A; 3LB8 C; 3NVV A; 1UGJ A; 4FHK A; 2W9N A; 1TTN A; 5E6P A; 3TL5 A; 3JVZ X; 2W3R A; 3EGR A; 4LNI A; 3IFW B; 2AL6 A; 2G4S A; 4MH0 E; 4MAC A; 2Y5C A; 5AUK A; 1RYJ A; 1SBB B; 4HJK A; 4HKQ A; 3DBR I; 4JQW C; 2MH7 A; 2MQJ A; 4WAA A; 2FBW B; 2N7J A; 2KHW B; 4JE3 B; 3QCA A; 1SF0 A; 2LJ5 A; 1WX7 A; 3SR6 A; 3MC0 B; 2WXH A; 1QZE A; 3BYY B; 1V1O A; 4BBN F; 4HRO A; 4DWF A; 5EE3 A; 3AB5 A; 3BY4 B; 2V3N A; 4R3D A; 2PLP A; 3PTF C; 2O2V B; 1DOX A; 1ET9 A; 4W9D A; 3P42 A; 3MP9 A; 2W3S A; 3WAN A; 5L95 C; 2L00 B; 4US8 A; 4KIK B; 5G5H A; 4IC7 B; 1I4R A; 2PVG C; 4RMA A; 5G55 A; 2XEW A; 1JWU D; 5BMG A; 2KJH B; 1MHX A; 2KLG A; 3VUX A; 1GNU A; 3DBS A; 5DPR A; 3RZF A; 3IHP C; 1XLN A; 1T5X D; 4N9F 4; 1L6U A; 2WXL A; 4LNK A; 1EUV B; 3C0R B; 3RN9 C; 3GB1 A; 3DBH B; 3EA6 A; 1V5T A; 1WSP A; 1HE8 A; 3VTW A; 1ZP0 B; 3RUI B; 2CR5 A; 2D11 A; 4DXG A; 3VUY A; 3PRZ A; 2IGD A; 2N0S B; 2IJ0 A; 1RAX A; 4OZA A; 4OW0 A; 1GAQ B; 3VTV A; 4FJZ A; 2JPH A; 3HM3 A; 2JU6 X; 4GXB A; 3ONS A; 2GMI C; 1TS2 A; 3W1S C; 1J7B A; 5D2M B; 1YX5 B; 4J3O D; 3ZDT A; 3A4R A; 5D6J B; 3U7Z A; 2GBK A; 4MDK E; 4GIV A; 2DWQ A; 4KZ0 A; 2RSU A; 4ASW C; 3TCA A; 3VQI A; 2H89 B; 1C77 A; 2K8C A; 1I4X A; 2LJI A; 2VH2 A; 3BVG A; 2W55 A; 4MGY E; 3P4R B; 2L52 A; 3FAH A; 1NEK B; 4BVU C; 1VRA B; 3J9C A; 3L54 A; 1RRB A; 3AE4 B; 4HCN B; 1XD3 B; 2BW2 A; 3A9J A; 4IKG A; 1SIF A; 2WDT B; 2X8X X; 5IAA C; 1E8Y A; 1VJK A; 4TKN A; 2LZ6 A; 3APF A; 4EOY A; 2WU5 B; 3DHI C; 4DHJ D; 2QJL A; 1QKZ A; 3NS8 A; 5FR3 A; 4N59 A; 2JXT A; 3U2S C; 3B9J A; 5IOI A; 4XWW A; 1EF1 A; 1D3Z A; 2AL3 A; 2IND C; 3RYT A; 2AEH A; 1JWA D; 1V1P B; 2HE7 A; 1N62 A; 3Q8E A; 3L16 A; 3Q3M C; 5C23 A; 4NAW A; 2KD0 A; 2XK5 B; 3A9K A; 2MBO A; 3W5U B; 4GB9 A; 4KSL C; 1MFW A; 2L0T A; 3BZD B; 4WH4 A; 3W2D A; 1WH3 A; 2L1A A; 4EZL A; 1WXQ A; 2N1V A; 2Z0D B; 4HK2 A; 3UIN B; 1SXT A; 3QX1 A; 1C1Y B; 2XN9 C; 3AM9 A; 1S3S G; 3SU8 X; 3QK0 A; 3DPD A; 1N61 A; 2YVC A; 1ROE A; 3HRD D; 4CO7 A; 4BKS D; 1IGD A; 5H8Y E; 5IKC M; 1JML A; 3T3O A; 3ZRF A; 5D7G A; 1WI0 A; 1AWD A; 3PO0 A; 3H6N A; 3APD A; 2O6V A; 3GE8 C; 4YTP B; 2K3U A; 2WXF A; 2HD5 B; 4G0N B; 3T9L A; 3M95 A; 2WLB A; 2MRP A; 1V49 A; 4LDT D; 1FNW A; 2WU2 B; 1P3Q U; 2O2V A; 4W9I A; 1STE A; 2REX A; 2ON8 A; 1DGJ A; 1R4M I; 2BYV E; 3N32 A; 4PYZ A; 4PS8 A; 3ZGZ A; 1WR1 A; 3BII D; 4TMA B; 2GBJ A; 1V5O A; 4KIK A; 1P98 A; 2C7N B; 3VHT C; 3QIJ A; 2BYF A; 1PYW D; 2MEK A; 5EE1 A; 1P9D U; 3NZ3 A; 1EU3 A; 5IA7 A; 4DDG D; 5J17 A; 2QCZ A; 1WZ0 A; 1ZDX A; 3VXW A; 2KFK B; 5KHO A; 2INN E; 4DHZ B; 4DBG A; 3I63 C; 2KJR A; 3D32 A; 1QOF A; 3HM6 X; 1L7Y A; 3ZNH B; 3APC A; 1C9F A; 2GB1 A; 3HHM A; 4PS3 A; 1PGX A; 1YN3 A; 4IM3 A; 1UD7 A; 1SE9 A; 2ZW1 A; 4HRS A; 1VD2 A; 1FXI A; 2J53 A; 2NCN A; 1YOV B; 2OHF A; 5AZG A; 4IWQ A; 1HEZ E; 1T6B X; 4EEW A; 2CJO A; 4X57 B; 3SFD B; 2KAJ A; 4WAF A; 1IPG A; 1ZKH A; 2Y3A A; 1JAL A; 1WR6 E; 2KMM A; 2V3P A; 2M0X A; 4XGA B; 3S2A A; 4BKG A; 1FPY A; 1JW9 D; 3PVL A; 3LJ3 A; 2GLS A; 2B76 B; 2KDM A; 5EE9 A; 1B1Z A; 3RPF C; 2DLB A; 3QC8 B; 3RUL A; 3X0W A; 3VTU A; 1ZGU B; 4RF1 A; 3DVN U; 2WXK A; 4HPM B; 1NI2 A; 4ZRJ A; 3ECI A; 2FUH B; 3AU4 A; 2J0M A; 3EEC A; 5E6O A; 2AX5 A; 2HDE A; 5EE0 A; 2G45 B; 3M63 B; 4J6I A; 3RNB C; 4JWS C; 2KMA A; 1VDV A; 2KWU B; 2G4D B; 1V1P A; 4RM9 A; 3NOB A; 2XK5 A; 4ANX A; 2V0G A; 3KUD B; 2KMC A; 2MWS B; 2M1M A; 1L4D B; 4ZRP A; 2KTR B; 1WYG A; 1TZ1 A; 1WGD A; 2OJW A; 5LLI A; 1VZ7 A; 3MHZ A; 2AYO B; 3TMP B; 4DHZ E; 1Q0W B; 3EFU A; 4FAD A; 4WJO A; 1ZW7 A; 2Z8L A; 2XNA C; 2MHJ A; 1XCT L; 4FJV B; 3EC8 A; 3IBE A; 1R4N I; 1WJ6 A; 3UQA A; 1J7A A; 1WX8 A; 1Y56 A; 3R8B A; 4M01 A; 4XDC A; 2HJ8 A; 2NR2 A; 5T8I A; 2N9K A; 1UUP A; 4ANV A; 2BYT A; 3OLM D; 5DPS A; 4PT5 A; 2CKH B; 1WGH A; 4PK1 A; 1MPE A; 4FXC A; 4REZ A; 4WWN A; 4NPN A; 3V6C B; 2PIA A; 4KDL B; 5D3I B; 2WXM A; 2G9H D; 1P7F A; 2NPT B; 1K8R B; 2DYB A; 3AXC A; 5AZF A; 2L7R A; 2LEK A; 1IP9 A; 2ZCC A; 1XEE A; 2JVC A; 3KUZ A; 3AE9 B; 1JWS D; 1WWT A; 3DVG X; 4PYU A; 2KFK A; 4GN1 A; 3RNA C; 1MVK A; 3ZXR A; 3PRE A; 3PHW B; 1SSN A; 2EKI A; 2EEL A; 1ZXI A; 1D5Z C; 3N3K B; 1TZO A; 2LGY A; 3B1L X; 4JLC A; 5E6N A; 1NBF C; 1E90 A; 2DZK A; 3PLU A; 4GDK A; 2KDE B; 2YLM A; 2LRU A; 4EZK A; 2V4I B; 1YMH E; 5E6J A; 1WE7 A; 1BXT A; 3BK1 A; 2QHO A; 1I4Q A; 1C3T A; 3ZO5 B; 3HUI A; 1QT9 A; 2R2Q A; 1BT0 A; 1P1A A; 5IP4 D; 1Q1O A; 1J0G A; 3IXS A; 2BQQ A; 4WQO B; 2ZNV C; 5G5G A; 2CHZ A; 3N1Z C; 3AE2 B; 2INC C; 4IM2 A; 2BBC A; 2LGD A; 2KNB A; 2Q5W D; 4HWI B; 3AE1 B; 4URK A; 2WXN A; 1FMA D; 2KLC A; 2IZV B; 3CSF A; 1C76 A; 2VZK D; 1JWM D; 5I4D A; 3Q14 C; 2CHW A; 1AYF A; 2BS2 B; 1TY2 A; 2I2Y A; 1LFD A; 4ARI A; 1WYW B; 1N5W A; 3R66 C; 2LAS A; 3I5J C; 1TT5 B; 3DWG C; 1QOB A; 2KC2 A; 4RGN A; 2MJ3 A; 5CX3 A; 1I7H A; 4HJG E; 2C7H A; 2KTR A; 4RM8 A; 2UWQ A; 4GMV A; 2EMT A; 4N6E B; 2MP2 B; 1F52 A; 3RNF C; 4B95 A; 4TQ0 A; 4XC2 A; 4W9C A; 3A33 B; 2FID A; 4P1C C; 1XLP A; 2ZPY A; 3QAQ A; 1N5X A; 3PLV A; 1YN4 A; 1K51 A; 2RPV A; 3L17 A; 4MEL A; 1VR9 A; 3NJT A; 1T0R C; 1K50 A; 3BK2 A; 5BO4 B; 3T8M A; 3PRP B; 2DNF A; 4LJO B; 2DAJ A; 3AN1 A; 4P1B C; 4ZRI A; 2QIE B; 2J42 A; 3W9C B; 2N9L A; 2MJE A; 2BB6 A; 5DPT A; 2JZ3 B; 1KOT A; 1DOY A; 3UQB A; 1ZUD 2; 4MGZ E; 4FBJ B; 2JSV X; 3AH7 A; 3KW5 B; 2NPT A; 4ZYS A; 3A1Q B; 1F1H A; 5IN7 A; 3CWI A; 4IDI A; 4RCO A; 1EWC A; 2AQ1 B; 3SHQ A; 4ZYN A; 1PDX A; 3H9D A; 2QEJ C; 4DDI D; 2J7Q B; 1UBQ A; 2WX1 A; 3JSV A; 3BVZ A; 2JY6 A; 3L13 A; 3KYD D; 2DZM A; 1E10 A; 2KC1 A; 1LGR A; 2RPQ A; 2OJR A; 1F9J A; 4BAX A; 4L1B A; 4RGO S; 2JRI B; 1MG4 A; 4AP4 C; 4B0E A; 1KM7 A; 1HTO A; 1SE2 A; 3ZJT A; 1FCC C; 4MSM B; 3VRA B; 3KUC B; 1IBX A; 1FXT B; 1KFY B; 4LLG M; 5H92 C; 3NVW A; 2L8J A; 4DHJ B; 1GG3 A; 1FRR A; 2MW5 A; 1RLF A; 2O6V D; 1JRO A; 3DBL I; 2DYO A; 1V9J A; 4NAM A; 2RDH A; 5JZE B; 1C79 A; 5FR6 A; 4ZRQ A; 1ZDV A; 1YN5 A; 4NY0 A; 4M02 A; 4XX5 A; 2K6D B; 3NG0 A; 5G2N A; 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3PV1 A; 1UF0 A; 4I6N B; 1SB3 C; 2WXI A; 2QC8 A; 2WQY B; 1JCK B; 4JWU C; 1CK1 A; 1UGM A; 4M00 A; 4YSY B; 2FCM A; 1V8C A; 1WZ3 A; 1TY0 A; 5AEK B; 1I4G A; 1X1M A; 3U30 A; 2ONQ A; 1QLB B; 3TSS A; 3GS2 A; 3MFG A; 4JIO U; 4IG7 B; 4HXD A; 1Z5S B; 2JF5 A; 2G3Q B; 3P2B A; 3KLS X; 3Q6B A; 2JWU A; 5BYQ A; 1WMH B; 4IUM B; 1P0R A; 2N9E B; 2K22 A; 1LXD A; 3ZQ4 A; 1LM8 B; 3NZS A; 1SJE D; 4NZL B; 3AE3 B; 1QIL A; 3IAS 1; 1XXG A; 2DBY A; 3EFC A; 1JQ4 A; 1EF5 A; 2J0J A; 3W1S A; 2N7E A; 1ENF A; 4MT5 A; 1N63 A; 3QA8 A; 2JUO A; 1LO5 D; 1V86 A; 5HKH A; 1TS4 A; 4C4V B; 4FA6 A; 1NEN B; 1WXA A; 3Q3J A; 4FHJ A; 2LVQ A; 2I38 A; 3AE7 B; 5LXI B; 3TEX A; 1E9M A; 4MM3 B; 3PPA A; 1IUE A; 1OQR A; 3BVM A; 5LXH A; 2WDR B; 2IDY A; 3P63 A; 1P7E A; 2LFI A; 2J4X A; 2M19 A; 1OQQ A; 2WXR A; 4M0W B; 2PPH A; 3Q8C A; 4ZHO A; 2RR9 A; 2XBB C; 4RGM A; 2KTF A; 1XCQ L; 2MBB B; 2WWZ A; 4WJN A; 4EKU A; 2DEN B; 3VR9 B; 3QQ8 B; 2GI9 A; 4A55 A; 3IT4 B; 1E7P B; 2EMS A; 2GBN A; 3W1Y A; 1L5P A; 4A9A A; 4C7Z A; 1LQB A; 4WWM A; 2WXJ A; 3H8H A; 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