1ZJ7A

Crystal structure of a complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[s-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title HIV-1 protease mutations and inhibitor modifications monitored on a series of complexes. Structural basis for the effect of the A71V mutation on the active site
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zj7A00
2VKMA 1D4YA 5OYWA 1BVEA 5HU1A 5P2BA 3GGXA 3BC4A 5P3AA 1HVSA 1EC2A 1LEEA 1FG8C 2NXLA 3OUAA 1HEGE 1ZAPA 3DUYA 4CPXA 3MWSA 3O9DA 3Q70A 1W5XA 2APRA 5P80A 1RNEA 3EXOA 4RRNA 1EBWA 2OHRA 4OBZA 2B42A 2AIDA 1RV7A 4Y3EA 4NPUA 5HCTA 1ZPAA 3CKTA 3WB4A 4MC1A 5P7EA 5P3OA 2NR6A 3VYFA 3OXCA 1GVTA 1HVCA 2PQZA 3S8IA 5P1FA 2HPEA 5P86A 5P4AA 3UQXA 1C70A 1XE5A 2FMBA 1RPIA 4UPJA 1A8KA 5OZAA 2VIYA 4K9HA 4HZTA 5P8IA 1FQ8A 2I4DA 4K4PA 5KAOA 2G69A 1IZIA 2ZJMA 2AOGA 4RCEA 4Y4DA 2WF1A 5KR2A 3G70A 3OU1B 3NU4A 4ZSMA 1LYAB 4Y4ZA 5P5TA 4Y5BA 4Y37A 5P5VA 4Y5GA 5P6AA 3CICA 3HW1A 5OZTA 2HAHA 3UDMA 5P4ZA 5P6RA 1NPVA 5P7HA 4J0ZA 2OF0A 1QBTA 3APPA 4Z2ZA 2VNNA 5IVQA 2QI6A 4HE9A 1LYBA 5P10A 1B6LA 5P6SA 5P2QA 4COEA 4FM8A 2FLEA 3OTYA 4E43A 5P5DA 3A2OA 3SKFA 5P66A 2V12C 2QHCA 4YDFA 2FNSA 1A9MA 3FNTA 4KUPA 3OHHA 3NDUA 4ZEAA 4QJ9A 1M43A 2BJUA 2HIZA 4YD4A 4DFGA 3QROA 5OZ1A 3S54A 2VJ6A 1BV9A 3EM6A 1W5YA 2QI7A 1B5FA 1TZSA 2Q54A 5P6NA 1K2CA 3EL5A 1B6MA 5APRE 1PSAA 3N4LA 5P4CA 5DGWA 5P4KA 3TOGA 3CYXA 5P51A 5OYSA 2R5QA 3CKRA 4ZSPA 5F01A 1NPWA 5P3CA 5P8JA 5P6WA 4Q5MA 5P8KA 2QD6A 1HTRB 5P47A 5P7XA 5P7UA 2Q63A 4Q1WA 2J9JA 2FXEA 3TPPA 3UDHA 5P4UA 5P40A 2AZ8A 5P0MA 2ZHRA 4B05A 5DQ2A 2QZKA 1DIFA 4J1KA 4MC6A 3S45A 2PWRA 4FM6A 2BPYA 1OEWA 1SGZA 4L1AB 5P71A 5AH7A 4B1DA 4R8YA 1YX9A 4RCFA 5P18A 4DUSA 2V16C 3RTNA 4Y53A 4J1HA 4DJXA 3EL0A 5OYYA 3CMSA 5P6YA 3GI4A 1ZPKA 4OBKA 4DQGA 1PSNA 3GGVA 4YCKA 1W6IA 4OC6B 4I8ZA 1TSQA 1ODYA 3NDWA 3PWMA 3OUCA 2ZGAA 4X2LA 4FS4A 5P1EA 1F34A 1HSIA 1SH9A 3LIQA 1GVXA 3T7QA 4GYEA 5P3YA 3OY4A 1LYWA 2OHUA 4HDFA 2FDPA 3PBZA 1MTBA 3EKWA 4PZWA 3QVCA 4Y5LA 5P8LA 4GZFA 5P4EA 1GNMA 5P0YA 4WY1A 5BWYA 3KFNA 3NYGA 5P3QA 4DJYA 1AAQA 5P2VA 3SA8A 4B00A 1K6TA 5P2TA 4EJLA 5P35A 2A4FA 1EPPE 4HDBA 4PYVA 4J0VA 1BV7A 4APRE 1E81E 1UH7A 1HTFA 3URIA 3ZMGA 5P5MA 2BBBA 4FSEA 1HIIA 3S2OA 1NSOA 1MESA 3PLLA 2Q11A 3UDPA 2CEJA 1HWRA 1FQXA 5P73A 1HBVA 1MEUA 4TRZA 1LYBB 1TCWA 3IVHA 1Z8CA 3BHEA 1FIVA 3QRSA 1PPLE 5P74A 5P2LA 4M8YA 3PM4A 5P0KA 3KFSA 5P8NA 5P3WA 5P4XA 4JP9A 3VLBA 5P1LA 3CKPA 2FGUA 1IVQA 3QPJA 4Y41A 1ZP8A 3VUCA 3L5CA 3O99A 4CP7A 4GIDA 4Y56A 3UDJA 5P4OA 1HXBA 1VIJA 2P8HA 1FF0C 5HDZA 2FNTA 1HEFE 5JODA 1K6PA 4LHHA 3VF5A 1BWAA 3MSLA 5P2OA 3UDYA 3KMXA 2R43A 5P78A 3EC0A 4Y4TA 3OAGB 5OZ7A 5DR3A 3CYWA 4NKKA 5P7IA 4F73A 1MT7A 3PCWA 2AZ9A 5OZXA 4J1EA 5OZMA 5P0PA 5P8VA 5JFUA 2BPVA 1A94A 3PSYA 9HVPA 2F8GA 3OTSA 3OQDA 3KDBA 5I70A 2ZHUA 5P7QA 3NUJA 2Z54A 3PLDA 5P24A 2AOIA 1GNOA 4DPIA 3NXEA 2VJ9A 5P4QA 1META 5P72A 1TQFA 2H6TA 3UPJA 1LF3A 6APRE 5P33A 1N49A 2J9JB 2AOJA 3APRE 3CIBA 5P26A 3OK9A 2PYNA 1FQ6A 1YG9A 5P7BA 4N00A 5P3IA 2P4JA 3KF0A 5HDUA 4Y3XA 5P59A 1FGCC 2WL0A 5P20A 3L5FA 5P81A 4Q1NA 2Q3KA 4B77A 2UY0A 4DJWA 4FCOA 5IE1A 1HSGA 2CEMA 4YCYA 1T3RA 2I4QA 2QAKA 4OBFA 1PPME 2FS4A 3QBHA 4QJAA 5P07A 2QI4A 2I4WA 5F00A 4FLGA 5P22A 4YD5A 3K5FA 2HS2A 5OZPA 3OADB 1BWBA 5P5OA 1FG6C 2PWCA 2SAMA 5P2EA 3PGIA 3FX5A 5P55A 3LZUA 3DV5A 1EPNE 3UHLA 5HCOA 4J1CA 4MC9A 3D3TA 4GJDA 3ZKNA 5DPZA 3SLZA 4FSLA 4K4RA 3QP0A 3QIHA 5P6FA 3DV1A 4R93A 1SBGA 1KJHA 3R4BA 5P7GA 2F3FA 5OZ6A 3L5DA 4FRIA 1BDLA 3B7VA 3B80A 1IIQA 2IGYA 3ZPTA 5P1OA 4I0ZA 2B60A 5P31A 1HSHA 2ZHVA 4NJUA 1APTE 3SA6A 5AHCA 5KOQA 5HD0A 5JG1A 5OYXA 4I0JA 1BDQA 3EL1A 5DR7A 5P6VA 3HD8A 4TRWA 4YD3A 5P5XA 1HPXA 5DQ4A 3JVWA 4ER1E 2HPFA 4I0EA 5P1DA 1DPJA 4J5JA 4Y5EA 2G22A 5P3LA 5T4SA 1IBQA 1PROA 3H0BA 1K6CA 5P1VA 5P8GA 1HVIA 3VV6A 1D4JA 4GMIA 5P06A 2P3AA 4DJVA 2G1RA 2QZWA 2PK5A 3ZOVA 4Z50A 3PVKA 4U8WA 1WBMA 1G0VA 1DAZC 3RSVA 3L5EA 5P3EA 5OZUA 5P6QA 4IVSA 2AQUA 5P60A 2ZJKA 3MSJA 5P6JA 1ZBGA 3ZLQA 5P3NA 3VYDA 3BXSA 1YTGA 2WEBA 3S85A 3HDKA 3OUBA 2AODA 3DJKA 2AOEA 2HB2A 3RU1A 5P6IA 5OZFA 5P8FA 3KT5A 2Z4OA 1K1TA 3QAAA 1AM5A 5HE4A 4LC7A 1EPRE 4EXGA 3DCRA 5OZRA 5OZ0A 1SDVA 3D20A 2ER7E 3VYEA 3Q5HA 4NJSA 4PZXA 4Y3QA 5P4WA 2VS2A 4KE1A 4JECA 1SIVA 3IVIA 1HVLA 2ER6E 5DGUA 3RTHA 2HM1A 1EC0A 5OYRA 5P56A 3O9LB 5DR1A 3NXNA 5JFPA 5P0LA 4EYRA 5KQXA 2ZJJA 5P4TA 4YBFA 5OZCA 5P62A 4Y4AA 2VIZA 4Y51A 1MRXA 1W51A 3ZPUA 4F76A 2B8LA 3S43B 1F7AA 5P3KA 5P53A 3VCMA 3NU3A 3K5DA 4LAPA 4Y3HA 3D1ZA 4Y3LA 4AMTA 4J0YA 3VF7A 4RROA 1WKRA 5P5UA 2VIEA 3GGUA 5P0VA 2NNKA 5P27A 4FRSA 2Q15A 2G24A 4Y3AA 4CPUA 2NMYA 5DR8A 4YA8A 3F9QA 5P70A 5COKA 3LIYA 5B18A 5P37A 3HVGA 3OOTA 4ZLSA 1M0BA 1QBRA 4DVFA 2OHPA 5P58A 1FMBA 1G2KA 4Y57A 2B8VA 3SQFA 1Q9PA 5P0OA 5P4BA 2O4SA 1MT9A 5OYTA 3RTMA 4GB2A 2PH6A 2MIPA 5P8SA 2IS0A 4YBIA 4MC2A 2WJOA 1ENTE 4RLDA 5OYZA 5P5JA 2BPXA 2JJJA 1RQ9A 4B78A 2PH8A 1IVPA 4I0GA 4DQHA 1D4SA 5P6XA 5P19A 3U71A 1W6HA 3ZKQA 3L38A 1MSNA 3VF3A 5P7NA 5P8AA 2I4UA 2RKFA 4L7GA 1T7IA 4YD7A 5P09A 2OHKA 4Y3SA 1FLHA 5HDVA 2P3CA 4RGHA 3GI5A 3RSXA 5DQ5A 4EQJA 3QN8A 4YOAA 4ZPEA 2OHMA 4FE6A 3LIZA 3PMYA 2UXZA 4I12A 2OHTA 2B7ZA 5P88A 4Y54A 3EKPA 3T3CA 5COPA 2QNQA 1AXAA 3PSUA 3QS1A 3U6AA 5P8HA 2O4LA 5P5YA 3DOXA 3FKTA 5P2HA 4RZ1A 5P2NA 2WEZA 5P13A 2Q5KA 4B1CA 4EXHA 3KFRA 1SMRA 2Q55A 4ZSQA 3FV3A 3EBZA 2AZCA 4D89A 2WHHA 5P4HA 2G1OA 5P4VA 4M8XA 3PHVA 2P83A 3KT2A 2QU3A 5P3DA 5P57A 1FFIC 3BUHA 1MPPA 1FKNA 3NU5A 4Y3FA 4Z4XA 5P0RA 3BUFA 5P0ZA 2BB9A 1EBZA 1E82E 5P63A 3U7SA 4EP2A 2ZJHA 5P1CA 3IAWA 4Y5PA 2BKTA 2I0DA 3JW2A 5IVSA 5P3MA 5P6CA 2PK6A 3OGQA 4OD9A 4YE3A 5P1HA 3TKGA 5OZGA 5P5FA 4DQBA 5OZVA 1M4HA 5P7RA 3TTPA 1E80E 4RVJA 3VSWA 5OZZA 3KMYA 3FIVA 5P3UA 5I3YA 2FDEA 4CPWA 5P7OA 3K1WA 2P3BA 5P6LA 1APWE 5P25A 1HPOA 1D4IA 3K5GA 3PJ6A 4OBZB 4CPTA 8HVPA 1T6GA 5P65A 2UPJA 3NU9A 5P7DA 4NPTA 3I2LA 5P79A 1ZJ7A 2QMPA 3IGBA 3R0YA 1YTIA 2AVSA 3KM4A 1XE6A 2FXDA 1T7JA 5HE7A 2G1YA 1YTHA 5P01A 3LPJA 5P3TA 4GJAA 5P5AA 3OU3A 1MUIA 2QCIA 1AZ5A 5P2IA 5EZXA 2XYFA 1EBYA 3T7PA 1UH8A 2XFKA 2QP8A 5E5JA 5P38A 4B0QA 5P8PA 4HVPA 3UFLA 2QZXA 2QU2A 1LV1A 2OAHA 1EC1A 1PPKE 2VJ7A 5P2MA 5P8MA 2RSPA 1C6YA 4ACUA 1K6VA 5P23A 3PMUA 4Y5CA 1FMUA 4Y3JA 2WF3A 5P7VA 3NDXA 5P3GA 3K5CA 1PFZA 3TNEA 5P6KA 5P0JA 1YM2A 3BXRA 3CIDA 5P0WA 4JPCA 3KN0A 2QI0A 3GGAA 3PWWA 1CPIA 3INFA 2RKGA 2BPZA 5HU0A 2V0ZC 2XYEA 5P5GA 4YOBA 2I0AA 4Y5MA 1HVJA 5P8BA 4F75A 4Y4UA 4I10A 5P17A 3R1GB 5P5SA 3ECGA 2QHYA 3EKQA 3LIXA 4Y3MA 4QJ7A 4Y3WA 1ODWA 3VEUA 3OU4A 2OHQA 3T6IA 2ZDZA 3PBDA 5OZKA 2V00A 3OOZA 5P1YA 4Y3RA 3S7MA 3OHFA 5P12A 3C9XA 2CENA 5P69A 4JPEA 5ISKA 1B5FB 4FL8A 1GVWA 4XX4A 4OBDA 1W5WA 1QS8A 5AGZA 3EKYA 3N3IA 4DJOA 4Y35A 3IA9A 1B6KA 5P85A 3PSGA 1DP5A 1HTGA 4Y4GA 3PCZA 4CKUA 4F74A 3T11A 3SKGA 3D1YA 3UF3A 3SACA 1HVKA 1EPME 4R95A 5P5CA 3R2FA 1XDHA 4ER2E 4R92A 2BPWA 3PEPA 4I0DA 4ZSRA 4FRJA 5P54A 3WZ6A 2WF2A 1Z1HA 5P2ZA 5OZDA 1TW7A 1SP5A 1APVE 2QK5A 3ST5A 4J54A 1ZSRA 5KQYA 3MXDA 5P8RA 2V13A 4CPQA 3BVBA 2QNPA 5OZ8A 3LITA 4GJ8A 5P4MA 4B1EA 4LL3A 1AVFA 3GW5A 3INDA 3WB5A 5P45A 2R9BA 3JVYA 3S7LA 5BRYA 4FAFA 2G27A 4AUCA 4OD9B 1SIPA 2NTRA 4XX3A 5P1XA 3UDKA 1HPVA 3S53A 5P03A 2VIJA 5E5KA 5P7LA 4S1GA 3OU1A 3FNSA 1LYAA 3ER5E 4Y48A 5CLMA 5P7AA 2P3BB 5KR8A 1MT8A 1T7KA 5TOLA 3OQKA 3LZSA 1BXOA 1KJ7A 3LPKA 5P52A 5P7KA 2JE4A 4EJKA 2VA6A 2ZE1A 1LYWB 3KDDA 5P3JA 4R5NA 4X7IA 2AVVA 1HXWA 5P2FA 3FNUA 5EZZA 1U8GA 2BKSA 5P5PA 5P8EA 5P1QA 4HEGA 5P00A 5P1TA 4EHCA 3IN4A 5KOSA 5P2WA 2JXRA 5P5LA 5BS4A 2ZJIA 4I0FA 5P1IA 5HE5A 5C9BA 5P6PA 1BIMA 1EPOE 5P4PA 2OHNA 2AZBA 4GJ7A 4LXMA 5OZLA 4PHVA 5OZ5A 4J55A 1BILA 4ACXA 3LPIA 5I3WA 3D91A 2R38A 5P84A 1A8GA 2QMFA 1QBUA 4A4QA 3DCKA 5P8OA 1IDAA 4J17A 3LIVA 3R0WA 1FQ5A 4CMSA 2QMDA 1KJ4A 3AUPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VKM A;  1D4Y A;  5OYW A;  1BVE A;  5HU1 A;  5P2B A;  3GGX A;  3BC4 A;  5P3A A;  1HVS A;  1EC2 A;  1LEE A;  1FG8 C;  2NXL A;  3OUA A;  1HEG E;  1ZAP A;  3DUY A;  4CPX A;  3MWS A;  3O9D A;  3Q70 A;  1W5X A;  2APR A;  5P80 A;  1RNE A;  3EXO A;  4RRN A;  1EBW A;  2OHR A;  4OBZ A;  2B42 A;  2AID A;  1RV7 A;  4Y3E A;  4NPU A;  5HCT A;  1ZPA A;  3CKT A;  3WB4 A;  4MC1 A;  5P7E A;  5P3O A;  2NR6 A;  3VYF A;  3OXC A;  1GVT A;  1HVC A;  2PQZ A;  3S8I A;  5P1F A;  2HPE A;  5P86 A;  5P4A A;  3UQX A;  1C70 A;  1XE5 A;  2FMB A;  1RPI A;  4UPJ A;  1A8K A;  5OZA A;  2VIY A;  4K9H A;  4HZT A;  5P8I A;  1FQ8 A;  2I4D A;  4K4P A;  5KAO A;  2G69 A;  1IZI A;  2ZJM A;  2AOG A;  4RCE A;  4Y4D A;  2WF1 A;  5KR2 A;  3G70 A;  3OU1 B;  3NU4 A;  4ZSM A;  1LYA B;  4Y4Z A;  5P5T A;  4Y5B A;  4Y37 A;  5P5V A;  4Y5G A;  5P6A A;  3CIC A;  3HW1 A;  5OZT A;  2HAH A;  3UDM A;  5P4Z A;  5P6R A;  1NPV A;  5P7H A;  4J0Z A;  2OF0 A;  1QBT A;  3APP A;  4Z2Z A;  2VNN A;  5IVQ A;  2QI6 A;  4HE9 A;  1LYB A;  5P10 A;  1B6L A;  5P6S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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