1ZP8A

Hiv protease with inhibitor ab-2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title 1,2,3-triazole as a peptide surrogate in the rapid synthesis of HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2005-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zp8A00
5HCTA 5P1SA 5P8GA 5P19A 4L7JA 4D85A 3VUCA 5BRYA 4GJCA 5P5JA 2PH8A 2QAKA 1PPLE 3TKGA 3RSVA 5P5NA 4B78A 5P4CA 1GNOA 5APRE 3B80A 1HIVA 5P53A 5DR0A 5P4LA 1MSNA 3NUJA 4FRIA 5P6IA 3T6IA 5HE7A 1UH7A 5HE4A 1EPNE 1TSUA 5P5QA 2JXRA 4Y3ZA 3ZKIA 3SLZA 5P2IA 2QU2A 5P8KA 5P6TA 2AVOA 5P5WA 4Y5GA 2WL0A 5P7NA 5P01A 5P2AA 5P57A 3OU1B 5P1ZA 1A8GA 4FSEA 3JVYA 4R95A 5P1JA 2VA7A 5I3YA 2V00A 5OYZA 5P4RA 3IXJA 5OZ3A 4OBFA 5P4BA 4OBZA 3TPRA 2QD6A 4LHHA 5P3WA 4Y39A 5OZYA 2P3BA 2AVVA 4YDFA 4NJVA 1IDAA 3LZVA 1IZHA 5P87A 4YD3A 3T3CA 1APTE 5P3SA 5P17A 3SAAA 1HVCA 1E81E 5P4IA 1PPME 5P3IA 2IDWA 5P27A 5P12A 3IGBA 3SFCA 2F80A 1IVPA 1PPKE 2G22A 3K4VC 1QBRA 5P8OA 4DJXA 5P48A 3CKRA 2PH6A 4H1EA 4I8WA 1SGZA 5P2EA 1ZPAA 3OOTA 5BWYA 1ZP8A 3NXNA 5OZ7A 5P1YA 1B6KA 3KA2A 3EKXA 4YD4A 4YA8A 2OHTA 3I2LA 3L38A 4Z50A 2HPEA 4LXMA 5TOLA 3FSMA 5FIVA 4MC6A 5P80A 2ZJKA 3H0BA 5P6SA 5P22A 3ZKNA 2UXZA 2V12C 3OQ7A 1T7KA 1EC1A 2FGUA 5P0HA 1HPOA 1LF2A 1KJGA 3S2OA 2ZJIA 1QBTA 4Y3LA 3VYDA 3CYXA 3O9GA 2VJ6A 3HZCA 3GGVA 2G1OA 3O9HA 4Y38A 4LP9A 5P3KA 1KJHA 2H6TA 1HVJA 3IAWA 4Y4ZA 3BRAA 3TTPA 2WF2A 2V13A 1GNMA 1SBGA 4FRJA 4Y35A 4CPTA 4RLDA 2OHQA 5P5KA 3OXVA 3SKFA 5E5JA 5P78A 5P66A 5P5VA 2WEDA 3OUDA 1EPRE 5P1KA 2I4DA 2QMDA 5P74A 5P6CA 5P6QA 5P4AA 1SDVA 4OD9A 5P0QA 3UDHA 4Y47A 5P6OA 1E5OE 2FMBA 1VIJA 5AH8A 3VCMA 5DR3A 4CPXA 4Y54A 1NPAA 2AOIA 1META 5P0XA 4KUPA 2B7ZA 3NU4A 5P89A 2G69A 5B18A 3QVIA 2P3AA 3EL5A 5OZVA 5P07A 5P5ZA 4KE1A 5P2FA 5P7FA 4GZFA 1LYBB 4Y56A 3EKQA 5P7JA 3OUBA 3TH9A 1EAGA 5OZNA 5P8FA 3BHEA 4R92A 5P1AA 3PWRA 5P3MA 1PSOE 5I70A 1D4LA 4FIVA 2QNNA 1AZ5A 1HHPA 5P3TA 5AHBA 4YD6A 2ZHSA 1MT9A 5P0EA 1EC3A 3GI0A 6APRE 1MRXA 3S53A 5P2CA 1AAQA 1K2BA 2B42A 4GJ9A 3KDBA 3FV3A 5P67A 3FX5A 3VV6A 5P06A 3MSLA 2WF0A 2ANLA 2HB2A 4QJ9A 3R2FA 4Y4UA 1KJ7A 2QI7A 2R5QA 4Y41A 5P5XA 2I4VA 1BWBA 4NJUA 4Y48A 3Q6YA 3SKGA 4K4PA 5P8LA 1TQFA 4PHVA 5P71A 3DCKA 1RL8A 2ZJHA 2I4QA 3EL1A 5P6ZA 5P3XA 2NPHA 4ZPFA 5P3LA 5P50A 4FM6A 5P4FA 5P7WA 3ZPUA 3PRSA 5OYXA 2XFJA 2FDDA 2P3CA 5P04A 2PSGA 1PSAA 4LC7A 4FS4A 3L5EA 5OZPA 1HEFE 1IZEA 4EQ0A 3NSHA 1G35A 4Y50A 5OZTA 1LYAB 1CMSA 4PPHA 5OYUA 2IENA 3LNKA 5P52A 4J0ZA 2AODA 5P8BA 5DGWA 2QMFA 4BEKA 5P44A 3HVPA 3IXKA 3KT2A 3LIQA 1SGUA 4BELA 3F9QA 4F76A 2F3EA 4J0YA 1HPSA 2P83A 2IGXA 3BUGA 5P62A 3OXCA 4I8ZA 2ER9E 1OD1A 1LYWA 5P4EA 2FLEA 4ZPEA 4GYEA 2PQZA 4EJ8A 4Y9WA 4KB9A 4OBJA 4Y4GA 5P6JA 1YM2A 5P7UA 5P0AA 2ZHVA 4FGXA 3SO9A 3U6AA 5I3XA 2FNTA 5P1WA 3EL9A 3LINA 1AM5A 3D91A 5OZ6A 1M0BA 1DAZC 4OBGA 4DI2A 1T7JA 5P28A 4Q1YA 1GVVA 4Y5LA 5P03A 4J0PA 4FRKA 4Y4EA 3UQUA 3Q4BA 3BXSA 4AUCA 2RSPA 1EPPE 3CKTA 3PSYA 3SA9A 5P7ZA 2AOJA 4Z22A 1HVSA 1E80E 4J17A 4YOBA 5P70A 4B0QA 1SP5A 2ASIA 3DM6A 4I0DA 3I8WA 4B70A 3U71A 5P4JA 5P72A 4QJ7A 4EWOA 5P36A 3PM4A 4Q5MA 4DJUA 1B6PA 4HDFA 4ACXA 1LYAA 2R8NA 4YOAA 1D4KA 1T6EX 1EC0A 3CYWA 5P2YA 4Y3QA 5P7XA 1DW6C 5P2ZA 4L1AB 5EZZA 2G1YA 2NR6A 4YCTA 4WTUA 5OZSA 5P0OA 5P1EA 1RV7A 5P4PA 1K6PA 1FB7A 4I1CA 1WBMA 4I0JA 2RKFA 4FL8A 2OHNA 5P6GA 2RKGA 4AZYA 4B05A 1MUIA 2OAHA 3NXEA 2QHCA 3QBHA 1HTEA 5P5HA 5AH6A 2I4XA 4QGIA 5KOSA 9HVPA 5EZXA 5OZKA 1HVHA 5P0LA 3L5FA 4IVSA 1ZJ7A 3QP0A 4Y4DA 3S7LA 4EJLA 5P29A 1GKTA 3NLSA 3URLA 5P3QA 3UQRA 1K1TA 3QRMA 4RCDA 2VKMA 2IQGA 2P8HA 5P6HA 2QMGA 2NMZA 2XYEA 4Z2ZA 4DUSA 4UPJA 3UDNA 1KJ4A 3ZKMA 3U7SA 4MC1A 1FQ4A 5P6VA 4K4QA 4J5JA 5P6EA 2F81A 4M8XA 3ZMGA 3KFRA 3QPJA 1K1UA 5P4VA 3NWQA 3BUHA 5P3YA 5OZIA 2NMYA 1XS7D 4CPSA 3SQFA 1IZIA 2I0AA 5P4TA 1ZLFA 5P11A 3MSKA 1C6XA 5OZJA 4D8CA 2QHYA 5P7BA 5P1CA 1Z8CA 5P35A 5SXNA 4TVGA 1M43A 4AMTA 2QI1A 4L1AA 2J9JB 5P08A 5OZ9A 4E43A 3PMUA 1WKRA 5P38A 2HM1A 3ZKXA 4FLGA 4J54A 3AIDA 5P2MA 2ZJLA 1T7IA 5P31A 3EL4A 4APEA 5SZ9A 4L7HA 2ZYEA 2VIYA 5DR4A 5P3OA 5P68A 3FNSA 5P3RA 3UTLA 2UPJA 3NDUA 4YHQA 1AVFA 3OAGB 1A30A 5IVQA 2O4NA 2Q5KA 5P6UA 1IIQA 4B1CA 1HOSA 5P5MA 4ACUA 1U8GA 2AVSA 3BGCA 1FG6C 4KE0A 2QD8A 3CIDA 5KAOA 5KR2A 5KR8A 2VA5A 1IVQA 4YDGA 4HLAA 1EPQE 3VYEA 4DQEA 1ZPKA 2Q3KA 5P7AA 1FQ6A 2OHSA 4ER2E 1QRPE 4YBFA 1TSQA 1UPJA 3EL0A 5HD0A 5P1LA 4F75A 1LS5A 2AZ8A 3O9EA 5P0WA 5P26A 2H6SA 5P1XA 5P05A 3DCRA 4Y36A 5P0SA 5P47A 1HSGA 4RYGA 5HVPA 3FNTA 3VLBA 2V11C 3AUPA 1GVWA 5P5GA 5P13A 5C9FA 4Y5MA 3OHHA 1GVXA 4RCEA 1IBQA 2V0ZC 5HU0A 5P3CA 2I4WA 2J9JA 3HVGA 1FLHA 1LV1A 1MTBA 3UQXA 2WHHA 3IXOA 5P6BA 5P42A 1ZBGA 5P4SA 2O4PA 5P4OA 3DV1A 2FDPA 1HRNA 2G1NA 5P32A 5P79A 3N3IA 4D88A 4DPFA 5P7OA 5P4UA 4F74A 5P0IA 3T7XA 4R93A 5KQXA 1YM4A 1FFIC 5P7EA 3S56A 2NNPA 1YX9A 2OF0A 4I12A 4CPUA 3OOZA 1HPVA 1GVTA 4EXHA 2ZE1A 1B6LA 3OXWA 1D4HA 5P0UA 3G70A 2HS1A 5P3AA 3VSWA 4Y4AA 5P2VA 4ZSRA 1M4HA 3L5DA 4J1FA 5HU1A 2G1SA 3TPPA 1HTGA 2BKTA 2BJUA 3CKPA 2NXMA 5P8RA 4MC2A 5KQFA 5I3WA 4Y3SA 1BDQA 5OZQA 1W51A 2OHUA 1Q9PA 2FXEA 5OYSA 5P1VA 5P7YA 2VA6A 4Q1WA 4GJBA 3WZ8A 5P83A 5AH7A 2F8GA 5AH9A 4ZLSA 1XDHA 1ODWA 4K9HA 1XN3A 5P1HA 4Y4XA 3IN3A 4XX3A 3L59A 2F3KA 3ZKSA 3JW2A 1BDLA 4DJYA 3O9CA 3DUYA 3K5DA 3VV8A 7UPJA 3ZLQA 5P5EA 5P8SA 2QNQA 3LZUA 1XN2A 1LEEA 4Y5KA 4EHCA 5OZDA 3OU1A 3TLHA 5P8IA 2PWRA 5P8JA 5P10A 3NU9A 5AHAA 4DQBA 1MESA 4OC6B 5P2LA 2QD7A 5P0RA 3IVIA 4H3GA 1B6JA 1ODXA 3KM4A 5P8DA 1D4JA 4DFGA 3UDQA 2WF4A 2VIJA 4DV9A 5OZXA 4RYCA 4ER1E 4U7VA 4GIDA 4D83A 2VIEA 3EXOA 3WB4A 3LIVA 5P5UA 4B00A 5P84A 3ZL7A 1QDMA 1C70A 1Z1RA 3APRE 2VS2A 3URIA 5HDZA 4I0HA 5P1GA 3PI5A 3PI0A 5P6NA 2JE4A 4MC9A 3D1XA 3RVIA 5P7PA 3TOGA 5ER2E 3PBDA 3PCWA 2AZBA 4QJ6A 2PYMA 5P5CA 5P3DA 1HVIA 1K6VA 4Y58A 1EEDP 3WB5A 1MT8A 1EPME 1W50A 1CZIE 2HPFA 3IN4A 4J55A 4YCYA 5ISKA 4DJQA 5P18A 2OHPA 5DPZA 2IGYA 3UPJA 5KR1A 5DR1A 4I0ZA 1KZKA 4I10A 2AOCA 3SA6A 3UDJA 1FQ5A 3OWNA 3DK1A 5P37A 3SACA 3ZPSA 5P25A 4Y3WA 4CPWA 2G27A 1ENTE 5P33A 5DQ1A 4K4RA 4Y3PA 1BDRA 4EXGA 3S43B 2PK6A 5P5PA 4GMIA 2OHRA 5P20A 5E5KA 4B77A 1FQ8A 5P0TA 3D20A 2NTRA 3OADB 4B72A 5P75A 3N4LA 2ZHTA 1W5VA 2QI0A 3EKTA 4GB2A 5ENMA 3KFNA 4LXKA 4HVPA 5P7SA 4EJKA 2RMPA 5P8AA 2BPVA 5P3EA 4XXSA 1MRWA 1GVUA 4Y3JA 5P63A 3SA3A 2FS4A 5P3HA 2VJ7A 1HWRA 3INDA 4NPTA 1MVPA 5KOQA 3BC4A 5DR8A 3O9BA 3OY4A 1EPOE 1YTHA 4Y6MA 1LYBA 1G0VA 4Y51A 2WF3A 1HTFA 5OZUA 3JVWA 4U8WA 3L5CA 4Y3DA 1BXOA 1EC2A 1HXWA 5T4SA 3VSXA 4X7IA 3HBOA 4ZEAA 3OU4B 1K6CA 3QVCA 1LF3A 5P59A 5P1UA 5OZ1A 3S8IA 2AZ9A 3DV5A 5JODA 3VF3A 3PSGA 4WY1A 5P3JA 5P4NA 4APRE 5P02A 5P8MA 3SA4A 4GJ8A 3R1GB 4Y4WA 3VG1A 2G94A 3LITA 3INFA 1T6GA 3KYRA 4ZSPA 4X2LA 4I0EA 5OZLA 5DQ2A 5F00A 5P0CA 5IVSA 5P5IA 4Y3HA 2ZJJA 5OZ4A 2Z54A 2A4FA 3PVKA 5JFPA 2XFIA 5COKA 5P6AA 2O4SA 3KF0A 1BXQA 5BS4A 2IRZA 3PJ6A 6FIVA 1HSIA 5P5OA 3LIYA 3KN0A 3CICA 3QIHA 2WECA 2Q55A 2QK5A 1HXBA 5P69A 1HVLA 3ZPTA 4GJDA 4JP9A 2IEOA 5OYWA 4Y3YA 4GJ6A 4Y4JA 5P4QA 3PBZA 5OZZA 5KQYA 1ER8E 4JPEA 5P30A 2BQVA 5P0KA 1BBSA 5ENKA 3INEA 5P1RA 2QI5A 3LZSA 1TCWA 5P51A 3OU4A 4GJAA 5HDVA 2ER0E 5P2KA 5CLMA 2J9KA 3EKYA 4Y45A 3EMYA 5OZWA 4A6BA 5P0ZA 4DQCA 5P7DA 3D1YA 5P4YA 5P64A 3T11A 4K8SA 3L5BA 4NPUA 2VNNA 3GW5A 1QBUA 3HD8A 5OZBA 1W5WA 4PZXA 4DJPA 5OZOA 1EBZA 3NU6A 3S7MA 5P1NA 3VV7A 1UH9A 5P6MA 2QNPA 1ME6A 1RNEA 5P1MA 4TRYA 3QROA 4BFBA 5P60A 4DH6A 1RPIA 3LPKA 1G6LA 4Y53A 1ZSFA 5P7RA 1IZDA 4TRZA 4H3IA 2BPZA 5OZEA 1E82E 2I4UA 4CPRA 5P0JA 4GJ7A 3NDTA 3UFNA 2BPYA 3BGBA 3KMYA 4DJRA 1B5FB 2QU3A 2B8LA 5P2OA 2HAHA 4YD7A 8HVPA 2PMAA 3VF7A 1FG8C 4FSLA 5KR0A 2F3FA 5P40A 2IS0A 5P4KA 3LIZA 1PFZA 3QBFA 4H3FA 3HDKA 4I0IA 2WEAA 3TOFA 2B7FA 2CENA 5P86A 1FQXA 2BPWA 4R91A 3ECGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HCT A;  5P1S A;  5P8G A;  5P19 A;  4L7J A;  4D85 A;  3VUC A;  5BRY A;  4GJC A;  5P5J A;  2PH8 A;  2QAK A;  1PPL E;  3TKG A;  3RSV A;  5P5N A;  4B78 A;  5P4C A;  1GNO A;  5APR E;  3B80 A;  1HIV A;  5P53 A;  5DR0 A;  5P4L A;  1MSN A;  3NUJ A;  4FRI A;  5P6I A;  3T6I A;  5HE7 A;  1UH7 A;  5HE4 A;  1EPN E;  1TSU A;  5P5Q A;  2JXR A;  4Y3Z A;  3ZKI A;  3SLZ A;  5P2I A;  2QU2 A;  5P8K A;  5P6T A;  2AVO A;  5P5W A;  4Y5G A;  2WL0 A;  5P7N A;  5P01 A;  5P2A A;  5P57 A;  3OU1 B;  5P1Z A;  1A8G A;  4FSE A;  3JVY A;  4R95 A;  5P1J A;  2VA7 A;  5I3Y A;  2V00 A;  5OYZ A;  5P4R A;  3IXJ A;  5OZ3 A;  4OBF A;  5P4B A;  4OBZ A;  3TPR A;  2QD6 A;  4LHH A;  5P3W A;  4Y39 A;  5OZY A;  2P3B A;  2AVV A;  4YDF A;  4NJV A;  1IDA A;  3LZV A;  1IZH A;  5P87 A;  4YD3 A;  3T3C A;  1APT E;  5P3S A;  5P17 A;  3SAA A;  1HVC A;  1E81 E;  5P4I A;  1PPM E;  5P3I A;  2IDW A;  5P27 A;  5P12 A;  3IGB A;  3SFC A;  2F80 A;  1IVP A;  1PPK E;  2G22 A;  3K4V C;  1QBR A;  5P8O A;  4DJX A;  5P48 A;  3CKR A;  2PH6 A;  4H1E A;  4I8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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