1ZPAA

Hiv protease with scripps ab-3 inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title 1,2,3-triazole as a peptide surrogate in the rapid synthesis of HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zpaA00
5P7YA 1G35A 2WEZA 4U7VA 5BS4A 4ZE6A 2BBBA 5P3KA 5P4RA 3UFLA 1QDMA 3VYDA 2WF2A 2AOCA 4GJ8A 5P67A 5P1YA 1JLDA 5P5TA 1DPJA 3NU3A 5DQ2A 2IKOA 1AAQA 1BIMA 4YOAA 2PC0A 1NH0A 3QVCA 4YOBA 5P6BA 1BVEA 3PHVA 1BILA 5P5OA 5F00A 2O4PA 1SMRA 1XDHA 4Y3YA 5P85A 4FRKA 2RMPA 5P6VA 1IVPA 3OOTA 5DR1A 1HTRB 3R1GB 5P01A 1K6TA 3UF3A 5P8AA 5DQ4A 3WSJA 5P1RA 5HCOA 4Y3TA 2R38A 4Y5GA 4FE6A 5P1UA 3QRMA 4Y3WA 5P3HA 4Y3QA 5COKA 3SABA 1W6IA 5KR8A 4YE3A 4Y5EA 2QU2A 5P2QA 4AA9A 1LS5A 4CPRA 3VSWA 4E43A 4Y57A 5P1KA 2AOIA 1HOSA 1MESA 4YA8A 2ER9E 2AVQA 2FNSA 1UPJA 4GYEA 3FKTA 2WKZA 1B6PA 5P6FA 3BUGA 1FLHA 5P12A 2VJ9A 3OGQA 4L1AB 4Y41A 5P1OA 3TOGA 4L7JA 3S56A 4RLDA 5AHBA 1YM2A 1D4JA 3UQWA 4RRSA 1B6LA 1PFZA 1GVUA 1YX9A 1NPAA 2XFJA 2I4DA 2FS4A 3EL4A 4OC6B 4JP9A 1FFFC 5OZAA 2OHRA 3RSXA 3H0BA 3TL9A 1META 5E5JA 1LYAA 3PMYA 3L58A 4FSEA 5P1MA 5P15A 4K4QA 3OU3A 5P02A 5P05A 3VYEA 4ACUA 3URIA 1HVCA 2P83A 1ZAPA 3VV6A 2ZHSA 1HTFA 5OZ6A 5P69A 3IAWA 2AOGA 5P0YA 2NR6A 5P53A 5P4WA 4DJVA 2QZLA 3DOXA 4GZFA 1D4HA 3WB4A 5P66A 2SAMA 5P6WA 3O9FA 3L5CA 3LITA 2WL0A 2G1NA 3INDA 3O9AA 3UQPA 5KQXA 1SDUA 2BPWA 1LEEA 5P6XA 1K1UA 5P7ZA 1IIQA 4CPTA 2VIEA 4Y44A 3WZ7A 5P2XA 5P4IA 3IXJA 4GJ5A 5P8CA 1FQ6A 3TKWA 4DJYA 3FX5A 3PSUA 3ZKNA 4ZPFA 3QBHA 5P2IA 2NXDA 4RYGA 4TRYA 4B72A 5P4SA 5DQCA 5P7PA 1MT9A 2I4VA 3H5BA 1HTEA 2QNQA 5P36A 4NJUA 4J0YA 3FSMA 4FSLA 4X7IA 3IXKA 5KQZA 4DV9A 3UDKA 4F74A 4DQGA 5P0UA 4FIVA 1E80E 4HE9A 2O4NA 1W5YA 4I0FA 3O9DA 4RRNA 5P3RA 2HB2A 2ZYEA 4Y5AA 4YDGA 5P4GA 5P26A 4J1FA 1FQ4A 3INHA 3VF3A 5P3BA 3NWQA 1ODXA 3EM3A 4Q1XA 5OYQA 5HE4A 4Y53A 3SAAA 2WF1A 4MC1A 5OZHA 1BDQA 5P8TA 3PI5A 5P5KA 4Y3GA 5P0AA 3AUPA 4ZSMA 4EJDA 2P3CA 3PCZA 2ZJLA 1KJ4A 2G27A 4FLGA 4Q5MA 2V13A 4ZLSA 4GJ9A 2G1SA 1MRXA 2I4WA 1G0VA 5ENMA 4LP9A 4Y4UA 5P3OA 5P7DA 3LIQA 3URLA 1YG9A 1J71A 3TPJA 4J0PA 4L6BA 4EP2A 2QHYA 5P5AA 3L5EA 3OAGA 3S45A 3K4VA 3UDYA 2BKTA 2VS2A 1T3RA 1BAIA 5OYWA 1ZBGA 4QGIA 4GB2A 5P0IA 3G72A 4Y4WA 3DK1A 3UDJA 4ZSQA 3BGBA 1D4LA 2Q54A 5P3WA 1FQ8A 5P4CA 5P0TA 1MERA 1PSAA 2QI3A 4PPHA 3JVYA 3ZPSA 5P71A 5AHCA 4J1CA 2R5PA 1EBYA 3OADB 1A8GA 5P0EA 2BQVA 1VIKA 1TSQA 5P2ZA 5OZ8A 4GIDA 3KFNA 1HVJA 4TRWA 3PBZA 3N3IA 4DQCA 3OQ7A 3APRE 1T7IA 1WBMA 2AOFA 5P5UA 5P0HA 4DPIA 5P0KA 3KN0A 5P3TA 4B0QA 4A6BA 3T3CA 5P8BA 1CMSA 5P16A 4JPCA 4AUCA 2VJ6A 3DM6A 4CKUA 2VKMA 2VNNA 5P31A 5JG1A 1VIJA 5P6DA 5BRYA 4LL3A 3VG1A 5P7HA 4EP3A 2OHLA 5P2AA 1ZTZA 3ZKIA 5HU0A 3ECGA 5P6TA 5P39A 1DMPA 4OBHA 5P1ZA 4N00A 1MTRA 5P1HA 3OUBA 3SA3A 5P3GA 5P6UA 2JXRA 3SA5A 1MSNA 5FIVA 5P0ZA 2R9BA 1KJGA 4A4QA 4Y58A 4J1HA 3S54A 3SM1A 5P7EA 1EC3A 2ZGAA 3ZL7A 3EL1A 4TRZA 2ANLA 1GVXA 5B18A 2HIZA 3RSVA 5P3EA 3EL0A 1SMEA 2P3BB 3PLDA 2NMYA 1B6MA 2OHSA 5AGZA 1M4HA 3GGXA 3OU1B 3UCBA 3UPJA 5AHAA 4Y43A 3TNEA 3OY4A 5P4KA 3SPKA 3FNTA 3D3TA 5P0JA 5P3DA 1D4YA 1ZJ7A 3KDBA 1HSHA 3UDPA 2G22A 4QJ6A 5APRE 2FMBA 1F7AA 1GNNA 5P50A 5P47A 5P54A 4DJOA 2B42A 1LF4A 1PPLE 1HWRA 1YTHA 4K8SA 4Y3LA 1HRNA 5ISJA 2ASIA 2HB3A 4Y9WA 3O9LB 5P0DA 1Z8CA 5P0CA 4D83A 1MRWA 3KT2A 2PSGA 3OWNA 3EL9A 1YTIA 1K6VA 4Y38A 5P45A 4ZEAA 1FGCC 3VF7A 3EMYA 4LBTA 4LXAA 2UPJA 3SA8A 4TVGA 2I4QA 1Z1HA 3OHFA 4ZPGA 3O9IA 2XYFA 3OQFA 5P6PA 5P2DA 5P5SA 4H1EA 4EYRA 3K1WA 3BHEA 5OZMA 3WZ8A 3CKPA 4K4PA 1HEGE 1BXQA 1K2BA 4ZSPA 2G20A 4Y3JA 4AZYA 4Y5CA 5P4YA 5P44A 4RGHA 4NPTA 1D4KA 5P73A 4BEKA 3SA4A 1EBWA 5P5XA 3C9XA 2I0AA 2FDDA 5OYYA 3K5FA 3UQXA 5IE1A 5P1AA 1TQFA 2HS1A 1ZSFA 3K4VC 4MC2A 4I10A 2OHUA 3R4BA 4OD9A 5P1PA 4Y5KA 1RQ9A 2QI6A 5OZPA 4DJXA 4B1CA 5JFPA 2ZJJA 5SZ9A 3IXOA 5P25A 5P8UA 1IDAA 4J0TA 1Q9PA 5HD0A 5KR0A 4Y6MA 3VF5A 2ZJKA 3QN8A 2BPXA 4FAEA 2O4KA 4DJUA 5IVTA 4CPXA 2P3DA 1MEUA 1GNOA 5P3IA 5P4FA 5P8DA 3L5DA 4OBGA 2PK5A 5IS4A 2V10C 5DQ5A 4QJ9A 2B7ZA 3JW2A 5KOQA 4OBZA 2CENA 2QI5A 4B77A 4R91A 4B1EA 2I4XA 2F80A 4Y5LA 2J9JA 5P8JA 5P1NA 2V00A 1BWBA 2R8NA 5P11A 1A9MA 3BRAA 3OU4A 4LHHA 3LIVA 4Y4EA 5P6MA 3BUFA 1B5FA 2F3FA 5P3JA 4FS4A 1WKRA 3NLSA 5P5PA 5P56A 2RKFA 3SKGA 1DAZC 5P28A 3INEA 3FNSA 5P4VA 1APWE 4QLHA 2OAHA 4Z2ZA 1FEJC 2VIZA 4Y4ZA 5KR1A 3D1XA 5P5VA 2RENA 3OK9A 1E81E 4YCKA 5P0GA 1PROA 5OZ1A 2WJOA 2HS2A 4J5JA 5OZZA 5P5BA 5P8QA 3U71A 1HPSA 2JJIA 5P4LA 3PGIA 3KYRA 3S43A 2G26A 4H3GA 3PJ6A 1TW7A 4Y35A 2R3TA 1FFIC 5P2WA 1QS8A 3DJKA 1HIIA 5P0NA 4DJPA 5P3VA 5KQYA 1LYBB 4APEA 1TCWA 2OHQA 4Y36A 5P34A 3SA7A 3PWMA 4PYVA 2ZDZA 4J0VA 1QBUA 5OZTA 4MC9A 5OZLA 1RPIA 3LNKA 5P4DA 1ME6A 3LZSA 5P4BA 3OHHA 5P6LA 5P0OA 1AJVA 5OZSA 3L5FA 1KZKA 5P8SA 5P7KA 1BDLA 1RNEA 2AVMA 5P2CA 5P4OA 1LYWA 2NNPA 3ZPUA 2H6TA 5P8GA 4B70A 4EXGA 4FRIA 2EWYA 5P80A 3S7LA 1SGUA 2I1AA 4I0IA 1WBKA 5P79A 3KFRA 5P8NA 3DUYA 3ER5E 4DPFA 4LXKA 2QI1A 4APRE 4NJSA 5P37A 4ER4E 5HE7A 4CPQA 4QJ2A 3QS1A 2BPYA 1EPQE 4Y51A 4H3JA 5P35A 4Y48A 1HIVA 5P2MA 5OZXA 5KQFA 2AIDA 5P23A 3S7MA 1ER8E 1ODWA 5P4QA 3HBOA 1N49A 4IVTA 3FNUA 4QJAA 4QJ7A 2ZJHA 5P07A 3FIVA 4FL8A 1XN2A 4Z22A 5P0SA 2QK5A 4J1EA 5P1BA 1AXAA 2ZHVA 1BV7A 3PLLA 3SM2A 3VSXA 5OZDA 3MSKA 3LIYA 3LINA 3KF0A 4I8WA 1SIPA 5P2RA 5OZNA 3PVKA 4GJBA 2P8HA 3TKGA 2FIVA 5P6CA 5ISKA 1GVWA 3S85A 4R8YA 2ZJMA 5P5RA 5OYRA 1XL5A 4RCFA 3NU9A 4ER1E 2QHCA 5P2JA 1FF0C 1SH9A 2ZJNA 5DR3A 4Y4GA 5P5DA 5P7AA 3EKQA 2B8LA 2WHHA 4Y3XA 4OBJA 4U7QA 3GGUA 5C9FA 1U8GA 5JODA 2BPVA 2PSUA 1K1TA 1BVGA 1HBVA 3R2FA 4ZPEA 3NR6A 2A1EA 4B1DA 5DGWA 5COPA 5P2NA 3EL5A 3PWRA 2P3AA 1E82E 3TLHA 3KMXA 3OUDA 4YBIA 2QI0A 1NSOA 3NU6A 3D1YA 1ENTE 1SDVA 3NU4A 2NNKA 2I4UA 2AZ8A 5DGUA 3NUOA 1GNMA 4FM7A 4DFGA 1HXBA 3PB5A 5OZ0A 1IZDA 4YHQA 5P61A 3UTLA 3INFA 1FMBA 3KA2A 1K2CA 5P5NA 3KT5A 4FM8A 1BV9A 4Y3RA 5P2LA 1YTGA 3OXCA 3A2OA 5AH7A 4RVXA 5P5HA 5P5JA 3GGAA 3L5BA 1M43A 5P20A 1DW6C 3WZ6A 4Y50A 3EM6A 5P7UA 5P48A 4RCEA 2AZCA 5P1FA 2F3EA 3HDKA 1UH8A 1HPOA 3NU5A 2B60A 1HSGA 3NDXA 2BB9A 5P1JA 3EKYA 1DIFA 4B05A 1HVHA 2O4LA 2HPEA 4J55A 3UQRA 5I3VA 1AIDA 4B78A 2PQZA 2NPHA 3ER3E 1B6KA 2ER0E 5P08A 3KFSA 5P3LA 5AH9A 5P6IA 5P57A 3HAUA 4RZ1A 1LYAB 1MTBA 5P7QA 4FAFA 5P8FA 1KJFA 4EWOA 3CKTA 3KDDA 3OTSA 4OBFA 1XE5A 2NXLA 2O4SA 3TOFA 5OZQA 4CPUA 4Y3NA 4OBKA 5HTZA 1LF2A 5P24A 2FXEA 4H3FA 3CYXA 2VA7A 5ENKA 1LZQA 4BFBA 4I0EA 2HC0A 1PPME 1SDTA 5P2SA 3UQUA 3RTNA 1IBQA 2UXZA 5P1LA 5P8VA 5P4XA 2B7FA 2AOJA 4COEA 3CICA 1TSUA 5P29A 4CMSA 2PH8A 2AZ9A 4I0HA 3NSHA 5P03A 3BVBA 3RVIA 3UHLA 5P3ZA 5P0BA 5P4UA 5P75A 1ZPKA 5P78A 3QPJA 4R92A 1ZSRA 4DQFA 2Q63A 2APRA 2QMPA 1IZHA 4EXHA 4IVSA 5P09A 2RKGA 2QZXA 2NTRA 2IENA 5OZUA 1HPVA 2Q11A 3BVAA 2CEJA 4Y3SA 1CPIA 4K4RA 5C9DA 1HIHA 1IZEA 3RU1A 1T6GA 4YD5A 3Q5HA 3Q70A 2G24A 5P1IA 3CYWA 3IGBA 2FGUA 3HD8A 5EZZA 3QP0A 5OZGA 1YM4A 5P6SA 2VNMA 5P8RA 3DCRA 5P6AA 4EJ8A 5P27A 5P7BA 3TPPA 4DI2A 1M0BA 2Z4OA 5IVSA 3PRSA 3GI5A 6UPJA 5P33A 1MT8A 4Y5BA 2G1OA 4JPEA 3SA6A 5P7LA 1T7KA 5T4SA 5JFUA 4Y3PA 1RV7A 1QBTA 5OZYA 2QHZA 3EKXA 3EM4A 3MWSA 2G1YA 5P62A 2QMFA 4EHCA 2QD7A 1APVE 4MC6A 3Q4BA 4RROA 3OAGB 3OQKA 5P22A 4DQHA 3K5CA 1GVTA 4NPUA 1TCXA 3DCKA 3OQAA 4YD3A 3BC4A 1YTJA 2PYNA 2OF0A 2QZKA 2AOEA 5SY3A 4DVFA 3ZKMA 1K6CA 1EPME 1APTE 2O40A 5SXNA 4M8XA 5OZFA 5P52A 3T7QA 5P6HA 2FDEA 5P5IA 4BFDA 1W5WA 4J54A 2PYMA 2A4FA 1KJ7A 2HM1A 1ZP8A 5OZBA 2VJ7A 5ER2E 4Y47A 5HDXA 3ZKXA 1XL2A 1PPKE 2G94A 5DR7A 5P8KA 3OXVA 5TOLA 3DV1A 4GMIA 1FQXA 1FG8C 1OHRA 5P14A 2WEAA 4RVIA 5E5KA 2HPFA 3D20A 3OOZA 2AZBA 4L7GA 3RTMA 1W51A 4EJKA 3CIDA 5OZ4A 1E5OE 4DUSA 2G21A 4HDBA 1UH7A 2QNNA 3G70A 3RTHA 2QAKA 4L1AA 3D1ZA 4WY6A 1AZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7Y A;  1G35 A;  2WEZ A;  4U7V A;  5BS4 A;  4ZE6 A;  2BBB A;  5P3K A;  5P4R A;  3UFL A;  1QDM A;  3VYD A;  2WF2 A;  2AOC A;  4GJ8 A;  5P67 A;  5P1Y A;  1JLD A;  5P5T A;  1DPJ A;  3NU3 A;  5DQ2 A;  2IKO A;  1AAQ A;  1BIM A;  4YOA A;  2PC0 A;  1NH0 A;  3QVC A;  4YOB A;  5P6B A;  1BVE A;  3PHV A;  1BIL A;  5P5O A;  5F00 A;  2O4P A;  1SMR A;  1XDH A;  4Y3Y A;  5P85 A;  4FRK A;  2RMP A;  5P6V A;  1IVP A;  3OOT A;  5DR1 A;  1HTR B;  3R1G B;  5P01 A;  1K6T A;  3UF3 A;  5P8A A;  5DQ4 A;  3WSJ A;  5P1R A;  5HCO A;  4Y3T A;  2R38 A;  4Y5G A;  4FE6 A;  5P1U A;  3QRM A;  4Y3W A;  5P3H A;  4Y3Q A;  5COK A;  3SAB A;  1W6I A;  5KR8 A;  4YE3 A;  4Y5E A;  2QU2 A;  5P2Q A;  4AA9 A;  1LS5 A;  4CPR A;  3VSW A;  4E43 A;  4Y57 A;  5P1K A;  2AOI A;  1HOS A;  1MES A;  4YA8 A;  2ER9 E;  2AVQ A;  2FNS A;  1UPJ A;  4GYE A;  3FKT A;  2WKZ A;  1B6P A;  5P6F A;  3BUG A;  1FLH A;  5P12 A;  2VJ9 A;  3OGQ A;  4L1A B;  4Y41 A;  5P1O A;  3TOG A;  4L7J A;  3S56 A;  4RLD A;  5AHB A;  1YM2 A;  1D4J A;  3UQW A;  4RRS A;  1B6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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