1ZSRA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease (bru isolate) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[s-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title On the role of the R configuration of the reaction-intermediate isostere in HIV-1 protease-inhibitor binding: X-ray structure at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zsrA00
5OZXA 1J71A 5P5OA 3K5GA 1BAIA 5P1SA 5JFPA 2AVQA 7HVPA 1OD1A 2UPJA 3KM4A 4NJUA 3EXOA 1DP5A 5P0GA 2XFJA 3GGXA 4I8ZA 4Y4AA 5T4SA 2O4SA 5P79A 1EPLE 4Y53A 3HBOA 4DQGA 5P60A 1XL2A 4UPJA 4ZIPA 1C6XA 3OQAA 4ACXA 2AOEA 2FXEA 1QBUA 4Y35A 4NJSA 3HVGA 2VA7A 5AH8A 1IZEA 3WZ7A 4XKXA 3QP0A 2Q5KA 3BVBA 3QRMA 4JPCA 5P8CA 4YCYA 4L7HA 1MT8A 5P34A 3FNSA 1EC3A 5OZPA 3VF5A 2CENA 3DV1A 5P8GA 4Y3WA 1PROA 5P8UA 1YTHA 3NU3A 3JVWA 4Q5MA 4TRZA 5P62A 5AH6A 2F3KA 1AZ5A 3OU4B 1HPOA 4Y4BA 5DQ1A 2Q63A 3UF3A 3UDPA 4JOOA 5OZ9A 5DQ4A 1FQ6A 3T11A 3JVYA 5P4NA 3TPJA 3GW5A 4Y4TA 5P41A 3EKTA 1K1TA 3UQRA 4Y3AA 4TRWA 4H3FA 1E82E 3TNEA 2ZHVA 2FDPA 5P3CA 4RLDA 3IGBA 5P72A 3HW1A 5P18A 4CPSA 1B6MA 3LIZA 4FRIA 3VEUA 3KMXA 1ODYA 3OK9A 3SQFA 3AUPA 1QRPE 4RVJA 3K4VA 4Y3TA 3S2OA 1APUE 3NDTA 5OZGA 4HDBA 4I12A 5P24A 5P6LA 4OD9A 5P76A 2O4PA 4R92A 5P4VA 5P0VA 5P5WA 5P6PA 1SMRA 5P36A 5I3YA 2P4JA 3U71A 3VUCA 1QBSA 3UCBA 5HDZA 5E5KA 5P0WA 4U7QA 3PCWA 1W6IA 3OU4A 2PSGA 2HS2A 2QZXA 3OUDA 5P71A 5P2BA 2PYNA 5ER1E 4J17A 5AHCA 5P2JA 3EL4A 3QS1A 3L5EA 3VF7A 3WZ6A 5P1EA 5P8VA 5P5FA 5P3QA 3K5DA 3LHGA 1MRXA 3HDKA 1ZLFA 5HE5A 2I4XA 4F76A 3QPJA 2QI0A 5P33A 2PH8A 3GI5A 4D8CA 3NXEA 3QAAA 1IDBA 3OXVA 5P8DA 4IVTA 5P7YA 4B78A 1AIDA 4Y4ZA 1B5FA 2O4KA 5P1CA 3BUFA 2VJ9A 5OZIA 1AM5A 5P4FA 5DR0A 1VIKA 1MT7A 1LV1A 1QS8A 2NNKA 5P88A 3QRVA 4Y4UA 2PSVA 5P02A 5P0MA 1HVLA 2JXRA 4Y39A 2XFKA 2QP8A 3Q6YA 1HHPA 4R5NA 4J0ZA 3ER3E 3HZCA 4F75A 3HAWA 2R3TA 5P0XA 4J0TA 2V16C 5EZZA 2QZKA 4FM8A 2QZWA 7UPJA 2ZYEA 3GI4A 5P0EA 4KE0A 4QJ6A 2QI4A 4Y3GA 4YBIA 3UDRA 5P2MA 1UH7A 3VCMA 2ZHUA 1KJ7A 2VKMA 3KYRA 3BXRA 4Y43A 3EL5A 5C9FA 4Y5KA 1A8KA 5P2ZA 5KR2A 4MC1A 1FKNA 4OBHA 2OHMA 5P3HA 5JG1A 1G6LA 4LBTA 1XE6A 2FGUA 5P3GA 5P3MA 5P0ZA 1MIQA 5P64A 2ZJJA 2NR6A 4J55A 5P2UA 3MXDA 4CPXA 3EM4A 2QZLA 1FMXA 3OQ7A 3LZSA 4Y56A 5P7HA 4Z22A 5P3ZA 3GI0A 2P3DA 1FEJC 1W5XA 1D4SA 4FCOA 1LZQA 5OZ1A 5KR1A 1WBKA 5C9DA 4JECA 3EMYA 4NJTA 4EJ8A 3S54A 3FSMA 5AHAA 3I8WA 3UDNA 1DAZC 2ZHRA 5P81A 3WZ8A 5P30A 1MUIA 1GVWA 3SO9A 2QNNA 3S43B 2JJIA 3O9AA 1HTRB 4RRSA 3TKWA 3ZKGA 1F7AA 5ENKA 3VYEA 1ODXA 4OC6B 5P73A 5P22A 3OU3A 4I10A 5OZRA 5P5CA 5OYTA 5P5TA 2QD8A 3BRAA 4L1AB 4DPFA 3NU4A 1K6CA 3NR6A 4Y3HA 4FIVA 5P6NA 4BFDA 1KJGA 1MSMA 3AIDA 2IQGA 3PB5A 4Y5MA 3RTNA 1OHRA 3RSXA 1HSHA 3ZKIA 5P52A 5P82A 4Y45A 2IRZA 1HSGA 3PVKA 2V13A 2V12C 5P4LA 3OWNA 5P5SA 1IZIA 1APWE 4LXKA 3NU9A 1PPME 2QHZA 5P69A 2G1OA 2P83A 5P19A 5P2AA 5OZNA 5P05A 2I0AA 2QI7A 5P27A 1KZKA 5P5EA 4D83A 3PWRA 3O9IA 1GVUA 3MSLA 5P8OA 1SGUA 3CICA 2ER9E 4QJ9A 2FMBA 4CP7A 5P5KA 4OBZB 3PSYA 2V0ZC 5P57A 4OC6A 5AGZA 4RCFA 5P4UA 4QJAA 5OZQA 3BXSA 5P3WA 5P66A 5P7QA 2P8HA 1FQ8A 4L1AA 3BHEA 2V00A 2ZE1A 4Y5PA 5HDUA 3U7SA 4GJ7A 4Y6MA 2PC0A 5P1TA 2HM1A 4ER1E 3D91A 3TPPA 1GNNA 2FDDA 2OHUA 1FQ7A 2BKTA 4R8YA 5OZJA 5P7XA 1TSQA 2NXMA 1YTGA 1BXOA 3ZMGA 2Z54A 2ZJLA 5P8JA 2JE4A 5OZDA 1W5VA 2QD6A 3NDWA 4B1EA 2IEOA 2ZGAA 5P51A 5DQ5A 1T7JA 2PWRA 3B7VA 1ZSRA 2AOIA 1HIHA 2BPWA 2QI3A 1TSUA 2AZ9A 1EC2A 2RENA 4ZPGA 2HC0A 4J0YA 2AODA 3BC4A 3N4LA 4GYEA 1AJXA 5P5RA 3CKTA 3OY4A 4Z2ZA 5P35A 2R3WA 5HE7A 5P8KA 3D1XA 5P11A 4OBZA 4ACUA 5IVTA 5P0DA 5OZCA 4AA8A 4TVHA 5P0FA 3G70A 3U6AA 3L5CA 1HPXA 4I0ZA 4Q1XA 1FQ4A 5P80A 4LXAA 3SPKA 5P0IA 5SY3A 5KOQA 4RYCA 5P29A 4GJCA 4HDFA 4Y3XA 2VA5A 1UH8A 3PBDA 1M43A 5P6KA 4AMTA 5P5GA 5OZSA 1M0BA 5C9BA 2ER0E 1BWBA 1FGCC 4NJVA 2OHQA 2QCIA 4Y48A 5UPJA 1IDAA 3T3CA 1M4HA 5P13A 3TPRA 1FQXA 5P2HA 1MVPA 1HEGE 1HPVA 1FMUA 5OZFA 3PEPA 3LZVA 3ZL7A 1HVKA 3DCKA 1SP5A 5P4CA 4LP9A 2WEDA 2I4VA 4GZFA 3IN4A 5P58A 4OBDA 2ANLA 4RGHA 3T7XA 2HS1A 5OZAA 1W50A 3VLBA 3SKFA 1YX9A 5P5UA 5P89A 5DQCA 1MEUA 2XYFA 5OZTA 3SA6A 2BPXA 1B6KA 1HIIA 2B60A 4K4PA 3FKTA 1IVPA 3OU1B 1MTBA 1QBRA 5P32A 3O9DA 1OEWA 3PJ6A 4Y37A 2P3CA 4I11A 1ZAPA 2G69A 5HTZA 1NPVA 2O40A 4HEGA 1XL5A 1T7KA 5P6QA 5P47A 5DGUA 3MSJA 2QMFA 2RKGA 3OGQA 3EL1A 3T7PA 3ST5A 5OZ2A 5OZOA 1XE5A 4X2LA 2OAHA 5P3FA 1RQ9A 1BV7A 5P2QA 5P4PA 5OYWA 5P6BA 3K4VC 3EKVA 3NU5A 5P6DA 5P7WA 4I1CA 3TTPA 4E43A 1T6GA 3TKGA 5HDVA 5OZ4A 3DM6A 4EXGA 1W6HA 1EPME 4YA8A 3UDYA 5P7JA 5APRE 1NPWA 1BILA 3INHA 3B80A 4Y4EA 5P2VA 3S85A 1D4JA 2WECA 2G22A 5KAOA 1YTIA 4Y5AA 4OD9B 5SZ9A 5P1NA 4RYGA 1B6LA 1IBQA 1BDLA 3OU1A 3DUYA 4R95A 4J1IA 2OHLA 4FGXA 4FAFA 2O4NA 2H6TA 3UTLA 1FLHA 3SABA 2BQVA 4EJDA 5P0LA 3QBFA 3Q5HA 5P3JA 4Y3LA 4WY6A 2JJJA 1K6PA 1VIJA 2Q15A 4Y50A 3OHFA 5P8SA 5B18A 4EHCA 5OZMA 1XN2A 2QNQA 1ZPKA 4KUPA 2FS4A 3OUDB 5P3XA 2IKOA 5P8EA 2ZHTA 2I4WA 2QMGA 5P08A 4Y57A 5P78A 4LAPA 2QI6A 5P7GA 3S53A 5KR0A 1AJVA 2G26A 5P4BA 3RTHA 5P0PA 3UQUA 3QIHA 5IVSA 4CMSA 2IENA 3A2OA 2FNSA 2HIZA 4YDGA 1B6JA 1N49A 4FRKA 5P06A 5P2SA 5P1DA 4H1EA 1RPIA 5P63A 1GNOA 4Y4WA 8HVPA 5P7OA 5P4ZA 3R2FA 5P6YA 2J9KA 1BXQA 3TH9A 2AIDA 4AUCA 5P8TA 5P2IA 4AZYA 2APRA 5TOLA 4DJVA 3VFAA 1EPRE 1BWAA 3JW2A 1HVHA 3S7LA 3QI1A 1LYAB 3PSGA 3TL9A 1B5FB 1FG8C 3QROA 1E80E 3QVIA 5P8MA 3IVIA 2VJ7A 4RCDA 4DPIA 5P6HA 3L38A 5P49A 4YCKA 5HVPA 5P6XA 4Y44A 1LF4A 3SA4A 5P1VA 1T6EX 3L5BA 3HAUA 5P1PA 4DQFA 3PHVA 5OZ5A 5KQZA 1GVVA 5P1UA 5ENMA 1SH9A 2QNPA 2PQZA 5P0OA 1EAGA 2G94A 3D1ZA 1QDMA 1ODWA 3TOHA 3CYWA 3T7QA 4Q1NA 4YOBA 1LS5A 5P2LA 5P7FA 5P0BA 3QN8A 5P2NA 5P3IA 5BWYA 4CKUA 2OHPA 1K6TA 2I0DA 5P86A 5P7CA 1FIVA 2R5PA 5P6WA 1LYAA 1ER8E 4ER4E 5P6RA 4BFBA 5OZWA 4DJPA 5OZBA 5AH9A 3KMYA 4EP3A 5P12A 4I0GA 3ZKSA 4K8SA 1PPLE 5P00A 5P55A 5JFUA 4B05A 5P0NA 5P3NA 5P3KA 3I7EA 5JODA 1EC0A 3KFRA 3QRSA 3OHHA 1AAQA 5P5LA 2NPHA 2XFIA 1HIVA 4DJXA 4NKKA 3O9EA 4Y3QA 3CYXA 3NWQA 1SDVA 4F73A 4Y4XA 4J54A 4JP9A 5P7IA 1CZIE 2HB4A 1ZSFA 3IA9A 4GJ9A 4HA5A 3NSHA 1Z1RA 5P5BA 3R1GB 2RKFA 5P65A 4ZSMA 3TPLA 5OYQA 2OF0A 5OZ7A 2CEJA 2FIVA 4YOAA 2PK6A 3K1WA 5OZUA 3KF0A 5P1JA 5P2KA 5P1MA 3PCZA 4EQJA 3LIQA 1BDQA 1TZSA 3EKXA 2NMZA 4J1HA 4GMIA 2Q3KA 1GVTA 5P15A 4EPJA 5ISJA 2I1AA 1SGZA 3VYDA 5COKA 5P7NA 1YT9A 5P23A 4Y5EA 1CPIA 4B77A 5HE4A 3KDBA 3SKGA 4RZ1A 5P8HA 5P8QA 1EBZA 2VS2A 1SIVA 4Y36A 3SA7A 5P4MA 2R5QA 4N00A 2VA6A 4ZSRA 3L5DA 3MXEA 5DQ2A 5P5YA 4ZSQA 3IXJA 1HTEA 2RMPA 5P7TA 4FS4A 1BIMA 3EKQA 1EPOE 5P03A 4LC7A 5P43A 5KOSA 3OTYA 5P31A 3SFCA 3EC0A 3CKPA 1A9MA 2G1RA 3LINA 4HVPA 1SDTA 5P6TA 5OZLA 2OHKA 3EL9A 3VSWA 1MERA 2WF2A 2B8VA 4ZPEA 1OEXA 2VIYA 4Y4DA 4YD4A 4U7VA 1U8GA 5I70A 2WF4A 2I4QA 1HVCA 2Z4OA 3SM1A 4YE3A 5HD0A 5P7ZA 1A30A 1DW6C 5P75A 1HOSA 3DK1A 5P59A 5P4KA 1K2CA 4EYRA 3M9FA 4QLHA 2G21A 4Y51A 3VG1A 5P8FA 4DVFA 1G0VA 4L6BA 4CPWA 5P7SA 3UQWA 3EKWA 5OYVA 5P2DA 3LPJA 5P1ZA 3ZPUA 5P8RA 5P48A 2ER6E 4DJWA 3OUCA 5OYYA 3L58A 1YTJA 3O9LB 3EL0A 1FFFC 4RCEA 4Y3EA 2PH6A 3CKRA 3KT5A 3NXNA 1DIFA 2G1YA 3DV5A 4Q1YA 1T7IA 5P1RA 5IE1A 4J1FA 3O9FA 4B1CA 3FV3A 2FGVA 3OOTA 4DJUA 5P0HA 3D3TA 5P6SA 5P01A 2IDWA 2VJ6A 1Z1HA 4DV9A 1ZBGA 4WTUA 2G27A 5P7DA 2Q55A 2AOGA 1RNEA 1EEDP 2OHNA 1IZDA 2ZJKA 3DJKA 3DOXA 5P16A 5P7LA 3UDHA 5OYUA 3O9BA 2O4LA 3UDQA 4R93A 1FG6C 3IXOA 3VV7A 1PSNA 4EWOA 2A4FA 5COOA 3PMUA 5SY2A 5P4AA 6UPJA 3ZKXA 1EBKC 2QI1A 4EQ0A 2P3AA 4Y3RA 3FNTA 3UDKA 1LYWA 3L3AA 5KQFA 3UFLA 4I8WA 2ZJIA 5P1OA 5P0YA 2NNPA 5P09A 5OZZA 1MESA 3O9LA 3HLOA 3NUOA 3LITA 5P3VA 5DR1A 1APVE 4CPQA 5DR8A 3UDJA 2FDEA 3PWWA 1HVJA 2Q11A 5P0SA 2NMYA 5P2TA 3KDDA 4H3IA 5OZ3A 5P46A 5P8LA 3INEA 5OZ6A 1XS7D 1TCWA 3ZPSA 2NXLA 1CMSA 4Y5BA 1BBSA 1ZTZA 3OADB 3NDXA 3EKYA 5P3LA 2VIJA 3IN3A 5P10A 3QBHA 4FM6A 5OZ8A 1PSOE 1K1UA 4B70A 1ZP8A 2BPVA 5P2RA 4FRSA 5P45A 4CPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZX A;  1J71 A;  5P5O A;  3K5G A;  1BAI A;  5P1S A;  5JFP A;  2AVQ A;  7HVP A;  1OD1 A;  2UPJ A;  3KM4 A;  4NJU A;  3EXO A;  1DP5 A;  5P0G A;  2XFJ A;  3GGX A;  4I8Z A;  4Y4A A;  5T4S A;  2O4S A;  5P79 A;  1EPL E;  4Y53 A;  3HBO A;  4DQG A;  5P60 A;  1XL2 A;  4UPJ A;  4ZIP A;  1C6X A;  3OQA A;  4ACX A;  2AOE A;  2FXE A;  1QBU A;  4Y35 A;  4NJS A;  3HVG A;  2VA7 A;  5AH8 A;  1IZE A;  3WZ7 A;  4XKX A;  3QP0 A;  2Q5K A;  3BVB A;  3QRM A;  4JPC A;  5P8C A;  4YCY A;  4L7H A;  1MT8 A;  5P34 A;  3FNS A;  1EC3 A;  5OZP A;  3VF5 A;  2CEN A;  3DV1 A;  5P8G A;  4Y3W A;  1PRO A;  5P8U A;  1YTH A;  3NU3 A;  3JVW A;  4Q5M A;  4TRZ A;  5P62 A;  5AH6 A;  2F3K A;  1AZ5 A;  3OU4 B;  1HPO A;  4Y4B A;  5DQ1 A;  2Q63 A;  3UF3 A;  3UDP A;  4JOO A;  5OZ9 A;  5DQ4 A;  1FQ6 A;  3T11 A;  3JVY A;  5P4N A;  3TPJ A;  3GW5 A;  4Y4T A;  5P41 A;  3EKT A;  1K1T A;  3UQR A;  4Y3A A;  4TRW A;  4H3F A;  1E82 E;  3TNE A;  2ZHV A;  2FDP A;  5P3C A;  4RLD A;  3IGB A;  5P72 A;  3HW1 A;  5P18 A;  4CPS A;  1B6M A;  3LIZ A;  4FRI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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