The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
109
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structure length |
109
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Chain Sequence |
b'SSPKRPYYLRGFYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNQRFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGMMFEPEEIYDELN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Specificity versus stability in computational protein design.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
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| source organism |
Haemophilus influenzae
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| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
28
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| structure length |
109
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| sequence length |
109
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QAZ A; 1ZSZ B; 1OU9 A; 1ZSZ A; 1ZSZ C; 1OX9 A; 1OUL A; 1TWB A; 2NYS A; 2QAS A; 1OX8 A; 1OU8 A; 1YFN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UGV A; 1TG0 A; 2MF2 A; 2DBK A; 2EBP A; 2LJ1 A; 2CP6 A; 4C5I A; 3QZ5 B; 1Y96 B; 2OX7 A; 1NYG A; 1AWJ A; 3H9N A; 2YHT A; 2HSE B; 2CZ1 B; 3T9N A; 5GAN 7; 5J3B A; 2JW4 A; 2KAF A; 2LVM A; 8ATC B; 1MV0 B; 3P8D A; 3JCM J; 2QG9 B; 2RHX A; 1JBM A; 2HQH A; 3ULR B; 4NL3 A; 1JQQ A; 2AT1 B; 1MMD A; 2PU9 B; 5KYY A; 3MCA B; 1H3Z A; 1Y71 A; 2QQS A; 1IB8 A; 2FZG B; 2HD0 A; 3F70 A; 4IKF A; 4ATO A; 3RUX A; 2L2P A; 2YRV A; 3KUF A; 4E6R A; 2DVJ A; 4E7H A; 3PIO A; 1K76 A; 2DXB A; 3OYC A; 1PM3 A; 2RQT A; 2KBT A; 2X4J A; 1NM7 A; 4ZTJ A; 2O9S A; 1W1F A; 3CC7 T; 3V7C A; 2YUQ A; 3OW2 P; 2HQX A; 2WSC E; 3OA6 A; 3TVT A; 4J9I A; 5LJ5 h; 1X6B A; 2GCX A; 2JTM A; 3VUZ A; 4LN2 A; 1NEB A; 2BIV A; 3MO8 A; 2RMO A; 2ED0 A; 5EG2 A; 2DA9 A; 4AT1 B; 1M3C A; 3VJP A; 2O9V A; 3M55 A; 3CCL T; 4LUD A; 3DLL A; 1VQO A; 4J9H A; 1OQK A; 3GIB A; 4PLL A; 1EZZ B; 4A4H A; 2HNI A; 4QVC A; 2MPX C; 3H41 A; 1PC0 A; 1KSW A; 3OYN A; 2AZS A; 5GAM e; 4JZ4 A; 1E7O A; 1S1N A; 3SDZ A; 4N0A A; 3TSZ A; 3L2W A; 4HCK A; 1WQW A; 2JZ2 A; 2WAC A; 2E5K A; 3LW5 E; 4A4G A; 3FC3 A; 4QVZ A; 1M30 A; 4Z89 A; 4M75 G; 2EKO A; 3INZ A; 1RAE B; 1VIF A; 5IHN A; 2DO3 A; 2HL3 A; 4AFQ C; 1ABO A; 1X43 A; 4D6W A; 4PJL A; 5HK0 A; 3EH1 A; 1X6G A; 4PLI A; 5KYU B; 4M7D B; 5CK9 A; 4M75 F; 4M78 A; 3EGU A; 5KYW B; 4IUV A; 1K9M C; 1YP5 A; 3KBG A; 3QHS A; 1Q82 C; 4LXC A; 2CYZ B; 2FHD A; 4DEY A; 3CQT A; 1VQM A; 3X26 B; 4OMQ A; 1G3T A; 2VGM A; 2QA4 A; 4C8Q D; 4M78 E; 1WHH A; 1ZSZ B; 4XU1 A; 3EG3 A; 3E9G A; 1PSF A; 4MDW A; 1VQO T; 2KXD A; 1B07 A; 1MND A; 1JU5 C; 1VQL T; 2M1H A; 3L2U A; 1K0S A; 4PJO G; 2BZ8 A; 2ROL A; 3C95 A; 2DF6 A; 3G71 Q; 1BI2 A; 5CVI A; 1AVZ C; 2H3J A; 5A0G A; 1XTD A; 4PJO F; 1PRL C; 4XU3 A; 1H8K A; 5FRN A; 4A4E A; 2A37 A; 2RHZ A; 2JTE A; 1OU9 A; 2KRS A; 1KD1 U; 3H6Z A; 4C5E A; 2KK4 A; 4AG1 C; 3QG1 A; 3CCM A; 3RKY A; 2YT6 A; 4R0K A; 1VOM A; 1T0H A; 2Z0W A; 3OYL A; 2BZX A; 1PNJ A; 1M5Q 1; 4M7A D; 1N5Z A; 2GF7 A; 4BI8 B; 4ANJ A; 4PJM A; 4GBQ A; 1VQ9 Q; 1VQM T; 4F7U B; 3CME Q; 2KYB A; 3JV3 A; 5I2S A; 2JVV A; 3PVQ A; 2EQJ A; 1WHL A; 3MP1 A; 2FZC B; 3CCJ A; 3VS0 A; 4N4I A; 4PFP A; 2YUO A; 2PZ1 A; 1W70 A; 2RHU A; 2RM4 A; 1NBE B; 4LDY A; 4JDS A; 3RR6 A; 3C94 A; 2DE0 X; 4HCC A; 4AFU C; 1WZO A; 3AT1 B; 1RAD B; 2L3S A; 1IHW A; 3E2U A; 1NLP C; 1CSK A; 4UC4 A; 2KGT A; 1Q86 U; 1QVF A; 3OYI A; 1KFZ A; 1QMC A; 2J7I A; 1IXD A; 5KYX B; 4P5N A; 4RTY A; 1CKB A; 1B34 B; 2ZPE B; 3HP9 A; 1LPL A; 2P4R A; 1KQS A; 3L2V A; 4F16 A; 2ZAE A; 5GAN h; 4L59 A; 3UT1 A; 1M8V A; 1AT1 B; 1G5V A; 1D0Y A; 3CCM T; 3OBY A; 4FYX B; 3H0I A; 3CCQ Q; 1Q7Y U; 2LQN A; 4F04 B; 4Z02 A; 2JM9 A; 3BDL A; 1RAC B; 2KRM A; 4MZP A; 1YIT Q; 5GAN 2; 4BE1 A; 5FLX E; 1GBQ A; 3LH5 A; 4Y91 A; 5FU7 C; 5CAI A; 3LGL A; 3NFC A; 1QVP A; 1K0X A; 1MGQ A; 1BCO A; 1QVG S; 4JJB A; 3CCJ T; 3H0H A; 2A28 A; 3JCM c; 2EGC A; 1RAG B; 5GAN 8; 2HAX A; 1VQ4 Q; 2JM8 A; 1OPL A; 2QQR A; 3NTH A; 4KUI A; 4PK4 A; 4J7I A; 1D1A A; 2I2L A; 4OMN A; 4VUB A; 1WJS A; 2FPE A; 4PNO A; 2LQ8 A; 2DL5 A; 3EGD A; 1FMV A; 3HKS A; 3J7A F; 3JCM d; 1LJO A; 3A5Z B; 5GAO p; 1QP2 A; 4FYV B; 1WI7 A; 2X4Y A; 4RTU A; 1M2O A; 2DIQ A; 4FM4 B; 1KD1 R; 1I4K 1; 4A4F A; 3JCM g; 2VVK A; 2EJF A; 2QGG A; 4OB2 B; 4EMK B; 1OPK A; 1VUB A; 2KMT A; 3DB3 A; 1M2V B; 5LJ5 e; 3PGG A; 1W2B A; 1JJ2 S; 1ZQ1 A; 2RQV A; 1BI0 A; 1KG1 A; 5FWC A; 3VYG A; 2ENM A; 4DQ2 A; 4M78 G; 3JCM X; 1AHJ B; 1I07 A; 3PTA A; 2XK0 A; 1OV3 A; 4CC4 B; 1X2K A; 3LGF A; 1JJ2 P; 3CCS Q; 1K73 U; 3DB4 A; 3CMA A; 4FL6 A; 1GCQ C; 3H0F A; 3M0S A; 4JZ3 A; 4M78 F; 3TRE A; 2OI3 A; 4OB1 B; 3NTI A; 2XI9 A; 1RLP C; 2FRY A; 5L23 A; 4QQD A; 1OI1 A; 2Y90 A; 4KT0 E; 2KNB B; 3JRZ A; 4NOY A; 3REB B; 1Q86 R; 1UJY A; 4M75 B; 1M1G A; 3GLX A; 4B6M A; 1GCP A; 1SPK A; 3CCU Q; 4FW1 A; 3PVL A; 2YUP A; 4JLI A; 1M90 U; 2L8D A; 4F17 A; 5GAN 4; 1G2B A; 3CPF A; 4HVW A; 2RK1 A; 1M1F A; 2K6D A; 3FEO A; 1Q81 C; 4O6J A; 3TCJ A; 2E4H A; 3JAM E; 1Q7Y R; 2DER A; 2P84 A; 4RTX A; 2DD5 A; 3R6N A; 4J9G A; 1QWE A; 1SHF A; 3A8O B; 3G4S A; 4C92 A; 2G6F X; 2C0I A; 4HA8 A; 3UWN A; 5C0M A; 4CI0 C; 1O9S A; 3CC2 A; 2E3I A; 4MML A; 3HHT B; 2FG0 A; 1M8M A; 1UE9 A; 4M77 A; 3G6E A; 2QQA A; 4AG2 C; 3S6W A; 3PE0 A; 3MEA A; 1H64 1; 4C92 E; 2L89 A; 5CKE A; 2RHI A; 4PJO B; 3JB9 D; 2VUB A; 3CMA T; 3REA B; 1FYN A; 2E5Q A; 1N8R C; 5I21 A; 1WJR A; 3GOX A; 2V8K A; 1VQP Q; 3OYH A; 2DET A; 2XDD A; 3HRS A; 4QT7 A; 1T3L A; 5FU6 B; 4LUE A; 1NG2 A; 2EQI A; 3DLM A; 3CPW S; 1VQK Q; 2CS7 A; 1D3B A; 1U1T A; 2X4X A; 1TOV A; 4J5Y A; 2NUZ A; 3BY7 A; 2KI7 A; 1R8O B; 4M77 D; 3ZFJ A; 4BI3 A; 1VQ5 A; 4LDX A; 1QKW A; 4J9C A; 3PMI A; 1LNX A; 1NZ9 A; 1IGU A; 4BAC A; 2CRE A; 1ZA1 B; 1I5O B; 3OYA A; 2MOX A; 1FWZ A; 3LLR A; 3I56 Q; 2RQW A; 1S72 Q; 2ESW A; 4PKC C; 1OUL A; 3G4S T; 2L0A A; 2JTF A; 2X9H A; 1YNZ A; 3GF5 A; 3CC2 T; 2QGF B; 1UG1 A; 4J9E A; 2QEX Q; 4A63 B; 3G6E T; 1YCS B; 1K73 R; 2HEQ A; 2KSS A; 1R77 A; 5KCH A; 2PQW A; 2BE7 D; 1VQ9 A; 1EFN A; 2VGN A; 4RCC A; 1RI0 A; 1YIJ Q; 1BU1 A; 3JCM f; 3O5Z A; 5GAN 5; 2RI3 A; 2F5T X; 1RAF B; 1WHK A; 3ZL7 C; 3OYG A; 1VQ7 Q; 1B3Q A; 1RI9 A; 4J8O A; 1WA7 A; 1WXT A; 5KYY B; 3M0T A; 3EAE A; 2K5I A; 2IVW A; 2J06 A; 2O31 A; 1M90 R; 1NYF A; 2DIL A; 3QDR B; 2P0K A; 4XTU A; 4XTY A; 3E9F A; 4E7I A; 2M0O A; 2QK0 A; 2KT1 A; 2F1L A; 3OW2 A; 3TU4 K; 5GAN e; 1OZ3 A; 3CD6 Q; 2LZ6 B; 4FIB A; 2YUN A; 1TUC A; 2DXU A; 3IQL A; 4E7Z A; 2YSQ A; 1VQ5 T; 3CXC S; 3VS1 A; 1BI1 A; 2RJF A; 3M0R A; 3CCL A; 1Z9Z A; 3CC4 A; 5CCA A; 5GAM j; 5GMK m; 4JRP A; 1YJW A; 2GGR A; 5GAN 6; 5LJ3 h; 3S3M A; 4C0F A; 3CBM A; 2W10 A; 3CXC P; 1C6V X; 1I81 A; 5FU7 B; 1KK7 A; 3TSW A; 2FEI A; 3CCQ A; 3M58 A; 4E7L A; 1C1A A; 4JRK A; 3JB9 H; 1UB4 A; 1ZA2 B; 1WNL A; 1PHT A; 4GY5 A; 2X3X D; 3ER0 A; 2F2X A; 1VQ9 T; 1YI2 Q; 2MI6 A; 2F2W A; 3CEY A; 3Q1J A; 1KHC A; 4HCZ A; 2LJ3 A; 2RJC A; 1HYO A; 3EGX B; 1YJN A; 1D0Z A; 2DZC A; 4GLM A; 3EHR A; 1UUE A; 4EMK C; 2D8J A; 2EJ9 A; 4IUU A; 3SHW A; 1RAB B; 2CT4 A; 2JS2 A; 4CC2 A; 2QAS A; 1VQ4 A; 2YXY A; 2FZK B; 1WJQ A; 4DEX A; 4FT4 A; 2JS0 A; 2W0Z A; 2JOY A; 1Y96 A; 1M1K C; 2KEA A; 1K8A C; 2ZPG B; 3L2R A; 5FRM A; 3M0U A; 3SD4 A; 2E1H A; 3SEM A; 3EG9 B; 3SWN A; 4R55 A; 3M54 A; 1WHJ A; 5GAO l; 3CC4 T; 4IIM A; 1YN8 A; 1YJW T; 2EYY A; 5GAM d; 5KE3 A; 2O4X B; 3KXT A; 1VQL A; 2Y4X A; 1BKB A; 2CZ7 B; 3X20 B; 2DX1 A; 2XHC A; 4J9D A; 3VRY A; 4C92 G; 5GAM g; 5DLO A; 3L42 A; 5GAO q; 2AHJ B; 4C8Q A; 3CCQ T; 4M75 C; 3OS2 A; 1SSF A; 5GAO r; 1BIA A; 2E41 A; 3OMG A; 2ED1 A; 4BDZ A; 2D8H A; 4M77 G; 4A4K A; 3RER A; 2E6Z A; 4C92 F; 2PUO B; 2D0N A; 2ZPH B; 1G3S A; 2RK2 A; 3JSC A; 1PWT A; 1KQ2 A; 1EX4 A; 1YJN T; 2M16 A; 4M77 F; 1MNE A; 4C8Q E; 1IGQ A; 3OS1 A; 4FSX A; 4QQ6 A; 1ZX6 A; 2DZ9 A; 2JMA A; 2RQR A; 2CH4 W; 1ZHI A; 1KJW A; 2V26 A; 2DL7 A; 4WCI A; 7AT1 B; 2DJZ A; 1VQ4 T; 2JT4 A; 2NWM A; 3E1S A; 1T3S A; 2GQI A; 2OTL Q; 1PG5 B; 2GBQ A; 1VQN A; 2YWW A; 4IUQ A; 4MMK A; 3EHQ A; 1YWP A; 2OAW A; 2ZCF B; 3G1J A; 3QSU A; 2X51 A; 2RNA A; 2L5Q A; 2DD4 A; 2DM1 A; 5GMK j; 4PJO C; 5CQX A; 2LTO A; 3QII A; 2NUP B; 3G7Z A; 4M7A A; 1G3W A; 1K9M U; 4RKU E; 4FCY A; 3M0P A; 2NLU A; 1Q82 U; 3L2Q A; 4HT8 A; 4EPC A; 1SF9 A; 3C12 A; 5A0L A; 5IH2 A; 5GJW B; 2JXB A; 2OTJ Q; 5FU6 C; 3M4G A; 2YLB A; 2CUB A; 4M7A E; 1UEC A; 3RMQ A; 5IHI A; 1KQ1 A; 2AK5 A; 3C4S A; 5CR2 A; 2CUD A; 3N5B B; 1ACM B; 1N9R A; 2D1X A; 1YJ9 A; 2DNU A; 4M7D A; 4JJN K; 2A36 A; 2MMP A; 1O75 A; 2EYW A; 3NHN A; 1VQP A; 2LRQ A; 1WFW A; 2ABL A; 3MKD A; 3EFO A; 4JRI A; 2DL8 A; 1VQN T; 3HRU A; 3M56 A; 1VQK A; 3E19 A; 2QQB A; 4PFO A; 4ZGE B; 2JN0 A; 2BTT A; 3OYF A; 1YHQ A; 3M0Q A; 2LX9 A; 3BE3 A; 2HKQ B; 2K5F A; 3O8V A; 5IXB A; 3JCM b; 3HPW A; 3WXM B; 4BUG A; 1KC8 C; 3RES A; 4X1V A; 2HDA A; 3MEU A; 2M51 A; 5CKF A; 4M7D D; 1D0X A; 3UAT A; 3MP6 A; 4MDX A; 1RAI B; 2HCK A; 2R58 A; 3CCV Q; 1HK9 A; 3CC7 Q; 1C0M A; 5LJ5 j; 2K7A A; 3RBB B; 3D7S B; 1TH7 A; 3KFV A; 3UF4 A; 1U06 A; 3QUI A; 2LT4 A; 2K9G A; 3ME9 A; 2RPN A; 4BE0 A; 1YJ9 T; 2KT8 A; 4N4G A; 3JB9 J; 1Z9Q A; 3EGD B; 3URG A; 1UGS B; 2LCS A; 4RTV A; 2C06 A; 4FYW B; 3SB2 A; 4ORZ A; 5HY6 A; 1BK2 A; 3A8G B; 1VQP T; 2K3B A; 1IRE B; 2RHY A; 4F7U A; 1YBY A; 2MWO A; 5GAM f; 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5HKC A; 1E6H A; 5CKD A; 2LDM A; 5AYF A; 2ZPI B; 4M7A F; 1MV3 A; 4E47 A; 3VS7 A; 2CT3 A; 4J9F A; 2MIO A; 3CCR Q; 5GAO n; 1VQM Q; 1YI2 T; 4KGV B; 1VIE A; 2QA4 Q; 5CKB A; 2EAY A; 4HVU A; 1D3B B; 1AZG B; 5GAN 3; 3JCM Q; 2DFU A; 2PVO B; 1B7T A; 4JRQ A; 2QXF A; 1KIK A; 2CSI A; 1Y0M A; 3A1P A; 2PVD B; 1X27 A; 2CKK A; 1UHC A; 3QPH A; 3X28 B; 2M9U A; 2VV5 A; 1Q81 U; 5I2M A; 1VYV A; 3BFM A; 4M7D F; 2NYS A; 1QKX A; 3V8J A; 2ZGW A; 2SRC A; 2G3R A; 2CGH A; 2GFA A; 3RNJ A; 1TTH B; 4HXJ A; 5IT9 E; 1AWX A; 1H92 A; 4M77 E; 4IUP A; 2CH4 A; 2COY A; 2EJG A; 1LOJ A; 2FPF A; 2DTI A; 5GAN j; 2F2V A; 1ZUU A; 3TQ7 P; 2CDT A; 2XIC A; 4ESR A; 2KDS A; 3VS3 A; 2QQ9 A; 2COW A; 1MUZ A; 3CCE Q; 3QKJ A; 2LX7 A; 3NMZ C; 2GTO A; 1UGP B; 1WX6 A; 2DXT A; 4OF1 A; 2E3H A; 3G71 A; 2OTJ A; 4WF2 A; 1N8R U; 2XDP A; 2ZZD A; 3WVD B; 2XG8 D; 3OYD A; 4JUV A; 3CPW P; 2HZY A; 1AZE A; 2ROT A; 5GMK i; 2E10 A; 3EG1 A; 3GBQ A; 4XU0 A; 3ZEH A; 2D0Q B; 4E7S A; 1Y07 A; 1WGS A; 3OSS C; 4FU6 A; 3S3O A; 1N27 A; 4KUD K; 4M75 D; 1WYX A; 1RUW A; 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