The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
b'PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Contractile protein
|
| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5K A; 1NEB A; 2F2V A; 4J9G A; 1A0N B; 1AWX A; 2VVK A; 2D8J A; 2KRS A; 2EQI A; 3I9Q A; 2HEQ A; 1OV3 A; 2SRC A; 1KIK A; 1AZG B; 1HSQ A; 2ROT A; 4LN2 A; 2DL8 A; 4JZ4 A; 4X1V A; 5IXF A; 2EYX A; 4OMQ A; 2X3X D; 4RTU A; 2L3Q A; 2EYY A; 1PWT A; 2JMC A; 1W6X A; 1CKA A; 4JJC A; 4CC2 A; 1BK2 A; 1QWF A; 2H8H A; 1I0C A; 4J9D A; 3RNJ A; 1GFC A; 2LJ0 A; 1UE9 A; 1WX6 A; 1YN8 A; 1FYN A; 2GQI A; 2L2P A; 1VYT A; 2VWF A; 4RTX A; 4J9E A; 1YCS B; 1XOV A; 2DNU A; 5IHN A; 1Y57 A; 2JMA A; 3H0F A; 1LCK A; 1UDL A; 4Y92 A; 1NG2 A; 1GBQ A; 4AFS C; 2FPF A; 1N5Z A; 1E6G A; 2I0N A; 3A98 A; 2OJ2 A; 1JXO A; 2AZV A; 2KXC A; 2ABL A; 2BZ8 A; 4GLM A; 1H3H A; 1QWE A; 2DA9 A; 2DL3 A; 2HCK A; 1UHC A; 1VYU A; 2L0A A; 5L23 A; 1AD5 A; 2YDL A; 3PVL A; 2EYZ A; 1T0J A; 2J06 A; 2KYB A; 3TVT A; 2C0I A; 3UA6 A; 1SRM A; 1GCQ C; 2W10 A; 3NMZ C; 1NLP C; 1CKB A; 4AG1 C; 2YUQ A; 1MUZ A; 1X69 A; 2J6O A; 2KR3 A; 1ZUY A; 1K0S A; 1WYX A; 1E7O A; 1W70 A; 2ESW A; 1VYV A; 3EGU A; 2DRK A; 1KJW A; 2HBW A; 1M3A A; 2CDT A; 2CRE A; 4ORZ A; 1SSH A; 4HVV A; 4HVU A; 3EG3 A; 1ZBJ A; 2F2W A; 4AFQ C; 1RI9 A; 1FMK A; 3UAT A; 2JXB A; 3VS4 A; 2KXD A; 5I22 A; 2CSQ A; 4J9C A; 2AZS A; 1X6B A; 1PRM C; 2L3P A; 1BU1 A; 1OEB A; 4RTW A; 2EBP A; 2LZ6 B; 2RMO A; 4ESR A; 2FO0 A; 4A63 B; 1S1N A; 1SRL A; 3VS1 A; 4DEY A; 1WFW A; 1WDX A; 1QCF A; 4E6R A; 1M3C A; 2DIL A; 3H0H A; 3VS5 A; 1PNJ A; 1UJ0 A; 1V1C A; 4RTT A; 2RQW A; 2M51 A; 2RQU A; 2VKN A; 3IQL A; 1JEG A; 2CH4 A; 2FPD A; 1X6G A; 1K0X A; 2DYB A; 2DBM A; 1YNZ A; 2OAW A; 3LH5 A; 2RN8 A; 2M0Y A; 2YT6 A; 4D8D A; 4FSS A; 3ZL7 C; 1UTI A; 1X2Q A; 1Z9Z A; 2MOX A; 4LE9 A; 5HCK A; 1SHF A; 2EGA A; 2FPE A; 4Z88 A; 5GJW B; 5I11 A; 2A28 A; 1ZUK A; 1WLP B; 1AZE A; 1K9A A; 2GTO A; 4JJD A; 1RUW A; 3GBQ A; 2GNC A; 2BTT A; 2O9S A; 3VS0 A; 3M0R A; 2JT4 A; 2K6D A; 3EG0 A; 2CUB A; 2RQV A; 1Z9Q A; 1G2B A; 1UGV A; 2JM9 A; 3PE0 A; 4LNP A; 2RQR A; 5ECA A; 1WXU A; 2PZ1 A; 1ZLM A; 3M0S A; 4J9I A; 2J6K A; 4KRT A; 2OI3 A; 2JTE A; 4AFZ C; 4F14 A; 3TSW A; 4M4Z A; 5IHK A; 1AOJ A; 1SHG A; 2D8H A; 4HCK A; 1KSW A; 3H41 A; 2LJ1 A; 3NPF A; 1AWJ A; 2O31 A; 2EGC A; 1JU5 C; 2B86 A; 2LCS A; 2LQN A; 3M0P A; 1PKS A; 2KT1 A; 1NLO C; 2DF6 A; 3VS2 A; 3I5R A; 3SEM A; 2V1R A; 1PKT A; 1BBZ A; 2HSP A; 2LNH B; 2A37 A; 1M3B A; 1NYF A; 2KNB B; 2EGE A; 2DM1 A; 3VRZ A; 1WA7 A; 4AFU C; 1GRI A; 4CC4 B; 1WI7 A; 3UF4 A; 4RUG A; 2DVJ A; 2RNA A; 2YUO A; 1GBR A; 2AKK A; 3THK A; 2J05 A; 1TUC A; 1U06 A; 4IIM A; 2KRN A; 2LP5 A; 3M0T A; 2GGR A; 2IIM A; 1VA7 A; 2O2O A; 3EHR A; 1NYG A; 2QDL A; 3R6N A; 2JM8 A; 3EG1 A; 2EKH A; 2ROL A; 1OOT A; 1HD3 A; 4Z89 A; 2MIO A; 4OMO A; 3RBB B; 2DBK A; 3ULR B; 3M0U A; 4EIK A; 4RTV A; 3QWY A; 4RTY A; 1TG0 A; 1H92 A; 3VRY A; 5IXB A; 1PRL C; 2EW3 A; 2RPN A; 4LUE A; 2K9G A; 4ZNX A; 4OMM A; 2CT3 A; 1X27 A; 4J9H A; 1K4U S; 2V1Q A; 2DE0 X; 1KFZ A; 1MV0 B; 2FRW A; 1B07 A; 1YP5 A; 1YWP A; 1Y0M A; 2KE9 A; 2K2M A; 1OPK A; 2A08 A; 4WCI A; 2O88 A; 2MCN A; 3PVQ A; 2LJ3 A; 2DL5 A; 1PHT A; 1M30 A; 1G83 A; 2KT8 A; 1UJY A; 2JS0 A; 5EC7 A; 1ZX6 A; 4F17 A; 2FG0 A; 3VS6 A; 4CC7 A; 2YSQ A; 2NWM A; 2F2X A; 2W0Z A; 2NUZ A; 1H8K A; 1RLQ C; 2O9V A; 3KFV A; 4QT7 A; 4F16 A; 2RQT A; 3CQT A; 4J9B A; 4OML A; 2PTK A; 1I1J A; 2K79 A; 2LQW A; 1M27 C; 1JQQ A; 1M8M A; 2DLP A; 1QKW A; 1ABQ A; 1NM7 A; 2BZY A; 4DEX A; 4JPB W; 2C0T A; 1K76 A; 4D8K A; 1QLY A; 2DRM A; 4IIO A; 1I07 A; 5FWB A; 3M0Q A; 2KRO A; 5IH2 A; 1ZUU A; 2EPD A; 1SPK A; 1UUE A; 3REB B; 5GJV B; 3UA7 A; 2AKL A; 1AWO A; 2RF0 A; 3FJ5 A; 1U5S A; 2GTJ A; 4OMP A; 2G6F X; 2J7I A; 3SHW A; 4JZ3 A; 2GBQ A; 2K3B A; 2KRM A; 1T3S A; 1W1F A; 1WXB A; 1UFF A; 3I35 A; 2KGT A; 1AWW A; 2AK5 A; 1OPL A; 1B3Q A; 3U23 A; 4GBQ A; 2BZX A; 2KEA A; 4OMN A; 3QWX X; 1UG1 A; 1JXM A; 1K1Z A; 2CUD A; 3C0C A; 1BB9 A; 1UEC A; 1X2K A; 3EG2 A; 1JO8 A; 1SEM A; 1X43 A; 1QKX A; 2X3W D; 1J3T A; 2LMJ A; 2J6F A; 2FRY A; 2EVR A; 4AG2 C; 2P4R A; 2DL4 A; 2K7A A; 1GCQ A; 3O5Z A; 2CT4 A; 2ENM A; 2DJQ A; 4RTZ A; 2YUN A; 4LUD A; 2KYM A; 5FWC A; 2JS2 A; 2ECZ A; 1TUD A; 3EHQ A; 1GCP A; 1CSK A; 2JW4 A; 1NEG A; 1E6H A; 2KBT A; 2CH4 W; 4JJB A; 5FW9 A; 1ABO A; 2DL7 A; 1WIE A; 3JV3 A; 3VS3 A; 3REA B; 2DMO A; 2FEI A; 1WXT A; 5IHI A; 4HVW A; 1GL5 A; 4CC3 A; 3H0I A; 2D1X A; 2DX1 A; 1ARK A; 3VS7 A; 2ED1 A; 2CSI A; 4Z8A A; 4HXJ A; 2PNI A; 3NHN A; 1AVZ C; 1IO6 A; 4R0K A; 2XMF A; 1HJD A; 4K11 A; 1T3L A; 1YWO A; 3I5S A; 2SEM A; 2ED0 A; 2EYW A; 2YUP A; 2A36 A; 3NGP A; 2C0O A; 1UHF A; 1MV3 A; 2D0N A; 2LX7 A; 4J9F A; 1RLP C; 1GFD A; 1AEY A; 2HDA A; 2L3S A; 1EFN A; 1T0H A; 3TSZ A; 1U3O A; 1ZSG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E5K A; 4EMK C; 2F2V A; 4PLL A; 2RJC A; 2V8K A; 1AWX A; 2EQI A; 4OVA A; 2JTM A; 1OV3 A; 2SRC A; 3MEU A; 4FT2 A; 2QEX Q; 2WSE E; 5GAN 2; 3CCJ A; 2EYQ A; 4LN2 A; 1WPY A; 4N4H A; 5IXF A; 1R0C B; 4RG2 A; 3P8D A; 4FL6 A; 5CKB A; 2L3Q A; 2EYY A; 4MZT A; 1Y07 A; 2JVV A; 4OB0 B; 4C8Q A; 3VKI A; 5GAN j; 4C8Q D; 4HT8 A; 1YJN T; 1I0C A; 4J9D A; 1GFC A; 5KCH A; 5GAN g; 4OB2 B; 3JCM X; 1YN8 A; 4KUL A; 3X24 B; 4E7I A; 2DIG A; 2Y4X A; 3M53 A; 4M75 C; 4KUI A; 4RTX A; 1YCS B; 4ZTJ A; 4C8Q B; 2MPX C; 5IHN A; 4F7U E; 3H0F A; 3A8O B; 1UDL A; 1GBQ A; 2H3E B; 2RJE A; 1M1K U; 5KYU A; 4QQ6 A; 2I0N A; 2V8J A; 1KQS S; 2K57 A; 3VU3 C; 5KYY A; 3CME A; 2HAX A; 1TOV A; 2O4X A; 1H3H A; 1QWE A; 2DA9 A; 2EQU A; 1VQN T; 1KK7 A; 1K8A R; 1QCO A; 3PVL A; 2KYB A; 2Y90 A; 4KH0 B; 2C0I A; 1N8R U; 3UT1 A; 5KYU B; 3QSU A; 1NLP C; 2YUQ A; 1MUZ A; 2J6O A; 1K73 U; 4DBQ A; 5KYY B; 5A0G A; 2O4X B; 1W70 A; 4BDZ A; 4A4F A; 2X4W A; 3EG9 A; 2LCL A; 4M77 E; 2E65 A; 1VQO A; 2F2W A; 4M7A F; 3MJX A; 3SWN A; 5GAN d; 4ZGJ B; 4BAC A; 1X6B A; 5GAN e; 1C1A A; 2CGH A; 1BU1 A; 3CD6 T; 2OTL A; 4PJO E; 2EIF A; 3A1P A; 2L8D A; 4JUV A; 4MZP A; 3VS1 A; 5KYN A; 5L8R E; 1RAA B; 3SWN B; 1WDX A; 3OYI A; 2KQW A; 1QCF A; 4PFZ A; 4GY5 A; 1V1C A; 2FVU A; 1MMD A; 5HK0 A; 2M51 A; 2VKN A; 1X6G A; 1VQ7 T; 3RKY A; 2DXU A; 3LH5 A; 5GMK j; 2E6N A; 4FSS A; 4XU1 A; 1VQ4 Q; 3CXC P; 1X2Q A; 5CKE A; 3G7Z A; 1SHF A; 2FPE A; 1ZSZ A; 2E41 A; 1WLP B; 1WJS A; 2GTO A; 1X01 A; 3C94 A; 2EJF A; 3M0R A; 1BI0 A; 2JT4 A; 2RQV A; 3RR6 A; 4JRI A; 4P5N A; 1MGQ A; 1U1S A; 1W4S A; 2KY9 A; 2RI2 A; 2COZ A; 4XTU A; 1ZSZ B; 4A4K A; 3CCE A; 2RHU A; 1Q7Y R; 4AFZ C; 2OX7 A; 4XK8 E; 5IAY A; 3ASK A; 3O8V A; 1SHG A; 2DFU A; 1KSW A; 2IG0 A; 3OYH A; 4E7H A; 4CI0 C; 3I55 Q; 1NLO C; 4DQ2 A; 4X9C A; 1M90 U; 1PKT A; 1S72 Q; 1BBZ A; 3OSS C; 1SF9 A; 2NUP B; 3CCS A; 3CXC S; 2KNB B; 3CCM A; 2P4T A; 2K3X A; 4IUU A; 4FYW B; 1GRI A; 3L2Z A; 4JDS A; 5D6W A; 2AKK A; 3THK A; 2J05 A; 1TUC A; 1YIJ Q; 2EFI A; 3X26 B; 4WTO B; 3EHR A; 2QDL A; 3R6N A; 1U8R A; 1KQ2 A; 5GMK e; 1I5L A; 2ROL A; 2XK0 A; 2IPO B; 3OS2 A; 4NL2 A; 4OMO A; 1WHH A; 3LWH A; 2QI2 A; 4Y91 A; 1YJN A; 2RI5 A; 1G8X A; 4RCB A; 3DB4 A; 1BCO A; 2VV5 A; 5GAM j; 1VQP Q; 1MND A; 2WSF E; 1WHL A; 5IXB A; 3CCL Q; 1PRL C; 4LUE A; 4J9H A; 1BIA A; 4LD6 A; 1MV0 B; 2XDB A; 5GAO l; 5FRM A; 1KHC A; 2QAZ A; 1QCN A; 2HQH A; 3CCR Q; 4WCI A; 2MCN A; 1Q86 R; 3PVQ A; 3EFS A; 2DXC A; 3OYE A; 4C0F A; 1KQS A; 4F17 A; 3VS6 A; 2W0Z A; 1VQN A; 5GAN 6; 2NUZ A; 5LL6 S; 2QGF B; 1QQJ A; 3CQT A; 3WXM B; 1MMN A; 2KVQ G; 1JQQ A; 1BI3 A; 4C0G A; 3SD4 A; 1D1A A; 4PJN A; 1TXQ A; 4M7D A; 4DEX A; 1H64 1; 4JPB W; 4M7D D; 2C0T A; 3H8Z A; 1PSE A; 4D8K A; 2X4X A; 2X35 A; 1N8R C; 1IRE B; 2DD4 A; 2RI3 A; 2LX9 A; 1ZUU A; 4TVR A; 1K73 C; 4M7D B; 2HZY A; 4M78 C; 3G6E T; 1Q82 R; 5C6S A; 4JS5 A; 2GTJ A; 3QYG B; 4OMP A; 2F1L A; 3CD6 A; 4C92 A; 4C92 D; 2H3J A; 5GAM e; 1MMA A; 3UDC A; 1T3S A; 3I35 A; 4PL6 A; 2KGT A; 4B9W A; 1IXD A; 1SKU B; 1M1G A; 4OMN A; 1TH7 A; 4C92 B; 1G3S A; 1OI1 A; 3QYH B; 3J7A F; 1D3B A; 1BB9 A; 1UEC A; 1VQ7 A; 1JO8 A; 4KUD K; 1QKX A; 2LMJ A; 3DLL A; 3JCM f; 3V7C A; 2ZAE A; 2JJ9 A; 4OB3 B; 1PC0 A; 1WJQ A; 1YHQ T; 2ATC B; 3O5Z A; 4N0A C; 2MK5 A; 1KG1 A; 4BI3 A; 1D3B B; 6AT1 B; 1MNE A; 3M58 A; 1FX7 A; 4HCZ A; 4IUR A; 4LXC A; 2PVO B; 4O6J A; 1TUD A; 2CS7 A; 3CME Q; 1CSK A; 1E6H A; 4F7U A; 4BY6 B; 2KBT A; 1WJR A; 1RAF B; 4IUP A; 5FLX E; 1WIE A; 3VS3 A; 2EKO A; 2DMO A; 2FEI A; 4NL3 A; 3G71 A; 2PVD B; 2D9T A; 2K4Y A; 4UC4 A; 4J6X A; 4JJN K; 3BDU A; 3LH0 A; 3C12 A; 4Z8A A; 2PNI A; 1X75 C; 3OS1 A; 3TQ7 P; 5GAO r; 3V8L A; 1QVG P; 2MYS A; 1JBM A; 5KE3 A; 3QUI A; 1HJD A; 1C6V X; 1YWO A; 3P8H A; 2CP2 A; 3CXC A; 2SEM A; 3CC7 Q; 1QP2 A; 1VQO Q; 4C0D B; 3QII A; 2EYW A; 2BUD A; 4HCB A; 2A36 A; 1UHF A; 1VIE A; 1Y7X A; 4YTL A; 2GQV A; 3JB9 I; 4J6Y A; 4ELZ C; 2HDA A; 2DTI A; 1EFN A; 1IZ6 A; 2KSS A; 1ZSG A; 4J9G A; 5GMK m; 2OTL Q; 1MMG A; 5GAN 3; 2PUO B; 1HSQ A; 4L5G A; 1K8A U; 1OUL A; 2E64 A; 2DL8 A; 1VQ6 T; 5GAO m; 2M0O A; 4PJO A; 2JMC A; 4PJO D; 5D6Y A; 3CC7 T; 2CP0 A; 2KMT A; 4M7A D; 5AT1 B; 2RO0 A; 2DZC A; 1CKA A; 4JJC A; 1BK2 A; 2XIC A; 4C8Q C; 1YI2 A; 3QXE B; 3MET A; 5J26 A; 3MCA B; 4J7I A; 3JRZ A; 4M78 G; 3V7S A; 1QVG S; 4PJO B; 4M7A B; 3RMS A; 2CZ1 B; 3NFC A; 3CC4 T; 4FYY B; 5C0M A; 2ZPF B; 4IUQ A; 2FYK A; 3LW5 E; 1NG2 A; 2MF2 A; 3RDV A; 4AFS C; 1N5Z A; 3E1S A; 2QTX A; 3MP1 A; 2OJ2 A; 3M9Q A; 2XID A; 3WVE B; 2AZV A; 1AHJ B; 2ABL A; 2BZ8 A; 3CCE Q; 2LCC A; 3OY9 A; 1VUB A; 1V29 B; 2YDL A; 4PFP A; 3UA6 A; 4D6W A; 1GCQ C; 2W10 A; 3NMZ C; 4AG1 C; 5CKH A; 4HA8 A; 3H9N A; 2KR3 A; 2RHI A; 3CPF A; 1ZUY A; 1YJW T; 2RD1 A; 2ESW A; 3LLR A; 4E7Z A; 3VUZ A; 4Y28 E; 1IHW A; 3EGU A; 4KT0 E; 2X4J A; 1KJW A; 2HBW A; 3EFR A; 3CCS Q; 4NS5 A; 3CCM Q; 5J3B A; 4IUV A; 2YRV A; 3G6E A; 2R57 A; 2L3R A; 1ZBJ A; 2V26 A; 1RI9 A; 4A4H A; 2JXB A; 3VS4 A; 3OMG A; 2LTO A; 2QK0 A; 5LJ5 h; 1W2B P; 2AZS A; 2FZK B; 2L3P A; 2P0Q A; 4RTW A; 1M4Z A; 2RK1 A; 2EBP A; 1FWZ A; 2RMO A; 3FJP A; 1Q7Y U; 3QBY A; 2FO0 A; 4BI8 B; 3JCM P; 2JNG A; 3DB3 A; 4PLI A; 1WFW A; 3QO3 A; 3CCM T; 4E6R A; 5DLQ E; 1YJN Q; 3H0H A; 5KE2 A; 3VS5 A; 2KDS A; 4RTT A; 3KUF A; 1JB0 E; 5GAN 4; 2RQU A; 3IQL A; 3OYD A; 4XU3 A; 1KQS P; 2DBM A; 2ZPG B; 2M0Y A; 2YHT A; 3JCM Q; 3ZL7 C; 1UTI A; 4LE9 A; 1YHQ A; 4Z88 A; 5GJW B; 4JRP A; 3CCQ T; 3E9G A; 1ZUK A; 2YLC A; 1C0M A; 3GBQ A; 2BTT A; 1ZSZ C; 1UEB A; 3EG0 A; 2CUB A; 4QW2 A; 1VQN Q; 1W2B S; 2MWP A; 1EZZ B; 2A7Y A; 4F7U F; 3C95 A; 2RQR A; 5IT9 E; 2PZ1 A; 5KYX A; 4OF1 A; 2EJG A; 1TS9 A; 3PNW C; 3S3M A; 4KRT A; 5A2Q E; 3MEW A; 2QAS A; 3TSW A; 4M4Z A; 2CP6 A; 2R58 A; 3CCV A; 1AOJ A; 4HCK A; 2D8H A; 2O31 A; 4E2F B; 3J80 E; 3NTI A; 3V8J A; 2LQN A; 3UWN A; 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