The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High-resolution structure of yeast Myo5 SH3 domain
rcsb |
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
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| total genus |
10
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EYW A; 2X3X D; 1ZX6 A; 1TG0 A; 2RQV A; 1HJD A; 4J9D A; 2LJ0 A; 2EYX A; 4CC7 A; 1RI9 A; 3SEM A; 1UHC A; 2DVJ A; 2GNC A; 2CH4 A; 1RLQ C; 4QT7 A; 1G2B A; 4GLM A; 2F2V A; 2K2M A; 1X6G A; 1AWJ A; 1PRM C; 1K76 A; 1X6B A; 2ROT A; 3UA6 A; 2YUO A; 4LN2 A; 1M3A A; 4OMQ A; 1UUE A; 5IHN A; 2K3B A; 4DEY A; 1MV3 A; 3VS1 A; 2EW3 A; 4F16 A; 2FPE A; 4JZ4 A; 4CC4 B; 3H0F A; 4HXJ A; 4IIM A; 1AWX A; 2LZ6 B; 1I0C A; 3JV3 A; 2C0O A; 5FWB A; 3EG3 A; 2YUN A; 1NLO C; 3EG1 A; 2EYZ A; 2LNH B; 2DL5 A; 1JEG A; 4Z8A A; 1WFW A; 4JJB A; 2LMJ A; 4AFZ C; 2MOX A; 1XOV A; 3H0H A; 1M8M A; 1NLP C; 1S1N A; 2KRN A; 3O5Z A; 1ZLM A; 1GFD A; 2I0N A; 3VS4 A; 2ED0 A; 4HVV A; 1YP5 A; 2B86 A; 4OMM A; 2M0Y A; 5IXF A; 2DNU A; 2LCS A; 2LJ3 A; 2CUB A; 2EBP A; 5GJW B; 2FRY A; 1AZE A; 1WXT A; 2BTT A; 5FW9 A; 1ZSG A; 2EGC A; 2GQI A; 3NGP A; 1VYV A; 2EYY A; 2VVK A; 1RLP C; 2SEM A; 3A98 A; 1ABQ A; 1JQQ A; 2CT4 A; 4A63 B; 2CSQ A; 1IO6 A; 2MCN A; 2F2W A; 1M30 A; 2GBQ A; 1ZBJ A; 4HVW A; 2P4R A; 2DBK A; 3SHW A; 1TUC A; 4HVU A; 1NEG A; 1WYX A; 2LQW A; 1RUW A; 5EC7 A; 2K7A A; 1ZUU A; 2HCK A; 2OAW A; 2C0T A; 1J3T A; 1WA7 A; 2DBM A; 2GTO A; 2QDL A; 2L0A A; 2RMO A; 2FEI A; 2YUP A; 3CQT A; 1AEY A; 2PNI A; 1A0N B; 2O31 A; 3C0C A; 4CC3 A; 2NWM A; 2HDA A; 4LNP A; 4K11 A; 4M4Z A; 2JM9 A; 2CSI A; 1WXU A; 4RTZ A; 1JXO A; 2L3S A; 2RNA A; 3EHQ A; 1ARK A; 1NYF A; 5FWC A; 1OV3 A; 1B07 A; 5I22 A; 2RPN A; 2YUQ A; 1AVZ C; 1I1J A; 1SHG A; 2V1Q A; 1SRL A; 1UDL A; 1N5Z A; 2DM1 A; 2DL7 A; 1JU5 C; 2KBT A; 4Y92 A; 1SSH A; 4LUD A; 1SPK A; 1QKX A; 2RQW A; 2A36 A; 2KEA A; 4J9E A; 4E6R A; 1SRM A; 1OOT A; 1G83 A; 3I9Q A; 4JZ3 A; 3H0I A; 4LUE A; 1GFC A; 2X3W D; 2K79 A; 2DA9 A; 1X27 A; 4D8D A; 2FO0 A; 2FG0 A; 5HCK A; 2KXC A; 5GJV B; 1H92 A; 1UHF A; 2J6O A; 3VRZ A; 2EKH A; 4RTT A; 2EVR A; 4AG1 C; 1UGV A; 1NEB A; 1GBQ A; 1T0J A; 3FJ5 A; 2IIM A; 5L23 A; 4J9I A; 1X2Q A; 2LJ1 A; 3ULR B; 3EG2 A; 3VS3 A; 1ZUK A; 2LQN A; 1VA7 A; 2KNB B; 1UEC A; 2DL4 A; 2DIL A; 1M27 C; 1T0H A; 2OI3 A; 1UJY A; 2RQR A; 1UTI A; 4FSS A; 2GTJ A; 2EPD A; 1WI7 A; 2DF6 A; 2A37 A; 1E7O A; 2J06 A; 1K1Z A; 4Z89 A; 2DYB A; 1PNJ A; 4GBQ A; 1SHF A; 2ENM A; 2ESW A; 2GGR A; 1X69 A; 1QWF A; 2V1R A; 1AOJ A; 2CRE A; 3VS6 A; 4X1V A; 2FPF A; 3I5R A; 2KYB A; 1E6G A; 1OPK A; 2DL8 A; 4AG2 C; 1WXB A; 4JJC A; 3M0P A; 4F14 A; 2JS2 A; 1UJ0 A; 1M3C A; 2MIO A; 2HEQ A; 5IHK A; 2J7I A; 2H8H A; 1BK2 A; 2J6K A; 1YNZ A; 1K9A A; 1U5S A; 2FPD A; 2KR3 A; 3REB B; 2K9G A; 2DRK A; 1WDX A; 4Z88 A; 4RTW A; 1OEB A; 3PVQ A; 3M0T A; 4RUG A; 1ZUY A; 2EGA A; 2G6F X; 2DJQ A; 2ABL A; 2O9S A; 1KFZ A; 1PRL C; 3QWX X; 2HSP A; 4RTY A; 2JM8 A; 1K4U S; 3R6N A; 1BB9 A; 4AFU C; 4OML A; 2KRO A; 1H8K A; 1JXM A; 1V1C A; 4EIK A; 1QLY A; 5ECA A; 3VS5 A; 2DX1 A; 1H3H A; 1NM7 A; 2AZV A; 4J9G A; 1VYU A; 2BZX A; 1AWO A; 1CSK A; 1K0X A; 3TSW A; 1Y57 A; 1TUD A; 3NPF A; 3M0U A; 4LE9 A; 2AK5 A; 1NG2 A; 2KRM A; 4IIO A; 1GCQ A; 2ECZ A; 3UA7 A; 4ORZ A; 2EGE A; 3IQL A; 2D8J A; 2JMC A; 1T3L A; 2A28 A; 2FRW A; 2J6F A; 2KE9 A; 3QWY A; 2KT1 A; 1GCP A; 2KT8 A; 2CH4 W; 2L3Q A; 1GCQ C; 2KXD A; 5IXB A; 1YN8 A; 1E6H A; 4RTX A; 3U23 A; 2LP5 A; 3M0S A; 3NMZ C; 4R0K A; 1UE9 A; 2PTK A; 3LH5 A; 1HSQ A; 2JT4 A; 1M3B A; 1T3S A; 1QKW A; 2BZY A; 1U06 A; 3VRY A; 1I07 A; 2BZ8 A; 2L3P A; 4WCI A; 3GBQ A; 1Y0M A; 2A08 A; 2RF0 A; 2ED1 A; 2RQU A; 1KIK A; 4J9C A; 4AFQ C; 2KYM A; 1UFF A; 3VS7 A; 3H41 A; 2D1X A; 4DEX A; 1AZG B; 4RTV A; 2DE0 X; 3PVL A; 1U3O A; 4JPB W; 2AKL A; 4OMO A; 3I5S A; 2YSQ A; 2CUD A; 1NYG A; 4HCK A; 3PE0 A; 1GBR A; 2O2O A; 1YWO A; 5IH2 A; 1PWT A; 1YCS B; 3REA B; 4F17 A; 4CC2 A; 1PKS A; 3RNJ A; 2VWF A; 2J05 A; 1LCK A; 4J9B A; 4OMN A; 2PZ1 A; 3EG0 A; 1BBZ A; 3KFV A; 4J9F A; 2JW4 A; 1JO8 A; 3TVT A; 4J9H A; 1X2K A; 4ESR A; 1FYN A; 2VKN A; 5IHI A; 3THK A; 1UG1 A; 3I35 A; 1EFN A; 1WLP B; 3UAT A; 2K6D A; 2YDL A; 2HBW A; 1WX6 A; 2AZS A; 2L2P A; 1W70 A; 3TSZ A; 2JXB A; 1PHT A; 2D8H A; 1AD5 A; 1KSW A; 2JMA A; 2ROL A; 2C0I A; 2E5K A; 1QWE A; 4RTU A; 2KGT A; 3VS0 A; 2YT6 A; 1QCF A; 1Z9Q A; 2O9V A; 3UF4 A; 2W0Z A; 1AWW A; 1WIE A; 3M0R A; 2F2X A; 4JJD A; 2DRM A; 3EGU A; 4AFS C; 1KJW A; 2EQI A; 4KRT A; 4ZNX A; 2O88 A; 1ABO A; 3VS2 A; 2LX7 A; 1YWP A; 2RQT A; 2DMO A; 1GRI A; 1W1F A; 2AKK A; 2M51 A; 2D0N A; 2JTE A; 2NUZ A; 2DLP A; 1W6X A; 2CT3 A; 3ZL7 C; 1MUZ A; 1BU1 A; 1PKT A; 1OPL A; 3RBB B; 1X43 A; 2W10 A; 5I11 A; 1SEM A; 2KRS A; 3EHR A; 1B3Q A; 1CKA A; 1VYT A; 3M0Q A; 2DL3 A; 1HD3 A; 1K0S A; 3NHN A; 2CDT A; 2JS0 A; 2RN8 A; 2SRC A; 1GL5 A; 2XMF A; 4OMP A; 2OJ2 A; 4D8K A; 1CKB A; 1MV0 B; 1Z9Z A; 1FMK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYA A; 1TG0 A; 1VQM A; 4NL3 A; 2NYS A; 4J9D A; 1RAB B; 2G3R A; 4CC7 A; 4OVA A; 1RI9 A; 1RLQ C; 1G2B A; 1S72 A; 2E3H A; 4CRI A; 1M90 U; 1BYM A; 3G71 T; 4EMH A; 4O5V A; 3CCJ A; 3V8K A; 3HFO A; 1NJI R; 2VB6 A; 2YUO A; 4B9W A; 2RJE A; 2K3B A; 3TCJ A; 5DLQ E; 1M2O A; 1MV3 A; 3HKS A; 2Y90 A; 5CVI A; 4F16 A; 4FSX A; 5CAI A; 3H9N A; 3CCU A; 4IIM A; 1AWX A; 2K57 A; 3QPH A; 1I0C A; 5FWB A; 1YBY A; 1NLO C; 2YUN A; 2DL5 A; 1JEG A; 4J83 A; 1NJI U; 4Z8A A; 4DA4 A; 4OB0 B; 4PK4 A; 4JS4 A; 2LMJ A; 1VQP A; 5LJ3 f; 2MOX A; 1S1N A; 4OB1 B; 1GFD A; 3EGD A; 5GAM d; 1MMD A; 2I0N A; 3GF5 A; 3MP8 A; 3OS2 A; 5GAN f; 4DBH A; 3RKY A; 2A3L A; 2RD1 A; 3MO8 A; 3MCA B; 5GJW B; 1BKB A; 5GMK j; 2K3X A; 1M1F A; 1WXT A; 2BTT A; 3MET A; 2GQI A; 3C12 A; 3TEE A; 1VYV A; 4Y28 E; 2VVK A; 1TXQ A; 3OS0 A; 2R57 A; 2CSQ A; 3X20 B; 4ZN3 A; 1Y07 A; 2VXF A; 2MCN A; 1QVF P; 2GBQ A; 1ZBJ A; 4HVW A; 4C0Z A; 2E70 A; 1IRX A; 2K2V A; 1WYX A; 1RUW A; 3EGX B; 2VXE A; 1J3T A; 2GTO A; 2QDL A; 1TTH B; 2OTL A; 2CP5 A; 2YUP A; 2NUT B; 2OTJ T; 1KG1 A; 1Q81 C; 2HSE B; 2PNI A; 3QYG B; 1A0N B; 2F5T X; 3C0C A; 4M77 G; 1NPR A; 1ZA2 B; 4DOV A; 4C0D B; 1NPP A; 2JM9 A; 3D7S B; 4RTZ A; 1VQ5 T; 2JTM A; 1OX8 A; 3EHQ A; 1ARK A; 3V7R A; 3ZBD A; 5GAN 8; 2D6F A; 3V8L A; 1B07 A; 1OU9 A; 1WNL A; 1AVZ C; 1G5V A; 3TU4 K; 3JCM W; 4E7K A; 1R8O B; 2YRV A; 2V1Q A; 1UGQ B; 2M1H A; 3DB4 A; 2DM1 A; 3QG1 A; 3KXT A; 1YJ9 Q; 1BCM A; 1BI2 A; 4LUD A; 4M78 E; 1VIE A; 2YWW A; 1TH7 A; 3I9Q A; 3CPW S; 4A4H A; 2DA9 A; 5HKC A; 2E6N A; 3M58 A; 2EQU A; 5HCK A; 3RR6 A; 2QA4 A; 2ZAE A; 3PFS A; 3QHS A; 4OP0 A; 3VRZ A; 1FMW A; 2HAX A; 1SSF A; 9ATC B; 2RHU A; 1GBQ A; 4BDY A; 2IIM A; 5FU6 C; 2WSC E; 1OU8 A; 3PT9 A; 4EDU A; 2DL4 A; 1O9S A; 1VQ5 Q; 2WAC A; 3WVD B; 2OI3 A; 3RES A; 1UJY A; 2MWO A; 2P0K A; 4JUV A; 2RQR A; 3OYY A; 2AT1 B; 3MEW A; 2J06 A; 4Z89 A; 1Q81 R; 2YRC A; 1G3S A; 4RKU E; 2GF7 A; 2ESW A; 2VGM A; 1AOJ A; 4C5E A; 3VS6 A; 4X1V A; 2K3Y A; 2F69 A; 3VUZ A; 2DL8 A; 4N4G A; 3BE3 A; 4M77 D; 3URG A; 3L42 A; 1WGS A; 1D1A A; 1SKU B; 2MAM A; 4PJM A; 2MIO A; 2HEQ A; 1Q81 U; 2J7I A; 3BFM A; 4JS5 A; 1BK2 A; 2PVG B; 1YNZ A; 3OYB A; 2ZZD A; 1MGQ A; 3REB B; 3G6E Q; 5KCH A; 4B6M A; 1M2V A; 1KD1 R; 2DRK A; 4RTW A; 3BDL A; 3T9N A; 1ZUY A; 1RAI B; 5CCA A; 2EGA A; 2G6F X; 2O9S A; 2QGF B; 1VUB A; 1PRL C; 1ZA1 B; 3QWX X; 2HSP A; 3SD4 A; 4OML A; 1JXM A; 1V1C A; 4A4K A; 4KUI A; 3CD6 T; 4M77 B; 4J9G A; 1KHI A; 3CPW P; 1K9M R; 3I55 A; 1KD1 U; 1Y96 B; 1U1T A; 4LE9 A; 1D1C A; 1VQ9 A; 2LT1 A; 4IIO A; 3QDF A; 1GCQ A; 2H3E B; 1RAD B; 3IQL A; 3OMG A; 2A28 A; 1JRI A; 1LNX A; 3QWY A; 4FT4 A; 3EAE A; 2KT8 A; 4C92 B; 2L3Q A; 5GAN 6; 1GCQ C; 5KYU B; 1K9M U; 3NMZ C; 4XK8 E; 3G4S T; 1BIB A; 4C92 F; 3JCM P; 1HSQ A; 4M77 A; 2ZPH B; 2O4X A; 4PLL A; 1QKW A; 2BZY A; 2B8A A; 4ZGJ B; 3VRY A; 1XJW B; 2BZ8 A; 3GLX A; 4WCI A; 4M77 C; 3EFR A; 5I21 A; 1RL2 A; 5GAO m; 2KYM A; 1JJ2 S; 3VS7 A; 3ER0 A; 4RG2 A; 1I4K 1; 3QKJ A; 1ZSZ A; 3UDC A; 3CD6 Q; 1VQO T; 2JN0 A; 1U3O A; 1VQ6 A; 2AKL A; 3CMA Q; 2P4T A; 1B34 A; 3PMT A; 2CUD A; 4FYW B; 1I81 A; 4RCB A; 2P0P A; 1C0M A; 1ZSZ C; 3X25 B; 5FLX E; 1M8V A; 3REA B; 4DBQ A; 2J05 A; 3VKI A; 1LCK A; 4OMN A; 2PZ1 A; 4J9F A; 4KBM B; 1VQN Q; 1YJN A; 1FYN A; 2VKN A; 4HT9 A; 4C8Q D; 1UG1 A; 1YI2 A; 3A8M B; 1EFN A; 4M78 G; 3OYH A; 5LJ3 e; 1MNE A; 1WLP B; 2CZ0 B; 1IGU A; 1IXD A; 3CCR T; 1YJW T; 2HBW A; 4E7S A; 3TSZ A; 2HL5 C; 5IT9 E; 1B7T A; 5GAN e; 6AT1 B; 2LX9 A; 1KSW A; 3I56 A; 2JNG A; 4A4E A; 4EMK A; 4OB2 B; 2KGT A; 3FDR A; 3FRN A; 4PL6 A; 1VQO Q; 3UF4 A; 2W0Z A; 1AWW A; 4C8Q B; 4EMK C; 3TRE A; 4ZGE B; 5J39 A; 2X9H A; 2BKD N; 1ABO A; 3ME9 A; 3LX7 A; 1IRE B; 4C8Q F; 2RQT A; 3CCV A; 2P84 A; 3OYJ A; 4JRP A; 1H3Z A; 2AKK A; 2M51 A; 3DLM A; 2JTE A; 2NUZ A; 3EG9 A; 1W6X A; 4OB3 B; 3ZL7 C; 1WZO A; 3JB9 J; 1PD0 A; 3FJP A; 1X43 A; 2KQW A; 1VQL T; 8ATC B; 1CKA A; 3M0Q A; 2DL3 A; 1JJ2 P; 4OMF B; 1V76 A; 4J6W A; 3PMI A; 1G3W A; 2DXT A; 2SRC A; 1YIJ T; 2LNV A; 4D8K A; 1CKB A; 1MV0 B; 1FMK A; 1AHJ B; 4QW2 A; 3HP9 A; 3PIO A; 4O6J A; 2PUK B; 1N9R A; 2LTO A; 3SEM A; 4Q5W A; 3CC2 A; 1NBE B; 5LL6 S; 2XG8 D; 4QT7 A; 3HSB A; 3V7C A; 5KE2 A; 1WJR A; 3QXE B; 2RI2 A; 4FIB A; 3JCM e; 1PRM C; 1K76 A; 4IUQ A; 5GAN 5; 4N4H A; 3EH1 A; 1D0Y A; 5GAO n; 2QYZ A; 5IHN A; 4M7D D; 1RI0 A; 4M78 D; 1QW1 A; 4DEY A; 3BDU A; 2RK2 A; 5GAO p; 3Q1J A; 2X4J A; 1M90 C; 2FPE A; 4IUU A; 4JZ4 A; 4CC4 B; 2GFU A; 2QXF A; 1U8R A; 5CR2 A; 3G7Z A; 3JV3 A; 3EFO B; 3UWN A; 3EG3 A; 2EYZ A; 1VQL Q; 5A2Q E; 5DY9 A; 3DB3 A; 4XAX B; 4AFZ C; 3S3O A; 4XTY A; 1HYO A; 1YIJ Q; 3H0H A; 1TSF A; 4PJN A; 3O5Z A; 2E6Z A; 3CME T; 1P92 A; 1YP5 A; 4M7D B; 1KQ2 A; 4M78 B; 2DNU A; 3LYI A; 2FZG B; 2LCS A; 3PIP A; 3F70 A; 3L1A A; 2CUB A; 3OYD A; 2DTI A; 1NJI C; 2E64 A; 2R5A A; 4M7D F; 1QP2 A; 2M16 A; 5KH6 A; 5FW9 A; 2A0F B; 3VV0 A; 1RLP C; 1WQ7 A; 1ABQ A; 3HFN A; 2IVW A; 2CT4 A; 3JCM d; 3A8H B; 1IO6 A; 5GMK e; 2DK3 A; 2F2W A; 3L2U A; 3INZ A; 3L2Z A; 2P4R A; 3SHW A; 2LRQ A; 1VQ7 A; 1LPL A; 4M78 A; 4HVU A; 1WJQ A; 3PTA A; 3RKW A; 4QVZ A; 3CCQ A; 4M78 C; 2XKO C; 3CCS A; 3CQT A; 5J26 A; 2YHT A; 1SG5 A; 4DBF A; 3CME Q; 2NWM A; 2HDA A; 2X35 A; 4LNP A; 2DJZ A; 4XTU A; 1JXO A; 5D7U A; 2ZPG B; 3QYH B; 1QP3 A; 2LDM A; 4M7A F; 1YHQ A; 1UDL A; 5GAM h; 2RK1 A; 4A4G A; 2WSE E; 2KEA A; 4J9E A; 4E6R A; 2LVM A; 3M55 A; 2LQ8 A; 3EGD B; 3M9Q A; 4LDY A; 2K79 A; 2RHX A; 4PFZ A; 4D8D A; 2FO0 A; 4MMK A; 2R5M A; 2QEX T; 2QTX A; 5A0L A; 4RTT A; 5GMK i; 2DEQ A; 5L23 A; 4L5G A; 5LJ5 e; 4J9I A; 4A54 A; 2LJ1 A; 3ULR B; 3MEV A; 3VS3 A; 1G3T A; 2KNB B; 1VQ4 T; 1RAE B; 4JJN K; 1UEC A; 3HL8 A; 1T0H A; 2EIF A; 3OYF A; 2E65 A; 3OW2 S; 5DM7 R; 4FSS A; 5CO7 A; 2GTJ A; 2JZ2 A; 5L8R E; 4ZTJ A; 1QVG P; 4MML A; 2DKG A; 3OY9 A; 1X69 A; 2BUD A; 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