1ZV5L

Crystal structure of the variable domain of the camelid heavy-chain antibody d2-l29 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords Lysozyme C
publication title Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies.
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zv5L00
2A7FA 3B0KA 1B0DA 3WYHA 1IOQA 1LZBA 1B5WA 2LHMA 4XADA 4LT2A 1UCOA 1JTTL 2BQJA 4B1AA 5HLLA 3TMWA 1NMMA 1LHHA 3GXRA 3IJUA 4OOTA 1BWHA 3W6AA 2ZQ4A 3LZTA 2BQNA 3QNGA 3WW6A 2DBTA 4NWEA 2I6ZA 2BLXA 5KXOA 1G7IC 5KXPA 3M3UA 1IWUA 1IP3A 1XGUC 4W96A 1GF8A 4NSHA 4TTDA 4ETCA 4WLTA 1GB0A 4W94A 1IP1A 5L3IA 3A90A 2DQCY 1HFZA 4WL7A 1G7LC 1GEVA 3BKVA 2BPUA 5E4PA 2G4NA 1NDGC 4DDAA 1DPWA 1B7RA 1IY3A 5FSTA 1QIOA 5E9RA 5LAFA 4B4IA 5HMVA 2CDSA 2YBNA 4H9CA 3WW5A 4ZFPA 4OWCA 2EQLA 3N9CA 4G49A 3TXKA 1IR8A 1YAMA 1ZV5L 2FBDA 1GAYA 1AT5A 4TSCA 4XJBA 5LYZA 5I4WA 1C10A 1EQ4A 1WTNA 5HMJA 3LZ2A 2A7DA 1BHZA 1NBYC 4NIJA 1OUHA 3MGWA 4GCEA 4DD3A 3K3TA 1IWXA 1LSMA 134LA 4TUNA 1B5XA 1GAZA 3CSQA 4NHQA 4DD7A 2B5ZA 5AMYA 1DI5A 2DQIY 4XJFA 1LZ6A 3A6BY 2MEFA 4KXIA 5KXRA 2LYZA 1HEQA 1RFPA 4G9SA 3ATOA 2XBRA 1LZEA 4HTQA 5M1YA 1T6VL 2HEFA 2I26L 2IFFY 3CB7A 1GDWA 4NGWA 4WLXA 1FLWA 1LHMA 3ATNA 1V7SA 4ML7A 4NWHA 4HTNA 2BQFA 1GFJA 2YDGA 1QSWA 2HUBA 5C6JA 4CJ2A 1UC0A 3IWRA 5LVIA 1G7JC 5HQ1A 4LZTA 3RT5X 4NGIA 1XGQC 2WARA 1LZCA 3AGHA 1HHLA 1B5ZA 1LZSA 132LA 4WMGA 4YOPA 2YBIA 4H9EA 2FYDA 1XGRC 4OWHA 4N1EI 1IC4Y 1I1ZA 1GBYA 1CKHA 1BB4A 1QDTA 4M4OA 1HF4A 1AKIA 2HTXA 2MEAA 1QDRA 2RSCA 1HMLA 4P2EA 1LSZA 4NGLA 4WM6A 1OUGA 4ETBA 5LXWA 4YENA 3FI7A 4HJVA 4OW1A 1GBSA 4J0LA 3CT5A 3HBHA 1GB3A 2ZQ3A 1GF9A 1REYA 4MCKA 4ETDA 1D0KA 3WVXA 1LSPA 4Z3MA 3A34A 3P4ZA 5KXNA 4X3BA 1KXWA 5B07A 1D0MA 1ZMYL 4NSJA 1IVMA 1F0WA 1GBZA 1OP9B 2PC2A 4N5RA 4PHIA 3P68A 1CJ9A 1ZVYB 1C46A 1GPQC 1BQLY 1WQQA 2HU3A 1LZRA 1GF0A 3TMXA 1LZYA 1YKYX 5A3ZA 1GF6A 1LJNA 4WLYA 1INUA 7LYZA 3W6CA 3EBAB 4LYZA 1GB5A 5FHWA 3TXHA 1HERA 3W6EA 1IC7Y 4UWNA 1DI3A 1JIYA 5ILCA 3A91A 1UACY 4YEMA 4NGYA 2D6BA 2X0AA 4NSIA 2BAAA 3RU5A 5JENB 1IY4A 1HEMA 3M18B 2G4PA 1HSWA 1JSEA 2LZ2A 1N4FA 1EQ5A 3WULA 1O23A 2BQGA 5C6LA 1B7OA 4H93A 1UBZA 3ZVQB 1W6ZA 1JEFA 3J6KA 1F6RA 1LZGA 1RE2A 3T6UA 2CGIA 4LYBA 6LYTA 2Z2EA 3AW6A 3ULRA 5KKIA 4WM2A 1GFEA 1VDSA 2Z37A 3TXFA 3OK0A 4H9BA 1QSAA 1D0LA 2I25L 2Z38A 1HELA 4PPOA 9LYZA 4C5FA 1G7MC 3A3QA 4QEQA 4XJDA 1LZ4A 4DD9A 5HNCA 3ZEKA 2W1MA 1Z55A 1H87A 1GFAA 1KIQC 3A8ZA 1FLUA 3TMVA 3QY4A 2D91A 4N9RA 2F4AA 2NWDX 2HU1A 5DM9A 3WU8A 5LYMA 4TX7A 1B2KA 1JJ1A 4ANRA 1B7QA 1YAQA 4NHTA 4BADA 5LA5A 153LA 1KXYA 1LMNA 1BVXA 5FELA 1GXV2 1LZNA 3FE0A 3W6DA 2EPEA 5L3HA 5F81A 4A7DA 4NG1A 5LVKA 4H1PA 1MELL 1JJ0A 1JKBA 1GB6A 4GCCA 2W1YA 4R6CA 2HEBA 1LKRA 1YANA 1B5UA 2Z12A 1VFBC 1JTOL 5IHGA 1BWJA 1GBOA 3EO5A 5B06A 2MEHA 1DQJC 4I8SA 1LSCA 4HV1A 5KXMA 1YAOA 4YF2A 4ZEEA 2DQAA 1GFTA 1LCNA 1H6MA 3AZ6A 4LT3A 1LJ4A 1QTEA 3AW7A 5B05A 1LYOA 4HV2A 2C8OA 1VDTA 1DZBX 2XTHA 1HENA 3LYOA 4MR1A 1LMQA 1HFXA 4ETEA 3WPJA 1B7SA 1CKCA 1WQRA 2ZWBA 1GB2A 2ZIKA 4DYGA 1IORA 1B7PA 4WLDA 5LVGA 5KXXA 1LTMA 2BQKA 4ETAA 193LA 1YKZX 1NHEA 3WMKA 3W6BA 1LOZA 1OUBA 5KXWA 3EMSA 4LYMA 4XJGA 2BQMA 1KIPC 2VB1A 3AZ7A 1UICA 1B7MA 1LMPA 1XEIA 3A96A 208LA 4J1AA 4NHSA 2XBSA 1FKVA 2BQCA 1JPOA 4E3UA 1LZ9A 1WQMA 1HEOA 2ZILA 3HBEX 3E3DA 5LYTA 1QTKA 1TDYA 5EBHA 4BS7A 4Z41A 1VEDA 4G4BA 4U3XB 1DXJA 5KXTA 1A2YC 3A67Y 4LFPA 3W6FA 2MEDA 1REXA 5APCA 1IO5A 2BQEA 4ET8A 1OUFA 2LZTA 3AJNA 1NDMC 4GN5C 4HPEA 1NBZC 1E8LA 3ZVQA 1IWVA 1LSBA 1TAYA 2DQDY 5L9JA 4I0CA 4KPMA 1V7TA 1JTPL 1LSFA 3LN2A 4DD2A 4RLNA 3WPKA 1GXXA 1HEWA 4H8YA 5I4YA 1JKCA 1GF4A 1BGIA 1GFGA 2DQJY 4CGEA 1GEZA 4OWEA 1WQNA 1LAAA 1AZFA 4Z98A 5APFA 5T3FA 1GFUA 2ZYCA 1YROA 4CFPA 1LHKA 3TXDA 1OUJA 4J7VA 3WUNA 135LA 3KAMA 1IWTA 2N5ZA 4LYCA 3CT1A 1P2CC 2FBBA 1CKGA 1JHLA 1WQOA 4GN3A 4NFVA 2YBHA 4NY5A 2YBJA 5F9UA 1REMA 3B0IA 3WXUA 4B49A 5I53A 3WL2A 2YSSC 1UUZC 2BQLA 1A4VA 1OQMA 3G3BB 2HEEA 3TXGA 1I56A 1YILA 1B5VA 2BQIA 4B4JA 2D4JA 4HJYA 2ZYPA 4LFXA 1YQVY 2BQHA 1LZ5A 3AGIA 1IWZA 3AYQA 4O34A 5B1FA 3TXEA 1GF5A 1FLYA 3BKHA 4H9AA 1IOSA 2CJLA 4PRUA 3CT0A 1F10A 1VDPA 1GE1A 1JKDA 1WTMA 4WG7A 1LSNA 1UIBA 1AT6A 5KXZA 4C3WA 5FCPA 1DPXA 2XJWA 4WM4A 5DLAA 5DN5A 1LZ8A 4RW2A 6LYZA 2LYOA 1YKXX 1C45A 2LYMA 1OUAA 2MEEA 5A3EA 2EIZC 4WM1A 4XJHA 1VDQA 4EOFA 5IDDA 4LT1A 4LYTA 1RI8B 1LYSA 4H9FA 2MEGA 4GCBA 1QUTA 3TXJA 1J1OY 1TCYA 4FJRA 2Z39A 2F4GA 2HECA 4IATA 3SP3A 5II3A 3AGGG 1RCMA 4DDBA 1KXXA 1CJ6A 1LJJA 1HMKA 2MEBA 4DWXA 1IOTA 2H9JA 1J1XY 2IHLA 4IJ4A 194LA 1GE0A 4GLVA 4DT3A 5KY1A 4NHPA 1BB5A 1RJCB 1JKAA 1REZA 4DD0A 1LPIA 1ALCA 5ILFA 4OOOA 5KXKA 3VWOA 1GFHA 3IJVA 4AXTA 3A93A 1OUIA 2Q0MX 1JJ3A 4PGJB 4YM8A 1QQYA 2H5ZA 2FYCA 1GE2A 1G7HC 3AB6A 4H9HA 3TXBA 2DQFC 2DKVA 4NGOA 3TXIA 4QY9A 5KXLA 1LJ3A 1CJ8A 1VAUA 4TWSA 4YEOA 1GF7A 1LHIA 1LMTA 3WXTA 2HEDA 3AZ4A 3J4GA 1IIZA 1YIKA 4DD1A 1FDLY 1LJKA 1LMAA 4H94A 2F2NA 1GFKA 1GB8A 1LYYA 2C8PA 3HFMY 5I54A 4N0JA 1WQPA 4UWVA 1NQIA 1XSFA 2AUBA 2Z2FA 1JISA 4HP0A 4NG8A 1LJEA 4H8XA 4H92A 4HTKA 4NGVA 4WM3A 4XENA 4HSFA 5J7CA 1BVKC 1B7LA 5D5CA 5KJ9A 1BB7A 1IP7A 5KXYA 1NWGA 3CQLA 1UIAA 1LJIA 1LSEA 5C6IA 1JUGA 1XEKA 1YAPA 2ZIJA 3D9AC 4B4EA 1IP4A 5I4XA 3WH1A 4GCFA 3WVYA 1GBXA 1IP2A 4L41A 1GHLA 4CHXA 4WO9A 1WVUA 1UIEA 2BQAA 1IR9A 1FN5A 2Z18A 3A92A 3B0OA 2EKSC 1XGTC 3W3EA 133LA 4NSGA 3CSZA 1OUCA 4LGKA 3A94A 1C08C 1YL1X 3GXKA 1T3PA 4WO6A 1LSYA 5LAGA 1D9UA 3LYMA 1YL0X 5LIOA 1KIRC 3RNXA 4EMNA 2DQEY 4R0FA 5HNLA 4H8ZA 1PS5A 4H91A 1UA6Y 5F9XA 1IOCA 1XFPL 3TMUA 4NEBA 1LZ1A 4XYYA 1B9OA 4H9IA 1D6PA 1BB6A 1GE3A 1IP6A 1GBWA 1TEWA 1LSAA 1UIGA 4BAPA 3P64A 4J1BA 1FLQA 4OWBA 1LSDA 1TBYA 1ZVHL 1LZTA 1MLCE 4NGJA 5F14A 3AZ5A 3P66A 4XJIA 5B1GA 1NF5A 1GB9A 3WPLA 4ET9A 2W1LA 5DL9A 1EQEA 1XEJA 4B0DA 1XGPC 4WG1A 1GWDA 3T36A 1C43A 1LMOA 1HSXA 3RZ4A 1IEEA 4GLAA 2YBMA 2YVBA 1LZDA 2G4QA 5LVHA 1IC5Y 3B72A 1LZAA 1DKKA 5B59A 1LMCA 1LKSA 2BLYA 3EXDA 2Z19A 1CKFA 4GN4A 4RW1A 4HJZA 1IWYA 1SLYA 5K7OA 4TSBA 2F30A 4AGAA 2W1XA 2YBLA 5FEKA 3WU9A 3LYZA 1IX0A 4M6DA 1I20A 3WUAA 4II8A 1J1PY 3D3DA 2MEIA 2GV0A 4PJ2C 4D9ZA 2DQGY 4G4CA 5KKJA 1GB7A 5FDJA 1LHJA 4CFOA 1LJHA 4DDCA 1GFVA 1CJ7A 1QUSA 1UIHA 4QGZA 207LA 2BQOA 1LYZA 3RW8A 154LA 3A3RX 2DQHY 5LA8A 1F6SA 3A95A 3N9AA 4UWUA 4LYOA 4FDYA 5LINA 4WM5A 4ZIXA 5APDA 1B7NA 1LJGA 2MECA 2ZNXY 4NGZA 4MSTA 4WL6A 1BB3A 2BQDA 3G3AB 5IELA 3LHMA 2ZNWY 1OUDA 3LYTA 4N1CC 4NGKA 1HC0A 5DN4A 2D4KA 1LHLA 1IP5A 5D5FA 1FBIX 2D4IA 4QDNA 1HNLA 3B6LA 4KL7A 1FKQA 3N9EA 4OWAA 1WVVA 4Z46A 4NHIA 4H90A 1IWWA 1JSFA 1VATA 4GCDA 4G4HA 2HEAA 1BWIA 1GE4A 1JITA 1JWRA 4BAFA 4DC4A 1CNSA 1GDXA 1PZYA 4KT3A 4WOAA 2Y8PA 1GD6A 3P65A 2CWIA 1GFRA 1UIFA 1DKJA 1SQ2L 1HEPA 1HFYA 2BQBA 3OJPA 4LT0A 5APEA 5F16A 1UIDA 1IR7A 5I5QA 1LJFA 3WUMA 1LSGA 3QE8A 3A6CY 4IASA 1C7PA 3CSRA 4N8ZA 1CKDA 1NKHA 5KXSA 1OUEA 4HPIA 1AM7A 1B5YA 1EL1A 4XN6A 1DI4A 4RLMA 2H9KA 3F6ZA 5LVJA 4RDSA 8LYZA 1D6QA 1W08A 3WU7A 3HBDA 1GF3A 4PRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A7FA 3G3XA 1LZBA 4LT2A 1NMMA 3IJUA 2QB0B 1P46A 2ZQ4A 3QNGA 2I6ZA 1L15A 187LA 5KXPA 3M3UA 1IWUA 4ETCA 1GF8A 1L04A 3A90A 2DQCY 1G7LC 2BPUA 5E4PA 4DDAA 1OVHA 5HMVA 4H9CA 3WW5A 3DMZA 4ZFPA 4G49A 3N9CA 4I7SA 1GAYA 5LYZA 196LA 1C10A 186LA 1WTNA 2A7DA 1NBYC 4NIJA 1IWXA 1L19A 1C6IA 2B5ZA 5AMYA 1CU2A 1CTWA 2DQIY 3SB7A 4E97A 4I7MA 5KXRA 1ZYTA 1LZEA 4NGWA 1GDWA 4WLXA 3ATNA 4HTNA 2YDGA 2HUBA 5LVIA 1LYEA 1XGQC 1LZCA 3AGHA 1B5ZA 3C8QA 4YOPA 2RBOA 1GBYA 1QDTA 257LA 4M4OA 1AKIA 242LA 2HTXA 1LSZA 4ETBA 4YENA 4HJVA 4OW1A 1L32A 1GB3A 1GF9A 1REYA 2LCBA 4MCKA 3C81A 1IVMA 1T8AA 4PHIA 3P68A 1C46A 1LZRA 1C6GA 1QTVA 1LJNA 3EBAB 3OE0A 3W6EA 3L64A 1KW7A 3A91A 2D6BA 2X0AA 4NSIA 1HEMA 3M18B 2G4PA 1HSWA 1L38A 1N4FA 4ARJA 1O23A 2BQGA 4H93A 1QTBA 1RE2A 3T6UA 1L47A 1L99A 157LA 4WM2A 1C66A 222LA 1L89A 2Z38A 1HELA 3SBAA 9LYZA 234LA 3A3QA 1C6HA 1LZ4A 2W1MA 1Z55A 3TMVA 1FLUA 1QSBA 3QY4A 4N9RA 2F4AA 2NWDX 2HU1A 118LA 5DM9A 3CDRA 1B7QA 153LA 1BVXA 1LZNA 3W6DA 1G0MA 1LGXA 4NG1A 1QT7A 1QTCA 1JKBA 4GCCA 2W1YA 1L00A 4R6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A7F A;  3B0K A;  1B0D A;  3WYH A;  1IOQ A;  1LZB A;  1B5W A;  2LHM A;  4XAD A;  4LT2 A;  1UCO A;  1JTT L;  2BQJ A;  4B1A A;  5HLL A;  3TMW A;  1NMM A;  1LHH A;  3GXR A;  3IJU A;  4OOT A;  1BWH A;  3W6A A;  2ZQ4 A;  3LZT A;  2BQN A;  3QNG A;  3WW6 A;  2DBT A;  4NWE A;  2I6Z A;  2BLX A;  5KXO A;  1G7I C;  5KXP A;  3M3U A;  1IWU A;  1IP3 A;  1XGU C;  4W96 A;  1GF8 A;  4NSH A;  4TTD A;  4ETC A;  4WLT A;  1GB0 A;  4W94 A;  1IP1 A;  5L3I A;  3A90 A;  2DQC Y;  1HFZ A;  4WL7 A;  1G7L C;  1GEV A;  3BKV A;  2BPU A;  5E4P A;  2G4N A;  1NDG C;  4DDA A;  1DPW A;  1B7R A;  1IY3 A;  5FST A;  1QIO A;  5E9R A;  5LAF A;  4B4I A;  5HMV A;  2CDS A;  2YBN A;  4H9C A;  3WW5 A;  4ZFP A;  4OWC A;  2EQL A;  3N9C A;  4G49 A;  3TXK A;  1IR8 A;  1YAM A;  1ZV5 L;  2FBD A;  1GAY A;  1AT5 A;  4TSC A;  4XJB A;  5LYZ A;  5I4W A;  1C10 A;  1EQ4 A;  1WTN A;  5HMJ A;  3LZ2 A;  2A7D A;  1BHZ A;  1NBY C;  4NIJ A;  1OUH A;  3MGW A;  4GCE A;  4DD3 A;  3K3T A;  1IWX A;  1LSM A;  134L A;  4TUN A;  1B5X A;  1GAZ A;  3CSQ A;  4NHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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