1ZV5L

Crystal structure of the variable domain of the camelid heavy-chain antibody d2-l29 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Camelus dromedarius
publication title Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zv5L00
1LPIA 1FLWA 3EBAB 1LZ1A 1P2CC 1EQ5A 1C10A 4LGKA 5JENB 3AW6A 1IOSA 2ZILA 4N8ZA 4KXIA 4NGKA 3AZ5A 1FLQA 1LSDA 1PZYA 4NSGA 5LYMA 4DD7A 3P68A 1HFZA 3D3DA 5DN5A 4XJGA 2CDSA 1D6PA 1JKBA 4WG7A 1BB7A 2BQNA 1GD6A 2HECA 1NQIA 4R6CA 3T6UA 2ZQ3A 4QDNA 1D9UA 2DQGY 4N9RA 1IC7Y 4DWXA 4Z3MA 4XENA 5LA5A 3AGIA 3ATNA 4H9AA 4H94A 5KXZA 2YBMA 4KL7A 4BAFA 4ETCA 4MR1A 3EMSA 4QY9A 153LA 5I4YA 3WPJA 2IHLA 2MEBA 4H90A 2PC2A 1IO5A 1CKFA 3W6EA 3M18B 4MSTA 3A91A 2EKSC 5B06A 4QEQA 3CQLA 2G4NA 5B1GA 1LYOA 1G7LC 1F10A 1GBYA 1QUSA 2I26L 3IWRA 2BQBA 5M1YA 2CWIA 4FDYA 4GCDA 4ZEEA 4ET9A 1YANA 1B7SA 5E4PA 1DZBX 4DD0A 5FCPA 1Z55A 3CB7A 2YBHA 4OWBA 3AZ4A 1LJ4A 1BWIA 1D0MA 4LT3A 4NGZA 9LYZA 3CT5A 4A7DA 1F6RA 1G7MC 1JSFA 1LZSA 4NGVA 4ML7A 208LA 2F2NA 2I6ZA 1GFVA 3AZ7A 4LT1A 1IC4Y 1JUGA 2GV0A 3A8ZA 1HEMA 5KXTA 1OUEA 1QIOA 5LINA 1OQMA 3LYMA 2Y8PA 1GFUA 1LHMA 5B05A 2MEFA 1IVMA 4OW1A 1B5YA 1IWUA 1EQEA 2HEEA 4HV1A 5L9JA 4C5FA 3RU5A 1CJ6A 2IFFY 3TXGA 1HHLA 4HTQA 1GF9A 4LT2A 1LSAA 3CSZA 5D5CA 6LYZA 3FE0A 4NHIA 1UC0A 1CJ7A 1GF7A 1SLYA 1NWGA 2BLYA 1LZ4A 5B1FA 3ZVQB 5LVGA 4H8ZA 5I53A 2BQLA 1LJHA 1UIBA 5APCA 4NG1A 2XBRA 4WO6A 4H9HA 1BB5A 3AJNA 4NWHA 4N0JA 4H9EA 1D6QA 1F6SA 2W1LA 3WUAA 1BVXA 1LSGA 1GF4A 3EXDA 4NHSA 3TMXA 1JKAA 4NFVA 1LSMA 1WVUA 3E3DA 4PHIA 1J1XY 5I4WA 4WO9A 4H91A 5B59A 1NHEA 1CKCA 3TXEA 3F6ZA 3P4ZA 1HEOA 4WM4A 1DI5A 1CKDA 1LMPA 1LZYA 3LYOA 5F81A 4LYOA 1IY3A 1EL1A 1LZAA 1HNLA 1JJ3A 5LYZA 1ALCA 1HELA 1FLYA 1LZEA 3W6AA 1XFPL 3LN2A 2HU1A 1REYA 5HNCA 1XGTC 2MEEA 4J0LA 4LYZA 3WW6A 5FHWA 4H9BA 1MLCE 1LJKA 1IOCA 1GE2A 2YBNA 1GB5A 5KXLA 1B7NA 1LHIA 1FKVA 2ZYPA 1GE3A 1FBIX 4GCBA 3CSQA 1GAZA 1LJFA 5HMVA 3TXHA 1IORA 5I5QA 2YBLA 3B0KA 3WPKA 1JTOL 4YM8A 5LA8A 4LYBA 4AGAA 4WLXA 3WXUA 4AXTA 1LZ6A 1UIGA 4NGWA 3WH1A 4NIJA 3M3UA 1GB7A 4XJDA 1DI3A 5IDDA 3TXIA 1DI4A 1WQNA 5FEKA 8LYZA 5KXKA 1E8LA 1IP5A 2XJWA 1XGPC 3KAMA 1UUZC 2YDGA 1G7IC 4RW1A 1CKHA 1LYSA 1FKQA 2H9JA 2W1XA 1WTNA 4UWVA 4HSFA 1IP4A 4LYTA 4UWUA 1OUDA 1BHZA 1G7JC 1UIDA 4N5RA 4Z98A 1B2KA 4YF2A 1HEPA 1FLUA 4D9ZA 2DQHY 4OWAA 1HSWA 5LXWA 1QQYA 2ZYCA 2DQFC 3GXRA 4ETDA 5ILCA 1LZGA 1XSFA 1GFJA 1LMNA 2BQOA 3ZEKA 4Z46A 1YL1X 3IJVA 1YKYX 4H9FA 3WMKA 2DQIY 2A7FA 4B4IA 3TXDA 1MELL 1YIKA 1INUA 2Z12A 5HQ1A 4B4JA 1CJ8A 4GN3A 2VB1A 3HFMY 5DLAA 1VDTA 4WM1A 6LYTA 3TXKA 5LYTA 4NWEA 1JEFA 1A4VA 1GBXA 2BQMA 1F0WA 2CJLA 5A3ZA 1XEJA 1B7PA 1LSBA 1C46A 4NGYA 1NDMC 5LVIA 4GCFA 3WVYA 5K7OA 1IP2A 2C8OA 4BADA 3LZ2A 1J1PY 3RW8A 3SP3A 1UCOA 194LA 2FBBA 2FYCA 4HJZA 4NSJA 1KIQC 1BWHA 3B0IA 4LFXA 5KKJA 1LZDA 3N9AA 4ETBA 2B5ZA 2ZNWY 1IP7A 3LHMA 2G4QA 5E9RA 1UICA 4NSIA 2FBDA 1CJ9A 1DQJC 3N9CA 4YENA 4UWNA 4WMGA 1IX0A 5DM9A 132LA 1KXYA 4YEOA 2BPUA 1HFXA 1JSEA 1LJ3A 4YOPA 2BQCA 1VFBC 4IATA 1XGUC 1WQPA 4WLDA 4WOAA 5EBHA 1YQVY 4NGLA 5J7CA 1IP3A 4M6DA 4M4OA 4DD3A 3A96A 1BWJA 1DPXA 4TUNA 1GF8A 1LJGA 1GPQC 3G3AB 1O23A 4R0FA 2EQLA 1JTPL 2WARA 4FJRA 2D4KA 1BGIA 5KY1A 1IP1A 1B5VA 1IIZA 1LYYA 1B0DA 1IWYA 1GFEA 4WM2A 3WW5A 1PS5A 2MEGA 5KXPA 1BB4A 1GB2A 1NBZC 5KKIA 5F9UA 1B5UA 2MEIA 7LYZA 1IWZA 1T3PA 1GAYA 1H6MA 1FN5A 1OUBA 4KPMA 1YAQA 3QY4A 1LYZA 1WVVA 2CGIA 2LZTA 2RSCA 2ZQ4A 4DD2A 5LVHA 1WQQA 1LSNA 1XGQC 2H5ZA 3TXFA 4NG8A 5C6JA 1BB3A 3WU9A 1B5ZA 1VDQA 2G4PA 5ILFA 5APEA 2DQCY 1LJNA 5KJ9A 4GLAA 3TMVA 1OUIA 4RW2A 4PPOA 3AZ6A 1RI8B 1B5WA 2ZWBA 3RNXA 5DN4A 1RCMA 3WUNA 4EMNA 1JPOA 1ZVHL 1IR8A 2LYMA 4RLNA 4DDBA 5II3A 1IWTA 3ZVQA 2ZNXY 1CNSA 135LA 4CHXA 154LA 3AW7A 1GBWA 1BQLY 1GF6A 1REZA 3A34A 3BKHA 1A2YC 3WPLA 4DYGA 1LZRA 4BS7A 1NDGC 1OP9B 3CSRA 2X0AA 3WL2A 5DL9A 1IR9A 1HFYA 1JIYA 1YAPA 1ZMYL 4WL7A 1B7QA 1GXXA 3CT1A 1UACY 1YAOA 4LT0A 4NHTA 3RZ4A 5C6IA 4TWSA 5LVJA 4NHQA 1AT6A 4H93A 3ULRA 5T3FA 3AGGG 1GFTA 2W1YA 1QTEA 1W6ZA 1GFGA 1N4FA 2F4GA 2XBSA 3FI7A 2HEBA 5LAGA 1TEWA 3K3TA 2NWDX 1LZCA 1GFKA 1GEZA 5HNLA 1G7HC 133LA 1TDYA 3P64A 2EIZC 1I56A 3W3EA 2A7DA 1LJEA 2YSSC 1OUCA 4G4BA 2YBIA 4HPIA 4I8SA 1HMLA 1LHKA 4HJVA 4H8XA 2F4AA 5KXYA 5D5FA 5AMYA 1ZVYB 4WLTA 2BQKA 1LZTA 1J1OY 1YKZX 1LTMA 1GF3A 1GF5A 1LSPA 2BQHA 2D4JA 2XTHA 5F14A 1UIHA 3G3BB 1JWRA 1NMMA 1OUHA 2Z19A 3W6BA 1LAAA 1V7SA 2HEFA 3WXTA 3WYHA 1AZFA 4WG1A 2FYDA 2H9KA 4P2EA 3WULA 1JITA 2MEAA 4WM6A 4GCCA 4NGIA 3TMUA 1OUJA 134LA 1LMCA 3B6LA 2BQGA 4W94A 4E3UA 1C08C 1GB6A 4PRQA 4C3WA 4RDSA 1IOQA 1QTKA 2C8PA 3GXKA 2Z38A 5KXWA 5F9XA 2D6BA 3EO5A 5HMJA 2BAAA 5KXNA 3TXBA 1H87A 207LA 1HERA 3LYTA 1JTTL 3P66A 2LZ2A 2DQJY 4OWCA 5IELA 3T36A 1TAYA 3MGWA 1C43A 3HBEX 3W6DA 3J6KA 1LJIA 1QSWA 4HJYA 1DKKA 2N5ZA 4WL6A 1IEEA 1GBZA 1KIPC 4TX7A 3AGHA 1LSCA 1XEKA 2MECA 2Z18A 4II8A 4B1AA 3J4GA 1JJ0A 1LOZA 1WTMA 3WU7A 4IJ4A 1GEVA 4XN6A 1GXV2 4XJFA 3QE8A 5APFA 1DXJA 4WM5A 4WLYA 1OUFA 1GB9A 5LIOA 1DKJA 3A3QA 1YL0X 4GCEA 1GE0A 1LMQA 1NBYC 2EPEA 2HU3A 1LKRA 2Z2FA 3P65A 1B7RA 1I1ZA 4G4CA 4IASA 4CFOA 4LYCA 4CGEA 1B7LA 3IJUA 3LYZA 1JHLA 3VWOA 3TMWA 1AKIA 1B9OA 4NY5A 1LZ9A 1CKGA 1IOTA 1IY4A 1LSFA 5KXMA 1LZ8A 4O34A 3RT5X 1JISA 3A90A 1UIFA 1HMKA 4GLVA 4H8YA 2YVBA 4XADA 5LAFA 1C7PA 1ZV5L 4B0DA 3A6CY 2MEDA 5APDA 193LA 1LSYA 4TSCA 1JKDA 1IR7A 1GWDA 1JJ1A 1HC0A 4YEMA 1LSZA 1QDTA 1LHLA 1REXA 2HEDA 4LFPA 1UIEA 4B49A 3WUMA 1C45A 3A6BY 4ZIXA 4U3XB 1AM7A 1RJCB 1GDXA 1TBYA 2BQAA 5I4XA 2W1MA 2ZIJA 4H9CA 4DT3A 4RLMA 1YILA 5KXOA 4B4EA 1TCYA 1WQRA 4DD9A 1QDRA 1GFAA 4NGJA 4H9IA 5I54A 2BQJA 5KXXA 4HV2A 1D0KA 1LZBA 1T6VL 4HP0A 3W6CA 5LVKA 1UIAA 1IWXA 1GFHA 1HF4A 5L3HA 1YROA 5L3IA 1OUAA 1DPWA 1XEIA 1XGRC 3LZTA 1GHLA 4DC4A 1FDLY 4J1BA 1D0LA 2LHMA 2Z37A 3D9AC 1GF0A 4NHPA 4X3BA 4DDAA 1WQOA 4G49A 4OWHA 1GE4A 2BQFA 2ZIKA 4ET8A 1HSXA 4H92A 4ETAA 1YAMA 1EQ4A 3A95A 5A3EA 4WM3A 4KT3A 1LHJA 1HEQA 1IWWA 1KXWA 2I25L 4W96A 4XJHA 4XYYA 5F16A 4CJ2A 1GE1A 1AT5A 3B0OA 1LMAA 1IP6A 1GFRA 1SQ2L 4OOTA 1B7OA 5KXSA 4G4HA 4I0CA 2DBTA 1LZ5A 4GN5C 1QSAA 1BB6A 2HTXA 3HBHA 4J1AA 4LYMA 4Z41A 1NF5A 1VEDA 2DKVA 2BQDA 4OWEA 2BQEA 4CFPA 3B72A 2F30A 4LZTA 1GBSA 2Z2EA 1OUGA 4N1CC 5FELA 1IC5Y 2Z39A 1UBZA 4ANRA 1QUTA 1REMA 1VDSA 1W08A 2BLXA 4NGOA 3QNGA 3W6FA 1LMOA 4HTKA 4XJBA 1KIRC 5IHGA 1GB8A 3OJPA 4MCKA 3A3RX 2YBJA 3AB6A 1I20A 2D91A 4DD1A 1GDWA 3A92A 4ETEA 2HEAA 2D4IA 3A94A 3ATOA 1VAUA 4QGZA 1LSEA 3TXJA 1JKCA 1V7TA 2HUBA 1B7MA 3N9EA 4GN4A 4DDCA 3A67Y 4PRUA 2BQIA 1VDPA 4BAPA 5FDJA 5C6LA 1LMTA 4L41A 5B07A 2MEHA 4NSHA 1LCNA 3WU8A 5KXRA 1BVKC 3AYQA 4N1EI 1GB3A 2DQAA 5FSTA 1LJJA 1WQMA 3WVXA 1LKSA 1IWVA 4HTNA 1UA6Y 2DQDY 3OK0A 5HLLA 4ZFPA 4TSBA 1GBOA 1GB0A 4NEBA 1B5XA 1LZNA 3A93A 1LHHA 4HPEA 4H1PA 4J7VA 1KXXA 2Q0MX 4PGJB 4EOFA 1NKHA 1HENA 1HEWA 1VATA 2DQEY 3CT0A 3HBDA 4OOOA 2LYOA 1YKXX 4PJ2C 4XJIA 4G9SA 1RFPA 2AUBA 4TTDA 3BKVA 1RE2A 2LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EBAB 1KY1A 1EQ5A 1L32A 1FLQA 3P68A 1JKBA 3FI5A 4WG7A 229LA 4QDNA 1D9UA 1P64A 4DWXA 3AGIA 3ATNA 2YBMA 153LA 1T6HA 1IO5A 3W6EA 147LA 4MSTA 3A91A 109LA 1QUSA 1L40A 223LA 2I26L 4FDYA 4GCDA 4ET9A 1L51A 1XEPA 1L92A 1B7SA 1P36A 1C6HA 142LA 1LJ4A 1BWIA 1F6RA 1LZSA 2QB0B 4ML7A 208LA 4W53A 1HEMA 1OUEA 5LINA 2Y8PA 1LHMA 2IGCA 1EQEA 3RU5A 4LT2A 4NHIA 1UC0A 3ZVQB 5LVGA 2BQLA 1L43A 5APCA 2XBRA 1BB5A 4NWHA 1LWKA 239LA 3EMLA 4H9EA 1GF4A 3HT8A 175LA 5B59A 4H91A 3C7YA 1CKCA 4I7PA 3FA0A 1ALCA 1OVJA 2MEEA 3WW6A 1P46A 1L02A 139LA 5KXLA 1FKVA 2ZYPA 5HMVA 1JTOL 5LA8A 4LYBA 4AGAA 137LA 1LZ6A 4NIJA 1GB7A 1C6QA 1L93A 3PBLA 1LGXA 1XGPC 4RW1A 1G7JC 1KS3A 4D9ZA 1HSWA 1QQYA 1C60A 245LA 2DQFC 2ZYCA 5ILCA 1L50A 1GFJA 1L89A 4H9FA 260LA 2DQIY 3TXDA 1INUA 146LA 235LA 2B70A 5DLAA 6LYTA 249LA 3TXKA 1L22A 5A3ZA 1XEJA 1B7PA 5LVIA 5K7OA 4BADA 4W56A 2NTGA 1L12A 1UCOA 194LA 4HJZA 4DQ5A 3N9AA 2B5ZA 5E9RA 4C5FA 4YENA 5DM9A 4WMGA 132LA 4YOPA 1L74A 1NHBA 1VFBC 1QSQA 2Q9EA 1WQPA 5EBHA 1YQVY 1GPQC 2WARA 2D4KA 1BGIA 215LA 1IP1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LPI A;  1FLW A;  3EBA B;  1LZ1 A;  1P2C C;  1EQ5 A;  1C10 A;  4LGK A;  5JEN B;  3AW6 A;  1IOS A;  2ZIL A;  4N8Z A;  4KXI A;  4NGK A;  3AZ5 A;  1FLQ A;  1LSD A;  1PZY A;  4NSG A;  5LYM A;  4DD7 A;  3P68 A;  1HFZ A;  3D3D A;  5DN5 A;  4XJG A;  2CDS A;  1D6P A;  1JKB A;  4WG7 A;  1BB7 A;  2BQN A;  1GD6 A;  2HEC A;  1NQI A;  4R6C A;  3T6U A;  2ZQ3 A;  4QDN A;  1D9U A;  2DQG Y;  4N9R A;  1IC7 Y;  4DWX A;  4Z3M A;  4XEN A;  5LA5 A;  3AGI A;  3ATN A;  4H9A A;  4H94 A;  5KXZ A;  2YBM A;  4KL7 A;  4BAF A;  4ETC A;  4MR1 A;  3EMS A;  4QY9 A;  153L A;  5I4Y A;  3WPJ A;  2IHL A;  2MEB A;  4H90 A;  2PC2 A;  1IO5 A;  1CKF A;  3W6E A;  3M18 B;  4MST A;  3A91 A;  2EKS C;  5B06 A;  4QEQ A;  3CQL A;  2G4N A;  5B1G A;  1LYO A;  1G7L C;  1F10 A;  1GBY A;  1QUS A;  2I26 L;  3IWR A;  2BQB A;  5M1Y A;  2CWI A;  4FDY A;  4GCD A;  4ZEE A;  4ET9 A;  1YAN A;  1B7S A;  5E4P A;  1DZB X;  4DD0 A;  5FCP A;  1Z55 A;  3CB7 A;  2YBH A;  4OWB A;  3AZ4 A;  1LJ4 A;  1BWI A;  1D0M A;  4LT3 A;  4NGZ A;  9LYZ A;  3CT5 A;  4A7D A; 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 4CJ2 A;  1GE1 A;  1AT5 A;  3B0O A;  1LMA A;  1IP6 A;  1GFR A;  1SQ2 L;  4OOT A;  1B7O A;  5KXS A;  4G4H A;  4I0C A;  2DBT A;  1LZ5 A;  4GN5 C;  1QSA A;  1BB6 A;  2HTX A;  3HBH A;  4J1A A;  4LYM A;  4Z41 A;  1NF5 A;  1VED A;  2DKV A;  2BQD A;  4OWE A;  2BQE A;  4CFP A;  3B72 A;  2F30 A;  4LZT A;  1GBS A;  2Z2E A;  1OUG A;  4N1C C;  5FEL A;  1IC5 Y;  2Z39 A;  1UBZ A;  4ANR A;  1QUT A;  1REM A;  1VDS A;  1W08 A;  2BLX A;  4NGO A;  3QNG A;  3W6F A;  1LMO A;  4HTK A;  4XJB A;  1KIR C;  5IHG A;  1GB8 A;  3OJP A;  4MCK A;  3A3R X;  2YBJ A;  3AB6 A;  1I20 A;  2D91 A;  4DD1 A;  1GDW A;  3A92 A;  4ETE A;  2HEA A;  2D4I A;  3A94 A;  3ATO A;  1VAU A;  4QGZ A;  1LSE A;  3TXJ A;  1JKC A;  1V7T A;  2HUB A;  1B7M A;  3N9E A;  4GN4 A;  4DDC A;  3A67 Y;  4PRU A;  2BQI A;  1VDP A;  4BAP A;  5FDJ A;  5C6L A;  1LMT A;  4L41 A;  5B07 A;  2MEH A;  4NSH A;  1LCN A;  3WU8 A;  5KXR A;  1BVK C;  3AYQ A;  4N1E I;  1GB3 A;  2DQA A;  5FST A;  1LJJ A;  1WQM A;  3WVX A;  1LKS A;  1IWV A;  4HTN A;  1UA6 Y;  2DQD Y;  3OK0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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