1ZVHL

Crystal structure of the vhh domain d2-l24 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords Lysozyme C
publication title Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies.
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 47
structure length 127
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zvhL00
5LA5A 4QY9A 4GLAA 2VB1A 2BQCA 2HU1A 1LOZA 3A6BY 1GBOA 1B7NA 1GBWA 1LHIA 5F81A 4ETAA 4G4CA 4XJHA 3T6UA 2CGIA 1GE3A 1GF8A 1B9OA 4ANRA 4PRUA 4G49A 2H5ZA 1YL0X 3GXRA 3T36A 4WLDA 1GDWA 4YOPA 5I5QA 2W1MA 3TMWA 1LJHA 1CNSA 1NQIA 4OOOA 5HLLA 4NIJA 1OUGA 1A2YC 4H94A 1C7PA 4G9SA 4KL7A 2A7DA 1MLCE 1LZDA 1LSGA 3WPKA 1DI4A 2BPUA 5ILCA 4LYOA 1LMOA 5KJ9A 1YKXX 2ZQ4A 5F16A 3TMXA 1I56A 5APDA 3A91A 4NY5A 134LA 1IWWA 4WM1A 1UIFA 1VDQA 4DD1A 2D4KA 1ZMYL 2IHLA 1G7LC 5KXLA 1HERA 1LPIA 1B7MA 2BLXA 3ATOA 3GXKA 4HTKA 2ZNWY 3WVYA 3RZ4A 1EQEA 1DI3A 2HEEA 4NHIA 4PRQA 5IDDA 2HTXA 3ZVQA 1LYOA 1TBYA 3N9EA 4ETDA 4WO6A 4XENA 5B59A 4ETCA 4J7VA 4ML7A 3WU8A 1UC0A 1YAMA 4TWSA 1IP3A 1B5WA 3TXDA 1LZCA 2FBDA 3P66A 3A96A 3TXEA 1IWVA 1GEZA 3CSRA 1G7HC 1B5XA 1LAAA 3AZ4A 3CT1A 1SQ2L 1LZ8A 4B4JA 1O23A 1OUDA 2C8OA 4G4BA 1INUA 4NHSA 4LYMA 4TTDA 4AXTA 1LZ4A 1H6MA 1VFBC 5FSTA 4BADA 1JSEA 3W6BA 1FKVA 5ILFA 1GFUA 3ULRA 1JHLA 2D6BA 4NEBA 4NWHA 4NGZA 1NMMA 1UIDA 4NGOA 1IP2A 4R0FA 4RLNA 5LAFA 154LA 1B0DA 1GB8A 2LYMA 3WU9A 4B4IA 4NWEA 4W96A 2Z18A 4W94A 1J1PY 2D4JA 2FYDA 3EO5A 4HP0A 5LIOA 3A8ZA 4H9AA 1UBZA 2Z12A 2HEFA 1CKFA 1F10A 1GF9A 5FDJA 3AW7A 2BLYA 4H9BA 4HPEA 1IOTA 1GPQC 5M1YA 1RCMA 2RSCA 1GAYA 1QUTA 1NDMC 3CSQA 3FI7A 4N1CC 3W6FA 5FCPA 1JJ1A 4WG1A 1BB3A 1GE1A 2XTHA 1WVVA 4PHIA 3FE0A 4XADA 3TXIA 1G7JC 5A3EA 1CKHA 1W08A 1GBXA 5B05A 2F2NA 1QUSA 4NHQA 5T3FA 3WPLA 1GFTA 4OW1A 1IY3A 3WUAA 5F14A 1LKSA 2DQIY 2MECA 5LVIA 1XGPC 1NHEA 2EIZC 4PJ2C 4WL7A 2I26L 2BQEA 4H9FA 5DN5A 1VDSA 1LMPA 4Z98A 1ZVYB 2LYOA 4L41A 3TXFA 4RW1A 1LZBA 4H8YA 3AZ7A 2G4QA 1B2KA 4NG1A 3WU7A 4DD2A 1C46A 1IP5A 3M3UA 1LSCA 1LJ3A 1YKZX 4WO9A 2I6ZA 1DI5A 4LGKA 1IP4A 4QDNA 1GB7A 4YF2A 1G7IC 1XGRC 1LSNA 2NWDX 4H9IA 4ETEA 3ZVQB 1ALCA 1GE0A 5KXNA 1B7OA 1LZ1A 1F6SA 1LJJA 4WM3A 4D9ZA 2BQBA 1JTOL 2LZ2A 4EOFA 4YM8A 3IJUA 1HNLA 1LZYA 1HEPA 3J4GA 1GF7A 1B7SA 2N5ZA 2MEHA 4LFXA 3WUMA 4CHXA 1BWJA 5I53A 1LTMA 1W6ZA 2BQJA 1JIYA 1FLUA 1YIKA 1QTKA 3D3DA 2MEBA 2EKSC 1LYZA 4ETBA 2I25L 4RLMA 3W6AA 4OWBA 1QDTA 3LYMA 9LYZA 3TXKA 2W1LA 5IELA 1RFPA 4DDAA 1F0WA 3IWRA 1HHLA 4XJFA 1FLQA 1KIRC 1CJ7A 1D0KA 1GDXA 3EMSA 4FDYA 5K7OA 2BQOA 1GB0A 1JSFA 1XGUC 4HTQA 3EXDA 4IATA 3AW6A 3TMVA 2XBSA 4OWHA 3AGHA 5LVHA 5EBHA 3G3AB 4J1AA 1C45A 4LT0A 5B1GA 5LYTA 2Z2FA 1YANA 3K3TA 1LJKA 4DWXA 1LJEA 4LYTA 4DC4A 1D6QA 2Y8PA 4NGLA 3A67Y 1D0LA 1UCOA 3LZTA 208LA 5D5FA 3A3QA 2BQIA 2YBNA 1UICA 3OK0A 4HPIA 1LMNA 3A34A 1ZV5L 1LZSA 2DQJY 2ZYCA 5II3A 3AJNA 2BAAA 3AGIA 1YAPA 4TUNA 4HSFA 3ZEKA 5LVJA 1BB5A 2BQFA 3CT5A 4AGAA 4LYZA 1LZTA 3HBHA 1V7TA 1C43A 1JKBA 1D9UA 1JISA 4QEQA 1KXWA 4WM5A 4B49A 5KXTA 2XJWA 3WH1A 3CQLA 1LJNA 1LHLA 4MCKA 1IWUA 4XYYA 2BQDA 2C8PA 2XBRA 4XJIA 2ZIJA 1OUAA 5KKJA 4XN6A 1REXA 1ZVHL 1HMLA 1B5ZA 3W6DA 5C6LA 1LZNA 5LA8A 4NGKA 1OQMA 5L9JA 1QQYA 1AZFA 1IOCA 2CWIA 3A93A 4EMNA 2MEIA 3AB6A 4YEOA 2BQKA 1TAYA 1GE4A 2EQLA 2G4NA 1OP9B 4BAFA 5KXRA 3LYZA 1GHLA 1A4VA 3A90A 1B7RA 3VWOA 4E3UA 5I4XA 5JENB 1CKGA 1RI8B 207LA 3WW5A 2Q0MX 1LZRA 1J1OY 1YQVY 1VATA 1LCNA 4B4EA 3TXBA 1IR9A 4TSBA 1UA6Y 2MEAA 2PC2A 1WQPA 1UIHA 1YROA 4OWAA 4OWCA 1GFAA 4DDBA 2HEAA 4XJBA 4DYGA 2GV0A 3RT5X 4B0DA 3CT0A 3LN2A 3B72A 1PS5A 2BQLA 1UACY 5C6IA 1JKCA 1RJCB 2F4GA 3OJPA 1WTMA 4YEMA 1HSWA 4WM2A 1B5UA 1IWZA 2BQMA 4WOAA 1YKYX 2ZWBA 4H93A 3EBAB 2LZTA 1VAUA 1LZ5A 5I54A 1MELL 2YBLA 1XGQC 1KIPC 3AZ6A 1VEDA 3WUNA 1DPWA 3MGWA 5HNCA 1QTEA 4ET8A 1WVUA 2DQGY 3QE8A 1LMTA 5DLAA 5B07A 4ZFPA 2EPEA 1CJ6A 1JKAA 4NGWA 2Z37A 4LYBA 4H92A 1T6VL 2Z19A 3BKVA 3BKHA 194LA 4NHPA 1LSBA 3RU5A 1DPXA 3KAMA 1Z55A 1AM7A 1IR7A 1FLWA 1TEWA 5LXWA 1HF4A 1JEFA 1YAOA 1YL1X 4NSJA 3RW8A 1IY4A 1LMCA 1HC0A 1AT5A 4LFPA 1JJ0A 4GCBA 1HMKA 5APCA 4GCDA 4LT2A 4NG8A 1LSPA 1KXXA 4GN4A 2Z38A 1LJ4A 4WMGA 3W6EA 1LMQA 133LA 5DL9A 3RNXA 2IFFY 1LHMA 5APFA 1JPOA 1GB5A 7LYZA 1GB6A 1XFPL 1LZGA 4R6CA 1LSZA 3CB7A 1OUHA 3LHMA 4GN3A 1QDRA 4H9CA 3HBEX 1J1XY 1IP6A 4X3BA 153LA 2Z2EA 4NSHA 1IORA 3WL2A 3E3DA 4N9RA 4IJ4A 3WYHA 5HMVA 4CGEA 5I4WA 5LAGA 1HFYA 1FKQA 4A7DA 1HEOA 4FJRA 1BQLY 1GFVA 3WXUA 1LSFA 1GFJA 2DQFC 5HMJA 4J0LA 3A95A 193LA 4NGYA 4LT3A 4O34A 4DDCA 1LSEA 1BB4A 1FDLY 1WQRA 1YILA 3WVXA 5KXOA 4Z41A 2W1XA 2F4AA 4NGJA 1LSYA 1SLYA 4TSCA 1LSDA 2HEDA 2MEGA 5L3IA 2H9KA 4NGVA 1QSWA 2CDSA 1EQ5A 1B7PA 1IWXA 4H90A 4G4HA 2G4PA 4DD7A 4CJ2A 6LYTA 1VDTA 2BQNA 1IP7A 4QGZA 1GBYA 3WMKA 1DKKA 1BHZA 1IVMA 3HBDA 3LYOA 5HNLA 4BAPA 3TMUA 1OUJA 1KIQC 1GD6A 2D4IA 1OUCA 1UIBA 2B5ZA 2Z39A 5KXXA 1GWDA 1NDGC 1JKDA 2MEEA 1IWYA 2CJLA 1P2CC 2WARA 3P4ZA 5HQ1A 3D9AC 1HSXA 5L3HA 1B7LA 4PPOA 4NGIA 3B0KA 5APEA 1F6RA 1LMAA 3LYTA 4NHTA 3B0OA 4HJZA 2YVBA 1DKJA 1UIGA 1GF6A 5F9XA 1GFHA 1IIZA 5J7CA 2HEBA 1JJ3A 2ZQ3A 1AT6A 5FHWA 1IOQA 4GCCA 2LYZA 4H8XA 4KXIA 4WM4A 5D5CA 3TXGA 1GE2A 1WQQA 5KXZA 2YBIA 1OUFA 3AZ5A 4C5FA 1QSAA 1JITA 4J1BA 2YBHA 3G3BB 4CFPA 1JTPL 2FBBA 4ZEEA 1I20A 2YBJA 1REMA 1IOSA 2DQEY 1IC5Y 1HFZA 1LZ6A 1LYSA 4HJVA 5AMYA 5KXKA 1CKCA 1BVXA 1GF4A 1CKDA 5C6JA 1DXJA 4U3XB 135LA 3B6LA 1BVKC 4Z46A 3P64A 4WLYA 4OWEA 4DD3A 4H1PA 4YENA 4N0JA 4KT3A 4TX7A 1HEWA 1NF5A 2A7FA 1HENA 1BWHA 1G7MC 4XJDA 4PGJB 5E4PA 2DKVA 2BQHA 3A94A 3WW6A 1GB3A 5LVGA 2H9JA 2YSSC 4IASA 1CJ9A 132LA 1WQOA 1FBIX 1EQ4A 1LKRA 4WL6A 3N9AA 1KXYA 1NWGA 1VDPA 3SP3A 1LHKA 2HECA 2MEDA 4WG7A 5FELA 4B1AA 5KY1A 5LYMA 4ET9A 1T3PA 2F30A 1WTNA 1LHJA 4RW2A 1IP1A 5KKIA 1IO5A 4DD9A 3WPJA 1REZA 4WM6A 5B1FA 6LYZA 1N4FA 3A6CY 1B7QA 1HFXA 1LJFA 1GFEA 1JTTL 5KXYA 1LZAA 1UIAA 3WULA 1LZEA 1LZ9A 1XEIA 2YDGA 1GF3A 1IX0A 1LHHA 4UWVA 5I4YA 1IR8A 1D0MA 1NKHA 1BWIA 2DQAA 2W1YA 3QY4A 4GLVA 2DQHY 1HEQA 8LYZA 1IC7Y 5IHGA 1BB7A 4M4OA 1UIEA 2MEFA 1RE2A 1XGTC 4MSTA 4HJYA 2DQCY 1YAQA 4HV2A 5KXPA 4LYCA 1HELA 2D91A 3F6ZA 4GN5C 4ZIXA 1LJIA 2AUBA 2DBTA 3P68A 2ZYPA 1GAZA 3P65A 4MR1A 3B0IA 1LSMA 4BS7A 4DT3A 1B5YA 5DN4A 5A3ZA 1WQNA 4UWNA 3W6CA 2BQGA 5KXMA 3AGGG 5KXSA 4RDSA 3A92A 5LYZA 4P2EA 3QNGA 1GB9A 1DQJC 1GBZA 1C08C 3CSZA 1OUEA 1TDYA 4KPMA 4OOTA 4CFOA 1I1ZA 1OUIA 5DM9A 1OUBA 1UUZC 4H8ZA 5LINA 1XSFA 3IJVA 4GCEA 3M18B 2HU3A 1REYA 4NSGA 5KXWA 1HEMA 5F9UA 1GXV2 1GFGA 2ZIKA 3TXHA 1E8LA 1GEVA 1XEJA 1LJGA 1TCYA 1DZBX 2X0AA 1V7SA 2ZILA 3N9CA 3A3RX 3TXJA 1CJ8A 4HTNA 1GFRA 1JWRA 5B06A 3J6KA 4Z3MA 1PZYA 1D6PA 1H87A 1GXXA 1LSAA 3ATNA 4HV1A 1WQMA 3HFMY 4NFVA 5FEKA 1FN5A 1AKIA 1NBZC 1IWTA 4N8ZA 1GB2A 4XJGA 4UWUA 4M6DA 2ZNXY 5E9RA 4I8SA 4WLTA 4II8A 1EL1A 4N1EI 2YBMA 1XEKA 4LZTA 5LVKA 1GBSA 1QIOA 4GCFA 1LYYA 1GFKA 2FYCA 2LHMA 1BGIA 1C10A 2HUBA 4I0CA 4LT1A 4N5RA 4C3WA 4DD0A 1FLYA 4NSIA 4H9HA 1IC4Y 4H91A 1IEEA 3W3EA 1NBYC 3WXTA 1GF5A 2BQAA 1JUGA 3LZ2A 4WLXA 2DQDY 4H9EA 1B5VA 3AYQA 1GF0A 1BB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LA5A 4QY9A 2VB1A 1T97A 2HU1A 3A6BY 4ETAA 1GBWA 1LHIA 1L28A 1GE3A 1B9OA 4G49A 3T36A 3JR6A 5LZMA 1C7PA 4G9SA 4KL7A 111LA 2BPUA 5ILCA 1LMOA 5KJ9A 146LA 1I56A 5APDA 1IWWA 5KXLA 1LPIA 3RZ4A 142LA 1DI3A 2HEEA 4NHIA 4W55A 1L56A 1L95A 1LYOA 5B59A 2OE4X 4J7VA 4TWSA 3TXDA 2B6WA 2HUMA 1LZCA 3RZEA 1IWVA 3AZ4A 4G4BA 1INUA 222LA 1LYJA 1GFUA 3ULRA 3GULA 1C66A 3FI5A 4NWHA 5LAFA 4ARMB 1IP2A 3G3WA 1GB8A 2LYMA 3WU9A 1J1PY 2D4JA 4HP0A 2ANXA 1KW5A 1PQDA 3NY9A 4DAJA 1G0KA 3AW7A 4HPEA 220LA 3W6FA 1CTWA 1LWGA 3SBBC 1WVVA 1GBXA 244LA 1L39A 1GFTA 4OW1A 2DQIY 2OE7X 1XGPC 4PJ2C 2I26L 2BQEA 157LA 130LA 1LMPA 4L41A 3AZ7A 4NG1A 3HU9A 1L91A 126LA 1YKZX 4WO9A 2I6ZA 1L44A 1D3FA 1DI5A 1G7IC 1XGRC 3ZVQB 4EPIA 1GE0A 1F6SA 1D3JA 2LZ2A 1JTOL 195LA 224LA 1CU5A 1LTMA 1JIYA 1P3NA 3D3DA 1LYZA 4RLMA 1B6IA 9LYZA 4DDAA 1L09A 1CJ7A 1JSFA 1PQOA 2XBSA 239LA 5LVHA 3FA0A 5LYTA 1YANA 1D2WA 4LYTA 232LA 1UCOA 2B7XA 2BQIA 4ARQA 1LMNA 2DQJY 2BAAA 3AGIA 5LVJA 1BB5A 2BQFA 4LYZA 4QEQA 3HT7A 1V7TA 3C81A 5I14A 4MCKA 1IWUA 4XJIA 1HMLA 1OWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA5 A;  4QY9 A;  4GLA A;  2VB1 A;  2BQC A;  2HU1 A;  1LOZ A;  3A6B Y;  1GBO A;  1B7N A;  1GBW A;  1LHI A;  5F81 A;  4ETA A;  4G4C A;  4XJH A;  3T6U A;  2CGI A;  1GE3 A;  1GF8 A;  1B9O A;  4ANR A;  4PRU A;  4G49 A;  2H5Z A;  1YL0 X;  3GXR A;  3T36 A;  4WLD A;  1GDW A;  4YOP A;  5I5Q A;  2W1M A;  3TMW A;  1LJH A;  1CNS A;  1NQI A;  4OOO A;  5HLL A;  4NIJ A;  1OUG A;  1A2Y C;  4H94 A;  1C7P A;  4G9S A;  4KL7 A;  2A7D A;  1MLC E;  1LZD A;  1LSG A;  3WPK A;  1DI4 A;  2BPU A;  5ILC A;  4LYO A;  1LMO A;  5KJ9 A;  1YKX X;  2ZQ4 A;  5F16 A;  3TMX A;  1I56 A;  5APD A;  3A91 A;  4NY5 A;  134L A;  1IWW A;  4WM1 A;  1UIF A;  1VDQ A;  4DD1 A;  2D4K A;  1ZMY L;  2IHL A;  1G7L C;  5KXL A;  1HER A;  1LPI A;  1B7M A;  2BLX A;  3ATO A;  3GXK A;  4HTK A;  2ZNW Y;  3WVY A;  3RZ4 A;  1EQE A;  1DI3 A;  2HEE A;  4NHI A;  4PRQ A;  5IDD A;  2HTX A;  3ZVQ A;  1LYO A;  1TBY A;  3N9E A;  4ETD A;  4WO6 A;  4XEN A;  5B59 A;  4ETC A;  4J7V A;  4ML7 A;  3WU8 A;  1UC0 A;  1YAM A;  4TWS A;  1IP3 A;  1B5W A;  3TXD A;  1LZC A; 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 1HEL A;  2D91 A;  3F6Z A;  4GN5 C;  4ZIX A;  1LJI A;  2AUB A;  2DBT A;  3P68 A;  2ZYP A;  1GAZ A;  3P65 A;  4MR1 A;  3B0I A;  1LSM A;  4BS7 A;  4DT3 A;  1B5Y A;  5DN4 A;  5A3Z A;  1WQN A;  4UWN A;  3W6C A;  2BQG A;  5KXM A;  3AGG G;  5KXS A;  4RDS A;  3A92 A;  5LYZ A;  4P2E A;  3QNG A;  1GB9 A;  1DQJ C;  1GBZ A;  1C08 C;  3CSZ A;  1OUE A;  1TDY A;  4KPM A;  4OOT A;  4CFO A;  1I1Z A;  1OUI A;  5DM9 A;  1OUB A;  1UUZ C;  4H8Z A;  5LIN A;  1XSF A;  3IJV A;  4GCE A;  3M18 B;  2HU3 A;  1REY A;  4NSG A;  5KXW A;  1HEM A;  5F9U A;  1GXV 2;  1GFG A;  2ZIK A;  3TXH A;  1E8L A;  1GEV A;  1XEJ A;  1LJG A;  1TCY A;  1DZB X;  2X0A A;  1V7S A;  2ZIL A;  3N9C A;  3A3R X;  3TXJ A;  1CJ8 A;  4HTN A;  1GFR A;  1JWR A;  5B06 A;  3J6K A;  4Z3M A;  1PZY A;  1D6P A;  1H87 A;  1GXX A;  1LSA A;  3ATN A;  4HV1 A;  1WQM A;  3HFM Y;  4NFV A;  5FEK A;  1FN5 A;  1AKI A;  1NBZ C;  1IWT A;  4N8Z A;  1GB2 A;  4XJG A;  4UWU A;  4M6D A;  2ZNX Y;  5E9R A;  4I8S A;  4WLT A;  4II8 A;  1EL1 A;  4N1E I;  2YBM A;  1XEK A;  4LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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