1ZVYB

Crystal structure of the vhh d3-l11 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Camelus dromedarius
publication title Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Immunoglobulin heavy chain antibody variable domain
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zvyB00
3A3RX 2MECA 4RLNA 1KIQC 1BWHA 1LKSA 1F10A 1B7MA 5D5CA 3WH1A 7LYZA 5JENB 1LHKA 2MEIA 3LYOA 1FBIX 3W6CA 1PZYA 1LZ6A 2YBMA 1BB6A 4RW1A 4H94A 1IVMA 1CJ8A 3P66A 1LSPA 1OP9B 1VDSA 4B1AA 4C5FA 5C6JA 5F9UA 1W6ZA 3WUNA 1GE4A 1LZ5A 2CJLA 1GFAA 5LVGA 1OUIA 1JKDA 5I4WA 1EQ5A 4H9FA 1GF9A 2Z39A 1HFYA 1WVVA 3LYMA 2HECA 4ETBA 2D6BA 3WU7A 4CFOA 1LHHA 2BQNA 1IOSA 1GEVA 1GB0A 1LMPA 1HEOA 3W6AA 2BQDA 1HNLA 4WOAA 1IY4A 5D5FA 1C08C 5KXTA 1E8LA 2WARA 3LHMA 1J1PY 4EMNA 4XJHA 2ZQ3A 1LJNA 5B05A 1OUDA 4NGZA 3P65A 4NHPA 1B7RA 2Z19A 2I26L 1FLQA 1AT6A 1QUSA 1YILA 3VWOA 1GAYA 1JUGA 1LJFA 2A7DA 1ZVHL 5T3FA 3W3EA 5L3HA 1B5ZA 1B9OA 1B7QA 1EQ4A 1GBSA 3ZVQA 1JSFA 2BQIA 3RT5X 1LJHA 1NDMC 4WL6A 1LZ1A 3RNXA 1IR9A 1GF4A 2BQEA 2FYCA 1FN5A 3ATNA 3BKHA 2ZYCA 4GCCA 4M4OA 1VFBC 4GLAA 1KXYA 4QEQA 1LZBA 1HC0A 1C43A 1JKAA 2BQGA 3M18B 5KKJA 2N5ZA 3QNGA 3TXEA 1DI5A 4YM8A 3WVXA 3AGGG 4LFPA 1B5VA 1LSEA 4O34A 4DDBA 1HEPA 1UIFA 4WM1A 3W6DA 4ZFPA 1GBOA 5KXLA 4J1BA 1IY3A 3A67Y 1DI4A 2EPEA 3RW8A 5IELA 1GF5A 1WVUA 3CT1A 3A90A 4LT2A 4NHIA 1CKHA 1T6VL 4MSTA 5FSTA 5I4YA 4TSCA 5LIOA 1KXXA 1IC7Y 4YENA 5EBHA 3B72A 1GF3A 2YBNA 1I1ZA 4DD0A 2HTXA 1H87A 4PJ2C 4NG1A 2FBBA 4ETDA 5LVHA 2H9JA 4H90A 4NSJA 1INUA 5IHGA 4B4JA 4FJRA 4XJBA 1N4FA 2NWDX 1IWXA 2F4AA 4NGLA 5ILCA 3WMKA 4CHXA 3TMVA 2MEHA 1BB4A 4W96A 1LZEA 2FYDA 1UIAA 4NSIA 1GBZA 1B7PA 4G49A 1OUBA 2XBRA 2G4PA 3A3QA 4N5RA 3TMWA 1WTNA 1LMTA 4HJZA 2X0AA 5FHWA 1REYA 5I54A 2PC2A 4Z98A 9LYZA 1LHIA 5FCPA 1LJ3A 1HSXA 1RFPA 4XJDA 4D9ZA 1OUFA 3HBDA 5KJ9A 2W1MA 4MR1A 3TXKA 3WPJA 2XBSA 1GF0A 1XGPC 4GLVA 1JTPL 4ETEA 2CWIA 2ZNXY 5LXWA 4OOTA 1TAYA 4G4BA 3OK0A 2BQLA 5KKIA 3G3BB 5HMVA 1OUHA 1IOTA 3N9AA 5LVIA 2Z18A 4I8SA 4LYOA 1J1OY 1IIZA 1T3PA 4LYBA 4OWAA 1F6RA 1D0MA 1YKXX 2LYMA 5APEA 2F2NA 4A7DA 1LCNA 3AZ4A 3A6BY 1IOQA 1LMAA 1AM7A 1LZ8A 2CGIA 3D3DA 193LA 1C46A 2VB1A 3CT0A 5KXSA 1CKDA 1LZDA 3HBEX 4XN6A 1GB8A 3GXKA 5F9XA 4B4EA 1IR7A 1JKBA 1UUZC 1WQRA 3ATOA 5F81A 1GB3A 1UICA 2Q0MX 2H5ZA 4H9IA 5LAGA 4KT3A 1BHZA 1LYSA 4HV1A 5LYTA 4IJ4A 5I5QA 2GV0A 1GXXA 4H92A 4FDYA 1UIEA 2BQBA 1D6QA 1B5UA 4WM3A 4DWXA 1IWUA 3A8ZA 3WPLA 1GE2A 1YKZX 2DQAA 1LJGA 2BLYA 1ZMYL 5FDJA 2H9KA 1LSAA 3AZ7A 1LMOA 2LZTA 1Z55A 2DQGY 2RSCA 4UWVA 5M1YA 135LA 4N1EI 3MGWA 1YL1X 1I20A 1QIOA 3AYQA 3LZTA 5APCA 1EL1A 2D91A 1TCYA 1GFTA 1LMQA 3QY4A 4XADA 1OUGA 3AW6A 4CGEA 1FLWA 2ZYPA 2W1YA 1DXJA 1LMNA 3F6ZA 4R0FA 1YQVY 134LA 3A95A 4DDCA 1KXWA 4HV2A 4TTDA 4NGOA 1GB7A 4NGYA 1YAPA 3QE8A 1B7SA 4GCDA 2A7FA 4PHIA 4PPOA 3A91A 2Z2EA 3WVYA 2DBTA 3AGHA 4DD1A 1JWRA 4DC4A 1QDRA 3N9EA 1UBZA 4LYTA 1WQQA 1YKYX 2XJWA 5I4XA 1B2KA 4H8ZA 4WM6A 1YIKA 3RZ4A 1YAOA 2YSSC 3J6KA 5LAFA 5ILFA 1IC5Y 2B5ZA 4BADA 2W1XA 1CKCA 4DDAA 2BQJA 1LZYA 3WU8A 2HEAA 4NSGA 3AGIA 4H9EA 5KXWA 4WG1A 4WLXA 4WG7A 3TMXA 1GDWA 1YROA 4DT3A 8LYZA 5KXOA 5KXKA 5KY1A 4UWNA 3KAMA 1GFKA 1EQEA 1IP5A 208LA 1XGRC 4NFVA 1NHEA 1XSFA 1D6PA 3GXRA 1DKKA 3B0KA 1UA6Y 1D9UA 4NHSA 1LSMA 1XEJA 3A96A 4RW2A 2Z38A 1GE3A 4AGAA 1LYYA 5HNCA 1GFUA 1LHJA 1GE0A 1B7OA 2EQLA 2HEDA 4N1CC 4QGZA 3TXGA 3TXDA 1GFEA 4BAPA 2MEGA 4H9AA 1FLUA 1IC4Y 1LSDA 1LZTA 1B0DA 1LAAA 4II8A 3WU9A 4DD7A 4NHQA 3CT5A 2YVBA 4UWUA 1IR8A 1G7IC 1JJ3A 1LMCA 2D4IA 4DYGA 1PS5A 1LJKA 4PGJB 1C10A 5KXPA 1H6MA 1LZGA 2BQAA 3LYTA 4G4HA 4NWEA 1LZ9A 4NGKA 5B59A 2MEBA 2Z2FA 1CJ7A 4E3UA 1G7MC 5FELA 2BQKA 1GFRA 5FEKA 3CQLA 1IORA 3ZEKA 5F14A 3AJNA 5HMJA 1LZSA 1MELL 3J4GA 5DM9A 5IDDA 1LSYA 3A34A 4H91A 1VDQA 3ULRA 1HELA 1JHLA 4OWBA 5LA8A 5J7CA 3TXBA 1GWDA 1C45A 2F4GA 1LSBA 2YBIA 4AXTA 2W1LA 2Y8PA 1GDXA 1UIGA 3IJVA 3B0OA 133LA 4OWHA 1BB3A 2ZILA 1GBYA 1GB2A 2HU3A 4OWEA 4U3XB 1I56A 1HHLA 4NIJA 3ZVQB 4GN4A 4WO6A 1WQMA 5II3A 4HP0A 4WL7A 2ZWBA 3IJUA 3W6FA 5DN5A 1IOCA 1VEDA 2EKSC 132LA 1J1XY 1NQIA 5KXRA 5A3EA 3EMSA 1WQOA 4HPIA 1OUAA 3AB6A 3CSZA 4NWHA 2ZIJA 4LFXA 5DLAA 1KIPC 1TBYA 1F6SA 3FI7A 4HJVA 4B0DA 3EXDA 1RCMA 5DN4A 3WPKA 4C3WA 3TXJA 1LHMA 2G4NA 4XYYA 3A94A 1NBYC 1GEZA 1CKGA 1SLYA 1ALCA 1GB6A 1LSGA 3CSQA 1UIHA 4IASA 4J7VA 2DQFC 1LKRA 2BQMA 3LN2A 4H1PA 4I0CA 194LA 4WLTA 1QUTA 1RI8B 4B4IA 2BQFA 1IWTA 1DI3A 2MEFA 4J1AA 3P68A 3SP3A 3EO5A 1UIBA 4H9HA 3A6CY 2Z37A 4WM2A 4H8YA 3WW6A 5DL9A 4N0JA 4N9RA 5LVJA 6LYTA 2MEDA 4LT1A 5C6IA 3WYHA 2I6ZA 1OQMA 4KXIA 4G9SA 4MCKA 4P2EA 5LA5A 4HSFA 1NWGA 1REXA 5KXZA 1IP6A 1DKJA 4LT3A 4ZIXA 1IWYA 1XEKA 154LA 4M6DA 2ZNWY 1ZV5L 4LYMA 2D4JA 3M3UA 1XGTC 4H93A 4WLDA 4YF2A 4HTNA 1JIYA 2C8PA 1VATA 1BQLY 2LYOA 2MEEA 1HFXA 2ZQ4A 4J0LA 4GN3A 6LYZA 1YAMA 5KXMA 3EBAB 5LINA 2BQOA 1G7LC 4GCEA 5KXYA 5HNLA 5AMYA 1FKVA 1DPWA 1AZFA 1MLCE 1B5YA 1NDGC 1LJ4A 3LZ2A 1GFJA 5KXNA 2C8OA 2ZIKA 3AW7A 1HERA 1GF7A 1XEIA 1BVKC 4ET9A 3P64A 1FKQA 5E9RA 5LVKA 4WO9A 4WMGA 4DD3A 1UIDA 1HEQA 4DD9A 1B7LA 207LA 4NGVA 2YDGA 5B07A 1UC0A 4OW1A 1HENA 1JEFA 1YANA 4PRQA 2FBDA 4QDNA 3WL2A 1BGIA 1VDTA 3A92A 3FE0A 1GB5A 4NEBA 3N9CA 1LZCA 1B5XA 1GB9A 1V7SA 1QSWA 1IWVA 1LOZA 3HBHA 2LYZA 1IP2A 1D0KA 3RU5A 2MEAA 1FLYA 1JISA 3P4ZA 3TXIA 2F30A 1WQPA 5B06A 3CSRA 1IWZA 3G3AB 4PRUA 4Z46A 3IWRA 3LYZA 4X3BA 4KPMA 1LSNA 1LJIA 1CJ6A 2HU1A 2LZ2A 1B7NA 4GN5C 1XFPL 1JTOL 1IP7A 1CKFA 1LYOA 4NGIA 4NY5A 1JJ0A 1TDYA 3WUMA 3E3DA 3CB7A 4LYCA 2BQHA 1GBXA 1GFVA 4H9CA 4YOPA 3WXTA 1JSEA 1GFGA 1IX0A 2EIZC 4NHTA 1BWIA 1O23A 1VAUA 2DQDY 1LTMA 4ML7A 153LA 4LYZA 2XTHA 2IFFY 5APDA 3AZ5A 2YBLA 1NMMA 2BAAA 4RLMA 1GE1A 1LZ4A 1F0WA 3AZ6A 3B6LA 4WM4A 2HUBA 1HF4A 1RJCB 4CJ2A 4WM5A 4TX7A 1JKCA 4BAFA 2AUBA 1REMA 2HEEA 1B5WA 1QTKA 1LZNA 4KL7A 4R6CA 4GCFA 1REZA 4NGWA 2BLXA 4XENA 4ANRA 1HSWA 5B1GA 1LSZA 3BKVA 3WW5A 1HEMA 5I53A 4ETCA 1LYZA 1A4VA 3T36A 1LSCA 1LZRA 1GD6A 4N8ZA 5B1FA 1QTEA 2HEBA 1A2YC 1P2CC 3TXFA 5L9JA 5LYMA 4Z41A 4EOFA 4HTQA 1XGQC 1JITA 1CNSA 1G7JC 1WQNA 2DQCY 1UACY 1V7TA 2IHLA 1IP1A 4BS7A 4GCBA 4LT0A 4NGJA 4XJFA 3WULA 3A93A 2CDSA 1HFZA 1BB7A 1NBZC 1OUJA 2DQEY 3WUAA 1IP3A 5HLLA 1LSFA 4HJYA 1GXV2 1HMLA 1DZBX 3T6UA 1UCOA 2DQHY 4IATA 4HTKA 2HEFA 4TUNA 4ETAA 4OOOA 3K3TA 1IWWA 1G7HC 1JPOA 1HMKA 4L41A 1GF6A 1JTTL 4TSBA 2BPUA 1WTMA 3TXHA 1GHLA 4YEOA 1D0LA 2BQCA 1TEWA 1GF8A 1NKHA 1IEEA 3D9AC 1BVXA 1GPQC 1OUEA 1SQ2L 4NG8A 1LHLA 4QY9A 1W08A 1LZAA 1VDPA 1AT5A 2I25L 1DQJC 4ET8A 4Z3MA 4G4CA 1IO5A 1NF5A 1HEWA 1QSAA 4RDSA 1YL0X 3HFMY 2Z12A 5F16A 1QQYA 4CFPA 4YEMA 5HQ1A 5APFA 2LHMA 2G4QA 1XGUC 1CJ9A 1DPXA 1LPIA 5L3IA 3B0IA 4B49A 5LYZA 2DQJY 4TWSA 4W94A 4WLYA 2YBJA 1OUCA 3WXUA 4OWCA 5KXXA 1YAQA 3OJPA 1AKIA 2DQIY 4HPEA 4LGKA 1BWJA 4H8XA 4NSHA 1ZVYB 1LJEA 1KIRC 1FDLY 1JJ1A 2DKVA 1GAZA 1GFHA 1BB5A 2YBHA 4XJIA 1LJJA 4XJGA 5A3ZA 4ZEEA 2D4KA 5C6LA 5E4PA 3TMUA 1IP4A 1C7PA 4H9BA 1QDTA 3W6EA 4LZTA 4DD2A 3W6BA 1GBWA 5K7OA 1RE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 1F10A 3GUOA 7LYZA 4W53A 3LYOA 1PZYA 1LZ6A 2RBNA 4B1AA 5F9UA 1GE4A 2CJLA 4ARPA 1EQ5A 4H9FA 2Q9EA 1KNIA 1OWZA 3FADA 3WU7A 1L39A 2BQNA 1IOSA 2BQDA 4WOAA 1C08C 1E8LA 1J1PY 189LA 1L02A 242LA 2Z19A 4I7QA 164LA 1JTNA 1JUGA 1LJFA 4DAJA 4LDOA 1B5ZA 1C6EA 5L3HA 1EQ4A 2RBQA 3RT5X 1C69A 3FA0A 4WL6A 262LA 181LA 1C6IA 4I7PA 3RNXA 2FYCA 2BQEA 4GCCA 1VFBC 3DN6A 4GLAA 4QEQA 3M18B 5KKJA 1LI2A 4YM8A 4LFPA 1B5VA 4DDBA 122LA 1GBOA 4J1BA 4EJ4A 1IY3A 1L82A 1C60A 4I7SA 185LA 5ILCA 1L41A 1L83A 2MEHA 1BB4A 4W96A 3NY8A 1OUBA 4N5RA 1L59A 4Z98A 1SSWA 230LA 5FCPA 1LJ3A 1OUFA 2W1MA 4MR1A 3WPJA 1XGPC 146LA 3DNAA 3OK0A 2BQLA 4ARQB 5HMVA 168LA 1IOTA 3DN1A 1T3PA 4OWAA 2F2NA 1LCNA 3AZ4A 3A6BY 1IOQA 2CGIA 1LZ8A 3D3DA 2VB1A 1UUZC 2Q0MX 2H5ZA 1QUHA 4H9IA 4KT3A 4ARLA 2GV0A 1L38A 1B5UA 3DMXA 5FDJA 1ZMYL 222LA 1CV3A 1L26A 137LA 1LMOA 229LA 135LA 1TLAA 4EPIA 1YL1X 1I20A 1QIOA 1L94A 3SB8A 138LA 1LMQA 3AW6A 4R0FA 3F6ZA 1DXJA 1D3MA 2RBSA 4NGOA 4NGYA 1B7SA 1KW5A 4PPOA 1L64A 1PQJA 1XJUA 3C7ZA 1LGUA 4DD1A 3N9EA 1QSQA 3HWLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A3R X;  2MEC A;  4RLN A;  1KIQ C;  1BWH A;  1LKS A;  1F10 A;  1B7M A;  5D5C A;  3WH1 A;  7LYZ A;  5JEN B;  1LHK A;  2MEI A;  3LYO A;  1FBI X;  3W6C A;  1PZY A;  1LZ6 A;  2YBM A;  1BB6 A;  4RW1 A;  4H94 A;  1IVM A;  1CJ8 A;  3P66 A;  1LSP A;  1OP9 B;  1VDS A;  4B1A A;  4C5F A;  5C6J A;  5F9U A;  1W6Z A;  3WUN A;  1GE4 A;  1LZ5 A;  2CJL A;  1GFA A;  5LVG A;  1OUI A;  1JKD A;  5I4W A;  1EQ5 A;  4H9F A;  1GF9 A;  2Z39 A;  1HFY A;  1WVV A;  3LYM A;  2HEC A;  4ETB A;  2D6B A;  3WU7 A;  4CFO A;  1LHH A;  2BQN A;  1IOS A;  1GEV A;  1GB0 A;  1LMP A;  1HEO A;  3W6A A;  2BQD A;  1HNL A;  4WOA A;  1IY4 A;  5D5F A;  1C08 C;  5KXT A;  1E8L A;  2WAR A;  3LHM A;  1J1P Y;  4EMN A;  4XJH A;  2ZQ3 A;  1LJN A;  5B05 A;  1OUD A;  4NGZ A;  3P65 A;  4NHP A;  1B7R A;  2Z19 A;  2I26 L;  1FLQ A;  1AT6 A;  1QUS A;  1YIL A;  3VWO A;  1GAY A;  1JUG A;  1LJF A;  2A7D A;  1ZVH L;  5T3F A;  3W3E A;  5L3H A;  1B5Z A;  1B9O A;  1B7Q A;  1EQ4 A;  1GBS A;  3ZVQ A;  1JSF A;  2BQI A;  3RT5 X;  1LJH A;  1NDM C;  4WL6 A;  1LZ1 A; 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 1JIT A;  1CNS A;  1G7J C;  1WQN A;  2DQC Y;  1UAC Y;  1V7T A;  2IHL A;  1IP1 A;  4BS7 A;  4GCB A;  4LT0 A;  4NGJ A;  4XJF A;  3WUL A;  3A93 A;  2CDS A;  1HFZ A;  1BB7 A;  1NBZ C;  1OUJ A;  2DQE Y;  3WUA A;  1IP3 A;  5HLL A;  1LSF A;  4HJY A;  1GXV 2;  1HML A;  1DZB X;  3T6U A;  1UCO A;  2DQH Y;  4IAT A;  4HTK A;  2HEF A;  4TUN A;  4ETA A;  4OOO A;  3K3T A;  1IWW A;  1G7H C;  1JPO A;  1HMK A;  4L41 A;  1GF6 A;  1JTT L;  4TSB A;  2BPU A;  1WTM A;  3TXH A;  1GHL A;  4YEO A;  1D0L A;  2BQC A;  1TEW A;  1GF8 A;  1NKH A;  1IEE A;  3D9A C;  1BVX A;  1GPQ C;  1OUE A;  1SQ2 L;  4NG8 A;  1LHL A;  4QY9 A;  1W08 A;  1LZA A;  1VDP A;  1AT5 A;  2I25 L;  1DQJ C;  4ET8 A;  4Z3M A;  4G4C A;  1IO5 A;  1NF5 A;  1HEW A;  1QSA A;  4RDS A;  1YL0 X;  3HFM Y;  2Z12 A;  5F16 A;  1QQY A;  4CFP A;  4YEM A;  5HQ1 A;  5APF A;  2LHM A;  2G4Q A;  1XGU C;  1CJ9 A;  1DPX A;  1LPI A;  5L3I A;  3B0I A;  4B49 A;  5LYZ A;  2DQJ Y;  4TWS A;  4W94 A;  4WLY A;  2YBJ A;  1OUC A;  3WXU A;  4OWC A;  5KXX A;  1YAQ A;  3OJP A;  1AKI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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