1ZWNA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1b)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R1B)
rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zwnA00
3NYAA 122LA 114LA 4EXMA 1SSYA 4S0WA 225LA 1T8FA 3HT6A 4LDLA 1P46A 1DYFA 1D3MA 3C82A 1EPYA 4I7JA 2A4TA 259LA 1LYFA 1L31A 161LA 1C6AA 1C6FA 3DMVA 1L93A 1L79A 103LA 246LA 1KW7A 4DAJA 2OU0X 2RBPA 205LA 1CU3A 1OWYA 1L32A 206LA 1K28A 4ARQB 192LA 1C6KA 1LPYA 1QSBA 3GUIA 4W59A 2B6ZA 1L40A 3C83A 3HH3A 3SB8A 4W56A 2NTGA 1P2RA 115LA 1C69A 1L47A 2RBOA 4E97A 4I7RA 151LA 156LA 3LZMA 3G3WA 1L46A 1L82A 1L09A 2O79A 2O4WA 2Q9DA 2RB0X 4LDOA 1CUQA 1P5CA 2LC9A 229LA 110LA 1L99A 1CV6A 3HDFA 1L91A 3C80A 3QAKA 1L42A 1LGWA 3HUKA 4LDEA 222LA 1L11A 150LA 1L02A 125LA 3GUKA 252LA 195LA 1L26A 216LA 227LA 1L97A 1XJTA 168LA 1C67A 1QS9A 3C8RA 3HDEA 118LA 248LA 1LYHA 3CDQA 1QTHA 1OVJA 175LA 3RZEA 1QUDA 1L64A 243LA 107LA 1L21A 1C6GA 4YX7C 3HU8A 1WTHA 1G06A 1L24A 261LA 4I7KA 2OU9A 2F2QA 1QT5A 3L2XA 1L56A 1JQUA 250LA 3EMLA 127LA 209LA 119LA 3HTGA 5I14A 1SWYA 1OV7A 1L76A 1QTZA 3HT8A 4K5YA 1L0KA 148LE 201LA 1T97A 4I7PA 113LA 183LA 1B6IA 1LYEA 2RB1X 126LA 2ANVA 3F8VA 2B74A 4W55A 2RBRA 129LA 1D9WA 170LA 2B6TA 1L65A 6LZMA 1KS3A 3CDRA 3FI5A 1L75A 2F32A 2IGCA 1G1WA 1PQKA 1L33A 1C6TA 4I7LA 4W58A 2RH1A 3DMZA 218LA 3NY9A 1CV0A 2F47A 2RBSA 3OE6A 2RBNA 238LA 1L10A 4DKLA 239LA 242LA 173LA 1G0LA 3CDOA 1L06A 1L20A 3DMXA 198LA 1L25A 3SN6R 1ZURA 247LA 1G1VA 131LA 1L14A 1LYJA 1L05A 1C61A 1L73A 1C6NA 4PK0A 2B73A 3SB6A 188LA 1KY0A 180LA 251LA 3FA0A 228LA 1L72A 141LA 4W52A 3L64A 1L87A 1LI6A 237LA 3DN2A 3FADA 3HUQA 1G0QA 1L80A 1T8AA 3HH4A 1G0KA 197LA 1CX7A 1L12A 4YXAC 1L23A 258LA 1C63A 3HU9A 3DN0A 3NY8A 1L28A 2Q9EA 1L92A 1L37A 2B6XA 3GUPA 4ARJA 1D3NA 4IAPA 171LA 109LA 4W51A 1C6MA 163LA 3GUNA 1C64A 1SWZA 223LA 2O7AA 253LA 1QUHA 1L36A 3DN8A 3HH5A 182LA 3HH6A 2Z6BA 234LA 1LYDA 1L86A 1QSQA 1LYIA 1C6QA 240LA 1LGXA 214LA 3CDVA 1CU2A 1KY1A 220LA 1L15A 147LA 1P2LA 166LA 3PDSA 226LA 3HWLA 1L51A 3HTFA 1DYBA 3G3VA 1CTWA 4EKSA 4EKPA 4EKQA 3OE9A 3DN1A 1L19A 1C60A 7LZMA 1OVKA 143LA 2CUUA 158LA 3CDTA 1JTMA 1C65A 3GULA 139LA 1L49A 2B75A 123LA 120LA 3F9LA 1L52A 2OTZX 3GUMA 235LA 3SB7A 1G0JA 137LA 2OE9X 1OWZA 256LA 236LA 2HUMA 1PQJA 111LA 1L57A 1T6HA 4AQNA 3SB9A 1C6DA 1XJUA 1L71A 1D2WA 1L55A 1L08A 1L27A 4ARMB 2QARC 1CX6A 1L30A 1C6CA 1L18A 142LA 1OVHA 1CU0A 1L45A 2QB0B 174LA 1L04A 112LA 3VW7A 4LZMA 3V2WA 1PQOA 1TLAA 1CV5A 1CV4A 1LGUA 1D3JA 3HT7A 1NHBA 1P37A 4EKRA 165LA 1C6EA 1L50A 1QS5A 3OE0A 224LA 1DYGA 233LA 2OE4X 196LA 1L84A 1L03A 4I7NA 3SBBC 4YXCA 4PJZA 1ZWNA 1C66A 1L54A 1SSWA 1OV5A 145LA 1L61A 3UONA 128LA 1P7SA 1L70A 4I7QA 254LA 4ARLA 211LA 1KW5A 1DYEA 1L85A 1L58A 1L96A 2L78A 172LA 4EJ4A 5LZMA 1QT4A 1L29A 215LA 2LZMA 199LA 184LA 1PQMA 1L60A 1OYUA 1L74A 3C8QA 3HT9A 102LA 1L90A 1LWGA 1L68A 230LA 2B72A 1L17A 1L44A 213LA 221LA 241LA 4ARMA 1L63A 1QUGA 2OU8A 159LA 1L48A 178LA 169LA 1QT3A 1L39A 4ARPA 4ZPUA 3C7YA 3DKEX 1P56A 3PBLA 2ANXA 130LA 2B70A 1QTDA 1KNIA 4W53A 1L16A 3V2YA 1L66A 3C7WA 2HUKA 1CU6A 3C7ZA 1L83A 1PQDA 1C68A 1DYAA 217LA 1L35A 1L01A 167LA 3DN3A 181LA 1L77A 262LA 2RAYX 1ZYTA 1LW9A 3DNAA 146LA 3HTBA 2LCBA 1LWKA 3HUAA 1C6HA 2B7XA 1C6BA 219LA 187LA 260LA 2OE7X 1L88A 3JR6A 1C6JA 1QT6A 191LA 1L34A 1C6IA 3GUOA 152LA 177LA 104LA 2B6WA 1P3NA 1L59A 1QTCA 1L38A 2NTHA 190LA 1L94A 3C81A 1L22A 2RAZX 3GUJA 185LA 2RB2X 1LLHA 1LI2A 245LA 1L00A 2OEAX 176LA 1P6YA 3DN6A 189LA 1G0GA 1L07A 4DJHA 1G0PA 3OE8A 1I6SA 3D4SA 3C8SA 186LA 1L53A 1LI3A 4GRVA 1C6PA 4I7OA 1CVKA 1SX2A 1QT7A 160LA 1C62A 1CV1A 1QTVA 1P64A 1PQIA 231LA 1L69A 244LA 155LA 1CV3A 4ARQA 108LA 1L81A 4I7SA 212LA 1QT8A 1L89A 1L41A 1CU5A 3DN4A 3SB5A 4EPFA 1D2YA 2HULA 1L98A 1CUPA 1C6LA 1L43A 144LA 1G0MA 4EPIA 1DYDA 149LA 138LA 3RUNA 1SX7A 140LA 1D3FA 1L95A 1L13A 200LA 1DYCA 3ODUA 4GBRB 4OO9A 1QTBA 3K2RA 1LYGA 1P36A 3SBAA 210LA 1L0JA 4I7TA 2OTYX 1T8GA 1QUOA 232LA 1G07A 164LA 249LA 4W54A 162LA 1JTNA 255LA 3G3XA 1L67A 257LA 1XEPA 3HTDA 4I7MA 157LA 1L62A 2B6YA 4W57A 2RBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EXMA 2C8PA 4S0WA 4BAPA 4WM1A 5LA5A 3C82A 1LSYA 1TEWA 1LYFA 161LA 1JJ3A 3VWOA 1BWHA 1HEOA 1L79A 1REXA 2OU0X 1WQPA 205LA 1CU3A 1OWYA 4GLAA 1UIAA 5DLAA 3W6AA 134LA 4W59A 2HECA 4G4HA 3P68A 4W56A 1C46A 3ULRA 2B5ZA 1P2RA 1C69A 2RBOA 4E97A 4WOAA 151LA 156LA 1AT6A 2F30A 1L82A 1L09A 2BLYA 2O4WA 1CUQA 5L9JA 2LC9A 110LA 1B5WA 1LSEA 1L91A 1YROA 3C80A 1IP1A 3ZEKA 2IFFY 3GUKA 3OK0A 3TXHA 3IJUA 1L26A 216LA 1W08A 1XJTA 3RU5A 2MEGA 5KXLA 2HEFA 5LYZA 2Q0MX 4YX7C 3HU8A 2XBSA 3ATOA 3N9EA 1QT5A 1LMCA 3LYZA 209LA 119LA 4DD0A 5I14A 2BQNA 1AT5A 1CKFA 148LE 4ET8A 4HTKA 1UC0A 1B6IA 1LMAA 1LYEA 1REZA 4B0DA 170LA 4TTDA 1KS3A 4NGZA 3CSZA 5I5QA 1H6MA 2IGCA 2HEBA 5B1FA 4MSTA 1TAYA 3K3TA 3W6CA 1B7OA 1IWZA 4OWBA 1CV0A 2RBNA 242LA 173LA 1XGRC 1HSWA 1ZURA 4II8A 1GAYA 5KXZA 4DD7A 1YL1X 3G3BB 3P64A 1P2CC 1C61A 194LA 4NGKA 180LA 3FA0A 1GE3A 2ZNWY 1LHJA 237LA 4YF2A 4LT2A 2F4GA 1GF6A 1G0KA 3A94A 5I53A 1GPQC 1JITA 1GF4A 5LAFA 1L37A 109LA 1C6MA 1VEDA 2D4IA 1SWZA 4LYBA 2X0AA 2FBDA 3HH5A 1GFGA 1LZYA 1CJ7A 1L86A 2N5ZA 4PHIA 5FEKA 1MELL 3CDVA 5KXPA 147LA 1B7MA 3PDSA 3TMUA 1HMKA 1XEIA 3CB7A 4UWVA 1HENA 1L19A 1GFJA 2Z2EA 7LYZA 4J1BA 4DD9A 1VDQA 143LA 2BQEA 2YBLA 2Z37A 3CDTA 1QUTA 1JTMA 1C65A 1LHIA 2B75A 3F9LA 3GUMA 5HMJA 3SB7A 1G0JA 1GXXA 1LSMA 2HUMA 2CDSA 1JEFA 4WM2A 4HPIA 3G3AB 1HHLA 3HBEX 1L55A 1IP6A 4LYTA 4WLYA 1L27A 1L18A 3A96A 142LA 1CU0A 1L45A 2QB0B 3TXEA 174LA 1L04A 3VW7A 2RSCA 1PQOA 1TLAA 4LYZA 3P66A 4XADA 1LHLA 2HEEA 4XN6A 4J7VA 1UICA 4H8ZA 1C6EA 2BQBA 1GF9A 2W1XA 1DPXA 4RLMA 3W6DA 1DPWA 224LA 1Z55A 1DYGA 3WVYA 2OE4X 5FHWA 4I7NA 4YXCA 1GE1A 1C66A 1TBYA 1OP9B 3UONA 1HEPA 1XGPC 4H9CA 5APEA 4BS7A 4OW1A 1JKDA 3QNGA 1LZ9A 3AW6A 9LYZA 1VDTA 1PQMA 1L60A 1IWYA 1UACY 1L90A 2B72A 3RW8A 1TDYA 1L44A 213LA 221LA 1DKKA 4ARMA 1FLUA 1L48A 1IWWA 1UCOA 1QT3A 1L39A 3IWRA 1LHHA 3DKEX 2ANXA 130LA 3RNXA 2LYZA 1UIHA 1KNIA 3LN2A 4XJFA 1B7SA 1XSFA 3V2YA 2BQMA 1L66A 4H9EA 1CU6A 3C7ZA 217LA 3WULA 1ALCA 167LA 4LZTA 1BHZA 1XGUC 3CQLA 4UWUA 1LWKA 3HUAA 1D6PA 1LOZA 4N5RA 1BGIA 2LHMA 5T3FA 1L88A 1WVUA 4NHTA 4OOTA 3W6BA 3AZ6A 5LA8A 4HV2A 1QT6A 2CGIA 1EQ5A 4OOOA 3GUOA 4J1AA 4LT0A 1LMOA 2LYMA 3AZ4A 4OWCA 2BQDA 1ZVYB 2RB2X 1LI2A 245LA 4H9FA 1D0MA 1IP5A 3B6LA 3DN6A 1P6YA 1CJ9A 1WQOA 4ETCA 1I6SA 1LJIA 1GBWA 4GRVA 1L53A 2H9JA 1PS5A 4IJ4A 1QTVA 4QGZA 3AGIA 4HTNA 4ARQA 1L89A 1JTTL 4EPFA 5LYMA 1IP2A 3AGHA 5DM9A 1L43A 1JUGA 1LZEA 5KKIA 1VDPA 5B06A 2EKSC 1OUCA 1J1XY 1FKQA 4I7TA 1T8GA 1QUOA 1WQNA 1G07A 249LA 4NHPA 2BQAA 1XEPA 1DI5A 4XJDA 1L62A 4W57A 6LYZA 4DD1A 1YAMA 114LA 1GBXA 1HFXA 5E9RA 1NWGA 1T8FA 1LJNA 3HT6A 4ETDA 3WPKA 1B2KA 4LDLA 1OUEA 1LKSA 1DYFA 4GCBA 1C6AA 1C6FA 1D0KA 1UIEA 2HEDA 154LA 3A67Y 1L93A 1QDRA 1QTKA 4GLVA 1C45A 3P65A 206LA 1HF4A 1OUFA 5ILFA 1LMTA 1JISA 2Z38A 193LA 1QSBA 3GUIA 3QE8A 1NDGC 3HH3A 1RCMA 2BPUA 2WARA 1LSCA 1IC5Y 1LMNA 4I7RA 3WMKA 4YEOA 1DQJC 4ETAA 2DKVA 4LDOA 5KXMA 1D0LA 4WLTA 3AZ5A 1QUSA 5HLLA 3LZTA 1OUJA 3M18B 1B5UA 5KY1A 5LVGA 1LGWA 3HUKA 4LDEA 4EOFA 5HQ1A 3IJVA 5E4PA 2YSSC 1LSFA 2DQHY 1OVJA 1YILA 175LA 2DQIY 3RZEA 3ZVQB 243LA 1CKDA 1L21A 1C6GA 1KXWA 5C6LA 4PGJB 1WTHA 1L24A 261LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EXM A;  2C8P A;  4S0W A;  4BAP A;  4WM1 A;  5LA5 A;  3C82 A;  1LSY A;  1TEW A;  1LYF A;  161L A;  1JJ3 A;  3VWO A;  1BWH A;  1HEO A;  1L79 A;  1REX A;  2OU0 X;  1WQP A;  205L A;  1CU3 A;  1OWY A;  4GLA A;  1UIA A;  5DLA A;  3W6A A;  134L A;  4W59 A;  2HEC A;  4G4H A;  3P68 A;  4W56 A;  1C46 A;  3ULR A;  2B5Z A;  1P2R A;  1C69 A;  2RBO A;  4E97 A;  4WOA A;  151L A;  156L A;  1AT6 A;  2F30 A;  1L82 A;  1L09 A;  2BLY A;  2O4W A;  1CUQ A;  5L9J A;  2LC9 A;  110L A;  1B5W A;  1LSE A;  1L91 A;  1YRO A;  3C80 A;  1IP1 A;  3ZEK A;  2IFF Y;  3GUK A;  3OK0 A;  3TXH A;  3IJU A;  1L26 A;  216L A;  1W08 A;  1XJT A;  3RU5 A;  2MEG A;  5KXL A;  2HEF A;  5LYZ A;  2Q0M X;  4YX7 C;  3HU8 A;  2XBS A;  3ATO A;  3N9E A;  1QT5 A;  1LMC A;  3LYZ A;  209L A;  119L A;  4DD0 A;  5I14 A;  2BQN A;  1AT5 A;  1CKF A;  148L E;  4ET8 A;  4HTK A;  1UC0 A;  1B6I A;  1LMA A;  1LYE A;  1REZ A;  4B0D A;  170L A;  4TTD A;  1KS3 A;  4NGZ A;  3CSZ A;  5I5Q A;  1H6M A;  2IGC A;  2HEB A;  5B1F A;  4MST A;  1TAY A;  3K3T A;  3W6C A; 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