1ZYTA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (a82r1)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNCKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural origin of weakly ordered nitroxide motion in spin-labeled proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zytA00
2CUUA 3F8VA 3D4SA 4LDLA 3SB9A 1JTNA 131LA 122LA 1QTDA 242LA 205LA 1DYGA 1CUPA 4I7TA 3SBBC 2IGCA 2A4TA 1KW5A 250LA 244LA 1L04A 1C62A 1L31A 113LA 262LA 4PJZA 3HWLA 3C8QA 3G3WA 1L08A 1P2LA 3NYAA 1KNIA 1C6HA 160LA 156LA 2LCBA 1C6IA 2B6TA 3DN8A 1D9WA 1P2RA 257LA 185LA 3V2YA 2OTYX 4I7PA 1LWGA 255LA 1EPYA 1L30A 3DN1A 1QT5A 157LA 151LA 2B7XA 1T6HA 1L38A 3HT8A 1L12A 1G0LA 1PQDA 112LA 195LA 1L76A 1LGWA 1C6BA 2B6ZA 3SBAA 2NTHA 2OE9X 1SSWA 2RB1X 3SN6R 221LA 3FA0A 1L56A 1L92A 4ARMB 2RAYX 1L0KA 3HUKA 140LA 1C6EA 1L28A 1L53A 1P46A 2Q9DA 1C6PA 4ARMA 191LA 110LA 1L58A 1L72A 1CX6A 1L0JA 1L99A 3RUNA 1LYGA 4I7SA 3CDRA 256LA 3DKEX 4W58A 3GUPA 1CV5A 1C6MA 215LA 4ARQB 3C82A 1OWZA 3HT7A 5I14A 1L05A 198LA 3C8RA 1T97A 1C6AA 1L22A 1QT8A 4ARQA 1C6FA 248LA 1CV0A 1LLHA 4W57A 186LA 146LA 1L84A 1KS3A 1L57A 4YXAC 1QS5A 129LA 4ARPA 174LA 246LA 1D2WA 3HUAA 1C6KA 1ZWNA 1D3FA 1C6NA 1QUDA 3GUNA 3SB8A 2HULA 1ZURA 2Z6BA 1L25A 4EKSA 3C7YA 1L07A 2B70A 1L23A 4I7RA 238LA 165LA 3OE6A 175LA 119LA 3QAKA 3HH4A 3C81A 1L93A 232LA 3NY9A 1CV1A 168LA 234LA 3OE0A 4GRVA 4S0WA 2OU9A 1OV7A 2B75A 1QUOA 213LA 2RBNA 152LA 1L06A 1L39A 259LA 1D3JA 1L66A 252LA 3GULA 2HUKA 2RAZX 142LA 3HT9A 1L34A 245LA 1QTBA 235LA 2ANVA 216LA 3C83A 240LA 182LA 170LA 161LA 108LA 3VW7A 149LA 1CU3A 1L29A 3PDSA 1L20A 1L83A 3ODUA 1L35A 1G1VA 1G0MA 3DN3A 150LA 176LA 1L10A 1L80A 155LA 1QTHA 1XJTA 189LA 1C66A 3F9LA 3SB5A 1P37A 3LZMA 1L89A 1CU0A 4I7QA 1L13A 224LA 2B6WA 3HDEA 1CV3A 3OE9A 144LA 2B74A 3HT6A 4EPFA 209LA 2B6XA 211LA 5LZMA 3DNAA 3DMXA 4LZMA 147LA 137LA 247LA 2Q9EA 3CDTA 1B6IA 1K28A 192LA 1P56A 2ANXA 258LA 3C7ZA 1OWYA 4GBRB 2O79A 190LA 1QUHA 3GUOA 1L91A 1P3NA 3HTDA 1L46A 233LA 3PBLA 3HTFA 3FI5A 4W54A 1L27A 1L44A 1L54A 2RH1A 3L64A 1L90A 3HTGA 3C8SA 1QT4A 1L94A 1L61A 1T8GA 2RBOA 1C67A 3HH6A 4I7MA 1C64A 2F2QA 1CTWA 173LA 218LA 4PK0A 183LA 2F47A 2OU8A 1LYDA 2LC9A 158LA 3HH5A 261LA 1C6JA 1L40A 1L68A 3CDOA 1L60A 1C6CA 1LGUA 169LA 1L74A 1G0QA 114LA 1L51A 1QT3A 196LA 1P6YA 1QT6A 1QTZA 1L88A 1LI3A 1CV4A 231LA 1DYBA 1OVJA 4OO9A 4W52A 1CV6A 1L18A 210LA 162LA 243LA 104LA 120LA 3CDQA 143LA 1P64A 219LA 2B72A 1LI2A 1C6TA 1P5CA 1L14A 1C68A 1LGXA 1G1WA 1L43A 1L97A 2O7AA 1L48A 1L98A 1L02A 107LA 1L21A 226LA 2OEAX 217LA 4ARJA 206LA 2NTGA 1DYDA 1LYJA 1P36A 181LA 4EKQA 127LA 7LZMA 4EPIA 1JTMA 1L16A 4LDEA 3HUQA 4EKPA 1L59A 1I6SA 236LA 1L55A 212LA 4DJHA 1C63A 4I7JA 2OE4X 3DN6A 1C60A 118LA 1L47A 138LA 109LA 115LA 1L63A 1OVHA 3DMZA 1OV5A 1DYCA 2B6YA 1L45A 1C6LA 1P7SA 1JQUA 1L01A 229LA 1LWKA 177LA 1L96A 148LE 180LA 223LA 4ZPUA 1QTVA 3SB6A 6LZMA 1L86A 128LA 1L75A 241LA 225LA 1SX7A 2OE7X 1D3MA 4W59A 4IAPA 2QARC 1LW9A 260LA 4DAJA 3OE8A 1QT7A 1QUGA 1CX7A 1NHBA 227LA 4I7OA 1PQMA 3GUJA 1L11A 1SSYA 4W55A 1L42A 1LYEA 3L2XA 1G07A 254LA 3C80A 4ARLA 1OYUA 1L26A 103LA 1L81A 1LPYA 2RB0X 1QSBA 3SB7A 1OVKA 1KY1A 200LA 1T8FA 4YX7C 2RBPA 1L69A 163LA 1KY0A 3HU9A 164LA 199LA 1TLAA 1CVKA 3CDVA 2RB2X 4YXCA 4W56A 4W51A 4E97A 1L65A 2F32A 3GUMA 4I7KA 1PQKA 3G3XA 3JR6A 1LYHA 220LA 2OU0X 1LI6A 3EMLA 188LA 125LA 1C65A 3HTBA 2RBRA 1G0GA 1G06A 126LA 1XJUA 2LZMA 1L19A 1L64A 1L67A 3GUIA 1C6GA 4AQNA 4W53A 253LA 1L52A 1SWYA 1L00A 1D3NA 228LA 237LA 3K2RA 1QSQA 2HUMA 172LA 1C69A 1L41A 1L37A 1SX2A 1D2YA 3DN4A 3RZEA 1L09A 1CU5A 1L85A 1L32A 1C6QA 1XEPA 1CU2A 2B73A 1L62A 1L70A 3NY8A 4EKRA 2L78A 4I7LA 4K5YA 1ZYTA 166LA 4LDOA 102LA 123LA 139LA 1PQIA 1PQOA 1G0PA 1DYEA 145LA 1DYAA 1L71A 1L77A 1LYFA 1T8AA 2RBQA 1L03A 3C7WA 3FADA 222LA 251LA 201LA 3HU8A 2O4WA 1KW7A 3UONA 230LA 1L33A 1L50A 1CU6A 3HH3A 4EJ4A 1PQJA 1QS9A 2OTZX 2RBSA 1G0KA 1QTCA 2QB0B 130LA 4EXMA 159LA 4DKLA 1L82A 1L79A 1SWZA 214LA 167LA 1L49A 3HDFA 171LA 111LA 4I7NA 184LA 187LA 249LA 3V2WA 197LA 1G0JA 1L87A 1C61A 178LA 1WTHA 1CUQA 3DMVA 141LA 1LYIA 3DN2A 1L24A 1C6DA 1L36A 1L15A 3GUKA 3DN0A 1L17A 3G3VA 1DYFA 239LA 1L73A 1L95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F8VA 4OOTA 3SB9A 5A3EA 122LA 4J1BA 1QTDA 242LA 4HJVA 1YAQA 1QUTA 2XBSA 1HMKA 2Z39A 4GCDA 1C62A 1L31A 113LA 4CHXA 1GF8A 3C8QA 3G3WA 4ML7A 3WXTA 4GCEA 2LCBA 4HTQA 2B6TA 1GF4A 1D9WA 2ZNXY 1UIEA 2I25L 1HEWA 3K3TA 2OTYX 3T36A 3WPJA 1QSAA 3RNXA 1LZ1A 3A6BY 4UWNA 4WMGA 151LA 2BQDA 3HFMY 1UIDA 1G0LA 1PQDA 3A93A 4DD9A 5F16A 4DD3A 1VATA 1C6BA 3SBAA 1B5XA 2BPUA 4H94A 1WTNA 1P46A 1KXYA 5HLLA 2G4QA 4QDNA 1LTMA 1LSNA 1L99A 3RUNA 1LYGA 1XGRC 1UIFA 4G4BA 3TXHA 3C82A 198LA 3LZ2A 4MCKA 4XN6A 4ARQA 1REZA 248LA 1CV0A 1LLHA 1LZ9A 1C43A 1L84A 1KS3A 5I5QA 3CB7A 4YXAC 3WW6A 1QUSA 174LA 1IP1A 1D2WA 3HUAA 1C6KA 4D9ZA 1ZWNA 3TMUA 1N4FA 1G7IC 3GUNA 3SB8A 5L3IA 5FELA 4EKSA 5KXZA 4H9AA 2ZWBA 2B70A 1NDMC 1XFPL 4I7RA 238LA 119LA 4WLTA 4ZFPA 232LA 3NY9A 1QTKA 1J1XY 1B7SA 1IY3A 1UIGA 4S0WA 4YEMA 1OV7A 4WO9A 1IWVA 1QSWA 1DXJA 259LA 5FDJA 1HSWA 1LZTA 3HT9A 1L34A 4DDAA 4B49A 245LA 1QTBA 2N5ZA 4H93A 3C83A 1OUDA 5B1FA 4DDBA 182LA 170LA 4R0FA 1LZBA 3LYMA 108LA 1OUCA 4B1AA 1DPWA 4WG1A 1IORA 1L83A 2BQCA 3CSZA 3DN3A 4EOFA 2IFFY 4LYCA 3SB5A 1BGIA 224LA 4LYZA 2ZYCA 1NKHA 1IOSA 4EPFA 1B0DA 1LSFA 2DQFC 1I20A 137LA 247LA 2DQAA 1B6IA 1K28A 1F6RA 192LA 4GBRB 3GUOA 1L91A 5KXRA 1BWHA 3A67Y 1REMA 3PBLA 4RW1A 3WUNA 3FI5A 4WO6A 1JKDA 1L90A 1LSZA 4R6CA 4M4OA 3C8SA 3G3BB 1C45A 1T8GA 2MEDA 4RDSA 4DD0A 3HH6A 4LFPA 1C64A 2F2QA 218LA 1JSFA 4N1CC 4WLDA 1CKFA 5FCPA 1C10A 4NY5A 3AW6A 3A90A 1C6JA 1DI3A 3CDOA 4NGYA 1GB8A 1FN5A 2Z19A 1EQ5A 1C6CA 1LGUA 1JJ1A 2I26L 1IOCA 1QTZA 1OVJA 210LA 162LA 5KJ9A 4LYBA 1P64A 4DWXA 3A6CY 2B72A 1BB4A 1L14A 4H8YA 2FYDA 1GBSA 1L43A 1YL0X 4UWVA 1HENA 1IWUA 1L98A 1L02A 2EQLA 1LJ4A 4ARJA 206LA 2NTGA 1LYJA 5FEKA 181LA 4YM8A 4QEQA 4IATA 4NG1A 3W6AA 5I54A 4DJHA 1JPOA 2OE4X 4DQ7A 118LA 1IR8A 1L47A 2B5ZA 1B5YA 1OV5A 3AZ5A 3FE0A 2LYZA 180LA 1JITA 4ZPUA 1QTVA 6LZMA 3TXIA 1P2CC 1G7LC 3SP3A 4N0JA 2BQJA 2QARC 1B9OA 5KKIA 4XJBA 2ZYPA 1QT7A 2HEFA 1SQ2L 227LA 1PQMA 1SSYA 1RCMA 3C80A 1LZNA 4ARLA 2LHMA 207LA 3SB7A 1OQMA 1FLWA 1LSAA 200LA 2YBMA 1B7PA 4WM6A 4TSBA 1L69A 3HU9A 2HEBA 1HFXA 1TLAA 3GUMA 2F32A 5IDDA 4A7DA 4H1PA 2RBRA 3HBDA 5LAGA 4ET9A 1G06A 4NGKA 1YL1X 126LA 1XJUA 4PGJB 2YBLA 1GFRA 1C6GA 3EO5A 2PC2A 1YKYX 5B06A 3QNGA 1L00A 228LA 2HUMA 1C69A 1L41A 1L37A 4TSCA 1LKRA 1D2YA 1L85A 2HUBA 2BQFA 1L70A 4LT1A 1HSXA 1LKSA 1XSFA 2YBHA 1BB6A 4HTNA 3ZVQA 4GN4A 123LA 1IP7A 1PQOA 1FLUA 5F14A 4OWCA 1IR7A 4XYYA 3CSQA 5HNLA 5M1YA 1L77A 2RBQA 1T8AA 2A7FA 2DQCY 1LYYA 1IWZA 1DQJC 1LHIA 1JJ0A 2FYCA 1CKDA 222LA 1VDQA 251LA 3C7WA 201LA 3LYOA 3UONA 1L33A 1LZEA 4HSFA 2HEEA 5LYMA 1PQJA 1QS9A 4RW2A 4B4JA 2XQOA 1RJCB 5HMJA 1G0KA 1VAUA 2QB0B 3HBEX 130LA 1WQRA 1KIQC 4PRUA 1NQIA 3HDFA 2MEGA 4I7NA 249LA 1NF5A 4NHPA 4HTKA 1C61A 133LA 2LYOA 2Y8PA 1TCYA 1IVMA 1GXV2 1L36A 2A7DA 4G4CA 2MEFA 239LA 2ZILA 2CUUA 3TMXA 3D4SA 5DM9A 4TUNA 3W6EA 131LA 3W6CA 1CUPA 4I7TA 1W6ZA 2Z38A 3SBBC 2IGCA 2A4TA 2BQMA 4NSGA 1LJGA 250LA 244LA 2EPEA 3HWLA 5F9UA 3NYAA 1KNIA 1CKHA 1FBIX 1A2YC 4G49A 4OWHA 1NBYC 3AJNA 1LSDA 4MSTA 1YROA 1P2RA 1GB0A 4I7PA 1IP5A 255LA 1EPYA 1BWJA 1QIOA 3DN1A 1QT5A 3QY4A 4G9SA 1LZ5A 3HT8A 4N9RA 1L76A 2OE9X 2RB1X 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F8V A;  4OOT A;  3SB9 A;  5A3E A;  122L A;  4J1B A;  1QTD A;  242L A;  4HJV A;  1YAQ A;  1QUT A;  2XBS A;  1HMK A;  2Z39 A;  4GCD A;  1C62 A;  1L31 A;  113L A;  4CHX A;  1GF8 A;  3C8Q A;  3G3W A;  4ML7 A;  3WXT A;  4GCE A;  2LCB A;  4HTQ A;  2B6T A;  1GF4 A;  1D9W A;  2ZNX Y;  1UIE A;  2I25 L;  1HEW A;  3K3T A;  2OTY X;  3T36 A;  3WPJ A;  1QSA A;  3RNX A;  1LZ1 A;  3A6B Y;  4UWN A;  4WMG A;  151L A;  2BQD A;  3HFM Y;  1UID A;  1G0L A;  1PQD A;  3A93 A;  4DD9 A;  5F16 A;  4DD3 A;  1VAT A;  1C6B A;  3SBA A;  1B5X A;  2BPU A;  4H94 A;  1WTN A;  1P46 A;  1KXY A;  5HLL A;  2G4Q A;  4QDN A;  1LTM A;  1LSN A;  1L99 A;  3RUN A;  1LYG A;  1XGR C;  1UIF A;  4G4B A;  3TXH A;  3C82 A;  198L A;  3LZ2 A;  4MCK A;  4XN6 A;  4ARQ A;  1REZ A;  248L A;  1CV0 A;  1LLH A;  1LZ9 A;  1C43 A;  1L84 A;  1KS3 A;  5I5Q A;  3CB7 A;  4YXA C;  3WW6 A;  1QUS A;  174L A;  1IP1 A;  1D2W A;  3HUA A;  1C6K A;  4D9Z A;  1ZWN A;  3TMU A;  1N4F A;  1G7I C;  3GUN A;  3SB8 A;  5L3I A;  5FEL A;  4EKS A;  5KXZ A;  4H9A A;  2ZWB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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