1AOVA

Apo duck ovotransferrin
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
686
structure length
686
Chain Sequence
APPKTTVRWCTISSAEEKKCNSLKDHMQQERVTLSCVQKATYLDCIKAISNNEADAISLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYERSGGSTTSYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHREDIEWEGIESGISEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDAKTKCLRNGPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGSRQPVDSYKTCNWARVAAHAVVARDDSKIDDIWSFLGMQAYSLGVDTTSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPELMDSQLYLGFEYYSAIQSLRKDQLTVGPRENKIQWCAVGKDEKSKCDRWSVVSNGEVECTILDDNKDCIVKITKGEADAISLDGGFVYTAGVCGLVPVVGESYEDETQCSKDEEQPAYYFAVAVVKKSSAITWNNLQGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLIHNKTGSCDFDDYFSEGCAPGSPPNSRLCKLCQGSGENLLEKCVASSHEKYYGYTGALRCLVEQGDVAFIKHSTVGENVSGSNKDDWAKGLTRDDFELLCTNGKRAKTMDYKTCHLAKVPTHAVVARPEKANKIRELLEGQEKLFGLHGTEKERFMMFQSQTKDLLFKALTKCLVKLRQGITYKEFLGDEYYASVASLNTCNPSDLLQVCTFLEDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferrin
molecule keywords APO-OVOTRANSFERRIN
publication title Preliminary crystallographic studies on duck ovotransferrin.
pubmed doi rcsb
total genus 186
structure length 686
sequence length 686
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1aovA03
3OMBA 1HSJA 3U72A 5TPAB 3ZSFA 3M3FA 2QS1A 4GFRA 5A5XA 4TLMB 1SVXB 5DYHA 1IXGA 2Y84A 3G3IA 5DVFA 3SKPA 4BDMA 4OWDA 4DXBA 4ZECA 1MY4A 5TU0A 1VR5A 1FW0A 4F2QA 1VSOA 4LZ7A 4FEDA 1PDAA 3FVKA 4FATA 3MPKA 2OWTA 2GFEA 3IO6A 1Y4CA 3VV5A 2F97A 3MVWA 3KN3A 4N07A 1MXWA 3RT6B 3IORA 3O97A 1M5FA 1B5IA 2F6GA 3K1PA 3MZ9A 3K6WA 4JWYA 3TQLA 1BKAA 4F3SA 1B1XA 3SEXA 3K02A 1NNKA 2HAUA 1B05A 4ZEIA 2DWHA 4HTGA 5AA4B 4Z0IA 3GBBA 2O1MA 4PFUA 5H8QB 3WAEA 3O6IA 1QUKA 2Y7WA 2Y7IA 5KDTA 1QVSA 4Q30B 3SEUA 3ONMA 2XD2A 3GZGA 1OVBA 1NH7A 4G68A 4FE8A 4X48A 1D3KA 3G3FA 3BFTA 2OZZA 1KWHA 1MS7A 1D9YA 1B9JA 1POTA 3HHFA 2UYEA 4R74A 3H06B 4JDFA 5ELVA 3C35A 1UTBA 4H6DA 5J1DA 2E0SA 1B32A 4QFLA 4AB5A 3N26A 4IO6A 3DP6A 4ESWA 5JTYB 2ONRA 2OWSA 1Y3QA 1MDP1 1RKMA 1PEBA 2DWJA 2UVHA 2XD3A 4QFOA 3TODA 2ONSA 4M1VA 3ZKLA 2F36A 3IB0A 1I6BA 5A5XB 3K6XA 3IAZA 2I4BA 2UVJA 3QUFA 3S9EA 3A3UA 3DP8A 5B70A 1P1WA 4H67A 4FIMA 4OFLA 3PU5A 1N3XA 1XS5A 3VFJA 1SW1A 4IY6A 1SBPA 4R9FA 4E0XA 3W9WA 1FCKA 1JQFA 2O51A 3SESA 3UORA 3E9XA 4IGRA 4R6HA 3MVYA 1LBCA 1US5A 4H0WA 4GXSB 4LZ5A 4RK2A 3S9LC 1R9LA 3P7IA 5HPQA 1JEUA 3PV0E 4XXUA 1LFHA 1PB7A 1FTOA 5ITOA 1Y1MA 4QHQA 2O68A 5I58A 5CMBA 3D4CA 4U4SA 5KDTB 2OK2A 3O29A 1LAFE 4G68B 1B5JA 2VGQA 2CMOA 3EPEA 4E0WA 2DWAA 2DOJA 2F7BA 4R2BA 3CG3A 2DE3A 1MXYA 3OD7A 2HAVA 1LFGA 2XXVA 4DLDA 4OMBA 1GV8A 2ZMBA 4EQ9A 3DLNA 4GVOA 2ZYKA 3FXUA 1OVTA 5EHMA 3HHGA 1A40A 1H76A 3T93B 3PUVE 3TFLA 1XT8A 3PPQA 4OESA 4OFOA 1PB9A 3SEYA 3Q25A 3OO6A 2DXYA 4OQOA 4YMAA 3PMVA 3A09A 2F78A 3IJXB 1LLSA 4IO5A 5H8FA 3MZBA 4YICA 3B6QA 1EZOA 3OO9A 2XX8A 3C36A 4M4GA 5FTIA 4PP0A 3K4UA 4G68C 4RK9A 2F34A 3RPWA 1IXIA 1IXHA 1OIBA 5EHSA 1R6ZA 1JW4A 3I6VA 3OO8A 2ZNTA 3V83A 3KGCA 3FZVA 3AXFA 3EHSA 4OTEA 1B1HA 4GIZA 2QRYA 5ITPA 3LSWA 4KCCA 2XXRA 2NWJA 5I58B 1ANFA 1MH4A 3SERA 3B7DA 4WXJA 1URDA 2AL5A 2Y7RA 2Q88A 5HBCA 2OBGA 3T9VA 2Z22A 1N3WA 3O6HA 3TYHA 4ZZAA 1NMUA 2V25A 1SDXA 4FORA 1BIYA 5EYFA 1FQBA 4LQ2A 3B6WA 4YZZA 4DZ1A 2GRVA 4BDNA 4NWDA 1RYOA 1MPCA 4NMYA 4GD5A 3PMXA 1DTZA 3S4UA 4POWA 5I56A 4TLLB 4BDLA 3RTWB 4OETA 2DVZA 2IEEA 3PUXE 1SW4A 4XTCQ 1GTKA 1S7YA 1NNTA 5CMKA 4F3BA 4ISUA 3UIFA 3RGYA 4DDDA 3T66A 3LUYA 4ZEBA 3K1MA 2XXWA 1R1NA 4FAJA 2WKYA 2ZYMA 1TFDA 3G3KA 4ELRA 1LFIA 4NF5A 1GR2A 3K6VA 3QUJA 4KYDA 1T0KA 4JWXA 4KYEA 5AA3A 4U2RA 1NNPA 1URGA 1PBPA 1M5CA 2REGA 3EHTA 3MZ1A 2M8CA 1JVXA 3QYTA 3RUMA 2I49A 3I3VA 3MBPA 3W15C 2OCUA 3TTNA 2DP8A 3KN8A 4YKPA 1IZ1A 3V89B 4FJPA 1LSTA 3L6GA 1LGBC 4H8IA 2GHAA 3TCFA 3MP6A 3OSQA 4F2OA 1DPPA 2I0BA 3TTRA 2E1SA 5AE4A 4LQ5A 3MPLA 1LCTA 1SI0A 2OLBA 2XXTA 1P99A 4WKMA 3O66A 3HN0A 2NXOA 3HCQA 4RPOA 4X1DA 2BJJX 3FGSA 2XX9A 4ELPA 3MQ9A 1US4A 3C34A 1PBQA 3O2AA 5I56B 4KYSA 2XXIA 2V84A 5BWJA 4H1XA 2H9BA 3KFMA 4RA1A 4PFWA 4ELOA 1DPEA 5LOMA 2ABHA 5FHOA 1PB8A 2I58A 4R2FA 3TELA 3D4GA 1UTHA 2XXHA 2DQVA 5DEXA 3Q29A 4YB6A 4NE4A 3TCGA 3JV9A 1QKBA 3QK6A 2RC8A 4NF5B 4FEBA 4QRZA 2AIXA 2ESNA 2I48A 1LBBA 4G4PA 1FQFA 4EDPA 1IITA 4DXUA 4H5GA 1NNFA 5KCJB 4JB7A 1MDQA 1JVYA 4ZE9A 4KI0E 1LB9A 2RF1A 2REJA 1IQ7A 3C4MA 4DCYA 1XC1A 5I57A 4G2ZA 3TAJA 4DXCA 3JYRA 1MM6A 1QJMA 4L17A 4Q0CA 3F11A 3T22A 4EF1A 3SETA 3TPAA 4GOTA 1NKXA 1FTLA 2UVGA 1B3LA 1MQIA 2QS4A 3U94A 1EZPA 4R73A 2HCAA 3PD8A 3PPRA 5HM4B 1JW5A 3CR9A 4OFJA 1AMFA 4OERA 5CMMA 3IB2A 3OEMA 5H8NA 1B0HA 5FHMA 1N04A 5KZTA 3IX1A 4R75A 5CC2A 4LP2B 4NF4A 2RCAA 1YCJA 3VE1B 1B0LA 3GBAA 3MAMA 3QXMA 3U92A 2PBWA 3GXAA 2UVIA 3K01A 2QS3A 1M5DA 2RC9A 4MLQA 1FTMA 2W7YA 3EHUA 2XXYA 1Z7ME 1UTHB 1QULA 3R7XA 5DVIA 4PE5B 5IAIA 4O3BA 4YMBA 1M5BA 4DCXA 2XHDA 4H5FA 3OEKA 3ECRA 3VLUA 5CI5A 3TTKA 3TCHA 3KN7A 3UN6A 5I59A 4YKIA 3QAXA 4AQ4A 3KZGA 3SEVA 2HZLA 3DM0A 1B4ZA 1FQCA 4PFYA 4YB7A 2XX7A 2PVUA 3JZJA 1MRPA 4IB2A 3RY3A 3MUQA 5I57B 1OMPA 2VD3A 3RLFE 4MLVA 3TTLA 1FQAA 4QSEA 2DVCA 1UTBB 2PT2A 2NOOA 4RNSA 2LAOA 3RTFB 1ZLQA 1OLCA 2NUVA 2H4IA 1JETA 2Y7KA 5B7DA 4IGTA 1FTJA 3O9PA 3UP9A 4POXA 5FHNA 1I69A 4TQUQ 5CRYA 3IL1B 3HSTA 4O3AA 3T9XB 4F31B 4YKKA 1Y20A 5L9SA 5H8NB 1URSA 2ALUA 2I4CA 1ATGA 3FVGA 1P1OA 2XXPA 4KCDA 1OLAA 3M3KA 3G3JA 2Z23A 3OXNA 3K1NA 4OHNA 5DVJA 3C32A 3LC8A 3MC2A 3N6UA 3U93A 3PD9A 1Y4TA 2RC7A 3MP1A 1ZJLA 1B3EA 1N7WA 2R71A 3EF7A 3FD3A 1AH5A 4Z7EA 1WODA 3OENA 4QSCA 4H8JA 3RQTA 1DOTA 4IO4A 2OJTA 2DWIA 4U21A 2H5YA 3KEIA 4RJZA 2V3UA 5I59B 1ZKBA 3OO7A 4NF8A 2I6EA 3FV1A 4XKQA 3BKIB 4N13A 1O63A 1D9VA 2QJEA 1MXUA 1MY3A 4BDQA 4LVQA 3PUZE 1LAHE 1PC3A 3TQWA 4C0RA 3MVZA 1MM7A 1LB8A 1O64A 4OVJA 1VE4A 5ICTA 3ILUB 1J1NA 1B46A 5K2YA 3H3GA 5F1QA 2I3VA 2F5XA 2HEUA 4U23A 3RN8A 1O7TA 2I0CA 1IEJA 1MPDA 4XKRA 3U8QA 2IA4A 1NL5A 3H6WA 3CVGA 3E4RA 3DELB 2O7UA 4BLAA 3FATA 1DTGA 2I3WA 1I6QA 5ISUA 4TOZA 2A5TA 1B40A 2Q2AA 3DP4A 4F1VA 1QKAA 3S9NC 1FTKA 2G29A 2X7QA 2F7AA 4GL8A 3VVEA 2FNCA 4R9GA 2ZNSA 4GL0A 5DT6A 1MG1A 2Z8DA 5H8FB 2QPQA 3RT8A 2P2AA 2DS9A 3N6TA 4PETA 3R26A 4QFKA 5AA4A 1B2HA 5L9MA 1JEVA 3VXCA 1A55A 4ZS9A 5I84A 1QUJA 5AA1A 1P1NA 3M8UA 1H43A 3KG2A 4MH5A 1H3DA 2P0SA 1USYH 2A5SA 1BTJA 1D4NA 4OXVA 4F1YA 3UGWA 3VLWA 4ZDMA 3KSXA 2O7IA 2PMSA 5DTBA 1Q1KA 1JW1A 3TKDA 3VLVA 3E3KA 3MP8A 3CSBA 1II5A 4F19A 3IJOB 4JBZA 2DE2A 1XOCA 1S50A 2B65A 3ILTB 4LONB 3CG1A 3USDA 3OSRA 2ZYNA 1IUDA 1YTVA 3H6UA 3H6TA 4I62A 3LR1A 1Y3NA 1B7ZA 1SYHA 3TZAA 3FVNA 4IO3A 4K3FA 3ODBA 3G7WA 1I6AA 3FIRA 1B3HA 4WEPA 3KJTA 1FQEA 4JXIA 4Q5TA 4QF9A 2A5TB 1MY2A 3A3CA 2UXAA 2ZXTA 3BBRA 3FV2A 5K2XA 2HQ0A 1NH8A 3G3GA 2F6PA 4GF8A 5M2VA 1Y1ZA 3H7MA 1B7UA 3KBRA 1CE2A 3M3LA 1OQHA 2P1SA 1AIVA 2GHBA 2CZLA 2X7PA 1AL3A 5I2NA 5CMCA 2R9JA 3VXBA 1MQHA 4NEDA 2Z8EA 4ECFA 3PPPA 5BUUA 2HZKA 4HCWA 3TMGA 3CFZA 3PGFA 5IKBA 4IO2A 4DE8A 3O6GA 1N84A 2F7CA 1B6HA 3FUZA 3C31A 3IOUA 4MBPA 4F3PA 1B7HA 4HCYA 3LSLA 3VDFA 5L8DA 1P1QA 4YAHX 3LBSA 4U22A 4NF6A 3H03A 3PMWA 1UIVA 4G8MA 3W9VA 1BLFA 1ZBMA 1VFEA 3KOTA 3FJ7A 2H98A 3FJMA 1ELJA 2G93A 2O6AA 1FQDA 4KFQA 4EQBA 1SD3A 5JK4A 2H25A 2RINA 4UACA 2V3TA 2ANJA 2VOZA 2V93A 2QSXA 4H65A 3PPNA 1TWYA 1TFAA 2Z8FA 1H45A 5ICQA 4XIGQ 1MQJA 4NWCA 1CB6A 3T9HB 2RCBA 1Y9UA 2D3IA 4JSOA 4X1BA 3S9MC 1IIWA 3CI8A 2YJPA 2X26A 3FXQA 1N76A 4F22A 4MF3A 4UA8A 4ESXA 3MVXA 3H4ZA 3T96B 4ZEDA 1DSNA 1SI1A 2O1LA 1GGGA 4EF2A 1EH3A 3HPIA 1TXFA 4U1ZA 2Q89A 1A99A 2R6GE 5DEXB 1B3FA 2VP1A 1HSLA 5H8SA 2Q8JA 1M5EA 5I2NB 1EU8A 3LSFB 3C9HA 4PQJA 3CSGA 5FTHA 4ELQA 4G77A 4EUOA 4JSDA 1TT1A 2PX1A 4F39A 4P0GA 4QFPA 4XKPA 1S9TA 2YLNA 1DMBA 3T9UA 4XKNA 3B6TA 2PT1A 5I2KA 1P1UA 4EQ7A 4I1DA 5F7VA 4C1UA 3TDJA 1LAXA 1WDNA 4U4XA 1ZU0A 4HS7A 4NF6B 3UA8A 2Q2CA 1GVCA 3RNNA 1Y3PA 2FA7A 4EXLA 3KSJA 2Q9TA 3TUSA 3CRBA 1QW0A 2QMXA 2DSFA 3K0VA 2Y7PA 2AL4A 3THIA 3HV1A 3MJNA 4NTLA 1MQGA 3IR1A 4KR5A 5L9OA 2O84X 3IB1A 1A7LA 2GH9A 3WAFA 1SW2A 1VFDA 3CFXA 4RY1A 1Z7NE 5CM6A 4NF4B 3IK6B 4EXKA 4I9DA 2V3QA 3O28A 5CBRA 4O3CA 4ND9A 3ZS6A 4ZZEA 3N94A 4F18A 4YB5A 3I5OA 2HFBA 4ONYA 1AOVA 1MY0A 1MXZA 1OQGA 2ONKE 2QMWA 2RKMA 4F3GA 1WVJA 3TEPA 4Q8RA 2THIA 3FVOA 2F35A 3IO4A 4G8NA 1MXVA 2DYXA 3MW0A 3ZKKA 4AB6A 4P0IA 4DIGA 4GWOA 4OENA 1ZMGA 1MPBA 1B5HA 4F1UA 1A54A 1SQYA 3H6VA 3R6UA 3GLBA 5AA2A 2ZYOA 3HO7A 2QS2A 1N0TA 3VVFA 1A8FA 3V5AA 4QSDA 3IOTA 3IOWA 1RYXA 3FJGA 2QL3A 1MH3A 3KJ7A 4F29A 3QSLA 4LZ8A 3SDFA 4R72A 3FASA 4KD5A 4KPTA 3FXRA 3K00A 5I2KB 2FYIA 1LAGE 1JNFA 5JEIA 3EQ1A 1UQWA 2DXRA 2AYSA 5H8HA 4R6YA 3OELA 3VVDA 1BP5A 4YU0A 1POY1 1Q35A 4IY5A 3LSXA 4MFIA 4YKJA 5TP9A 1L5TA 3SEWA 3L6HA 5TPAA 4GQOA 3K6UA 1H44A 2XXQA 2KLFA 3Q28A 4ZEFA 4P11A 4GXAA 4BDRA 2B3BA 2XXXA 1YPNA 3PPOA 3C33A 4KQPA 4GRKA 3Q27A 1USYE 4C1TA 1B52A 4ZEKA 2DE4A 2HXWA 2F8DA 4OEUA 4G8HA 3E13X 4ZE8A 3KOSA 1B4HA 1F9BA 4QFNA 2YPNA 2ZNUA 3EN3A 1HSEA 1LCFA 2UYFA 4OEVA 1N7XA 3N5LA 2B3FA 3UK4A 1B58A 3PUWE 3MWBA 4JWOA 1SYIA 1MY1A 4OYVA 1MQDA 4GLIA 3PUYE 1B3GA 5AA2D 1SW5A 1ZIUA 1IXCA 4THIA 4BDOA 3G3HA 4LUBA 5H8QA 3BFUA 4PFTA 4RPNA 2XXUA 1EZ9A 1R9QA 1A8EA 2D21A 4OZ9A 2O69A 4WEDA 1XVXA 3CIJA 1QUIA 3S2VA 4KHZE 4HW8A 4R6KA 3U1OA 3Q26A 5CBSA 5AA2B 1UIUA 2NVUB 1ZTYA 5KCJA 2PYYA 3V8XB 4N6PA 4RYAA 4NF8B 2D5WA 4LA9A 2VD2A 3TTMA 3QIMA 2H99A 3OOAA 3IOVA 4X9TA 4U1OA 3CFLA 4LATA 5JTYA 1XHYA 1MXXA 1XVYA 5H8HB 1B51A 1NFTA 4IO7A 4RXLA 1YAEA 4I8CA 2VHAA 4FECA 5TP9B 3K2DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OMBA 1HSJA 3U72A 5TPAB 4JVDA 3ZSFA 3M3FA 2QS1A 4GFRA 5A5XA 4TLMB 1SVXB 5DYHA 4PGPA 1IXGA 2Y84A 3G3IA 5DVFA 3PTYA 3SKPA 4BDMA 4OWDA 4DXBA 4ZECA 1MY4A 5TU0A 4P3LA 1VR5A 1FW0A 4F2QA 1VSOA 4LZ7A 4FEDA 1PDAA 3FVKA 4FATA 3MPKA 2OWTA 2GFEA 3IO6A 1Y4CA 3VV5A 2F97A 5ET6A 3MVWA 1LBWA 3KN3A 4N07A 1MXWA 3RT6B 3IORA 5J16A 3O97A 1M5FA 2B4MA 1B5IA 2F6GA 3K1PA 3MZ9A 3K6WA 4JWYA 3TQLA 1BKAA 4F3SA 1B1XA 3SEXA 4N6DA 3K02A 1NNKA 2HAUA 1B05A 4ZEIA 2DWHA 4HTGA 5AA4B 2QVRA 4Z0IA 3GBBA 2O1MA 4PFUA 5H8QB 3WAEA 3O6IA 1QUKA 1YZ0A 4XEQA 2Y7WA 2Y7IA 5KDTA 1QVSA 4Q30B 3SEUA 3ONMA 2XD2A 3GZGA 1OVBA 1NH7A 4G68A 4NG7A 2XWKA 4FE8A 5EQAA 4X48A 2XWOA 1D3KA 3G3FA 3BFTA 2OZZA 1KWHA 1MS7A 1D9YA 1B9JA 1POTA 2GQ1A 3HHFA 2UYEA 4R74A 3H06B 4JDFA 5ELVA 3E79A 3C35A 1UTBA 4H6DA 5J1DA 2E0SA 1B32A 4QFLA 4AB5A 3N26A 4IO6A 1FSAA 3DP6A 4ESWA 5JTYB 2ONRA 2OWSA 1Y3QA 1MDP1 1RKMA 1PEBA 2DWJA 2UVHA 1FBGA 2XD3A 4QFOA 3TODA 2ONSA 4JVIA 4M1VA 4NX1A 3ZKLA 2F36A 1FPIA 3IB0A 1I6BA 5A5XB 3K6XA 1QGXA 4OVRA 3IAZA 2I4BA 2UVJA 4PDDA 3QUFA 3S9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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